View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF8971_low_23 (Length: 608)

Name: NF8971_low_23
Description: NF8971
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF8971_low_23
NF8971_low_23
[»] chr5 (8 HSPs)
chr5 (19-598)||(1509450-1510019)
chr5 (19-507)||(1478325-1478814)
chr5 (19-507)||(1482519-1483008)
chr5 (21-507)||(1505305-1505792)
chr5 (21-469)||(1492496-1492945)
chr5 (30-507)||(1499577-1500055)
chr5 (30-507)||(1487007-1487485)
chr5 (33-83)||(1495227-1495277)
[»] chr1 (3 HSPs)
chr1 (21-501)||(44141529-44142010)
chr1 (21-507)||(44128902-44129389)
chr1 (21-503)||(44133107-44133590)
[»] chr7 (6 HSPs)
chr7 (21-507)||(5310725-5311212)
chr7 (21-507)||(46706295-46706782)
chr7 (21-507)||(5302824-5303311)
chr7 (24-507)||(5284639-5285123)
chr7 (24-507)||(5315442-5315926)
chr7 (21-507)||(5289004-5289491)
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (30-507)||(24163097-24163575)
[»] chr3 (2 HSPs)
chr3 (121-463)||(37862741-37863084)
chr3 (121-453)||(37858725-37859058)
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (126-217)||(35251251-35251342)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 452; Significance: 0; HSPs: 8)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 452; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 19 - 598
Target Start/End: Original strand, 1509450 - 1510019
Alignment:
Q  19 atttggacagtcttgttggacaagcattatttggagatagagctgctgcactcattgttggttctgaccctgtatcagaaattgagaaatctatatttga 118  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  1509450 atttggacagtcttgttggacaagcattatttggagatggagctgctgcactcattgttggtactgaccctgtaccagaaattgagaaatctatatttga 1509549  T
Q  119 gatggtttggactgcacaaacaattgttccaaatagtgaaggtgccattgatggtcaccttcgtgatattggactaacatttcatcttcttaaagatgtc 218  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||  ||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  1509550 gatggtttggactgcacaaacaattgctccaaatagtgaaggtgccattgacggtcaccttcgtgaagttggactaacatttcgtcttcttaaagatgtc 1509649  T
Q  219 cttgtgattgtctcaaaaacattgataaagcactgattgaggcatttcaaccattaaacatctttgattacaactcaatattttggattgctcacccaga 318  Q
      ||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1509650 tctgtgactgtctcaaaaacattgattaagcactgattgaggcatttcaaccattaaacatctctgattacaactcaatattttggattgctcacccaga 1509749  T
Q  319 tggagccgcaattattggccaagttgagcaaaaattaaccttaaaacctgaaaagatgaaggtcactaagtaaattcttagtgaatatggtaatatgtca 418  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||          ||||||||||||||||||||||||||||    
T  1509750 tggagccgcaattattgaccaagttgagcaaaaattagccttaaaacctg-aaagatgaagg---------caattcttagtgaatatggtaatatgtca 1509839  T
Q  419 agtgcatgtgtattgttcatcttagacgagatgagaaagaaatcagctcaagagggacttaagaccactgatgaaggacttgaatgggggctttgaacct 518  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| || |||||||||||||||||||||||| ||||    
T  1509840 agtgcatgtgtattgttcatcttagacgagatgagaaagaaatcagctcaagagggaattaagaccattggtgaaggacttgaatgggggctttggacct 1509939  T
Q  519 agacttaccattgaaacagttgttctttgcattgtagccatataagattctttgataatttactttttattaagtattat 598  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1509940 agacttaccattgaaacagttgttcttcgcagtgtagccatataagattctttgataatttactttttattaagtattat 1510019  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 254; E-Value: 1e-141
Query Start/End: Original strand, 19 - 507
Target Start/End: Original strand, 1478325 - 1478814
Alignment:
Q  19 atttggacagtcttgttggacaagcattatttggagatagagctgctgcactcattgttggttctgaccctgtatcagaaattgagaaatctatatttga 118  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||  || |||||||||||||| ||||||||||    
T  1478325 atttggacagtcttgttggacaagcactatttggagatggtgctgctgcactcattgttggttctgacccaataccagaaattgagaaacctatatttga 1478424  T
Q  119 gatggtttggactgcacaaacaattgttccaaatagtgaaggtgccattgatggtcaccttcgtgatattggactaacatttcatcttcttaaagatgtc 218  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||| | ||||| || |||||||||||||||||||||||   ||| ||||||||||| ||||||||||||||     
T  1478425 gatggtttggactgcacaaacaattgctccagacagtgagggagccattgatggtcaccttcgtgaagctggtctaacatttcaccttcttaaagatgtt 1478524  T
Q  219 cttgtgattgtctcaaa-aacattgataaagcactgattgaggcatttcaaccattaaacatctttgattacaactcaatattttggattgctcacccag 317  Q
    | || |||||| ||||| ||||||||||||||| || | ||||| || |||||||||||||||| |||||| || ||||| || ||||||||||||||||    
T  1478525 cctgggattgtttcaaagaacattgataaagcattggtcgaggctttccaaccattaaacatctctgattataattcaatcttctggattgctcacccag 1478624  T
Q  318 atggagccgcaattattggccaagttgagcaaaaattaaccttaaaacctgaaaagatgaaggtcactaagtaaattcttagtgaatatggtaatatgtc 417  Q
     |||| |||||||| | | |||||||||  |||| |||  ||||||||||||||| ||||||| ||||| | || | ||||||||||||||||| |||||    
