View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF8980_low_1 (Length: 1305)

Name: NF8980_low_1
Description: NF8980
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF8980_low_1
NF8980_low_1
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (16-1296)||(35407095-35408383)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 1088; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 1088; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 16 - 1296
Target Start/End: Original strand, 35407095 - 35408383
Alignment:
Q  16 caaagggaacggttcctatgcggaggagtacagtaaatgatgtgttgagagcaaaatcttggtatgattatggtaagaaacgaacacaaattccactctc 115  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35407095 caaagggaacggttcctatgcggaggagtacagtacatgatgtgttgagagcaaaatctttgtatgattatggtaagaaacgaacacaaattccactctc 35407194  T
Q  116 tcgaagcagtgatgcacctgatgtattctctggcaatggtcatgaggtatgtat----gtggttccctacaatgatcttactattattacatggctatat 211  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35407195 tcggagcagtgatgcacctgatgtattctctggcaatggtcatgaggtatgtatatatgtggttacctacaatgatcttactattattacatggctatat 35407294  T
Q  212 actttgatcatttcaatctagatacgttgtttggataatgacttcaatagaatgaaaataatgatatgtggattgaatagtgacttctataggttgatgt 311  Q
    |||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35407295 actttgatgatttcaatctagatacgtggtttggataatgacttcaatagaatgaaaataatgatatgtggattgaatagtgacttctataggttgatgt 35407394  T
Q  312 ataattaggaatccaactatatagtcttggaaatataaccattagtgtgatattaggtgtttctaaattagtcctaaactttatttagaaatgaagagaa 411  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35407395 ataattaggaatccaactatatagtcttggaaatataaccattagtgtgatattaggtgtttctaaattagtcctaaactttatttagaaatgaagagaa 35407494  T
Q  412 gaaatgtggtttggaagggaaaacctatgaaagttggtcggttagtttataaggaatactcc-aataatatcattaccaaataaatgtcaaataattgag 510  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35407495 gaaatgtggtttggaagggaaaacctatgaaagttggtcggttagtttataaggaatactcccaataatatcattaccaaataaatgtcaaataattgag 35407594  T
Q  511 tattgattcttacannnnnnnncaaaagaaataaaggattaaattactataaattttaggtcatgactaatatttagttaatgtcatcaatttnnnnnnn 610  Q
    ||||||||||||||        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||           
T  35407595 tattgattcttacattttttttcaaaagaaataaaggattaaattactataaattttaggtcataactaatatttagttaatgtcatcaatttaaaaaaa 35407694  T
Q  611 gtgtgtgattactttaccatatgacactnnnnnnnntgtttttggagaaacagaagattcaacctcaactgtttgatacactc--tatattattttacca 708  Q
    ||||||||||||||||||||  ||||||        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||    
T  35407695 gtgtgtgattactttaccat--gacactaaaaaaaatgtttttggagaaacagaagattcaacctcaactgtttgatacactcattatattattttacca 35407792  T
Q  709 tatgacattaaaggtttagatataatgataactaaatcatgaatgcaagggttaaaatagtataaaatttgatgcaaaatgtaactttcacagatagatc 808  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35407793 tatgacattaaagatttagatataatgataactaaatcatgaatgcaagggttaaaatagtataaaatttgatgcaaaatgtaactttcacagatagatc 35407892  T
Q  809 tagcttgcaaatgattctggctgatccttaattaaacttcaagttgttatcttctcattatattaaaatgtcaacaagatcaatttttcttttcatcact 908  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35407893 tagcttgcaaatgattctggttgatcctcaattaaacttcaagttgttatcttcccattatattaaaatgtcaacaagatcaatttttcttttcatcact 35407992  T
Q  909 ctataaagttgcaattcaacttgacaccgaatcgttttaataaatttttaatttgagaattgaatgtaatcaagattgctttatttgtacttcaagttat 1008  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35407993 ctataaagttgcaattcaacttgacaccgaatcgttttaataaatttttaatttgagaattgaatgtaatcaagattgctttatttgtacttcaagttat 35408092  T
Q  1009 attatcttttcttacactcttaaactttgttaaacattgttgtgatttgacaaatgnnnnnnnaatc---ataatattagtaatttactatttctgatgg 1105  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||       ||||   ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35408093 attatcttttcttacactcttaaactttgttaaacattgttgtgatttgacaaatgtttttttaatcataataatattagtaatttactatttctgatgg 35408192  T
Q  1106 aagaagactttgcactaattatatgtactcaaataattaaaataaaatttgttcgtgtgcagcatgcgatcgcatacacaggatcatcacaagagatcta 1205  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  35408193 aagaagactttgcactaattatatgtactcaaataattaaaataaaatttgttcgtgtgcagcatgcgatcgcgtacacaggatcatcacaagagatcta 35408292  T
Q  1206 cggtgcaaaagcatcaataagtgtgtgggatccatcaattgaagtgatgaacgagttcagtctctctcaaatttgggtcctctctgcttct 1296  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  35408293 cggtgcaaaagcatcaataagtgtgtgggatccatcaattgaagtgatgaacgagttcagtctctctcaaatttgggtcctctctggttct 35408383  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University