View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF8986_high_3 (Length: 827)

Name: NF8986_high_3
Description: NF8986
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF8986_high_3
NF8986_high_3
[»] chr4 (8 HSPs)
chr4 (20-793)||(7527767-7528540)
chr4 (4-804)||(7481632-7482432)
chr4 (20-783)||(7519717-7520480)
chr4 (20-783)||(7494050-7494813)
chr4 (4-793)||(7128717-7129506)
chr4 (4-804)||(7721980-7722780)
chr4 (11-574)||(7713922-7714486)
chr4 (57-405)||(7506351-7506699)
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (38-539)||(16750270-16750769)
[»] chr3 (3 HSPs)
chr3 (466-546)||(10126928-10127008)
chr3 (466-546)||(10363787-10363867)
chr3 (466-546)||(10663526-10663606)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 514; Significance: 0; HSPs: 8)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 514; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 20 - 793
Target Start/End: Original strand, 7527767 - 7528540
Alignment:
Q  20 ccaacaaccatgaagttcaactatggctggaaaatctcaaagatgctcttgatgatgccgatgacttgctcgattacttcaacacggaagacctgaggcg 119  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  7527767 ccaacaaccatcaagttcaactatggctggaaaatctcaaagatgcttttgatgatgccgatgactttctcgattacttcaacacggaagaactgaggcg 7527866  T
Q  120 acaagtgatgagcaatcacaagaaagctaaaaaggttcgcatcttcttctcatcatccaaccaacttctcttttcttttaaaatggttcagaaaattaag 219  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||  |||||||||||||||||||||    
T  7527867 acaagtgatgaccaatcacaagaaagctaaaaaggtccgcatcttcttctcatcatccaaccagcttctcttttcttacaaaatggttcagaaaattaag 7527966  T
Q  220 gaactaagtaagagaattgaggaccttaatgctaataagagaagttttaattttacaaatcgcactcctgagcaacgagttttgaaacaacgagaaactc 319  Q
    ||||| |||||||||||||||| |||||||| | ||||||||   |||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||| | || |||||||||    
T  7527967 gaacttagtaagagaattgaggcccttaatgttgataagagagtctttaattttacaaatcgcgcacctgagcaacgagttttgagagaaagagaaactc 7528066  T
Q  320 actcctttattcgtgcagaagaagttattggaagagaggaggagaagaaagagttgatagagttgttgtttaacactagcaacaatgtgagagagaatgt 419  Q
    ||||||||||| |||||||||| |||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  7528067 actcctttattagtgcagaagatgttattggaagagatgaggaaaagaaagagttgatagagttgttgtttaacactagcaacaatgtgaaagagaatgt 7528166  T
Q  420 ttcagttatttctataattggaatcggaggactggggaagactgtgcttgctcaacttgtatacaatgacacaaaagtgcaacaacattttgagttgaaa 519  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||| || |||||||  ||||||||| |||||||||||||||  ||||||||| ||||||||||||| |||    
T  7528167 ttcagttatttctataattggaattggaggacttggaaagactgcacttgctcaatttgtatacaatgacaagaaagtgcaagaacattttgagtttaaa 7528266  T
Q  520 aaatgggtttgtgtttctgaagattttaatgtaagagttattgctgcaaagatcacaaaatctaaaactaatggtgagatagaggaaatgcaatccgaac 619  Q
    |||||||||||||||||||| |||||| |||||| || ||||||||||||||||| ||||||||| ||||  | |||||| || ||| ||||||  ||||    
T  7528267 aaatgggtttgtgtttctgatgattttgatgtaaaaggtattgctgcaaagatcataaaatctaacactacagctgagatggaagaagtgcaattggaac 7528366  T
Q  620 tccgcaaaacagttgaaggcaaaagatatttgcttgtcttggatgacaattggaatgaggatcatgatctttggcttgaattgatgagactgctgaaagg 719  Q
