View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF8974_low_3 (Length: 709)

Name: NF8974_low_3
Description: NF8974
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF8974_low_3
NF8974_low_3
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (17-697)||(26086108-26086788)
[»] chr8 (13 HSPs)
chr8 (311-688)||(14727470-14727856)
chr8 (275-649)||(28865710-28866078)
chr8 (275-649)||(15329613-15329984)
chr8 (275-649)||(15509982-15510353)
chr8 (309-479)||(28693149-28693320)
chr8 (581-688)||(30648607-30648714)
chr8 (527-650)||(26089008-26089131)
chr8 (314-450)||(26090186-26090318)
chr8 (202-385)||(29552813-29552993)
chr8 (273-458)||(30648837-30649019)
chr8 (273-481)||(26089156-26089364)
chr8 (274-343)||(24509391-24509460)
chr8 (366-457)||(27714295-27714386)
[»] chr7 (2 HSPs)
chr7 (528-687)||(17292838-17292997)
chr7 (528-642)||(6611070-6611184)
[»] chr3 (2 HSPs)
chr3 (309-458)||(4819862-4820011)
chr3 (528-648)||(4819672-4819792)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 649; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 649; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 17 - 697
Target Start/End: Original strand, 26086108 - 26086788
Alignment:
Q  17 agttttgagtacacaacaaaagttaaacaaacaaatgggccagttataagaacaacaaaagggattttaacaaaaatggcgctggcatatgtaggggata 116  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  26086108 agttttgagtagacaacaaaagttaaacaaacaaatgggccagttataagaacaacaaaagggattttaacaaaaatggcgctggcatatgcaggggata 26086207  T
Q  117 tcttcaacatagagatcatataacaaagggaaaaccaatacattagcatgtacacaaccatgcattgcatcacacttgaggtcataataattattgttgt 216  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26086208 tcttcaacatagagatcatataacaaagggaaaaccaatacattagcatgtacacaaccatgcattgcatcacacttgaggtcataataattattgttgt 26086307  T
Q  217 aattgatgtataaaaggaaagcatatttgaaactgaaaacagacagaaaatagcttctgacaagacagatttcccaacatttccttgggtactagaaata 316  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26086308 aattgatgtataaaaggaaagcatatttgaaactgaaaacagacagaaaatagcttctgacaagacagatttcccaacatttccttgggtactagaaata 26086407  T
Q  317 gtagaattggaggaagcgatgttcaaactatcgtcaccggcactactcggataaactccaccagggggagtcagagctgattcatacatggtagtcgcaa 416  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26086408 gtagaattggaggaagtgatgttcaaactattgtcaccggcactactcggataaactccaccagggggagtcagagctgattcatacatggtagtcgcaa 26086507  T
Q  417 taagagctgcgactattaaccaaatgttgcgttgctcctctgtcatgtcacttctaatacgaattgtctgaattaacaatttatacatagttgttgtctt 516  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  26086508 taagagctgcgactattaaccaaatgttgcgttgctcctctgtcatgtcacttctaatacgaattgtctgaattaacaatttatacatagttgttttctt 26086607  T
Q  517 cgaccttggcatatgtgcaagtgtgggagcatcagcgacttccatgctagattttgctcctgcccttaataatatactcttgatctttggagtgcttgct 616  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26086608 cgaccttagcatatgtgcaagtgtgggagcatcagcgacttccatgctagattttgctcctgcccttaataatatactcttgatctttggagtgcttgct 26086707  T
Q  617 atgtctaatgctgttttattctccaaattctttgcctcgaaatttataccagtacttagcaacaatagaagtttctctgct 697  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  26086708 atgtctaatgctgttttgttctccaaattctttgcctcgaaatttataccagtacttagcaacaatagaagtttctgtgct 26086788  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 145; Significance: 6e-76; HSPs: 13)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 145; E-Value: 6e-76