T  1478625 gtggacccgcaattctagaccaagttgaagaaaagttaggcttaaaacctgaaaaaatgaaggccactagggaagtacttagtgaatatggtaacatgtc 1478724  T
Q  418 aagtgcatgtgtattgttcatcttagacgagatgagaaagaaatcagctcaagagggacttaagaccactgatgaaggacttgaatgggg 507  Q
    ||| |||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||| | |||||| ||||| |||||    
T  1478725 aagcgcatgtgtattgttcatcttggatgagatgagaaagaaatcggctcaagagggacttaaaaccacaggtgaaggccttgactgggg 1478814  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 242; E-Value: 1e-134
Query Start/End: Original strand, 19 - 507
Target Start/End: Original strand, 1482519 - 1483008
Alignment:
Q  19 atttggacagtcttgttggacaagcattatttggagatagagctgctgcactcattgttggttctgaccctgtatcagaaattgagaaatctatatttga 118  Q
    |||||||||||||||||||||||||| | ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||  || |||||||||||||| ||||||||||    
T  1482519 atttggacagtcttgttggacaagcactctttggagatggagctgctgcactcattgttggttctgacccaataccagaaattgagaaacctatatttga 1482618  T
Q  119 gatggtttggactgcacaaacaattgttccaaatagtgaaggtgccattgatggtcaccttcgtgatattggactaacatttcatcttcttaaagatgtc 218  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||| | ||||| || |||||||| ||||| ||||||||   ||| ||||||||||| ||||||||||||||     
T  1482619 gatggtttggactgcacaaacaattgctccagacagtgagggggccattgacggtcatcttcgtgaagctggtctaacatttcaccttcttaaagatgtt 1482718  T
Q  219 cttgtgattgtctcaaa-aacattgataaagcactgattgaggcatttcaaccattaaacatctttgattacaactcaatattttggattgctcacccag 317  Q
    | || |||||| ||||| ||||||||||||||| |||| || || || |||||||||||||| | ||||||||||||||| |||||||||||||| ||||    
T  1482719 cctgggattgtttcaaagaacattgataaagcattgatcgatgctttccaaccattaaacatttctgattacaactcaatcttttggattgctcatccag 1482818  T
Q  318 atggagccgcaattattggccaagttgagcaaaaattaaccttaaaacctgaaaagatgaaggtcactaagtaaattcttagtgaatatggtaatatgtc 417  Q
     |||| |||||||| |||  |||||||| ||||| |||  ||||||||||||||||||||| | |||||   || | ||||||||||||||||| |||||    
T  1482819 gtggacccgcaattcttgatcaagttgaacaaaagttaggcttaaaacctgaaaagatgaaagccactagagaagtacttagtgaatatggtaacatgtc 1482918  T
Q  418 aagtgcatgtgtattgttcatcttagacgagatgagaaagaaatcagctcaagagggacttaagaccactgatgaaggacttgaatgggg 507  Q
    |||||||||||||||||| |||||||| |||||| ||||||||||  |||||||||| ||||||||||| |  ||||| ||||| |||||    
T  1482919 aagtgcatgtgtattgtttatcttagatgagatgcgaaagaaatcttctcaagaggggcttaagaccacaggagaagggcttgattgggg 1483008  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 164; E-Value: 2e-87
Query Start/End: Original strand, 21 - 507
Target Start/End: Original strand, 1505305 - 1505792
Alignment:
Q  21 ttggacagtcttgttggacaagcattatttggagatagagctgctgcactcattgttggttctgaccctgtatcagaaattgagaaatctatatttgaga 120  Q
    |||||||| ||||||||||||||  ||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||| || ||  || |||||||||||||| |||||||||| |    
T  1505305 ttggacagccttgttggacaagctctatttggagatggagctgctgcactaattgttggttcagatccaataccagaaattgagaaacctatatttgaaa 1505404  T
Q  121 tggtttggactgcacaaacaattgttccaaatagtgaaggtgccattgatggtcaccttcgtgatattggactaacatttcatcttcttaaagatgtcct 220  Q
    |||||||||||||||||||||| |  ||  |||| ||||| |||||||| ||||||||||||||   ||||||||||||||| |||||||||||||| |     
T  1505405 tggtttggactgcacaaacaatcgcgcctgatagcgaaggagccattgacggtcaccttcgtgaagctggactaacatttcaccttcttaaagatgttcc 1505504  T
Q  221 tgtgattgtctcaaa-aacattgataaagcactgattgaggcatttcaaccattaaacatctttgattacaactcaatattttggattgctcacccagat 319  Q
    ||  ||||| ||||| |||||  |||||||| || |||| || || |||||||||    | | ||| ||||||||||| || |||||||| ||||| | |    
T  1505505 tgaaattgtttcaaagaacatcaataaagcattggttgatgctttccaaccattaggagtttctgactacaactcaatcttctggattgcacaccctggt 1505604  T
Q  320 ggagccgcaattattggccaagttgagcaaaaattaaccttaaaacctgaaaagatgaaggtcactaagtaaattcttagtgaatatggtaatatgtcaa 419  Q
    ||  | |||||| | |  ||||| |||||||| ||| ||||||| |||||||||||||| | |||||   || | |||||||||||||| ||||||||||    
T  1505605 ggccctgcaattttagatcaagtagagcaaaagttagccttaaagcctgaaaagatgaaagccactagagaagtgcttagtgaatatggaaatatgtcaa 1505704  T
Q  420 gtgcatgtgtattgttcatcttagacgagatgagaaagaaatcagctcaagagggacttaagaccactgatgaaggacttgaatgggg 507  Q
    |||||||||| ||||| |||||||| || ||||||||||||||||||||||| ||| | ||||| || |  ||||||| |||||||||    
T  1505705 gtgcatgtgttttgtttatcttagatgaaatgagaaagaaatcagctcaagatggattgaagactaccggagaaggacatgaatgggg 1505792  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 162; E-Value: 4e-86
Query Start/End: Original strand, 21 - 469
Target Start/End: Original strand, 1492496 - 1492945
Alignment:
Q  21 ttggacagtcttgttggacaagcattatttggagatagagctgctgcactcattgttggttctgaccctgtatcagaaattgagaaatctatatttgaga 120  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||| |||||||| |||||||| ||||| || ||| |||||||||| ||| ||||||||||||    
T  1492496 ttggacagtcttgttggacaagcactatttggagatggagcagctgcacttattgttgggtctgatccggtaccagaaattgaaaaacctatatttgaga 1492595  T
