View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF8971_high_4 (Length: 857)

Name: NF8971_high_4
Description: NF8971
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF8971_high_4
NF8971_high_4
[»] chr4 (17 HSPs)
chr4 (32-848)||(28948426-28949236)
chr4 (32-848)||(22990246-22991047)
chr4 (32-452)||(22714557-22714979)
chr4 (447-848)||(22703070-22703454)
chr4 (27-333)||(22696864-22697172)
chr4 (12-333)||(46956533-46956859)
chr4 (721-843)||(22698733-22698848)
chr4 (721-843)||(22981682-22981797)
chr4 (721-843)||(22995269-22995384)
chr4 (717-800)||(56560508-56560591)
chr4 (12-86)||(28949216-28949290)
chr4 (717-800)||(24036214-24036297)
chr4 (12-86)||(22714959-22715033)
chr4 (12-86)||(22990192-22990266)
chr4 (717-801)||(16565539-16565623)
chr4 (717-801)||(15618844-15618928)
chr4 (751-796)||(52056997-52057042)
[»] scaffold0009 (2 HSPs)
scaffold0009 (32-848)||(200042-200862)
scaffold0009 (12-86)||(200842-200916)
[»] chr7 (4 HSPs)
chr7 (12-416)||(20087585-20087992)
chr7 (717-802)||(37638703-37638788)
chr7 (717-802)||(10372714-10372799)
chr7 (756-801)||(12963342-12963387)
[»] chr8 (7 HSPs)
chr8 (27-333)||(19646298-19646606)
chr8 (721-843)||(19648194-19648309)
chr8 (717-800)||(193387-193470)
chr8 (717-800)||(720991-721074)
chr8 (717-800)||(882098-882181)
chr8 (717-800)||(30983223-30983306)
chr8 (717-800)||(44240122-44240205)
[»] chr1 (8 HSPs)
chr1 (27-333)||(4344211-4344518)
chr1 (721-843)||(4345989-4346104)
chr1 (717-800)||(46407488-46407571)
chr1 (717-800)||(50978939-50979022)
chr1 (724-800)||(35606336-35606412)
chr1 (717-801)||(35569906-35569990)
chr1 (341-416)||(5928144-5928219)
chr1 (759-799)||(50979027-50979067)
[»] chr5 (6 HSPs)
chr5 (27-333)||(22808084-22808392)
chr5 (721-843)||(22809984-22810099)
chr5 (717-800)||(33232457-33232540)
chr5 (717-800)||(7072032-7072115)
chr5 (717-801)||(22481515-22481599)
chr5 (614-660)||(22808657-22808703)
[»] chr2 (7 HSPs)
chr2 (40-333)||(23362369-23362651)
chr2 (721-843)||(23360942-23361058)
chr2 (717-800)||(13895999-13896082)
chr2 (717-800)||(14036616-14036699)
chr2 (717-800)||(14380107-14380190)
chr2 (717-801)||(5916944-5917028)
chr2 (717-801)||(36311597-36311681)
[»] chr3 (4 HSPs)
chr3 (721-839)||(7011653-7011764)
chr3 (717-800)||(51125383-51125466)
chr3 (717-800)||(52692542-52692625)
chr3 (744-801)||(16246819-16246876)
[»] chr6 (4 HSPs)
chr6 (717-800)||(21515703-21515786)
chr6 (717-800)||(30019220-30019303)
chr6 (717-801)||(16547456-16547540)
chr6 (724-802)||(17830767-17830845)
[»] scaffold0394 (1 HSPs)
scaffold0394 (724-795)||(6607-6678)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 625; Significance: 0; HSPs: 17)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 625; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 32 - 848
Target Start/End: Complemental strand, 28949236 - 28948426
Alignment:
Q  32 taagctaggaagtactatgaattaagaagtaatctaagc--taggatgtactatgaagtattgttatgtttagtctttaatgttgtaatgttccgttgtc 129  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |   ||  |   ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28949236 taagctaggatgtactatgaattaagaagtaatctaggaagtaatagtaactatgaagtactgttatgtttagtctttaatgttgtaatgttccgttgtc 28949137  T
Q  130 tttaaattaagaagtaatctaggaagtacctgtaactatgaagtactgttatgttttgcctttcaattaggaagtaatctaagaagtgctagtaactatg 229  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  28949136 tttaaattaagaagtaatctaggaagtacctgtaactatgaagtactgttatgttttgcctttcaattaggaagtaatctaaaaagtgctagtaactatg 28949037  T
Q  230 aagtactcttatgaagtaccagtaacttatgtaatgtttctatcccttaacgaaagcttatgttgtgtgataattatgctcgtatttttggttcacttat 329  Q
    ||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28949036 aagtactcttatgaagtacaaataacttatgtaatgtttctatcccttaatgaaagcttatgttgtgtgataattatgctcgtatttttggttcacttat 28948937  T
Q  330 gttgnnnnnnngcttcggatttgttgttctcttatcctccataaactctatatttcagttttaactagttatatataagctatatttgcaatgccatgat 429  Q
    ||||       |||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  28948936 gttgtttttttgcttcggatttgttgttcacttatcctccttaaactctatatttcagttttaactagttatatataagctatatttgtaatgccatgat 28948837  T
Q  430 ttcttatgttttttgtgacattcaaagcatgtttcttatggttttgcggctggtttggttgcgacttcaggtgctgttcctggcctgctaacctgctacg 529  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  28948836 ttcttatgttttttgtgacattcaaagcatgtttcttatggttttgcggctggtttggttgcggcttcagctgctgttcctggcctgctaacctgctacg 28948737  T
Q  530 gctgggggtagttttttggccaagggcctggttggtttttgttgtctctgtaattgctttctagactttctaggcnnnnnnnnatgttaactggactgcc 629  Q
    | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||         |||||||||||||||||    
T  28948736 gttgggggtagttttttggccaagggcctggttggttttgtttgtctctgtaattgctttctagactttctagg-atttttttatgttaactggactgcc 28948638  T
Q  630 tcttccttctggtgtttcggtttgcagacatcagttgggcaaacatgtttaaggtgcactcaagtttcaatatttcatcgtcttcagtaatgaggtattt 729  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||     
T  28948637 tcttccttctggtgtttcggtttgcaaacatcagttgggcaaacatgtttaaggtgcactcaagtttcaatatttcatcgtcttcaataatgaggtattc 28948538  T
Q  730 aattattatcacttaagtgtaaggtgcacaatagaaagaacttttggtgtatggaagaatagatttgcaatttgcaattctacgacgcatgcctaaattc 829  Q
    ||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||       |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28948537 aattattatcactcaagtttaaggtgcacaatagaaagaacttttggtgtatggaagaatag-------atttgcaattctacgacgcatgcctaaattc 28948445  T
Q  830 acaattaagacacaggttc 848  Q
    |||||||||||||||||||    
T  28948444 acaattaagacacaggttc 28948426  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 621; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 32 - 848
Target Start/End: Original strand, 22990246 - 22991047
Alignment:
Q  32 taagctaggaagtactatgaattaagaagtaatctaagctaggat--gta-ctatgaagtattgttatgtttagtctttaatgttgtaatgttccgttgt 128  Q
    |||| ||||| ||||||||||||||||||||||||| |  || ||  ||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22990246 taagataggatgtactatgaattaagaagtaatctagga-agtattagtaactatgaagtactgttatgtttagtctttaatgttgtaatgttccgttgt 22990344  T