Query Start/End: Original strand, 311 - 688
Target Start/End: Complemental strand, 14727856 - 14727470
Alignment:
Q  311 gaaatagtagaattggaggaagcgatgttcaaactatcgtcaccggcactactcggataaactccaccagggggagtcagagctgattcatacatggtag 410  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||| ||| |||||| |||||| || |||||||||||||||||||| ||| | ||||||  ||||||| ||    
T  14727856 gaaatagtagaattggaggaagtgatgttcaaattattgtcaccagcactaatctgataaactccaccagggggactcaaaactgattggtacatggcag 14727757  T
Q  411 tcgcaataagagctgcgactattaaccaaatgttgcgttgctcctctgtcatgtcacttctaatacgaattgtctgaattaacaatttat---acatagt 507  Q
    | ||||||||||  |||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| | ||| || ||| |  || ||||||||    ||||||    
T  14727756 ttgcaataagagtggcgactatcaaccaaatgttgcgttgctcttctgtcatgtcacttctagtgcgagttatctcagataccaatttattactcatagt 14727657  T
Q  508 t---gttgt---cttcgaccttggcatatgtgcaagtgtgggagcatcagcgacttccatgctagattttgctcctgcccttaataatatactcttgatc 601  Q
    |   |||||   | |  ||||   | |||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||  |||||||||  | ||||||||||||||||| |||    
T  14727656 tttggttgtggccattaacctcaacctatgtgcacgtgtgggagcatcagcgacttctatgctatgttttgctccaacacttaataatatactcttcatc 14727557  T
Q  602 tttggagtgcttgctatgtctaatgctgttttattctccaaattctttgcctcgaaatttataccagtacttagcaacaatagaagt 688  Q
    | ||| ||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||  ||||||||||||||||||| ||||||| |||||    
T  14727556 tctggggtgcttgttatgtctaatgctgttttgttctccaaattcttttccttcaaatttataccagtacttaccaacaattgaagt 14727470  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 115; E-Value: 5e-58
Query Start/End: Original strand, 275 - 649
Target Start/End: Complemental strand, 28866078 - 28865710
Alignment:
Q  275 gacaagacagatttcccaacatttccttgggtactagaaatagtagaattggaggaagcgatgttcaaactatcgtcaccggcactactcggataaactc 374  Q
    ||||||||||||||||||||||||  | |||   |||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||| |||| | | |||| || |||||| ||    
T  28866078 gacaagacagatttcccaacattttttaggg---tagaaatagtagaattggaggaagtgatgttcaaattattgtcatcagaactaatctgataaaatc 28865982  T
Q  375 caccagggggagtcagagctgattcatacatggtagtcgcaataagagctgcgactattaaccaaatgttgcgttgctcctctgtcatgtcacttctaat 474  Q
    ||||||||||| |||||| ||||||  |||||||||| ||||||||||  || |||| ||||||| |||| |||| |||| |||| |||||| |||   |    
T  28865981 caccagggggactcagagttgattcgaacatggtagttgcaataagagtcgcaactactaaccaagtgttacgttcctcccctgttatgtcagttc---t 28865885  T
Q  475 acgaattgtctgaattaacaatttatacatagttgttgtcttcgaccttggcatatgtgcaagtgtgggagcatcagcgacttccatgctagattttgct 574  Q
    |||||   ||||| |  | ||||||| || | |||| ||||| |||||  ||  ||||||| ||||||||||||| | |||||| | ||| | ||||| |    
T  28865884 acgaaggttctgagtgtagaatttatccaaaattgtggtctttgacctaagccaatgtgcacgtgtgggagcatctgtgacttctaagcttggttttgat 28865785  T
Q  575 cctgcccttaataatatactcttgatctttggagtgcttgctatgtctaatgctgttttattctccaaattcttt 649  Q
