View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF8981_low_20 (Length: 816)

Name: NF8981_low_20
Description: NF8981
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF8981_low_20
NF8981_low_20
[»] chr6 (30 HSPs)
chr6 (1-624)||(10579596-10580220)
chr6 (653-808)||(10580224-10580379)
chr6 (1-317)||(7119080-7119396)
chr6 (1-317)||(7131558-7131874)
chr6 (3-451)||(19632228-19632673)
chr6 (54-331)||(6402769-6403046)
chr6 (1-249)||(6596788-6597036)
chr6 (4-451)||(6394653-6395100)
chr6 (3-458)||(6589185-6589640)
chr6 (291-451)||(6597042-6597208)
chr6 (54-319)||(6585150-6585415)
chr6 (10-331)||(7994051-7994372)
chr6 (59-331)||(6432070-6432342)
chr6 (12-326)||(6415880-6416194)
chr6 (3-328)||(6426423-6426748)
chr6 (157-447)||(6423010-6423300)
chr6 (10-317)||(6594475-6594782)
chr6 (168-329)||(14820604-14820765)
chr6 (54-314)||(6409932-6410192)
chr6 (168-325)||(14818297-14818454)
chr6 (151-329)||(6603212-6603390)
chr6 (165-250)||(11936299-11936384)
chr6 (165-250)||(11948279-11948364)
chr6 (157-247)||(14802329-14802419)
chr6 (603-724)||(7443853-7443971)
chr6 (276-342)||(28934947-28935013)
chr6 (157-257)||(9411338-9411438)
chr6 (3-39)||(9411556-9411592)
chr6 (392-451)||(14820482-14820541)
chr6 (294-327)||(12102219-12102252)
[»] chr3 (5 HSPs)
chr3 (3-317)||(51764302-51764616)
chr3 (11-326)||(13470602-13470917)
chr3 (3-329)||(51113643-51113969)
chr3 (218-328)||(514805-514915)
chr3 (166-245)||(51120918-51120997)
[»] chr5 (5 HSPs)
chr5 (84-326)||(20478025-20478267)
chr5 (165-310)||(41901559-41901704)
chr5 (166-329)||(32267386-32267549)
chr5 (166-304)||(41889579-41889717)
chr5 (3-39)||(41901397-41901433)
[»] chr4 (17 HSPs)
chr4 (54-319)||(53761685-53761947)
chr4 (168-319)||(8184057-8184208)
chr4 (166-328)||(546825-546987)
chr4 (4-245)||(8186951-8187195)
chr4 (3-325)||(55908587-55908912)
chr4 (218-318)||(370842-370942)
chr4 (159-328)||(55505126-55505292)
chr4 (166-312)||(640843-640989)
chr4 (165-328)||(553391-553554)
chr4 (155-245)||(1548438-1548528)
chr4 (219-319)||(1517574-1517674)
chr4 (166-245)||(7307855-7307934)
chr4 (171-328)||(1537797-1537954)
chr4 (10-110)||(21834247-21834347)
chr4 (171-328)||(1513437-1513591)
chr4 (273-328)||(12121589-12121644)
chr4 (10-115)||(3438432-3438540)
[»] chr7 (5 HSPs)
chr7 (11-256)||(10614577-10614822)
chr7 (157-451)||(15092167-15092461)
chr7 (203-319)||(10170143-10170259)
chr7 (203-319)||(10177668-10177784)
chr7 (273-330)||(15106479-15106536)
[»] chr1 (5 HSPs)
chr1 (3-245)||(19468361-19468603)
chr1 (159-247)||(43634900-43634988)
chr1 (163-319)||(9580990-9581148)
chr1 (166-239)||(52082582-52082655)
chr1 (163-262)||(9586617-9586716)
[»] chr8 (6 HSPs)
chr8 (166-329)||(27922419-27922582)
chr8 (168-256)||(34936190-34936278)
chr8 (166-316)||(17628039-17628189)
chr8 (165-319)||(18315297-18315451)
chr8 (165-250)||(32151291-32151376)
chr8 (165-250)||(28246319-28246402)
[»] chr2 (2 HSPs)
chr2 (168-328)||(45245112-45245272)
chr2 (3-325)||(1037523-1037848)
[»] scaffold0041 (1 HSPs)
scaffold0041 (168-329)||(39095-39256)
[»] scaffold0295 (1 HSPs)
scaffold0295 (168-320)||(651-803)
[»] scaffold0807 (1 HSPs)
scaffold0807 (163-318)||(1486-1644)


Alignment Details
Target: chr6 (Bit Score: 585; Significance: 0; HSPs: 30)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 585; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 624
Target Start/End: Original strand, 10579596 - 10580220
Alignment:
Q  1 tagcttcctttttccccaatttgcagctgcttgatttgaatacttgcgaatacatatctgaaggtatttttcaagtttcaggaagatgtggtaagattaa 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10579596 tagcttcctttttccccaatttgcagctgcttgatttgaatacttgcgaatacatatctgaaggtatttttcaagtttcaggaagatgtggtaagattaa 10579695  T
Q  101 gcatttgaacatagccaaatgtccaagagtgaagcgacttagaataaagattgtaattccccagctggaggtgttgaacttgtcatatacaaaagtcgat 200  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  10579696 gcatttgaacttagccaaatgtccaagagtgaagcgacttagaataaagattgtaattccccagctggaggtgttgaacttgtcatatacaaaagttgat 10579795  T
Q  201 gataaaacactatattcgatctcaaagaattgttgtgggcttttgaaactatt-actgaaaaactgtaaaagggtcacaaagaagggagttaaacatgtg 299  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10579796 gataaaacactctattcgatctcaaagaattgttgtcggcttttggaactatttactgaaaaactgtaaaagggtcacaaagaagggagttaaacatgtg 10579895  T
Q  300 gtagaaaactgcacacaacttagagagatttacttggatgatttagatttaaggaggataaataggggattcttcttgcgtcatggatgcgttctttgct 399  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  10579896 gtagaaaactgcacacaacttagagagatttacttggatgatttagatttaaggaggataaataggggattcttcttgcgtcatggatgccttctttgct 10579995  T
Q  400 agtattctaaaaatgctacgctgaagtttgaactctgtaagttgtttttgttataatatagcatatatgacagaaacagcagtttcaatttagggagtgg 499  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10579996 agtattctaaaaatgctacgctgaagtttgaactctgtaagttgtttttgttataatatagcatatatgacagaaacagcagtttcaatttagggagtgg 10580095  T
Q  500 tgctgatgtagattcaattcatgtgacttctatttagtagagatgttataatatagcatgatatggaaaagatataatttgatcaaaataattacggcgt 599  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  10580096 tgctgatgtagattcaattcatgtgacttctatttagtagaaatgttataatatagcatgatatggaaaagatataatttgttcaaaataattacggcgt 10580195  T
Q  600 tagcttcttgttacaaaatataaga 624  Q
    |||||||||||||||||||||||||    
T  10580196 tagcttcttgttacaaaatataaga 10580220  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 148; E-Value: 1e-77
Query Start/End: Original strand, 653 - 808
Target Start/End: Original strand, 10580224 - 10580379
Alignment:
Q  653 cttgatgcttatgatgatttctgataaatttttatggaaaaacaggtaaaaaatatttcataatttaattgtatacgccagaaactcgtgtatattgact 752  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  10580224 cttgatgcttatgatgatttcttataaatttttatggaaaaacaggtaaaaaatatttcataatttaattgtatacgccagaaactcatgtatattgact 10580323  T
Q  753 tcagttttatagaaccagtaaaatcatgatgtgtggaatatgtttgtgtccattat 808  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10580324 tcagttttatagaaccagtaaaatcatgatgtgtggaatatgtttgtgtccattat 10580379  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 121; E-Value: 1e-61
Query Start/End: Original strand, 1 - 317
Target Start/End: Complemental strand, 7119396 - 7119080
Alignment:
Q  1 tagcttcctttttccccaatttgcagctgcttgatttgaatacttgcgaatacatatctgaaggtatttttcaagtttcaggaagatgtggtaagattaa 100  Q
    |||||||||||||||||||||| || || |||||||||||||||||| |  |||||||||||||||||| |||||||| | | ||||||  |||||||||    
T  7119396 tagcttcctttttccccaatttacaacttcttgatttgaatacttgcaataacatatctgaaggtatttgtcaagttttaaggagatgttctaagattaa 7119297  T
Q  101 gcatttgaacatagccaaatgtccaagagtgaagcgacttagaataaagattgtaattccccagctggaggtgttgaacttgtcatatacaaaagtcgat 200  Q
     ||||||||| ||||| | ||| |||||||||||| |||| |||| ||  ||||  ||| ||||||||||||||||||||||||| |||| || || |||    
T  7119296 acatttgaacttagcccactgttcaagagtgaagctacttggaatgaactttgttgttcaccagctggaggtgttgaacttgtcagatacgaaggttgat 7119197  T
Q  201 gataaaacactatattcgatctcaaagaattgttgtgggcttttgaaactattactgaaaaactgtaaaagggtcacaaagaagggagttaaacatgtgg 300  Q
    ||| |||||||  ||  |||||| ||||||||||| ||||||||| |||||||||||||| | ||| |    |||||||| || | ||| ||||||||||    
T  7119196 gatgaaacactccatgtgatctcgaagaattgttgcgggcttttggaactattactgaaagattgttattatgtcacaaaaaaagaagtgaaacatgtgg 7119097  T
Q  301 tagaaaactgcacacaa 317  Q
     ||||||||||||||||    
T  7119096 aagaaaactgcacacaa 7119080  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 121; E-Value: 1e-61
Query Start/End: Original strand, 1 - 317
Target Start/End: Complemental strand, 7131874 - 7131558
Alignment:
Q  1 tagcttcctttttccccaatttgcagctgcttgatttgaatacttgcgaatacatatctgaaggtatttttcaagtttcaggaagatgtggtaagattaa 100  Q
    |||||||||||||||||||||| || || |||||||||||||||||| |  |||||||||||||||||| |||||||| | | ||||||  |||||||||    
T  7131874 tagcttcctttttccccaatttacaacttcttgatttgaatacttgcaataacatatctgaaggtatttgtcaagttttaaggagatgttctaagattaa 7131775  T
Q  101 gcatttgaacatagccaaatgtccaagagtgaagcgacttagaataaagattgtaattccccagctggaggtgttgaacttgtcatatacaaaagtcgat 200  Q
     ||||||||| ||||| | ||| |||||||||||| |||| |||| ||  ||||  ||| ||||||||||||||||||||||||| |||| || || |||    
T  7131774 acatttgaacttagcccactgttcaagagtgaagctacttggaatgaactttgttgttcgccagctggaggtgttgaacttgtcagatacgaaggttgat 7131675  T
Q  201 gataaaacactatattcgatctcaaagaattgttgtgggcttttgaaactattactgaaaaactgtaaaagggtcacaaagaagggagttaaacatgtgg 300  Q
    ||| |||||||  ||  |||||| ||||||||||| ||||||||| |||||||||||||| | ||| |    |||||||| || | ||| ||||||||||    
T  7131674 gatgaaacactccatgtgatctcgaagaattgttgcgggcttttggaactattactgaaagattgttattatgtcacaaacaaagcagtgaaacatgtgg 7131575  T
Q  301 tagaaaactgcacacaa 317  Q
     ||||||||||||||||    
T  7131574 aagaaaactgcacacaa 7131558  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 95; E-Value: 5e-46
Query Start/End: Original strand, 3 - 451
Target Start/End: Complemental strand, 19632673 - 19632228
Alignment:
Q  3 gcttcctttttccccaatttgcagctgcttgatttgaatacttgcgaatacatatctgaaggtatttttcaagtttcaggaagatgtggtaagattaagc 102  Q
    ||||| ||||| ||||||||| ||| |||||||||||||  |||| | ||||||||| | | ||||| |||||||| |   |||||| ||||||| | ||    
