View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF8986_high_19 (Length: 469)

Name: NF8986_high_19
Description: NF8986
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF8986_high_19
NF8986_high_19
[»] scaffold0003 (1 HSPs)
scaffold0003 (1-469)||(221604-222073)
[»] chr7 (6 HSPs)
chr7 (43-468)||(20694904-20695330)
chr7 (43-468)||(20700382-20700808)
chr7 (45-465)||(47556199-47556620)
chr7 (45-416)||(22862687-22863059)
chr7 (56-405)||(12124506-12124856)
chr7 (172-405)||(591148-591382)
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (45-465)||(10798572-10798993)
[»] chr4 (2 HSPs)
chr4 (47-416)||(17823722-17824092)
chr4 (170-405)||(15646118-15646354)
[»] chr3 (4 HSPs)
chr3 (56-405)||(17150762-17151112)
chr3 (171-416)||(23824603-23824849)
chr3 (153-405)||(3517702-3517955)
chr3 (30-91)||(23824473-23824534)
[»] scaffold0032 (2 HSPs)
scaffold0032 (48-416)||(49921-50290)
scaffold0032 (48-100)||(52936-52988)
[»] chr6 (3 HSPs)
chr6 (237-405)||(2897306-2897475)
chr6 (61-316)||(5388566-5388821)
chr6 (56-405)||(18292348-18292698)
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (170-405)||(21967628-21967864)


Alignment Details
Target: scaffold0003 (Bit Score: 394; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: scaffold0003
Description:

Target: scaffold0003; HSP #1
Raw Score: 394; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 469
Target Start/End: Complemental strand, 222073 - 221604
Alignment:
Q  1 actgattaaaaggaacatattctgcagataaggaattgtctactcgacctcttcgttcttcactagaccgaacaacattaaaatcaccaagaacacacca 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  222073 actgattaaaaggaacatattctgcagataaggaattgtctactcgacctcttcgttcttcactagaccgaacgacattaaaatcaccaagaacacacca 221974  T
Q  101 cacaacttccccatgtaactgaatcaaattagtcaaagcaccccacaaagcatggcgaccactactatcgcaaggaccataaatatttgccaaacaaaac 200  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  221973 cacagcttccccatgtaactgaatcaaattagtcaaagcaccccacaaaacctggcgaccactactatcgcaaggagcataaatatttgccaaacaaaac 221874  T
Q  201 acttcattactttttatgaacttcccttaaacaatcaaacaattagcaatatttactgataaccagacatccaccacactaggatcccacacagtgataa 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||  ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  221873 acttcattactttttatgaacttccctttcacaataaaacaattagcaatatttactgataaccagacatccaccacactaggatcccacacagtgataa 221774  T
Q  301 tacctccagaggcaccaacataaggtttataagaaaaggccaacggctca-gctcccacaacgatcaacacaagaactcatcaaccacctccaacttcga 399  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||  | |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  221773 tacctccagaggcaccaacagaaggtttataagaaaaggccaacggatcatccccccacaacgatcgacacaagaactcatcaaccacctccaacttcga 221674  T
Q  400 ttcttgaatacacaacatcattggcttccttactgacaccaatttccgaacatccctcctcttctctgct 469  Q
    || |||||||||||||||||| ||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  221673 ttattgaatacacaacatcatcggcttcctttctaacaccaatttccgaacatccctcctcttctctgct 221604  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 123; Significance: 5e-63; HSPs: 6)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 123; E-Value: 5e-63
Query Start/End: Original strand, 43 - 468
Target Start/End: Complemental strand, 20695330 - 20694904
Alignment:
Q  43 ctcgacctcttcgttcttcactagaccgaacaacattaaaatcaccaagaacacaccacacaacttccccatgtaactgaatcaaattagtcaaagcacc 142  Q
    |||| ||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||  || ||||  |||||| ||||||||||||||  ||  || |    