Q  121 tggtttggactgcacaaacaattgttccaaatagtgaaggtgccattgatggtcaccttcgtgatattggactaacatttcatcttcttaaagatgtcct 220  Q
    || ||||||| ||||||||||||| |||  ||||||||||||||||||||||||| ||||||||   |||  |||||||||| |||||||||||||| |     
T  1492596 tgatttggacagcacaaacaattgctcctgatagtgaaggtgccattgatggtcatcttcgtgaagctgggttaacatttcaccttcttaaagatgttcc 1492695  T
Q  221 tgtgattgtctc-aaaaacattgataaagcactgattgaggcatttcaaccattaaacatctttgattacaactcaatattttggattgctcacccagat 319  Q
    || |||||| || ||||| ||  |||||||| |  ||||||| || ||||||||    |||| ||||||||||||||| ||||||||||| ||||| | |    
T  1492696 tgggattgtgtcaaaaaatataaataaagcattagttgaggctttccaaccattgggaatctctgattacaactcaatcttttggattgcacaccctggt 1492795  T
Q  320 ggagccgcaattattggccaagttgagcaaaaattaaccttaaaacctgaaaagatgaaggtcactaagtaaattcttagtgaatatggtaatatgtcaa 419  Q
    ||| | |||||| | | |||||| |||||||| ||| ||||||| || ||||||||||  | |||   | |  | || ||||||||||| ||||||||||    
T  1492796 ggacctgcaattttagaccaagtagagcaaaagttagccttaaagcccgaaaagatgagagccacacgggaggtgctaagtgaatatggaaatatgtcaa 1492895  T
Q  420 gtgcatgtgtattgttcatcttagacgagatgagaaagaaatcagctcaa 469  Q
    |||||||||||||||| ||||| || || ||||||||||||||| |||||    
T  1492896 gtgcatgtgtattgtttatcttggatgaaatgagaaagaaatcaactcaa 1492945  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 147; E-Value: 3e-77
Query Start/End: Original strand, 30 - 507
Target Start/End: Original strand, 1499577 - 1500055
Alignment:
Q  30 cttgttggacaagcattatttggagatagagctgctgcactcattgttggttctgaccctgtatcagaaattgagaaatctatatttgagatggtttgga 129  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||| ||||||| ||| |||||||||| |||||||  ||| | |||||||||||| || |||||||| | |||||||    
T  1499577 cttgttggacaagcaatatttggagatggagctgcggcagtcattgttggctctgacctagtacctgaaattgagaaacctttatttgagttagtttgga 1499676  T
Q  130 ctgcacaaacaattgttccaaatagtgaaggtgccattgatggtcaccttcgtgatattggactaacatttcatcttcttaaagatgtccttgtgattgt 229  Q
    ||||||||||||||| | |  |||||||||| || |||  |||||| ||||||||  |||| ||||||| | || ||| ||| ||||||  || ||||||    
T  1499677 ctgcacaaacaattgcttctgatagtgaaggagctatttgtggtcaacttcgtgaagttgggctaacatataatattcgtaaggatgtctctgagattgt 1499776  T
Q  230 ctcaaa-aacattgataaagcactgattgaggcatttcaaccattaaacatctttgattacaactcaatattttggattgctcacccagatggagccgca 328  Q
    |||||| || |||||||||| |||  ||||||||||||||||||||   |||| |||||| |||||||| |||||||||||||| || | |||  | |||    
T  1499777 ctcaaagaatattgataaagtactagttgaggcatttcaaccattaggaatctctgattataactcaatcttttggattgctcatccgggtggtcctgca 1499876  T
Q  329 attattggccaagttgagcaaaaattaaccttaaaacctgaaaagatgaaggtcactaagtaaattcttagtgaatatggtaatatgtcaagtgcatgtg 428  Q
    ||| | |  ||| |||||||||| |||  ||| ||| |||||||| ||| ||||  || | || | ||||||||||||||||||||||| ||||||| ||    
T  1499877 attctagatcaaattgagcaaaagttaggcttgaaagctgaaaagttgagggtcgttagggaagtgcttagtgaatatggtaatatgtctagtgcatctg 1499976  T
Q  429 tattgttcatcttagacgagatgagaaagaaatcagctcaagagggacttaagaccactgatgaaggacttgaatgggg 507  Q
    |||||||||||||  | |||||||||| ||||||  |||||||  ||||||||||||| | ||||||||  ||||||||    
T  1499977 tattgttcatcttgaatgagatgagaaggaaatcgactcaagatcgacttaagaccacaggtgaaggacaagaatgggg 1500055  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 143; E-Value: 8e-75
Query Start/End: Original strand, 30 - 507
Target Start/End: Original strand, 1487007 - 1487485
Alignment:
Q  30 cttgttggacaagcattatttggagatagagctgctgcactcattgttggttctgaccctgtatcagaaattgagaaatctatatttgagatggtttgga 129  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||| |||||| || | |||||||||| || || ||  ||||| ||||||||||| || | |||||| | |||||||    
T  1487007 cttgttggacaagcattatttggtgatggagctgttgtagtcattgttggctccgatccgatatcaaaaattgagaaacctctctttgagcttgtttgga 1487106  T
Q  130 ctgcacaaacaattgttccaaatagtgaaggtgccattgatggtcaccttcgtgatattggactaacatttcatcttcttaaagatgtccttgtgattgt 229  Q
    ||||||||||||| | || | |||||||||  || |||   || || ||||||||  |||||||||||||| |||||| ||||||||||| ||  ||| |    
T  1487107 ctgcacaaacaatagctctagatagtgaagaagcaattagcggccaacttcgtgaagttggactaacatttaatcttcgtaaagatgtccctgaaattat 1487206  T
Q  230 ctcaaa-aacattgataaagcactgattgaggcatttcaaccattaaacatctttgattacaactcaatattttggattgctcacccagatggagccgca 328  Q
    |||||| ||||| ||||||| |||  || ||||||| |||||||||  ||||| |||||||||  |||| ||||||||||  |||||||  ||| | |||    
T  1487207 ctcaaagaacatcgataaagaactagttaaggcattccaaccattaggcatctctgattacaatgcaattttttggattgtccacccaggcggacctgca 1487306  T
Q  329 attattggccaagttgagcaaaaattaaccttaaaacctgaaaagatgaaggtcactaagtaaattcttagtgaatatggtaatatgtcaagtgcatgtg 428  Q
    ||| | | ||| ||||| ||||| ||| | || ||||| ||||||||||||| ||||| | || | ||||||||||||||||| ||||||||||| ||||    
T  1487307 attttggaccatgttgaacaaaagttagctttgaaaccggaaaagatgaaggccactagggaagtacttagtgaatatggtaacatgtcaagtgcttgtg 1487406  T
