View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF8970_low_5 (Length: 636)

Name: NF8970_low_5
Description: NF8970
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF8970_low_5
NF8970_low_5
[»] chr8 (9 HSPs)
chr8 (18-619)||(2028115-2028716)
chr8 (14-619)||(1950281-1950881)
chr8 (174-619)||(2049892-2050337)
chr8 (174-619)||(2032651-2033099)
chr8 (174-619)||(2053898-2054346)
chr8 (178-619)||(10767290-10767731)
chr8 (179-618)||(2036707-2037149)
chr8 (179-618)||(2046084-2046526)
chr8 (194-305)||(2057169-2057280)
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (174-619)||(48908694-48909142)
[»] chr2 (4 HSPs)
chr2 (200-294)||(28786134-28786228)
chr2 (240-288)||(28713345-28713393)
chr2 (240-285)||(28736619-28736664)
chr2 (240-285)||(28743245-28743290)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 525; Significance: 0; HSPs: 9)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 525; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 619
Target Start/End: Complemental strand, 2028716 - 2028115
Alignment:
Q  18 atcagaggcactacttacacgtcgactaaaacaataattttaaaaagtaatataaaaaatattgaacacatctttaatctaaagtgtcgtttgtaccaat 117  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2028716 atcagaggcactacttacacgtcgactcaaacaataattttaaaaagtaatataaaaaatattgaacacatctttaatctaaagtgtcgtttgtaccaat 2028617  T
Q  118 gaaaataactaaagttcaaggagcattgagcacataaattgtatatgtatgcatacaaacatacctgcatacaacaggaaaatcttgtggtttgggagta 217  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  2028616 gaaaataactaaagttcaaggagcattgagcacataaattgtatatgcatgcatacaaacatacctgcatacaacaggaaaatcttctggtttgggagta 2028517  T
Q  218 tcaggagccaaggaacaagtacaagtatccctccaattgagtgctggtgagctatacaaatcaaaattgcttttgtaaataaatgatccatgcatatctc 317  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  2028516 tcaggagccaaggaacaagtacaagtatccctccaattgagtgctggtgagctatacaaatcaaaattgcttttgtaaataaatgatccatgcaaatctc 2028417  T
Q  318 ttgtataaaactcctttttagcatctgtttccatctcatgaaacctcttcacaccatccttcatctcctcaagaacgctcaaagggattccatgattgac 417  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||    
T  2028416 ttgtataaaactcctttttagcatctgtctccatctcatgaaacctcttcacaccatccttcatctcctcaagaacactcaaagggattccatgattaac 2028317  T
Q  418 aacctgnnnnnnnccccaagtttcacatgcttccttgattttgctaacaatcccttgatgaatacttggatctttatcatcaatatctttaaggtctacg 517  Q
    ||||||       |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||| |    
T  2028316 aacctgaaaaaacccccaagtttcacatgcttccttgattttgctaacaatcccttgatgaatacttggatctttgttatcaatatctttaaggtctatg 2028217  T
Q  518 acaggaataacatggcttgtgttgttggctatctcatatttgtctggttgatgatggaataagcttggtatcttctcaactcctgcatcaacaagtcctt 617  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  2028216 acaggaataacatggcttgtgttgtaggctatctcatatttgtcaggttgatgatggaataaacttggtatcttctcaactcctccatcaacaagtcctt 2028117  T
Q  618 tt 619  Q
    ||    
T  2028116 tt 2028115  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 342; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 14 - 619
Target Start/End: Original strand, 1950281 - 1950881
Alignment:
Q  14 ggacatcagaggcactacttacacgtcgactaaaacaataattttaaa-aagtaatataaaaaatattgaacacatctttaatctaaagtgtcgtttgta 112  Q
    ||||||||||||| ||||  | ||||||||  ||  |||||||| ||| |||||||| ||| ||||||||| || ||||||||||||||||||| | |||    
T  1950281 ggacatcagaggcgctaccaaaacgtcgacacaagtaataatttaaaacaagtaataaaaataatattgaatacgtctttaatctaaagtgtcggtcgta 1950380  T