T  20695330 ctcgccctcttctttcttcactagaccgaacgacattaaaatcaccaagaatacaccaagcagcttcatcatgtacctgaatcaaattagataacacatc 20695231  T
Q  143 ccacaaagcatggcgaccactactatcgcaaggaccataaatatttgccaaacaaaacacttcattactttttatgaacttcccttaaacaatcaaacaa 242  Q
    ||||||| | || || || ||| | || |||||  ||||  |||| ||||||||||||| |||| || |||||| |||| |||||| |||||||||||||    
T  20695230 ccacaaatcttgccgccccctattgtcacaaggggcataggtattagccaaacaaaacaattcactattttttaagaacctccctttaacaatcaaacaa 20695131  T
Q  243 ttagcaatatttactgataaccagacatccaccacactaggatcccacacagtgataatacctccagaggcaccaacataaggtttataagaaaaggcca 342  Q
    ||| ||||||| || |  | ||| ||||||| ||||||||  |||||||| || |||||||| ||||| ||||||||  |||||||| ||||||| ||||    
T  20695130 ttaacaatattcaccgtcacccaaacatccaacacactagagtcccacactgtaataataccaccagacgcaccaactgaaggtttaaaagaaaaagcca 20695031  T
Q  343 acggctcagct-cccacaacgatcaacacaagaactcatcaaccacctccaacttcgattcttgaatacacaacatcattggcttccttactgacaccaa 441  Q
     |||  ||| | |||||||||| | ||| |||| ||||   |||||||||||||| ||||||||||||||||||| | ||||||||||  || ||||||     
T  20695030 tcggaccagatccccacaacgaacgacataagacctcactcaccacctccaacttagattcttgaatacacaacaccgttggcttcctctctaacaccag 20694931  T
Q  442 tttccgaacatccctcctcttctctgc 468  Q
    | ||| ||| |||||| ||||||||||    
T  20694930 tctcctaacctccctcttcttctctgc 20694904  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 123; E-Value: 5e-63
Query Start/End: Original strand, 43 - 468
Target Start/End: Complemental strand, 20700808 - 20700382
Alignment:
Q  43 ctcgacctcttcgttcttcactagaccgaacaacattaaaatcaccaagaacacaccacacaacttccccatgtaactgaatcaaattagtcaaagcacc 142  Q
    |||| ||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||  || ||||  |||||| ||||||||||||||  ||  || |    
T  20700808 ctcgccctcttctttcttcactagaccgaacgacattaaaatcaccaagaatacaccaagcagcttcatcatgtacctgaatcaaattagataacacatc 20700709  T
Q  143 ccacaaagcatggcgaccactactatcgcaaggaccataaatatttgccaaacaaaacacttcattactttttatgaacttcccttaaacaatcaaacaa 242  Q
    ||||||| | || || || ||| | || |||||  ||||  |||| ||||||||||||| |||| || |||||| |||| |||||| |||||||||||||    
T  20700708 ccacaaatcttgccgccccctattgtcacaaggggcataggtattagccaaacaaaacaattcactattttttaagaacctccctttaacaatcaaacaa 20700609  T
Q  243 ttagcaatatttactgataaccagacatccaccacactaggatcccacacagtgataatacctccagaggcaccaacataaggtttataagaaaaggcca 342  Q
    ||| ||||||| || |  | ||| ||||||| ||||||||  |||||||| || |||||||| ||||| ||||||||  |||||||| ||||||| ||||    
T  20700608 ttaacaatattcaccgtcacccaaacatccaacacactagagtcccacactgtaataataccaccagacgcaccaactgaaggtttaaaagaaaaagcca 20700509  T
Q  343 acggctcagct-cccacaacgatcaacacaagaactcatcaaccacctccaacttcgattcttgaatacacaacatcattggcttccttactgacaccaa 441  Q
     |||  ||| | |||||||||| | ||| |||| ||||   |||||||||||||| ||||||||||||||||||| | ||||||||||  || ||||||     
T  20700508 tcggaccagatccccacaacgaacgacataagacctcactcaccacctccaacttagattcttgaatacacaacaccgttggcttcctctctaacaccag 20700409  T
Q  442 tttccgaacatccctcctcttctctgc 468  Q
    | ||| ||| |||||| ||||||||||    
T  20700408 tctcctaacctccctcttcttctctgc 20700382  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 114; E-Value: 1e-57
Query Start/End: Original strand, 45 - 465
Target Start/End: Original strand, 47556199 - 47556620
Alignment:
Q  45 cgacctcttcgttcttcactagaccgaacaacattaaaatcaccaagaacacaccacacaacttccccatgtaactgaatcaaattagtcaaagcacccc 144  Q
    |||||||||| |||  ||||||| |||||| ||||||| ||||||||||||||||||||  |||||||||||||  ||| |||||||| ||||| | |||    