Q  429 tattgttcatcttagacgagatgagaaagaaatcagctcaagagggacttaagaccactgatgaaggacttgaatgggg 507  Q
    ||||||| || || || || |||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||| |  ||||||||| |||||||    
T  1487407 tattgtttatattggatgaaatgagaaagagatcagctcaagagggacttgagaccacaggagaaggacttaaatgggg 1487485  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000005
Query Start/End: Original strand, 33 - 83
Target Start/End: Original strand, 1495227 - 1495277
Alignment:
Q  33 gttggacaagcattatttggagatagagctgctgcactcattgttggttct 83  Q
    ||||||||| |||||||||||||| |||||  ||| |||||||||||||||    
T  1495227 gttggacaaacattatttggagatggagctcatgcgctcattgttggttct 1495277  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 202; Significance: 1e-110; HSPs: 3)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 202; E-Value: 1e-110
Query Start/End: Original strand, 21 - 501
Target Start/End: Original strand, 44141529 - 44142010
Alignment:
Q  21 ttggacagtcttgttggacaagcattatttggagatagagctgctgcactcattgttggttctgaccctgtatcagaaattgagaaatctatatttgaga 120  Q
    |||||||| ||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||| || || ||| |||||||||||||| | ||||||||||    
T  44141529 ttggacagccttgttggacaagcactatttggagatggagctgctgcactaattgttggttcagatccagtaccagaaattgagaaaccaatatttgaga 44141628  T
Q  121 tggtttggactgcacaaacaattgttccaaatagtgaaggtgccattgatggtcaccttcgtgatattggactaacatttcatcttcttaaagatgtcct 220  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||| |||||||| ||||||||||||||   ||||||||||||||| |||||||||||||| |     
T  44141629 tggtttggactgcacaaacaattgctccagatagtgaaggggccattgacggtcaccttcgtgaagctggactaacatttcaccttcttaaagatgttcc 44141728  T
Q  221 tgtgattgtctcaaa-aacattgataaagcactgattgaggcatttcaaccattaaacatctttgattacaactcaatattttggattgctcacccagat 319  Q
    || |||||| ||||| |||||  |||||||| || ||||||| ||  ||||||||   || | ||||||||| ||||| ||||||||||| ||||| | |    
T  44141729 tgggattgtttcaaagaacatcaataaagcattggttgaggctttcgaaccattaggaatttctgattacaattcaatcttttggattgcacaccctggt 44141828  T
Q  320 ggagccgcaattattggccaagttgagcaaaaattaaccttaaaacctgaaaagatgaaggtcactaagtaaattcttagtgaatatggtaatatgtcaa 419  Q
    ||| | |||||| | |  |||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||| | ||| |   || | |||||||||||||| ||||||||||    
T  44141829 ggacctgcaattctagatcaagttgagcaaaagttagccttaaaacctgaaaagatgaaagccaccagagaagtgcttagtgaatatggaaatatgtcaa 44141928  T
Q  420 gtgcatgtgtattgttcatcttagacgagatgagaaagaaatcagctcaagagggacttaagaccactgatgaaggacttga 501  Q
    |||| ||||| ||||| |||||||| || ||||||||||| ||||||||||| ||| | |||||||| |  |||||||||||    
T  44141929 gtgcctgtgttttgtttatcttagatgaaatgagaaagaagtcagctcaagatggattgaagaccacgggagaaggacttga 44142010  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 200; E-Value: 1e-109
Query Start/End: Original strand, 21 - 507
Target Start/End: Original strand, 44128902 - 44129389
Alignment:
Q  21 ttggacagtcttgttggacaagcattatttggagatagagctgctgcactcattgttggttctgaccctgtatcagaaattgagaaatctatatttgaga 120  Q
    |||||||| ||||||||||| ||  ||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||| || || ||| |||||||||||||| | ||||||||||    
T  44128902 ttggacagccttgttggacaggccctatttggagatggagctgctgcactaattgttggttcagatccagtaccagaaattgagaaaccaatatttgaga 44129001  T
Q  121 tggtttggactgcacaaacaattgttccaaatagtgaaggtgccattgatggtcaccttcgtgatattggactaacatttcatcttcttaaagatgtcct 220  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||   ||||||||||||||| |||||||||||||| |     
T  44129002 tggtttggactgcacaaacaattgctccagatagtgaaggagccattgatggtcaccttcgtgaagctggactaacatttcaccttcttaaagatgttcc 44129101  T
Q  221 tgtgattgtctcaaa-aacattgataaagcactgattgaggcatttcaaccattaaacatctttgattacaactcaatattttggattgctcacccagat 319  Q
    || |||||| ||||| |||||  |||||||  || ||||||| ||  ||||||||   || | ||||||||| ||||| ||||||||||| ||||| | |    
T  44129102 tgggattgtttcaaagaacatcaataaagctttggttgaggctttcgaaccattaggaatttctgattacaattcaatcttttggattgcacaccctggt 44129201  T
Q  320 ggagccgcaattattggccaagttgagcaaaaattaaccttaaaacctgaaaagatgaaggtcactaagtaaattcttagtgaatatggtaatatgtcaa 419  Q
    ||| | |||||| | |  |||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||| | ||| |   || | |||||||||||||| ||||||||||    
T  44129202 ggacctgcaattctagatcaagttgagcaaaagttagccttaaaacctgaaaagatgaaagccaccagagaagtgcttagtgaatatggaaatatgtcaa 44129301  T
Q  420 gtgcatgtgtattgttcatcttagacgagatgagaaagaaatcagctcaagagggacttaagaccactgatgaaggacttgaatgggg 507  Q
    |||| ||||| ||||| |||||||| || ||||||||||| ||||||||||| ||||| |||||||| |  ||||||||||| |||||    
T  44129302 gtgcttgtgttttgtttatcttagatgaaatgagaaagaagtcagctcaagatggactgaagaccacgggagaaggacttgagtgggg 44129389  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 200; E-Value: 1e-109