    ||||||| | |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | | | ||||||||||||||||||||| |||||||||||     
T  7528367 tccgcaataaagttaaaggcaaaagatatttgcttgtcttggatgacaattggaatgagaaccgtaatctttggcttgaattgatgatactgctgaaaga 7528466  T
Q  720 tggagcaaaaggaagtaaaataattatcaccacaagaagtgagaaggttgccaaggcaagtggtacatcttcta 793  Q
     || ||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||    
T  7528467 cggcgcagaaggaagtaaaataattatcaccgcaagaagtgagatggttgccaaggcaagtggttcatcttcta 7528540  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 509; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 4 - 804
Target Start/End: Original strand, 7481632 - 7482432
Alignment:
Q  4 gaggaggagcagagagccaacaaccatgaagttcaactatggctggaaaatctcaaagatgctcttgatgatgccgatgacttgctcgattacttcaaca 103  Q
    |||||| ||||| || ||||||||||| |||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||    
T  7481632 gaggagcagcagggaaccaacaaccatcaagttcaactctggctggaaaagctcaaagatgctcttgatgatgccgatgacttgctcgatgactttaaca 7481731  T
Q  104 cggaagacctgaggcgacaagtgatgagcaatcacaagaaagctaaaaaggttcgcatcttcttctcatcatccaaccaacttctcttttcttttaaaat 203  Q
    | |||||| ||||||||||||| |||| || | ||||||| ||||||||| ||  |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||  |||||    
T  7481732 ctgaagacttgaggcgacaagtcatgaccagtaacaagaaggctaaaaagttttacatcttcttctcatcatccaaccagcttctcttttcttacaaaat 7481831  T
Q  204 ggttcagaaaattaaggaactaagtaagagaattgaggaccttaatgctaataagagaagttttaattttacaaatcgcactcctgagcaacgagttttg 303  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||  ||||||| |  | |||||| |||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||    
T  7481832 ggttcagaaaattaaggaacttagtaagagaattgaggctcttaatgttggtcagagaatttttaattttacaaatcgtacacctgagcaacgagttttg 7481931  T
Q  304 aaacaacgagaaactcactcctttattcgtgcagaagaagttattggaagagaggaggagaagaaagagttgatagagttgttgtttaacactagcaaca 403  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||    
T  7481932 aaacaacgagaaactcactcctttattcgtgaggaagaagttattggaagagatgaggagaagaaagagttgatagagttgttgtttaacaccggcaaca 7482031  T
Q  404 atgtgagagagaatgtttcagttatttctataattggaatcggaggactggggaagactgtgcttgctcaacttgtatacaatgacacaaaagtgcaaca 503  Q
    |||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||| || |||||||  ||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||    
T  7482032 atgtgaaagagaatgtttcaattatttctataattggaattggaggacttggaaagactgcacttgctcaacttgtatacaatgacaaagaagtgcaaca 7482131  T
Q  504 acattttgagttgaaaaaatgggtttgtgtttctgaagattttaatgtaagagttattgctgcaaagatcacaaaatctaaaactaatggtgagatagag 603  Q
    ||||||| |||||||||| ||||||||||||||||| |||||| |||||| || ||||||  ||||||||| | ||||||||||||||| |||||| ||     
T  7482132 acattttcagttgaaaaagtgggtttgtgtttctgatgattttgatgtaaaaggtattgcatcaaagatcatagaatctaaaactaatgatgagatggat 7482231  T
Q  604 gaaatgcaatccgaactccgcaaaacagttgaaggcaaaagatatttgcttgtcttggatgacaattggaatgaggatcatgatctttggcttgaattga 703  Q
     || ||||||  || |||||  ||| ||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  7482232 aaagtgcaattggagctccgtgaaaaagttgaaggaagaagatatttgcttgtcttggatgacaattggaatgaggatcgtgatctttggcttgaattga 7482331  T
