View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF8985_high_6 (Length: 708)

Name: NF8985_high_6
Description: NF8985
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF8985_high_6
NF8985_high_6
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (19-688)||(44559611-44560280)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 642; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 642; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 19 - 688
Target Start/End: Complemental strand, 44560280 - 44559611
Alignment:
Q  19 gttaaactgctaacagaaagaggagaaaaaagaccagctcgttgagaaatagtaatgggagattatattgaagatgatacggagctaaaggatacgatga 118  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  44560280 gttaaactgctaacagaaagaggagaaaaaagaccagctcgttgagaaatagtaatgggagattatattgaagatgatacggagctaaaggatacggtga 44560181  T
Q  119 ctaacttctataaagatagtttactgagagtagagatgatgataatgttgtgtttgaaggaaataggtttcgaaaaccaagtccctttgattggtagagc 218  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44560180 ctaacttctataaagatagtttactgagagtagagatgatgataatgttgtgtttgaaggaaataggtttcgaaaaccaagtccctttgattggtagagc 44560081  T
Q  219 tccgcgctagagtgactacgataatttgattgataaagtaaagtccaaactttcgggttagaaggctaagagtttccttggccccggtagaagccttcat 318  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44560080 tccgcgctagagtgactacggtaatttgattgataaagtaaagtcgaaactttcgggttagaaggctaagagtttccttggccccggtagaagccttcat 44559981  T
Q  319 acaatgagtagtgcttgcttaatgaagatgggttaggagatgaacgagggtaaggttatcttgtggtgcagtgttttgaagggaaaatatagccgaggga 418  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44559980 acaatgagtagtgcttgcttaatgaagatgggttaggagatgaacgagggtaaggttatcttgtggtgcagtgttttgaagggaaaatatagccgaggga 44559881  T
Q  419 tacttgaggagaggcattgttgctaaaccctcagattatttatttgcaaagtaatggttagcacttggactagtattagtcattctgagtcggtgatgtg 518  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44559880 tacttgaggagaggcattgttgctaaaccctcagattatttatttgcaaagtaatggttagcacttggactagtattagtcattctgagtcggtgatgtg 44559781  T
Q  519 cgatcagttaatgtctggagaaaacaaatcacaaatgacaggtggcaacattattttagctgattgcatggtgcaagttcacgatgacattagaaaatgg 618  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  44559780 cgatcagttaatgtttggagaaaacaaatcacaaatgacaggtggcaacattattttagctgattgcatggtgcaagttcacgatgacatgagaaaatgg 44559681  T
Q  619 ataatctctgatttggtcggtatggagatggcaattggaaggtgaatattttgatggtgtagatgtgaga 688  Q
    ||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44559680 atagtctctgatttggtcgatatggagatggcaattggaaggtgaatattttgatggtgtagatgtgaga 44559611  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University