View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF8981_low_11 (Length: 926)

Name: NF8981_low_11
Description: NF8981
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF8981_low_11
NF8981_low_11
[»] chr1 (8 HSPs)
chr1 (18-916)||(14766786-14767684)
chr1 (18-395)||(14873394-14873765)
chr1 (661-890)||(14873019-14873248)
chr1 (40-790)||(14877850-14878605)
chr1 (40-752)||(14759134-14759852)
chr1 (439-769)||(14786016-14786346)
chr1 (754-838)||(14872226-14872310)
chr1 (18-179)||(14786612-14786773)
[»] scaffold0042 (1 HSPs)
scaffold0042 (52-837)||(83863-84654)
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (352-696)||(11999596-11999940)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 859; Significance: 0; HSPs: 8)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 859; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 916
Target Start/End: Complemental strand, 14767684 - 14766786
Alignment:
Q  18 aatcttaccggtatggcatagggagcttctaaatgcaagggatccaccgagagtaacatgcactcatcgtgaatacgaacaagttcccgacaccaaagga 117  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14767684 aatcttaccggtatggcatagggagcttctaaattcaagggatccaccgagagtaacatgcactcatcgtgaatacgaacaagttcccgacaccaaagga 14767585  T
Q  118 acaattattcccttagatgacatggcccatcgctcttttttcttcggtccaaccgaggtagcaaaaattcgcgctcttctcccgcctcaccaacaaaaac 217  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14767584 acaattattcccttagatgacatggctcatcgctcttttttcttcggtccaaccgaggtagcaaaaattcgcgctcttctcccgcctcaccaacaaaaac 14767485  T
Q  218 aatccaatttcgaaatcctcactgcatgcctttggcgttgtcggacaatcgcgttacaaccagacaccgatgaagaagttcgcataatctgcattgtcaa 317  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||    
T  14767484 aatccaattttgaaatcctcactgcatgcctttggcgttgtcgtacaatcgcgttacaaccagacactgacgaagaagttcgcataatctgcattgtcaa 14767385  T
Q  318 tgctcgtggcaagtttaatccaccgttaccaaacggttactacggtaatgcttttgcatttcctgtcgcggttacaaccgccgggaaactaatggaaaat 417  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  14767384 tgctcgtggcaagtttaatccaccgttgccaaacggttactacggtaatgcttttgcatttcctgtcgcggttacaaccgcggggaaactaatggaaaat 14767285  T
Q  418 ccattagggtatgcactagagttagttaaaaaagctaaatctgatgtaactcaagaatacatgcattcagttgcagatttaatggttatcaagggtagac 517  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  14767284 ccattagggtatgcactagagttagttaaaaaagctaaatctgatgtaactcaagaatacatgcattcagttgcagatttaatggttatcaagggtcgac 14767185  T
Q  518 cacattttactgtggttagaagttatcttgtgtctgatgtgacacgtgccggattcggagatgttgaatttggttggggaaaagctatatatggtggacc 617  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  14767184 cacattttactgtggttagaagttatcttgtgtctgatgtgacacgtgccggattcggagatgttgaatttggttggggaaaagctgtatatggtggacc 14767085  T
Q  618 agctaaaggaggagttggtgctatacctggtgttgctagcttttatatacctttcaaaaatgctaaaggagaggaaggtttggttataccactttgttta 717  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14767084 agctaaaggaggagttggtgctatacctggtgttgctagcttttatatacctttcaaaaatgctaaaggagaggaaggtttggttataccactttgttta 14766985  T
Q  718 ccagctcaagccatggagaagttcgttaaagagttagatagtgtgcttaagaacaacatcaaccaacctactattggtggtccaaaacctagtttcatta 817  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14766984 ccagctcaagccatggagaagttcgttaaagagttagatagtgtgcttaagaacaacatcaaccaacctactattggtggtccaaaacctagtttcatta 14766885  T