    || || || |||||||||||||| |||| |||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  28865784 ccagcactgaataatatactcttaatctctggaatgcttgctatgtccaatgctgttttattctccaaattcttt 28865710  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 109; E-Value: 2e-54
Query Start/End: Original strand, 275 - 649
Target Start/End: Complemental strand, 15329984 - 15329613
Alignment:
Q  275 gacaagacagatttcccaacatttccttgggtactagaaatagtagaattggaggaagcgatgttcaaactatcgtcaccggcactactcggataaactc 374  Q
    ||||||| ||||||||||||||||  | |||   |||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||| |||| | |||||| || |||||||||    
T  15329984 gacaagatagatttcccaacattttttaggg---tagaaatagtagaattggaggaagtgatgttcaaattattgtcatcagcactaatctgataaactc 15329888  T
Q  375 caccagggggagtcagagctgattcatacatggtagtcgcaataagagctgcgactattaaccaaatgttgcgttgctcctctgtcatgtcacttctaat 474  Q
    ||||||||||| |||||| |||||| ||||||||||| ||||||||||  || |||| |||||||  ||| |||| |||| |||| |||| | ||||| |    
T  15329887 caccagggggactcagagttgattcgtacatggtagttgcaataagagtcgcaactactaaccaagcgttacgttcctcccctgttatgttagttctact 15329788  T
Q  475 acgaattgtctgaattaacaatttatacatagttgttgtcttcgaccttggcatatgtgcaagtgtgggagcatcagcgacttccatgctagattttgct 574  Q
    |  ||   |||||   || ||||||| ||||  ||| ||||| |||||  ||  ||||| | ||| ||||||||| | |||||| | ||| | |||||      
T  15329787 aaaaaggttctgagagaagaatttatccataagtgtggtctttgacctaagccaatgtgtaggtgagggagcatctgtgacttctaagcttggttttgac 15329688  T
Q  575 cctgcccttaataatatactcttgatctttggagtgcttgctatgtctaatgctgttttattctccaaattcttt 649  Q
    || || || ||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  15329687 ccagcactgaataatatactcttgatctctggaatgcttgctatgtccaatgctgttttattctccaaattcttt 15329613  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 109; E-Value: 2e-54
Query Start/End: Original strand, 275 - 649
Target Start/End: Complemental strand, 15510353 - 15509982
Alignment:
Q  275 gacaagacagatttcccaacatttccttgggtactagaaatagtagaattggaggaagcgatgttcaaactatcgtcaccggcactactcggataaactc 374  Q
    ||||||| ||||||||||||||||  | |||   |||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||| |||| | |||||| || |||||||||    
T  15510353 gacaagatagatttcccaacattttttaggg---tagaaatagtagaattggaggaagtgatgttcaaattattgtcatcagcactaatctgataaactc 15510257  T
Q  375 caccagggggagtcagagctgattcatacatggtagtcgcaataagagctgcgactattaaccaaatgttgcgttgctcctctgtcatgtcacttctaat 474  Q
    ||||||||||| |||||| |||||| ||||||||||| ||||||||||  || |||| |||||||  ||| |||| |||| |||| |||| | ||||| |    
T  15510256 caccagggggactcagagttgattcgtacatggtagttgcaataagagtcgcaactactaaccaagcgttacgttcctcccctgttatgttagttctact 15510157  T
Q  475 acgaattgtctgaattaacaatttatacatagttgttgtcttcgaccttggcatatgtgcaagtgtgggagcatcagcgacttccatgctagattttgct 574  Q
    |  ||   |||||   || ||||||| ||||  ||| ||||| |||||  ||  ||||| | ||| ||||||||| | |||||| | ||| | |||||      
T  15510156 aaaaaggttctgagagaagaatttatccataagtgtggtctttgacctaagccaatgtgtaggtgagggagcatctgtgacttctaagcttggttttgac 15510057  T
Q  575 cctgcccttaataatatactcttgatctttggagtgcttgctatgtctaatgctgttttattctccaaattcttt 649  Q
    || || || ||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  15510056 ccagcactgaataatatactcttgatctctggaatgcttgctatgtccaatgctgttttattctccaaattcttt 15509982  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 84; E-Value: 2e-39
