View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF8981_low_67 (Length: 530)

Name: NF8981_low_67
Description: NF8981
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF8981_low_67
NF8981_low_67
[»] chr1 (4 HSPs)
chr1 (1-516)||(31527597-31528112)
chr1 (1-516)||(32591819-32592334)
chr1 (5-516)||(51825004-51825515)
chr1 (5-516)||(37030994-37031505)
[»] chr3 (7 HSPs)
chr3 (5-507)||(49208496-49208998)
chr3 (5-502)||(49213336-49213833)
chr3 (5-516)||(49188483-49188994)
chr3 (11-504)||(49192225-49192718)
chr3 (10-516)||(49203326-49203831)
chr3 (116-330)||(29622867-29623081)
chr3 (416-503)||(29622725-29622814)
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (5-516)||(26756862-26757372)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 500; Significance: 0; HSPs: 4)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 500; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 516
Target Start/End: Original strand, 31527597 - 31528112
Alignment:
Q  1 tgagccaacttcacctttcatcttagcttctgacacatcaaccctagcttgattcgctgcttccatttgcgtcttttgccctaaataggagaaatattca 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31527597 tgagccaacttcacctttcatcttagcttctgacacatcaaccctagcttgattcgctgcttccatttgcgtcttttgccctaaataggagaaatattca 31527696  T
Q  101 tgaccaggcacatccaccaattgcttaacattcgcattgtaaatcaataacccaaattggtttagttcgagttgaactttcttgaatacttcttgtttaa 200  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  31527697 tgaccaggcacatccaccaattgcttaacattcgcattgtaaatcaataacccaaattggtttagttcgagttgaactttcttgaatatttcttgtttaa 31527796  T
Q  201 actcttttgttcctctgaaaatctcttccatggtcatcgaagcagcgaggacacgtgtctcaccttcgatgattccttgaacgagttccttaacgtgatt 300  Q
    |||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31527797 actcttttgttcctctgaaaacttcttccatggtcatcgaagcagcgaggacacgtgtctcaccttcgatgattccttgaacgagttccttaacgtgatt 31527896  T
Q  301 cgagagtttatcatgaggggaaatcagtttagcgtatttgaggaggctttcctgatcgtcaacacgaggaccaattgtgaagacagcgggaagaacgaaa 400  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31527897 cgagagtttatcatgaggggaaatcagtttagcgtatttgaggaggctttcctgatcgtcaacacgaggaccaattgtgaagacagcgggaagaacgaaa 31527996  T
Q  401 ggcagtttttcggcactcatggcttgaacttcgaaggtgtagttcactggagagaggtcgaaaacggtgcaagattgaccagggaaaatccatgatttct 500  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31527997 ggcagtttttcggcactcatggcttgaacttcgaaggtgtagttcaccggagagaggtcgaaaacggtgcaagattgaccagggaaaatccatgatttct 31528096  T
Q  501 ttgcaagtttgatgtc 516  Q
    ||||||||||||||||    
T  31528097 ttgcaagtttgatgtc 31528112  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 456; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 516
Target Start/End: Complemental strand, 32592334 - 32591819
Alignment:
Q  1 tgagccaacttcacctttcatcttagcttctgacacatcaaccctagcttgattcgctgcttccatttgcgtcttttgccctaaataggagaaatattca 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32592334 tgagccaacttcacctttcatcttagcttctgacacttcaaccctagcttgattcgctgcttccatttgcgtcttttgccctaaataggagaaatattca 32592235  T