Q  704 tgagactgctgaaaggtggagcaaaaggaagtaaaataattatcaccacaagaagtgagaaggttgccaaggcaagtggtacatcttctagcctcaattt 803  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||    
T  7482332 tgagactgctgaaaggcggagcaaaaggaagtaaaataattatcaccgcaagaagtgagaaggttgccaaggcaagtggtacatcttctatcttcaattt 7482431  T
Q  804 a 804  Q
    |    
T  7482432 a 7482432  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 500; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 20 - 783
Target Start/End: Original strand, 7519717 - 7520480
Alignment:
Q  20 ccaacaaccatgaagttcaactatggctggaaaatctcaaagatgctcttgatgatgccgatgacttgctcgattacttcaacacggaagacctgaggcg 119  Q
    ||||||||||| |||||||||| ||| ||||||| || |||||||||||||||||||||||| ||||||| ||| |||||||||| |||||| |||||||    
T  7519717 ccaacaaccatcaagttcaactgtggttggaaaagctgaaagatgctcttgatgatgccgataacttgcttgatgacttcaacaccgaagacttgaggcg 7519816  T
Q  120 acaagtgatgagcaatcacaagaaagctaaaaaggttcgcatcttcttctcatcatccaaccaacttctcttttcttttaaaatggttcagaaaattaag 219  Q
    ||||||||||| |  | ||||||| ||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||  ||||||||||||| |||||||    
T  7519817 acaagtgatgacctgtaacaagaaggctaaaaagtttcacatcttcttctcatcatccaaccagcttctcttttcttacaaaatggttcagataattaag 7519916  T
Q  220 gaactaagtaagagaattgaggaccttaatgctaataagagaagttttaattttacaaatcgcactcctgagcaacgagttttgaaacaacgagaaactc 319  Q
    ||||| |||||||||||||||| |||||||| |  ||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7519917 gaacttagtaagagaattgaggcccttaatgttggtaaaagaagttttaactttacaaatcgcactcctgagcaacgagttttgaaacaacgagaaactc 7520016  T
Q  320 actcctttattcgtgcagaagaagttattggaagagaggaggagaagaaagagttgatagagttgttgtttaacactagcaacaatgtgagagagaatgt 419  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  7520017 actcctttattcgtgcagaagaagttattggaagagaggaggagaagaaagagttgatagagttgttgtttaacactagcaacaatgtgacagagaatgt 7520116  T
Q  420 ttcagttatttctataattggaatcggaggactggggaagactgtgcttgctcaacttgtatacaatgacacaaaagtgcaacaacattttgagttgaaa 519  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||| || |||||||  ||||||||| |||||||||||||||  ||||||||| ||||||||||||| |||    
T  7520117 ttcagttatttctataattggaattggaggacttggaaagactgcacttgctcaatttgtatacaatgacaagaaagtgcaagaacattttgagtttaaa 7520216  T
Q  520 aaatgggtttgtgtttctgaagattttaatgtaagagttattgctgcaaagatcacaaaatctaaaactaatggtgagatagaggaaatgcaatccgaac 619  Q
    |||||||||||||||||||| |||||| |||||| || ||||||||||||||||||| ||||| ||||||||| |||||| ||  || | ||||  ||||    
T  7520217 aaatgggtttgtgtttctgatgattttgatgtaaaaggtattgctgcaaagatcacagaatctcaaactaatgttgagatggataaagttcaattggaac 7520316  T
Q  620 tccgcaaaacagttgaaggcaaaagatatttgcttgtcttggatgacaattggaatgaggatcatgatctttggcttgaattgatgagactgctgaaagg 719  Q
    ||||  ||| ||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||| |||||||||||     
T  7520317 tccgtgaaaaagttgaaggaagaagatatttgcttgtcttggatgacaattggaatgaggatcgtaatctttggcttgaattgatgacactgctgaaaga 7520416  T
Q  720 tggagcaaaaggaagtaaaataattatcaccacaagaagtgagaaggttgccaaggcaagtggt 783  Q
    ||| ||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  7520417 tggcgcagaaggaagtaaaataattatcaccgcaagaagtgagatggttgccaaggcaagtggt 7520480  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 496; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 20 - 783
