View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF8981_low_3 (Length: 1098)

Name: NF8981_low_3
Description: NF8981
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF8981_low_3
NF8981_low_3
[»] chr2 (2 HSPs)
chr2 (18-1083)||(38485684-38486749)
chr2 (34-462)||(3685536-3685964)
[»] chr4 (2 HSPs)
chr4 (18-737)||(30120432-30121148)
chr4 (798-1079)||(30120078-30120359)
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (359-443)||(34191617-34191701)


Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 1054; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 1054; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 1083
Target Start/End: Complemental strand, 38486749 - 38485684
Alignment:
Q  18 attacctccacgaatagtacagttaaaaccggcaaaaatgtcctcgcttatgttgatcactctagaagctttactgataccacctctagttataaaccaa 117  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38486749 attacctccacgaatagtacagttaaaaccggcaaaaatgtcctcgcttatgttgatcactctagaagctttactgataccacctctagttataaaccaa 38486650  T
Q  118 aacctgtcaaacacatcaggatggccataatgcattcgaattttcaaagggtttgccaaaaccctctgccctaaggtgacaaaacttgattcctgagctg 217  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38486649 aacctgtcaaacacatcaggatggccataatgcattcgaattttcaaagggtttgccaaaaccctctgccctaaggtgacaaaacttgattcctgagctg 38486550  T
Q  218 acatgaaccaagcaagagaggaaacgaaacctgtaaatatatgttccctcactcccaaaatagttggttttcgaataccatagtaatgcttgaattcttc 317  Q
    |||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38486549 acataaaccaagcaagagaagaaacgaaacctgtaaatatatgttccctcactcccaaaatagttggttttcgaataccatagtaatgcttgaattcttc 38486450  T
Q  318 caagagatttcgtactttaagtgcctcctcaaagtagttgtcctggttcatatcaatagtttgaattgcatccccgcgagtgaatatgatggcgtggttt 417  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38486449 caagagatttcgtactttaagtgcctcctcaaagtagttgtcctggttcatatcaatagtttgaattgcatccccgcgagtgaatatgatggcgtggttt 38486350  T
Q  418 tgattttccggctttccttctccaagtttcaagggacctggcaattttacacggtatatttccacctccctctccagctgttggtcatacttaacaagaa 517  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38486349 tgattttccggctttccttctccaagtttcaagggacctggcaattttacacggtatatttccacctccctctccagctgttggtcatacttaacaagaa 38486250  T
Q  518 cagaataatagtccttctcattctcatccctccctgtgcgaacctcatcaacataggcaactcttagggcttcattgtttttcattaaatacaaaatttc 617  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38486249 cagaataatagtccttctcattctcatccctccctgtgcgaacctcatcaacataggcaactcttagggcttcattgtttttcattaaatacaaaatttc 38486150  T
Q  618 atcggcatgaggatcctttcttgccttttgagttccatatatctgacaagcaatcacatatgtgaatttcattaatgcagttccatagtcatggcctttg 717  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38486149 atcggcatgaggatcctttcttgccttttgagttccatatatctgacaagcgatcacatatgtgaatttcattaatgcagttccatagtcatggcctttg 38486050  T
Q  718 aacaaacttactgtactgcttgcttcagaaaatgatgacttttgcgagttgataccgtctggaatatcttgattcgttggaacaagttcacgtgagcctt 817  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38486049 aacaaacttactgtactgcttgcttcagaaaatgatgacttttgcgagttgataccgtctggaatatcttgattcgttggaacaagttcacgtgagcctt 38485950  T
Q  818 ctgtgatctctacttctgatgcagaatctagaaaagccaaaagcttgagggccttatagtagtacatcattcctctaacagtccgcgatagtgtctggcc 917  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38485949 ctgtgatctctacttctgatgcagaatctagaaaagccaaaagcttgagggccttatagtagtacatcattcctctaacagtccgcgatagtgtctggcc 38485850  T