Q  101 tgaccaggcacatccaccaattgcttaacattcgcattgtaaatcaataacccaaattggtttagttcgagttgaactttcttgaatacttcttgtttaa 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  32592234 tgaccaggcacatccaccaattgcttaacattcgcattgtaaatcaataacccgaattggtttagttcgagttgaactttctcgaatacttcttgtttaa 32592135  T
Q  201 actcttttgttcctctgaaaatctcttccatggtcatcgaagcagcgaggacacgtgtctcaccttcgatgattccttgaacgagttccttaacgtgatt 300  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||| || |||||    
T  32592134 actcttttgttcctctgaaaacctcttccatggtcatcgaagcagcgaggacacgtgtctccccttcaatgattccttgaacgagttccttgacatgatt 32592035  T
Q  301 cgagagtttatcatgaggggaaatcagtttagcgtatttgaggaggctttcctgatcgtcaacacgaggaccaattgtgaagacagcgggaagaacgaaa 400  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32592034 cgagagtttatcatgaggggaaatcagtttagcgtatttgaggaggctttcctgatcatcaacacgaggaccaattgtgaagacagcgggaagaacgaaa 32591935  T
Q  401 ggcagtttttcggcactcatggcttgaacttcgaaggtgtagttcactggagagaggtcgaaaacggtgcaagattgaccagggaaaatccatgatttct 500  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||| || ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  32591934 ggcagtttttcagcactcatggcttgaacttcgaaggtatagttcaccggtgagaggtcgaagacggtgcaagattgaccagggaaaacccatgatttct 32591835  T
Q  501 ttgcaagtttgatgtc 516  Q
    ||||||||||||||||    
T  32591834 ttgcaagtttgatgtc 32591819  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 412; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 5 - 516
Target Start/End: Original strand, 51825004 - 51825515
Alignment:
Q  5 ccaacttcacctttcatcttagcttctgacacatcaaccctagcttgattcgctgcttccatttgcgtcttttgccctaaataggagaaatattcatgac 104  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |    
T  51825004 ccaacttcacctttcatctcagcttctgccacatcaaccctagcttgattcgctgcttccatttgcgtcttttgccctaaatatgagaaatattcatgcc 51825103  T
Q  105 caggcacatccaccaattgcttaacattcgcattgtaaatcaataacccaaattggtttagttcgagttgaactttcttgaatacttcttgtttaaactc 204  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||| || |  |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  51825104 caggcacgtccaccaattgcttaacattcgcattgtaaatcaataatccgaattgattcaactcgagttgaactttctcgaatacttcttgtttaaactc 51825203  T
Q  205 ttttgttcctctgaaaatctcttccatggtcatcgaagcagcgaggacacgtgtctcaccttcgatgattccttgaacgagttccttaacgtgattcgag 304  Q
    |||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||    
T  51825204 ttttgttcctttgaaaacctcttccatggtcatcgaagcagcgaggacacgtgtctcaccttcaatgattccttgaacgagttccttgacgtggttcgag 51825303  T
Q  305 agtttatcatgaggggaaatcagtttagcgtatttgaggaggctttcctgatcgtcaacacgaggaccaattgtgaagacagcgggaagaacgaaaggca 404  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||    
T  51825304 agtttatcatgaggggaaatcagtttagcgtatttgaggaggctttcgtgatcgtcaacacgaggaccaattgtgaagaccgcaggaagaacgaaaggca 51825403  T
Q  405 gtttttcggcactcatggcttgaacttcgaaggtgtagttcactggagagaggtcgaaaacggtgcaagattgaccagggaaaatccatgatttctttgc 504  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||| || ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  51825404 gtttttcggcactcatggcttgaacttcgaaggtgtagttcaccggtgagaggtcgaagacagtggaagattgaccagggaaaatccatgatttctttgc 51825503  T
Q  505 aagtttgatgtc 516  Q
    ||||||||||||    
T  51825504 aagtttgatgtc 51825515  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 260; E-Value: 1e-144