T  19632673 gcttcgttttttcccaatttgtagcggcttgatttgaatcgttgctattacatatctaatgctatttgtcaagtttta---agatgttgtaagataacgc 19632577  T
Q  103 atttgaacatagccaaatgtccaagagtgaagcgacttagaataaagattgtaattccccagctggaggtgttgaacttgtcatatacaaaagtcgatga 202  Q
    |||||||| || |   |||| ||| ||| || | |||| |||||||  || || ||||| |||| ||||||||| ||||||| |||||||| || |||||    
T  19632576 atttgaacttaactcgatgttcaatagttaacctacttggaataaactttctagttcccaagctagaggtgttggacttgtcgtatacaaaggttgatga 19632477  T
Q  203 taaaacactatattcgatctcaaagaattgttgtgggcttttgaaactattactgaaaaactgtaaaagggtcacaaagaagggagttaaacatgtggta 302  Q
    | |   ||| | |  |||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||| |||   |   ||||| |||||||||| ||||| ||||||    
T  19632476 tgagcaactttttgtgatctcaaagaattgttgtgggcttttgcaactcttactgaaaaattgtgctaatatcacagagaagggagtgaaacacgtggta 19632377  T
Q  303 gaaaactgcacacaacttagagagatttacttggatgatttagatttaaggaggataaataggggattcttcttgcgtcatggatgcgttctttgctagt 402  Q
    |||||||||| |||||| |  |||||||| ||||  ||| |  ||| |||    | || ||||  | ||| |||||||||||||||| ||||||||||||    
T  19632376 gaaaactgcaaacaactgaaggagatttatttgggggatattcattcaagtgacaaaactaggaaactctgcttgcgtcatggatgccttctttgctagt 19632277  T
Q  403 attctaaaaatgctacgctgaagtttgaactctgtaagttgtttttgtt 451  Q
    ||||  |||||||||   |||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  19632276 attccgaaaatgctattatgaagtttgaaccctgtaagttgtttttgtt 19632228  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 90; E-Value: 5e-43
Query Start/End: Original strand, 54 - 331
Target Start/End: Complemental strand, 6403046 - 6402769
Alignment:
Q  54 atatctgaaggtatttttcaagtttcaggaagatgtggtaagattaagcatttgaacatagccaaatgtccaagagtgaagcgacttagaataaagattg 153  Q
    |||||||||||||||| |||||||| | | |||||| |||| |||| |||||||||| || |    ||| |||||||||||| |||| |||||||  |||    
T  6403046 atatctgaaggtatttgtcaagttttaaggagatgttgtaacattaggcatttgaacttaactgggtgttcaagagtgaagctacttggaataaactttg 6402947  T
Q  154 taattccccagctggaggtgttgaacttgtcatatacaaaagtcgatgataaaacactatattcgatctcaaagaattgttgtgggcttttgaaactatt 253  Q
     | ||||||| || || ||||||||||||||| |||| || || |||||| ||||||| |||  |||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  6402946 cagttccccaactagaagtgttgaacttgtcagatacgaaggttgatgatgaaacactctatgtgatctcaaagaattgtagtgggcttttgaaactatt 6402847  T
Q  254 actgaaaaactgtaaaagggtcacaaagaagggagttaaacatgtggtagaaaactgcacacaacttagagagattta 331  Q
    | ||| | | ||| | |  |||||| | |||||||  ||||||||| |||||||||| |||||||| |||||||||||    
T  6402846 attgagagattgttataatgtcacagaaaagggagcgaaacatgtgatagaaaactgtacacaactgagagagattta 6402769  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 90; E-Value: 5e-43
Query Start/End: Original strand, 1 - 249
Target Start/End: Original strand, 6596788 - 6597036
Alignment:
Q  1 tagcttcctttttccccaatttgcagctgcttgatttgaatacttgcgaatacatatctgaaggtatttttcaag-tttcaggaagatgtggtaagatta 99  Q
    ||||||||||||| || ||||||||||||||||| ||  || ||    |  |||| ||||||||||||| ||||| ||||||| ||||||| ||||||||    
T  6596788 tagcttccttttttcctaatttgcagctgcttgacttatattctaataataacatttctgaaggtatttgtcaagttttcagg-agatgtgataagatta 6596886  T
Q  100 agcatttgaacatagccaaatgtccaagagtgaagcgacttagaataaagattgtaattccccagctggaggtgttgaacttgtcatatacaaaagtcga 199  Q
    |||||||||||  |||| ||||| |||| ||||||||||||  ||||||  ||| |||||||||||||||||||||||||||||||  |||||| || ||    
T  6596887 agcatttgaactgagccgaatgttcaagtgtgaagcgacttgaaataaactttgaaattccccagctggaggtgttgaacttgtcaagtacaaatgttga 6596986  T
Q  200 tgataaaacactatattcgatctcaaagaattgttgtgggcttttgaaac 249  Q
    |||| ||||||| ||  | |||||||||||||||| |||||| |||||||    
T  6596987 tgatgaaacactctacgctatctcaaagaattgttctgggctcttgaaac 6597036  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #8
Raw Score: 89; E-Value: 2e-42
Query Start/End: Original strand, 4 - 451
Target Start/End: Complemental strand, 6395100 - 6394653
Alignment:
Q  4 cttcctttttccccaatttgcagctgcttgatttgaatacttgcgaatacatatctgaaggtatttttcaagtttcaggaagatgtggtaagattaagca 103  Q
    ||||| ||||||||||||| ||||| ||||||||||    ||||  | | |||||||||||||||| |||||||| |   | |||| ||||| |||| ||    
T  6395100 cttccattttccccaatttacagctacttgatttgacacgttgctcacaaatatctgaaggtatttgtcaagttttaaagaaatgttgtaagcttaaaca 6395001  T
Q  104 tttgaacatagccaaatgtccaagagtgaagcgacttagaataaagattgtaattccccagctggaggtgttgaacttgtcatatacaaaagtcgatgat 203  Q
    ||||||| ||||    ||| ||| |||||| | || | |||| ||  ||| | ||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||  || ||||||    
T  6395000 tttgaacttagctttctgttcaaaagtgaaactacatggaatgaactttgcagttcccgagctggaggtgttgaacttgtcaaatacaagcgttgatgat 6394901  T
Q  204 aaaacactatattcgatctcaaagaattgttgtgggcttttgaaactattactgaaaaactgtaaaagggtcacaaagaagggagttaaacatgtggtag 303  Q
     |||| || | |  |||||||||||||||||||||||||||| || ||  |||  | || |||||||  |||||| | ||||| ||  ||||||||||||    
T  6394900 gaaactctttctgtgatctcaaagaattgttgtgggcttttgcaattacaacttgataattgtaaaaatgtcacagaaaagggtgtggaacatgtggtag 6394801  T
Q  304 aaaactgcacacaacttagagagatttacttggatgatttagatttaag-gaggataaataggggattcttcttgcgtcatggatgcgttctttgctagt 402  Q
    |||||||||||||| | ||||||||| | ||||  ||| | ||| |||| || || |||||||| | |  | ||||||| |||||||  | |||||||||    
T  6394800 aaaactgcacacaattgagagagattaatttgggggatattgatgtaagtgacga-aaatagggaacttctattgcgtcgtggatgccgtatttgctagt 6394702  T
Q  403 attctaaaaatgctacgctgaagtttgaactctgtaagttgtttttgtt 451  Q
    ||||| ||| ||||| |||||||||||||| ||||||||| ||||||||    
T  6394701 attctgaaattgctatgctgaagtttgaacactgtaagttctttttgtt 6394653  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #9
Raw Score: 84; E-Value: 2e-39
Query Start/End: Original strand, 3 - 458
Target Start/End: Original strand, 6589185 - 6589640
Alignment:
Q  3 gcttcctttttccccaatttgcagctgcttgatttgaatacttgcgaatacatatctgaaggtatttttcaagtttcaggaagatgtggtaagattaagc 102  Q
    |||||| |||||||||||||  || |||||||||| ||| ||||  |  |||||||| ||||||||| |||||| |   |||||||| ||||||||| ||    
T  6589185 gcttccattttccccaatttagaggtgcttgatttcaattcttgtaataacatatctaaaggtatttgtcaagtattgagaagatgttgtaagattaggc 6589284  T
Q  103 atttgaacatagccaaatgtccaagagtgaagcgacttagaataaagattgtaattccccagctggaggtgttgaacttgtcatatacaaaagtcgatga 202  Q
    |||||||| |||||   |||   | |||||||| |||| |||| ||  ||||| |||||  |||||||||||||||||||||| ||||||| ||  ||||    
T  6589285 atttgaacttagccttctgtaagaaagtgaagctacttggaatgaactttgtagttcccatgctggaggtgttgaacttgtcaaatacaaatgttaatga 6589384  T
Q  203 taaaacactatattcgatctcaaagaattgttgtgggcttttgaaactattactgaaaaactgtaaaagggtcacaaagaagggagttaaacatgtggta 302  Q
    |||||||||||||  ||||||||| ||||||   |||||| || || ||| |||  ||   |||||    |||||  || ||||||| ||||||||||||    
T  6589385 taaaacactatatctgatctcaaaaaattgtatagggcttatgcaattatcacttcaactttgtaattatgtcacggaggagggagtgaaacatgtggta 6589484  T
Q  303 gaaaactgcacacaacttagagagatttacttggatgatttagatttaaggaggataaataggggattcttcttgcgtcatggatgcgttctttgctagt 402  Q
    ||||||||||||| ||||  |||||||||  |||  ||| |  |||||||    | || ||||| | ||||||  | ||||||||||  ||||| |||||    
T  6589485 gaaaactgcacacgacttcaagagatttatctgggggatattcatttaagtgacaaaactagggaaatcttctcccatcatggatgccatctttactagt 6589584  T
Q  403 attctaaaaatgctacgctgaagtttgaactctgtaagttgtttttgttataatat 458  Q
    ||||| ||| ||||  ||| |||| ||||| |||||||||||||||||| ||||||    
T  6589585 attctgaaattgctgtgctaaagtatgaacactgtaagttgtttttgttttaatat 6589640  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #10
Raw Score: 76; E-Value: 1e-34
Query Start/End: Original strand, 291 - 451
Target Start/End: Original strand, 6597042 - 6597208
Alignment:
Q  291 aaacatgtggtagaaaactgcacacaacttagagagatttacttggatgatttagatt------taaggaggataaataggggattcttcttgcgtcatg 384  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||| |||| |||||||||||      ||||   ||||| ||||  |||||||||||||||||    
T  6597042 aaacatgtggtagaaaactgcacaaaacttagagaaatttatttgggtgatttagattcagatttaagtgagataagtaggaaattcttcttgcgtcatg 6597141  T
Q  385 gatgcgttctttgctagtattctaaaaatgctacgctgaagtttgaactctgtaagttgtttttgtt 451  Q
    ||||| ||||||||| ||  ||||||||||||| ||| ||||||||||||||| |||||||||||||    
T  6597142 gatgccttctttgctggttatctaaaaatgctatgctcaagtttgaactctgtcagttgtttttgtt 6597208  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #11
Raw Score: 74; E-Value: 2e-33
Query Start/End: Original strand, 54 - 319
Target Start/End: Original strand, 6585150 - 6585415
Alignment:
Q  54 atatctgaaggtatttttcaagtttcaggaagatgtggtaagattaagcatttgaacatagccaaatgtccaagagtgaagcgacttagaataaagattg 153  Q
    |||||||||||||||| ||| |||| | | ||||||  ||| |||| |||||||||| |  |    ||| |||||||||||| |||| |||||||  ||     
T  6585150 atatctgaaggtatttgtcatgttttaaggagatgttttaatattaggcatttgaactttactgggtgttcaagagtgaagctacttggaataaactttt 6585249  T
Q  154 taattccccagctggaggtgttgaacttgtcatatacaaaagtcgatgataaaacactatattcgatctcaaagaattgttgtgggcttttgaaactatt 253  Q
    || || ||||| ||||||| |||||||||||| ||||||| || |||||| ||||||| |||  ||||||||||| ||||| || ||||||| |||||||    
T  6585250 tagttacccagttggaggtattgaacttgtcagatacaaaggttgatgatgaaacactctatgtgatctcaaagagttgttctgcgcttttggaactatt 6585349  T
Q  254 actgaaaaactgtaaaagggtcacaaagaagggagttaaacatgtggtagaaaactgcacacaact 319  Q
