View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF8973_low_1 (Length: 1003)

Name: NF8973_low_1
Description: NF8973
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF8973_low_1
NF8973_low_1
[»] chr1 (4 HSPs)
chr1 (8-977)||(41144288-41145257)
chr1 (8-662)||(41127742-41128393)
chr1 (8-633)||(41119872-41120497)
chr1 (858-894)||(41120919-41120955)
[»] chr5 (1 HSPs)
chr5 (145-561)||(41033772-41034195)
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (91-171)||(31129974-31130054)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 850; Significance: 0; HSPs: 4)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 850; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 977
Target Start/End: Original strand, 41144288 - 41145257
Alignment:
Q  8 tttggtgttccaacagcacttaatagagtagacactatatttttatattcatcatctaaattctcaacaaaatcttgagacacaaaagtatatgacaaaa 107  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  41144288 tttggtgttccaacagcacttaatagagtagacactatatttttatattcatcatctaaattctcaacaaaatcttgagacacaaaagtatatgacaaaa 41144387  T
Q  108 aattaatgcaagccttgaaagcagctcttccaacatcaacagcttcaccggttaagctgcttttatgcatatcatttagaagatcttttaatttcatacg 207  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||    
T  41144388 aattaatgcaagccttgaaagcagctcttccaacatcaacagcttcaccagttatgctgcttttatgcatatcatttagaagatcttttaatttctttcg 41144487  T
Q  208 tctaagctcttgacttccatcaagagttttggtagagaataaattattatgacatattttcctaagatgttgccaaagaggtgaaaatgggaggaaaact 307  Q
    |||||| |||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  41144488 tctaagttcttgacttccatcaagagtcttggtagataataaattattatgacatattttcctaagatgttgccaaagaggtgaaaatgggaggaaaact 41144587  T
Q  308 aagctaaaattgttgtgattgtgcgttgttgtgttatcaggaacagatctatcagtgaacaatgaatcatttgtaaaaagaatttctttggccatatgtg 407  Q
    |||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  41144588 aagctaaaattgttgtgattttgagttgttgtgttatcaggaacagatctatcagtgaacaatgaatcatttgtaaaaagaatctctttggccatatgtg 41144687  T
Q  408 atgatgagatgattatggtagtttctgtgcataatttaatacgcataataggaccatagaacttagcaagttttgcaagtgtttgttgtggcttgttgta 507  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||| |||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||    
T  41144688 atgatgagatgattatggtagtttctgtgcataacttaatgcgcataataggaccatataacttagcaaattctgcaagtgtttgttgtggcttgttgta 41144787  T
Q  508 caattcaacaacatgtgacatgatggtgaaaaaggaaggtccaggtggaagcttgtagttaggttttttgcttctggcaagaaatgaaccaaaaaagtat 607  Q
    |||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  41144788 caattcaacaacatttgacatgatagtgaaaaaggaaggtccaggtggaagcttgtagttaggttttttgcttctgccaagaaatgaaccaaaaaagtat 41144887  T
Q  608 gtgacaatgcatgccaacaaaaagagcatagcaccactaccataatccatatctgaaagnnnnnnnntcaggacaagtaaaatatgtgttagcaccaagg 707  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||        |||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  41144888 gtgacaatgcatgtcaacaaaaagagcatagcaccactaccataatccatatctgaaagaaaaaaaatcaggacaagtaaagtatgtgttagcaccaagg 41144987  T
Q  708 agacaggaaattttaatttgttgtattacttataagtaattcatcatattgaatataataataatgtgagcagaaattttcacaaaaatttaagcatagt 807  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  41144988 agacaggaaattttaatttgttgtattacttataagtaattcatgatattgaatattataataatgtgagcagaaattttcacaaaaatttaagcatagt 41145087  T
Q  808 acattatacatcacatatggtcaggtttagttaattcatatactatattgacattataaattaatggcattggaaacactatcatcaaaatctgaatatg 907  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  41145088 acattatacatcacatatggtcaggtttagttaattcatatactatattgacattataaattaatggcattggaaacactatcatcaaaatctgaatatg 41145187  T
Q  908 ggaaagagagatgagaggtaagataaggtaagaacttacctttctcaagcacaagaaatcaatcaggata 977  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  41145188 ggaaagagagatgagaggtaaggtaaggtaagaacttacctttctcaagcacaagaaatcaaccaggata 41145257  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 501; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 662