Query Start/End: Original strand, 5 - 516
Target Start/End: Original strand, 37030994 - 37031505
Alignment:
Q  5 ccaacttcacctttcatcttagcttctgacacatcaaccctagcttgattcgctgcttccatttgcgtcttttgccctaaataggagaaatattcatgac 104  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||   |||||||| ||||||||||| || ||||| |||||||| |||||||    
T  37030994 ccaatttcacctttcatcttagcttctgccacgtcaaccctagcttgattcttggcttccatctgcgtcttttgacccaaatatgagaaatactcatgac 37031093  T
Q  105 caggcacatccaccaattgcttaacattcgcattgtaaatcaataacccaaattggtttagttcgagttgaactttcttgaatacttcttgtttaaactc 204  Q
    |  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||| || |  || ||||||||||| | ||||||||||||||||||||     
T  37031094 cgcgcacatccaccaattgcttaacattcgcattgtaaatcaataatccgaattgattcaactcaagttgaactttgtcgaatacttcttgtttaaactg 37031193  T
Q  205 ttttgttcctctgaaaatctcttccatggtcatcgaagcagcgaggacacgtgtctcaccttcgatgattccttgaacgagttccttaacgtgattcgag 304  Q
    ||||||||||||||||| ||| ||||| ||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||| ||||| ||||| |||    
T  37031194 ttttgttcctctgaaaacctcctccatcgtcatggaagcagcgaggacacgtgtctccccttcgatgattccttgaacaagttcattaacatgattggag 37031293  T
Q  305 agtttatcatgaggggaaatcagtttagcgtatttgaggaggctttcctgatcgtcaacacgaggaccaattgtgaagacagcgggaagaacgaaaggca 404  Q
     || || |||| || ||||| ||||| ||||||||||| |||||||||| ||| || |||||||||||||| |||||||||||||| ||||| ||||| |    
T  37031294 tgtctagcatgcggtgaaataagtttggcgtatttgagaaggctttccttatcatccacacgaggaccaatagtgaagacagcggggagaacaaaaggaa 37031393  T
Q  405 gtttttcggcactcatggcttgaacttcgaaggtgtagttcactggagagaggtcgaaaacggtgcaagattgaccagggaaaatccatgatttctttgc 504  Q
    |||| || || ||||| ||||||||||||||||||||||| || || |||||||| || || | ||| |||||||| || | |||||||| |||||||||    
T  37031394 gtttctccgcgctcatagcttgaacttcgaaggtgtagtttaccggtgagaggtccaagacagagcaggattgaccgggaagaatccatgctttctttgc 37031493  T
Q  505 aagtttgatgtc 516  Q
    ||||||||||||    
T  37031494 aagtttgatgtc 37031505  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 307; Significance: 1e-173; HSPs: 7)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 307; E-Value: 1e-173
Query Start/End: Original strand, 5 - 507
Target Start/End: Original strand, 49208496 - 49208998
Alignment:
Q  5 ccaacttcacctttcatcttagcttctgacacatcaaccctagcttgattcgctgcttccatttgcgtcttttgccctaaataggagaaatattcatgac 104  Q
    |||| ||||||||||||||| ||||||| ||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| || ||||| ||||||||||||||||    
T  49208496 ccaatttcacctttcatcttggcttctgccacgtcaaccctagcttgatttgctgcttccatttgcgtcttttgtcccaaatatgagaaatattcatgac 49208595  T
Q  105 caggcacatccaccaattgcttaacattcgcattgtaaatcaataacccaaattggtttagttcgagttgaactttcttgaatacttcttgtttaaactc 204  Q
    | |||||||||||||||||||||||||| || ||||||||| |||| || |||||||| | ||| ||||||||||| | |||||||||||||||||| ||    
T  49208596 ccggcacatccaccaattgcttaacattggcgttgtaaatccataatccgaattggttcaattcaagttgaactttgtcgaatacttcttgtttaaattc 49208695  T
Q  205 ttttgttcctctgaaaatctcttccatggtcatcgaagcagcgaggacacgtgtctcaccttcgatgattccttgaacgagttccttaacgtgattcgag 304  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||| ||||| |||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||| |||    