Query Start/End: Original strand, 309 - 479
Target Start/End: Original strand, 28693149 - 28693320
Alignment:
Q  309 tagaaatagtagaattggaggaagcgatgttcaaactatcgtcaccggcactac-tcggataaactccaccagggggagtcagagctgattcatacatgg 407  Q
    ||||||||||||| || ||||||| |||||||||| ||  |||||| ||||||  || |||||| |||||||||||| ||||||||||||||| ||||||    
T  28693149 tagaaatagtagagtttgaggaagtgatgttcaaattactgtcaccagcactaaatctgataaattccaccagggggtgtcagagctgattcaaacatgg 28693248  T
Q  408 tagtcgcaataagagctgcgactattaaccaaatgttgcgttgctcctctgtcatgtcacttctaatacgaa 479  Q
    |||| ||||||||||  |||||||||||||||||||||||||| |||||||| | || | ||||||||||||    
T  28693249 tagttgcaataagagtcgcgactattaaccaaatgttgcgttgatcctctgttaagttatttctaatacgaa 28693320  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 64; E-Value: 1e-27
Query Start/End: Original strand, 581 - 688
Target Start/End: Complemental strand, 30648714 - 30648607
Alignment:
Q  581 cttaataatatactcttgatctttggagtgcttgctatgtctaatgctgttttattctccaaattctttgcctcgaaatttataccagtacttagcaaca 680  Q
    |||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||| ||||| |||||   |||||||||||  |||| |||||||||||||| |||||    
T  30648714 cttaataatatactcttgatctctggcgtgcttgctatgtctaatgcggttttgttctcactattctttgccttcaaatctataccagtacttaccaaca 30648615  T
Q  681 atagaagt 688  Q
    ||||||||    
T  30648614 atagaagt 30648607  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 56; E-Value: 8e-23
Query Start/End: Original strand, 527 - 650
Target Start/End: Complemental strand, 26089131 - 26089008
Alignment:
Q  527 atatgtgcaagtgtgggagcatcagcgacttccatgctagattttgctcctgcccttaataatatactcttgatctttggagtgcttgctatgtctaatg 626  Q
    ||||||| || |||||||||||||| || ||| ||||||| |||||||||    ||||||||||||||||| |  | |||||||||||||||||||||||    
T  26089131 atatgtgaaattgtgggagcatcagtgatttctatgctaggttttgctccaaaacttaataatatactcttcacatctggagtgcttgctatgtctaatg 26089032  T
Q  627 ctgttttattctccaaattctttg 650  Q
    | ||||| ||||||| ||||||||    
T  26089031 cggttttgttctccagattctttg 26089008  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #8
Raw Score: 48; E-Value: 5e-18
Query Start/End: Original strand, 314 - 450
Target Start/End: Complemental strand, 26090318 - 26090186
Alignment:
Q  314 atagtagaattggaggaagcgatgttcaaactatcgtcaccggcactactcggataaactccaccagggggagtcagagctgattcatacatggtagtcg 413  Q
    |||||||||||| |||||| ||||||| || ||| ||||||  | ||| || |||||||||||||| ||||||||| |||    |||||||||||||  |    
T  26090318 atagtagaattgaaggaagtgatgttccaattattgtcaccaaccctaatctgataaactccaccatggggagtcaaagc----tcatacatggtagatg 26090223  T
Q  414 caataagagctgcgactattaaccaaatgttgcgttg 450  Q
    |||||||||  ||||||||||||||||| ||| ||||    
T  26090222 caataagagacgcgactattaaccaaatcttgagttg 26090186  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #9
Raw Score: 46; E-Value: 7e-17
Query Start/End: Original strand, 202 - 385
Target Start/End: Complemental strand, 29552993 - 29552813
Alignment:
Q  202 aataattattgttgtaattgatgtataaaaggaaagcatatttgaaactgaaaacagacagaaaatagcttctgacaagacagatttcccaacatttcct 301  Q
    ||||||||||  || ||||||| |  |||||||||  |||||  ||| ||||||| || |||||  | ||||||||| ||| ||||| ||| ||||||||    