T  47556199 cgacctcttctttcagcactagaacgaacatcattaaagtcaccaagaacacaccacaccgcttccccatgtaaaggaaacaaattagacaaagaatccc 47556298  T
Q  145 acaaagcatggcgaccactactatcgcaaggaccataaatatttgccaaacaaaacacttcattactttttatgaacttcccttaaacaatcaaacaatt 244  Q
    ||||  | || || || |||||||| |||||| |||||||||| |||||||| ||||| |||||| ||  ||  ||    |||| |||||||||||||||    
T  47556299 acaacacctgtcgccccctactatcacaaggagcataaatattcgccaaacagaacacctcattatttgctacaaaggagcctttaacaatcaaacaatt 47556398  T
Q  245 agcaatatttactgataaccagacatccaccacactaggatcccacacagtgataatacctccagaggcaccaacataaggtttataagaaaaggccaac 344  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||| ||||  |||||||||||  ||||||||||||||||| ||||| ||  ||| |||| | ||| | |||| |    
T  47556399 agcaatatttactgacaaccagacatccaacacagaaggatcccacaacgtgataatacctccagaagcaccgactgaagctttaaaggaataagccatc 47556498  T
Q  345 ggctcag-ctcccacaacgatcaacacaagaactcatcaaccacctccaacttcgattcttgaatacacaacatcattggcttccttactgacaccaatt 443  Q
       |||| | |||| || || | |||||| |||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||| |||| |   || || ||  ||||||||||      
T  47556499 aaatcagccccccataaggaacgacacaaaaactcatccaccacctccaacttcgactcttgaatacataacaccgccggttttctctctgacaccaacc 47556598  T
Q  444 tccgaacatccctcctcttctc 465  Q
    ||||||  ||||||||||||||    
T  47556599 tccgaatctccctcctcttctc 47556620  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 105; E-Value: 3e-52
Query Start/End: Original strand, 45 - 416
Target Start/End: Complemental strand, 22863059 - 22862687
Alignment:
Q  45 cgacctcttcgttcttcactagaccgaacaacattaaaatcaccaagaacacaccacacaacttccccatgtaactgaatcaaattagtcaaagcacccc 144  Q
    |||||||||| |||  ||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||  |  |||||||||||||  ||| |||||||| ||||| | |||    
T  22863059 cgacctcttctttcagcactagaacgaacaccattaaaatcaccaagaacacaccaagccgcttccccatgtaaaggaaacaaattagacaaagaatccc 22862960  T
Q  145 acaaagcatggcgaccactactatcgcaaggaccataaatatttgccaaacaaaacacttcattactttttatgaacttcccttaaacaatcaaacaatt 244  Q
    ||||  | || || || |||||||| |||| | |||||||||| |||||||| ||||| |||||| || |||  ||    |||| |||||||||||||||    
T  22862959 acaacacctgtcgccccctactatcacaagaagcataaatattcgccaaacagaacacctcattatttgttacaaaggagcctttaacaatcaaacaatt 22862860  T
Q  245 agcaatatttactgataaccagacatccaccacactaggatcccacacagtgataatacctccagaggcaccaacataaggtttataagaaaaggccaac 344  Q
    | ||||||||||||| ||||||||||||| ||||  |||||||||||| || |||||||||||||| ||||| ||  ||| |||| | ||| | |||| |    
T  22862859 atcaatatttactgacaaccagacatccaacacagaaggatcccacaccgtaataatacctccagaagcaccgactgaagctttaaaggaataagccatc 22862760  T
Q  345 ggctcag-ctcccacaacgatcaacacaagaactcatcaaccacctccaacttcgattcttgaatacacaaca 416  Q
       |||| | |||| || || | |||||| |||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||| ||||    
T  22862759 aaatcagccccccataaggagcgacacaaaaactcatccaccacctccaacttcgactcttgaatacataaca 22862687  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 51; E-Value: 5e-20
Query Start/End: Original strand, 56 - 405
Target Start/End: Original strand, 12124506 - 12124856
Alignment:
Q  56 ttcttcactagaccgaacaacattaaaatcaccaagaacacaccacacaacttccccatgtaactgaatcaaattagtcaaagcaccccacaaagcatgg 155  Q
    |||||||||||| || |||||||| || |||||||| ||||||||  | || || ||||| | |   | ||||||||  | |||  ||||||||   |||    
T  12124506 ttcttcactagaacgcacaacattgaagtcaccaagcacacaccaagctacatctccatgaaccaagaacaaattagagatagcttcccacaaaagctgg 12124605  T
