View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF8977_high_2 (Length: 478)

Name: NF8977_high_2
Description: NF8977
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF8977_high_2
NF8977_high_2
[»] chr8 (4 HSPs)
chr8 (15-474)||(24782592-24783051)
chr8 (15-470)||(35197945-35198400)
chr8 (202-452)||(41997858-41998108)
chr8 (190-387)||(26619079-26619276)
[»] chr1 (7 HSPs)
chr1 (15-474)||(8057291-8057750)
chr1 (15-474)||(49574971-49575430)
chr1 (63-474)||(36027478-36027889)
chr1 (245-474)||(46021335-46021564)
chr1 (166-428)||(5306347-5306609)
chr1 (166-428)||(23947320-23947582)
chr1 (166-428)||(50954817-50955079)
[»] scaffold0012 (1 HSPs)
scaffold0012 (15-474)||(111242-111704)
[»] chr7 (3 HSPs)
chr7 (175-452)||(8033262-8033539)
chr7 (190-426)||(22944944-22945180)
chr7 (277-440)||(1610346-1610509)
[»] chr3 (2 HSPs)
chr3 (59-428)||(54814562-54814931)
chr3 (49-428)||(46426064-46426442)
[»] chr2 (2 HSPs)
chr2 (335-384)||(34567098-34567147)
chr2 (76-221)||(34566929-34567074)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 448; Significance: 0; HSPs: 4)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 448; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 15 - 474
Target Start/End: Original strand, 24782592 - 24783051
Alignment:
Q  15 acatcatgatagtttgagtgcacatgttcaaattaatgaatgtaaaagagctctttttgacatgaatcctcacaaggcgccgggagaggatgggtacccc 114  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  24782592 acatcatgatagtttgagtgcacatgttcaaattaatgaatgtaaaagagctctttttgacatgaatcctcacaaggcgccgggagaggatgggtacccc 24782691  T
Q  115 gctatattttttcaaaaatgttgggacacagttgctgattctatataccagtttgtgaaccaggtttgggttaccccttctcttatatcttctattaata 214  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  24782692 gctatattttttcaaaaatgttgggacacagttgctgattctatataccagtttgtgaaccaggtttgggttaccccttctcttatatcttctattaata 24782791  T
Q  215 atactctcattgtgatgatccgtaagattgataaacctgaatttgtctctcaatttagacctattgctttatgtaatgttatttataagataatttctaa 314  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  24782792 atactctcattgtgatgatccctaagattgataaacctgaatttgtctctcaatttagacctattgctttatgtaatgttatttataagataatttctaa 24782891  T
Q  315 ggttattgtcaacagaatcaagccgttgcttgatggtattatttctccatatcagtccagttttattccaggtagaagtatccaccataatattattgtg 414  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  24782892 ggttattgtcaacagaatcaagccattgcttgatggtattatttctccatatcagtccagttttattccaggtagaagtatccaccataatattattgtg 24782991  T
Q  415 gctcaggagatggtacattccatggccagaatgaaaggcaacaagatgttgatgtccatc 474  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  24782992 gctcaggagatggtacattccatggccagaatgaaaggcaacaagatgttcatgtccatc 24783051  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 436; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 15 - 470
Target Start/End: Complemental strand, 35198400 - 35197945
Alignment:
Q  15 acatcatgatagtttgagtgcacatgttcaaattaatgaatgtaaaagagctctttttgacatgaatcctcacaaggcgccgggagaggatgggtacccc 114  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35198400 acatcatgatagtttgagtgcacatgttcaaattaatgaatgtaaaagagctctttttgacatgaatcctcacaaggcgccgggagaggatgggtacccc 35198301  T
Q  115 gctatattttttcaaaaatgttgggacacagttgctgattctatataccagtttgtgaaccaggtttgggttaccccttctcttatatcttctattaata 214  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35198300 gctatattttttcaaaaatgttgggacacagttgctgattctatataccagtttgtgaaccaggtttgggttaccccttctcttatatcttctattaata 35198201  T