Q  818 tttcttccttgtagaccttaaactaatgtttgtttcaatttcctttgctatgattggtgtgagactatatataatcacgatggtcaattttagtataat 916  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14766884 tttcttccttgtagaccttaaactaatgtttgtttcaatttcctttgctatgattggtgtgagactatatataatcacgatggtcaattttagtataat 14766786  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 131; E-Value: 2e-67
Query Start/End: Original strand, 18 - 395
Target Start/End: Complemental strand, 14873765 - 14873394
Alignment:
Q  18 aatcttaccggtatggcatagggagcttctaaatgcaagggatccaccgagagtaacatgcactcatcgtgaatacgaacaagttcccgacaccaaagga 117  Q
    ||||| ||| ||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  14873765 aatctcaccagtatggcatagagagcttctaaacgcaagggatccaccaagagtaacatgcactcatcatgaatatgaacaagttcccgacaccaaagga 14873666  T
Q  118 acaattattcccttagatgacatggcccatcgctcttttttcttcggtccaaccgaggtagcaaaaattcgcgctcttctcccgcctcaccaacaaaaac 217  Q
    ||||||||  ||||||||| ||     |  || ||||| ||||||||||| || ||||||||   ||| ||||||||||| || |||||||||||| |||    
T  14873665 acaattatctccttagatgccacaattctccgttctttcttcttcggtcccactgaggtagccgcaatacgcgctcttcttccacctcaccaacaagaac 14873566  T
Q  218 aatccaatttcgaaatcctcactgcatgcctttggcgttgtcggacaatcgcgttacaaccagacaccgatgaagaagttcgcataatctgcattgtcaa 317  Q
    | || ||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||| | | | |||||||| ||||         |||||    
T  14873565 actctaattttgaaatcctcactgcattcctttggcgttgtcgtacaattgcgttacaaccagacatcaacggagaagttcacata---------gtcaa 14873475  T
Q  318 tgctcgtggcaagt---ttaatccaccgttaccaaacggttactacggtaatgcttttgcatttcctgtcgcggttacaac 395  Q
      | | ||||||||   |||| ||||| |||||||||||| ||||||||||   ||||||||||||||  |||||||||||    
T  14873474 cacgcatggcaagtttattaacccacccttaccaaacggtaactacggtaacagttttgcatttcctgctgcggttacaac 14873394  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 126; E-Value: 2e-64
Query Start/End: Original strand, 661 - 890
Target Start/End: Complemental strand, 14873248 - 14873019
Alignment:
Q  661 tatatacctttcaaaaatgctaaaggagaggaaggtttggttataccactttgtttaccagctcaagccatggagaagttcgttaaagagttagatagtg 760  Q
    |||||||| || |||||||||||||||   |||||||||||||||||| ||||||| ||| || |||||||||||| |||| |||||||||| ||| |||    
T  14873248 tatataccatttaaaaatgctaaaggaatagaaggtttggttataccagtttgtttgccaactaaagccatggagaggttcattaaagagttggatggtg 14873149  T
Q  761 tgcttaagaacaacatcaaccaacctactattggtggtccaaaacctagtttcattatttcttccttgtagaccttaaactaatgtttgtttcaatttcc 860  Q
    ||||||||||||| || |||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||| |||||| ||||||| ||||| |||||||||| || | |||||||    
T  14873148 tgcttaagaacaaaattaaccaacctactatgggtggtccaaaacctagattcataatttctcccttgtaaaccttgaactaatgttcgtatgaatttcc 14873049  T
Q  861 tttgctatgattggtgtgagactatatata 890  Q
    |||||||||||  |||||||||||||||||    
T  14873048 tttgctatgatatgtgtgagactatatata 14873019  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 125; E-Value: 7e-64
Query Start/End: Original strand, 40 - 790
Target Start/End: Complemental strand, 14878605 - 14877850
Alignment:
Q  40 gagcttctaaatgcaagggatccaccgagagtaacatgcactcatcgtgaatacgaacaagttcccgacaccaaaggaacaattattcccttagatgaca 139  Q
    |||||||| ||||||||||||||||| ||||| ||||  | ||||||||||||||| | ||  ||||||| ||||||||| ||  |||||||||| ||||    
T  14878605 gagcttcttaatgcaagggatccaccaagagtgacatataatcatcgtgaatacgatccagaacccgacaacaaaggaaccatgtttcccttagacgaca 14878506  T
Q  140 tggcccatcgctcttttttcttcggtccaaccgaggtagcaaaaattcgcgctcttctcccgcctcaccaa---caaaaacaatccaatttcgaaatcct 236  Q
    |||  || ||| |||| ||| | ||||| |||||||||||   ||||||| |||| || || ||| |||||   ||| || | |||||||| |||||| |    
T  14878505 tggttcaccgcactttcttcattggtccgaccgaggtagctgcaattcgcactctccttccacctaaccaaatgcaacaatactccaattttgaaatcat 14878406  T
Q  237 cactgcatgcctttggcgttgtcggacaatcgcgttacaaccagacaccgatgaagaagttcgcataatctgcattgtcaatgctcgtggcaagt---tt 333  Q
      | |||| | ||||| ||||||| ||||| || || |||| |||  |  | ||||||||||||||||||||||| | | |||| ||| |||| |   ||    
T  14878405 agccgcatacttttgg-gttgtcgtacaatagcatttcaactagattctaacgaagaagttcgcataatctgcatagccgatgcacgtagcaaatctgtt 14878307  T
Q  334 aatccaccgttaccaaacggttactacggtaatgcttttgcatttcctgtcgcggttacaaccgccgggaaactaatggaaaatccattagggtatgcac 433  Q
     | | ||   | ||| | |||||||| ||||| ||| | | |||||| || ||||||||||| || || |||||||| |||||||| || |  ||||||     
T  14878306 gaccaacaacttccatatggttactatggtaacgctatagtatttcccgttgcggttacaactgcaggaaaactaattgaaaatccgttggcttatgcat 14878207  T
Q  434 tagagttagttaaaaaagctaaatctgatgtaactcaagaatacatgcattcagttgcagatttaatggttatcaagggtagaccacattttactgtggt 533  Q
    |  | |||||||| ||||| ||| ||  ||| |   |||| || ||||||||||| |||||||||||||||||||||||| | || | ||| |||   |     
T  14878206 tgaatttagttaagaaagcaaaagctagtgtcaacaaagagtatatgcattcagtggcagatttaatggttatcaagggtcgtcctcctttaactactgc 14878107  T
Q  534 tagaagttatcttgtgtctgatgtgacacgtgccggattcggagatgttgaatttggttggggaaaagctatatatggtggaccagctaaaggaggagtt 633  Q
      ||   ||||| ||||||||||| ||||| || |||||  |||||||||| ||||||||||| |||||| | ||||| ||||||||||||||||| | |    
T  14878106 aggattgtatctagtgtctgatgttacacgagctggatttcgagatgttgattttggttgggggaaagctgtttatggaggaccagctaaaggaggggat 14878007  T
Q  634 ggtgctatacctggtgttgctagcttttatatacctttcaaaaatgctaaaggagaggaaggtttggttataccactttgtttaccagctcaagccatgg 733  Q
    |||||| | ||||||   |||  |||| |||| || || | ||||| |||||||||| ||||||||||||||||| ||| ||| ||| |||||| |||||    
T  14878006 ggtgctcttcctggtcaagctgtctttcatattccatttacaaatgataaaggagagaaaggtttggttataccagtttttttgccaactcaagtcatgg 14877907  T
Q  734 agaagttcgttaaagagttagatagtgtgcttaagaacaacatcaaccaacctacta 790  Q
    ||| ||| ||||||||||| |||||||| |||||||||||||| ||||| |||||||    
T  14877906 agaggttggttaaagagttggatagtgttcttaagaacaacattaaccagcctacta 14877850  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 115; E-Value: 6e-58
Query Start/End: Original strand, 40 - 752
Target Start/End: Original strand, 14759134 - 14759852
Alignment:
Q  40 gagcttctaaatgcaagggatccaccgagagtaacatgcactcatcgtgaatacgaacaagttcccgacaccaaaggaacaattattcccttagatgaca 139  Q
    |||||||| ||||||||||||||||| | ||| ||||| ||||||||||||||||| | ||  ||||||| ||||||||| ||  |||||||||| ||||    
T  14759134 gagcttcttaatgcaagggatccaccaatagtgacatgtactcatcgtgaatacgatccagaacccgacaacaaaggaaccatgtttcccttagacgaca 14759233  T
