View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF8981_low_30 (Length: 734)

Name: NF8981_low_30
Description: NF8981
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF8981_low_30
NF8981_low_30
[»] chr8 (5 HSPs)
chr8 (1-722)||(38608762-38609483)
chr8 (1-722)||(38793545-38794266)
chr8 (1-640)||(38120719-38121361)
chr8 (485-595)||(34592844-34592957)
chr8 (663-722)||(34592970-34593029)
[»] chr4 (2 HSPs)
chr4 (1-640)||(28730296-28730935)
chr4 (527-723)||(33078483-33078658)
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (256-319)||(18224363-18224426)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 646; Significance: 0; HSPs: 5)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 646; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 722
Target Start/End: Original strand, 38608762 - 38609483
Alignment:
Q  1 cataactctcaacaacatgactattttcgccgtggatgatctttctatattctctggctctcaatcgtacatcagcaatgtgcgattccatatcataccg 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38608762 cataactctcaacaacatgactattttcgccgttgatgatctttctatattctccggttctcaatcgtacatcagcaatgtgcgattccatatcataccg 38608861  T
Q  101 aatcattacttgtctatcgctgatcttgaaaagcttccagttggaactgctctgcctacattggagcgaggtcagccgcttctgatcactacttccggtg 200  Q
    ||| |||||||||| ||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  38608862 aattattacttgtcgatcgccgatcttgagaagcttccagttggaactgctctgcctacattggagcgaggtcagccgcttctgatcactacttccggcg 38608961  T
Q  201 gaggagtggcatcagcgccaatgaggattaactatgtgagagttaaggttgctgacgtcatccgcaatgtgaagatagttgtgcacagtgtgtatttgcc 300  Q
    |||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38608962 gaggagtgacatcagcgccgatgaggattaactatgtgagagttaaggttgctgacgtcatccgcaatgtgaagatagttgtgcacagtgtgtatttgcc 38609061  T
Q  301 ttttccgcatatcaatcctattgcggctgcttatgatactatattaggaggtgaaggagcgtcggaaggagcaggtgttagagccggatcatctacttta 400  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||| ||||||    
T  38609062 ttttccgcatatcaatcctattgcggctgcttatgatactatattaggaggtgaaggagcgtcggaaggagcaggtgttggagccggagcatcaacttta 38609161  T
Q  401 ttagattctccaggtcaggcgacggaagaaacctgctctgctcttgatggacgtggtggttgtgctgctggagtcactactacagcaggtgtgtctccca 500  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  38609162 ttagattctccaggtcaggcgacggaagaaacctgctctgctcttgatggacgtggtggttgtgctgctggtgtcactactacagcaggtgtgtctccca 38609261  T
Q  501 tgcctgaggtcaagccaatggttgagattgaagatcaccatggcctgtgagtgcgatgcttcgatgatgatgaagattgcggtttagttctttctctgct 600  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38609262 tgcctcaggtcaagccaatggttgagattgaagatcaccatggcctgtgagtgcgatgcttcgatgatgatgaagattgcggtttagttctttctctgct 38609361  T
Q  601 gaagtgaatctctattaaatttgtagttaataagtttacagttacactgttgttcatatactaaagtgaaactctgaatttgtagttaactcacattgtt 700  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  38609362 gaagtgaatctctatgaaatttgtagttaataagtttacagttacactgttgttcatgtactaaagtgaaactctgaatttgtagttaactcgcattgtt 38609461  T
Q  701 gtttagtttgtggctctgtgct 722  Q
    ||||||||||||||| ||||||    
T  38609462 gtttagtttgtggctttgtgct 38609483  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 646; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 722
Target Start/End: Original strand, 38793545 - 38794266
Alignment:
Q  1 cataactctcaacaacatgactattttcgccgtggatgatctttctatattctctggctctcaatcgtacatcagcaatgtgcgattccatatcataccg 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38793545 cataactctcaacaacatgactattttcgccgttgatgatctttctatattctccggttctcaatcgtacatcagcaatgtgcgattccatatcataccg 38793644  T
Q  101 aatcattacttgtctatcgctgatcttgaaaagcttccagttggaactgctctgcctacattggagcgaggtcagccgcttctgatcactacttccggtg 200  Q
    ||| |||||||||| ||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  38793645 aattattacttgtcgatcgccgatcttgagaagcttccagttggaactgctctgcctacattggagcgaggtcagccgcttctgatcactacttccggcg 38793744  T
Q  201 gaggagtggcatcagcgccaatgaggattaactatgtgagagttaaggttgctgacgtcatccgcaatgtgaagatagttgtgcacagtgtgtatttgcc 300  Q
    |||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38793745 gaggagtgacatcagcgccgatgaggattaactatgtgagagttaaggttgctgacgtcatccgcaatgtgaagatagttgtgcacagtgtgtatttgcc 38793844  T
Q  301 ttttccgcatatcaatcctattgcggctgcttatgatactatattaggaggtgaaggagcgtcggaaggagcaggtgttagagccggatcatctacttta 400  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||| ||||||    