Q  215 atactctcattgtgatgatccgtaagattgataaacctgaatttgtctctcaatttagacctattgctttatgtaatgttatttataagataatttctaa 314  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  35198200 atactctcattgtgatgatccctaagattgataaacctgaatttgtctctcaatttagacctattgctttatgtaatgttatttataagataatatctaa 35198101  T
Q  315 ggttattgtcaacagaatcaagccgttgcttgatggtattatttctccatatcagtccagttttattccaggtagaagtatccaccataatattattgtg 414  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35198100 ggttattgtcaacagaatcaagccattgcttgatggtattatttctccatatcagtccagttttattccaggtagaagtatccaccataatattattgtg 35198001  T
Q  415 gctcaggagatggtacattccatggccagaatgaaaggcaacaagatgttgatgtc 470  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||    
T  35198000 gctcaggagatggtacattccatggcaagaatgaaaggcaacaagatgttcatgtc 35197945  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 103; E-Value: 5e-51
Query Start/End: Original strand, 202 - 452
Target Start/End: Original strand, 41997858 - 41998108
Alignment:
Q  202 tcttctattaataatactctcattgtgatgatccgtaagattgataaacctgaatttgtctctcaatttagacctattgctttatgtaatgttatttata 301  Q
    ||||||||||||||||| || ||||| ||||| | |||  ||||||| ||||| ||||| |||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||    
T  41997858 tcttctattaataatacactaattgttatgatacctaaagttgataagcctgattttgtttctcaatttagacctatttctttatgcaatgttatttata 41997957  T
Q  302 agataatttctaaggttattgtcaacagaatcaagccgttgcttgatggtattatttctccatatcagtccagttttattccaggtagaagtatccacca 401  Q
    | || |||||||| |||||||| || || || ||||| |||||||||  ||||||||| || ||||| || ||||||||||| ||| | |||||||| ||    
T  41997958 aaattatttctaaagttattgttaataggattaagcctttgcttgataatattatttcaccttatcaatctagttttattccgggtcgtagtatccatca 41998057  T
Q  402 taatattattgtggctcaggagatggtacattccatggccagaatgaaagg 452  Q
    |||||||||||| ||||| ||||||||  |||| ||| ||| |||||||||    
T  41998058 taatattattgtagctcaagagatggtgtattctatgtccaaaatgaaagg 41998108  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 70; E-Value: 2e-31
Query Start/End: Original strand, 190 - 387
Target Start/End: Complemental strand, 26619276 - 26619079
Alignment:
Q  190 ccttctcttatatcttctattaataatactctcattgtgatgatccgtaagattgataaacctgaatttgtctctcaatttagacctattgctttatgta 289  Q
    |||||||| || |||| |||||||||||| || ||||||||||| | ||| ||||| |||||  ||||||| | ||| ||||| |||||| | |||||||    
T  26619276 ccttctctcatttcttttattaataatacccttattgtgatgattcctaaaattgagaaaccataatttgtttatcagtttaggcctatttcattatgta 26619177  T
Q  290 atgttatttataagataatttctaaggttattgtcaacagaatcaagccgttgcttgatggtattatttctccatatcagtccagttttattccaggt 387  Q
    ||||||| ||||| || |||||||| || ||||| ||||| || || || ||| ||||| |||||||||||||||| ||||  |||||||||||||||    
T  26619176 atgttatatataaaattatttctaaagtgattgttaacaggattaaacctttgtttgatcgtattatttctccataccagtttagttttattccaggt 26619079  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 448; Significance: 0; HSPs: 7)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 448; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 15 - 474
Target Start/End: Complemental strand, 8057750 - 8057291
Alignment:
Q  15 acatcatgatagtttgagtgcacatgttcaaattaatgaatgtaaaagagctctttttgacatgaatcctcacaaggcgccgggagaggatgggtacccc 114  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8057750 acatcatgatagtttgagtgcacatgttcaaattaatgaatgtaaaagagctctttttgacatgaatcctcacaaggcgccgggagaggatgggtacccc 8057651  T
Q  115 gctatattttttcaaaaatgttgggacacagttgctgattctatataccagtttgtgaaccaggtttgggttaccccttctcttatatcttctattaata 214  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8057650 gctatattttttcaaaaatgttgggacacagttgctgattctatataccagtttgtgaaccaggtttgggttaccccttctcttatatcttctattaata 8057551  T