Q  140 tggcccatcgctcttttttcttcggtccaaccgaggtagcaaaaattcgcgctcttctcccgcctcaccaa---caaaaacaatccaatttcgaaatcct 236  Q
    |||  || ||| |||| ||| | ||||| |||||||||||   ||||||| |||| || ||| ||||||||   |||||| | |||||||| ||| || |    
T  14759234 tggttcaccgcactttcttcattggtccgaccgaggtagctgcaattcgctctctccttccgactcaccaattgcaaaaatactccaattttgaagtcat 14759333  T
Q  237 cactgcatgcctttggcgttgtcggacaatcgcgttacaaccagacaccgatgaagaagttcgcataatctgcattgtcaatgctcgtggcaagt---tt 333  Q
      | |||| | ||||||||||||| ||||| || ||||||| |||  |  | |||||||||||||| |||||| | ||| |||| |||  ||| |   ||    
T  14759334 agccgcatacttttggcgttgtcgtacaatagcattacaactagattctaacgaagaagttcgcatgatctgcctagtcgatgcacgtaacaaatctgtt 14759433  T
Q  334 aatccaccgttaccaaacggttactacggtaatgcttttgcatttcctgtcgcggttacaaccgccgggaaactaatggaaaatccattagggtatgcac 433  Q
     |   ||   | ||||| ||||| || ||||| ||| | || ||||| || ||||||||||| || || ||||| || ||||||||| | | |||||||     
T  14759434 tacaaacaacttccaaaaggttattatggtaacgctatagcgtttcccgttgcggttacaactgcaggaaaacttattgaaaatccactggagtatgcat 14759533  T
Q  434 tagagttagttaaaaaagctaaatctgatgtaactcaagaatacatgcattcagttgcagatttaatggttatcaagggtagaccacattttactgtggt 533  Q
    |  | |||||||| ||||| ||| || |||| |   |||| || ||||||||||| |||||||||||||||||||||||| | || | ||| |||   |     
T  14759534 tgaatttagttaagaaagcaaaagctaatgtcaacaaagagtatatgcattcagtggcagatttaatggttatcaagggtcgtcctcctttaactactgc 14759633  T
Q  534 tagaagttatcttgtgtctgatgtgacacgtgccggattcggagatgttgaatttggttggggaaaagctatatatggtggaccagctaaaggaggagtt 633  Q
    | ||   ||| | ||||||||| | |||||||| ||| | ||||||||||||||||||||||| |||||| | ||||| |||   ||||||||||| | |    
T  14759634 tggattatatttagtgtctgatattacacgtgctggacttggagatgttgaatttggttgggggaaagctctctatggaggaatggctaaaggaggtgat 14759733  T
Q  634 ggtgctatacctggtgttgctagcttttatatacctttcaaaaatgctaaaggagaggaaggtttggttataccactttgtttaccagctcaagccatgg 733  Q
    | |||||| ||||||   |||   ||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||  |||  || || ||||||| |||||    
T  14759734 gttgctattcctggtcaagctgtatttcatatacctttcaaaaatgctaaaggagaagaaggtttggttataccgtttttcttgcctgctcaagtcatgg 14759833  T
Q  734 agaagttcgttaaagagtt 752  Q
    ||| ||| |||||||||||    
T  14759834 agaggttggttaaagagtt 14759852  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 111; E-Value: 2e-55
Query Start/End: Original strand, 439 - 769
Target Start/End: Complemental strand, 14786346 - 14786016
Alignment:
Q  439 ttagttaaaaaagctaaatctgatgtaactcaagaatacatgcattcagttgcagatttaatggttatcaagggtagaccacattttactgtggttagaa 538  Q
    |||||||| ||||| ||| || |||| || ||||| |||||||||||  |||| ||||||||||||||||||||| |||| || |||| ||| || | |     
T  14786346 ttagttaagaaagcaaaagctaatgtcacccaagagtacatgcattcgattgcggatttaatggttatcaagggtcgacctcactttaatgtagtaaaat 14786247  T
Q  539 gttatcttgtgtctgatgtgacacgtgccggattcggagatgttgaatttggttggggaaaagctatatatggtggaccagctaaaggaggagttggtgc 638  Q
      |||||||| ||||| |||||||| | ||| || |   | ||||| | ||||||||| ||| | || ||||| |||||||||| ||||| || |||||     
T  14786246 cctatcttgtttctgacgtgacacgcggcgggtttgagaaggttgattatggttgggggaaacccatctatggaggaccagctagaggagcagatggtga 14786147  T