Target Start/End: Original strand, 7494050 - 7494813
Alignment:
Q  20 ccaacaaccatgaagttcaactatggctggaaaatctcaaagatgctcttgatgatgccgatgacttgctcgattacttcaacacggaagacctgaggcg 119  Q
    ||||||||||| |||||||||| ||| ||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||| |||||||    
T  7494050 ccaacaaccatcaagttcaactgtggttggaaaagctgaaagatgctcttgatgatgccgatgacttgctcgatgactttaacacggaagacttgaggcg 7494149  T
Q  120 acaagtgatgagcaatcacaagaaagctaaaaaggttcgcatcttcttctcatcatccaaccaacttctcttttcttttaaaatggttcagaaaattaag 219  Q
    ||| ||||||| || | ||||||| ||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||  |||||||||||||||||||||    
T  7494150 acaggtgatgaccagtaacaagaaggctaaaaagtttcacatcttcttctcatcatccaaccagcttctcttttcttacaaaatggttcagaaaattaag 7494249  T
Q  220 gaactaagtaagagaattgaggaccttaatgctaataagagaagttttaattttacaaatcgcactcctgagcaacgagttttgaaacaacgagaaactc 319  Q
    ||||| |||||||||||||||| |||||||| |  |||||||   |||||||||||||||||  | ||||||||||||||||||| | || |||||||||    
T  7494250 gaacttagtaagagaattgaggcccttaatgttgctaagagagtctttaattttacaaatcgtgcacctgagcaacgagttttgagagaaagagaaactc 7494349  T
Q  320 actcctttattcgtgcagaagaagttattggaagagaggaggagaagaaagagttgatagagttgttgtttaacactagcaacaatgtgagagagaatgt 419  Q
    |||||||||||||||  |||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||  |||||||||||| |||||||||    
T  7494350 actcctttattcgtgaggaagaagttattggaagagatgaggagaagaaaaagttgatagagttgttgtttaacaccggcaacaatgtgaaagagaatgt 7494449  T
Q  420 ttcagttatttctataattggaatcggaggactggggaagactgtgcttgctcaacttgtatacaatgacacaaaagtgcaacaacattttgagttgaaa 519  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||  |||||| |||||||||||||||| |||    
T  7494450 ttcagttatttctataattggaatcggaggactggggaagactgcgcttgctcaatttgtatacaatgacaagaaagtgaaacaacattttgagtttaaa 7494549  T
Q  520 aaatgggtttgtgtttctgaagattttaatgtaagagttattgctgcaaagatcacaaaatctaaaactaatggtgagatagaggaaatgcaatccgaac 619  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||| ||||  | ||||||||| ||| ||||||  ||||    
T  7494550 aaatgggtttgtgtttctgaagattttaatgtaaaagttattgctgcaaagatcataaaatctaacactacagctgagatagaagaagtgcaattggaac 7494649  T
Q  620 tccgcaaaacagttgaaggcaaaagatatttgcttgtcttggatgacaattggaatgaggatcatgatctttggcttgaattgatgagactgctgaaagg 719  Q
    ||||| | | |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||| |||||||||||     
T  7494650 tccgcgataaagttaaaggcaaaagatatttgcttgtcttggatgacaattggaatgaggatcgtaatctttggcttgaattgatgacactgctgaaaga 7494749  T
Q  720 tggagcaaaaggaagtaaaataattatcaccacaagaagtgagaaggttgccaaggcaagtggt 783  Q
    ||| ||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  7494750 tggcgcagaaggaagtaaaataattatcaccgcaagaagtgagatggttgccaaggcaagtggt 7494813  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 494; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 4 - 793
Target Start/End: Complemental strand, 7129506 - 7128717
Alignment:
Q  4 gaggaggagcagagagccaacaaccatgaagttcaactatggctggaaaatctcaaagatgctcttgatgatgccgatgacttgctcgattacttcaaca 103  Q
    |||||| ||||| |||||||||||||| |||||||||| ||| ||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||| ||||    