Q  215 atactctcattgtgatgatccgtaagattgataaacctgaatttgtctctcaatttagacctattgctttatgtaatgttatttataagataatttctaa 314  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8057550 atactctcattgtgatgatccctaagattgataaacctgaatttgtctctcaatttagacctattgctttatgtaatgttatttataagataatttctaa 8057451  T
Q  315 ggttattgtcaacagaatcaagccgttgcttgatggtattatttctccatatcagtccagttttattccaggtagaagtatccaccataatattattgtg 414  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8057450 ggttattgtcaacagaatcaagccattgcttgatggtattatttctccatatcagtccagttttattccaggtagaagtatccaccataatattattgtg 8057351  T
Q  415 gctcaggagatggtacattccatggccagaatgaaaggcaacaagatgttgatgtccatc 474  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  8057350 gctcaggagatggtacattccatggccagaatgaaaggcaacaagatgttcatgtccatc 8057291  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 448; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 15 - 474
Target Start/End: Complemental strand, 49575430 - 49574971
Alignment:
Q  15 acatcatgatagtttgagtgcacatgttcaaattaatgaatgtaaaagagctctttttgacatgaatcctcacaaggcgccgggagaggatgggtacccc 114  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  49575430 acatcatgatagtttgagtgcacatgttcaaattaatgaatgtaaaagagctctttttgacatgaatcctcacaaggcgccgggagaggatgggtacccc 49575331  T
Q  115 gctatattttttcaaaaatgttgggacacagttgctgattctatataccagtttgtgaaccaggtttgggttaccccttctcttatatcttctattaata 214  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  49575330 gctatattttttcaaaaatgttgggacacagttgctgattctatataccagtttgtgaaccaggtttgggttaccccttctcttatatcttctattaata 49575231  T
Q  215 atactctcattgtgatgatccgtaagattgataaacctgaatttgtctctcaatttagacctattgctttatgtaatgttatttataagataatttctaa 314  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  49575230 atactctcattgtgatgatccctaagattgataaacctgaatttgtctctcaatttagacctattgctttatgtaatgttatttataagataatttctaa 49575131  T
Q  315 ggttattgtcaacagaatcaagccgttgcttgatggtattatttctccatatcagtccagttttattccaggtagaagtatccaccataatattattgtg 414  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  49575130 ggttattgtcaacagaatcaagccattgcttgatggtattatttctccatatcagtccagttttattccaggtagaagtatccaccataatattattgtg 49575031  T
Q  415 gctcaggagatggtacattccatggccagaatgaaaggcaacaagatgttgatgtccatc 474  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  49575030 gctcaggagatggtacattccatggccagaatgaaaggcaacaagatgttcatgtccatc 49574971  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 396; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 63 - 474
Target Start/End: Original strand, 36027478 - 36027889
Alignment:
Q  63 agctctttttgacatgaatcctcacaaggcgccgggagaggatgggtaccccgctatattttttcaaaaatgttgggacacagttgctgattctatatac 162  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  36027478 agctctttttgacatgaatcctcacaaggcgccgggagaggatgggtaccccgctatattttttcaaaaatgttaggacacagttgctgattctatatac 36027577  T
Q  163 cagtttgtgaaccaggtttgggttaccccttctcttatatcttctattaataatactctcattgtgatgatccgtaagattgataaacctgaatttgtct 262  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  36027578 cagtttgtgaaccaggtttgggttaccccttctcttatatcttctattaataatactctcattgtgatgatccctaagattgataaacctgaatttgtct 36027677  T
Q  263 ctcaatttagacctattgctttatgtaatgttatttataagataatttctaaggttattgtcaacagaatcaagccgttgcttgatggtattatttctcc 362  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  36027678 ctcaatttagacctattgctttatgtaatgttatttataagataatttctaaggttattgtcaacagaatcaagccattgcttgatggtattatttctcc 36027777  T