Q  113 ccaatgaaaataactaaagttcaaggagcattgagcacataaattgtatatgtatgcatacaaacatacctgcatacaacaggaaaatcttgtggtttgg 212  Q
    ||  ||| |||||| ||| |||||||||||        ||||||| || |  ||| |||| |  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1950381 ccggtgataataaccaaatttcaaggagcaa-------ataaattttacacatatacatata--catacctgcatacaacaggaaaatcttgtggtttgg 1950471  T
Q  213 gagtatcaggagccaaggaacaagtacaagtatccctccaattgagtgctggtgagctatacaaatcaaaattgcttttgtaaataaatgatccatgcat 312  Q
    ||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||   |    
T  1950472 gagtatcaggagccaagtaacaagcacaagtatccctccaattgagtgctggtgagctatacaaatcaaaattgcttttgtaaataaatgatttatttct 1950571  T
Q  313 atctcttgtataaaa---ctcctttttagcatctgtttccatctcatgaaacctcttcacaccatccttcatctcctcaagaacgctcaaagggattcca 409  Q
    |||| |||| |||||   |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  1950572 atcttttgtgtaaaagtactcctttttagcatctgtatccatctcatgaaacctcttcacaccatccttcatctcctcaagaacactcaaagggattcca 1950671  T
Q  410 tgattgacaacctgnnnnnnnccccaagtttcacatgcttccttgattttgctaacaatcccttgatgaatacttggatctttatcatcaatatctttaa 509  Q
    ||||| ||||||||       ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||    
T  1950672 tgattaacaacctgaaaaaacccccaagtttcacatgcttccttgattttgccaacaatcccttgatgaatacttggatctttgttatcaatatctttaa 1950771  T
Q  510 ggtctacgacaggaataacatggcttgtgttgttggctatctcatatttgtctggttgatgatggaataagcttggtatcttctcaactcctgcatcaac 609  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||    
T  1950772 ggtctatgacaggaataacatggcttgtgttgtaggctatctcatatttgtcaggttgatgatggaataaacttggtatcttctcaactcctccatcaac 1950871  T
Q  610 aagtcctttt 619  Q
    ||||||||||    
T  1950872 aagtcctttt 1950881  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 210; E-Value: 1e-115
Query Start/End: Original strand, 174 - 619
Target Start/End: Complemental strand, 2050337 - 2049892
Alignment:
Q  174 aaacatacctgcatacaacaggaaaatcttgtggtttgggagtatcaggagccaaggaacaagtacaagtatccctccaattgagtgctggtgagctata 273  Q
    ||||||||||||| ||  | |||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||| | | || ||||||||||||||||||| || ||||||||    
T  2050337 aaacatacctgcacactgcgggaaaatcttctggtttgggagtatcaggagccaagtaacacgcaaaactatccctccaattgagtgccggagagctata 2050238  T
Q  274 caaatcaaaattgcttttgtaaataaatgatccatgcatatctcttgtata-aaactcctttttagcatctgtttccatctcatgaaacctcttcacacc 372  Q
     | ||||||||| || || |||| ||| |||| || ||||||||||||||| |||||  ||||| || |||||  ||   |||| |||||| ||||| ||    
T  2050237 aatatcaaaattactattataaacaaaggatctattcatatctcttgtatacaaactt-tttttggcttctgtagcctgttcataaaaccttttcacccc 2050139  T
Q  373 atccttcatctcctcaagaacgctcaaagggattccatgattgacaacctgnnnnnnnccccaagtttcacatgcttccttgattttgctaacaatccct 472  Q
    ||| |||| |||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||       |||||||||||||||||||||||||| |||   ||||| |||    
T  2050138 atctttcaactcctcaagaacactcaaagggattccatgattaacaacctgaaaaaaaccccaagtttcacatgcttccttgatattgtcgacaattcct 2050039  T
Q  473 tgatgaatacttggatctttatcatcaatatctttaaggtctacgacaggaataacatggcttgtgttgttggctatctcatatttgtctggttgatgat 572  Q
    ||||||||||| || |||| || |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||    
T  2050038 tgatgaatactagggtcttgattatcaatatctttaaggtctatgacaggaataacatggcttgtgttgttggcttcctcatatttgtctggttgatgat 2049939  T
Q  573 ggaataagcttggtatcttctcaactcctgcatcaacaagtcctttt 619  Q