T  49208696 ttttgttcctctgaaaacctcttccatcgtcattgaagcaacgaggacacgtgtctcgccttcgatgattccttgaacaagttcattaacgtgattggag 49208795  T
Q  305 agtttatcatgaggggaaatcagtttagcgtatttgaggaggctttcctgatcgtcaacacgaggaccaattgtgaagacagcgggaagaacgaaaggca 404  Q
    |||||||||||||||||||| ||||| || ||||||||||||||||| | |||||||||||||||||| ||||||||||| || || || |||||||| |    
T  49208796 agtttatcatgaggggaaattagtttggcatatttgaggaggctttcgtaatcgtcaacacgaggaccgattgtgaagacggcagggaggacgaaaggga 49208895  T
Q  405 gtttttcggcactcatggcttgaacttcgaaggtgtagttcactggagagaggtcgaaaacggtgcaagattgaccagggaaaatccatgatttctttgc 504  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||| || ||||| |||||||| || |||||||||| ||||||| |    
T  49208896 gtttttcagcactcatggcttgaacttcgaaggtgtagttcaccggtgagaggtcgaagacagtgcaggattgacctggaaaaatccatgctttcttttc 49208995  T
Q  505 aag 507  Q
    |||    
T  49208996 aag 49208998  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 290; E-Value: 1e-162
Query Start/End: Original strand, 5 - 502
Target Start/End: Original strand, 49213336 - 49213833
Alignment:
Q  5 ccaacttcacctttcatcttagcttctgacacatcaaccctagcttgattcgctgcttccatttgcgtcttttgccctaaataggagaaatattcatgac 104  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||| || | ||| |||||||| || ||||    
T  49213336 ccaatttcacctttcatcttagcttctgccacatcaaccttagcttgattcgctgcttccatctgcgtcttttgtcccagatatgagaaatactcgtgac 49213435  T
Q  105 caggcacatccaccaattgcttaacattcgcattgtaaatcaataacccaaattggtttagttcgagttgaactttcttgaatacttcttgtttaaactc 204  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||| || |  || ||||||||||| |  |||||||||||||||||||     
T  49213436 caggcacatccaccaattgcttaacattcgcattataaatcaataacccgaattgattcaactcaagttgaactttatcaaatacttcttgtttaaactg 49213535  T
Q  205 ttttgttcctctgaaaatctcttccatggtcatcgaagcagcgaggacacgtgtctcaccttcgatgattccttgaacgagttccttaacgtgattcgag 304  Q
    ||||||||||||||||| ||| ||||| ||||| || ||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||| ||||| ||||| |||    
T  49213536 ttttgttcctctgaaaacctcctccatagtcatggaggcagctaggacacgtgtctcaccttcaatgattccttgaacaagttcattaacatgattggag 49213635  T
Q  305 agtttatcatgaggggaaatcagtttagcgtatttgaggaggctttcctgatcgtcaacacgaggaccaattgtgaagacagcgggaagaacgaaaggca 404  Q
     || ||||||| || ||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||| || ||||||||||| |    
T  49213636 tgtctatcatggggtgaaataagtttggcgtatttgaggaggctttcctgatcgtcaacacgaggaccgatagtgaagacagcagggagaacgaaaggga 49213735  T
Q  405 gtttttcggcactcatggcttgaacttcgaaggtgtagttcactggagagaggtcgaaaacggtgcaagattgaccagggaaaatccatgatttcttt 502  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| || || |||||||| || ||||| |||||||| ||||||||||||| |||||||    
T  49213736 gtttttcggcactcatggcttgaacttcgaaggtatagttcaccggtgaaaggtcgaagaccgtgcatgattgaccggggaaaatccatgctttcttt 49213833  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 288; E-Value: 1e-161
Query Start/End: Original strand, 5 - 516
Target Start/End: Original strand, 49188483 - 49188994
Alignment:
Q  5 ccaacttcacctttcatcttagcttctgacacatcaaccctagcttgattcgctgcttccatttgcgtcttttgccctaaataggagaaatattcatgac 104  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||   |||||||| ||||||||||| || ||||| |||||||| |||||||    
T  49188483 ccaatttcacctttcatcttagcttctgacacgtcaaccctagcttgattcttggcttccatctgcgtcttttgacccaaatatgagaaatactcatgac 49188582  T
Q  105 caggcacatccaccaattgcttaacattcgcattgtaaatcaataacccaaattggtttagttcgagttgaactttcttgaatacttcttgtttaaactc 204  Q
    | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||| || |  || ||||||||||| |  |||||||||||||||||||     
T  49188583 cgggcacatccaccaattgcttaacattcgcattgtaaatcaataatccgaattgattcaactcaagttgaactttgtcaaatacttcttgtttaaactg 49188682  T
Q  205 ttttgttcctctgaaaatctcttccatggtcatcgaagcagcgaggacacgtgtctcaccttcgatgattccttgaacgagttccttaacgtgattcgag 304  Q
    ||| ||||||||||||| ||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||    
T  49188683 tttcgttcctctgaaaacctcctccatggtcatggaagcagcgaggacacgtgtctccccttcgatgattccttgaacgagttcattaacgtgattggag 49188782  T
Q  305 agtttatcatgaggggaaatcagtttagcgtatttgaggaggctttcctgatcgtcaacacgaggaccaattgtgaagacagcgggaagaacgaaaggca 404  Q
     ||  ||||||||| ||||| ||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||| ||||| |    
T  49188783 tgtcgatcatgaggtgaaataagtttggcgtatttgagaaggctttcctgatcgtcaacacgaggaccaattgtgaagacggcggggagaacaaaaggaa 49188882  T
Q  405 gtttttcggcactcatggcttgaacttcgaaggtgtagttcactggagagaggtcgaaaacggtgcaagattgaccagggaaaatccatgatttctttgc 504  Q
    |||| ||||||||||| ||||||||||| ||||||||||| || || |||||||| || || ||||| |||||||| || |||||||||| |||||||      
T  49188883 gtttctcggcactcatagcttgaacttcaaaggtgtagtttaccggtgagaggtccaagacagtgcaggattgaccgggaaaaatccatgctttcttttt 49188982  T
Q  505 aagtttgatgtc 516  Q
     |||||||||||    
T  49188983 gagtttgatgtc 49188994  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 270; E-Value: 1e-150
Query Start/End: Original strand, 11 - 504
Target Start/End: Original strand, 49192225 - 49192718
Alignment:
Q  11 tcacctttcatcttagcttctgacacatcaaccctagcttgattcgctgcttccatttgcgtcttttgccctaaataggagaaatattcatgaccaggca 110  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||| || ||||| |||||||| |||||||| ||||    
T  49192225 tcacctttcatcttagcttctgatacatcaacccttgcttgattcgctgcttccatttgtgtcttttgacccaaatatgagaaatactcatgacctggca 49192324  T
Q  111 catccaccaattgcttaacattcgcattgtaaatcaataacccaaattggtttagttcgagttgaactttcttgaatacttcttgtttaaactcttttgt 210  Q
    |||| || || || |||||||| ||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||    ||||||||||||||||||||||||||    
T  49192325 catcaactaactgtttaacattagcattgtaaatcaataaaccgaattggtttagttcgagttgaacttttccaaatacttcttgtttaaactcttttgt 49192424  T
Q  211 tcctctgaaaatctcttccatggtcatcgaagcagcgaggacacgtgtctcaccttcgatgattccttgaacgagttccttaacgtgattcgagagttta 310  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||| || |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||    
T  49192425 tcctctgaaaacctcttccatggtcattgatgcagcgaggacacgtgtctcgccttcgatgattccttgaacgagttccttaacatgattggagagttta 49192524  T
Q  311 tcatgaggggaaatcagtttagcgtatttgaggaggctttcctgatcgtcaacacgaggaccaattgtgaagacagcgggaagaacgaaaggcagttttt 410  Q
    || || || ||||| ||||| ||||||||||| |||||||||| ||| || ||||||||||| || |||||||||||||| ||||| ||||| ||||| |    
