View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF8981_low_39 (Length: 617)

Name: NF8981_low_39
Description: NF8981
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF8981_low_39
NF8981_low_39
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (1-603)||(38825171-38825773)
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (1-600)||(23218001-23218600)
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (1-603)||(30367169-30367771)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 551; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 551; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 603
Target Start/End: Original strand, 38825171 - 38825773
Alignment:
Q  1 agttaaacaagaagattttaaatttttgtcaagtgccaggccactcaggagatgtaatggctcagacggtgtggaattgtttgactggttgggggttaaa 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  38825171 agttaaacaagaagattttaaatttttgtcaagtgccaggccactcaggagatgtaatggctcatacggtgtggaattgtttgactgtttgggggttaaa 38825270  T
Q  101 taaggtgctcactatgacagtcgataatgcatcatctaatgatgttggaatatcacaactcaaaaaagcccttatgcctgatggtttacttatgggagga 200  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38825271 taaggtgctcactatgacagtcgataatgcatcatctaatgatgttggaatatcgcaactcaaaaaagcccttatgcctgatggtttacttatgggagga 38825370  T
Q  201 gagtattttcatactcgttgttgtgcacatgtcttaaatttaatcgtgaaagaaggtctaaatgatattgagcgtgtagttttgaggattcgtagagcag 300  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||| | ||||    
T  38825371 gagtattttcatactcgttgttgtgcacatgtcttaaatttaatcgtgaaagaaggtctaaaggatattgagcgtgaagttttgaggattcgtggtgcag 38825470  T
Q  301 tgatgtatgttcaagcttcctcttctaggttacaaagattcaaggcatgcattgatccacaaaaagttcaatataagggttttgtcaacctagatattga 400  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38825471 tgaggtatgttcaagcttcctcttctaggttacaaagattcaaggcatgcattgatccacaaaaagttcaatataagggttttgtcaacctagatattga 38825570  T
Q  401 aacaaggtggaatactagctatttaatgcttgatgctgcacttaaacacatgccaacatttgcattgttggagatgcaagatcatacatatgtcaaagag 500  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38825571 aacaaggtggaatactagctatttaatgcttgatgctgcacttaaacacatgccaacatttgcattgttggagatgcaagatcatacatatgtcaaagag 38825670  T
Q  501 ttacggaaagggaaaggtctccctttgcctggggattgggaatatgtgcgctctattctcccctttttaaagctgttttacaatgctactgtgcgtctct 600  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||| |||||||||||||||||||    
T  38825671 ttacggaaagggaaaggtttccctttgcctgtggattgggaatatgtgcgctctattctcccctttttagagttgttttataatgctactgtgcgtctct 38825770  T
Q  601 ctg 603  Q
    |||    
T  38825771 ctg 38825773  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 544; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 544; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 600
Target Start/End: Complemental strand, 23218600 - 23218001
Alignment:
Q  1 agttaaacaagaagattttaaatttttgtcaagtgccaggccactcaggagatgtaatggctcagacggtgtggaattgtttgactggttgggggttaaa 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  23218600 agttaaacaagaagattttaaatttttgtcaagtgccaggccactcaggagatgtaatggctcagacggtgtggaattgtttgactgcttgggggttaaa 23218501  T
Q  101 taaggtgctcactatgacagtcgataatgcatcatctaatgatgttggaatatcacaactcaaaaaagcccttatgcctgatggtttacttatgggagga 200  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  23218500 taaggtgctcactatgacagtcgataatgcatcatctaatgatgttggaatatcgcaacttaaaaaagcccttatgcttgatggtttacttatgggagga 23218401  T
Q  201 gagtattttcatactcgttgttgtgcacatgtcttaaatttaatcgtgaaagaaggtctaaatgatattgagcgtgtagttttgaggattcgtagagcag 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||| | ||||    
T  23218400 gagtattttcatactcgttgttgtgcacacgtcttaaatttaatcgtgaaagaaggtctaaaggatattgagcgtgaagttttgaggattcgtggtgcag 23218301  T
Q  301 tgatgtatgttcaagcttcctcttctaggttacaaagattcaaggcatgcattgatccacaaaaagttcaatataagggttttgtcaacctagatattga 400  Q
    ||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  23218300 tgaagtatgtgcaagcttcctcttctaggttacaaagattcaaggcatgcattgatccacaaaaagttcaatataagggttttgtcaacctagatattga 23218201  T
Q  401 aacaaggtggaatactagctatttaatgcttgatgctgcacttaaacacatgccaacatttgcattgttggagatgcaagatcatacatatgtcaaagag 500  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  23218200 aacaaggttgaatactagctatttaatgcttgatgctgcacttaaacacatgccaacatttgcattgttggagatgcaagatcatacatatgtcaaagag 23218101  T
Q  501 ttacggaaagggaaaggtctccctttgcctggggattgggaatatgtgcgctctattctcccctttttaaagctgttttacaatgctactgtgcgtctct 600  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  23218100 ttacggaaagggaaaggtctccctttgcctggggattgggaatatgtgcgctatattctcccctttttagagctgttttacaatgctactgtgcgtctct 23218001  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 535; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 535; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 603
Target Start/End: Original strand, 30367169 - 30367771
Alignment:
Q  1 agttaaacaagaagattttaaatttttgtcaagtgccaggccactcaggagatgtaatggctcagacggtgtggaattgtttgactggttgggggttaaa 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  30367169 agttaaacaagaagattttaaatttttgtcaagtgccaggccactcaggagatgtaatggctcagacggtgtggaattgtttgactgattgggggttaaa 30367268  T
Q  101 taaggtgctcactatgacagtcgataatgcatcatctaatgatgttggaatatcacaactcaaaaaagcccttatgcctgatggtttacttatgggagga 200  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  30367269 taaggtgctcactatgacagtcgataatgcatcatctaatgatgttggaatatcgcaacttaaaaaagcccttatgcttgatggtttacttatgggagga 30367368  T
Q  201 gagtattttcatactcgttgttgtgcacatgtcttaaatttaatcgtgaaagaaggtctaaatgatattgagcgtgtagttttgaggattcgtagagcag 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||| | ||||    
T  30367369 gagtattttcatactcgttgttgtgcacaagtcttaaatttaatcgtgaaagaaggtctaaaggatattgagcgtgaagttttgaggattcgtggtgcag 30367468  T
Q  301 tgatgtatgttcaagcttcctcttctaggttacaaagattcaaggcatgcattgatccacaaaaagttcaatataagggttttgtcaacctagatattga 400  Q
    ||| |||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30367469 tgaagtatgtacaagcttcctattctaggttacaaagattcaaggcatgcattgatccacaaaaagttcaatataagggttttgtcaacctagatattga 30367568  T
Q  401 aacaaggtggaatactagctatttaatgcttgatgctgcacttaaacacatgccaacatttgcattgttggagatgcaagatcatacatatgtcaaagag 500  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30367569 aacaaggtggaatactagctattcaatgcttgatgctgcacttaaacacatgccaacatttgcattgttggagatgcaagatcatacatatgtcaaagag 30367668  T
Q  501 ttacggaaagggaaaggtctccctttgcctggggattgggaatatgtgcgctctattctcccctttttaaagctgttttacaatgctactgtgcgtctct 600  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||| |||||||||||||||||||    
T  30367669 ttacggaaagggaaaggtttccctttgcctggggattgggaatatgtgcgctctattctcccctttttagagttgttttagaatgctactgtgcgtctct 30367768  T
Q  601 ctg 603  Q
    |||    
T  30367769 ctg 30367771  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University