View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF8971_low_2 (Length: 1316)

Name: NF8971_low_2
Description: NF8971
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF8971_low_2
NF8971_low_2
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (20-969)||(24061361-24062312)
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (92-133)||(16701878-16701919)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 868; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 868; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 20 - 969
Target Start/End: Complemental strand, 24062312 - 24061361
Alignment:
Q  20 tttaggaggatttttcttgaggatcctcttttcttgatttccaaaataactggcaatgagtttctcgtcgtacctgatgttggattttgcgaggttgaga 119  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  24062312 tttaggaggatttttcttgaggatcctcttttcttgatttccaaaataactggcgatgagtttctcctcgtacctgatgttggattttgcgaggttgaga 24062213  T
Q  120 aactcgttgagggatgtgggtcctcgatgcctgtcgccttgcggaaatcggttccttgttggagacctttttt-agtagatacatcttcaattcttcatc 218  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  24062212 aactcgttgagggatgtgggtcctcgatgcctgtcgccttgcggaaatcggttccttgtcggagaccttttttcagtagatacatcttcaattcttcatc 24062113  T
Q  219 actcctcagacttggatgacttccttgttgaacctctcgatgaagtcgcaaatagactcataatttccctatgaagatgccttccaaggttgcaaccgtc 318  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  24062112 actcctcagacttggatgacttccttgttgaacctctcgatgaagtcgcaaatagactcataatttccctatgaagatgccttccaaggttgcaaccgtc 24062013  T
Q  319 tt-gggttgtcttcgtgatgcattgatttgtctgcatatttcatcccaagtaaatggactttattctcagacttttttaccatgtttattgctccttttt 417  Q
    || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  24062012 tttgggttgtcttcgtgatgcattgatttgtctgcatatttcatcccaagtaaatggacttaattctcagacttttctaccatgtttattgctccttttt 24061913  T
Q  418 gtagtgttgtagcgaacaatctacattggactgctccccaaaagttacggtagtcgatgatggcttcaatgtttttgataggctcgtctagatcagtggt 517  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  24061912 gtagtgttgtagcgaacaatctacattggaccgctccccaaaagttattgtagtcgatgatggcttcaatgtttttgataggctcgtctagatcagtggt 24061813  T
Q  518 tctatcgtatggatatatttgtggaggcatctccaagcatgtttgaatgcacgcttcttgaattctccttgtgagtggaccttgaggaccatgttcatca 617  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  24061812 tctatcgtatggatatatttgtggagacatctccaagcatgtttgaatgcacgcttcttgaattctccttgtgagtggaccttgaggaccatgttcatca 24061713  T
Q  618 tcatctcgagacgaggaacgtgaatgacgaggttttccctttgtttgatgttttagtcacatggacctctatactttttcgacttgagaatgtcgcgggg 717  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  24061712 tcatctcgagacgaggaacgtgaatgacgaggttttccctttgtttgatgttttagtcacatggacctctatactttttcgacctgagaatgtcgcgggg 24061613  T
Q  718 accttggtctctcaggggttacactcctccaatttgataagactgaggtgtcgtggagtgatcgtgacaatatcttggtttttccacaattgcttgttgt 817  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||    
T  24061612 accttggtctctcaggggttacactcctccaatttgataagactgaggtgttgtggagtgatcgtgacaatgtcttggtttttccacatttgcttgttgt 24061513  T
Q  818 tccctcatacgaaaagacatatgttttgctcctcggtcaccttattatggtgatgcacggtttaaacgatgttgttaagcatctcattcatttttgggtc 917  Q
    |||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  24061512 tccctcattcgaaaagacatatattttgctcctcggtcaccttattatggtgatgcaaggtttaaacgatgttgttaagcatctcattcatttttgggtc 24061413  T
Q  918 ggaggttcccacaattacgggagctggagacccacaaacaagcattttgtgt 969  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  24061412 ggaggttcccacaactacgggagctggagacccacaaacaagcattttgtgt 24061361  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 30; Significance: 0.0000005; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000005
Query Start/End: Original strand, 92 - 133
Target Start/End: Complemental strand, 16701919 - 16701878
Alignment:
Q  92 cctgatgttggattttgcgaggttgagaaactcgttgaggga 133  Q
    |||||||| || ||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  16701919 cctgatgtaggtttttgcgaggttgagaaactcgtcgaggga 16701878  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University