Q  129 ctttaaattaagaagtaatctaggaagtacctgtaactatgaagtactgttatgttttgcctttcaattaggaagtaatctaagaagtgctagtaactat 228  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22990345 ctttaaattaagaagtaatctaggaagtacctgtaactatgaagtactgttatgttttgcctttcaattaggaagtaatctaagaagtgctagtaactat 22990444  T
Q  229 gaagtactcttatgaagtaccagtaacttatgtaatgtttctatcccttaacgaaagcttatgttgtgtgataattatgctcgtatttttggttcactta 328  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22990445 gaagtactcttatgaagtaccagtaacttatgtaatgtttctatcccttaatgaaagcttatgttgtgtgataattatgctcgtatttttggttcactta 22990544  T
Q  329 tgttgnnnnnnngcttcggatttgttgttctcttatcctccataaactctatatttcagttttaactagttatatataagctatatttgcaatgccatga 428  Q
    | |||       |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22990545 ttttgtttttttgcttcggatttgttgttcacttatcctccataaactctatatttcagttttaactagttatatataagctatatttgcaatgccatga 22990644  T
Q  429 tttcttatgttttttgtgacattcaaagcatgtttcttatggttttgcggctggtttggttgcgacttcaggtgctgttcctggcctgctaacctgctac 528  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22990645 tttcttatgttttttgtaacattcaaagcatgtttcttatggttttgcggctggtttggttgcggcttcaggtgctgttcctggcctgctaacctgctac 22990744  T
Q  529 ggctgggggtagttttttggccaagggcctggttggtttttgttgtctctgtaattgctttctagactttctaggcnnnnnnnnatgttaactggactgc 628  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||| |            ||||||||||||||||    
T  22990745 ggctgggggtagttttttggccaagggtctggttggtttttgttgtctctgtagttgctttctaggcttttt----------ttatgttaactggactgc 22990834  T
Q  629 ctcttccttctggtgtttcggtttgcagacatcagttgggcaaacatgtttaaggtgcactcaagtttcaatatttcatcgtcttcagtaatgaggtatt 728  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  22990835 ctcttccttctggtgtttcggtttgcagacatcagttgggcaaacatgtttaaggtgcactcaagtttcaatatttcatcgtcttcaataatgaggtatt 22990934  T
Q  729 taattattatcacttaagtgtaaggtgcacaatagaaagaacttttggtgtatggaagaatagatttgcaatttgcaattctacgacgcatgcctaaatt 828  Q
     ||||||||||||| |||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||       ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22990935 caattattatcactcaagtttaaggtgcccaatagaaagaacttttggtgtatggaagaatag-------atttgcaattctacgacgcatgcctaaatt 22991027  T
Q  829 cacaattaagacacaggttc 848  Q
    |||||||| |||||||||||    
T  22991028 cacaattatgacacaggttc 22991047  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 332; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 32 - 452
Target Start/End: Complemental strand, 22714979 - 22714557
Alignment:
Q  32 taagctaggaagtactatgaattaagaagtaatctaagctaggat--gta-ctatgaagtattgttatgtttagtctttaatgttgtaatgttccgttgt 128  Q
    |||| ||||| ||||||||||||||||||||||||| |  || ||  ||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22714979 taagataggatgtactatgaattaagaagtaatctagga-agtattagtaactatgaagtactgttatgtttagtctttaatgttgtaatgttccgttgt 22714881  T
Q  129 ctttaaattaagaagtaatctaggaagtacctgtaactatgaagtactgttatgttttgcctttcaattaggaagtaatctaagaagtgctagtaactat 228  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  22714880 ctttaaattaagaagtaatctaggaagtacctgtaactatgaagtactgttatgttttgcctttcaattaggaagtaatctaaaaagtgctagtaactat 22714781  T
Q  229 gaagtactcttatgaagtaccagtaacttatgtaatgtttctatcccttaacgaaagcttatgttgtgtgataattatgctcgtatttttggttcactta 328  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22714780 gaagtactcttatgaagtaccagtaacttatgtaatgtttctatcccttaatgaaagcttatgttgtgtgataattatgctcgtatttttggttcactta 22714681  T
Q  329 tgttgnnnnnnngcttcggatttgttgttctcttatcctccataaactctatatttcagttttaactagttatatataagctatatttgcaatgccatga 428  Q
    | |||       |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22714680 ttttgtttttttgcttcggatttgttgttcacttatcctccataaactctatatttcagttttaactagttatatataagctatatttgcaatgccatga 22714581  T
Q  429 tttcttatgttttttgtgacattc 452  Q
    ||||||||||||||||| ||||||    
T  22714580 tttcttatgttttttgtaacattc 22714557  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 291; E-Value: 1e-163
Query Start/End: Original strand, 447 - 848
Target Start/End: Complemental strand, 22703454 - 22703070
Alignment:
Q  447 acattcaaagcatgtttcttatggttttgcggctggtttggttgcgacttcaggtgctgttcctggcctgctaacctgctacggctgggggtagtttttt 546  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22703454 acattcaaagcatgtttcttatggttttgcggctggtttggttgcggcttcaggtgctgttcctggcctgctaacctgctacggctgggggtagtttttt 22703355  T
Q  547 ggccaagggcctggttggtttttgttgtctctgtaattgctttctagactttctaggcnnnnnnnnatgttaactggactgcctcttccttctggtgttt 646  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||| |            ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22703354 ggccaagggtctggttggtttttgttgtctctgtagttgctttctaggcttttt----------ttatgttaactggactgcctcttccttctggtgttt 22703265  T
Q  647 cggtttgcagacatcagttgggcaaacatgtttaaggtgcactcaagtttcaatatttcatcgtcttcagtaatgaggtatttaattattatcacttaag 746  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||| |||    
T  22703264 cggtttgcagacatcagttgggcaaacatgtttaaggtgcactcaagtttcaatatttcatcgtcttcaataatgaggtattcaattattatcactcaag 22703165  T
Q  747 tgtaaggtgcacaatagaaagaacttttggtgtatggaagaatagatttgcaatttgcaattctacgacgcatgcctaaattcacaattaagacacaggt 846  Q
    | |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||       |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  22703164 tttaaggtgcccaatagaaagaacttttggtgtatggaagaatagatttgc-------aattctacgacgcatgcctaaattcacaattatgacacaggt 22703072  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 206; E-Value: 1e-112
Query Start/End: Original strand, 27 - 333
Target Start/End: Original strand, 22696864 - 22697172
Alignment:
Q  27 ggaagtaagctaggaagtactatgaattaagaagtaatctaagc--taggatgtactatgaagtattgttatgtttagtctttaatgttgtaatgttccg 124  Q
    |||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |   ||  |   ||||||||||| | || |||||||||||||||||||||||| || |    
T  22696864 ggaattaacctaggaagtactatgaattaagaagtaatctacgaagtactagtaactatgaagtactattttgtttagtctttaatgttgtaatgctctg 22696963  T
Q  125 ttgtctttaaattaagaagtaatctaggaagtacctgtaactatgaagtactgttatgttttgcctttcaattaggaagtaatctaagaagtgctagtaa 224  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  22696964 ttgtctttaaattaagaagtaatctaggaagtaccggtaactttgaagtactgttatgtttttcctttcaattaggaagtaatctaagaagtggtagtaa 22697063  T