T  7129506 gaggagcagcagggagccaacaaccatcaagttcaactctggttggaaaagctcaaggatgctcttgatgatgccgatgacttgcttgatgactttaaca 7129407  T
Q  104 cggaagacctgaggcgacaagtgatgagcaatcacaagaaagctaaaaaggttcgcatcttcttctcatcatccaaccaacttctcttttcttttaaaat 203  Q
    | |||||| |||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||  |||||    
T  7129406 ccgaagacttgaggcgacaagtgatgaccaatcacaagaaggctaaaaaggttcgcatcttcttctcatcatccaaccagcttctcttttcttacaaaat 7129307  T
Q  204 ggttcagaaaattaaggaactaagtaagagaattgaggaccttaatgctaataagagaagttttaattttacaaatcgcactcctgagcaacgagttttg 303  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||  | ||||||||   |||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||    
T  7129306 ggttcagaaaattaaggaacttagtaagagaattgaggcccttaattttgataagagagtctttaattttacaaatcgcgcacctgagcaacgagttttg 7129207  T
Q  304 aaacaacgagaaactcactcctttattcgtgcagaagaagttattggaagagaggaggagaagaaagagttgatagagttgttgtttaacactagcaaca 403  Q
    | | || ||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||  ||||||    
T  7129206 agagaaagagaaactcactcctttattcgtgaggaagaagttattggaagagatgaggagaagaaaaagttgatagagttgttgtttaacaccggcaaca 7129107  T
Q  404 atgtgagagagaatgtttcagttatttctataattggaatcggaggactggggaagactgtgcttgctcaacttgtatacaatgacacaaaagtgcaaca 503  Q
    |||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||| || |||||||  ||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||    
T  7129106 atgtgaaagagaatgtttcaattatttctataattggaattggaggacttggaaagactgcacttgctcaacttgtatacaatgacaaagaagtgcaaca 7129007  T
Q  504 acattttgagttgaaaaaatgggtttgtgtttctgaagattttaatgtaagagttattgctgcaaagatcacaaaatctaaaactaatggtgagatagag 603  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||| || |||||||||||| |||| | ||||||||| ||||| |||||| ||     
T  7129006 acattttgagttgaaaaaatgggtttgtgtttctgatgattttgatgtaaaaggtattgctgcaaaaatcatagaatctaaaaataatgttgagatggat 7128907  T
Q  604 gaaatgcaatccgaactccgcaaaacagttgaaggcaaaagatatttgcttgtcttggatgacaattggaatgaggatcatgatctttggcttgaattga 703  Q
     ||||||||||  |||||||| ||| |||||| |||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||    
T  7128906 aaaatgcaatcgaaactccgcgaaaaagttgatggccgaagatatttgcttgtcttggatgacaattggaatgaggatcgtgatctttggcttcaattga 7128807  T
Q  704 tgagactgctgaaaggtggagcaaaaggaagtaaaataattatcaccacaagaagtgagaaggttgccaaggcaagtggtacatcttcta 793  Q
    ||| | || ||||||  || ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  7128806 tgacattgttgaaagacggcgcagaaggaagtaaaataattatcaccacaagaagtgagaaggttgccaaggcaagtggttcatcttcta 7128717  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 465; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 4 - 804
Target Start/End: Complemental strand, 7722780 - 7721980
Alignment:
Q  4 gaggaggagcagagagccaacaaccatgaagttcaactatggctggaaaatctcaaagatgctcttgatgatgccgatgacttgctcgattacttcaaca 103  Q
    |||||| ||||| || ||||||||||| |||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||| |||| ||||    
T  7722780 gaggagcagcagggaaccaacaaccatcaagttcaactctggcttgaaaatctcaaagatgctcttgatgatgccgatgacgtgcttgatgactttaaca 7722681  T
Q  104 cggaagacctgaggcgacaagtgatgagcaatcacaagaaagctaaaaaggttcgcatcttcttctcatcatccaaccaacttctcttttcttttaaaat 203  Q