T  29552993 aataattattactgcaattgatatcaaaaaggaaactatattccaaaatgaaaaccgaaagaaatcaacttctgacatgaccgattttccagcatttcct 29552894  T
Q  302 tgggtactagaaatagtagaattggaggaagcgatgttcaaactatcgtcaccggcactactcggataaactccaccaggggga 385  Q
     |||||   |||||||||||||||||||||| |||||||||| | | |||||  ||| ||  | ||||||||||||||||||||    
T  29552893 agggta---gaaatagtagaattggaggaagtgatgttcaaatttttgtcactagcattaacctgataaactccaccaggggga 29552813  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #10
Raw Score: 44; E-Value: 0.000000000000001
Query Start/End: Original strand, 273 - 458
Target Start/End: Complemental strand, 30649019 - 30648837
Alignment:
Q  273 ctgacaagacagatttcccaacatttccttgggtactagaaatagtagaattggaggaagcgatgttcaaactatcgtcaccggcactactcggataaac 372  Q
    |||||||||| ||||||||| |||||||| ||| |   ||||| ||| |||||||||||| |||||||    ||  |||||| ||||||  | ||||||     
T  30649019 ctgacaagactgatttcccagcatttcctggggca---gaaatggtaaaattggaggaagtgatgttcgtgttagtgtcaccagcactaacctgataaat 30648923  T
Q  373 tccaccagggggagtcagagctgattcatacatggtagtcgcaataagagctgcgactattaaccaaatgttgcgttgctcctctg 458  Q
    ||||||||||||| |||   |||||| ||| |||| |||||||| |||||  || ||||| |||||| |||| |||||||||||||    
T  30648922 tccaccagggggactcaatcctgattgatagatggcagtcgcaacaagagtcgcaactatcaaccaagtgttacgttgctcctctg 30648837  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #11
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000007
Query Start/End: Original strand, 273 - 481
Target Start/End: Complemental strand, 26089364 - 26089156
Alignment:
Q  273 ctgacaagacagatttcccaacatttccttgggtactagaaatagtagaattggaggaagcgatgttcaaactat---cgtcaccggcactactcggata 369  Q
    ||||||| |||||||||||| |||||||| | |||   |||||||||||||||||||||| |||||||| || ||   | ||||  ||||||  | ||||    
T  26089364 ctgacaaaacagatttcccagcatttcctggagta---gaaatagtagaattggaggaagtgatgttcacaccattgccatcactagcactaacctgata 26089268  T
Q  370 aactccaccagggggagtcagagctgattcatacatggtagtcgcaataagagctgcgactattaaccaaatgttgcgttgctcctctgtcatgtcactt 469  Q
    || ||||| ||||||| |||   |||||| ||| || | ||| |||| |||||  || ||||| |||||| |||| ||||||||||| || || |  |||    
T  26089267 aattccactagggggactcaatcctgattgataaatcgcagttgcaacaagagtcgcaactatcaaccaactgttacgttgctcctcggttatatttctt 26089168  T
Q  470 ctaatacgaatt 481  Q
    ||||| ||||||    
T  26089167 ctaatgcgaatt 26089156  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #12
Raw Score: 34; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 274 - 343
Target Start/End: Complemental strand, 24509460 - 24509391
Alignment:
Q  274 tgacaagacagatttcccaacatttccttgggtactagaaatagtagaattggaggaagcgatgttcaaa 343  Q
    ||||||||| ||||||||| |||||||||||  |  |||||||||||||| |||||||| | ||||||||    
T  24509460 tgacaagaccgatttcccagcatttccttggtcagaagaaatagtagaatcggaggaagtggtgttcaaa 24509391  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #13
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 366 - 457
Target Start/End: Complemental strand, 27714386 - 27714295
Alignment:
Q  366 gataaactccaccagggggagtcagagctgattcatacatggtagtcgcaataagagctgcgactattaaccaaatgttgcgttgctcctct 457  Q
    ||||||||||||||  ||||||||  ||||||| ||||||||  || |||| |||||  || ||||| | |||| |||||||||||||||||    