T  38793845 ttttccgcatatcaatcctattgcggctgcttatgatactatattaggaggtgaaggagcgtcggaaggagcaggtgttggagccggagcatcaacttta 38793944  T
Q  401 ttagattctccaggtcaggcgacggaagaaacctgctctgctcttgatggacgtggtggttgtgctgctggagtcactactacagcaggtgtgtctccca 500  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  38793945 ttagattctccaggtcaggcgacggaagaaacctgctctgctcttgatggacgtggtggttgtgctgctggtgtcactactacagcaggtgtgtctccca 38794044  T
Q  501 tgcctgaggtcaagccaatggttgagattgaagatcaccatggcctgtgagtgcgatgcttcgatgatgatgaagattgcggtttagttctttctctgct 600  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38794045 tgcctcaggtcaagccaatggttgagattgaagatcaccatggcctgtgagtgcgatgcttcgatgatgatgaagattgcggtttagttctttctctgct 38794144  T
Q  601 gaagtgaatctctattaaatttgtagttaataagtttacagttacactgttgttcatatactaaagtgaaactctgaatttgtagttaactcacattgtt 700  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  38794145 gaagtgaatctctatgaaatttgtagttaataagtttacagttacactgttgttcatgtactaaagtgaaactctgaatttgtagttaactcgcattgtt 38794244  T
Q  701 gtttagtttgtggctctgtgct 722  Q
    ||||||||||||||| ||||||    
T  38794245 gtttagtttgtggctttgtgct 38794266  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 493; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 640
Target Start/End: Complemental strand, 38121361 - 38120719
Alignment:
Q  1 cataactctcaacaacatgactattttcgccgtggatgatctttctatattctctggctctcaatcgtacatcagcaatgtgcgattccatatcataccg 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||| || ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38121361 cataactctcaacaacatgactattttcgctgttgatgatctttctatattctccggttctcaatcgtatatcagcaatgtgcgattccatatcataccg 38121262  T
Q  101 aatcattacttgtctatcgctgatcttgaaaagcttccagttggaactgctctgcctacattggagcgaggtcagccgcttctgatcactacttccggtg 200  Q
    |||||||||||||| ||||| |||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  38121261 aatcattacttgtcaatcgccgatcttgagaagcttccggttggaactgctctgcctacattggagcgaggtcagccgcttctgatcactacttccggcg 38121162  T
Q  201 gaggagtggcatcagcgccaatgaggattaactatgtgagagttaaggttgctgacgtcatccgcaatgtgaagatagttgtgcacagtgtgtatttgcc 300  Q
    |||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||    
T  38121161 gaggagtgacatcagcgccgatgaggattaactatgtgagagttaaggttgctgacgtcatccgcaatgtgaagattgttgtgcacagcgtgtatttgcc 38121062  T
Q  301 ttttccgcatatcaatcctattgcggctgcttatgatactatattaggaggtgaaggagcgtcggaaggagcaggtgttagagccggatcatctacttta 400  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||| |||||  ||||| || |  ||||| ||    
T  38121061 ttttccgcatatcaatcctattgcggctgcttatgatactatcttaggaggtgaaggagcatcggaaggagcgggtgtcggagccagagctgctactgta 38120962  T
Q  401 ttagattctccaggtcaggcgacggaagaaacctgctctgctcttgatggacgtggtggttgtgctgctggagtcactactacagcaggtgtgtctccca 500  Q
    | ||||||| | |||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||  ||||||||| ||||||||||||||||||    
T  38120961 tcagattctgctggtcaggccacggaagaaacctgctctgctcctgatggacgtggtggttgtgctgctgatgtcactactgcagcaggtgtgtctccca 38120862  T
Q  501 tgcctgaggtcaagccaatggttgagattgaagatcaccatggcctgtgagtgcgatgcttcgatgatg---atgaagattgcggtttagttctttctct 597  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   ||||||||||||||||||||||||||||    
T  38120861 tgcctcaggtcaagccaatggttgagattgaagatcaccatggcctgtgagtgcgatgcttcgatgatgatgatgaagattgcggtttagttctttctct 38120762  T
Q  598 gctgaagtgaatctctattaaatttgtagttaataagtttaca 640  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  38120761 gctgaagtgaatctctatgaaatttgtagttaataagtttaca 38120719  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 76; E-Value: 9e-35
Query Start/End: Original strand, 485 - 595
Target Start/End: Original strand, 34592844 - 34592957
Alignment:
Q  485 gcaggtgtgtctcccatgcctgaggtcaagccaatggttgagattgaagatcaccatggcctgtgagtgcgatgcttc---gatgatgatgaagattgcg 581  Q
    ||||||||||||||| |||||  ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||   |||||||||||||||||||    
T  34592844 gcaggtgtgtctcccgtgcctcgggtcaggccaatggttgagattgaagatcaccatggcctgtgagtgtgatgcttcaatgatgatgatgaagattgcg 34592943  T
Q  582 gtttagttctttct 595  Q
    ||||| ||||||||    
T  34592944 gtttacttctttct 34592957  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 48; E-Value: 5e-18