    |||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  2049938 ggaataaggttggtatcttcttaactcctgcatcaacaagtcctttt 2049892  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 206; E-Value: 1e-112
Query Start/End: Original strand, 174 - 619
Target Start/End: Complemental strand, 2033099 - 2032651
Alignment:
Q  174 aaacatacctgcatacaacaggaaaatcttgtggtttgggagtatcagg---agccaaggaacaagtacaagtatccctccaattgagtgctggtgagct 270  Q
    |||||||||||||||| |||||||| |||||||||||| ||||||||||   ||||||| ||||  || || ||||||||||||||||||||||||||||    
T  2033099 aaacatacctgcataccacaggaaactcttgtggtttgagagtatcaggtggagccaagtaacacataaaactatccctccaattgagtgctggtgagct 2033000  T
Q  271 atacaaatcaaaattgcttttgtaaataaatgatccatgcatatctcttgtataaaactcctttttagcatctgtttccatctcatgaaacctcttcaca 370  Q
    ||| | ||||||||| || || |||| ||| |||| ||   ||| ||| ||||| || || |||||  | ||||| |||   |||| ||||||||| |||    
T  2032999 ataaatatcaaaattactattataaacaaaggatctattgctatttctagtatacaattcttttttgacttctgtatcctgttcataaaacctcttgaca 2032900  T
Q  371 ccatccttcatctcctcaagaacgctcaaagggattccatgattgacaacctgnnnnnnnccccaagtttcacatgcttccttgattttgctaacaatcc 470  Q
    ||||| |||| |||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||| ||       |||||||||||||||||||||||||| |||  ||| ||||    
T  2032899 ccatctttcaactcctcaagaacactcaaagggattccatgattaacaacttggaaaaaaccccaagtttcacatgcttccttgatattgtcaactatcc 2032800  T
Q  471 cttgatgaatacttggatctttatcatcaatatctttaaggtctacgacaggaataacatggcttgtgttgttggctatctcatatttgtctggttgatg 570  Q
    |||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||  ||||||||||| ||||||||||||| ||||||||    
T  2032799 cttggtgaatacttggatctttattatcaatatctttaaggtctatgacaggaatagcatggctcatgttgttggctttctcatatttgtcaggttgatg 2032700  T
Q  571 atggaataagcttggtatcttctcaactcctgcatcaacaagtcctttt 619  Q
    ||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||    
T  2032699 atggaataagcttggtatcttcttaagtcctgcatcaacaagtcctttt 2032651  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 203; E-Value: 1e-110
Query Start/End: Original strand, 174 - 619
Target Start/End: Complemental strand, 2054346 - 2053898
Alignment:
Q  174 aaacatacctgcatacaacaggaaaatcttgtggtttgggagtatcagg---agccaaggaacaagtacaagtatccctccaattgagtgctggtgagct 270  Q
    |||||||||||||||| |||||||| |||| ||||||| ||||||||||   |||||||  ||||  | || ||||| |||||||||||||||| |||||    
T  2054346 aaacatacctgcataccacaggaaactcttctggtttgagagtatcaggtggagccaagttacaaccaaaactatccttccaattgagtgctggagagct 2054247  T
Q  271 atacaaatcaaaattgcttttgtaaataaatgatccatgcatatctcttgtata-aaactcctttttagcatctgtttccatctcatgaaacctcttcac 369  Q
    ||| | ||||| |||||| ||||||||||| ||||  ||||||||||||||||| |||||  ||||| || ||||| |||   |||| |||||| |||||    
T  2054246 ataaatatcaacattgctattgtaaataaaggatctctgcatatctcttgtatagaaactt-tttttggcttctgtatcctgttcataaaaccttttcac 2054148  T
Q  370 accatccttcatctcctcaagaacgctcaaagggattccatgattgacaacctgnnnnnnnccccaagtttcacatgcttccttgattttgctaacaatc 469  Q
     ||||| |||| |||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||       ||  | ||||||||||||||||||| |||   ||| |||    
T  2054147 cccatcattcaactcctcaagaacactcaaagggattccatgattaacaacctgaaaaaaacctaatgtttcacatgcttccttgactttctcaactatc 2054048  T
Q  470 ccttgatgaatacttggatctttatcatcaatatctttaaggtctacgacaggaataacatggcttgtgttgttggctatctcatatttgtctggttgat 569  Q