T  27714386 gataaactccaccaacgggagtcaatgctgattgatacatggctgttgcaacaagagtcgcaactatcatccaagtgttgcgttgctcctct 27714295  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 60; Significance: 3e-25; HSPs: 2)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 60; E-Value: 3e-25
Query Start/End: Original strand, 528 - 687
Target Start/End: Original strand, 17292838 - 17292997
Alignment:
Q  528 tatgtgcaagtgtgggagcatcagcgacttccatgctagattttgctcctgcccttaataatatactcttgatctttggagtgcttgctatgtctaatgc 627  Q
    ||||||||||||||||||||||   |||||| | ||||| ||||| ||| || || ||||| ||||||||| ||| | |||||   || |||||||||||    
T  17292838 tatgtgcaagtgtgggagcatccatgacttctaagctaggttttgatccagcactaaataagatactcttgttctctagagtggcggcaatgtctaatgc 17292937  T
Q  628 tgttttattctccaaattctttgcctcgaaatttataccagtacttagcaacaatagaag 687  Q
    |||||| |||||||||||||| ||||  |||||||| |||||||||| ||||||| ||||    
T  17292938 tgttttgttctccaaattcttcgccttcaaatttatcccagtacttaccaacaatcgaag 17292997  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 51; E-Value: 7e-20
Query Start/End: Original strand, 528 - 642
Target Start/End: Original strand, 6611070 - 6611184
Alignment:
Q  528 tatgtgcaagtgtgggagcatcagcgacttccatgctagattttgctcctgcccttaataatatactcttgatctttggagtgcttgctatgtctaatgc 627  Q
    |||||||||||||||||  || || |||||| | ||||| |||||||||  | || ||||| ||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||    
T  6611070 tatgtgcaagtgtgggattatgagtgacttctaagctaggttttgctccaactctgaataacatactcttgatccgtggagtgcttgctatgtctaatgc 6611169  T
Q  628 tgttttattctccaa 642  Q
    ||||||  |||||||    
T  6611170 tgttttgctctccaa 6611184  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 38; Significance: 0.000000000004; HSPs: 2)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000004
Query Start/End: Original strand, 309 - 458
Target Start/End: Complemental strand, 4820011 - 4819862
Alignment:
Q  309 tagaaatagtagaattggaggaagcgatgttcaaactatcgtcaccggcactactcggataaactccaccagggggagtcagagctgattcatacatggt 408  Q
    |||||||||||||||||| ||| | |||||||||||||  |||||  ||| ||  | ||||||||||||| || |||| ||  ||||||| | |  |||     
T  4820011 tagaaatagtagaattggtggacgtgatgttcaaactactgtcactagcattaacctgataaactccacctggtggagacattgctgattgaaaggtggc 4819912  T
Q  409 agtcgcaataagagctgcgactattaaccaaatgttgcgttgctcctctg 458  Q
    ||| |||| |||||  || ||||| |||||| ||||||||||||||||||    
T  4819911 agttgcaacaagagtcgcaactatcaaccaagtgttgcgttgctcctctg 4819862  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000004
Query Start/End: Original strand, 528 - 648
Target Start/End: Complemental strand, 4819792 - 4819672
Alignment:
Q  528 tatgtgcaagtgtgggagcatcagcgacttccatgctagattttgctcctgcccttaataatatactcttgatctttggagtgcttgctatgtctaatgc 627  Q
    |||||||||||||||| ||||  | |||||||| || || |||||||||  | ||| |||||||||||||||||| |  |||   ||| ||||||||||     
T  4819792 tatgtgcaagtgtgggtgcattggtgacttccaagccaggttttgctccaacacttgataatatactcttgatctctctagtcactgccatgtctaatga 4819693  T
Q  628 tgttttattctccaaattctt 648  Q
    |||||| || ||||| |||||    
T  4819692 tgttttgttttccaagttctt 4819672  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University