Q  156 cgaccactactatcgcaaggaccataaatatttgccaaacaaaacacttcattactttttatgaacttcccttaaacaatcaaacaattagcaatattta 255  Q
    || || ||| ||| ||||||| ||||||||||| |||||||||||| ||||||| |||| || |||  ||| |  |  ||||||||||| | ||| ||||    
T  12124606 cgccccctattattgcaaggagcataaatatttaccaaacaaaacatttcattatttttaataaacgaccccttgatcatcaaacaatttgtaatgttta 12124705  T
Q  256 ctgataaccagacatccaccacactaggatcccacacagtgataatacctccagaggcaccaacataaggtttataagaaaaggccaacggctc-agctc 354  Q
    | |  | ||| ||||||| |||||||||||||||||| || ||||| || ||||| ||||||||  ||| |||| ||||||| || |  || || ||| |    
T  12124706 ccgtcatccaaacatccaacacactaggatcccacaccgtaataatgccaccagacgcaccaactgaagatttaaaagaaaaagcaatgggatcaagccc 12124805  T
Q  355 ccacaacgatcaacacaagaactcatcaaccacctccaacttcgattcttg 405  Q
    ||| |  || | ||||||| ||||||||||||| ||||| |||||||||||    
T  12124806 ccaaatagaacgacacaagtactcatcaaccacttccaatttcgattcttg 12124856  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 47; E-Value: 1e-17
Query Start/End: Original strand, 172 - 405
Target Start/End: Original strand, 591148 - 591382
Alignment:
Q  172 aaggaccataaatatttgccaaacaaaacacttcattactttttatgaacttcccttaaacaatcaaacaattagcaatatttactgataaccagacatc 271  Q
    ||||| ||||||| ||||||||||||||||  |||||  ||||||  |||  ||| |  |  ||||| ||||| ||||||||||| |  | ||| |||||    
T  591148 aaggagcataaatgtttgccaaacaaaacatgtcattgttttttaaaaacgacccctttatcatcaagcaatttgcaatatttacagtcatccaaacatc 591247  T
Q  272 caccacactaggatcccacacagtgataatacctccagaggcaccaacataaggtttataagaaaaggccaacggctcagct-cccacaacgatcaacac 370  Q
    || |||||||||||||||||| || |||||||| ||||| ||||||||  ||| |||| ||||||| ||||  ||   || | |||| |  || | ||||    
T  591248 cagcacactaggatcccacaccgtaataataccaccagacgcaccaactgaagatttaaaagaaaaagccataggagtaggtccccatatagaacgacac 591347  T
Q  371 aagaactcatcaaccacctccaacttcgattcttg 405  Q
    || ||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  591348 aaaaactcatcaaccacctccaacttcgtttcttg 591382  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 102; Significance: 2e-50; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 102; E-Value: 2e-50
Query Start/End: Original strand, 45 - 465
Target Start/End: Complemental strand, 10798993 - 10798572
Alignment:
Q  45 cgacctcttcgttcttcactagaccgaacaacattaaaatcaccaagaacacaccacacaacttccccatgtaactgaatcaaattagtcaaagcacccc 144  Q
    |||||||||| |||  ||||||| |||||| ||||||| |||||||||||||||||  |  |||||||||||||  ||| |||||||| ||||| | |||    
T  10798993 cgacctcttctttcagcactagaacgaacatcattaaagtcaccaagaacacaccaagccgcttccccatgtaaaggaaacaaattagacaaagaatccc 10798894  T
Q  145 acaaagcatggcgaccactactatcgcaaggaccataaatatttgccaaacaaaacacttcattactttttatgaacttcccttaaacaatcaaacaatt 244  Q
    ||||  | || || || |||||||| |||||| |||||||||| |||||||  ||||| |||||| ||  ||  ||    |||| |||||||||||||||    
T  10798893 acaacacttgtcgccccctactatcacaaggagcataaatattcgccaaactgaacacctcattatttgctacaaaggagcctttaacaatcaaacaatt 10798794  T
Q  245 agcaatatttactgataaccagacatccaccacactaggatcccacacagtgataatacctccagaggcaccaacataaggtttataagaaaaggccaac 344  Q
    | ||||||||||||| ||||||||||||| ||||  |||||||||||| ||||||||||||||||| ||||| ||  ||| |||| | ||| | |||| |    
T  10798793 atcaatatttactgacaaccagacatccaacacagaaggatcccacaccgtgataatacctccagaagcaccgactgaagctttaaaggaataagccatc 10798694  T
Q  345 ggctcag-ctcccacaacgatcaacacaagaactcatcaaccacctccaacttcgattcttgaatacacaacatcattggcttccttactgacaccaatt 443  Q
       |||| | |||| || || | |||||| |||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||| |||| |   || || ||  ||||||||||      
