View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF8981_low_1 (Length: 1178)

Name: NF8981_low_1
Description: NF8981
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF8981_low_1
NF8981_low_1
[»] chr2 (3 HSPs)
chr2 (20-1162)||(38485708-38486850)
chr2 (20-565)||(3685536-3686081)
chr2 (20-132)||(26002243-26002355)
[»] chr4 (2 HSPs)
chr4 (23-840)||(30120432-30121246)
chr4 (901-1161)||(30120099-30120359)
[»] chr3 (2 HSPs)
chr3 (462-546)||(34191617-34191701)
chr3 (65-123)||(43955842-43955900)


Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 1131; Significance: 0; HSPs: 3)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 1131; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 20 - 1162
Target Start/End: Complemental strand, 38486850 - 38485708
Alignment:
Q  20 tgctccccatttccactggcaaccttggcttcaaacattgatatttgattcaacccaacatcccttccttttccaacttgaatgtattcatgatgtgtga 119  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38486850 tgctccccatttccactggcaaccttggcttcaaacattgatatttgattcaacccaacatcccttccttttccaacttgaatgtattcatgatgtgtga 38486751  T
Q  120 tattacctccacgaatagtacagttaaaaccggcaaaaatgtcctcgcttatgttgatcactctagaagctttactgataccacctctagttataaacca 219  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38486750 tattacctccacgaatagtacagttaaaaccggcaaaaatgtcctcgcttatgttgatcactctagaagctttactgataccacctctagttataaacca 38486651  T
Q  220 aaacctgtcaaacacatcaggatggccataatgcattcgaattttcaaagggtttgccaaaaccctctgccctaaggtgacaaaacttgattcctgagct 319  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38486650 aaacctgtcaaacacatcaggatggccataatgcattcgaattttcaaagggtttgccaaaaccctctgccctaaggtgacaaaacttgattcctgagct 38486551  T
Q  320 gacatgaaccaagcaagagaggaaacgaaacctgtaaatatatgttccctcactcccaaaatagttggttttcgaataccatagtaatgcttgaattctt 419  Q
    ||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38486550 gacataaaccaagcaagagaagaaacgaaacctgtaaatatatgttccctcactcccaaaatagttggttttcgaataccatagtaatgcttgaattctt 38486451  T
Q  420 ccaagagatttcgtactttaagtgcctcctcaaagtagttgtcctggttcatatcaatagtttgaattgcatccccgcgagtgaatatgatggcgtggtt 519  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38486450 ccaagagatttcgtactttaagtgcctcctcaaagtagttgtcctggttcatatcaatagtttgaattgcatccccgcgagtgaatatgatggcgtggtt 38486351  T
Q  520 ttgattttccggctttccttctccaagtttcaagggacctggcaattttacacggtatatttccacctccctctccagctgttggtcatacttaacaaga 619  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38486350 ttgattttccggctttccttctccaagtttcaagggacctggcaattttacacggtatatttccacctccctctccagctgttggtcatacttaacaaga 38486251  T
Q  620 acagaataatagtccttctcattctcatccctccctgtgcgaacctcatcaacataggcaactcttagggcttcattgtttttcattaaatacaaaattt 719  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38486250 acagaataatagtccttctcattctcatccctccctgtgcgaacctcatcaacataggcaactcttagggcttcattgtttttcattaaatacaaaattt 38486151  T
Q  720 catcggcatgaggatcctttcttgccttttgagttccatatatctgacaagcaatcacatatgtgaatttcattaatgcagttccatagtcatggccttt 819  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38486150 catcggcatgaggatcctttcttgccttttgagttccatatatctgacaagcgatcacatatgtgaatttcattaatgcagttccatagtcatggccttt 38486051  T