    ||||| ||||||||||||||||||| ||||||||| | ||||||||  ||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2054047 ccttggtgaatacttggatctttattatcaatatcatcaaggtctataacaggaataacattgcttgtattgttggctatctcatatttgtctggttgat 2053948  T
Q  570 gatggaataagcttggtatcttctcaactcctgcatcaacaagtcctttt 619  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2053947 gatggaataagcttggtatcttctcaactcctgcatcaacaagtcctttt 2053898  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 181; E-Value: 2e-97
Query Start/End: Original strand, 178 - 619
Target Start/End: Complemental strand, 10767731 - 10767290
Alignment:
Q  178 atacctgcatacaacaggaaaatcttgtggtttgggagtatcaggagccaaggaacaagtacaagtatccctccaattgagtgctggtgagctatacaaa 277  Q
    |||||||||||| ||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||| |||| ||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||| | |    
T  10767731 atacctgcatactacaggaatatcttctggtttgggagtatcaggagccaagtaacatgtaaaagtatccctccaattaagtgctggtgagctataaata 10767632  T
Q  278 tcaaaattgcttttgtaaataaatgatccatgcatatctcttgtataaaactcctttttagcatctgtttccatctcatgaaacctcttcacaccatcct 377  Q
    ||||| || || ||||||||||| |||  |||  ||||||||||||| || || |||||  | ||||| |||  ||||| ||||||||| |||||||| |    
T  10767631 tcaaagttactattgtaaataaaggatttatgtctatctcttgtatacaaatcttttttgacttctgtatcctgctcataaaacctcttaacaccatctt 10767532  T
Q  378 tcatctcctcaagaacgctcaaagggattccatgattgacaacctgnnnnnnnccccaagtttcacatgcttccttgattttgctaacaatcccttgatg 477  Q
    ||| |||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||| ||       ||||| ||||||||||||||||| | ||||  ||||||   ||| ||    
T  10767531 tcaactcctcaagaacactcaaagggattccatgattaacaacttgaaaaaacccccatgtttcacatgcttccttcactttgtcaacaattttttggtg 10767432  T
Q  478 aatacttggatctttatcatcaatatctttaaggtctacgacaggaataacatggcttgtgttgttggctatctcatatttgtctggttgatgatggaat 577  Q
    ||||||||||||||| | ||||||||||  ||| |||| || ||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||| || |||||||||||||||    
T  10767431 aatacttggatctttgttatcaatatctgcaagatctatgataggaataacatggcttgtgttgtaggctaactcatatttatcaggttgatgatggaat 10767332  T
Q  578 aagcttggtatcttctcaactcctgcatcaacaagtcctttt 619  Q
    ||| | || ||||| | || |||| |||||||||||||||||    
T  10767331 aaggtagggatcttgttaagtcctccatcaacaagtcctttt 10767290  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 168; E-Value: 1e-89
Query Start/End: Original strand, 179 - 618
Target Start/End: Complemental strand, 2037149 - 2036707
Alignment:
Q  179 tacctgcatacaacaggaaaatcttgtggtttgggagtatcagg---agccaaggaacaagtacaagtatccctccaattgagtgctggtgagctataca 275  Q
    ||||||||||| |||||||  |||| ||||||  ||||||||||   ||||||| |||||| | ||||||| ||||||||||||||||||| |||||| |    
T  2037149 tacctgcataccacaggaatctcttctggtttaagagtatcaggtggagccaagtaacaagcaaaagtatctctccaattgagtgctggtgggctataaa 2037050  T
Q  276 aatcaaaattgcttttgtaaataaatgatccatgcatatctcttgtataaaactcctttttagcatctgtttccatctcatgaaacctcttcacaccatc 375  Q
     |||| ||||||| ||||||||||| |||| || |||||||||||||||||| || |||||  | ||||| ||    |||| |||||| ||||| |||||    
T  2037049 tatcataattgctattgtaaataaaagatctattcatatctcttgtataaaaatcttttttgacttctgtgtcttgttcataaaaccttttcaccccatc 2036950  T
Q  376 cttcatctcctcaagaacgctcaaagggattccatgattgacaacctgnnnnnnnccccaagtttcacatgcttccttgattttgctaacaatcccttga 475  Q
     |||| |||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||       ||  | ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||     