T  10798693 aaatcagccccccataaggaacgacacaaaaactcatccaccacctccaacttcgactcttgaatacataacaccgccggttttctctctgacaccaacc 10798594  T
Q  444 tccgaacatccctcctcttctc 465  Q
    ||||||  ||||||||||||||    
T  10798593 tccgaatctccctcctcttctc 10798572  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 83; Significance: 4e-39; HSPs: 2)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 83; E-Value: 4e-39
Query Start/End: Original strand, 47 - 416
Target Start/End: Complemental strand, 17824092 - 17823722
Alignment:
Q  47 acctcttcgttcttcactagaccgaacaacattaaaatcaccaagaacacaccacacaacttccccatgtaactgaatcaaattagtcaaagcaccccac 146  Q
    |||||||| |||||||||||| ||||| |||||||| |||||||| ||||||||  | || || || |||| | ||| ||||||||  |  ||| |||||    
T  17824092 acctcttctttcttcactagaacgaacgacattaaagtcaccaagcacacaccaagctacatcaccgtgtaccagaaacaaattagagaccgcatcccac 17823993  T
Q  147 aaagcatggcgaccactactatcgcaaggaccataaatatttgccaaacaaaacacttcattactttttatgaacttcccttaaacaatcaaacaattag 246  Q
    ||| | || || || ||| |||  |||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||| |||| |||| |  |  ||||| ||||| |    
T  17823992 aaaacctgacgtcccctattattacaaggagcataaatatttgccaaacaaaacatttcattattttttaagaacgtccccttgatcatcaagcaatttg 17823893  T
Q  247 caatatttactgataaccagacatccaccacactaggatcccacacagtgataatacctccagaggcaccaacataaggtttataagaaaaggccaacgg 346  Q
    |||| ||||| |  | ||| ||||||| |||||||||||||||||| || |||||||| ||||| ||  ||||  ||| |||| ||||||||||||  ||    
T  17823892 caatgtttacagtcatccaaacatccaacacactaggatcccacaccgtaataataccaccagatgcgtcaactgaagatttaaaagaaaaggccattgg 17823793  T
Q  347 ctcag-ctcccacaacgatcaacacaagaactcatcaaccacctccaacttcgattcttgaatacacaaca 416  Q
      ||| | |||| |  || | |||||| || ||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||    
T  17823792 agcagacccccatagagaacgacacaaaaattcatcaaccacctccaacttcgattcttgtatacataaca 17823722  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 49; E-Value: 8e-19
Query Start/End: Original strand, 170 - 405
Target Start/End: Complemental strand, 15646354 - 15646118
Alignment:
Q  170 gcaaggaccataaatatttgccaaacaaaacacttcattactttttatgaacttcccttaaacaatcaaacaattagcaatatttactgataaccagaca 269  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||| || |||  ||| | ||  ||||||||||  | || ||| || |  ||||| |||    
T  15646354 gcaaggagcataaatatttgccaaacaaaacacttcattatttttaataaacgaccccttaatcatcaaacaatgcgaaaaattaaccgtcaaccaaaca 15646255  T
Q  270 tccaccacactaggatcccacacagtgataatacctccagaggcaccaacataaggtttataagaaaaggccaacggctcag-ctcccacaacgatcaac 368  Q
    ||||| ||| ||||||||||||| || || ||||| ||||| ||||||||   || |||| ||||||| ||||  || |||| | |||| |  || | ||    
T  15646254 tccactacattaggatcccacaccgtaattataccaccagaagcaccaactgcagctttaaaagaaaaagccataggatcagacccccaaatagagcgac 15646155  T
Q  369 acaagaactcatcaaccacctccaacttcgattcttg 405  Q
    ||| |||||||||||||||  ||||||| ||||||||    
T  15646154 acacgaactcatcaaccactgccaactttgattcttg 15646118  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 79; Significance: 9e-37; HSPs: 4)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 79; E-Value: 9e-37
Query Start/End: Original strand, 56 - 405
Target Start/End: Complemental strand, 17151112 - 17150762
Alignment:
Q  56 ttcttcactagaccgaacaacattaaaatcaccaagaacacaccacacaacttccccatgtaactgaatcaaattagtcaaagcaccccacaaagcatgg 155  Q
    |||||||||||  |||||||||||||| |||||||| ||||||||  | || || ||||| | |   | ||||||||  | |||  ||||||||   ||     
