View Alignment
This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
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Alignment Overview
Query: NF8981_low_15 (Length: 888)
Name: NF8981_low_15
Description: NF8981
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF8981_low_15 |
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| [»] scaffold0014 (1 HSPs) |
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Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 663; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:
Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 663; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 870
Target Start/End: Complemental strand, 23963701 - 23962853
Alignment:
| Q |
18 |
gattttagccagattctgaaacaatatcgataccagggtctcatattttgtggcgatagtggaaaagaagaaaactttgaagtttactttcttaatgatg |
117 |
Q |
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| T |
23963701 |
gattttagccaaattctgaaacaatatcgataccagg-tctcatattttgtggcgatagtggaaaagaagaaaactttgaagtttactttctcaatgatg |
23963603 |
T |
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| Q |
118 |
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217 |
Q |
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| T |
23963602 |
gaaaattgacaacacaatttgaaaccaaaagggatcatttctacaaagcaaaccgattcaaaattggccaaactattcgcttgaaattggacctttccga |
23963503 |
T |
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| Q |
218 |
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316 |
Q |
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| T |
23963502 |
taatgtgaagtgtcatgtctaccaagttgcttcaacatctacatctaatgcatctgcctaagaacttcttcaatgtgtttcatctactactatgtttaat |
23963403 |
T |
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| Q |
317 |
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416 |
Q |
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| T |
23963402 |
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23963303 |
T |
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| Q |
417 |
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516 |
Q |
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| T |
23963302 |
attaatctacattttaagttttcacttctatattttcatttcatcaaaccttacaatta--tttagtatatttctaccttttaatacctgcatatcacct |
23963205 |
T |
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| Q |
517 |
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616 |
Q |
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| T |
23963204 |
--caataggatatagtagcgataacatattgtatgttcttcctttttaaatatgataaactacgatgaaattgattatgataaaacattatttaattttt |
23963107 |
T |
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| Q |
617 |
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716 |
Q |
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23963106 |
ttcaatttacaataactttaaataatacattactcttatcgataccatttctaatttaaaacatagttactacaaatattttataacaactcagcgggac |
23963007 |
T |
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| Q |
717 |
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816 |
Q |
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| T |
23963006 |
aaacatacaatcttcgtgttggaatttcaaaattaaacattagaaaggacccaactaaagattgagtcgagccgataaattcaaaccatctttttccaat |
23962907 |
T |
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| Q |
817 |
gaacttacaacttccattcctgcgatcaatttcaatttcacatatgtatgtctt |
870 |
Q |
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| T |
23962906 |
gaacttacaactttcattcatgcgatcaatttcaatttcacatacgtatgtctt |
23962853 |
T |
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[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: scaffold0014 (Bit Score: 649; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: scaffold0014
Description:
Target: scaffold0014; HSP #1
Raw Score: 649; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 872
Target Start/End: Original strand, 131839 - 132693
Alignment:
| Q |
18 |
gattttagccagattctgaaacaatatcgataccagggtctcatattttgtggcgatagtggaaaagaagaaaactttgaagtttactttcttaatgatg |
117 |
Q |
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| T |
131839 |
gattttagccagattctgaaacaatattgataccagggtctcatattttgtggcgatagtggaaaagaagaaaaatttgaagtttactttctcaatgatg |
131938 |
T |
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| Q |
118 |
gaaaattgacaacacaatttggaaccaaatgagatcatttctacaaagcaaaccgattcaaaatttgcccaactatccatttgaaattggacctttccaa |
217 |
Q |
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| T |
131939 |
gaaaattgacaacacaatttggaaccaagtgggatcatttctgcaaagcaaaccgattcaaaattggccaaactatccgcttgaaattggacctttccga |
132038 |
T |
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| Q |
218 |
taatgtgaagtgtcatgtataccaagttgcttcaacatctacatctaatgcatctacctaag-agttcttcaatgtgtttcatctactactatgtttaat |
316 |
Q |
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| T |
132039 |
taatgtcaagtgccatgtctaccaagttgcttcaacatctacatctaatgcatctgcctaagaacttcttcaatgtgtttcatctactactatgtttaat |
132138 |
T |
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| Q |
317 |
cttcactatgtagtgtgtttaatatcactatattttaatttctgtcaggtttgtttaattatgttgtatccaattcatcaattctctatgttctattaag |
416 |
Q |
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132139 |
cttcactatgtagtgtgtttaatatcactatattttaattcctgtcaagtttgtttaattatgttgtactcagttcatcaattctctatgttctattaag |
132238 |
T |
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417 |
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515 |
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132336 |
T |
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| Q |
516 |
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| T |
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132436 |
T |
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616 |
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| T |
132437 |
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132536 |
T |
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| Q |
716 |
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815 |
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| T |
132537 |
caaacatacaatcttcgtgttggaatttcaaaattaaacattagaaaggacccagctaaagattgattcgagacgataaattaaaaccatccttttccaa |
132636 |
T |
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| Q |
816 |
tgaacttacaacttccattcctgcgatcaatttcaatttcacatatgtatgtcttct |
872 |
Q |
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132637 |
tgaacttacatcttccattcttgcgatcaatttcaatttcagatacgtatgtcttct |
132693 |
T |
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