Q  820 gaacaaacttactgtactgcttgcttcagaaaatgatgacttttgcgagttgataccgtctggaatatcttgattcgttggaacaagttcacgtgagcct 919  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38486050 gaacaaacttactgtactgcttgcttcagaaaatgatgacttttgcgagttgataccgtctggaatatcttgattcgttggaacaagttcacgtgagcct 38485951  T
Q  920 tctgtgatctctacttctgatgcagaatctagaaaagccaaaagcttgagggccttatagtagtacatcattcctctaacagtccgcgatagtgtctggc 1019  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38485950 tctgtgatctctacttctgatgcagaatctagaaaagccaaaagcttgagggccttatagtagtacatcattcctctaacagtccgcgatagtgtctggc 38485851  T
Q  1020 ctctataggatgcccatgacctcaattctcttagtttatctgtccatatctcacggtctttcatcatcccctctcgcctcattctctccataaaattctt 1119  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38485850 ctctataggatgcccatgacctcaattctcttagtttatctgtccatatctcacggtctttcatcatcccctctcgcctcattctctccataaaattctt 38485751  T
Q  1120 ccattcatcttcatatatagtctgcagatagtatagagttgat 1162  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38485750 ccattcatcttcatatatagtctgcagatagtatagagttgat 38485708  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 78; E-Value: 1e-35
Query Start/End: Original strand, 20 - 565
Target Start/End: Complemental strand, 3686081 - 3685536
Alignment:
Q  20 tgctccccatttccactggcaaccttggcttcaaacattgatatttgattcaacccaacatcccttccttttccaacttgaatgtattcatgatgtgtga 119  Q
    ||||| ||||| ||||| || |||||||| |||||||| ||||| |||||||| |||||||| |||||||| || || || || |||||||||||||| |    
T  3686081 tgctcgccattgccacttgcgaccttggcctcaaacatggatatctgattcaagccaacatctcttcctttacctacctgtatatattcatgatgtgtca 3685982  T
Q  120 tattacctccacgaatagtacagttaaaaccggcaaaaatgtcctcgcttatgttgatcactctagaagctttactgataccacctctagttataaacca 219  Q
     ||| || || || |  ||||| || ||||| |||||||| || || || || |||||||||||||| || || ||||  ||||| |||   |  |||||    
T  3685981 cattgccacctcgcaatgtacaattgaaaccagcaaaaatatcttcactaatattgatcactctagatgccttgctgactccacccctacacaagaacca 3685882  T
Q  220 aaacctgtcaaacacatcaggatggccataatgcattcgaattttcaaagggtttgccaaaaccctctgccctaaggtgacaaaacttgattcctgagct 319  Q
    ||| |||||||||||||| ||||| || || ||||| || | ||||||||||||||||| ||  | ||| || |  || ||||||||||  || || | |    
T  3685881 aaatctgtcaaacacatccggatgaccgtagtgcatccgtactttcaaagggtttgccagaaatcgctggcccagtgtcacaaaacttgtctcttgggat 3685782  T
Q  320 gacatgaaccaagcaagagaggaaacgaaacctgtaaatatatgttccctcactcccaaaatagttggttttcgaataccatagtaatgcttgaattctt 419  Q
    ||||||||||||||||| || |||||  | ||||| |||||||  || |  || |||||||| ||||| ||    ||||||| |||    ||||| || |    
T  3685781 gacatgaaccaagcaagcgacgaaacagagcctgtgaatatattctcacgaacccccaaaatggttggcttcttgataccatggtagacattgaactcct 3685682  T
Q  420 ccaagagatttcgtactttaagtgcctcctcaaagtagttgtcctggttcatatcaatagtttgaattgcatccccgcgagtgaatatgatggcgtggtt 519  Q
    |||| ||||| || | ||| || || |||||||| || ||||| || |||||||| || || ||||||||||| || || || || || || || || ||    
T  3685681 ccaacagattccgcattttgagagcttcctcaaaataattgtcttgattcatatctatggtctgaattgcatcaccccgcgtaaagatcattgcatgatt 3685582  T
Q  520 ttgattttccggctttccttctccaagtttcaagggacctggcaat 565  Q