Query Start/End: Original strand, 21 - 503
Target Start/End: Original strand, 44133107 - 44133590
Alignment:
Q  21 ttggacagtcttgttggacaagcattatttggagatagagctgctgcactcattgttggttctgaccctgtatcagaaattgagaaatctatatttgaga 120  Q
    |||||||| ||||||||||| ||  ||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||| || || ||| |||||||||||||| | ||||||||||    
T  44133107 ttggacagccttgttggacaggccctatttggagatggagctgctgcactaattgttggttcagatccagtaccagaaattgagaaaccaatatttgaga 44133206  T
Q  121 tggtttggactgcacaaacaattgttccaaatagtgaaggtgccattgatggtcaccttcgtgatattggactaacatttcatcttcttaaagatgtcct 220  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||   ||||||||||||||| |||||||||||||| |     
T  44133207 tggtttggactgcacaaacaattgctccagatagtgaaggagccattgatggtcaccttcgtgaagctggactaacatttcaccttcttaaagatgttcc 44133306  T
Q  221 tgtgattgtctcaaa-aacattgataaagcactgattgaggcatttcaaccattaaacatctttgattacaactcaatattttggattgctcacccagat 319  Q
    || |||||| ||||| |||||  |||||||| || ||||||| ||  ||||||||   || | ||||||||| ||||| ||||||||||| ||||| | |    
T  44133307 tgggattgtttcaaagaacatcaataaagcattggttgaggctttcgaaccattaggaatttctgattacaattcaatcttttggattgcacaccctggt 44133406  T
Q  320 ggagccgcaattattggccaagttgagcaaaaattaaccttaaaacctgaaaagatgaaggtcactaagtaaattcttagtgaatatggtaatatgtcaa 419  Q
    ||| | |||||| | |  |||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||| | ||| |   || | |||||||||||||| ||||||||||    
T  44133407 ggacctgcaattctagatcaagttgagcaaaagttagccttaaaacctgaaaagatgaaagccaccagagaagtgcttagtgaatatggaaatatgtcaa 44133506  T
Q  420 gtgcatgtgtattgttcatcttagacgagatgagaaagaaatcagctcaagagggacttaagaccactgatgaaggacttgaat 503  Q
    |||| ||||| ||||| |||||||| || ||||||||||| ||||||||||| ||| | |||||||| |  |||||||||||||    
T  44133507 gtgcctgtgttttgtttatcttagatgaaatgagaaagaagtcagctcaagatggattgaagaccacaggagaaggacttgaat 44133590  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 188; Significance: 1e-101; HSPs: 6)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 188; E-Value: 1e-101
Query Start/End: Original strand, 21 - 507
Target Start/End: Original strand, 5310725 - 5311212
Alignment:
Q  21 ttggacagtcttgttggacaagcattatttggagatagagctgctgcactcattgttggttctgaccctgtatcagaaattgagaaatctatatttgaga 120  Q
    |||||||| |||||||| |||||||| ||||||||| |||||||||| || ||||||||||||||||| ||| |||||||||||||| ||||||||||||    
T  5310725 ttggacagccttgttgggcaagcattgtttggagatggagctgctgctcttattgttggttctgacccagtaccagaaattgagaaacctatatttgaga 5310824  T
Q  121 tggtttggactgcacaaacaattgttccaaatagtgaaggtgccattgatggtcaccttcgtgatattggactaacatttcatcttcttaaagatgtcct 220  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||  |||||||||| |||||||||||||||||||||||   ||||||||||||||| |||||||||||||| |     
T  5310825 tggtttggactgcacaaacaattgctcctgatagtgaaggagccattgatggtcaccttcgtgaagctggactaacatttcaccttcttaaagatgttcc 5310924  T
Q  221 tgtgattgtctcaaa-aacattgataaagcactgattgaggcatttcaaccattaaacatctttgattacaactcaatattttggattgctcacccagat 319  Q
    || |||||||||||| ||||||  ||||||| || ||||||| ||  | |||||    || | ||||||||||||||| ||||||||||| || || | |    
T  5310925 tgggattgtctcaaagaacattactaaagcattggttgaggctttcgagccattgggaatttctgattacaactcaatcttttggattgcacatcccggt 5311024  T
Q  320 ggagccgcaattattggccaagttgagcaaaaattaaccttaaaacctgaaaagatgaaggtcactaagtaaattcttagtgaatatggtaatatgtcaa 419  Q
    ||| | |||||| | |  ||||| |||||||| ||| ||||||| |||||||||||||| |  ||||   || | || ||||||||||| ||||||||||    
T  5311025 ggacctgcaattctagatcaagtagagcaaaagttagccttaaagcctgaaaagatgaatgcaactagagaagtgctcagtgaatatggaaatatgtcaa 5311124  T
Q  420 gtgcatgtgtattgttcatcttagacgagatgagaaagaaatcagctcaagagggacttaagaccactgatgaaggacttgaatgggg 507  Q
    |||||||||| ||||| |||||||| || ||||||||||||||| ||||| | ||| | ||||| || |  ||||||||||| |||||    
T  5311125 gtgcatgtgttttgtttatcttagatgaaatgagaaagaaatcaactcaaaacggattgaagacaacgggagaaggacttgagtgggg 5311212  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 188; E-Value: 1e-101
Query Start/End: Original strand, 21 - 507
Target Start/End: Complemental strand, 46706782 - 46706295
Alignment:
Q  21 ttggacagtcttgttggacaagcattatttggagatagagctgctgcactcattgttggttctgaccctgtatcagaaattgagaaatctatatttgaga 120  Q
    |||||||| |||||||| |||||| | |||||||  |||||||||||||| |||||||||||||| || ||| |||||||||||||| ||||||||||||    
T  46706782 ttggacagccttgttgggcaagcactgtttggagtcagagctgctgcacttattgttggttctgatccagtaccagaaattgagaaacctatatttgaga 46706683  T
Q  121 tggtttggactgcacaaacaattgttccaaatagtgaaggtgccattgatggtcaccttcgtgatattggactaacatttcatcttcttaaagatgtcct 220  Q
    ||||||||||| |||||||||||| |||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||   |||||||||||| || ||||| |||||||| |     
T  46706682 tggtttggacttcacaaacaattgctccagatagtgaaggagccattgatggtcaccttcgtgaagctggactaacattccaccttctaaaagatgttcc 46706583  T