Target Start/End: Complemental strand, 41128393 - 41127742
Alignment:
Q  8 tttggtgttccaacagcacttaatagagtagacactatatttttatattcatcatctaaattctcaacaaaatcttgagacacaaaagtatatgacaaaa 107  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  41128393 tttggtgttccaacagcacttaatagagtagacactatatttttatattcatcatctaaattctcaacaaaatcttgagacacaaaagtatatgacaaaa 41128294  T
Q  108 aattaatgcaagccttgaaagcagctcttccaacatcaacagcttcaccggttaagctgcttttatgcatatcatttagaagatcttttaatttcatacg 207  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  41128293 aattaatgcaagccttgaaagcagctcttccaacatcaacagcttcaccagttatgctgcttttatgcatatcatttagaagatcttttaatttcatacg 41128194  T
Q  208 tctaagctcttgacttccatcaagagttttggtagagaataaattattatgacatattttcctaagatgttgccaaagaggtgaaaatgggaggaaaact 307  Q
    |||||| |||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  41128193 tctaagatcttgacttccatcaagagtcttggtagaaaataaattattatgacatattttcctaagatgttgccaaagaggtgaaaatgggaggaaaact 41128094  T
Q  308 aagctaaaattgttgtgattgtgcgttgttgtgttatcaggaacagatctatcagtgaacaatgaatcatttgtaaaaagaatttctttggccatatgtg 407  Q
    |||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  41128093 aagctaaaattgttgtgattatgagttgttgtgttatcaggaacagatctatcagtgaacaatgaatcatttgtaaaaagaatctctttggccatatgtg 41127994  T
Q  408 atgatgagatgattatggtagtttctgtgcataatttaatacgcataataggaccatagaacttagcaagttttgcaagtgtttgttgtggcttgttgta 507  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||| ||||||||||||||||| |||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||    
T  41127993 atgatgagatgattatggtagtttctgtgcatagcttaatgcgcataataggaccatataacttagcaaattctgcaagtgtttgttgtggcttgttgta 41127894  T
Q  508 caattcaacaacatgtgacatgatggtgaaaaaggaaggtccaggtggaagcttgtagttaggttttttgcttctggcaagaaatgaaccaaaaaagtat 607  Q
    |||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||| |||||   ||| | |||||| |||  |||       
T  41127893 caattcaacaacatttgacatgatagtgaaaaaggaaggtccaggtggaagcttgtagtttgattttctgctt---gcatgcaatgaatcaatgaagatg 41127797  T
Q  608 gtgacaatgcatgccaacaaaaagagcatagcaccactaccataatccatatctg 662  Q
    ||||||||||||| || |||||||||||| |||| | |   ||||||||||||||    
T  41127796 gtgacaatgcatgtcaccaaaaagagcattgcactagtcatataatccatatctg 41127742  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 362; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 633
Target Start/End: Original strand, 41119872 - 41120497
Alignment:
Q  8 tttggtgttccaacagcacttaatagagtagacactatatttttatattcatcatctaaattctcaacaaaatcttgagacacaaaagtatatgacaaaa 107  Q
    ||||||||||||| |||  | || | ||| |||| ||||| ||||||||||||||| |||   |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  41119872 tttggtgttccaatagctttcaagatagtggacaatatatctttatattcatcatccaaagattcaacaaaatcttgagacacaaaagtatatgacaaaa 41119971  T
Q  108 aattaatgcaagccttgaaagcagctcttccaacatcaacagcttcaccggttaagctgcttttatgcatatcatttagaagatcttttaatttcatacg 207  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||  |||||||||||||||||    
T  41119972 aattaatgcaagccttgaaagcagctcttccaatatcaacagcttcaccggttaagctgcttttatgcatatcattgagaaagtcttttaatttcatacg 41120071  T
Q  208 tctaagctcttgacttccatcaagagttttggtagagaataaattattatgacatattttcctaagatgttgccaaagaggtgaaaatgggaggaaaact 307  Q
    |||||| ||||||||| |||||||||| ||| | ||||||||||  ||||| |||||||| ||||| |||||||| |||||||||||||||||||| |||    
T  41120072 tctaagttcttgacttgcatcaagagtcttgttggagaataaatggttatggcatatttttctaaggtgttgccagagaggtgaaaatgggaggaagact 41120171  T
Q  308 aagctaaaattgttgtgattgtgcgttgttgtgttatcaggaacagatctatcagtgaacaatgaatcatttgtaaaaagaatttctttggccatatgtg 407  Q
    |||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||  |||  |||||| ||||||||||||| ||    
