View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF8979_low_1 (Length: 814)

Name: NF8979_low_1
Description: NF8979
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF8979_low_1
NF8979_low_1
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (1-765)||(2063701-2064462)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 595; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 595; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 765
Target Start/End: Complemental strand, 2064462 - 2063701
Alignment:
Q  1 gttgagccttcggaggtttcgtttacgcaagatcaccggagaagtgtttccgatcagaaagacattcacattccggtatcggaggattcatctatgacac 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2064462 gttgagccttcggaggtttcgtttacgcaagatcaccggagaagtgtttccgatcagaaagacattcacattccggtatcggaggattcatctatgacac 2064363  T
Q  101 atgaaaatactatcgctggtgaagttgctggaagtggacattggttgaaggattacgtggacagactatcggcttcgatttcatcgcgaacggcgtcgtt 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2064362 atgaaaatactatcgctggtgaagttgctggaagtggacattggttgaaggattacgtggacagactatcggcttcgatttcatcgcgaacggcgtcgtt 2064263  T
Q  201 tcggagttctggaagattcttcgccggaggtggaagtagtcgcagaattgaaccggttgattatgacgttgaaggtaacagaattggtgaagaaattagt 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  2064262 tcggagttctggaagattcttcgccggaggtggaagtagtcgcagaattgaaccggttgattatgacgttgaaggtaacagaattggtgaagagattagt 2064163  T
Q  301 gaaatgtttcggtggctttcaggggtatgattggtaaagtacattaacatttaggtttataaatttcgatataannnnnnnnnnnnnaatctttgtaaac 400  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||             |||||||||||||    
T  2064162 gaaatgtttcggtggctttcaggggtatgattggtaaagtacattaacatttaggtttataaatttcgatataatttttttatttttaatctttgtaaac 2064063  T
Q  401 atttgctactatgttatttggcttcacttttgattttcctttgaggctttagaacaaaattaatgcaaatgagtagaggtatggtgattttgggatttag 500  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2064062 atttgctactatgttatttggcttcacttttgattttcctttgaggctttagaacaaaattaatgcaaatgagtagaggtatggtgattttgggatttag 2063963  T
Q  501 atcatgaatatttttaggaatgttaaattagatgaaatgatacaaggaattataatattggatcttgtaaaaaggcgcaccaattatggataannnnnnn 600  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||           
T  2063962 atcatgaatatttttaggaatgtt-aattagatgaaaagatacaaggaattataatattggatcttgtaaaaagacgcaccaattatggataattttttt 2063864  T
Q  601 nctttctctatacaaaaatattat-gggttgtttt---tagtagtttgtattctttcttgccaattataatacaccatggttatgattatgnnnnnnnac 696  Q
      | |||||||||||||||||||| ||||||||||   ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| || |        ||    
T  2063863 tttctctctatacaaaaatattatggggttgtttttagtagtagtttgtattctttcttgccaattataatacaccatgattatgttttt------ttac 2063770  T
Q  697 taaaaatctctacttcaatctagattctatcatactcgatgatgaagtttttctttaaaagatctaaca 765  Q
    || ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||| |||||    
T  2063769 tagaaatctctacttcaaactagattctatcatactcgatgataaaatttttctttaaaagatgtaaca 2063701  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University