Q  918 tctataggatgcccatgacctcaattctcttagtttatctgtccatatctcacggtctttcatcatcccctctcgcctcattctctccataaaattcttc 1017  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38485849 tctataggatgcccatgacctcaattctcttagtttatctgtccatatctcacggtctttcatcatcccctctcgcctcattctctccataaaattcttc 38485750  T
Q  1018 cattcatcttcatatatagtctgcagatagtatagagttgatatcccatcttcattcccagttctg 1083  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38485749 cattcatcttcatatatagtctgcagatagtatagagttgatatcccatcttcattcccagttctg 38485684  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 49; E-Value: 2e-18
Query Start/End: Original strand, 34 - 462
Target Start/End: Complemental strand, 3685964 - 3685536
Alignment:
Q  34 gtacagttaaaaccggcaaaaatgtcctcgcttatgttgatcactctagaagctttactgataccacctctagttataaaccaaaacctgtcaaacacat 133  Q
    ||||| || ||||| |||||||| || || || || |||||||||||||| || || ||||  ||||| |||   |  |||||||| |||||||||||||    
T  3685964 gtacaattgaaaccagcaaaaatatcttcactaatattgatcactctagatgccttgctgactccacccctacacaagaaccaaaatctgtcaaacacat 3685865  T
Q  134 caggatggccataatgcattcgaattttcaaagggtttgccaaaaccctctgccctaaggtgacaaaacttgattcctgagctgacatgaaccaagcaag 233  Q
    | ||||| || || ||||| || | ||||||||||||||||| ||  | ||| || |  || ||||||||||  || || | ||||||||||||||||||    
T  3685864 ccggatgaccgtagtgcatccgtactttcaaagggtttgccagaaatcgctggcccagtgtcacaaaacttgtctcttgggatgacatgaaccaagcaag 3685765  T
Q  234 agaggaaacgaaacctgtaaatatatgttccctcactcccaaaatagttggttttcgaataccatagtaatgcttgaattcttccaagagatttcgtact 333  Q
     || |||||  | ||||| |||||||  || |  || |||||||| ||||| ||    ||||||| |||    ||||| || ||||| ||||| || | |    
T  3685764 cgacgaaacagagcctgtgaatatattctcacgaacccccaaaatggttggcttcttgataccatggtagacattgaactcctccaacagattccgcatt 3685665  T
Q  334 ttaagtgcctcctcaaagtagttgtcctggttcatatcaatagtttgaattgcatccccgcgagtgaatatgatggcgtggttttgattttccggctttc 433  Q
    || || || |||||||| || ||||| || |||||||| || || ||||||||||| || || || || || || || || || ||||||||||| || |    
T  3685664 ttgagagcttcctcaaaataattgtcttgattcatatctatggtctgaattgcatcaccccgcgtaaagatcattgcatgattctgattttccggtttcc 3685565  T
Q  434 cttctccaagtttcaagggacctggcaat 462  Q
    ||||||||||||| || ||||| ||||||    
T  3685564 cttctccaagttttaaaggaccaggcaat 3685536  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 218; Significance: 1e-119; HSPs: 2)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 218; E-Value: 1e-119
Query Start/End: Original strand, 18 - 737
Target Start/End: Complemental strand, 30121148 - 30120432
Alignment:
Q  18 attacctccacgaatagtacagttaaaaccggcaaaaatgtcctcgcttatgttgatcactctagaagctttactgataccacctctagttataaaccaa 117  Q
    |||||||||||||| |||||| || || || ||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||| |||||  ||||||    
T  30121148 attacctccacgaagagtacaattgaacccagcaaatatgtcctcgcttatgttgatcactctggaagctttgctgataccacctcgagttaagaaccaa 30121049  T
Q  118 aacctgtcaaacacatcaggatggccataatgcattcgaattttcaaagggtttgccaaaaccctctgccctaaggtgacaaaacttgattcctgagctg 217  Q
    ||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||| |||| |||||| |||||||  ||||| ||||    
T  30121048 aacctgtcaaacacatctggatgaccataatgcattcgaactttcaaaggatttgccaaaaccctctgtcctagggtgacgaaacttgtctcctgggctg 30120949  T
Q  218 acatgaaccaagcaagagaggaaacgaaacctgtaaatatatgttccctcactcccaaaatagttggttttcgaataccatagtaatgcttgaattcttc 317  Q
    |||||||||| ||||||||||| ||| | || || || || |||||||| || || ||||| |||||||| || | ||| |||||| |  |  | |||||    
T  30120948 acatgaaccaggcaagagaggacacggagccagtgaaaatgtgttccctgacacctaaaattgttggtttccggacaccgtagtaacgtctatactcttc 30120849  T
