View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF8978_low_10 (Length: 713)

Name: NF8978_low_10
Description: NF8978
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF8978_low_10
NF8978_low_10
[»] chr1 (4 HSPs)
chr1 (18-701)||(45112273-45112951)
chr1 (482-704)||(45129485-45129707)
chr1 (47-190)||(45130117-45130266)
chr1 (53-190)||(45113213-45113356)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 599; Significance: 0; HSPs: 4)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 599; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 701
Target Start/End: Complemental strand, 45112951 - 45112273
Alignment:
Q  18 aaacagaaccagcggtttaactatgaacgtcaacatagtttttgaaaatacaaacaagtaggagttttgga------aattcttgttgttagctttgaaa 111  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||      |||||||||||||||||||||||    
T  45112951 aaacagaaccagcggtttaactatgaacgtcaacatagtttttgaaaatacaaacaagtaggagttttggaggttgaaattcttgttgttagctttgaaa 45112852  T
Q  112 tatgagatcacagattatagatatgaagggagttatgcgacttccaccactcaccatcacaatctgttcatgcctgtttagagacacaacaatgatgata 211  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45112851 tatgagatcacggattatagatatgaagggagttatgcgacttccacgactcaccatcacaatctgttcatgcctgtttagagacacaacaatgatgata 45112752  T
Q  212 aatttatttgttgtaaatatagaaatcggaatctaaagaaagatcgagtaaaacacataaaaaacaacctaggtttaacgaggtccgacaaagtgactac 311  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  45112751 aatttatttgttgtaaatatagaaatcggaatctaaagaaagatcgagtaaaacacataaaaaacaacctaggtttaacgaggtccgacaatgtgactac 45112652  T
Q  312 aattacagtctgcaaccgc-aattgcggccgcagcataacacatttaaacacttaatctcaatataaaggtttgcagcgtgaacgcaaccgtgatttaca 410  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45112651 aattacagtctgcaaccgcaaattgcggccgcagcataacacatttaaacacttaacctcaatataaaggtttgcagcgtgaacgcaaccgtgatttaca 45112552  T
Q  411 gtactatatctacagtactatatcaagaagaagcattttgctatttgatgtttgctacgagtaccaaactaaccttagaaattgtgcagtatggggtccg 510  Q
    ||||||            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45112551 gtacta------------tatatcaagaagaagcattttgctatttgatgtttgctacgagtaccaaactaaccttagaaattgtgcagtatggggtccg 45112464  T
Q  511 taaggtccttcaactgaaatattaagatgatccaaagatgaagaagaaagttcctgatacagcttgtttgaccagctacccacattttttatggcaacac 610  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45112463 taaggtccttcaactgaaatattaagatgatccaaagatgaagaagaaagttcctgatacagcttgtttgaccagctacccacattttttatggcaacac 45112364  T
Q  611 tcagatagttagtctctatattacaactagaagtcactgtaaaagggtgccattgcagcttggaaacctttggaacatttatgaacaccaa 701  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45112363 tcagatagttagtctccatattacaactagaagtcactgtaaaagggtgccattgcagcttggaaacctttggaacatttatgaacaccaa 45112273  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 135; E-Value: 6e-70
Query Start/End: Original strand, 482 - 704
Target Start/End: Complemental strand, 45129707 - 45129485
Alignment:
Q  482 accttagaaattgtgcagtatggggtccgtaaggtccttcaactgaaatattaagatgatccaaagatgaagaagaaagttcctgatacagcttgtttga 581  Q
    |||||||||| || |||| ||| ||||| || |||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||    
T  45129707 accttagaaactgagcagaatgtggtccatagggtccttcaactgagacattaagatgatccaaagatgaagaagaaagttcttgataaagcttgtttga 45129608  T
Q  582 ccagctacccacattttttatggcaacactcagatagttagtctctatattacaactagaagtcactgtaaaagggtgccattgcagcttggaaaccttt 681  Q
    |||||| ||||||||||| || | |||||| ||  |||| ||||| | |||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45129607 ccagctgcccacatttttaattgtaacactaaggcagttcgtctccaaattacaactagaagacaccgtaaaagggtgccattgcagcttggaaaccttt 45129508  T
Q  682 ggaacatttatgaacaccaaact 704  Q
    |||||||||||||||||||||||    
T  45129507 ggaacatttatgaacaccaaact 45129485  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 95; E-Value: 4e-46
Query Start/End: Original strand, 47 - 190
Target Start/End: Complemental strand, 45130266 - 45130117
Alignment:
Q  47 tcaacatagtttttgaaaatacaaacaagtaggagttttgga------aattcttgttgttagctttgaaatatgagatcacagattatagatatgaagg 140  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||      ||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||| || |    
T  45130266 tcaacatagtttttgaaaatacaaacaagtaggagttttggaggttgaaattcttgttgttggctttgaaatatgagatcacggattatagatataaatg 45130167  T
Q  141 gagttatgcgacttccaccactcaccatcacaatctgttcatgcctgttt 190  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||  ||||||| ||||||||||||    
T  45130166 gagttatgccacttccaccactcaccattgcaatctgctcatgcctgttt 45130117  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 93; E-Value: 6e-45
Query Start/End: Original strand, 53 - 190
Target Start/End: Complemental strand, 45113356 - 45113213
Alignment:
Q  53 tagtttttgaaaatacaaacaagtaggagttttgga------aattcttgttgttagctttgaaatatgagatcacagattatagatatgaagggagtta 146  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||      ||||||||||||| |||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||    
T  45113356 tagtttttgaaaatacaaacaagtaggagttttggaggttggaattcttgttgttggctttgaaatatgagatctcggattatagatatgaagggagtta 45113257  T
Q  147 tgcgacttccaccactcaccatcacaatctgttcatgcctgttt 190  Q
     || |||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  45113256 cgccacttccgccactcaccatcacaatctgctcatgcctgttt 45113213  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University