Q  225 ctatgaagtactcttatgaagtaccagtaacttatgtaatgtttctatcccttaacgaaagcttatgttgtgtgataattatgctcgtatttttggttca 324  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||  ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  22697064 ctatgaagtactcttatgaagtactagtaacttatgtaatgtttctatcccttaatgaagacttatgttgtgtgataattatgctcgtatttatggttca 22697163  T
Q  325 cttatgttg 333  Q
    |||||||||    
T  22697164 cttatgttg 22697172  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 206; E-Value: 1e-112
Query Start/End: Original strand, 12 - 333
Target Start/End: Original strand, 46956533 - 46956859
Alignment:
Q  12 gaacctgtgtgactaggaagtaagctaggaagtactatgaattaagaagtaatctaagc--taggatgtactatgaagtattgttatgtt---tagtctt 106  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |   ||  |   ||||||||| | |||||| ||   |||||||    
T  46956533 gaacctgtgtgactaggaagtaagctagaaagtactatgaattaagaagtaatctaggaagtactagtaactatgaagcactgttatattatttagtctt 46956632  T
Q  107 taatgttgtaatgttccgttgtctttaaattaagaagtaatctaggaagtacctgtaactatgaagtactgttatgttttgcctttcaattaggaagtaa 206  Q
    ||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  46956633 taatgttgtaatgttccattatctttaaattaagaagtaatctaggaagtactagtaactatcaagtactgttatgttttgccttttaattaggaagtaa 46956732  T
Q  207 tctaagaagtgctagtaactatgaagtactcttatgaagtaccagtaacttatgtaatgtttctatcccttaacgaaagcttatgttgtgtgataattat 306  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||| ||| ||||||||||||||||||||||    
T  46956733 tctaagaagtgctagtaactatgaagtactattatgaagtactagtaacttatgtaatgtttctataccttaatgaaggcttatgttgtgtgataattat 46956832  T
Q  307 gctcgtatttttggttcacttatgttg 333  Q
    ||| |||||||| ||||||||||||||    
T  46956833 gcttgtattttttgttcacttatgttg 46956859  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 85; E-Value: 5e-40
Query Start/End: Original strand, 721 - 843
Target Start/End: Original strand, 22698733 - 22698848
Alignment:
Q  721 gaggtatttaattattatcacttaagtgtaaggtgcacaatagaaagaacttttggtgtatggaagaatagatttgcaatttgcaattctacgacgcatg 820  Q
    |||||||| ||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||       ||||||||||||||||||||||    
T  22698733 gaggtattcaattattatcactcaagtttaaggtgcacaatagaaagaacttttggtgtatggaagaatag-------atttgcaattctacgacgcatg 22698825  T
Q  821 cctaaattcacaattaagacaca 843  Q
    |||||||||||||||||||||||    
T  22698826 cctaaattcacaattaagacaca 22698848  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 85; E-Value: 5e-40
Query Start/End: Original strand, 721 - 843
Target Start/End: Complemental strand, 22981797 - 22981682
Alignment:
Q  721 gaggtatttaattattatcacttaagtgtaaggtgcacaatagaaagaacttttggtgtatggaagaatagatttgcaatttgcaattctacgacgcatg 820  Q
    |||||||| ||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||       ||||||||||||||||    
T  22981797 gaggtattcaattattatcactcaagtttaaggtgcacaatagaaagaacttttggtgtatggaagaatagatttgc-------aattctacgacgcatg 22981705  T
Q  821 cctaaattcacaattaagacaca 843  Q
    |||||||||||||||||||||||    
T  22981704 cctaaattcacaattaagacaca 22981682  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 85; E-Value: 5e-40
Query Start/End: Original strand, 721 - 843
Target Start/End: Complemental strand, 22995384 - 22995269
Alignment:
Q  721 gaggtatttaattattatcacttaagtgtaaggtgcacaatagaaagaacttttggtgtatggaagaatagatttgcaatttgcaattctacgacgcatg 820  Q
    |||||||| ||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||       ||||||||||||||||    
T  22995384 gaggtattcaattattatcactcaagtttaaggtgcacaatagaaagaacttttggtgtatggaagaatagatttgc-------aattctacgacgcatg 22995292  T
Q  821 cctaaattcacaattaagacaca 843  Q
    |||||||||||||||||||||||    
T  22995291 cctaaattcacaattaagacaca 22995269  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #10
Raw Score: 64; E-Value: 2e-27
Query Start/End: Original strand, 717 - 800
Target Start/End: Original strand, 56560508 - 56560591
Alignment:
Q  717 taatgaggtatttaattattatcacttaagtgtaaggtgcacaatagaaagaacttttggtgtatggaagaatagatttgcaat 800  Q
    |||||| ||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||    
T  56560508 taatgaagtatttaattattatcactcaagtttaaggtgcacaatagaaagaacttttggggtatggaagaacagatttgcaat 56560591  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #11
Raw Score: 63; E-Value: 6e-27
Query Start/End: Original strand, 12 - 86
Target Start/End: Complemental strand, 28949290 - 28949216
Alignment:
Q  12 gaacctgtgtgactaggaagtaagctaggaagtactatgaattaagaagtaatctaagctaggatgtactatgaa 86  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  28949290 gaacctatgtgactaggaagtaagctaggaagtactatgagttaagaagcaatctaagctaggatgtactatgaa 28949216  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #12
Raw Score: 60; E-Value: 4e-25
Query Start/End: Original strand, 717 - 800
Target Start/End: Complemental strand, 24036297 - 24036214
Alignment:
Q  717 taatgaggtatttaattattatcacttaagtgtaaggtgcacaatagaaagaacttttggtgtatggaagaatagatttgcaat 800  Q
    |||||| |||||||||||||||||||  ||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||    
T  24036297 taatgaagtatttaattattatcactctagtttaaggtgcacaatagaaagaacttttggggtatggaagaacagatttgcaat 24036214  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #13
Raw Score: 59; E-Value: 2e-24
Query Start/End: Original strand, 12 - 86
Target Start/End: Complemental strand, 22715033 - 22714959
Alignment:
Q  12 gaacctgtgtgactaggaagtaagctaggaagtactatgaattaagaagtaatctaagctaggatgtactatgaa 86  Q
    |||||| ||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  22715033 gaacctctgtgattaggaagtaagttaggaagtactatgaattaagaagtaatctaagataggatgtactatgaa 22714959  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #14
Raw Score: 59; E-Value: 2e-24
Query Start/End: Original strand, 12 - 86
Target Start/End: Original strand, 22990192 - 22990266
Alignment:
Q  12 gaacctgtgtgactaggaagtaagctaggaagtactatgaattaagaagtaatctaagctaggatgtactatgaa 86  Q
    |||||| ||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  22990192 gaacctctgtgattaggaagtaagttaggaagtactatgaattaagaagtaatctaagataggatgtactatgaa 22990266  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #15