Q  363 atatcagtccagttttattccaggtagaagtatccaccataatattattgtggctcaggagatggtacattccatggccagaatgaaaggcaacaagatg 462  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36027778 atatcagtccagttttattccaggtagaagtatccaccataatattattgtggctcaggagatggtacattccatggccagaatgaaaggcaacaagatg 36027877  T
Q  463 ttgatgtccatc 474  Q
    || |||||||||    
T  36027878 ttcatgtccatc 36027889  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 218; E-Value: 1e-119
Query Start/End: Original strand, 245 - 474
Target Start/End: Complemental strand, 46021564 - 46021335
Alignment:
Q  245 ataaacctgaatttgtctctcaatttagacctattgctttatgtaatgttatttataagataatttctaaggttattgtcaacagaatcaagccgttgct 344  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  46021564 ataaacctgaatttgtctctcaatttagacctattgctttatgtaatgttatttataagataatctctaaggttattgtcaacagaatcaagccattgct 46021465  T
Q  345 tgatggtattatttctccatatcagtccagttttattccaggtagaagtatccaccataatattattgtggctcaggagatggtacattccatggccaga 444  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  46021464 tgatggtattatttctccatatcagtccagttttattccaggtagaagtatccaccataatattattgtggctcaggagatggtacattccatggccaga 46021365  T
Q  445 atgaaaggcaacaagatgttgatgtccatc 474  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||    
T  46021364 atgaaaggcaacaagatgttcatgtccatc 46021335  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 95; E-Value: 3e-46
Query Start/End: Original strand, 166 - 428
Target Start/End: Original strand, 5306347 - 5306609
Alignment:
Q  166 tttgtgaaccaggtttgggttaccccttctcttatatcttctattaataatactctcattgtgatgatccgtaagattgataaacctgaatttgtctctc 265  Q
    ||||| || ||||||||||| |  | |||||| || |||| |||||||||||| || ||||||||||| | ||| ||||| ||||| |||||||| ||||    
T  5306347 tttgtcaaacaggtttgggtaaatcattctctcatttcttttattaataatacccttattgtgatgattcctaaaattgagaaaccagaatttgtttctc 5306446  T
Q  266 aatttagacctattgctttatgtaatgttatttataagataatttctaaggttattgtcaacagaatcaagccgttgcttgatggtattatttctccata 365  Q
    | ||||| |||||| | |||||||||||||||||||| || |||||||| || ||||| ||||| || || || ||||||||| ||||||||||||||||    
T  5306447 agtttaggcctatttcattatgtaatgttatttataaaattatttctaaagtgattgttaacaggattaaacctttgcttgatcgtattatttctccata 5306546  T
Q  366 tcagtccagttttattccaggtagaagtatccaccataatattattgtggctcaggagatggt 428  Q
     ||||| ||||||||||||||| | |  || ||||| || |||||||||||||| || |||||    
T  5306547 ccagtctagttttattccaggtcgtaacatacaccacaacattattgtggctcaagaaatggt 5306609  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 87; E-Value: 2e-41
Query Start/End: Original strand, 166 - 428
Target Start/End: Original strand, 23947320 - 23947582
Alignment:
Q  166 tttgtgaaccaggtttgggttaccccttctcttatatcttctattaataatactctcattgtgatgatccgtaagattgataaacctgaatttgtctctc 265  Q
    ||||| || ||||||||||| |  | |||||| || |||| |||||||||||| || ||||||||||| | ||| ||||| ||||| |||||||| ||||    
T  23947320 tttgtcaaacaggtttgggtaaatcattctctcatttcttttattaataatacccttattgtgatgattcctaaaattgagaaaccagaatttgtttctc 23947419  T
Q  266 aatttagacctattgctttatgtaatgttatttataagataatttctaaggttattgtcaacagaatcaagccgttgcttgatggtattatttctccata 365  Q
    | ||||| |||||| | |||||||||||||||||||| || |||||||| || ||||| ||||  || || || || |||||| ||||||||||||||||    
T  23947420 agtttaggcctatttcattatgtaatgttatttataaaattatttctaaagtgattgttaacaagattaaacctttccttgatcgtattatttctccata 23947519  T
Q  366 tcagtccagttttattccaggtagaagtatccaccataatattattgtggctcaggagatggt 428  Q