     ||||||||||| || |||||||||||||| || ||||| ||||||    
T  3685581 ctgattttccggtttcccttctccaagttttaaaggaccaggcaat 3685536  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000007
Query Start/End: Original strand, 20 - 132
Target Start/End: Original strand, 26002243 - 26002355
Alignment:
Q  20 tgctccccatttccactggcaaccttggcttcaaacattgatatttgattcaacccaacatcccttccttttccaacttgaatgtattcatgatgtgtga 119  Q
    ||||| ||||| ||| | |||| ||| ||||||||||||||||| || || |  || || ||||||||||| |||||||| ||||| |||||||| ||||    
T  26002243 tgctcaccattcccattagcaatctttgcttcaaacattgatatctggttaagaccgacgtcccttcctttaccaacttgtatgtactcatgatgagtga 26002342  T
Q  120 tattacctccacg 132  Q
     ||| ||| ||||    
T  26002343 catttccttcacg 26002355  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 272; Significance: 1e-151; HSPs: 2)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 272; E-Value: 1e-151
Query Start/End: Original strand, 23 - 840
Target Start/End: Complemental strand, 30121246 - 30120432
Alignment:
Q  23 tccccatttccactggcaaccttggcttcaaacattgatatttgattcaacccaacatcccttccttttccaacttgaatgtattcatgatgtgtgatat 122  Q
    ||||| || ||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||  |||||||||||||| |||||||| |||||||||||||| || |||| ||    
T  30121246 tccccgttgccactagcaaccttggcttcaaacattgatacttgattcagaccaacatcccttccctttccaacctgaatgtattcatggtgagtgacat 30121147  T
Q  123 tacctccacgaatagtacagttaaaaccggcaaaaatgtcctcgcttatgttgatcactctagaagctttactgataccacctctagttataaaccaaaa 222  Q
    |||||||||||| |||||| || || || ||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||| |||||  ||||||||    
T  30121146 tacctccacgaagagtacaattgaacccagcaaatatgtcctcgcttatgttgatcactctggaagctttgctgataccacctcgagttaagaaccaaaa 30121047  T
Q  223 cctgtcaaacacatcaggatggccataatgcattcgaattttcaaagggtttgccaaaaccctctgccctaaggtgacaaaacttgattcctgagctgac 322  Q
    ||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||| |||| |||||| |||||||  ||||| ||||||    
T  30121046 cctgtcaaacacatctggatgaccataatgcattcgaactttcaaaggatttgccaaaaccctctgtcctagggtgacgaaacttgtctcctgggctgac 30120947  T
Q  323 atgaaccaagcaagagaggaaacgaaacctgtaaatatatgttccctcactcccaaaatagttggttttcgaataccatagtaatgcttgaattcttcca 422  Q
    |||||||| ||||||||||| ||| | || || || || |||||||| || || ||||| |||||||| || | ||| |||||| |  |  | ||||| |    
T  30120946 atgaaccaggcaagagaggacacggagccagtgaaaatgtgttccctgacacctaaaattgttggtttccggacaccgtagtaacgtctatactcttcaa 30120847  T
Q  423 agagatttcgtactttaagtgcctcctcaaagtagttgtcctggttcatatcaatagtttgaattgcatccccgcgagtgaatatgatggcgtggttttg 522  Q
     ||||||||  |  || ||||| |||||||||||||| ||||| ||||| || ||||| || |  || |||||||||||||| ||||||||||| |||||    
T  30120846 ggagatttctcatcttgagtgcttcctcaaagtagttatcctgattcatgtctatagtctgcaaagcgtccccgcgagtgaagatgatggcgtgattttg 30120747  T
Q  523 attttccggctttccttctccaagtttcaagggacctggcaattttacacggtatatttccacctccctctccagctgttggtcatacttaacaagaaca 622  Q
    ||| || |||||||| || || || ||||| ||||| |||| ||| || | ||||| ||| |||||| | |||| ||| || |||||||||||||| |||    