Raw Score: 49; E-Value: 1e-18
Query Start/End: Original strand, 717 - 801
Target Start/End: Original strand, 16565539 - 16565623
Alignment:
Q  717 taatgaggtatttaattattatcacttaagtgtaaggtgcacaatagaaagaacttttggtgtatggaagaatagatttgcaatt 801  Q
    |||||| ||| | ||||| ||||||| |||| |||| |||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  16565539 taatgaagtaatcaattactatcactcaagtttaagatgcacaattgaaagaacttttggggtatggaagaatagatttgcaatt 16565623  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #16
Raw Score: 45; E-Value: 3e-16
Query Start/End: Original strand, 717 - 801
Target Start/End: Original strand, 15618844 - 15618928
Alignment:
Q  717 taatgaggtatttaattattatcacttaagtgtaaggtgcacaatagaaagaacttttggtgtatggaagaatagatttgcaatt 801  Q
    |||||| ||||| ||||| ||||||| |||| || | |||||||| |||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  15618844 taatgaagtattcaattactatcactcaagtttaggatgcacaattgaaaaaacttttggggtatggaagaatagatttgcaatt 15618928  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #17
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 751 - 796
Target Start/End: Complemental strand, 52057042 - 52056997
Alignment:
Q  751 aggtgcacaatagaaagaacttttggtgtatggaagaatagatttg 796  Q
    |||||||||||||||| ||||||| | ||||||||||| |||||||    
T  52057042 aggtgcacaatagaaataacttttagggtatggaagaacagatttg 52056997  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0009 (Bit Score: 603; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: scaffold0009
Description:

Target: scaffold0009; HSP #1
Raw Score: 603; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 32 - 848
Target Start/End: Complemental strand, 200862 - 200042
Alignment:
Q  32 taagctaggaagtactatgaattaagaagtaatctaagc--taggatgtactatgaagtattgttatgtttagtctttaatgttgtaatgttccgttgtc 129  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |   ||  |   ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  200862 taagctaggatgtactatgaattaagaagtaatctaggaagtaatagtaactatgaagtactgttatgtttagtctttaatgttgtaatgttccgttgtc 200763  T
Q  130 tttaaattaagaagtaatctaggaagtacctgtaactatgaagtact----------gttatgttttgcctttcaattaggaagtaatctaagaagtgct 219  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||          |||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  200762 tttaaattaagaagtaatctaggaagtacctgtaactatgaagtactatgaagtactgttatgtttttcctttcaattaggaattaatctaagaagtgct 200663  T
Q  220 agtaactatgaagtactcttatgaagtaccagtaacttatgtaatgtttctatcccttaacgaaagcttatgttgtgtgataattatgctcgtatttttg 319  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  200662 agtaactatgaagtactcttatgaagtaccagtaacttatgtaatgtttctatcccttaatgaaagcttatgttgtgtgataattatgctcgtatttttg 200563  T
Q  320 gttcacttatgttgnnnnnnngcttcggatttgttgttctcttatcctccataaactctatatttcagttttaactagttatatataagctatatttgca 419  Q
    |||||||||| |||       |||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  200562 gttcacttattttgtttttttgcttcggatttgttgttcacttatcctccataaactatatatttcagttttaactagttatatataagctatatttgca 200463  T
Q  420 atgccatgatttcttatgttttttgtgacattcaaagcatgtttcttatggttttgcggctggtttggttgcgacttcaggtgctgttcctggcctgcta 519  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||    
T  200462 atgccatgatttcttatgttttttgtaacattcaaagcatgtttcttatggttttgcggctggtttggttgcagcttcaggtgctgttcctggcctgcta 200363  T
Q  520 acctgctacggctgggggtagttttttggccaagggcctggttggtttttgttgtctctgtaattgctttctagactttctaggcnnnnnnnnatgttaa 619  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||        |||||||    
T  200362 acctgctacggctgggggtagttttttggccaagggtctggttggtttttgttgtctctgtagttgctttctagactttctaggc-tttttttatgttaa 200264  T
Q  620 ctggactgcctcttccttctggtgtttcggtttgcagacatcagttgggcaaacatgtttaaggtgcactcaagtttcaatatttcatcgtcttcagtaa 719  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  200263 ctggactgcctcttccttctggtgtttcggtttgcagacatcagttgggcaaacatgtttaaggtgcactcaagtttcaatatttcatcgtcttcaataa 200164  T
Q  720 tgaggtatttaattattatcacttaagtgtaaggtgcacaatagaaagaacttttggtgtatggaagaatagatttgcaatttgcaattctacgacgcat 819  Q
    ||||||||| ||||||||||||| |||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||       |||||||||||||||||||||    
T  200163 tgaggtattcaattattatcactcaagtttaaggtgcccaatagaaagaacttttggtgtatggaagaatag-------atttgcaattctacgacgcat 200071  T
Q  820 gcctaaattcacaattaagacacaggttc 848  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||    
T  200070 gcctaaattcacaattatgacacaggttc 200042  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0009; HSP #2
Raw Score: 67; E-Value: 3e-29
Query Start/End: Original strand, 12 - 86
Target Start/End: Complemental strand, 200916 - 200842
Alignment:
Q  12 gaacctgtgtgactaggaagtaagctaggaagtactatgaattaagaagtaatctaagctaggatgtactatgaa 86  Q
    |||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  200916 gaacctctgtgattaggaagtaagctaggaagtactatgaattaagaagtaatctaagctaggatgtactatgaa 200842  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 240; Significance: 1e-132; HSPs: 4)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 240; E-Value: 1e-132
Query Start/End: Original strand, 12 - 416
Target Start/End: Original strand, 20087585 - 20087992
Alignment:
Q  12 gaacctgtgtgactaggaagtaagctaggaagtactatgaattaagaagtaatctaagc--taggatgtactatgaagtattgttatgtttagtctttaa 109  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||| |   ||  |   ||||||||||| |||||| ||||||||||||    
T  20087585 gaacttgtgtgactaggaagtaagctaggaagtcttatgaattaagaagtaatctaggaagtactagtaactatgaagtactgttatatttagtctttaa 20087684  T
Q  110 tgttgtaatgttccgttgtctttaaattaagaagtaatctaggaagtacctgtaactatgaagtactgttatgttttgcctttcaattaggaagtaatct 209  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  20087685 tgttgtaatgttccgttatctttaaattaagaagtaatctagaaagtactagtaactatgaagtactgttatgttttgccttttaattaggaagtaatct 20087784  T
Q  210 aagaagtgctagtaactatgaagtactcttatgaagtaccagtaacttatgtaatgtttctatcccttaacgaaagcttatgttgtgtgataattatgct 309  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||  ||||||||||||||||||||||||    