    |||||||   ||| |||  |||||| |||||||| | ||||||||||||||||  |||||||||||    
T  6585350 actgaaaggttgtgaaaatgtcacagagaagggactgaaacatgtggtagaaatttgcacacaact 6585415  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #12
Raw Score: 74; E-Value: 2e-33
Query Start/End: Original strand, 10 - 331
Target Start/End: Original strand, 7994051 - 7994372
Alignment:
Q  10 ttttccccaatttgcagctgcttgatttgaatacttgcgaatacatatctgaaggtatttttcaagtttcaggaagatgtggtaagattaagcatttgaa 109  Q
    ||||||| ||||||||| |||| ||||||||| ||||| |    |||||||||||||||| | | |||| | | | |||| ||||||| | |||||||||    
T  7994051 ttttcccaaatttgcagatgctcgatttgaattcttgcaatggtatatctgaaggtatttgttacgttttaaggaaatgttgtaagatcaggcatttgaa 7994150  T
Q  110 catagccaaatgtccaagagtgaagcgacttagaataaagattgtaattccccagctggaggtgttgaacttgtcatatacaaaagtcgatgataaaaca 209  Q
    ||||||| | ||| |||||||||||| |||  |||| ||  ||||| ||||  |||| |||||||||||| ||||| ||||||  ||  ||||  |||||    
T  7994151 catagccgattgtacaagagtgaagctactaggaatgaactttgtagttccgaagctagaggtgttgaacatgtcaaatacaagggttaatgacgaaaca 7994250  T
Q  210 ctatattcgatctcaaagaattgttgtgggcttttgaaactattactgaaaaactgtaaaagggtcacaaagaagggagttaaacatgtggtagaaaact 309  Q
    ||||||  ||||||||||||||||| ||| |||||| ||||||||||  ||   |||||    || ||  || ||||||| |||||||||||||||||||    
T  7994251 ctatatgtgatctcaaagaattgttctggacttttgcaactattacttgaactttgtaatgatgttaccgaggagggagtgaaacatgtggtagaaaact 7994350  T
Q  310 gcacacaacttagagagattta 331  Q
    |||| ||||| | |||||||||    
T  7994351 gcacgcaactgaaagagattta 7994372  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #13
Raw Score: 73; E-Value: 6e-33
Query Start/End: Original strand, 59 - 331
Target Start/End: Complemental strand, 6432342 - 6432070
Alignment:
Q  59 tgaaggtatttttcaagtttcaggaagatgtggtaagattaagcatttgaacatagccaaatgtccaagagtgaagcgacttagaataaagattgtaatt 158  Q
    ||||||||||| |||||||| | | |||||| ||||  |||| ||||||||| ||||| | |||  || |||||||| || | |||| ||  ||| | ||    
T  6432342 tgaaggtatttgtcaagttttaaggagatgttgtaaacttaaacatttgaacttagcctattgtataaaagtgaagctacatggaatgaactttgaagtt 6432243  T
Q  159 ccccagctggaggtgttgaacttgtcatatacaaaagtcgatgataaaacactatattcgatctcaaagaattgttgtgggcttttgaaactattactga 258  Q
    ||| ||||| ||||||||||||||||| ||||||  || |||||| ||||||| |||  ||||| ||||||||||||||||||| || ||||||| |||     
T  6432242 cccaagctgaaggtgttgaacttgtcaaatacaagcgttgatgatgaaacactttatgtgatcttaaagaattgttgtgggcttctgcaactattcctgt 6432143  T
Q  259 aaaactgtaaaagggtcacaaagaagggagttaaacatgtggtagaaaactgcacacaacttagagagattta 331  Q
    | || ||| | |  |||||| |||||||||| |||| |||||||||||| ||||||||| | ||| |||||||    
T  6432142 acaattgtgataatgtcacacagaagggagtgaaacttgtggtagaaaaatgcacacaattgagaaagattta 6432070  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #14
Raw Score: 71; E-Value: 1e-31
Query Start/End: Original strand, 12 - 326
Target Start/End: Complemental strand, 6416194 - 6415880
Alignment:
Q  12 ttccccaatttgcagctgcttgatttgaatacttgcgaatacatatctgaaggtatttttcaagtttcaggaagatgtggtaagattaagcatttgaaca 111  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||  |||  |   | ||||||||||||||| |||||||| |   | |||| ||||||||  ||||||||||     
T  6416194 ttccccaatttgcagctgcttgatttgaatcgttgtaatctcttatctgaaggtatttgtcaagttttaaagatatgttgtaagattgggcatttgaact 6416095  T
Q  112 tagccaaatgtccaagagtgaagcgacttagaataaagattgtaattccccagctggaggtgttgaacttgtcatatacaaaagtcgatgataaaacact 211  Q
    |||||   |||  || |||||||| || | ||||  |  ||||| ||||| | ||||||||||||||||||||| ||||||| ||  |||||||||| ||    
T  6416094 tagccttttgtaaaaaagtgaagctacatggaatggactttgtagttcccaacctggaggtgttgaacttgtcaaatacaaaggttaatgataaaactct 6415995  T
Q  212 atattcgatctcaaagaattgttgtgggcttttgaaactattactgaaaaactgtaaaagggtcacaaagaagggagttaaacatgtggtagaaaactgc 311  Q
     |||  |||||||||||||||| | ||||||||| ||||||||||  ||   ||| | |  |||||| |   |||||| |||||||||||||| ||||||    
T  6415994 ctatgtgatctcaaagaattgtagcgggcttttgcaactattacttgaattttgtgataatgtcacagaagtgggagtgaaacatgtggtagagaactgc 6415895  T
Q  312 acacaacttagagag 326  Q
    |||||||| ||||||    
T  6415894 acacaactaagagag 6415880  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #15
Raw Score: 66; E-Value: 1e-28
Query Start/End: Original strand, 3 - 328
Target Start/End: Complemental strand, 6426748 - 6426423
Alignment:
Q  3 gcttcctttttccccaatttgcagctgcttgatttgaatacttgcgaatacatatctgaaggtatttttcaagtttcaggaagatgtggtaagattaagc 102  Q
    |||||| ||||||||||||| ||||| |||||||||||   ||||    | |||||||||||||||| | |||||| | | | |||| ||||| |||| |    
T  6426748 gcttccattttccccaatttacagctacttgatttgaaggtttgccgtgaaatatctgaaggtatttgtgaagttttaaggaaatgttgtaagcttaaac 6426649  T
Q  103 atttgaacatagccaaatgtccaagagtgaagcgacttagaataaagattgtaattccccagctggaggtgttgaacttgtcatatacaaaagtcgatga 202  Q
    |||||||| ||||    ||| |||  ||||| | || | |||| ||  ||| | ||||| |||||||||||||||| |||||| | ||||   | |||||    
T  6426648 atttgaacttagctttctgttcaaacgtgaaactacatggaatgaactttgcagttcccgagctggaggtgttgaatttgtcaaacacaagcattgatga 6426549  T
Q  203 taaaacactatattcgatctcaaagaattgttgtgggcttttgaaactattactgaaaaactgtaaaagggtcacaaagaagggagttaaacatgtggta 302  Q
    | ||||  | ||| |||||||||||||||||||| || ||||| || |||||||  |||| |||||| | ||||||| |||||| || ||||| ||||||    
T  6426548 tgaaactttttatgcgatctcaaagaattgttgtcggattttgcaattattacttgaaaattgtaaaggtgtcacaatgaagggtgtgaaacaagtggta 6426449  T
Q  303 gaaaactgcacacaacttagagagat 328  Q
    ||||||||||||||||| ||| ||||    
T  6426448 gaaaactgcacacaactaagaaagat 6426423  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #16
Raw Score: 63; E-Value: 6e-27
Query Start/End: Original strand, 157 - 447
Target Start/End: Complemental strand, 6423300 - 6423010
Alignment:
Q  157 ttccccagctggaggtgttgaacttgtcatatacaaaagtcgatgataaaacactatattcgatctcaaagaattgttgtgggcttttgaaactattact 256  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||| |||||| |||    ||||||||||| ||| |||||||||||| |||||||||| ||||| ||||||||||    
T  6423300 ttcccaagctggaggtgttgaacttgtcaaatacaagagttagcgataaaacactctatgcgatctcaaagagttgttgtgggattttgcaactattact 6423201  T
Q  257 gaaaaactgtaaaagggtcacaaagaagggagttaaacatgtggtagaaaactgcacacaacttagagagatttacttggatgatttagatttaaggagg 356  Q
      || | ||| |    || ||||| || ||| | |||| |||||||  ||||||||||||| | ||||||||||| ||||  |||||  || ||||        
T  6423200 tgaagattgtgattatgtaacaaacaaaggactgaaacgtgtggtattaaactgcacacaattgagagagatttatttgggagattttcatgtaagtgac 6423101  T
Q  357 ataaataggggattcttcttgcgtcatggatgcgttctttgctagtattctaaaaatgctacgctgaagtttgaactctgtaagttgtttt 447  Q
    | ||||| |  | || |||||  || ||||||| ||||||||||||||||| ||| | ||| ||| |||||||||| ||||||||||||||    
T  6423100 aaaaataagaaactcatcttggatcgtggatgccttctttgctagtattctgaaatttctatgctaaagtttgaacactgtaagttgtttt 6423010  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #17
Raw Score: 60; E-Value: 4e-25
Query Start/End: Original strand, 10 - 317
Target Start/End: Original strand, 6594475 - 6594782
Alignment:
Q  10 ttttccccaatttgcagctgcttgatttgaatacttgcgaatacatatctgaaggtatttttcaagtttcaggaagatgtggtaagattaagcatttgaa 109  Q
    ||||||||| |||| |||||||||||||||    || |||  | |||||||||||||||| |||||||| | | ||||||  ||||||||  |||||| |    
T  6594475 ttttccccactttggagctgcttgatttgaggttttccgatcaaatatctgaaggtatttgtcaagttttaaggagatgttataagattacacatttgta 6594574  T
Q  110 catagccaaatgtccaagagtgaagcgacttagaataaagattgtaattccccagctggaggtgttgaacttgtcatatacaaaagtcgatgataaaaca 209  Q
    | || ||   ||| |||||||||||| || | |||||||  || || ||||| | |||||||||||| |||||||| ||||| | || |||||| | |||    
T  6594575 cttatccgggtgttcaagagtgaagctacatggaataaactttttagttcccaaactggaggtgttgtacttgtcaaatacagaggttgatgatgagaca 6594674  T
Q  210 ctatattcgatctcaaagaattgttgtgggcttttgaaactattactgaaaaactgtaaaagggtcacaaagaagggagttaaacatgtggtagaaaact 309  Q
    |||  |  |||||||||||||||||||||||||||  |||||  |||  |||| ||| |     ||||| || ||||||  |||||||||||||||||||    
T  6594675 ctacgtgtgatctcaaagaattgttgtgggcttttacaactaaaactagaaaattgtgatcatctcacagaggagggagccaaacatgtggtagaaaact 6594774  T
Q  310 gcacacaa 317  Q
    ||||||||    
T  6594775 gcacacaa 6594782  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #18
Raw Score: 58; E-Value: 6e-24
Query Start/End: Original strand, 168 - 329
Target Start/End: Complemental strand, 14820765 - 14820604
Alignment:
Q  168 gaggtgttgaacttgtcatatacaaaagtcgatgataaaacactatattcgatctcaaagaattgttgtgggcttttgaaactattactgaaaaactgta 267  Q
    |||||||||||||| ||| ||||||| || ||| || ||||||| |||  |||||| |||||||||||||||||||||  | |||||||  |||| ||||    
T  14820765 gaggtgttgaacttatcaaatacaaaggttgataatgaaacactttatatgatctccaagaattgttgtgggcttttgcgattattacttgaaaaatgta 14820666  T
Q  268 aaagggtcacaaagaagggagttaaacatgtggtagaaaactgcacacaacttagagagatt 329  Q
    |    |||||| ||||||| || |||||||||||| ||||||||||||| || |||||||||    
T  14820665 atgatgtcacagagaagggtgtgaaacatgtggtaaaaaactgcacacagctgagagagatt 14820604  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #19
Raw Score: 57; E-Value: 2e-23
Query Start/End: Original strand, 54 - 314
Target Start/End: Complemental strand, 6410192 - 6409932
Alignment:
Q  54 atatctgaaggtatttttcaagtttcaggaagatgtggtaagattaagcatttgaacatagccaaatgtccaagagtgaagcgacttagaataaagattg 153  Q
    |||||||||||||||| |||||||| |   | |||| ||||| ||||||||||| || ||||| | ||   || |||||||| || | |||| ||  |||    
T  6410192 atatctgaaggtatttgtcaagttttacagaaatgttgtaagcttaagcatttggacttagcctattgcaaaaaagtgaagctacatggaatgaactttg 6410093  T
Q  154 taattccccagctggaggtgttgaacttgtcatatacaaaagtcgatgataaaacactatattcgatctcaaagaattgttgtgggcttttgaaactatt 253  Q
     | ||||| ||||| |||||||||||| |||| ||||||  || |||||| |||| || |||  ||||||||||||||||||| |||||||| |||||||    
T  6410092 aagttcccaagctgaaggtgttgaactagtcaaatacaagcgttgatgatgaaactctttatgtgatctcaaagaattgttgtcggcttttgcaactatt 6409993  T
Q  254 actgaaaaactgtaaaagggtcacaaagaagggagttaaacatgtggtagaaaactgcaca 314  Q
      || | |||||| | |  |||||| |||||||||| |||||||||| | |||| ||||||    
T  6409992 tttgtacaactgtgataatgtcacacagaagggagtgaaacatgtggcaaaaaaatgcaca 6409932  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #20
Raw Score: 54; E-Value: 1e-21
Query Start/End: Original strand, 168 - 325
Target Start/End: Complemental strand, 14818454 - 14818297
Alignment:
Q  168 gaggtgttgaacttgtcatatacaaaagtcgatgataaaacactatattcgatctcaaagaattgttgtgggcttttgaaactattactgaaaaactgta 267  Q
    |||||||||||||| ||| ||||||| || ||| || ||||||| |||  |||||| |||||||||| ||||||||||  | |||||||  |||| ||||    
T  14818454 gaggtgttgaacttatcaaatacaaaggttgataatgaaacactttatatgatctccaagaattgttctgggcttttgcgattattacttgaaaattgta 14818355  T
Q  268 aaagggtcacaaagaagggagttaaacatgtggtagaaaactgcacacaacttagaga 325  Q
    | |  |||||| ||||||| || |||||||| ||||||||||||||||| || |||||    
T  14818354 ataatgtcacagagaagggtgtgaaacatgtagtagaaaactgcacacagctgagaga 14818297  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #21
Raw Score: 47; E-Value: 2e-17
Query Start/End: Original strand, 151 - 329
Target Start/End: Original strand, 6603212 - 6603390
Alignment:
Q  151 ttgtaattccccagctggaggtgttgaacttgtcatatacaaaagtcgatgataaaacactatattcgatctcaaagaattgttgtgggcttttgaaact 250  Q
    ||||| ||||| ||||  |||||||| ||||| || |||||   || |||||| ||||| | ||| |||||||||||| ||||  |||||||||| ||||    
T  6603212 ttgtacttcccaagctacaggtgttggacttggcagatacaggtgttgatgatgaaacagtctatgcgatctcaaagagttgtcctgggcttttggaact 6603311  T
Q  251 attactgaaaaactgtaaaagggtcacaaagaagggagttaaacatgtggtagaaaactgcacacaacttagagagatt 329  Q
    |||| ||||| | ||| |    |||||| |||| ||||| |||||||||||||||||||||| |||||| ||| |||||    
T  6603312 attattgaaatattgttattatgtcacagagaaaggagtgaaacatgtggtagaaaactgcaaacaactgagaaagatt 6603390  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #22
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000002
Query Start/End: Original strand, 165 - 250
Target Start/End: Original strand, 11936299 - 11936384
Alignment:
Q  165 ctggaggtgttgaacttgtcatatacaaaagtcgatgataaaacactatattcgatctcaaagaattgttgtgggcttttgaaact 250  Q
    |||||||||||| ||||||||| ||||| ||| || |||||| |||| |||| ||||||||||| |||| ||||||||||| ||||    
T  11936299 ctggaggtgttggacttgtcatttacaagagttgacgataaatcactctattggatctcaaagagttgtagtgggcttttgcaact 11936384  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #23
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000002
Query Start/End: Original strand, 165 - 250
Target Start/End: Original strand, 11948279 - 11948364
Alignment:
Q  165 ctggaggtgttgaacttgtcatatacaaaagtcgatgataaaacactatattcgatctcaaagaattgttgtgggcttttgaaact 250  Q
    |||||||||||| ||||||||| ||||| ||| || |||||| |||| |||| ||||||||||| |||| ||||||||||| ||||    
T  11948279 ctggaggtgttggacttgtcatttacaagagttgacgataaatcactctattggatctcaaagagttgtagtgggcttttgcaact 11948364  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #24
Raw Score: 39; E-Value: 0.000000000001
Query Start/End: Original strand, 157 - 247
Target Start/End: Complemental strand, 14802419 - 14802329
Alignment:
Q  157 ttccccagctggaggtgttgaacttgtcatatacaaaagtcgatgataaaacactatattcgatctcaaagaattgttgtgggcttttgaa 247  Q
    ||||| || |||| |||||||| |||||| ||||||| || |||||| ||||||| |||  ||| ||||||||||||||||| ||||||||    
T  14802419 ttcccaagatggaagtgttgaatttgtcaaatacaaaggttgatgatgaaacactctatgtgatttcaaagaattgttgtggtcttttgaa 14802329  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #25
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000008
Query Start/End: Original strand, 603 - 724
Target Start/End: Original strand, 7443853 - 7443971
Alignment:
Q  603 cttcttgttacaaaatataagagtagatgatgaagcccttgattcctaaacttgatgcttatgatgatttctgataaatttttatggaaaaacaggtaaa 702  Q
    |||||||||||| || |||||||||||||| ||    |||  |||| ||||||||| ||||| | || |||| ||||||||| || |||||||| || ||    
T  7443853 cttcttgttacagaagataagagtagatgaagag---cttatttcccaaacttgattcttataaagaattctcataaattttaattgaaaaacatgtcaa 7443949  T
Q  703 aaatatttcataatttaattgt 724  Q
    |||||||||||| |||| ||||    
T  7443950 aaatatttcatattttagttgt 7443971  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #26
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000003
Query Start/End: Original strand, 276 - 342
Target Start/End: Complemental strand, 28935013 - 28934947
Alignment:
Q  276 acaaagaagggagttaaacatgtggtagaaaactgcacacaacttagagagatttacttggatgatt 342  Q
    ||||| || ||||| || |||||||||||||| ||||||||||| |||||||| || ||||||||||    
T  28935013 acaaaaaaaggagtgaagcatgtggtagaaaattgcacacaactaagagagatctatttggatgatt 28934947  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #27
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000005
Query Start/End: Original strand, 157 - 257
Target Start/End: Complemental strand, 9411438 - 9411338
Alignment:
Q  157 ttccccagctggaggtgttgaacttgtcatatacaaaagtcgatgataaaacactatattcgatctcaaagaattgttgtgggcttttgaaactattact 256  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||||||   ||    ||| ||| ||| |||  |||||||||||||||| |||| |||||| |||| |||||    
T  9411438 ttcccaagctggaggtgttgaacttgtcatatacaggtgttttcgatgaaatactctatgagatctcaaagaattgtcgtggacttttgcaactgttact 9411339  T
Q  257 g 257  Q
    |    
T  9411338 g 9411338  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #28
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000005
Query Start/End: Original strand, 3 - 39
Target Start/End: Complemental strand, 9411592 - 9411556
Alignment:
Q  3 gcttcctttttccccaatttgcagctgcttgatttga 39  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9411592 gcttccattttccccaatttgcagctgcttgatttga 9411556  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #29
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 392 - 451
Target Start/End: Complemental strand, 14820541 - 14820482
Alignment:
Q  392 tctttgctagtattctaaaaatgctacgctgaagtttgaactctgtaagttgtttttgtt 451  Q
    |||||||||||||| | ||| |||   |||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  14820541 tctttgctagtattatgaaattgcgttgctgaagtttgaacactgtaagttgtttttgtt 14820482  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #30
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 294 - 327
Target Start/End: Complemental strand, 12102252 - 12102219
Alignment:
Q  294 catgtggtagaaaactgcacacaacttagagaga 327  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  12102252 catgtggtagaaaactgcacacaactgagagaga 12102219  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 111; Significance: 1e-55; HSPs: 5)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 111; E-Value: 1e-55
Query Start/End: Original strand, 3 - 317
Target Start/End: Original strand, 51764302 - 51764616
Alignment:
Q  3 gcttcctttttccccaatttgcagctgcttgatttgaatacttgcgaatacatatctgaaggtatttttcaagtttcaggaagatgtggtaagattaagc 102  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||| |   ||||||| ||||| | | | |||||| | | ||||||  |||||||| ||    
T  51764302 gcttccattttccccaatttgcagctgcttgattttaattcttgcaatcgcatatctaaaggtgtctgtgaagttttaaggagatgttctaagattaggc 51764401  T
Q  103 atttgaacatagccaaatgtccaagagtgaagcgacttagaataaagattgtaattccccagctggaggtgttgaacttgtcatatacaaaagtcgatga 202  Q
    |||||||| || || ||||| |||||||||||| |||| |||| ||  ||| | ||||  |||||||||||||  ||||||||| ||||||||| |||||    
T  51764402 atttgaacctatccgaatgttcaagagtgaagctacttggaatgaactttgcagttccgaagctggaggtgttagacttgtcatttacaaaagttgatga 51764501  T
Q  203 taaaacactatattcgatctcaaagaattgttgtgggcttttgaaactattactgaaaaactgtaaaagggtcacaaagaagggagttaaacatgtggta 302  Q
    ||||||||| ||| ||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||| || | ||| | |  ||||   |||||||||| |||||||||||     
T  51764502 taaaacactctatgcgatctcaaagaattgttgcgggcttttgcaactattactggaacattgtgataatgtcaaggagaagggagtgaaacatgtggtt 51764601  T
Q  303 gaaaactgcacacaa 317  Q
    |||||||||||||||    
T  51764602 gaaaactgcacacaa 51764616  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 96; E-Value: 1e-46
Query Start/End: Original strand, 11 - 326
Target Start/End: Original strand, 13470602 - 13470917
Alignment:
Q  11 tttccccaatttgcagctgcttgatttgaatacttgcgaatacatatctgaaggtatttttcaagtttcaggaagatgtggtaagattaagcatttgaac 110  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||  |||| |   | ||||  ||||||||| |||||||| | | | |||| ||||||||| ||||||||||    
T  13470602 tttccccaatttgcagctgcttgatttgaattgttgcaatctcttatcaaaaggtatttgtcaagttttaaggatatgttgtaagattaggcatttgaac 13470701  T