Q  318 caagagatttcgtactttaagtgcctcctcaaagtagttgtcctggttcatatcaatagtttgaattgcatccccgcgagtgaatatgatggcgtggttt 417  Q
     | ||||||||  |  || ||||| |||||||||||||| ||||| ||||| || ||||| || |  || |||||||||||||| ||||||||||| |||    
T  30120848 aaggagatttctcatcttgagtgcttcctcaaagtagttatcctgattcatgtctatagtctgcaaagcgtccccgcgagtgaagatgatggcgtgattt 30120749  T
Q  418 tgattttccggctttccttctccaagtttcaagggacctggcaattttacacggtatatttccacctccctctccagctgttggtcatacttaacaagaa 517  Q
    ||||| || |||||||| || || || ||||| ||||| |||| ||| || | ||||| ||| |||||| | |||| ||| || |||||||||||||| |    
T  30120748 tgattctcgggctttccctccccgagcttcaatggacccggcagtttgactctgtatacttcaacctccttttccaactgctgatcatacttaacaagga 30120649  T
Q  518 cagaataatagtccttctcattctcatccctccctgtgcgaacctcatcaacataggcaactcttagggcttcattgtttttcattaaatacaaaatttc 617  Q
    ||||  ||||      ||| ||| | ||||| || ||      |||||| ||||| |||||||  || ||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  30120648 cagagaaata------ctccttcccgtcccttccagtagttctctcatccacatatgcaactcgaagagcttcattgtttttcattagatacaaaatttc 30120555  T
Q  618 atcggcatgaggatcctttcttgccttttgagttccatatatctgacaagcaatcacatatgtgaatttcattaatgcagttccatagtcatggccttt- 716  Q
     || ||||| ||||||||  || |||| ||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||| || ||||| ||||| || ||||||||     
T  30120554 ctcagcatggggatccttcttttccttctgagttccataaatctgacaagcaaccacatatgtgaatttcatcaaagcagtcccatactcgtggccttta 30120455  T
Q  717 --gaacaaacttactgtactgct 737  Q
       ||||||||||||| ||||||    
T  30120454 aataacaaacttactgaactgct 30120432  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 98; E-Value: 1e-47
Query Start/End: Original strand, 798 - 1079
Target Start/End: Complemental strand, 30120359 - 30120078
Alignment:
Q  798 aacaagttcacgtgagccttctgtgatctctacttctgatgcagaatctagaaaagccaaaagcttgagggccttatagtagtacatcattcctctaaca 897  Q
    |||||| || ||||||||||||   || || | ||||||||||||||| ||||| | ||| | ||||||||||  |||||| |||||||||||||||||     
T  30120359 aacaagctcgcgtgagccttctcgaatgtccatttctgatgcagaatccagaaatgtcaacatcttgagggcccgatagtaatacatcattcctctaact 30120260  T
Q  898 gtccgcgatagtgtctggcctctataggatgcccatgacctcaattctcttagtttatctgtccatatctcacggtctttcatcatcccctctcgcctca 997  Q
    |||||||||||||| |||||||  ||||| |||||   |||||| ||||| |||||||| ||||| |  |||| |||||||||||||||||| || | ||    
T  30120259 gtccgcgatagtgtttggcctcggtaggaagcccacagcctcaaatctctaagtttatcagtccacagatcactgtctttcatcatcccctcccgacgca 30120160  T
Q  998 ttctctccataaaattcttccattcatcttcatatatagtctgcagatagtatagagttgatatcccatcttcattcccagt 1079  Q
    | ||||||| |||||||||||| ||||| ||||| |||||||||| |||||| || ||||| | ||| ||||||||| ||||    
T  30120159 tcctctccagaaaattcttccactcatcatcataaatagtctgcaaatagtacagggttgaaaccccgtcttcattctcagt 30120078  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 33; Significance: 0.000000006; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000006
Query Start/End: Original strand, 359 - 443
Target Start/End: Complemental strand, 34191701 - 34191617
Alignment:
Q  359 cctggttcatatcaatagtttgaattgcatccccgcgagtgaatatgatggcgtggttttgattttccggctttccttctccaag 443  Q
    |||| ||||||||||||||||||| |||||| || || |||||||| || || || ||||| || || ||||||||||| |||||    
T  34191701 cctgattcatatcaatagtttgaagtgcatcaccacgggtgaatattatcgcatgattttggttctcaggctttccttcaccaag 34191617  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University