     ||||| ||||||||||||||| | |  || ||||| || |||||||||||||| || |||||    
T  23947520 ccagtctagttttattccaggtcgtaacatacaccacaacattattgtggctcaagaaatggt 23947582  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 87; E-Value: 2e-41
Query Start/End: Original strand, 166 - 428
Target Start/End: Complemental strand, 50955079 - 50954817
Alignment:
Q  166 tttgtgaaccaggtttgggttaccccttctcttatatcttctattaataatactctcattgtgatgatccgtaagattgataaacctgaatttgtctctc 265  Q
    ||||| || ||||||||||| |  |||||||| || |||| |||||||||||| || ||||||||||| | ||| ||||| ||||| |||||||| ||||    
T  50955079 tttgtcaatcaggtttgggtaaatccttctctcatttcttttattaataatacccttattgtgatgattcctaaaattgagaaaccagaatttgtttctc 50954980  T
Q  266 aatttagacctattgctttatgtaatgttatttataagataatttctaaggttattgtcaacagaatcaagccgttgcttgatggtattatttctccata 365  Q
    | ||||| |||||| | |||||||||||||| ||||| || |||||||| || ||||| ||||  || || || ||||||||| ||||||||||||||||    
T  50954979 agtttaggcctatttcattatgtaatgttatatataaaattatttctaaagtgattgttaacatgattaaacctttgcttgatcgtattatttctccata 50954880  T
Q  366 tcagtccagttttattccaggtagaagtatccaccataatattattgtggctcaggagatggt 428  Q
     ||||| |||||||||| |||| | |  || ||||| || |||||||||||||| || |||||    
T  50954879 ccagtctagttttattctaggtcgtaacatacaccacaacattattgtggctcaagaaatggt 50954817  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0012 (Bit Score: 405; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: scaffold0012
Description:

Target: scaffold0012; HSP #1
Raw Score: 405; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 15 - 474
Target Start/End: Complemental strand, 111704 - 111242
Alignment:
Q  15 acatcatgatagtttgagtgcacatgttcaaattaatgaatgtaaaagagctctttttgacatgaatcctcacaaggcgccgggagaggatgggtaccc- 113  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||      
T  111704 acatcatgatagtttgagtgcacatgttcaaattaatgaatgtaaaagagctctttttgatatgaatcctcacaaggcgccgagagaggatggatacctt 111605  T
Q  114 --cgctatattttttcaaaaatgttgggacacagttgctgattctatataccagtttgtgaaccaggtttgggttaccccttctcttatatcttctatta 211  Q
      ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  111604 ttcgctatattttttcaaaaatgctgggacacagttgctgattctatataccagtttgtgaaccaggtttgggttaccctttctcttatatcttctatta 111505  T
Q  212 ataatactctcattgtgatgatccgtaagattgataaacctgaatttgtctctcaatttagacctattgctttatgtaatgttatttataagataatttc 311  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  111504 ataatactctcattgtgatgatccctaagattgataaacctgaatttgtctctcaatttagacctattgctttatgtaatgttatttataagataatttc 111405  T
Q  312 taaggttattgtcaacagaatcaagccgttgcttgatggtattatttctccatatcagtccagttttattccaggtagaagtatccaccataatattatt 411  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  111404 taaggttattgtcaacagaatcaagcctttgcttgatggtattatttctccatatcagtccagttttattccaggtagaagtatccaccataatattatt 111305  T
Q  412 gtggctcaggagatggtacattccatggccagaatgaaaggcaacaagatgttgatgtccatc 474  Q
    || |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  111304 gtcgctcaggagatggtacattccatggctagaatgaaaggcaacaagatgttcatgtccatc 111242  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 102; Significance: 2e-50; HSPs: 3)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 102; E-Value: 2e-50
Query Start/End: Original strand, 175 - 452
Target Start/End: Original strand, 8033262 - 8033539
Alignment:
Q  175 caggtttgggttaccccttctcttatatcttctattaataatactctcattgtgatgatccgtaagattgataaacctgaatttgtctctcaatttagac 274  Q
    ||||||||||| |  |||||||| || ||||||||||||||||| || ||||| ||||| | |||  ||||||| ||||| ||||| |||||||||||||    
