View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF8971_low_7 (Length: 902)

Name: NF8971_low_7
Description: NF8971
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF8971_low_7
NF8971_low_7
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (12-883)||(8892951-8893827)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 700; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 700; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 12 - 883
Target Start/End: Complemental strand, 8893827 - 8892951
Alignment:
Q  12 gtttggtgttggatgagaattatggggtggtgggtgtgaaacttatatttcaaggcaggttgaggtggaaaactggtgagataaaatctgcacattataa 111  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8893827 gtttggtgttggatgagaattatggggtggtgggtgtgaaacttatatttcaaggcaggttgaggtggaaaactggtgagataaaatctgcacattataa 8893728  T
Q  112 tatgtatgccaagtgtgatttattgttgggtttgaagaaaggtcttgttggtcagattcctcttattggtgctcctgtttgtgatgtggatacatgaagc 211  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  8893727 tatgtatgccaagtgtgatttattgttgggtttgaagaaaggtcttgttggtcagattcctcttattggtgctccagtttgtgatgtggatacatgaagc 8893628  T
Q  212 tatgagagctattttcatcctcgtgttttcttaaaaaaccgacccgtttggaagtaccgttttaaatatataaggaaaaacatggtctttccacctcgaa 311  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  8893627 tatgagagctattttcatcctcgtgttttcttaaaaaaccgacccgtttggaagtaccgttttaaatatatagggaaaaacatggtctttccacctcgaa 8893528  T
Q  312 tgagtgagttagacaaaaccgtgtttttccatgcagaacaatatttccaaatggaatcgggtttttaagaaaacttgtggagaacaaaaagcagtttaaa 411  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  8893527 tgagtgagttagacaaaactgtgtttttccgtgcagaacaatatttccaaatggaatcgggtttttaagaaaacttgtggggaacaaaaagcagtttaaa 8893428  T
Q  412 ttatagcttcatttgcgtgtaataaagtatattaatg--tgttagnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnattcacattttaatgattctaaaatcagtaggtat 509  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||                     ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8893427 ttatagcttcatttgcgtgtaataaagtatattaatgtgtgttagttttttttctttttttttc--ttcacattttaatgattctaaaatcagtaggtat 8893330  T
Q  510 tcttgcatatgggtgctttttgtgtaacagaaattgtattttttatgacatcatttttccccacttcatctttatactctatccctaatttgtgtatata 609  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8893329 tcttgcatatgggtgctttttgtgtaacagaaattgtattttttatgacatcatttttccccacttcatctttatactctatccctaatttgtgtatata 8893230  T
Q  610 gaccggaagagatttacaaaccgttcgatcaagatccaatgatttga------------atgtgaaaaataatttagcaaagtcgaaatatgaaccgtat 697  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||            |||||||||||||||       |||||||||||||||||||    
T  8893229 gactggaagagatttacaaaccgttcgatcaagatccgatgatttgattttatgtttgtatgtgaaaaataatt-------gtcgaaatatgaaccgtat 8893137  T
Q  698 gaaatgttgcattgaatgcaaacattttgaactcaaattcttaatttcaaacatgcaaaatagagtatgaattttggttcatgtaattggaaaatatgcc 797  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  8893136 gaaatgttgcattgaatgcaaacattttgaactcaaattcttaatttcaaacatgcaaaatagagtatgaattttggttcatgtaattggaaaatatgca 8893037  T
Q  798 atcgaataatttggatcattcgattatgatcaagtttaatattttgtatctaagtaggaacacgaaccgtctagttataagatcca 883  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  8893036 atcgaataatttggatcattcgattatgatcaaatttaatattttgtatctaagtaggaacacgaatcgtctagttataagatcca 8892951  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University