Q  221 tgtgattgtctcaaa-aacattgataaagcactgattgaggcatttcaaccattaaacatctttgattacaactcaatattttggattgctcacccagat 319  Q
    || |||||| ||||| ||||||||||||||| |  ||||||| || ||||||||    || | ||||||||||||||| ||||||||||| ||||| | |    
T  46706582 tgggattgtttcaaagaacattgataaagcattagttgaggctttccaaccattgggaatttctgattacaactcaatcttttggattgcacaccctggt 46706483  T
Q  320 ggagccgcaattattggccaagttgagcaaaaattaaccttaaaacctgaaaagatgaaggtcactaagtaaattcttagtgaatatggtaatatgtcaa 419  Q
    ||  | |||||| | |  ||||| |||||||| ||| |||| || |||||||||||||  | |||||   || | |||||||||||||| ||||||||||    
T  46706482 ggccctgcaattttagatcaagtagagcaaaagttagccttgaagcctgaaaagatgagagccactagagaagtgcttagtgaatatggaaatatgtcaa 46706383  T
Q  420 gtgcatgtgtattgttcatcttagacgagatgagaaagaaatcagctcaagagggacttaagaccactgatgaaggacttgaatgggg 507  Q
    |||||||||| ||||| |||||||| || ||||||||||||||| ||||||| || || ||||| || |  |||||||||||||||||    
T  46706382 gtgcatgtgttttgtttatcttagatgaaatgagaaagaaatcaactcaagatggtctgaagacaacaggagaaggacttgaatgggg 46706295  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 180; E-Value: 7e-97
Query Start/End: Original strand, 21 - 507
Target Start/End: Original strand, 5302824 - 5303311
Alignment:
Q  21 ttggacagtcttgttggacaagcattatttggagatagagctgctgcactcattgttggttctgaccctgtatcagaaattgagaaatctatatttgaga 120  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||| || |||||||| |||||||| ||| |||||||||||||| ||||||||||||    
T  5302824 ttggacagtcttgttggacaagcactatttggagatggagctgctgctcttattgttggctctgaccccgtaccagaaattgagaaacctatatttgaga 5302923  T
Q  121 tggtttggactgcacaaacaattgttccaaatagtgaaggtgccattgatggtcaccttcgtgatattggactaacatttcatcttcttaaagatgtcct 220  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||  |||||||||| |||||||||||||||||||||||   ||||||||||||||| |||||||||||||| |     
T  5302924 tggtttggactgcacaaacaattgctcctgatagtgaaggagccattgatggtcaccttcgtgaagctggactaacatttcaccttcttaaagatgttcc 5303023  T
Q  221 tgtgattgtctcaaa-aacattgataaagcactgattgaggcatttcaaccattaaacatctttgattacaactcaatattttggattgctcacccagat 319  Q
    || |||||| ||||| ||||||  ||||||| || |||| || ||| | ||| |    || | ||||||||||||||| ||||||||||| || || | |    
T  5303024 tgggattgtttcaaagaacattactaaagcattggttgacgcttttgagccactgggaatttctgattacaactcaatcttttggattgcacatcccggt 5303123  T
Q  320 ggagccgcaattattggccaagttgagcaaaaattaaccttaaaacctgaaaagatgaaggtcactaagtaaattcttagtgaatatggtaatatgtcaa 419  Q
    ||| | |||||| | |  ||||| |||||||| ||| | || || |||||||||||||| |  ||||   || | || ||||||||||| ||||||||||    
T  5303124 ggacctgcaattctagatcaagtagagcaaaagttatcattgaagcctgaaaagatgaatgcaactagagaagtgctcagtgaatatggaaatatgtcaa 5303223  T
Q  420 gtgcatgtgtattgttcatcttagacgagatgagaaagaaatcagctcaagagggacttaagaccactgatgaaggacttgaatgggg 507  Q
    |||||||||| ||||| |||||||| || ||||||||||||||| || |||| ||  | ||||| ||||  |||||||||||||||||    
T  5303224 gtgcatgtgttttgtttatcttagatgaaatgagaaagaaatcaactaaagatgggttgaagacaactggagaaggacttgaatgggg 5303311  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 173; E-Value: 1e-92
Query Start/End: Original strand, 24 - 507
Target Start/End: Original strand, 5284639 - 5285123
Alignment:
Q  24 gacagtcttgttggacaagcattatttggagatagagctgctgcactcattgttggttctgaccctgtatcagaaattgagaaatctatatttgagatgg 123  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||| || |||||||| ||||||||  || |||||||||||| | |||||||||||||||    
T  5284639 gacagtcttgttggacaagcactatttggagatggagctgctgctcttattgttggctctgacccaataccagaaattgagagacctatatttgagatgg 5284738  T
Q  124 tttggactgcacaaacaattgttccaaatagtgaaggtgccattgatggtcaccttcgtgatattggactaacatttcatcttcttaaagatgtccttgt 223  Q
    ||||||||||||||||||||| |||  |||||||||| |||||||||||||||||||||||   ||||||||||||||| |||||||||||||| | ||     
T  5284739 tttggactgcacaaacaattgctcctgatagtgaaggagccattgatggtcaccttcgtgaagctggactaacatttcaccttcttaaagatgttcctgg 5284838  T
Q  224 gattgtctcaaa-aacattgataaagcactgattgaggcatttcaaccattaaacatctttgattacaactcaatattttggattgctcacccagatgga 322  Q
    |||||| ||||| ||||||  ||||||| || ||||||| ||| | |||||    || | ||||||||||||||| ||||||||||| || || | ||||    
T  5284839 gattgtttcaaagaacattactaaagcattggttgaggcttttgagccattgggaatttctgattacaactcaatcttttggattgcacatcccggtgga 5284938  T
Q  323 gccgcaattattggccaagttgagcaaaaattaaccttaaaacctgaaaagatgaaggtcactaagtaaattcttagtgaatatggtaatatgtcaagtg 422  Q
     | |||||| | |  ||||| |||||||| ||| |||| || |||||||||||||| |  || |   || | || ||||||||||| |||||||||||||    
T  5284939 cctgcaattctagatcaagtagagcaaaagttagccttgaagcctgaaaagatgaatgcaaccagagaagtgctcagtgaatatggaaatatgtcaagtg 5285038  T
Q  423 catgtgtattgttcatcttagacgagatgagaaagaaatcagctcaagagggacttaagaccactgatgaaggacttgaatgggg 507  Q
    ||||||| ||||| ||||| || || ||||||||||||||| ||||| | ||| | ||||| || |  |||||||||||||||||    