Q  639 tatacctggtgttgctagcttttatatacctttcaaaaatgctaaaggagaggaaggtttggttataccactttgtttaccagctcaagccatggagaag 738  Q
    ||| |||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||| |||  ||||| |||||||| |    
T  14786146 tattcctggtcttgctagctttcatatacctttcaaaaatgctaaaggagaggaaggtttggttataccattttattttccaaatcaagtcatggagagg 14786047  T
Q  739 ttcgttaaagagttagatagtgtgcttaaga 769  Q
    || ||||||||  | ||||||||||||||||    
T  14786046 tttgttaaagaaatggatagtgtgcttaaga 14786016  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000009
Query Start/End: Original strand, 754 - 838
Target Start/End: Complemental strand, 14872310 - 14872226
Alignment:
Q  754 gatagtgtgcttaagaacaacatcaaccaacctactattggtggtccaaaacctagtttcattatttcttccttgtagaccttaa 838  Q
    |||| |||||||||||||||||| | |||||||||||  | |||||| ||||||||| || |||||||||| ||||| |||||||    
T  14872310 gataatgtgcttaagaacaacattagccaacctactaaggatggtccgaaacctagtctcgttatttcttcattgtaaaccttaa 14872226  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #8
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000008
Query Start/End: Original strand, 18 - 179
Target Start/End: Complemental strand, 14786773 - 14786612
Alignment:
Q  18 aatcttaccggtatggcatagggagcttctaaatgcaagggatccaccgagagtaacatgcactcatcgtgaatacgaacaagttcc-cgacaccaaagg 116  Q
    ||||| |||||| |||  ||| |||||||||||||||||| | ||||| ||| | || || |||||||  ||||| ||| |||| || ||| || |||||    
T  14786773 aatctcaccggtgtggtgtagagagcttctaaatgcaaggaacccaccaagaattacgtgtactcatcacgaatatgaagaagtaccacgaaac-aaagg 14786675  T
Q  117 aacaattattcccttagatgacatggcccatcgctcttttttcttcggtccaaccgaggtagc 179  Q
    |||  | ||||||||||| |||||||  |||| | |||| ||||| ||||| |||||||||||    
T  14786674 aacggtcattcccttagacgacatggttcatcacactttcttctttggtcccaccgaggtagc 14786612  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0042 (Bit Score: 124; Significance: 3e-63; HSPs: 1)
Name: scaffold0042
Description:

Target: scaffold0042; HSP #1
Raw Score: 124; E-Value: 3e-63
Query Start/End: Original strand, 52 - 837
Target Start/End: Complemental strand, 84654 - 83863
Alignment:
Q  52 gcaagggatccaccgagagtaacatgcactcatcgtgaatacgaacaagttcccgacaccaaaggaacaattattcccttagatgacatggcccatcgct 151  Q
    ||||||||| |||| ||||| || || ||||||||||||||||||| ||  || |||| ||||| ||  |   || ||||||||||||||| ||| |       
T  84654 gcaagggatgcaccaagagtgacgtgtactcatcgtgaatacgaaccagaacctgacaacaaagcaaacacattttccttagatgacatggtccaccatg 84555  T
Q  152 cttttttcttcggtccaaccgaggtagcaaaaattcgcgctcttctcccgcctcaccaacaaaaacaat---ccaatttcgaaatcctcactgcatgcct 248  Q
    |||| ||||| ||| |||||||||||||   ||||||  |||| || || ||||| |||||| || |||   ||||||| |||||| ||||  |||   |    
T  84554 ctttcttctttggtgcaaccgaggtagccgcaattcgttctctacttccacctcaacaacaacaaaaatactccaattttgaaatcatcacatcatattt 84455  T
Q  249 ttggcgttgtcggacaatcgcgttacaaccagacaccgatgaagaagttcgcataatctgcattgtcaatgctcgtggcaagttt---aatccaccgtta 345  Q
    |||||||||||| ||| | |||||||||| ||| ||  | ||||||||||||||||||||||| ||| |||| ||| |||| |||   || | ||   ||    
T  84454 ttggcgttgtcgtacactagcgttacaactagatactaacgaagaagttcgcataatctgcatcgtcgatgcacgtagcaaatttgttaacctacttgta 84355  T
Q  346 ccaaacggttactacggtaatgcttttgcatttcctgtcgcggttacaaccgccgggaaactaatggaaaatccattagggtatgcactagagttagtta 445  Q