Q  111 atagccaaatgtccaagagtgaagcgacttagaataaagattgtaattccccagctggaggtgttgaacttgtcatatacaaaagtcgatgataaaacac 210  Q
     ||||| | |||  || |||||||| |||| |||| ||  ||||  ||||| | ||||||||||||||||||||| ||||||| ||  ||||||||||||    
T  13470702 ttagcctattgtaaaaaagtgaagctacttggaatgaactttgttgttcccaatctggaggtgttgaacttgtcaaatacaaaggttaatgataaaacac 13470801  T
Q  211 tatattcgatctcaaagaattgttgtgggcttttgaaactattactgaaaaactgtaaaagggtcacaaagaagggagttaaacatgtggtagaaaactg 310  Q
    | |||  |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||  ||   ||| | |  |||||| |  ||||||| |||||||||||||| |||||    
T  13470802 tctatatgatctcaaagaattgttgtgggcttttgcaactattacttgaactttgtcataatgtcacagaagagggagtgaaacatgtggtagagaactg 13470901  T
Q  311 cacacaacttagagag 326  Q
    |||||| || ||||||    
T  13470902 cacacagctaagagag 13470917  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 71; E-Value: 1e-31
Query Start/End: Original strand, 3 - 329
Target Start/End: Original strand, 51113643 - 51113969
Alignment:
Q  3 gcttcctttttccccaatttgcagctgcttgatttgaatacttgcgaatacatatctgaaggtatttttcaagtttcaggaagatgtggtaagattaagc 102  Q
    |||||| ||||||||||| ||||||| |||||||| | |  |||| |  | ||||| |||||||||| |||||||| |   |||||| |||| |||| ||    
T  51113643 gcttccattttccccaatctgcagcttcttgatttaactcattgctatgagatatccgaaggtatttgtcaagttttaaagagatgttgtaaaattaggc 51113742  T
Q  103 atttgaacatagccaaatgtccaagagtgaagcgacttagaataaagattgtaattccccagctggaggtgttgaacttgtcatatacaaaagtcgatga 202  Q
    |||||||  ||||  | ||| ||| | |||||| |||| |||| ||  ||| |  |||| | |||||||||||  |||||||| ||||||  || |||||    
T  51113743 atttgaaattagcttactgttcaaaactgaagctacttggaatgaactttgaagctcccaaactggaggtgttagacttgtcaaatacaatggttgatga 51113842  T
Q  203 taaaacactatattcgatctcaaagaattgttgtgggcttttgaaactattactgaaaaactgtaaaagggtcacaaagaagggagttaaacatgtggta 302  Q
    | ||||||| |||  |||||| |||| |||||||||||||||| |||| ||||||||||| ||| |    |||||| |||||||||| || |||||||||    
T  51113843 tgaaacactctatgtgatctcgaagagttgttgtgggcttttgcaactgttactgaaaaattgttaccatgtcacagagaagggagtgaagcatgtggta 51113942  T
Q  303 gaaaactgcacacaacttagagagatt 329  Q
    ||||| |||||| |||| |||||||||    
T  51113943 gaaaaatgcacaaaactaagagagatt 51113969  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 39; E-Value: 0.000000000001
Query Start/End: Original strand, 218 - 328
Target Start/End: Original strand, 514805 - 514915
Alignment:
Q  218 gatctcaaagaattgttgtgggcttttgaaactattactgaaaaactgtaaaagggtcacaaagaagggagttaaacatgtggtagaaaactgcacacaa 317  Q
    |||||| |||| ||| |||||||||||| ||||||||||| |||| ||| || |  ||||| ||| |||||| || ||||||||  |||||||||||| |    
T  514805 gatctcgaagagttgctgtgggcttttgcaactattactgcaaaattgtgaaggtatcacagagacgggagtgaagcatgtggtgaaaaactgcacacga 514904  T
Q  318 cttagagagat 328  Q
    || ||||||||    
T  514905 ctgagagagat 514915  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000008
Query Start/End: Original strand, 166 - 245
Target Start/End: Original strand, 51120918 - 51120997
Alignment:
Q  166 tggaggtgttgaacttgtcatatacaaaagtcgatgataaaacactatattcgatctcaaagaattgttgtgggcttttg 245  Q
    |||||||||||||||||||  |||||| ||| |||||| ||| |||||||   |||||||||| |||| |||||||||||    
T  51120918 tggaggtgttgaacttgtcgcatacaagagttgatgatgaaaaactatatgtaatctcaaagagttgtcgtgggcttttg 51120997  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 91; Significance: 1e-43; HSPs: 5)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 91; E-Value: 1e-43
Query Start/End: Original strand, 84 - 326
Target Start/End: Original strand, 20478025 - 20478267
Alignment:
Q  84 agatgtggtaagattaagcatttgaacatagccaaatgtccaagagtgaagcgacttagaataaagattgtaattccccagctggaggtgttgaacttgt 183  Q
    |||||| ||||| | | |||||||||| ||||   ||||| ||||| ||||| |||| |||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  20478025 agatgttgtaagttaaggcatttgaacttagctggatgtcgaagagcgaagctacttggaataaacgttgtaattccccagctggaggtgttgaacttgt 20478124  T
Q  184 catatacaaaagtcgatgataaaacactatattcgatctcaaagaattgttgtgggcttttgaaactattactgaaaaactgtaaaagggtcacaaagaa 283  Q
    |||||||||| || |||||  ||||| ||| |  |||||||| ||||||||||||||||||| || || |||||||||| ||  | |  ||||||| |||    
T  20478125 catatacaaatgttgatgacgaaacattatctgtgatctcaaggaattgttgtgggcttttgcaaatactactgaaaaattgcgataatgtcacaatgaa 20478224  T
Q  284 gggagttaaacatgtggtagaaaactgcacacaacttagagag 326  Q
     ||||  |||||||| |||||||||||||||||||| ||||||    
T  20478225 aggagcgaaacatgtcgtagaaaactgcacacaactgagagag 20478267  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 62; E-Value: 2e-26
Query Start/End: Original strand, 165 - 310
Target Start/End: Original strand, 41901559 - 41901704
Alignment:
Q  165 ctggaggtgttgaacttgtcatatacaaaagtcgatgataaaacactatattcgatctcaaagaattgttgtgggcttttgaaactattactgaaaaact 264  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| || |||| |||  ||||||||||| ||||||||| ||||||||| | | |||  || | |    
T  41901559 ctggaggtgttgaacttgtcatatacaaaagttgatgatgaagcactttatatgatctcaaagagttgttgtggacttttgaaattgtcacttcaagatt 41901658  T
Q  265 gtaaaagggtcacaaagaagggagttaaacatgtggtagaaaactg 310  Q
    ||||    ||||||||||||||||| || |||||||||||||||||    
T  41901659 gtaatgatgtcacaaagaagggagtgaagcatgtggtagaaaactg 41901704  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 60; E-Value: 4e-25
Query Start/End: Original strand, 166 - 329
Target Start/End: Complemental strand, 32267549 - 32267386
Alignment:
Q  166 tggaggtgttgaacttgtcatatacaaaagtcgatgataaaacactatattcgatctcaaagaattgttgtgggcttttgaaactattactgaaaaactg 265  Q
    ||||||| |||||||||||| | |||| ||| |||||| || |||| |||  ||||||||||| ||||||||||||||||||| | | ||| ||||| ||    
T  32267549 tggaggtattgaacttgtcacaaacaatagttgatgatgaagcactttatatgatctcaaagagttgttgtgggcttttgaaattgtcacttaaaaattg 32267450  T
Q  266 taaaagggtcacaaagaagggagttaaacatgtggtagaaaactgcacacaacttagagagatt 329  Q
    |||     |||||||||||||||| || ||||| |||||||||||||| ||||||||| |||||    
T  32267449 taatgatatcacaaagaagggagtgaagcatgtagtagaaaactgcacgcaacttagaaagatt 32267386  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 59; E-Value: 1e-24
Query Start/End: Original strand, 166 - 304
Target Start/End: Original strand, 41889579 - 41889717
Alignment:
Q  166 tggaggtgttgaacttgtcatatacaaaagtcgatgataaaacactatattcgatctcaaagaattgttgtgggcttttgaaactattactgaaaaactg 265  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||| |||||| ||||||| |||  ||||||||||| |||||| ||||||| |||| | ||||| ||||| ||    
T  41889579 tggaggtgttgaacttatcatatacaaaagttgatgatgaaacactttataagatctcaaagagttgttgcgggctttcgaaattgttacttaaaaattg 41889678  T
Q  266 taaaagggtcacaaagaagggagttaaacatgtggtaga 304  Q
    | |    ||||||||||||||||| || |||||||||||    
T  41889679 ttatgatgtcacaaagaagggagtgaatcatgtggtaga 41889717  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000005
Query Start/End: Original strand, 3 - 39
Target Start/End: Original strand, 41901397 - 41901433
Alignment:
Q  3 gcttcctttttccccaatttgcagctgcttgatttga 39  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  41901397 gcttccattttccccaatttgcagctgcttgatttga 41901433  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 75; Significance: 4e-34; HSPs: 17)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 75; E-Value: 4e-34
Query Start/End: Original strand, 54 - 319
Target Start/End: Original strand, 53761685 - 53761947
Alignment:
Q  54 atatctgaaggtatttttcaagtttcaggaagatgtggtaagattaagcatttgaacatagccaaatgtccaagagtgaagcgacttagaataaagattg 153  Q
    |||||| ||||||||| |||||||| | | |||||| |||| |||| |||||||||| ||||| | ||| |||||||||||| | || |||| ||  |||    
T  53761685 atatctaaaggtatttgtcaagttttaaggagatgttgtaacattaggcatttgaacttagccgagtgttcaagagtgaagctaattggaatgaactttg 53761784  T
Q  154 taattccccagctggaggtgttgaacttgtcatatacaaaagtcgatgataaaacactatattcgatctcaaagaattgttgtgggcttttgaaactatt 253  Q
    || ||||| |||| |||| |||||||||||||| ||| |||||  | ||||||||||| | |  |||||| ||||||||| ||||||||||| || ||||    
T  53761785 tagttcccaagctagaggcgttgaacttgtcatttacgaaagttaacgataaaacactctgt--gatctcgaagaattgtcgtgggcttttgcaa-tatt 53761881  T
Q  254 actgaaaaactgtaaaagggtcacaaagaagggagttaaacatgtggtagaaaactgcacacaact 319  Q
    ||||||| | ||| | |  |||||  | |||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||    
T  53761882 actgaaacattgtgataatgtcacggacaagggagtgaaacatgtggaagaaaactgcacacaact 53761947  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 60; E-Value: 4e-25
Query Start/End: Original strand, 168 - 319
Target Start/End: Original strand, 8184057 - 8184208
Alignment:
Q  168 gaggtgttgaacttgtcatatacaaaagtcgatgataaaacactatattcgatctcaaagaattgttgtgggcttttgaaactattactgaaaaactgta 267  Q
    |||||||||||||||||| |||||| ||| ||||||| | |||| ||| | |||||||||| |||||||||||||||| |||| |||||| |||| |||     
T  8184057 gaggtgttgaacttgtcacatacaagagttgatgatatagcactctatgcaatctcaaagagttgttgtgggcttttggaactgttactggaaaattgtg 8184156  T
Q  268 aaagggtcacaaagaagggagttaaacatgtggtagaaaactgcacacaact 319  Q
    ||| | ||||| |  ||||||| || |||||| ||||||| |||||||||||    
T  8184157 aaatgatcacagatgagggagtgaagcatgtgctagaaaattgcacacaact 8184208  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 51; E-Value: 9e-20