T  20087785 aagaagtactagtaactatgaagtactattatgaagtactagtaacttatgtaatgtttctatcccttaatgaagacttatgttgtgtgataattatgct 20087884  T
Q  310 cgtatttttggttcacttatgttg-nnnnnnngcttcggatttgttgttctcttatcctccataaactctatatttcagttttaactagttatatataag 408  Q
     |||||||||||||||||||||||         |||| |||||||||||| | | |||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  20087885 tgtatttttggttcacttatgttgttttttttccttcagatttgttgttcacctgtcctccataagctctatatttcagttttaactggttatatataag 20087984  T
Q  409 ctatattt 416  Q
    || |||||    
T  20087985 ctctattt 20087992  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 58; E-Value: 6e-24
Query Start/End: Original strand, 717 - 802
Target Start/End: Original strand, 37638703 - 37638788
Alignment:
Q  717 taatgaggtatttaattattatcacttaagtgtaaggtgcacaatagaaagaacttttggtgtatggaagaatagatttgcaattt 802  Q
    |||||| ||||| ||||| ||||||| |||| |||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37638703 taatgaagtattcaattactatcactcaagtttaagatgcacaattgaaagaacttttggtgtatggaagaatagatttgcaattt 37638788  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 46; E-Value: 9e-17
Query Start/End: Original strand, 717 - 802
Target Start/End: Complemental strand, 10372799 - 10372714
Alignment:
Q  717 taatgaggtatttaattattatcacttaagtgtaaggtgcacaatagaaagaacttttggtgtatggaagaatagatttgcaattt 802  Q
    |||||| |||||  |||| || |||| |||| |||| |||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  10372799 taatgaagtattcgattactaccactcaagtttaagatgcacaattgaaagaacttttggggtatggaagaatagatttgcaattt 10372714  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000005
Query Start/End: Original strand, 756 - 801
Target Start/End: Original strand, 12963342 - 12963387
Alignment:
Q  756 cacaatagaaagaacttttggtgtatggaagaatagatttgcaatt 801  Q
    |||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  12963342 cacaattgaaagaacttttggggtatggaagaatagatttgcaatt 12963387  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 210; Significance: 1e-114; HSPs: 7)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 210; E-Value: 1e-114
Query Start/End: Original strand, 27 - 333
Target Start/End: Original strand, 19646298 - 19646606
Alignment:
Q  27 ggaagtaagctaggaagtactatgaattaagaagtaatctaagc--taggatgtactatgaagtattgttatgtttagtctttaatgttgtaatgttccg 124  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |   ||  |   ||||||||||| | ||||||||| |||||||||||||||||||| |    
T  19646298 ggaattaagctaggaagtactatgaattaagaagtaatctacgaagtactagtaactatgaagtactcttatgtttaatctttaatgttgtaatgttctg 19646397  T
Q  125 ttgtctttaaattaagaagtaatctaggaagtacctgtaactatgaagtactgttatgttttgcctttcaattaggaagtaatctaagaagtgctagtaa 224  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  19646398 ttgtctttaaattaagaagtaatctaggaagtaccggtaactttgaagtattgttatgtttttcctttcaattaggaagtaatctaagaagtggtagtaa 19646497  T
Q  225 ctatgaagtactcttatgaagtaccagtaacttatgtaatgtttctatcccttaacgaaagcttatgttgtgtgataattatgctcgtatttttggttca 324  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||  |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  19646498 ctatgaagtactcttatgaagtaccagtaacttatgtaatatttctatcccttaatgaagacttatgttgtgtgataattatgcttgtatttttggttca 19646597  T
Q  325 cttatgttg 333  Q
    |||||||||    
T  19646598 cttatgttg 19646606  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 85; E-Value: 5e-40
Query Start/End: Original strand, 721 - 843
Target Start/End: Original strand, 19648194 - 19648309
Alignment:
Q  721 gaggtatttaattattatcacttaagtgtaaggtgcacaatagaaagaacttttggtgtatggaagaatagatttgcaatttgcaattctacgacgcatg 820  Q
    |||||||| ||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||       ||||||||||||||||||||||    
T  19648194 gaggtattcaattattatcactcaagtttaaggtgcacaatagaaagaacttttggtgtatggaagaatag-------atttgcaattctacgacgcatg 19648286  T
Q  821 cctaaattcacaattaagacaca 843  Q
    |||||||||||||||||||||||    
T  19648287 cctaaattcacaattaagacaca 19648309  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 60; E-Value: 4e-25
Query Start/End: Original strand, 717 - 800
Target Start/End: Original strand, 193387 - 193470
Alignment:
Q  717 taatgaggtatttaattattatcacttaagtgtaaggtgcacaatagaaagaacttttggtgtatggaagaatagatttgcaat 800  Q
    |||||| |||||||||||||||||||  ||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||    
T  193387 taatgaagtatttaattattatcactctagtttaaggtgcacaatagaaagaacttttggggtatggaagaacagatttgcaat 193470  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 60; E-Value: 4e-25
Query Start/End: Original strand, 717 - 800
Target Start/End: Original strand, 720991 - 721074
Alignment:
Q  717 taatgaggtatttaattattatcacttaagtgtaaggtgcacaatagaaagaacttttggtgtatggaagaatagatttgcaat 800  Q
    |||||| |||||||||||||||||||  ||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||    
T  720991 taatgaagtatttaattattatcactctagtttaaggtgcacaatagaaagaacttttggggtatggaagaacagatttgcaat 721074  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 60; E-Value: 4e-25
Query Start/End: Original strand, 717 - 800
Target Start/End: Original strand, 882098 - 882181
Alignment:
Q  717 taatgaggtatttaattattatcacttaagtgtaaggtgcacaatagaaagaacttttggtgtatggaagaatagatttgcaat 800  Q
    |||||| |||||||||||||||||||  ||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||    
T  882098 taatgaagtatttaattattatcactctagtttaaggtgcacaatagaaagaacttttggggtatggaagaacagatttgcaat 882181  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 60; E-Value: 4e-25
Query Start/End: Original strand, 717 - 800
Target Start/End: Complemental strand, 30983306 - 30983223
Alignment:
Q  717 taatgaggtatttaattattatcacttaagtgtaaggtgcacaatagaaagaacttttggtgtatggaagaatagatttgcaat 800  Q
    |||||| |||||||||||||||||||  ||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||    
T  30983306 taatgaagtatttaattattatcactctagtttaaggtgcacaatagaaagaacttttggggtatggaagaacagatttgcaat 30983223  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 52; E-Value: 2e-20
Query Start/End: Original strand, 717 - 800
Target Start/End: Original strand, 44240122 - 44240205
Alignment:
Q  717 taatgaggtatttaattattatcacttaagtgtaaggtgcacaatagaaagaacttttggtgtatggaagaatagatttgcaat 800  Q
    |||||| ||||||||||||||||||| |||| |||| | ||||||||||||||||||||| ||||||||||| | |||||||||    
T  44240122 taatgaagtatttaattattatcactcaagtttaagatacacaatagaaagaacttttggggtatggaagaacatatttgcaat 44240205  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 206; Significance: 1e-112; HSPs: 8)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 206; E-Value: 1e-112
Query Start/End: Original strand, 27 - 333
Target Start/End: Original strand, 4344211 - 4344518
Alignment:
Q  27 ggaagtaagctaggaagtactatgaattaagaagtaatctaagc--taggatgtactatgaagtattgttatgtttagtctttaatgttgtaatgttccg 124  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |   ||  |   ||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||| ||    
T  4344211 ggaattaagctaggaagtactatgaattaagaagtaatctacgaagtactagtaactatgaagtactgttatgtttagtctttaatgtt-taatgtttcg 4344309  T
Q  125 ttgtctttaaattaagaagtaatctaggaagtacctgtaactatgaagtactgttatgttttgcctttcaattaggaagtaatctaagaagtgctagtaa 224  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  4344310 ttgtctttaaattaagaagtaatctaggaagtaccagtaactttgaagtattgttatgtttttcctttcaattaggaagtaatctaagaagtggtagtaa 4344409  T
Q  225 ctatgaagtactcttatgaagtaccagtaacttatgtaatgtttctatcccttaacgaaagcttatgttgtgtgataattatgctcgtatttttggttca 324  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||  |||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||    
T  4344410 ctatgaagtactcttatgaagtactagtaacttatgtaatgtttctatcccttaatgaagacttatgttgtgtgataattatgcttgtattttttgttca 4344509  T
Q  325 cttatgttg 333  Q
    |||||||||    
T  4344510 cttatgttg 4344518  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 85; E-Value: 5e-40
Query Start/End: Original strand, 721 - 843
Target Start/End: Original strand, 4345989 - 4346104
Alignment:
Q  721 gaggtatttaattattatcacttaagtgtaaggtgcacaatagaaagaacttttggtgtatggaagaatagatttgcaatttgcaattctacgacgcatg 820  Q
    |||||||| ||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||       ||||||||||||||||||||||    
T  4345989 gaggtattcaattattatcactcaagtttaaggtgcacaatagaaagaacttttggtgtatggaagaatag-------atttgcaattctacgacgcatg 4346081  T
Q  821 cctaaattcacaattaagacaca 843  Q
    |||||||||||||||||||||||    
T  4346082 cctaaattcacaattaagacaca 4346104  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 64; E-Value: 2e-27
Query Start/End: Original strand, 717 - 800
Target Start/End: Original strand, 46407488 - 46407571
Alignment:
Q  717 taatgaggtatttaattattatcacttaagtgtaaggtgcacaatagaaagaacttttggtgtatggaagaatagatttgcaat 800  Q
    |||||| ||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||    
T  46407488 taatgaagtatttaattattatcactcaagtttaaggtgcacaatagaaagaacttttggggtatggaagaacagatttgcaat 46407571  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 60; E-Value: 4e-25
Query Start/End: Original strand, 717 - 800
Target Start/End: Complemental strand, 50979022 - 50978939
Alignment:
Q  717 taatgaggtatttaattattatcacttaagtgtaaggtgcacaatagaaagaacttttggtgtatggaagaatagatttgcaat 800  Q
    |||||| |||||||||||||||||||  ||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||    
T  50979022 taatgaagtatttaattattatcactctagtttaaggtgcacaatagaaagaacttttggggtatggaagaacagatttgcaat 50978939  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 57; E-Value: 2e-23
Query Start/End: Original strand, 724 - 800
Target Start/End: Original strand, 35606336 - 35606412
Alignment:
Q  724 gtatttaattattatcacttaagtgtaaggtgcacaatagaaagaacttttggtgtatggaagaatagatttgcaat 800  Q
    ||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||| |||||||||||    
T  35606336 gtatttaattattatcactcaagtttaaggtgcacaatagaaagaactgttggggtatggaagaacagatttgcaat 35606412  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 49; E-Value: 1e-18
Query Start/End: Original strand, 717 - 801
Target Start/End: Complemental strand, 35569990 - 35569906
Alignment:
Q  717 taatgaggtatttaattattatcacttaagtgtaaggtgcacaatagaaagaacttttggtgtatggaagaatagatttgcaatt 801  Q
    |||||| ||||| ||||| ||||||| |||| |||| |||||||| |||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||    
T  35569990 taatgaagtattcaattactatcactcaagtttaagatgcacaattgaaagaacttttggggtatggaagaataaatttgcaatt 35569906  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 44; E-Value: 0.000000000000001
Query Start/End: Original strand, 341 - 416
Target Start/End: Original strand, 5928144 - 5928219
Alignment:
Q  341 gcttcggatttgttgttctcttatcctccataaactctatatttcagttttaactagttatatataagctatattt 416  Q
    ||||| |||||||||| | ||||||||| |||||||||||||||||||||||| | ||| |||||||||| |||||    
T  5928144 gcttcagatttgttgtgcacttatcctcaataaactctatatttcagttttaagtggttctatataagctctattt 5928219  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #8
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000005
Query Start/End: Original strand, 759 - 799
Target Start/End: Complemental strand, 50979067 - 50979027
Alignment:
Q  759 aatagaaagaacttttggtgtatggaagaatagatttgcaa 799  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||    
T  50979067 aatagaaagaacttttggggtatggaagaacagatttgcaa 50979027  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 202; Significance: 1e-110; HSPs: 6)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 202; E-Value: 1e-110
Query Start/End: Original strand, 27 - 333
Target Start/End: Original strand, 22808084 - 22808392
Alignment:
Q  27 ggaagtaagctaggaagtactatgaattaagaagtaatctaagc--taggatgtactatgaagtattgttatgtttagtctttaatgttgtaatgttccg 124  Q
    |||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |   ||  |   ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22808084 ggaattaagctaggaagtactataaattaagaagtaatctatgaagtactagtaactatgaagtattgttatgtttagtctttaatgttgtaatgttccg 22808183  T
Q  125 ttgtctttaaattaagaagtaatctaggaagtacctgtaactatgaagtactgttatgttttgcctttcaattaggaagtaatctaagaagtgctagtaa 224  Q
    || |||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||| |||| |||| | |||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  22808184 ttatctttaaattaagaagtaatctaggaagtactagtaactatgaagtactattatatttttcttttcaattaggaagtaatctaagaagtggtagtaa 22808283  T