    ||||| |||||||| ||||| ||| | ||  |||| |  ||  ||||||| |  || |||||||| ||||| |||||   ||||||||| || |||||||    
T  84354 ccaaatggttactatggtaacgctatagcgcttcccgctgcaattacaactgtaggaaaactaattgaaaacccattgacgtatgcactggatttagtta 84255  T
Q  446 aaaaagctaaatctgatgtaactcaagaatacatgcattcagttgcagatttaatggttatcaagggtagaccacattttactgtggttagaagttatct 545  Q
    | ||||| ||| || |||| ||  |||| |||||||||||  | ||||||||| |||| |||||||||||||| |||||||||   |  |    || | |    
T  84254 agaaagcaaaagctaatgtcaccgaagagtacatgcattccatggcagatttattggtaatcaagggtagacctcattttactacagcgaatgcttgttt 84155  T
Q  546 tgtgtctgatgtgacacgtgccggattcggagatgttgaatttggttggggaaaagctatatatggtggaccagctaaaggaggagttggtgctatacct 645  Q
     ||||||||||| |||||||| |||||  |||||||||| ||||||||||| |||||| | ||||| |||  ||||| || ||||| |||| |||  |||    
T  84154 agtgtctgatgttacacgtgctggatttagagatgttgattttggttgggggaaagctgtttatggaggattagctagagcaggagatggtactaatcct 84055  T
Q  646 ggtgttgctagcttttatatacctttcaaaaatgctaaaggagaggaaggtttggttataccactttgtttaccagctcaagccatggagaagttcgtta 745  Q
    ||| || ||| | ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||| ||| ||| |||||| ||| |||| ||| ||||    
T  84054 ggtatttctaccatttatataccttttaaaaatgctaaaggagaggaaggttttgttataccagttttttttccaactcaagtcatcgagaggttggtta 83955  T
Q  746 aagagttagatagtgtgcttaagaacaacatcaaccaacctactattggtggtccaaaacctagtttcattatttcttccttgtagacctta 837  Q
    ||||||| ||||  || |||||||||||||| |||   |||||||| |||| |  |||| || |  |||||| |||||| |||||| |||||    
T  83954 aagagttggataaagttcttaagaacaacattaactcgcctactatgggtgatagaaaatctggaatcattaattcttcgttgtagtcctta 83863  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 61; Significance: 1e-25; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 61; E-Value: 1e-25
Query Start/End: Original strand, 352 - 696
Target Start/End: Complemental strand, 11999940 - 11999596
Alignment:
Q  352 ggttactacggtaatgcttttgcatttcctgtcgcggttacaaccgccgggaaactaatggaaaatccattagggtatgcactagagttagttaaaaaag 451  Q
    |||||||||||||||||||| |  |   ||||| |  |||||||||| || |||||||| |||||||| || |  |||||  |||| |||||||| ||||    
T  11999940 ggttactacggtaatgctttcgtgtactctgtcacaattacaaccgcaggaaaactaattgaaaatccgttggcatatgctttagatttagttaagaaag 11999841  T
Q  452 ctaaatctgatgtaactcaagaatacatgcattcagttgcagatttaatggttatcaagggtagaccacattttactgtggttagaagttatcttgtgtc 551  Q
      ||| || |||| ||| |||| || ||||| |||    |||||||||||||||| |||||| ||||  |||||| |  |   |||   ||| | || ||    
T  11999840 aaaaaactaatgttactaaagagtatatgcaatcaacgacagatttaatggttataaagggtcgaccgtattttaataagtcgagattatatttagtttc 11999741  T
Q  552 tgatgtgacacgtgccggattcggagatgttgaatttggttggggaaaagctatatatggtggaccagctaaaggaggagttggtgctatacctggtgtt 651  Q
    |||||| |||||||| |||||  |||||||||| ||||||||||| ||| || | ||||| |||||||||||||||||||  |||||||  || ||| ||    
T  11999740 tgatgttacacgtgctggatttagagatgttgagtttggttgggggaaacctgtgtatggaggaccagctaaaggaggagacggtgctaatcccggtctt 11999641  T
Q  652 gctagcttttatatacctttcaaaaatgctaaaggagaggaaggt 696  Q
    ||| |||||  |||| |||| ||||||| ||||||||||||||||    
T  11999640 gcttgctttcgtatagcttttaaaaatgttaaaggagaggaaggt 11999596  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University