    | |||||| |||||||||||||||||| || | ||||||| ||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |  |||||    
T  7722680 ctgaagacttgaggcgacaagtgatgaccagtaacaagaaggctaaaaagttttgcatcttcttctcatcatccaaccaacttctcttttcatacaaaat 7722581  T
Q  204 ggttcagaaaattaaggaactaagtaagagaattgaggaccttaatgctaataagagaagttttaattttacaaatcgcactcctgagcaacgagttttg 303  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||  | ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  7722580 ggttcagaaaattaaggaacttagtaagagaattgaggcccttaatattgataagagaagttttaattttacaaatcgcacacctgagcaacgagttttg 7722481  T
Q  304 aaacaacgagaaactcactcctttattcgtgcagaagaagttattggaagagaggaggagaagaaagagttgatagagttgttgtttaacactagcaaca 403  Q
    | |||| |||||||||| || |||||||| |  ||||||||||||||||||||  |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||  ||||||    
T  7722480 agacaaagagaaactcattcttttattcgcgaggaagaagttattggaagagataaggagaagaaagagctgatagagttgttgtttaacaccggcaaca 7722381  T
Q  404 atgtgagagagaatgtttcagttatttctataattggaatcggaggactggggaagactgtgcttgctcaacttgtatacaatgacacaaaagtgcaaca 503  Q
    || ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| || ||||||| |||||||||||||||||||   |||| | ||||||||||    
T  7722380 atttgaaagagaatgtttcagttatttctataattggaattggaggactcggaaagactgcgcttgctcaacttgtatacggcgacaaagaagtgcaaca 7722281  T
Q  504 acattttgagttgaaaaaatgggtttgtgtttctgaagattttaatgtaagagttattgctgcaaagatcacaaaatctaaaactaatggtgagatagag 603  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||| || ||||||| ||||||||| | |||||||||||| || |||||| ||     
T  7722280 acattttgagttgaaaaaatgggtttgtgtttctgatgattttgatgtaaaaggtattgcttcaaagatcatagaatctaaaactagtgttgagatcgat 7722181  T
Q  604 gaaatgcaatccgaactccgcaaaacagttgaaggcaaaagatatttgcttgtcttggatgacaattggaatgaggatcatgatctttggcttgaattga 703  Q
     || |||||||   ||||||  ||| ||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||    
T  7722180 aaagtgcaatctatactccgtgaaaaagttgaagggataagatatttgcttgtcttggatgacaattggaatgaggatcgtgatctttggcttcaattga 7722081  T
Q  704 tgagactgctgaaaggtggagcaaaaggaagtaaaataattatcaccacaagaagtgagaaggttgccaaggcaagtggtacatcttctagcctcaattt 803  Q
    ||| |||||||||||  ||  |  ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| | |||||||    
T  7722080 tgacactgctgaaagacggcacggaaggaagtaaaataattatcaccgcaagaagtgagaaggttgccaaggcaagtggtccatcttctatcttcaattt 7721981  T
Q  804 a 804  Q
    |    
T  7721980 a 7721980  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 425; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 11 - 574
Target Start/End: Complemental strand, 7714486 - 7713922
Alignment:
Q  11 agcagagagccaacaaccatgaagttcaactatggctggaaaatctcaaagatgctcttgatgatgccgatgacttgctcgattacttcaacacggaaga 110  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||    
T  7714486 agcagggagccaacaaccatgaagttcaactatggctggaaaatctcaaagatgctctttatgatgccgatgactttctcaattacttcaacacggaaga 7714387  T
Q  111 cctgaggcgacaagtgatgagcaatcacaagaaagctaaaaaggttcgcatcttcttctcatcatccaaccaacttctcttttcttttaaaatggttcag 210  Q
    ||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  7714386 cctgaggtgacaagtgatgaccaatcacaagaaagctaaaaaggtttgcatcttcttctcatcatccaaccaacttctcttttctttcaaaatggttcag 7714287  T