Query Start/End: Original strand, 166 - 328
Target Start/End: Complemental strand, 546987 - 546825
Alignment:
Q  166 tggaggtgttgaacttgtcatatacaaaagtcgatgataaaacactatattcgatctcaaagaattgttgtgggcttttgaaactattactgaaaaactg 265  Q
    |||||||| |||||||||||  |||||  ||| ||||| ||||||| |||  ||||||||||| |||||||||||||||| || | |||||| || | ||    
T  546987 tggaggtggtgaacttgtcacgtacaattgtcaatgatgaaacactctatgtgatctcaaagagttgttgtgggcttttggaattgttactggaagaatg 546888  T
Q  266 taaaagggtcacaaagaagggagttaaacatgtggtagaaaactgcacacaacttagagagat 328  Q
    |      |||||| |||||||||| ||||||||| |||||||||||||| |||| ||||||||    
T  546887 ttttcatgtcacagagaagggagtgaaacatgtgctagaaaactgcacaaaactaagagagat 546825  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 51; E-Value: 9e-20
Query Start/End: Original strand, 4 - 245
Target Start/End: Original strand, 8186951 - 8187195
Alignment:
Q  4 cttcctttttccccaatttgcagctgcttgatttgaatacttgcgaatacatatctgaag---gtatttttcaagtttcaggaagatgtggtaagattaa 100  Q
    ||||||| ||||||||||||||| |||||||||||| |  |||| |  ||||||||||||   |||||| ||||||||     |||||| || ||||||     
T  8186951 cttccttattccccaatttgcagttgcttgatttgagtcattgctatgacatatctgaagaaggtatttgtcaagttttgaagagatgttgtgagattag 8187050  T
Q  101 gcatttgaacatagccaaatgtccaagagtgaagcgacttagaataaagattgtaattccccagctggaggtgttgaacttgtcatatacaaaagtcgat 200  Q
    | |||||||| ||||| | |||||||||||   ||      |||| ||  ||| |||| || | ||||||||||||||||||||| |||||| ||| |||    
T  8187051 ggatttgaacttagcctactgtccaagagttgggctctccggaatgaactttgaaatttccaaactggaggtgttgaacttgtcacatacaagagttgat 8187150  T
Q  201 gataaaacactatattcgatctcaaagaattgttgtgggcttttg 245  Q
    ||||||||||| ||| | || ||||||| ||||||||||||||||    
T  8187151 gataaaacactttatgcaatttcaaagagttgttgtgggcttttg 8187195  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 48; E-Value: 5e-18
Query Start/End: Original strand, 3 - 325
Target Start/End: Original strand, 55908587 - 55908912
Alignment:
Q  3 gcttcctttttccccaatttgcagctgcttgatttgaatacttgcgaatacatatctgaag---gtatttttcaagtttcaggaagatgtggtaagatta 99  Q
    |||||| ||||||||||||||||  | ||||||||||   | ||| |  ||||||||||||   |||||| | |||||  | | |||||| ||||| |||    
T  55908587 gcttccattttccccaatttgcaatttcttgatttgagctcctgccataacatatctgaagaaggtatttgtgaagttctaaggagatgttgtaaggtta 55908686  T
Q  100 agcatttgaacatagccaaatgtccaagagtgaagcgacttagaataaagattgtaattccccagctggaggtgttgaacttgtcatatacaaaagtcga 199  Q
      ||||||||  ||||| | ||| |||||||||| | ||||||||||||  ||  | ||||  |  | |||||||| ||||||||| |||||   || ||    
T  55908687 gacatttgaatttagcctactgttcaagagtgaaactacttagaataaactttaaagttcctgaattagaggtgtttaacttgtcacatacatgtgttga 55908786  T
Q  200 tgataaaacactatattcgatctcaaagaattgttgtgggcttttgaaactattactgaaaaactgtaaaagggtcacaaagaagggagttaaacatgtg 299  Q
    |||| ||||||| |||  |||||||||||||||||||||||||||  |||| || ||| |||| ||| |    |||||| |||| || || ||||||||     
T  55908787 tgatgaaacactctatatgatctcaaagaattgttgtgggcttttacaactgtttctggaaaattgtgatgaagtcacagagaatggtgtgaaacatgta 55908886  T
Q  300 gtagaaaactgcacacaacttagaga 325  Q
    || ||||||||||||||||| |||||    
T  55908887 gtcgaaaactgcacacaactcagaga 55908912  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 45; E-Value: 3e-16
Query Start/End: Original strand, 218 - 318
Target Start/End: Complemental strand, 370942 - 370842
Alignment:
Q  218 gatctcaaagaattgttgtgggcttttgaaactattactgaaaaactgtaaaagggtcacaaagaagggagttaaacatgtggtagaaaactgcacacaa 317  Q
    ||||||||||| ||||||| |||||||| ||||||||||| |||| ||| || |  ||||||||| |||||| || ||||||||  ||||||||||||||    
T  370942 gatctcaaagagttgttgtcggcttttgcaactattactgcaaaattgtgaaggtatcacaaagatgggagtgaagcatgtggtgaaaaactgcacacaa 370843  T
Q  318 c 318  Q
    |    
T  370842 c 370842  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 44; E-Value: 0.000000000000001
Query Start/End: Original strand, 159 - 328
Target Start/End: Original strand, 55505126 - 55505292
Alignment:
Q  159 ccccagctggaggtgttgaacttgtcatatacaaaagtcgatgataaaacactatattcgatctcaaagaattgttgtgggcttttgaaactattactga 258  Q
    ||||| || |||||||||||||||||||||||||| || || |||  |||||| |||  || ||||||||||||| |||| |||||| |  | ||| |||    
T  55505126 ccccaactagaggtgttgaacttgtcatatacaaaggttgacgatggaacactttatgtgacctcaaagaattgtcgtggacttttgcatttgttattga 55505225  T
Q  259 aaaactgtaaaagggtcacaaagaagggagttaaacatgtggtagaaaactgcacacaacttagagagat 328  Q
    ||||  |  |    |||||| |||||||||| ||||| ||| ||||||||||||||||||| ||||||||    
T  55505226 aaaatagcgat---gtcacagagaagggagtgaaacacgtgttagaaaactgcacacaactaagagagat 55505292  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000005
Query Start/End: Original strand, 166 - 312
Target Start/End: Complemental strand, 640989 - 640843
Alignment:
Q  166 tggaggtgttgaacttgtcatatacaaaagtcgatgataaaacactatattcgatctcaaagaattgttgtgggcttttgaaactattactgaaaaactg 265  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||| || |||||| ||||||| ||   || ||||||||||||  |||| |||||| | || |||||| || | ||    
T  640989 tggaggtgttgaacttgtcagatacaaacgttgatgatgaaacactctacgtgacctcaaagaattgccgtggtcttttgcatctgttactggaagattg 640890  T
Q  266 taaaagggtcacaaagaagggagttaaacatgtggtagaaaactgca 312  Q
    | |    || |||||||||||||| || |||||||||||||||||||    
T  640889 tcattatgtaacaaagaagggagtgaatcatgtggtagaaaactgca 640843  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000003
Query Start/End: Original strand, 165 - 328
Target Start/End: Complemental strand, 553554 - 553391
Alignment:
Q  165 ctggaggtgttgaacttgtcatatacaaaagtcgatgataaaacactatattcgatctcaaagaattgttgtgggcttttgaaactattactgaaaaact 264  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||| ||| |||||| || ||||  ||  ||| ||||||| ||||| |||||||||| |||| ||  ||    | |    
T  553554 ctggaggtgttgaacttgtcatttacaagagttgatgatgaagcacttaatgtgatttcaaagagttgttctgggcttttgcaactgttgttgttttatt 553455  T
Q  265 gtaaaagggtcacaaagaagggagttaaacatgtggtagaaaactgcacacaacttagagagat 328  Q
    |||     |||||| | || ||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  553454 gtagtgatgtcacagataaaggagtgaatcatgtggtagaaaactgcacacaacttagagagat 553391  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #10
Raw Score: 39; E-Value: 0.000000000001
Query Start/End: Original strand, 155 - 245
Target Start/End: Original strand, 1548438 - 1548528
Alignment:
Q  155 aattccccagctggaggtgttgaacttgtcatatacaaaagtcgatgataaaacactatattcgatctcaaagaattgttgtgggcttttg 245  Q
    ||||||| | ||||||||||||||||||||| ||||||   | |||||| |||||||  ||  ||||||||||| ||||||||||||||||    
T  1548438 aattcccaaactggaggtgttgaacttgtcacatacaagtattgatgatgaaacactcaatgtgatctcaaagagttgttgtgggcttttg 1548528  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #11
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 219 - 319
Target Start/End: Original strand, 1517574 - 1517674
Alignment:
Q  219 atctcaaagaattgttgtgggcttttgaaactattactgaaaaactgtaaaagggtcacaaagaagggagttaaacatgtggtagaaaactgcacacaac 318  Q
    ||||||||||||||| ||||  ||||||||||||||||| |||| ||| |    |||||| ||||||||||||  ||||||||||| |||||  ||||||    
T  1517574 atctcaaagaattgtcgtggaattttgaaactattactggaaaattgtcatgatgtcacagagaagggagttaggcatgtggtagagaactgtgcacaac 1517673  T
Q  319 t 319  Q
    |    
T  1517674 t 1517674  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #12
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000008
Query Start/End: Original strand, 166 - 245
Target Start/End: Complemental strand, 7307934 - 7307855
Alignment:
Q  166 tggaggtgttgaacttgtcatatacaaaagtcgatgataaaacactatattcgatctcaaagaattgttgtgggcttttg 245  Q
    ||||||| |||||||||||||||||| |||| |||||| || |||||  |  ||||||||||| ||||||| ||||||||    
T  7307934 tggaggtattgaacttgtcatatacagaagttgatgatgaagcactacgtatgatctcaaagagttgttgtaggcttttg 7307855  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #13
Raw Score: 34; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 171 - 328
Target Start/End: Original strand, 1537797 - 1537954
Alignment:
Q  171 gtgttgaacttgtcatatacaaaagtcgatgataaaacactatattcgatctcaaagaattgttgtgggcttttgaaactattactgaaaaactgtaaaa 270  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||  |||| |||||||| | |   |||||||||  |||| ||||||||||| |||| |||||| ||   ||| |      
T  1537797 gtgttgaacttgtcatatacaaatgttaatgacaaaacactgtgtgtaatctcaaagtgttgtcgtgggcttttgcaacttttactggaactttgttatc 1537896  T
Q  271 gggtcacaaagaagggagttaaacatgtggtagaaaactgcacacaacttagagagat 328  Q
      |||||| |||||||||| ||  ||||| ||||||| ||||| ||||| ||||||||    
T  1537897 ttgtcacacagaagggagtgaagtatgtgctagaaaaatgcactcaactaagagagat 1537954  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #14
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000005
Query Start/End: Original strand, 10 - 110
Target Start/End: Original strand, 21834247 - 21834347
Alignment:
Q  10 ttttccccaatttgcagctgcttgatttgaatacttgcgaatacatatctgaaggtatttttcaagtttcaggaagatgtggtaagattaagcatttgaa 109  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||| | ||| |  | | ||||| ||||||||||   |||||| | | | |||| |||||||||||||||||||    