Query Start/End: Original strand, 663 - 722
Target Start/End: Original strand, 34592970 - 34593029
Alignment:
Q  663 aaagtgaaactctgaatttgtagttaactcacattgttgtttagtttgtggctctgtgct 722  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||| ||||||    
T  34592970 aaagtgaaactctgaatttgtagttaacttgcattgttgtttagtttgtggctttgtgct 34593029  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 432; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 432; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 640
Target Start/End: Complemental strand, 28730935 - 28730296
Alignment:
Q  1 cataactctcaacaacatgactattttcgccgtggatgatctttctatattctctggctctcaatcgtacatcagcaatgtgcgattccatatcataccg 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| || ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28730935 cataactctcaacaacatgactattttcgccgttgatgatctttctatattctccggttctcaatcgtatatcagcaatgtgcgattccatatcataccg 28730836  T
Q  101 aatcattacttgtctatcgctgatcttgaaaagcttccagttggaactgctctgcctacattggagcgaggtcagccgcttctgatcactacttccggtg 200  Q
    |||| ||||||||| ||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28730835 aatcgttacttgtcaatcgccgatcttgagaagcttccagttggaactgctctgcctacattggagcgaggtcagccgcttctgatcactacttccggtg 28730736  T
Q  201 gaggagtggcatcagcgccaatgaggattaactatgtgagagttaaggttgctgacgtcatccgcaatgtgaagatagttgtgcacagtgtgtatttgcc 300  Q
    |||||||| ||| ||| || ||||||||||||||||| || || |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  28730735 gaggagtgacattagcaccgatgaggattaactatgttagggtgaaggttgctgacgtcatccgtaatgtgaagatagttgtgcatagtgtgtatttgcc 28730636  T
Q  301 ttttccgcatatcaatcctattgcggctgcttatgatactatattaggaggtgaaggagcgtcggaaggagcaggtgttagagccggatcatctacttta 400  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||  ||||| || |  ||||| ||    
T  28730635 ttttccgcatatcaatcctattgcggatgcttatgatactatcttaggaggtgaaggagcatcggaaggagcaggtgtcggagccagagctgctactgta 28730536  T
Q  401 ttagattctccaggtcaggcgacggaagaaacctgctctgctcttgatggacgtggtggttgtgctgctggagtcactactacagcaggtgtgtctccca 500  Q
    | ||||||| | ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||  |||||| || || |||||||||||||||    
T  28730535 tcagattctgctggtcaggcgactgaagaaacctgctctgctcttgatgggcgtggtggctgtgctgctgatgtcactgctgcaacaggtgtgtctccca 28730436  T
Q  501 tgcctgaggtcaagccaatggttgagattgaagatcaccatggcctgtgagtgcgatgcttcgatgatgatgaagattgcggtttagttctttctctgct 600  Q
    ||||| |||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||| || ||| |||| |||||||||| |||| |||||||||||||    
T  28730435 tgcctcaggtcaggccaatgtttgagattgaagatcaccatggcctgtgagtgtgatggtttgatcatgacgaagattgcgatttacttctttctctgct 28730336  T
Q  601 gaagtgaatctctattaaatttgtagttaataagtttaca 640  Q
    ||||| || || ||| ||||||||||||||||||||||||    
T  28730335 gaagtaaaactatatgaaatttgtagttaataagtttaca 28730296  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 72; E-Value: 2e-32
Query Start/End: Original strand, 527 - 723
Target Start/End: Original strand, 33078483 - 33078658
Alignment:
Q  527 attgaagatcaccatggcctgtgagtgcgatgcttc---gatgatgatgaagattgcggtttagttctttctctgctgaagtgaatctctattaaatttg 623  Q
    ||||||||||||||||| |||||| |||||||||||   ||||||||||||||| |||||||| |||||||||||                  |||||||    
T  33078483 attgaagatcaccatgggctgtgactgcgatgcttcaatgatgatgatgaagatcgcggtttacttctttctctg------------------aaatttg 33078564  T
Q  624 tagttaataagtttacagttacactgttgttcatatactaaagtgaaactctgaatttgtagttaactcacattgttgtttagtttgtggctctgtgctc 723  Q
    ||||||||||||||||      |||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||    
T  33078565 tagttaataagtttac------actgttgttcatgtacaaaagtgaaactctgaatttgtagttaactcgcattgttgtttagtttgtggctttgtgctc 33078658  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 32; Significance: 0.00000002; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 256 - 319
Target Start/End: Complemental strand, 18224426 - 18224363
Alignment:
Q  256 cgtcatccgcaatgtgaagatagttgtgcacagtgtgtatttgccttttccgcatatcaatcct 319  Q
    |||||||||||| || ||||| || |||||||||||||| ||||| ||||| ||||| ||||||    
T  18224426 cgtcatccgcaacgtcaagatcgtcgtgcacagtgtgtacttgccatttccacatattaatcct 18224363  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University