T  17151112 ttcttcactagttcgaacaacattaaagtcaccaagcacacaccaagctacatcaccatgaaccaagaacaaattagagacagcttcccacaaactctga 17151013  T
Q  156 cgaccactactatcgcaaggaccataaatatttgccaaacaaaacacttcattactttttatgaacttcccttaaacaatcaaacaattagcaatattta 255  Q
    || || ||| ||| ||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||| |||| || |||  ||| |  |  ||||||||||| ||||| ||||    
T  17151012 cgccccctaatattgcaaggagcataaatatttaccaaacaaaacacttcattatttttaataaacaaccccttgatcatcaaacaatttgcaatgttta 17150913  T
Q  256 ctgataaccagacatccaccacactaggatcccacacagtgataatacctccagaggcaccaacataaggtttataagaaaaggccaacggctca-gctc 354  Q
    | |  ||||| ||||||| |||| ||||||||||||| || |||||||| ||||| | ||||||  |||||||| ||||||| ||||  || ||| || |    
T  17150912 ccgtcaaccaaacatccaacacattaggatcccacaccgtaataataccaccagatgtaccaactgaaggtttaaaagaaaaagccataggatcaggccc 17150813  T
Q  355 ccacaacgatcaacacaagaactcatcaaccacctccaacttcgattcttg 405  Q
    ||| |  |||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  17150812 ccaaatagatcgacacaagaactcatcaaccacttccaacttcgattcttg 17150762  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 67; E-Value: 1e-29
Query Start/End: Original strand, 171 - 416
Target Start/End: Original strand, 23824603 - 23824849
Alignment:
Q  171 caaggaccataaatatttgccaaacaaaacacttcattactttttatgaacttcccttaaacaatcaaacaattagcaatatttactgataaccagacat 270  Q
    |||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||| | ||||  ||| |||||| ||  ||||| ||||| ||||  ||||| |  | ||| ||||    
T  23824603 caaggagcatatatatttgccaaacaaaacacttcattattatttaaaaacgtccctttaatcatcaagcaatttgcaaagtttacagtcacccaaacat 23824702  T
Q  271 ccaccacactaggatcccacacagtgataatacctccagaggcaccaacataaggtttataagaaaaggccaacggctcag-ctcccacaacgatcaaca 369  Q
    ||| ||||||||| ||||||||||| |||||||| ||||| || |||||  ||| |||| ||||||||||||  || |||| | |||| |  || | |||    
T  23824703 ccaacacactagggtcccacacagtaataataccaccagaagcgccaactgaagatttaaaagaaaaggccattgggtcagacccccatagagaacgaca 23824802  T
Q  370 caagaactcatcaaccacctccaacttcgattcttgaatacacaaca 416  Q
    ||| || || |||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||    
T  23824803 caaaaattcgtcaaccacctccaacttcgattcttgtatacataaca 23824849  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 58; E-Value: 3e-24
Query Start/End: Original strand, 153 - 405
Target Start/End: Original strand, 3517702 - 3517955
Alignment:
Q  153 tggcgaccactactatcgcaaggaccataaatatttgccaaacaaaacacttcattactttttatgaacttcccttaaacaatcaaacaattagcaatat 252  Q
    ||||| || ||| ||| ||||||| ||||||||||| |||||||||||| ||||| | |||| || |||  ||| |  |  ||||||||||| |||||||    
T  3517702 tggcgccccctattattgcaaggagcataaatatttaccaaacaaaacatttcatgatttttaataaacgaccccttgattatcaaacaatttgcaatat 3517801  T
Q  253 ttactgataaccagacatccaccacactaggatcccacacagtgataatacctccagaggcaccaacataaggtttataagaaaaggccaacggctca-g 351  Q
    |||| |  ||||| ||||||| |||||||||||||||||| || ||||| || |||||  |||||||  ||| |||| ||||||| ||||  || ||| |    
T  3517802 ttaccgtcaaccaaacatccaacacactaggatcccacaccgtaataatgccaccagacacaccaactgaagatttaaaagaaaaagccatgggatcagg 3517901  T
Q  352 ctcccacaacgatcaacacaagaactcatcaaccacctccaacttcgattcttg 405  Q
    | |||| |  || | ||||||| ||||||||||||| ||||| |||||||||||    
T  3517902 cccccaaagagaacgacacaagtactcatcaaccacttccaatttcgattcttg 3517955  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 30 - 91
Target Start/End: Original strand, 23824473 - 23824534
Alignment:
Q  30 aaggaattgtctactcgacctcttcgttcttcactagaccgaacaacattaaaatcaccaag 91  Q
    |||||||| || || ||||||| || ||||||||| || |||||||||||||| ||||||||    
T  23824473 aaggaattatcaacacgacctcgtctttcttcacttgaacgaacaacattaaagtcaccaag 23824534  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0032 (Bit Score: 78; Significance: 4e-36; HSPs: 2)
Name: scaffold0032
Description:

Target: scaffold0032; HSP #1
Raw Score: 78; E-Value: 4e-36
Query Start/End: Original strand, 48 - 416
Target Start/End: Complemental strand, 50290 - 49921
Alignment:
Q  48 cctcttcgttcttcactagaccgaacaacattaaaatcaccaagaacacaccacacaacttccccatgtaactgaatcaaattagtcaaagcaccccaca 147  Q
    ||||||| |||||||||||| ||||| |||||||| || ||||| ||| ||||  | || || || |||||  | | ||||||||  | |||  ||||||    
T  50290 cctcttctttcttcactagaacgaacgacattaaagtcgccaagcacaaaccaagccacatcaccgtgtaatagtagcaaattagagacagcgtcccaca 50191  T
Q  148 aagcatggcgaccactactatcgcaaggaccataaatatttgccaaacaaaacacttcattactttttatgaacttcccttaaacaatcaaacaattagc 247  Q
     | | || || || ||| |||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||  |  ||||| ||||| ||    
T  50190 gaacctgtcgccccctattatcacaaggagcataaatatttgccaaacaaaacacttcattattttttatgaacgtccctttgattatcaagcaatttgc 50091  T
Q  248 aatatttactgataaccagacatccaccacactaggatcccacacagtgataatacctccagaggcaccaacataaggtttataagaaaaggccaacggc 347  Q
    ||| ||||| |  | ||| |||| || ||||||||||||||| || || ||||| || ||||| ||||||||  ||| |||| || ||||| |||  ||     
T  50090 aatgtttacagtcatccaaacattcaacacactaggatcccataccgtaataatgccaccagacgcaccaactgaagatttaaaataaaagcccattgga 49991  T
Q  348 tcag-ctcccacaacgatcaacacaagaactcatcaaccacctccaacttcgattcttgaatacacaaca 416  Q
     ||| | |||||   || | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||    
T  49990 gcagacccccactgagagcgacacaagaactcatcaaccacctccaacttcgattcttgtatacataaca 49921  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0032; HSP #2
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000003
Query Start/End: Original strand, 48 - 100
Target Start/End: Complemental strand, 52988 - 52936
Alignment:
Q  48 cctcttcgttcttcactagaccgaacaacattaaaatcaccaagaacacacca 100  Q
    ||||||| |||||||||||| ||||| |||||||| |||||||| ||||||||    
T  52988 cctcttctttcttcactagaacgaacgacattaaagtcaccaagcacacacca 52936  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 66; Significance: 5e-29; HSPs: 3)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 66; E-Value: 5e-29
Query Start/End: Original strand, 237 - 405
Target Start/End: Original strand, 2897306 - 2897475
Alignment:
Q  237 aaacaattagcaatatttactgataaccagacatccaccacactaggatcccacacagtgataatacctccagaggcaccaacataaggtttataagaaa 336  Q
    |||||||| ||||||||||| |  ||||| |||||||  |||||||||||||||||||| |||||||| || || ||||||||| |||||||| ||||||    
T  2897306 aaacaatttgcaatatttaccgtcaaccaaacatccaaaacactaggatcccacacagtaataataccacctgacgcaccaacagaaggtttaaaagaaa 2897405  T
Q  337 aggccaacggctca-gctcccacaacgatcaacacaagaactcatcaaccacctccaacttcgattcttg 405  Q
    ||||||  || ||| || |||| |  |||| ||||||| ||||||||||||| |||| ||||||||||||    
T  2897406 aggccatgggatcaggcccccaaatagatcgacacaagtactcatcaaccacttccaccttcgattcttg 2897475  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 60; E-Value: 2e-25
Query Start/End: Original strand, 61 - 316
Target Start/End: Complemental strand, 5388821 - 5388566
Alignment:
Q  61 cactagaccgaacaacattaaaatcaccaagaacacaccacacaacttccccatgtaactgaatcaaattagtcaaagcaccccacaaagcatggcgacc 160  Q