T  21834247 ttttccccaatttacagctgcttgatttgacttcttccacacagatatcagaaggtatttgcgaagttttaaggaaatgttgtaagattaagcatttgaa 21834346  T
Q  110 c 110  Q
    |    
T  21834347 c 21834347  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #15
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 171 - 328
Target Start/End: Original strand, 1513437 - 1513591
Alignment:
Q  171 gtgttgaacttgtcatatacaaaagtcgatgataaaacactatattcgatctcaaagaattgttgtgggcttttgaaactattactgaaaaactgtaaaa 270  Q
    |||||||||||||||| |||||| || |||||| ||||||| ||    |||||||||  |||| ||||||||||| ||||  ||||||||   |||   |    
T  1513437 gtgttgaacttgtcatttacaaatgttgatgatgaaacactctacgtaatctcaaagtgttgtcgtgggcttttgcaactcatactgaaaggttgt---a 1513533  T
Q  271 gggtcacaaagaagggagttaaacatgtggtagaaaactgcacacaacttagagagat 328  Q
      |||||| ||| |||||| || | |||| ||||||| ||||||||||| ||||||||    
T  1513534 ttgtcacagagatgggagtgaagcttgtgctagaaaaatgcacacaactgagagagat 1513591  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #16
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 273 - 328
Target Start/End: Original strand, 12121589 - 12121644
Alignment:
Q  273 gtcacaaagaagggagttaaacatgtggtagaaaactgcacacaacttagagagat 328  Q
    |||||| ||| |||||| || |||||||||||||| ||||||||||| ||||||||    
T  12121589 gtcacagagatgggagtgaagcatgtggtagaaaaatgcacacaactaagagagat 12121644  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #17
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000007
Query Start/End: Original strand, 10 - 115
Target Start/End: Original strand, 3438432 - 3438540
Alignment:
Q  10 ttttccccaatttgcagctgcttgatttgaatacttgcgaatacatatct---gaaggtatttttcaagtttcaggaagatgtggtaagattaagcattt 106  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||     ||||| |||||||||   |||||| || ||||||||| | | |||||| |||||||||  |||||    
T  3438432 ttttccccaatttgcagctgcttgatgtgagagaatgcgactacatatctgacgaaggtgttattcaagttttaaggagatgttgtaagattagacattt 3438531  T
Q  107 gaacatagc 115  Q
    |||| ||||    
T  3438532 gaacttagc 3438540  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 74; Significance: 2e-33; HSPs: 5)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 74; E-Value: 2e-33
Query Start/End: Original strand, 11 - 256
Target Start/End: Complemental strand, 10614822 - 10614577
Alignment:
Q  11 tttccccaatttgcagctgcttgatttgaatacttgcgaatacatatctgaaggtatttttcaagtttcaggaagatgtggtaagattaagcatttgaac 110  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||  |||| |   | ||| ||||||||||| |||||||| | | | |||| ||||||||| ||||||||||    
T  10614822 tttccccaatttgcaactgcttgatttgaatcgttgcaatctcttatatgaaggtatttgtcaagttttaaggatatgttgtaagattaggcatttgaac 10614723  T
Q  111 atagccaaatgtccaagagtgaagcgacttagaataaagattgtaattccccagctggaggtgttgaacttgtcatatacaaaagtcgatgataaaacac 210  Q
     ||||| | |||  || |||||||| |||| |||| ||  ||||  ||||| | ||||||||||||||||||||| |||| || ||  ||||||||||||    
T  10614722 ttagcctattgtaaaaaagtgaagctacttggaatgaacgttgttgttcccaatctggaggtgttgaacttgtcaaatacgaaggttaatgataaaacac 10614623  T
Q  211 tatattcgatctcaaagaattgttgtgggcttttgaaactattact 256  Q
    | |||  |||||| ||||| ||| ||||||||||| ||||||||||    
T  10614622 tctatgtgatctcgaagaactgtagtgggcttttgcaactattact 10614577  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 67; E-Value: 2e-29
Query Start/End: Original strand, 157 - 451
Target Start/End: Original strand, 15092167 - 15092461
Alignment:
Q  157 ttccccagctggaggtgttgaacttgtcatatacaaaagtcgatgataaaacactatattcgatctcaaagaattgttgtgggcttttgaaactattact 256  Q
    ||||| |||||||||||||||| |||||| | ||||| ||  ||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  15092167 ttcccgagctggaggtgttgaatttgtcagaaacaaaggttaatgataaaacactctatgcgatctcaaagaattgttgtgggcttttgcaactattact 15092266  T
Q  257 gaaaaactgtaaaagggtcacaaagaagggagttaaacatgtggtagaaaactgcacacaacttagagagatttacttggatgatttagatttaaggagg 356  Q
      ||   ||| | |  |||||| |   |||||| ||||||||| ||||||||||||||||| | ||||||||| | |||    || |  || ||||        
T  15092267 tgaattttgttataatgtcacagaagtgggagtgaaacatgtgctagaaaactgcacacaattgagagagattaatttgcggtatatccatgtaagtgac 15092366  T
Q  357 ataaataggggattcttcttgcgtcatggatgcgttctttgctagtattctaaaaatgctacgctgaagtttgaactctgtaagttgtttttgtt 451  Q
    | || ||||  | | |||| ||||| |||||||  | |||||||||||||| ||| ||||| |||||||||||||| ||||||||| ||||||||    
T  15092367 aaaactaggaaactattctcgcgtcgtggatgccatatttgctagtattctgaaattgctatgctgaagtttgaacactgtaagttctttttgtt 15092461  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000008
Query Start/End: Original strand, 203 - 319
Target Start/End: Original strand, 10170143 - 10170259
Alignment:
Q  203 taaaacactatattcgatctcaaagaattgttgtgggcttttgaaactattactgaaaaactgtaaaagggtcacaaagaagggagttaaacatgtggta 302  Q
    ||||||||| |||  |||||||||| |||||||||| ||||||||||||||  |||| || |||||    |||||| |||| ||||| |||||||||  |    
T  10170143 taaaacactctatgtgatctcaaagtattgttgtggacttttgaaactatttgtgaacaattgtaatgatgtcacagagaaaggagtgaaacatgtgaaa 10170242  T
Q  303 gaaaactgcacacaact 319  Q
    ||||||||| |||||||    
T  10170243 gaaaactgctcacaact 10170259  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000008
Query Start/End: Original strand, 203 - 319
Target Start/End: Original strand, 10177668 - 10177784
Alignment:
Q  203 taaaacactatattcgatctcaaagaattgttgtgggcttttgaaactattactgaaaaactgtaaaagggtcacaaagaagggagttaaacatgtggta 302  Q
    ||||||||| |||  |||||||||| |||||||||| ||||||||||||||  |||| || |||||    |||||| |||| ||||| |||||||||  |    
T  10177668 taaaacactctatgtgatctcaaagtattgttgtggacttttgaaactatttgtgaacaattgtaatgatgtcacagagaaaggagtgaaacatgtgaaa 10177767  T
Q  303 gaaaactgcacacaact 319  Q
    ||||||||| |||||||    
T  10177768 gaaaactgctcacaact 10177784  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 273 - 330
Target Start/End: Original strand, 15106479 - 15106536
Alignment:
Q  273 gtcacaaagaagggagttaaacatgtggtagaaaactgcacacaacttagagagattt 330  Q
    ||||||||| ||||||| |||  || |||||||||||||| |||||| ||||||||||    
T  15106479 gtcacaaaggagggagtgaaatgtgcggtagaaaactgcatacaactgagagagattt 15106536  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 71; Significance: 1e-31; HSPs: 5)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 71; E-Value: 1e-31
Query Start/End: Original strand, 3 - 245
Target Start/End: Original strand, 19468361 - 19468603
Alignment:
Q  3 gcttcctttttccccaatttgcagctgcttgatttgaatacttgcgaatacatatctgaaggtatttttcaagtttcaggaagatgtggtaagattaagc 102  Q
    |||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||  | ||| |  ||||||| ||||| |||| |||||||| | | || |||  ||| |||| ||    
T  19468361 gcttccatttttcccaatttgcagctgcttgatttgaactcatgcaaccacatatcggaaggcatttgtcaagttttaaggaggtgttctaatattaggc 19468460  T
Q  103 atttgaacatagccaaatgtccaagagtgaagcgacttagaataaagattgtaattccccagctggaggtgttgaacttgtcatatacaaaagtcgatga 202  Q
    |||| ||| ||||| | ||| |||||||||| | |||| || | ||  ||||| ||||| |||||||||||||||| |||||| ||||||| || |||||    
T  19468461 atttaaacttagcccactgttcaagagtgaatctacttggagtgaactttgtagttcccaagctggaggtgttgaagttgtcagatacaaaggttgatga 19468560  T
Q  203 taaaacactatattcgatctcaaagaattgttgtgggcttttg 245  Q
    | ||||||| |||  |||||||||||| |||||||| ||||||    
T  19468561 tgaaacactttatgtgatctcaaagaactgttgtggacttttg 19468603  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 159 - 247
Target Start/End: Complemental strand, 43634988 - 43634900
Alignment:
Q  159 ccccagctggaggtgttgaacttgtcatatacaaaagtcgatgataaaacactatattcgatctcaaagaattgttgtgggcttttgaa 247  Q
    |||||||| |||| ||||||||||||||||||||| || || |||  |||||| |||  || ||||||||||||| |||| ||||||||    
T  43634988 ccccagctagaggcgttgaacttgtcatatacaaaggttgacgatggaacactttatgtgacctcaaagaattgtcgtggacttttgaa 43634900  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000008
Query Start/End: Original strand, 163 - 319
Target Start/End: Complemental strand, 9581148 - 9580990
Alignment:
Q  163 agctggaggtgttgaacttgtcatatac--aaaagtcgatgataaaacactatattcgatctcaaagaattgttgtgggcttttgaaactattactgaaa 260  Q
    |||| ||||||||||||||||||| |||  ||||||  ||||| |||| || |||  |||||||||||||||| |||| ||||||   || |||||||||    
T  9581148 agctagaggtgttgaacttgtcatgtacaaaaaagttaatgatgaaacgctttatgtgatctcaaagaattgtcgtggacttttgtgccttttactgaaa 9581049  T
Q  261 aactgtaaaagggtcacaaagaagggagttaaacatgtggtagaaaactgcacacaact 319  Q
     |  || |  | |||||||| || ||||| || | |||||||||||| |||||||||||    
T  9581048 gatagttatggtgtcacaaacaatggagtgaagcgtgtggtagaaaattgcacacaact 9580990  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 34; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 166 - 239
Target Start/End: Complemental strand, 52082655 - 52082582
Alignment:
Q  166 tggaggtgttgaacttgtcatatacaaaagtcgatgataaaacactatattcgatctcaaagaattgttgtggg 239  Q
    |||||||||||||||||||| | |||||| | |||||| ||||| | |||  ||||||||||| ||||||||||    
T  52082655 tggaggtgttgaacttgtcaaagacaaaaattgatgatgaaacattgtatgtgatctcaaagagttgttgtggg 52082582  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 163 - 262
Target Start/End: Complemental strand, 9586716 - 9586617
Alignment:
Q  163 agctggaggtgttgaacttgtcatatacaaaagtcgatgataaaacactatattcgatctcaaagaattgttgtgggcttttgaaactattactgaaaaa 262  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||| | ||  ||||| ||||||| |||  || ||||| ||||||| |||| |||||| | || |||| ||||||    
T  9586716 agctagaggtgttgaacttgtcatatacagatgttaatgatgaaacactttatgtgacctcaatgaattgtcgtggacttttgcatcttttacagaaaaa 9586617  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 68; Significance: 6e-30; HSPs: 6)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 68; E-Value: 6e-30
Query Start/End: Original strand, 166 - 329
Target Start/End: Complemental strand, 27922582 - 27922419
Alignment:
Q  166 tggaggtgttgaacttgtcatatacaaaagtcgatgataaaacactatattcgatctcaaagaattgttgtgggcttttgaaactattactgaaaaactg 265  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| || |||||| || |||| |||  ||||||||||| ||||||||||||||||||| | | |||  |||| ||    
T  27922582 tggaggtgttgaacttgtcatatacaaatgttgatgatgaagcactttatatgatctcaaagagttgttgtgggcttttgaaattgtcacttgaaaattg 27922483  T
Q  266 taaaagggtcacaaagaagggagttaaacatgtggtagaaaactgcacacaacttagagagatt 329  Q
    |||     |||||||||||||||| || |||||||||||||||||||| ||||| ||| |||||    
T  27922482 taatgatttcacaaagaagggagtgaaccatgtggtagaaaactgcactcaactgagaaagatt 27922419  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 49; E-Value: 1e-18
Query Start/End: Original strand, 168 - 256
Target Start/End: Original strand, 34936190 - 34936278
Alignment:
Q  168 gaggtgttgaacttgtcatatacaaaagtcgatgataaaacactatattcgatctcaaagaattgttgtgggcttttgaaactattact 256  Q
    ||||||||| ||||||||||||||| ||| |||||||||||||| ||| | ||| |||||| |||| ||||||||||| ||||||||||    
T  34936190 gaggtgttggacttgtcatatacaagagttgatgataaaacactctatgccatcgcaaagagttgtcgtgggcttttgcaactattact 34936278  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 47; E-Value: 2e-17
Query Start/End: Original strand, 166 - 316
Target Start/End: Original strand, 17628039 - 17628189
Alignment:
Q  166 tggaggtgttgaacttgtcatatacaaaagtcgatgataaaacactatattcgatctcaaagaattgttgtgggcttttgaaactattactgaaaaactg 265  Q
    |||||||||||||||||||| |||| | ||| ||||||||| ||||   |  ||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||  ||   ||    
T  17628039 tggaggtgttgaacttgtcacatactagagttgatgataaagcactccgtgtgatctcaaagaattgttttgggctcttgaaactattactagaattttg 17628138  T
Q  266 taaaagggtcacaaagaagggagttaaacatgtggtagaaaactgcacaca 316  Q
    |||| | |||||| | |||||||| || |||||| |  |||||||||||||    
T  17628139 taaaggtgtcacagacaagggagtgaagcatgtgttgaaaaactgcacaca 17628189  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000005
Query Start/End: Original strand, 165 - 319
Target Start/End: Original strand, 18315297 - 18315451
Alignment:
Q  165 ctggaggtgttgaacttgtcatatacaaaagtcgatgataaaacactatattcgatctcaaagaattgttgtgggcttttgaaactattactgaaaaact 264  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||| || |||| |||  ||||||||||| |||| || |||||||| |||| ||| || ||  ||    
T  18315297 ctggaggtgttgaacttgtcacatacaaaagttgatgatgaagcactctatgtgatctcaaagagttgtcgtaggcttttgcaactgttattggaacgct 18315396  T
Q  265 gtaaaagggtcacaaagaagggagttaaacatgtggtagaaaactgcacacaact 319  Q
    ||      |||||| |||| ||||  ||  |||||||||||||||||||||||||    
T  18315397 gttgtgatgtcacagagaaaggagaaaagtatgtggtagaaaactgcacacaact 18315451  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 34; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 165 - 250
Target Start/End: Complemental strand, 32151376 - 32151291
Alignment:
Q  165 ctggaggtgttgaacttgtcatatacaaaagtcgatgataaaacactatattcgatctcaaagaattgttgtgggcttttgaaact 250  Q
    ||||||||||| |||||||||| |||||   | |||||| ||||||| |||  ||||||||||| |||| ||||||||||| ||||    
T  32151376 ctggaggtgttaaacttgtcatgtacaaggtttgatgatgaaacactctatgtgatctcaaagagttgtagtgggcttttgcaact 32151291  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000007
Query Start/End: Original strand, 165 - 250
Target Start/End: Original strand, 28246319 - 28246402
Alignment:
Q  165 ctggaggtgttgaacttgtcatatacaaaagtcgatgataaaacactatattcgatctcaaagaattgttgtgggcttttgaaact 250  Q
    |||||||||||| ||||||||| ||||| ||| ||  ||||| |||| |||| ||||||||||| |||| | ||||||||| ||||    
T  28246319 ctggaggtgttggacttgtcatttacaagagttga--ataaatcactctattggatctcaaagagttgtagcgggcttttgcaact 28246402  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 57; Significance: 2e-23; HSPs: 2)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 57; E-Value: 2e-23
Query Start/End: Original strand, 168 - 328
Target Start/End: Original strand, 45245112 - 45245272
Alignment:
Q  168 gaggtgttgaacttgtcatatacaaaagtcgatgataaaacactatattcgatctcaaagaattgttgtgggcttttgaaactattactgaaaaactgta 267  Q
    ||||||||||| |||||| | ||||  || |||||| |||||||  ||  ||||||||||| |||| ||||||||||| |||||||| ||||||| |||     
T  45245112 gaggtgttgaatttgtcagagacaatggttgatgatgaaacactccatgtgatctcaaagagttgtcgtgggcttttgcaactattattgaaaaaatgtt 45245211  T
Q  268 aaagggtcacaaagaagggagttaaacatgtggtagaaaactgcacacaacttagagagat 328  Q
    |    |||||| | |||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||    
T  45245212 atcatgtcacagataagggagtgaaacatgtggtagaaaattgcacacaacttacagagat 45245272  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 48; E-Value: 5e-18
Query Start/End: Original strand, 3 - 325
Target Start/End: Original strand, 1037523 - 1037848
Alignment:
Q  3 gcttcctttttccccaatttgcagctgcttgatttgaatacttgcgaatacatatctgaag---gtatttttcaagtttcaggaagatgtggtaagatta 99  Q
    |||||| ||||||||||||||||  | ||||||||||   | ||| |  ||||||||||||   |||||| | |||||| | | |||||| ||||| |||    
T  1037523 gcttccattttccccaatttgcaatttcttgatttgagctcctgccataacatatctgaagaaggtatttgtgaagttttaaggagatgttgtaaggtta 1037622  T
Q  100 agcatttgaacatagccaaatgtccaagagtgaagcgacttagaataaagattgtaattccccagctggaggtgttgaacttgtcatatacaaaagtcga 199  Q
      ||||||||  ||||| | | | |||||||||| | ||||||||||||  ||  | ||||  |  | |||||||| ||||||||| |||||   || ||    
T  1037623 gacatttgaatttagcctactattcaagagtgaaactacttagaataaactttaaagttcctgaattagaggtgtttaacttgtcacatacatgtgttga 1037722  T
Q  200 tgataaaacactatattcgatctcaaagaattgttgtgggcttttgaaactattactgaaaaactgtaaaagggtcacaaagaagggagttaaacatgtg 299  Q
    |||| ||||||| |||  |||||||||||||||||||||||||||  |||| || ||| |||| ||| |    |||||| |||| || || ||||||||     
T  1037723 tgatgaaacactctatatgatctcaaagaattgttgtgggcttttacaactgtttctggaaaattgtgatgaagtcacagagaatggtgtgaaacatgta 1037822  T
Q  300 gtagaaaactgcacacaacttagaga 325  Q
    || ||||||||||||||||| |||||    
T  1037823 gtcgaaaactgcacacaactcagaga 1037848  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0041 (Bit Score: 50; Significance: 3e-19; HSPs: 1)
Name: scaffold0041
Description:

Target: scaffold0041; HSP #1
Raw Score: 50; E-Value: 3e-19
Query Start/End: Original strand, 168 - 329
Target Start/End: Complemental strand, 39256 - 39095
Alignment:
Q  168 gaggtgttgaacttgtcatatacaaaagtcgatgataaaacactatattcgatctcaaagaattgttgtgggcttttgaaactattactgaaaaactgta 267  Q
    ||||||||||||||| ||| |||||| ||  ||||| ||||||| |||  ||||||||||| |||| ||||||||||| | ||  ||||| |||| |||     
T  39256 gaggtgttgaacttgacatttacaaaggttaatgatgaaacactttatgtgatctcaaagagttgtagtgggcttttgcacctgatactggaaaaatgtt 39157  T
Q  268 aaagggtcacaaagaagggagttaaacatgtggtagaaaactgcacacaacttagagagatt 329  Q
       | ||||||| ||||||||| |||||||||||| | |||||||| ||||| |||||||||    
T  39156 ctcgtgtcacaatgaagggagtgaaacatgtggtaaacaactgcacgcaactgagagagatt 39095  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0295 (Bit Score: 49; Significance: 1e-18; HSPs: 1)
Name: scaffold0295
Description:

Target: scaffold0295; HSP #1
Raw Score: 49; E-Value: 1e-18
Query Start/End: Original strand, 168 - 320
Target Start/End: Original strand, 651 - 803
Alignment:
Q  168 gaggtgttgaacttgtcatatacaaaagtcgatgataaaacactatattcgatctcaaagaattgttgtgggcttttgaaactattactgaaaaactgta 267  Q
    |||||||| ||||||||| ||||||  ||||||||| ||||||| |||  |||||| ||||||||||||||||| ||  |||| |||||| |||| |||     
T  651 gaggtgtttaacttgtcacatacaagtgtcgatgatgaaacactctatatgatctcgaagaattgttgtgggctattacaactgttactggaaaattgtg 750  T
Q  268 aaagggtcacaaagaagggagttaaacatgtggtagaaaactgcacacaactt 320  Q
    |    |||| | |||| || || |||||||| |||||||||||||||||||||    
T  751 atgaagtcatagagaatggtgtgaaacatgtagtagaaaactgcacacaactt 803  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0807 (Bit Score: 33; Significance: 0.000000005; HSPs: 1)
Name: scaffold0807
Description:

Target: scaffold0807; HSP #1
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000005
Query Start/End: Original strand, 163 - 318
Target Start/End: Original strand, 1486 - 1644
Alignment:
Q  163 agctggaggtgttgaacttgtcatatacaaaagtcgatgataa---aacactatattcgatctcaaagaattgttgtgggcttttgaaactattactgaa 259  Q
    |||| ||||||||| |||||||| ||||||| || |||||| |   |||||| |||  |||||||||||||||||  ||| ||||| |||||  |||||     
T  1486 agctagaggtgttggacttgtcaaatacaaatgttgatgatgatgaaacactctatgtgatctcaaagaattgttcagggattttggaactaagactgat 1585  T
Q  260 aaactgtaaaagggtcacaaagaagggagttaaacatgtggtagaaaactgcacacaac 318  Q
    ||| ||| |  |||||| | |||| ||||| ||| |||| || |||||||||| |||||    
T  1586 aaattgtgattgggtcatagagaaaggagtgaaagatgtcgtggaaaactgcaaacaac 1644  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University