T  49192525 tcgtgcggtgaaataagtttggcgtatttgagaaggctttccttatcatccacacgaggaccgatagtgaagacagcggggagaacaaaaggaagtttct 49192624  T
Q  411 cggcactcatggcttgaacttcgaaggtgtagttcactggagagaggtcgaaaacggtgcaagattgaccagggaaaatccatgatttctttgc 504  Q
    | || ||||| ||||||||||| |||||||| || || || ||||||||||| |||| | | |||||||| || | |||||||| |||||||||    
T  49192625 ctgcgctcattgcttgaacttcaaaggtgtaatttacaggtgagaggtcgaagacggagtaggattgaccgggtagaatccatgctttctttgc 49192718  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 251; E-Value: 1e-139
Query Start/End: Original strand, 10 - 516
Target Start/End: Original strand, 49203326 - 49203831
Alignment:
Q  10 ttcacctttcatcttagcttctgacacatcaaccctagcttgattcgctgcttccatttgcgtcttttgccctaaataggagaaatattcatgaccaggc 109  Q
    |||||||||||||||||| |||| ||| ||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||| | ||| |||||||| ||||||||||||    
T  49203326 ttcacctttcatcttagcctctgccacgtcaaccctagcttgattcgctgcctccatctgcgtcttttgccccagatatgagaaatactcatgaccaggc 49203425  T
Q  110 acatccaccaattgcttaacattcgcattgtaaatcaataacccaaattggtttagttcgagttgaactttcttgaatacttcttgtttaaactcttttg 209  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| || ||||| || |  || ||||||||||| | ||||| |||||||||||||| ||| |    
T  49203426 acatccaccaattgcttaacatttgcattgtaaatcaataatccgaattgattcaactcaagttgaactttgtcgaata-ttcttgtttaaactgtttcg 49203524  T
Q  210 ttcctctgaaaatctcttccatggtcatcgaagcagcgaggacacgtgtctcaccttcgatgattccttgaacgagttccttaacgtgattcgagagttt 309  Q
    |||||||||||| ||| ||||||||||| |||||||| || |||||||| || ||||| |||||||||||||| ||||| ||||| ||||| ||||||      
T  49203525 ttcctctgaaaacctcctccatggtcatggaagcagccagtacacgtgtttccccttcaatgattccttgaacaagttcattaacatgattggagagtcg 49203624  T
Q  310 atcatgaggggaaatcagtttagcgtatttgaggaggctttcctgatcgtcaacacgaggaccaattgtgaagacagcgggaagaacgaaaggcagtttt 409  Q
    |||||| || ||||| ||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| || || || ||||| ||||| |||||     
T  49203625 atcatgtggtgaaataagtttggcgtatttgagaaggctttcctgatcgtcaacacgaggaccaatagtgaaaacggcagggagaacaaaaggaagtttc 49203724  T
Q  410 tcggcactcatggcttgaacttcgaaggtgtagttcactggagagaggtcgaaaacggtgcaagattgaccagggaaaatccatgatttctttgcaagtt 509  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||||||| || || |||||||| || |||| ||| || ||||| || | |||||||| ||||||||||||||    
T  49203725 tcggcactcatagcttgaacttcgaaggtgtagtttaccggtgagaggtccaagacggagcaggactgaccgggaataatccatgctttctttgcaagtt 49203824  T
Q  510 tgatgtc 516  Q
    | |||||    
T  49203825 ttatgtc 49203831  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 115; E-Value: 4e-58
Query Start/End: Original strand, 116 - 330
Target Start/End: Complemental strand, 29623081 - 29622867
Alignment:
Q  116 accaattgcttaacattcgcattgtaaatcaataacccaaattggtttagttcgagttgaactttcttgaatacttcttgtttaaactcttttgttcctc 215  Q
    |||||||| || |||||| ||||||||||||||||| | ||||| || |||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  29623081 accaattgtttgacattcacattgtaaatcaataactcgaattgattcagtttgtgttgaactttcttgaatacttcttgtttaaactcttctgttcctc 29622982  T