T  41120172 aagctaaaattgttgtgattatgagttgttgtgttatcaggaacagatctatcaatgaacaatgaatcatgagtatgaagaatctctttggccatatctg 41120271  T
Q  408 atgatgagatgattatggtagtttctgtgcataatttaatacgcataataggaccatagaacttagcaagttttgcaagtgtttgttgtggcttgttgta 507  Q
    |||| ||||| ||||| ||||||||||| ||||||||||||| ||||| ||||||||| ||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  41120272 atgaagagattattattgtagtttctgtccataatttaatactcataacaggaccataaaacctagcaaattttgcaagtgtttgttgtggcttgttgta 41120371  T
Q  508 caattcaacaacatgtgacatgatggtgaaaaaggaaggtccaggtggaagcttgtagttaggttttttgcttctggcaagaaatgaaccaaaaaagtat 607  Q
    ||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||| || ||||||||| || | || | |||| || || | ||| | | |||||||||||||||     
T  41120372 caattcaacaacatgtgacatgataatgaaaaaggaaggccctggtggaagcatgcaatttgattttctgatttttgcatgtagtgaaccaaaaaagtac 41120471  T
Q  608 gtgacaatgcatgccaacaaaaagag 633  Q
    ||||||||||||| || |||||||||    
T  41120472 gtgacaatgcatgtcagcaaaaagag 41120497  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 858 - 894
Target Start/End: Original strand, 41120919 - 41120955
Alignment:
Q  858 acattataaattaatggcattggaaacactatcatca 894  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  41120919 acattataaattaatggcattggaaacactatcatca 41120955  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 160; Significance: 1e-84; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 160; E-Value: 1e-84
Query Start/End: Original strand, 145 - 561
Target Start/End: Complemental strand, 41034195 - 41033772
Alignment:
Q  145 aacagcttcaccggttaagctgcttttatgcatatc--atttagaagatcttttaatttcatacgtctaagctcttgacttccatcaagagttttggtag 242  Q
    |||||||| ||| ||||| || ||||||||||||||  ||| ||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||| |||||||| | ||| | |    
T  41034195 aacagctttaccagttaaactacttttatgcatatctcattgagaagatctttcaatttcatacgtctaagttcttgacttgcatcaagattcttgtttg 41034096  T
Q  243 agaataaattattatgacatattttcctaagatgttgccaaagaggtgaaaatgggaggaaaactaagctaaaattgttgtgattgtgcgttgttgtgtt 342  Q
    |||||| || || ||| ||  |||| ||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||  || ||||||||| |    
T  41034095 agaatagatgataatggcacgtttttctaaggtgttgcaaaagaggtgaaaatgggaggaaaactatgctaaaattgttgtgatcatgagttgttgtgat 41033996  T
Q  343 atcaggaacagatctatcagtgaacaatgaatcatttgtaaaaagaatttctttggccatatgtgatgatgagatgattatggtagtttctg----tgca 438  Q
    ||||||||||||||| |||  | ||||||||||||  |||  |||||| ||||| ||||||| |||||| ||||| ||||||||||| || |    ||||    
T  41033995 atcaggaacagatctgtcacagcacaatgaatcatgagtattaagaatctctttagccatatctgatgaagagatcattatggtagtctcggtgcatgca 41033896  T
Q  439 taatttaatacgcataataggaccatagaacttagcaagttttgcaagtgtttgttgtgg-cttgttgtacaattcaacaacatgtgacatgatggtgaa 537  Q
    ||| ||||||| |||||||||||||||||| ||||||| |||||| || ||||| |||||  || ||||| ||||||| ||| ||||||||||| || ||    
T  41033895 taacttaatactcataataggaccatagaatttagcaaattttgctagggtttgatgtggtttttttgtataattcaaaaacgtgtgacatgatagtaaa 41033796  T
Q  538 aaaggaaggtccaggtggaagctt 561  Q
    || ||||||||| |||||||||||    
T  41033795 aatggaaggtcctggtggaagctt 41033772  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 38; Significance: 0.000000000006; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000006
Query Start/End: Original strand, 91 - 171
Target Start/End: Complemental strand, 31130054 - 31129974
Alignment:
Q  91 aaaagtatatgacaaaaaatt-aatgcaagccttgaaagcagctcttccaacatcaacagcttcaccggttaagctgctttt 171  Q
    |||||| | |||||||||||| |||| ||| ||| |||||||||||||| |||||||||||||||||  |||||||||||||    
T  31130054 aaaagtgtttgacaaaaaattcaatg-aagtcttaaaagcagctcttcctacatcaacagcttcaccaattaagctgctttt 31129974  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University