T  2036949 tttcaactcctcaagaacactcaaagggattccatgattaacaacctgaaaaaaacctaatgtttcacatgcttccttgattttgccaacaatcccttgg 2036850  T
Q  476 tgaatacttggatctttatcatcaatatctttaaggtctacgacaggaataacatggcttgtgttgttggctatctcatatttgtctggttgatgatgga 575  Q
    | ||||||||||||||||| ||||||||||  ||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||| ||||||  |||||    
T  2036849 taaatacttggatctttattatcaatatctacaagatctatgacaggaataacatggcttgtgttgttggctttctcgtatttgtcaggttgacaatgga 2036750  T
Q  576 ataagcttggtatcttctcaactcctgcatcaacaagtccttt 618  Q
    |||     |||||| ||| || |||| ||||||||||||||||    
T  2036749 atatctcaggtatcctcttaagtcctccatcaacaagtccttt 2036707  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #8
Raw Score: 168; E-Value: 1e-89
Query Start/End: Original strand, 179 - 618
Target Start/End: Complemental strand, 2046526 - 2046084
Alignment:
Q  179 tacctgcatacaacaggaaaatcttgtggtttgggagtatcagg---agccaaggaacaagtacaagtatccctccaattgagtgctggtgagctataca 275  Q
    ||||||||||| |||||||  |||| ||||||| ||||||||||   ||||||| |||||| | ||||||| ||||||||||||||||||| |||||| |    
T  2046526 tacctgcataccacaggaatctcttctggtttgagagtatcaggtggagccaagtaacaagcaaaagtatctctccaattgagtgctggtgggctataaa 2046427  T
Q  276 aatcaaaattgcttttgtaaataaatgatccatgcatatctcttgtataaaactcctttttagcatctgtttccatctcatgaaacctcttcacaccatc 375  Q
     |||| ||||||| ||||||||||| |||| || |||||||||||||||||| || |||||  | ||||| ||    |||| |||||| ||||| |||||    
T  2046426 tatcataattgctattgtaaataaaagatctattcatatctcttgtataaaaatcttttttgacttctgtgtcttgttcataaaaccttttcaccccatc 2046327  T
Q  376 cttcatctcctcaagaacgctcaaagggattccatgattgacaacctgnnnnnnnccccaagtttcacatgcttccttgattttgctaacaatcccttga 475  Q
     |||| |||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||       ||  | ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||     
T  2046326 tttcaactcctcaagaacactcaaagggattccatgattaacaacctgaaaaaaacctaatgtttcacatgcttccttgattttgccaacaatcccttgg 2046227  T
Q  476 tgaatacttggatctttatcatcaatatctttaaggtctacgacaggaataacatggcttgtgttgttggctatctcatatttgtctggttgatgatgga 575  Q
    | ||||||||||||||||| ||||||||||  ||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||  |||||||| ||||||  |||||    
T  2046226 taaatacttggatctttattatcaatatctacaagatctatgacaggaataacatggcttgtgttgttggctttctggtatttgtcaggttgacaatgga 2046127  T
Q  576 ataagcttggtatcttctcaactcctgcatcaacaagtccttt 618  Q
    |||     |||||| ||| || |||| ||||||||||||||||    
T  2046126 atatctcaggtatcctcttaagtcctccatcaacaagtccttt 2046084  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #9
Raw Score: 56; E-Value: 7e-23
Query Start/End: Original strand, 194 - 305
Target Start/End: Complemental strand, 2057280 - 2057169
Alignment:
Q  194 ggaaaatcttgtggtttgggagtatcaggagccaaggaacaagtacaagtatccctccaattgagtgctggtgagctatacaaatcaaaattgcttttgt 293  Q
    |||||||||| |||||| |||||||||||||||||| ||||| || || ||||||||||||||||||| || |||||||| | ||||| |||||| ||||    
T  2057280 ggaaaatcttctggttttggagtatcaggagccaagtaacaactaaaactatccctccaattgagtgccggagagctataaatatcaacattgctattgt 2057181  T
Q  294 aaataaatgatc 305  Q
    ||| ||| ||||    
T  2057180 aaacaaaggatc 2057169  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 122; Significance: 3e-62; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 122; E-Value: 3e-62
Query Start/End: Original strand, 174 - 619
Target Start/End: Original strand, 48908694 - 48909142
Alignment:
Q  174 aaacatacctgcatacaacaggaaaatcttgtggtttgggagtatcaggagccaaggaacaagtacaagtatccctccaattgagtgctggtgagctata 273  Q
    |||||||||||||||| | ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||| || ||||||||||||||||||| ||||||||| || |    
T  48908694 aaacatacctgcatactagaggaaaatcttctggtttgggagtatcaggagccaagaaacaaataaaagtatccctccaattgagcgctggtgagttaga 48908793  T
Q  274 caa---atcaaaattgcttttgtaaataaatgatccatgcatatctcttgtataaaactcctttttagcatctgtttccatctcatgaaacctcttcaca 370  Q
    |||   | ||| ||| || || ||| |||| | ||| | |  |||| ||||||| || || |||||  | ||||  |||  ||||||||| ||||| | |    
T  48908794 caacccaccaatattactattataagtaaagggtcccttcggatctgttgtatacaaatctttttttacttctggatcctgctcatgaaatctcttaata 48908893  T
Q  371 ccatccttcatctcctcaagaacgctcaaagggattccatgattgacaacctgnnnnnnnccccaagtttcacatgcttccttgattttgctaacaatcc 470  Q
    ||||| ||||  |||||||||| | ||||||||||||||||||| ||||||||       ||||| |||||||||||||| || | ||||  || |||      
T  48908894 ccatctttcaattcctcaagaatgttcaaagggattccatgattaacaacctgaaaaaaaccccatgtttcacatgcttctttcaatttgtcaataattt 48908993  T
Q  471 cttgatgaatacttggatctttatcatcaatatctttaaggtctacgacaggaataacatggcttgtgttgttggctatctcatatttgtctggttgatg 570  Q
     ||| |||||| |||||||||| | |||||| |||  |||||||| || ||||| ||||||||   |||||| ||||||||||| |||||||||||||||    
T  48908994 tttggtgaataattggatctttgttatcaatgtctgcaaggtctatgataggaagaacatggcaattgttgtaggctatctcatttttgtctggttgatg 48909093  T
Q  571 atggaataagcttggtatcttctcaactcctgcatcaacaagtcctttt 619  Q
    |||||| |||||||| ||||||| ||  ||| ||||||||| |||||||    
T  48909094 atggaaaaagcttgggatcttcttaataccttcatcaacaaatcctttt 48909142  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 43; Significance: 0.000000000000004; HSPs: 4)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000004
Query Start/End: Original strand, 200 - 294
Target Start/End: Original strand, 28786134 - 28786228
Alignment:
Q  200 tcttgtggtttgggagtatcaggagccaaggaacaagtacaagtatccctccaattgagtgctggtgagctatacaaatcaaaattgcttttgta 294  Q
    ||||||||||| |||| || |||||||||||||||   | |||||||||||||||||||||||| ||| ||||| | || ||||||||| |||||    
T  28786134 tcttgtggtttaggagcattaggagccaaggaacacacaaaagtatccctccaattgagtgctgatgaactataaagattaaaattgctattgta 28786228  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000006
Query Start/End: Original strand, 240 - 288
Target Start/End: Original strand, 28713345 - 28713393
Alignment:
Q  240 aagtatccctccaattgagtgctggtgagctatacaaatcaaaattgct 288  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  28713345 aagtatccctccaattaagtgctggtgatctatacaaatcaaaattgct 28713393  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000004
Query Start/End: Original strand, 240 - 285
Target Start/End: Original strand, 28736619 - 28736664
Alignment:
Q  240 aagtatccctccaattgagtgctggtgagctatacaaatcaaaatt 285  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||    
T  28736619 aagtatccctccaattaagtgctggtgaactatacaaatcaaaatt 28736664  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000009
Query Start/End: Original strand, 240 - 285
Target Start/End: Original strand, 28743245 - 28743290
Alignment:
Q  240 aagtatccctccaattgagtgctggtgagctatacaaatcaaaatt 285  Q
    |||||||||||||||| || |||||||| |||||||||||||||||    
T  28743245 aagtatccctccaattaagcgctggtgaactatacaaatcaaaatt 28743290  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University