T  8033262 caggtttgggtaaatccttctctcatctcttctattaataatacactgattgttatgatacctaaagttgataagcctgattttgtttctcaatttagac 8033361  T
Q  275 ctattgctttatgtaatgttatttataagataatttctaaggttattgtcaacagaatcaagccgttgcttgatggtattatttctccatatcagtccag 374  Q
    ||||| ||||||| |||||||||||||| || |||||||| |||||||| || || || ||||| |||||||||  ||||||||| || ||||| || ||    
T  8033362 ctatttctttatgcaatgttatttataaaattatttctaaagttattgttaataggattaagcctttgcttgataatattatttcaccttatcaatctag 8033461  T
Q  375 ttttattccaggtagaagtatccaccataatattattgtggctcaggagatggtacattccatggccagaatgaaagg 452  Q
    ||||||||| | | | || ||||| |||||||||||||| ||||| ||||||||  |||| ||| ||| |||||||||    
T  8033462 ttttattccggttcgtagcatccatcataatattattgtagctcaagagatggtgtattctatgtccaaaatgaaagg 8033539  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 93; E-Value: 4e-45
Query Start/End: Original strand, 190 - 426
Target Start/End: Complemental strand, 22945180 - 22944944
Alignment:
Q  190 ccttctcttatatcttctattaataatactctcattgtgatgatccgtaagattgataaacctgaatttgtctctcaatttagacctattgctttatgta 289  Q
    |||||||| || ||||||||||||||||| || ||| | ||||| | |||  ||||||| ||||| ||||| |||||||||||||||||| ||||||| |    
T  22945180 ccttctctcatctcttctattaataatacactgatttttatgatacctaaagttgataagcctgattttgtttctcaatttagacctatttctttatgca 22945081  T
Q  290 atgttatttataagataatttctaaggttattgtcaacagaatcaagccgttgcttgatggtattatttctccatatcagtccagttttattccaggtag 389  Q
    ||||||||||||| || |||||||| |||||||| || || || ||||| |||||||||  ||||||||| || ||||| || ||||||||||| ||| |    
T  22945080 atgttatttataaaattatttctaaagttattgttaataggattaagcctttgcttgataatattatttcaccttatcaatctagttttattccgggtcg 22944981  T
Q  390 aagtatccaccataatattattgtggctcaggagatg 426  Q
     || ||||| |||||||||||||| ||||| ||||||    
T  22944980 tagcatccatcataatattattgtagctcaagagatg 22944944  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 60; E-Value: 2e-25
Query Start/End: Original strand, 277 - 440
Target Start/End: Original strand, 1610346 - 1610509
Alignment:
Q  277 attgctttatgtaatgttatttataagataatttctaaggttattgtcaacagaatcaagccgttgcttgatggtattatttctccatatcagtccagtt 376  Q
    |||||||| |||||||  | |||||| || ||| ||||||||||||| || |||||||| || ||| | ||||| || |||||||| ||||| || || |    
T  1610346 attgctttgtgtaatgggacttataacatcattactaaggttattgttaatagaatcaaacctttgttagatggaatcatttctccttatcaatctagct 1610445  T
Q  377 ttattccaggtagaagtatccaccataatattattgtggctcaggagatggtacattccatggc 440  Q
    ||||| ||||  |||  |||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  1610446 ttatttcaggacgaacaatccaccataatatcattgtggctcagaagatggtacattccatggc 1610509  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 94; Significance: 1e-45; HSPs: 2)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 94; E-Value: 1e-45
Query Start/End: Original strand, 59 - 428
Target Start/End: Complemental strand, 54814931 - 54814562
Alignment:
Q  59 aaagagctctttttgacatgaatcctcacaaggcgccgggagaggatgggtaccccgctatattttttcaaaaatgttgggacacagttgctgattctat 158  Q
    |||||||| | ||||||||||  ||||| ||||| || ||||||||||| ||||| ||| | ||||||||  || |||||||||| |||| ||||||  |    
T  54814931 aaagagctttatttgacatgagccctcataaggctcctggagaggatggctaccctgctgtcttttttcagcaacgttgggacaccgttgttgattccct 54814832  T
Q  159 ataccagtttgtgaaccaggtttgggttaccccttctcttatatcttctattaataatactctcattgtgatgatccgtaagattgataaacctgaattt 258  Q
     |   | ||||  |||||||||||||| |  |||||| |||| |||| ||||||||||||| |  |||| ||||| |  ||  | |||||||||||||||    