T  5285039 catgtgttttgtttatcttggatgaaatgagaaagaaatcaactcaaaacggattgaagacaacgggagaaggacttgaatgggg 5285123  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 173; E-Value: 1e-92
Query Start/End: Original strand, 24 - 507
Target Start/End: Original strand, 5315442 - 5315926
Alignment:
Q  24 gacagtcttgttggacaagcattatttggagatagagctgctgcactcattgttggttctgaccctgtatcagaaattgagaaatctatatttgagatgg 123  Q
    ||||| ||||||||||||||| ||||||||||| |||| ||||| || |||||||| |||||||| ||| ||||||| |||||| |||||||||||||||    
T  5315442 gacagccttgttggacaagcactatttggagatggagcggctgctcttattgttggctctgacccagtaccagaaatagagaaacctatatttgagatgg 5315541  T
Q  124 tttggactgcacaaacaattgttccaaatagtgaaggtgccattgatggtcaccttcgtgatattggactaacatttcatcttcttaaagatgtccttgt 223  Q
    ||||||||||||||||||||| |||  |||||||||| |||||||||||||||||||||||   ||||||||||||||| |||||||||||||| | ||     
T  5315542 tttggactgcacaaacaattgctcctgatagtgaaggagccattgatggtcaccttcgtgaagctggactaacatttcaccttcttaaagatgttcctgg 5315641  T
Q  224 gattgtctcaaa-aacattgataaagcactgattgaggcatttcaaccattaaacatctttgattacaactcaatattttggattgctcacccagatgga 322  Q
    |||||| ||||| ||||||  ||||||| || ||||||| ||  | |||||    || | ||||||||||||||| ||||||||||| || || | ||||    
T  5315642 gattgtttcaaagaacattactaaagcattggttgaggctttcgagccattgggaatttctgattacaactcaatcttttggattgcacatcccggtgga 5315741  T
Q  323 gccgcaattattggccaagttgagcaaaaattaaccttaaaacctgaaaagatgaaggtcactaagtaaattcttagtgaatatggtaatatgtcaagtg 422  Q
     | |||||| | |  ||||| |||||||| ||| ||||||| |||||||||||||| |  ||||   || | || ||||||||||| |||||||||||||    
T  5315742 cctgcaattctagatcaagtggagcaaaagttagccttaaagcctgaaaagatgaatgcaactagagaagtgctcagtgaatatggaaatatgtcaagtg 5315841  T
Q  423 catgtgtattgttcatcttagacgagatgagaaagaaatcagctcaagagggacttaagaccactgatgaaggacttgaatgggg 507  Q
    | ||||| ||||| |||||||| || ||||||||||||||| || |||| ||| | ||||| || |  |||||||||||||||||    
T  5315842 cgtgtgttttgtttatcttagatgaaatgagaaagaaatcaactaaagacggattgaagacaacgggagaaggacttgaatgggg 5315926  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 172; E-Value: 4e-92
Query Start/End: Original strand, 21 - 507
Target Start/End: Complemental strand, 5289491 - 5289004
Alignment:
Q  21 ttggacagtcttgttggacaagcattatttggagatagagctgctgcactcattgttggttctgaccctgtatcagaaattgagaaatctatatttgaga 120  Q
    |||||||| |||||||| |||||| | ||||||||| |||||||||| || ||||||||||||||||| ||| |||||||||||||| ||||||||||||    
T  5289491 ttggacagccttgttgggcaagcactgtttggagatggagctgctgctcttattgttggttctgacccagtaccagaaattgagaaacctatatttgaga 5289392  T
Q  121 tggtttggactgcacaaacaattgttccaaatagtgaaggtgccattgatggtcaccttcgtgatattggactaacatttcatcttcttaaagatgtcct 220  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||  |||||||||| ||||||||||| |||||||||||   ||||||||||||||| |||||||||||||| |     
T  5289391 tggtttggactgcacaaacaattgctccggatagtgaaggagccattgatggccaccttcgtgaagctggactaacatttcaccttcttaaagatgttcc 5289292  T
Q  221 tgtgattgtctcaaa-aacattgataaagcactgattgaggcatttcaaccattaaacatctttgattacaactcaatattttggattgctcacccagat 319  Q
    || |||||| ||||| |||||   ||||||| || ||||||| ||  | |||||    || | ||||||||||||||| ||||||||||| || || | |    
T  5289291 tgggattgtttcaaagaacatcactaaagcattggttgaggctttcgagccattgggaatttctgattacaactcaatcttttggattgcacatcccggt 5289192  T
Q  320 ggagccgcaattattggccaagttgagcaaaaattaaccttaaaacctgaaaagatgaaggtcactaagtaaattcttagtgaatatggtaatatgtcaa 419  Q
    ||| | |||||| | |  ||||| |||||||| ||| ||||||| |||||||||||||| |  ||||   || | || ||||||||||| ||||||||||    
T  5289191 ggacctgcaattctagatcaagtggagcaaaagttagccttaaagcctgaaaagatgaatgcaactagagaagtgctcagtgaatatggaaatatgtcaa 5289092  T
Q  420 gtgcatgtgtattgttcatcttagacgagatgagaaagaaatcagctcaagagggacttaagaccactgatgaaggacttgaatgggg 507  Q
    |||||||||| ||||| |||||||| || ||||||||||||||| |   ||| ||| | ||||| ||||  |||||||||||||||||    
T  5289091 gtgcatgtgttttgtttatcttagatgaaatgagaaagaaatcaaccatagacggattgaagacaactggagaaggacttgaatgggg 5289004  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 171; Significance: 2e-91; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 171; E-Value: 2e-91
Query Start/End: Original strand, 30 - 507
Target Start/End: Complemental strand, 24163575 - 24163097
Alignment:
Q  30 cttgttggacaagcattatttggagatagagctgctgcactcattgttggttctgaccctgtatcagaaattgagaaatctatatttgagatggtttgga 129  Q
    ||||||||||||||  ||||||||||| ||||||||||| |||||||||| ||||||||  ||   |||||||||||| || |||||||| | |||||||    
T  24163575 cttgttggacaagctctatttggagatggagctgctgcagtcattgttggctctgacccaatacaggaaattgagaaacctctatttgagttagtttgga 24163476  T
Q  130 ctgcacaaacaattgttccaaatagtgaaggtgccattgatggtcaccttcgtgatattggactaacatttcatcttcttaaagatgtccttgtgattgt 229  Q
    | ||||||||||| | ||||||||||||||| || |||  ||| || ||||||||  |||| ||| |||||||||||  ||| ||||| |  |  |||||    