Q  211 aaaattaaggaactaagtaagagaattgaggaccttaatgctaataagagaagttttaattttacaaatcgcactcctgagcaacgagttttgaaacaac 310  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  7714286 aaaattaaggaactaagtaagagaattgaggaccttaatgctaataagagaagttttaattttacaaatcgcactcctgagcaacgagttttgaaacaaa 7714187  T
Q  311 gagaaactcactcctttattcgtgcagaagaagttattggaagagaggaggagaagaaagagttgatagagttgttgtttaacactagcaacaatgtgag 410  Q
    ||||||||||||||||||||| ||  |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||| ||||||     
T  7714186 gagaaactcactcctttattcttgaggaagaagttattggaagagatgaggagaagaaagagttgatagagttgttgtttaacaccggcaacgatgtgaa 7714087  T
Q  411 agagaatgtttcagttatttctataattggaatcggaggactggggaagac-tgtgcttgctcaacttgtatacaatgacacaaaagtgcaacaacattt 509  Q
     ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||| ||  |||||||||||| ||||   ||||| | ||||| ||||||||||    
T  7714086 ggagaatgtttcagttatttctataattggaatcggaggacttggaaagacgtgcacttgctcaacttttatatggtgacaaagaagtgaaacaacattt 7713987  T
Q  510 tgagttgaaaaaatgggtttgtgtttctgaagattttaatgtaagagttattgctgcaaagatca 574  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||| || |||||||||||||||||    
T  7713986 tgagttgaaaaaatgggtttgtgtttctgatgattttgatgtaaaagatattgctgcaaagatca 7713922  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 237; E-Value: 1e-131
Query Start/End: Original strand, 57 - 405
Target Start/End: Original strand, 7506351 - 7506699
Alignment:
Q  57 caaagatgctcttgatgatgccgatgacttgctcgattacttcaacacggaagacctgaggcgacaagtgatgagcaatcacaagaaagctaaaaaggtt 156  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||| |||||| |||||||||||||||||| || | ||||||| ||||||||| ||    
T  7506351 caaagatgctcttgatgatgctgatgacttgctcgatgacttcaacaccgaagacttgaggcgacaagtgatgaccagtaacaagaaggctaaaaagttt 7506450  T
Q  157 cgcatcttcttctcatcatccaaccaacttctcttttcttttaaaatggttcagaaaattaaggaactaagtaagagaattgaggaccttaatgctaata 256  Q
    | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||| |||||||| |  ||    
T  7506451 cacatcttcttctcatcatccaaccaacttctcttttcttacaaaatggttcagaaaattaatgaacttagtaagagaattgaggcccttaatgttggta 7506550  T
Q  257 agagaagttttaattttacaaatcgcactcctgagcaacgagttttgaaacaacgagaaactcactcctttattcgtgcagaagaagttattggaagaga 356  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||| |  ||| ||||||||||||||||    
T  7506551 agagaatttttaattttacaaatcgcactcctgagcaacgagttttgaaacaaagagaaactcactcttttattcgcgaggaataagttattggaagaga 7506650  T
Q  357 ggaggagaagaaagagttgatagagttgttgtttaacactagcaacaat 405  Q
     ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||    
T  7506651 tgaggagaagaaagagttgatagagttgttgtttaacaccggcaacaat 7506699  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 102; Significance: 3e-50; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 102; E-Value: 3e-50
Query Start/End: Original strand, 38 - 539
Target Start/End: Complemental strand, 16750769 - 16750270
Alignment:
Q  38 aactatggctggaaaatctcaaagatgctcttgatgatgccgatgacttgctcgattacttcaacacggaagacctgaggcgacaagtgatgagcaatca 137  Q
    |||||||| |||| || ||||||||| ||||||||||||| ||||||||||| ||| |  |    || |||||| ||  ||| |||||  |||  ||  |    