T  54814831 ttttaaatttgccaaccaggtttgggtaaatccttcttttatctcttttattaataatactttgcttgttatgattccaaaattagataaacctgaattt 54814732  T
Q  259 gtctctcaatttagacctattgctttatgtaatgttatttataagataatttctaaggttattgtcaacagaatcaagccgttgcttgatggtattattt 358  Q
    || || |||||||  |||||| |  | ||||||| ||| ||||| |||||||||||||| ||||| ||||  || ||||| ||||||||| | |||||||    
T  54814731 gtttcacaatttaagcctatttccctttgtaatggtatatataaaataatttctaaggtcattgttaacatgattaagcctttgcttgatagaattattt 54814632  T
Q  359 ctccatatcagtccagttttattccaggtagaagtatccaccataatattattgtggctcaggagatggt 428  Q
    ||||||| ||||| ||||||||||||||| |||| || ||||| ||||||||| ||||| | ||||||||    
T  54814631 ctccataccagtctagttttattccaggtcgaagcattcaccacaatattattatggctaaagagatggt 54814562  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 88; E-Value: 4e-42
Query Start/End: Original strand, 49 - 428
Target Start/End: Original strand, 46426064 - 46426442
Alignment:
Q  49 aatgaatgtaaaagagctctttttgacatgaatcctcacaaggcgccgggagaggatgggtaccccgctatattttttcaaaaatgttgggacacagttg 148  Q
    ||||| || ||||||| | | ||||||||||  ||||| ||||| || ||||||||||| || || ||| | ||||||||  |||||||||| || ||||    
T  46426064 aatgagtgcaaaagagatttatttgacatgagccctcataaggctcctggagaggatggctagcctgctgtcttttttcagcaatgttggga-accgttg 46426162  T
Q  149 ctgattctatataccagtttgtgaaccaggtttgggttaccccttctcttatatcttctattaataatactctcattgtgatgatccgtaagattgataa 248  Q
    |||||||  | |   | ||||  |||||||||||||| |  |||||| |||| |||| ||||||||||||| |  |||| |||||    ||  | |||||    
T  46426163 ctgattccctttttaaatttgccaaccaggtttgggtaaatccttcttttatctcttttattaataatactttgcttgtaatgattacaaaattagataa 46426262  T
Q  249 acctgaatttgtctctcaatttagacctattgctttatgtaatgttatttataagataatttctaaggttattgtcaacagaatcaagccgttgcttgat 348  Q
    |||| ||||||| |  |||||||| |||||| |  | ||||||||||| ||||| |||||||||||||| ||||| ||||| || ||||| |||||||||    
T  46426263 acctaaatttgtttaacaatttaggcctatttccctttgtaatgttatctataaaataatttctaaggtgattgttaacaggattaagcctttgcttgat 46426362  T
Q  349 ggtattatttctccatatcagtccagttttattccaggtagaagtatccaccataatattattgtggctcaggagatggt 428  Q
     | ||||||| |||||| ||||| ||||||||||||||| |||| || ||||| ||||||||||||||| | ||||||||    
T  46426363 agaattatttttccataccagtctagttttattccaggtcgaagcattcaccacaatattattgtggctaaagagatggt 46426442  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 38; Significance: 0.000000000003; HSPs: 2)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000003
Query Start/End: Original strand, 335 - 384
Target Start/End: Original strand, 34567098 - 34567147
Alignment:
Q  335 agccgttgcttgatggtattatttctccatatcagtccagttttattcca 384  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| | ||||||||||    
T  34567098 agccgttgcttgatggtattatttctccataccagtctaattttattcca 34567147  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 76 - 221
Target Start/End: Original strand, 34566929 - 34567074
Alignment:
Q  76 atgaatcctcacaaggcgccgggagaggatgggtaccccgctatattttttcaaaaatgttgggacacagttgctgattctatataccagtttgtgaacc 175  Q
    ||||||||||| ||| |||| ||||| || |||||||| ||| | || ||  || |||||||| ||||  || |||| ||  | ||||||| ||||||||    
T  34566929 atgaatcctcataagacgcccggagaagacgggtaccctgctcttttcttctaataatgttggaacactatttctgagtcattgtaccagtatgtgaacc 34567028  T
Q  176 aggtttgggttaccccttctcttatatcttctattaataatactct 221  Q
    | |||| |||||  |||| |||||| ||||  ||||||||||||||    
T  34567029 atgttttggttaatccttttcttatctcttacattaataatactct 34567074  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University