    ||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||  |  |||| ||||||||  ||| |||||||| ||||| | |||||||  | ||  | ||    
T  5388821 cactagaacgaacatcattaaaatcaccaagaacacaccaagccgcttctccatgtaatggaaacaaattagacaaagaatcccacaacacctgatgccc 5388722  T
Q  161 actactatcgcaaggaccataaatatttgccaaacaaaacacttcattactttttatgaacttcccttaaacaatcaaacaattagcaatatttactgat 260  Q
     ||||| || |||||| |||||| ||| |||||||| ||||| |||||| ||   |  ||    |||| |||||||||||||||| ||||||| |||||     
T  5388721 cctactgtcacaaggagcataaacattcgccaaacagaacacctcattatttgcaacaaaagaacctttaacaatcaaacaattatcaatattaactgac 5388622  T
Q  261 aaccagacatccaccacactaggatcccacacagtgataatacctccagaggcacc 316  Q
    ||||||||||||| ||||  |||||||||||  || ||||||||||| || |||||    
T  5388621 aaccagacatccaacacagaaggatcccacatcgtaataatacctcccgaagcacc 5388566  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 47; E-Value: 1e-17
Query Start/End: Original strand, 56 - 405
Target Start/End: Complemental strand, 18292698 - 18292348
Alignment:
Q  56 ttcttcactagaccgaacaacattaaaatcaccaagaacacaccacacaacttccccatgtaactgaatcaaattagtcaaagcaccccacaaagcatgg 155  Q
    |||||||||||| || |||||||| || |||||||| ||||||||  | || || ||||| | |   | ||||||||  | |||  ||||||||   |||    
T  18292698 ttcttcactagaacgcacaacattgaagtcaccaagcacacaccaagctacatcaccatgaaccaagaacaaattagagatagcttcccacaaaatctgg 18292599  T
Q  156 cgaccactactatcgcaaggaccataaatatttgccaaacaaaacacttcattactttttatgaacttcccttaaacaatcaaacaattagcaatattta 255  Q
    || || ||| ||| ||||||| ||||||||||| |||||||||||| ||||| | |||| || |||  ||| |  |  ||||||||||| ||||| ||||    
T  18292598 cgccccctattattgcaaggagcataaatatttaccaaacaaaacatttcatgatttttaataaacgaccccttgatcatcaaacaatttgcaatgttta 18292499  T
Q  256 ctgataaccagacatccaccacactaggatcccacacagtgataatacctccagaggcaccaacataaggtttataagaaaaggccaacggctca-gctc 354  Q
    | |  | ||| ||||||| |||||||||||||||||| || ||||| || ||||| ||||||||  ||| |||| || |||| ||||  || ||| || |    
T  18292498 ccgtcatccaaacatccaacacactaggatcccacaccgtaataatgccaccagacgcaccaactgaagatttaaaataaaaagccatgggatcaggccc 18292399  T
Q  355 ccacaacgatcaacacaagaactcatcaaccacctccaacttcgattcttg 405  Q
    ||| |  || | ||| ||| ||||||||||||| ||||| |||||||||||    
T  18292398 ccaaatagaacgacagaagtactcatcaaccacttccaatttcgattcttg 18292348  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 57; Significance: 1e-23; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 57; E-Value: 1e-23
Query Start/End: Original strand, 170 - 405
Target Start/End: Original strand, 21967628 - 21967864
Alignment:
Q  170 gcaaggaccataaatatttgccaaacaaaacacttcattactttttatgaacttcccttaaacaatcaaacaattagcaatatttactgataaccagaca 269  Q
    ||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||| | || || |||  ||| | ||  ||||||||||  | |||||| || |  ||||| |||    
T  21967628 gcaaggagcataaatatttaccaaacaaaacacttcattattattaataaacgaccccttaatcatcaaacaatgtgaaatattaaccgtcaaccaaaca 21967727  T
Q  270 tccaccacactaggatcccacacagtgataatacctccagaggcaccaacataaggtttataagaaaaggccaacggctcag-ctcccacaacgatcaac 368  Q
    ||||| ||| ||||||||||||| || |||||||| ||||||||||||||   || |||  ||||||| ||||  || |||| | |||| |  || | ||    
T  21967728 tccactacattaggatcccacaccgtaataataccaccagaggcaccaactgcagctttgaaagaaaaagccataggatcagacccccaaatagaacgac 21967827  T
Q  369 acaagaactcatcaaccacctccaacttcgattcttg 405  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||    
T  21967828 acaagaactcatcaaccacttccaactttgattcttg 21967864  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University