Q  225 ctatgaagtactcttatgaagtaccagtaacttatgtaatgtttctatcccttaacgaaagcttatgttgtgtgataattatgctcgtatttttggttca 324  Q
    | |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||| |||||||||| |||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22808284 ccatgaagtactcttatgaagtactagtaacttatgtaatttttttatcccttaatgaagacttatgttgtgtgataattatgctcgtatttttggttca 22808383  T
Q  325 cttatgttg 333  Q
    |||||||||    
T  22808384 cttatgttg 22808392  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 81; E-Value: 1e-37
Query Start/End: Original strand, 721 - 843
Target Start/End: Original strand, 22809984 - 22810099
Alignment:
Q  721 gaggtatttaattattatcacttaagtgtaaggtgcacaatagaaagaacttttggtgtatggaagaatagatttgcaatttgcaattctacgacgcatg 820  Q
    |||||||| ||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||       ||||||||||||||||||||||    
T  22809984 gaggtattcaattattatcactcaagtttaaggtgcacaatagaaagaacttttggtgtatggaagaatag-------atttgcaattctacgacgcatg 22810076  T
Q  821 cctaaattcacaattaagacaca 843  Q
     ||||||||||||||||||||||    
T  22810077 actaaattcacaattaagacaca 22810099  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 64; E-Value: 2e-27
Query Start/End: Original strand, 717 - 800
Target Start/End: Original strand, 33232457 - 33232540
Alignment:
Q  717 taatgaggtatttaattattatcacttaagtgtaaggtgcacaatagaaagaacttttggtgtatggaagaatagatttgcaat 800  Q
    |||||| ||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||    
T  33232457 taatgaagtatttaattattatcactcaagtttaaggtgcacaatagaaagaacttttggggtatggaagaacagatttgcaat 33232540  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 56; E-Value: 9e-23
Query Start/End: Original strand, 717 - 800
Target Start/End: Complemental strand, 7072115 - 7072032
Alignment:
Q  717 taatgaggtatttaattattatcacttaagtgtaaggtgcacaatagaaagaacttttggtgtatggaagaatagatttgcaat 800  Q
    |||||| ||||||||||||||||||| || | |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| | |||||||||    
T  7072115 taatgaagtatttaattattatcactcaaatttaaggtgcacaatagaaagaacttttggggtatggaagaacatatttgcaat 7072032  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 53; E-Value: 6e-21
Query Start/End: Original strand, 717 - 801
Target Start/End: Original strand, 22481515 - 22481599
Alignment:
Q  717 taatgaggtatttaattattatcacttaagtgtaaggtgcacaatagaaagaacttttggtgtatggaagaatagatttgcaatt 801  Q
    |||||| ||||| ||||| ||||||| |||| |||| |||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  22481515 taatgaagtattcaattactatcactcaagtttaagatgcacaattgaaagaacttttggggtatggaagaatagatttgcaatt 22481599  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 39; E-Value: 0.000000000001
Query Start/End: Original strand, 614 - 660
Target Start/End: Original strand, 22808657 - 22808703
Alignment:
Q  614 tgttaactggactgcctcttccttctggtgtttcggtttgcagacat 660  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  22808657 tgttaattggactgcctcttccttctggtgtttcggtctgcagacat 22808703  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 169; Significance: 3e-90; HSPs: 7)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 169; E-Value: 3e-90
Query Start/End: Original strand, 40 - 333
Target Start/End: Complemental strand, 23362651 - 23362369
Alignment:
Q  40 gaagtactatgaattaagaagtaatctaagc--taggatgtactatgaagtattgttatgtttagtctttaatgttgtaatgttccgttgtctttaaatt 137  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |   ||  |   ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  23362651 gaagtactatgaattaagaagtaatctacgaagtactagtaactattaagtattgttatgtttagtctttaatgttgtaatgttccgttgtctttaaatt 23362552  T
Q  138 aagaagtaatctaggaagtacctgtaactatgaagtactgttatgttttgcctttcaattaggaagtaatctaagaagtgctagtaactatgaagtactc 237  Q
    |||||||||||||||||||||   ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||     
T  23362551 aagaagtaatctaggaagtactaataactatgaagtactgttatgtttttcctttcaattaggaagtaatctaagaagtggtagtaaccatgaagtact- 23362453  T
Q  238 ttatgaagtaccagtaacttatgtaatgtttctatcccttaacgaaagcttatgttgtgtgataattatgctcgtatttttggttcacttatgttg 333  Q
                ||||||||||||||||||| |||||||||| |||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  23362452 ------------agtaacttatgtaatgtttttatcccttaatgaagacttatgttgtgtgataattatgctcgtatttttggttcacttatgttg 23362369  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 70; E-Value: 4e-31
Query Start/End: Original strand, 721 - 843
Target Start/End: Complemental strand, 23361058 - 23360942
Alignment:
Q  721 gaggtatttaattattatcacttaagtgtaaggtgcacaatagaaagaac-ttttggtgtatggaagaatagatttgcaatttgcaattctacgacgcat 819  Q
    |||||||| ||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||       |||||||||||||||||||||    
T  23361058 gaggtattcaattattatcactcaagtttaaggtgcacaatagaaagaactttttggtgtatgaaagaatag-------atttgcaattctacgacgcat 23360966  T
Q  820 gcctaaattcacaattaagacaca 843  Q
    | ||||||||||||||||||||||    
T  23360965 gactaaattcacaattaagacaca 23360942  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 64; E-Value: 2e-27
Query Start/End: Original strand, 717 - 800
Target Start/End: Original strand, 13895999 - 13896082
Alignment:
Q  717 taatgaggtatttaattattatcacttaagtgtaaggtgcacaatagaaagaacttttggtgtatggaagaatagatttgcaat 800  Q
    |||||| ||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||    
T  13895999 taatgaagtatttaattattatcactcaagtttaaggtgcacaatagaaagaacttttggggtatggaagaacagatttgcaat 13896082  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 64; E-Value: 2e-27
Query Start/End: Original strand, 717 - 800
Target Start/End: Original strand, 14036616 - 14036699
Alignment:
Q  717 taatgaggtatttaattattatcacttaagtgtaaggtgcacaatagaaagaacttttggtgtatggaagaatagatttgcaat 800  Q
    |||||| ||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||    
T  14036616 taatgaagtatttaattattatcactcaagtttaaggtgcacaatagaaagaacttttggggtatggaagaacagatttgcaat 14036699  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 60; E-Value: 4e-25
Query Start/End: Original strand, 717 - 800
Target Start/End: Original strand, 14380107 - 14380190
Alignment:
Q  717 taatgaggtatttaattattatcacttaagtgtaaggtgcacaatagaaagaacttttggtgtatggaagaatagatttgcaat 800  Q
    |||||| |||||||||||||||||||  ||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||    
T  14380107 taatgaagtatttaattattatcactctagtttaaggtgcacaatagaaagaacttttggggtatggaagaacagatttgcaat 14380190  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 53; E-Value: 6e-21
Query Start/End: Original strand, 717 - 801
Target Start/End: Complemental strand, 5917028 - 5916944
Alignment:
Q  717 taatgaggtatttaattattatcacttaagtgtaaggtgcacaatagaaagaacttttggtgtatggaagaatagatttgcaatt 801  Q
    |||||| ||||| ||||| ||||||| |||| |||| |||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  5917028 taatgaagtattcaattactatcactcaagtttaagatgcacaattgaaagaacttttggggtatggaagaatagatttgcaatt 5916944  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #7
Raw Score: 53; E-Value: 6e-21
Query Start/End: Original strand, 717 - 801
Target Start/End: Original strand, 36311597 - 36311681
Alignment:
Q  717 taatgaggtatttaattattatcacttaagtgtaaggtgcacaatagaaagaacttttggtgtatggaagaatagatttgcaatt 801  Q
    |||||| ||||| ||||| ||||||| |||| |||| |||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  36311597 taatgaagtattcaattactatcactcaagtttaagatgcacaattgaaagaacttttggggtatggaagaatagatttgcaatt 36311681  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 81; Significance: 1e-37; HSPs: 4)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 81; E-Value: 1e-37
Query Start/End: Original strand, 721 - 839
Target Start/End: Original strand, 7011653 - 7011764
Alignment:
Q  721 gaggtatttaattattatcacttaagtgtaaggtgcacaatagaaagaacttttggtgtatggaagaatagatttgcaatttgcaattctacgacgcatg 820  Q
    |||||||| ||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||       ||||||||||||||||||||||    
T  7011653 gaggtattcaattattatcactcaagtttaaggtgcacaatagaaagaacttttggtgtatggaagaatag-------atttgcaattctacgacgcatg 7011745  T
Q  821 cctaaattcacaattaaga 839  Q
    |||||||||||||||||||    
T  7011746 cctaaattcacaattaaga 7011764  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 60; E-Value: 4e-25
Query Start/End: Original strand, 717 - 800
Target Start/End: Complemental strand, 51125466 - 51125383
Alignment:
Q  717 taatgaggtatttaattattatcacttaagtgtaaggtgcacaatagaaagaacttttggtgtatggaagaatagatttgcaat 800  Q
    |||||| |||||||||||||||||||  ||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||    
T  51125466 taatgaagtatttaattattatcactctagtttaaggtgcacaatagaaagaacttttggggtatggaagaacagatttgcaat 51125383  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 60; E-Value: 4e-25
Query Start/End: Original strand, 717 - 800
Target Start/End: Original strand, 52692542 - 52692625
Alignment:
Q  717 taatgaggtatttaattattatcacttaagtgtaaggtgcacaatagaaagaacttttggtgtatggaagaatagatttgcaat 800  Q
    |||||| |||||||||||||||||||  ||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||    
T  52692542 taatgaagtatttaattattatcactctagtttaaggtgcacaatagaaagaacttttggggtatggaagaacagatttgcaat 52692625  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 744 - 801
Target Start/End: Complemental strand, 16246876 - 16246819
Alignment:
Q  744 aagtgtaaggtgcacaatagaaagaacttttggtgtatggaagaatagatttgcaatt 801  Q
    |||| |||| |||||||| ||||||||||||   | ||||||||||||||||||||||    
T  16246876 aagtttaagatgcacaattgaaagaacttttaaggcatggaagaatagatttgcaatt 16246819  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 60; Significance: 4e-25; HSPs: 4)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 60; E-Value: 4e-25
Query Start/End: Original strand, 717 - 800
Target Start/End: Complemental strand, 21515786 - 21515703
Alignment:
Q  717 taatgaggtatttaattattatcacttaagtgtaaggtgcacaatagaaagaacttttggtgtatggaagaatagatttgcaat 800  Q
    |||||| ||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| | |||||||||    
T  21515786 taatgaagtatttaattattatcactcaagtttaaggtgcacaatagaaagaacttttggggtatggaagaacatatttgcaat 21515703  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 56; E-Value: 9e-23
Query Start/End: Original strand, 717 - 800
Target Start/End: Original strand, 30019220 - 30019303
Alignment:
Q  717 taatgaggtatttaattattatcacttaagtgtaaggtgcacaatagaaagaacttttggtgtatggaagaatagatttgcaat 800  Q
    |||||| |||||||||||||||||||  ||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| | |||||||||    
T  30019220 taatgaagtatttaattattatcactctagtttaaggtgcacaatagaaagaacttttggggtatggaagaacatatttgcaat 30019303  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 53; E-Value: 6e-21
Query Start/End: Original strand, 717 - 801
Target Start/End: Original strand, 16547456 - 16547540
Alignment:
Q  717 taatgaggtatttaattattatcacttaagtgtaaggtgcacaatagaaagaacttttggtgtatggaagaatagatttgcaatt 801  Q
    |||||| ||||| ||||| ||||||| |||| |||| |||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  16547456 taatgaagtattcaattactatcactcaagtttaagatgcacaattgaaagaacttttggggtatggaagaatagatttgcaatt 16547540  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 47; E-Value: 2e-17
Query Start/End: Original strand, 724 - 802
Target Start/End: Complemental strand, 17830845 - 17830767
Alignment:
Q  724 gtatttaattattatcacttaagtgtaaggtgcacaatagaaagaacttttggtgtatggaagaatagatttgcaattt 802  Q
    ||||| ||||| || |||| |||| |||| |||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  17830845 gtattcaattactaccactcaagtttaagatgcacaattgaaagaacttttggggtatggaagaatagatttgcaattt 17830767  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0394 (Bit Score: 40; Significance: 0.0000000000003; HSPs: 1)
Name: scaffold0394
Description:

Target: scaffold0394; HSP #1
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000003
Query Start/End: Original strand, 724 - 795
Target Start/End: Complemental strand, 6678 - 6607
Alignment:
Q  724 gtatttaattattatcacttaagtgtaaggtgcacaatagaaagaacttttggtgtatggaagaatagattt 795  Q
    ||||| ||||| || |||| |||| |||| |||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  6678 gtattcaattactaccactcaagtttaagatgcacaattgaaagaacttttggggtatggaagaatagattt 6607  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University