T  24163475 cagcacaaacaatcgctccaaatagtgaaggagctatttgtggccaacttcgtgaatttgggctatcatttcatctttgtaaggatgttccagacattgt 24163376  T
Q  230 ctcaaa-aacattgataaagcactgattgaggcatttcaaccattaaacatctttgattacaactcaatattttggattgctcacccagatggagccgca 328  Q
    |||||| || |||||||||||| || |||||||||| |||||||||   |||| ||||||||||||||| ||||||||||||||| | | |||| |||||    
T  24163375 ctcaaagaatattgataaagcattgtttgaggcattccaaccattaggtatctctgattacaactcaatcttttggattgctcactctggtggacccgca 24163276  T
Q  329 attattggccaagttgagcaaaaattaaccttaaaacctgaaaagatgaaggtcactaagtaaattcttagtgaatatggtaatatgtcaagtgcatgtg 428  Q
    ||| | | | || ||||| |||| ||| |||| ||||||||||||||||  | |||||   |||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  24163275 attctagacaaaattgaggaaaagttagccttgaaacctgaaaagatgagtgccactagaaaaatgcttagtgaatatggtaacatgtcaagtgcatgtg 24163176  T
Q  429 tattgttcatcttagacgagatgagaaagaaatcagctcaagagggacttaagaccactgatgaaggacttgaatgggg 507  Q
    |||| ||||||||||| ||||||||||| ||||| |||||||| ||||| |||||||| |  ||||| |||||||||||    
T  24163175 tattattcatcttagatgagatgagaaacaaatcggctcaagatggactaaagaccacaggagaagggcttgaatgggg 24163097  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 64; Significance: 1e-27; HSPs: 2)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 64; E-Value: 1e-27
Query Start/End: Original strand, 121 - 463
Target Start/End: Complemental strand, 37863084 - 37862741
Alignment:
Q  121 tggtttggactgcacaaacaattgttccaaatagtgaaggtgccattgatggtcaccttcgtgatattggactaacatttcatcttcttaaagatgtcct 220  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||| || ||||||||||||||||| ||    ||||| ||||| ||||| || || ||||| |     
T  37863084 tggtttggactgcacaaacaatcgttccagatagtgaaggagctattgatggtcaccttcgagaagcaggactgacattccatctcctcaaggatgttcc 37862985  T
Q  221 tgtgattgtctcaaa-aacattgataaagcactgattgaggcatttcaaccattaaacatctttgattacaactcaatattttggattgctcacccagat 319  Q
    ||   |||||||||| |||||||| ||||| ||  ||||||||||||| || || || ||||  |||||||| || || |||||||| || ||||||| |    
T  37862984 tggccttgtctcaaagaacattgagaaagctcttgttgaggcatttcagcctttgaatatctcggattacaattccatcttttggatcgcgcacccaggt 37862885  T
Q  320 ggagccgcaattattggccaagttgagcaaaaattaaccttaaaacctgaaaagatgaaggtcactaagtaaattcttagtgaatatggtaatatgtcaa 419  Q
    ||| | |||||| ||| ||||||||| |  ||||||  |||||| || || || ||| | | ||||    |  | ||||| ||||||||||| |||||||    
T  37862884 ggaccagcaattcttgaccaagttgaactcaaattaggcttaaagccagagaaaatgcaagccactcgacatgtacttagcgaatatggtaacatgtcaa 37862785  T
Q  420 gtgcatgtgtattgttcatcttagacgagatgagaaagaaatca 463  Q
    |||| |||||  | |||||||| || |||||||| | |||||||    
T  37862784 gtgcgtgtgtgctattcatcttggatgagatgaggatgaaatca 37862741  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000009
Query Start/End: Original strand, 121 - 453
Target Start/End: Complemental strand, 37859058 - 37858725
Alignment:
Q  121 tggtttggactgcacaaacaattgttccaaatagtgaaggtgccattgatggtcaccttcgtgatattggactaacatttcatcttcttaaagatgtcct 220  Q
    |||| |||||||||||||| ||  ||||| |||||||||| || ||||| ||||||||||||||  | || || ||||| ||||| || || ||||| |     
T  37859058 tggtatggactgcacaaacgatccttccagatagtgaaggagcaattgacggtcaccttcgtgaagtcgggcttacattccatctcctcaaggatgttcc 37858959  T
Q  221 tgtgattgtctcaaa-aacattgataaagcactgattgaggcatttcaaccattaaacatctttgattacaactcaatattttggattgctcacccagat 319  Q
    ||   || ||||||| |||||||| ||||| ||   |||||| |||||||| |||   |||| ||||||||| || || |||||||| || ||||| | |    
T  37858958 tggtcttatctcaaagaacattgagaaagctcttgctgaggcctttcaacctttaggtatctctgattacaattccatcttttggatcgcacaccctggt 37858859  T
Q  320 ggagccgcaattattggccaagttgagcaaaaattaaccttaaaacctgaaaagatgaaggtcactaagtaaattcttagtgaatatggtaatatgtcaa 419  Q
    ||| | |||||| | | |||||| ||    ||||||| |||||| || || || ||| | | ||||    |  | ||||| || |||||||| |||||||    
T  37858858 ggaccagcaattctggaccaagtggaagccaaattaagcttaaagccagagaaaatgcaagccactcgacatgtgcttagcgagtatggtaacatgtcaa 37858759  T
Q  420 gtgcatgtgtattgttcatcttagacgagatgag 453  Q
    |||||||||| || |||||||| || ||||||||    
T  37858758 gtgcatgtgtgttattcatcttggatgagatgag 37858725  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 44; Significance: 0.000000000000001; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 44; E-Value: 0.000000000000001
Query Start/End: Original strand, 126 - 217
Target Start/End: Original strand, 35251251 - 35251342
Alignment:
Q  126 tggactgcacaaacaattgttccaaatagtgaaggtgccattgatggtcaccttcgtgatattggactaacatttcatcttcttaaagatgt 217  Q
    |||||||||||||||||  ||||  ||||| |||| || ||||||||||||||||||||  ||||||||||||| |||||||| || |||||    
T  35251251 tggactgcacaaacaatccttcctgatagtcaaggagctattgatggtcaccttcgtgaggttggactaacattccatcttctcaaggatgt 35251342  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University