T  30120746 attctcgggctttccctccccgagcttcaatggacccggcagtttgactctgtatacttcaacctccttttccaactgctgatcatacttaacaaggaca 30120647  T
Q  623 gaataatagtccttctcattctcatccctccctgtgcgaacctcatcaacataggcaactcttagggcttcattgtttttcattaaatacaaaatttcat 722  Q
    ||  ||||      ||| ||| | ||||| || ||      |||||| ||||| |||||||  || ||||||||||||||||||| |||||||||||| |    
T  30120646 gagaaata------ctccttcccgtcccttccagtagttctctcatccacatatgcaactcgaagagcttcattgtttttcattagatacaaaatttcct 30120553  T
Q  723 cggcatgaggatcctttcttgccttttgagttccatatatctgacaagcaatcacatatgtgaatttcattaatgcagttccatagtcatggccttt--- 819  Q
    | ||||| ||||||||  || |||| ||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||| || ||||| ||||| || ||||||||       
T  30120552 cagcatggggatccttcttttccttctgagttccataaatctgacaagcaaccacatatgtgaatttcatcaaagcagtcccatactcgtggcctttaaa 30120453  T
Q  820 gaacaaacttactgtactgct 840  Q
     ||||||||||||| ||||||    
T  30120452 taacaaacttactgaactgct 30120432  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 93; E-Value: 1e-44
Query Start/End: Original strand, 901 - 1161
Target Start/End: Complemental strand, 30120359 - 30120099
Alignment:
Q  901 aacaagttcacgtgagccttctgtgatctctacttctgatgcagaatctagaaaagccaaaagcttgagggccttatagtagtacatcattcctctaaca 1000  Q
    |||||| || ||||||||||||   || || | ||||||||||||||| ||||| | ||| | ||||||||||  |||||| |||||||||||||||||     
T  30120359 aacaagctcgcgtgagccttctcgaatgtccatttctgatgcagaatccagaaatgtcaacatcttgagggcccgatagtaatacatcattcctctaact 30120260  T
Q  1001 gtccgcgatagtgtctggcctctataggatgcccatgacctcaattctcttagtttatctgtccatatctcacggtctttcatcatcccctctcgcctca 1100  Q
    |||||||||||||| |||||||  ||||| |||||   |||||| ||||| |||||||| ||||| |  |||| |||||||||||||||||| || | ||    
T  30120259 gtccgcgatagtgtttggcctcggtaggaagcccacagcctcaaatctctaagtttatcagtccacagatcactgtctttcatcatcccctcccgacgca 30120160  T
Q  1101 ttctctccataaaattcttccattcatcttcatatatagtctgcagatagtatagagttga 1161  Q
    | ||||||| |||||||||||| ||||| ||||| |||||||||| |||||| || |||||    
T  30120159 tcctctccagaaaattcttccactcatcatcataaatagtctgcaaatagtacagggttga 30120099  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 33; Significance: 0.000000007; HSPs: 2)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000007
Query Start/End: Original strand, 462 - 546
Target Start/End: Complemental strand, 34191701 - 34191617
Alignment:
Q  462 cctggttcatatcaatagtttgaattgcatccccgcgagtgaatatgatggcgtggttttgattttccggctttccttctccaag 546  Q
    |||| ||||||||||||||||||| |||||| || || |||||||| || || || ||||| || || ||||||||||| |||||    
T  34191701 cctgattcatatcaatagtttgaagtgcatcaccacgggtgaatattatcgcatgattttggttctcaggctttccttcaccaag 34191617  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 31; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 65 - 123
Target Start/End: Original strand, 43955842 - 43955900
Alignment:
Q  65 tgattcaacccaacatcccttccttttccaacttgaatgtattcatgatgtgtgatatt 123  Q
    ||||||| ||||||||| || || ||||||||||| |||||||||||||| || |||||    
T  43955842 tgattcatcccaacatctctaccctttccaacttggatgtattcatgatgagtaatatt 43955900  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University