View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF8984_low_6 (Length: 701)

Name: NF8984_low_6
Description: NF8984
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF8984_low_6
NF8984_low_6
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (18-697)||(51551642-51552321)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 672; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 672; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 697
Target Start/End: Complemental strand, 51552321 - 51551642
Alignment:
Q  18 acttcccctaaaaaactgttcttgtaaagttgaatagtggtaacagaaccacatttatcaaacgattttggcaagtttccactgagattatttgaaaaag 117  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  51552321 acttcccctaaaaaactgttcttgtaaagttgaatagtggtaacagaaccacatttatcaaacgattttggcaagtttccactgagattatttgaaaaag 51552222  T
Q  118 caatcacacccaacaaagcaccaccattacataaatgttctggcaacccaccaactagttgattttcagaaacttcaaaagccacaagctttgaatacct 217  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  51552221 caatcacacccaacaaagcaccaccattacataaatgttctggcaacccaccaactagttgattttcagaaacttcaaaagccacaagctttgaatacct 51552122  T
Q  218 tcctaattctgaaggcaaggttccattcagcttattatcaaaaaccctaaaattcctcaaatttggaattaaccctaaacttctaggaatctcaccagat 317  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  51552121 tcctaattctgaaggcaaggttccattcagcttattatcaaaaaccctaaaattcctcaaatttggaattaaccctaaacttctaggaatctcaccagat 51552022  T
Q  318 aactgatttgaatataagtgcagaaacatcaaattctgcaacttaccaaattcttctggtatagcaccagttaaattgttcattgccaagtctatatgtg 417  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  51552021 aactgatttgaatataagtgcagaaacatcaaattctgcaacttaccaaattcttctggtatagcaccagttaaattgttcattgccaagtctatatgtg 51551922  T
Q  418 tcaaattcaaagactgaaccgaattaggtatcacaccaaataacctattacggaaaaggaacaaggaatttaagttcttcagcgataacaagtttgtagg 517  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  51551921 tcaaattcaaagcctgaaccgaattaggtatcacaccaaataacctattacggaaaaggaacaaggaatttaagttcttcagcgataacaagtttgtagg 51551822  T
Q  518 tatatttcctgttaaattgttcattgataaatccaactgttcgagattcgtgagattctcgaaactttctggaatgtttccgatcaagttacactgtgaa 617  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  51551821 tatatttcctgttaaattgttcattgataaatccaactgttcgagattcgtgagattctcgaaactttctggaatgtttccgatcaagttacactgtgaa 51551722  T
Q  618 atccacatgaatttcaagctcttcaaatttccaaattcaatcggaatcgccattggtttgagcctatagttataagctaa 697  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  51551721 atccacatgaatttcaagctcttcaaatttccaaattcaatcggaatctccattggtttgagcctatagttataagctaa 51551642  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University