Q  216 tgaaaatctcttccatggtcatcgaagcagcgaggacacgtgtctcaccttcgatgattccttgaacgagttccttaacgtgattcgagagtttatcatg 315  Q
    | |||| ||||||||| ||||| ||||| ||||||||| ||||||||||||||||| |||| ||||| ||||| || |||||||| ||||||||||| ||    
T  29622981 taaaaacctcttccatagtcatggaagctgcgaggacatgtgtctcaccttcgatgtttccctgaacaagttcattgacgtgatttgagagtttatcgtg 29622882  T
Q  316 aggggaaatcagttt 330  Q
     |||||||| |||||    
T  29622881 tggggaaattagttt 29622867  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000002
Query Start/End: Original strand, 416 - 503
Target Start/End: Complemental strand, 29622814 - 29622725
Alignment:
Q  416 ctcatggcttgaacttcgaaggtgtagttcactg--gagagaggtcgaaaacggtgcaagattgaccagggaa-aatccatgatttctttg 503  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||| |  ||||||||||||| |||||||| ||||| || ||||| ||| |||||||||||||    
T  29622814 ctcattgcttgaacttcgaaggtgtagttcaccggtgagagaggtcgaagacggtgcaggattg-cctgggaagaattcatgatttctttg 29622725  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 256; Significance: 1e-142; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 256; E-Value: 1e-142
Query Start/End: Original strand, 5 - 516
Target Start/End: Original strand, 26756862 - 26757372
Alignment:
Q  5 ccaacttcacctttcatcttagcttctgacacatcaaccctagcttgattcgctgcttccatttgcgtcttttgccctaaataggagaaatattcatgac 104  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||  ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| || |||||||| || ||||    
T  26756862 ccaacttcacctttcatcttagcttctgccacgtcaactttagcttgattcgctgcttccatttgtgtcttttgccctaagtaagagaaatactcgtgac 26756961  T
Q  105 caggcacatccaccaattgcttaacattcgcattgtaaatcaataacccaaattggtttagttcgagttgaactttcttgaatacttcttgtttaaactc 204  Q
    | || ||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| || |  || ||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||    
T  26756962 ctggaacatctaccaattgcttaacattcacattgtaaatcaataacccgaactaattcagttcgagttgaactttcttgaatacttcttttataaactc 26757061  T
Q  205 ttttgttcctctgaaaatctcttccatggtcatcgaagcagcgaggacacgtgtctcaccttcgatgattccttgaacgagttccttaacgtgattcgag 304  Q
    ||||||||||||||| | ||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||| ||||| ||||||||||| |||    
T  26757062 ttttgttcctctgaagacctcttccatagtcatggaagcagcgaggacacgtgtctcgctttcgatgattccttgaacaagttcattaacgtgattggag 26757161  T
Q  305 agtttatcatgaggggaaatcagtttagcgtatttgaggaggctttcctgatcgtcaacacgaggaccaattgtgaagacagcgggaagaacgaaaggca 404  Q
     || |||||||  | ||||| ||||| ||||||||||| |||||||| |||||||| ||||||||||| || ||||| |||||||| |||||||| || |    
T  26757162 tgtctatcatgctgtgaaattagtttggcgtatttgagaaggctttcatgatcgtccacacgaggacctatagtgaacacagcggggagaacgaatggga 26757261  T
Q  405 gtttttcggcactcatggcttgaacttcgaaggtgtagttcactggagagaggtcgaaaacggtgcaagattgaccagggaaaatccatgatttctttgc 504  Q
    ||||||| |||||||| |||||||||| |||||||||||| ||||| |||| || ||||||| || | |||| ||| || | |||||||| ||| ||| |    
T  26757262 gtttttcagcactcattgcttgaactttgaaggtgtagtttactggtgaga-gttgaaaacgctgtacgatttaccgggaagaatccatgctttgtttac 26757360  T
Q  505 aagtttgatgtc 516  Q
     |||||||||||    
T  26757361 gagtttgatgtc 26757372  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University