T  16750769 aactatgggtggagaagctcaaagatactcttgatgatgctgatgacttgcttgatgatgtttttactgaagacttgtagcgtcaagtactgacaaaaga 16750670  T
Q  138 caagaaagctaaaaaggttcgcatcttcttctcatcatccaaccaacttctcttttcttttaaaatggttcagaaaattaaggaactaagtaagagaatt 237  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||| || || |||||||| ||||||||||| ||||| |||| ||||||||||||| |||| || ||| |||||    
T  16750669 caagaaggctaaaaaggttcgcatcttcttatcctcttccaaccagcttctcttttcgtttaacatggctcagaaaattaagaaacttaggaagcgaatt 16750570  T
Q  238 gaggaccttaatgctaataagagaagttttaattttacaaatcgcactcctgagcaacgagttttgaaacaacgagaaactcactcctttattcgtgcag 337  Q
    ||||  ||||| | | ||| || || ||| |||||||| |||| |||||||||| |||||||| |||  ||  ||| |||||| ||||| |||||||  |    
T  16750569 gagggtcttaacgttgataggaaaattttcaattttactaatcacactcctgagaaacgagttatgaggcagagagtaactcattccttcattcgtgagg 16750470  T
Q  338 aagaagttattggaagagaggaggagaagaaagagttgatagagttgttgtttaacactagcaacaatgtgagagagaatgtttcagttatttctataat 437  Q
    || |||| || |||||||| || || ||||| || |||||| |||| ||||| ||||||  || | |||| | ||  ||||||||||||||||| || ||    
T  16750469 aaaaagtcataggaagagacgacgaaaagaaggatttgataaagttattgttgaacactgacatcgatgtcaaaggaaatgtttcagttatttccatcat 16750370  T
Q  438 tggaatcggaggactggggaagactgtgcttgctcaacttgtatacaatgacacaaaagtgcaacaacattttgagttgaaaaaatgggtttgtgtttct 537  Q
    |||||| |||||||| || ||||| |   ||||||||||||| ||| |||| |  |  || |||||||||||||| |||||||| ||||| |||||| ||    
T  16750369 tggaattggaggacttggaaagaccg-cattgctcaacttgtgtac-atgataagaccgttcaacaacattttgaattgaaaaagtgggtgtgtgttgct 16750272  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 33; Significance: 0.000000005; HSPs: 3)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000005
Query Start/End: Original strand, 466 - 546
Target Start/End: Original strand, 10126928 - 10127008
Alignment:
Q  466 cttgctcaacttgtatacaatgacacaaaagtgcaacaacattttgagttgaaaaaatgggtttgtgtttctgaagatttt 546  Q
    ||||| |||||||| |||||||| | | |||| |||||||||||||| |||||   |||||||||||| ||||| ||||||    
T  10126928 cttgcccaacttgtttacaatgataaagaagttcaacaacattttgatttgaaggcatgggtttgtgtgtctgaggatttt 10127008  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000005
Query Start/End: Original strand, 466 - 546
Target Start/End: Complemental strand, 10363867 - 10363787
Alignment:
Q  466 cttgctcaacttgtatacaatgacacaaaagtgcaacaacattttgagttgaaaaaatgggtttgtgtttctgaagatttt 546  Q
    ||||| |||||||| |||||||| | | |||| |||||||||||||| |||||   |||||||||||| ||||| ||||||    
T  10363867 cttgcccaacttgtttacaatgataaagaagttcaacaacattttgatttgaaggcatgggtttgtgtctctgaggatttt 10363787  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000005
Query Start/End: Original strand, 466 - 546
Target Start/End: Original strand, 10663526 - 10663606
Alignment:
Q  466 cttgctcaacttgtatacaatgacacaaaagtgcaacaacattttgagttgaaaaaatgggtttgtgtttctgaagatttt 546  Q
    ||||| |||||||| |||||||| | | |||| |||||||||||||| |||||   |||||||||||| ||||| ||||||    
T  10663526 cttgcccaacttgtttacaatgataaagaagttcaacaacattttgatttgaaggcatgggtttgtgtgtctgaggatttt 10663606  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University