View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF8986_low_1 (Length: 1092)

Name: NF8986_low_1
Description: NF8986
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF8986_low_1
NF8986_low_1
[»] chr1 (2 HSPs)
chr1 (97-1070)||(34884346-34885329)
chr1 (19-82)||(34884299-34884362)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 876; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 876; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 97 - 1070
Target Start/End: Original strand, 34884346 - 34885329
Alignment:
Q  97 atgactttataatgatatgttgacacgaattgaactaacctctaacttatgaaaagtttcgcaatcaaaataaattcagcgttacttagtttcccaa--- 193  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||   ||       
T  34884346 atgactttataatgatatgttgacacgaattgaactaacctctaacttatgaaaagtttcccaatcaaaataaattccgcgttacttagtttaataaagg 34884445  T
Q  194 -----tcatgataaagaagctgaataagttaagttgatatgcaaaagagattatttcatcttaatacctgtcaaatatttaaatatttctacttttacaa 288  Q
         |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34884446 tatattcatgataaagaagctgaataagttaagttgatatgcaaaagagattatttcatcttaatacctgtcaaatatttaaatatttctacttttacaa 34884545  T
Q  289 gtttatccaatgactctttgaaaactaccatattttgttcaatgtgttttcttaatctgcattatgataattttacaaatagaaagatnnnnnnnn--tg 386  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||          ||    
T  34884546 gtttatccaatgactctttgaaaactaccatattttgttcaatgtgttttcataatctgcattatgataattttacaaatagaaagataaaaaaaaaatg 34884645  T
Q  387 aagaaatttgaatcaagaaaaacctgattattgatattattcatgcagcacgagaatcttcatttcaatgacttacatatacaatgtccatatttccact 486  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34884646 aagaaatttgaatcaagaaaaacctgattattgatattattcatgcagcacgagaatcttcatttcaatgacttacatatacaatgtccatatttccact 34884745  T
Q  487 taaaaagctgcatcatcatcttcaaacaaattgagaaaagaataaaaccatttctcttgaaccatggctgccaatttgatacaaaataaactctattgcc 586  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34884746 taaaaagctgcatcatcatcttcaaacaaattgagaaaagaataaaaccatttctcttgaaccatggctgccaatttgatacaaaataaactctattgcc 34884845  T
Q  587 acaaattacttggccgccggtatttcctcgacaagaaacaaaaagaaaagcgtaatgtatcacatgtcacaacctccttccgaattttccaaaccgtcgg 686  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34884846 acaaattacttggccgccggtatttcctcgacaagaaacaaaaagaaaagcgtaatgtatcacatgtcacaacctccttccgaattttccaaaccgtcgg 34884945  T
Q  687 gctattccgaatacaaccgccttggtcactagcccttgatcaagagtgcaggcaagggcaatggctccgccaacaactagaagcttaggtatgcttctcc 786  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34884946 gctattccgaatacaaccgccttggtcactagcccttgatcaagagtgcaggcaagggcaatggctccgccaacaactagaagcttaggtatgcttctcc 34885045  T
Q  787 caatcggtttttcatcagaagaatcctgattttcagtctccaaaaagttactggtcgagtcttccagacatctcacgtaatcagcagttaccttggtgtt 886  Q
    | |||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  34885046 cgatcggtttgtcatcaaaagaatcctgattttcagtctccaacaagttactggtcgagtcttccagacatctcacataatcagcagttaccttggtgtt 34885145  T
Q  887 gattttagcgttattagcacatggtgacaatggaacaccggaatccctttctttcttatacgtacgtagtccaggatcaaacttcttgacggctccccac 986  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34885146 gattttagcgttattagcacatggtgacaatggaacaccggaatccctttctttcttatacgtacgtagtccaggatcaaacttcttgacggctccccac 34885245  T
Q  987 ataccctgacgaactccaagcttagcgatttcccaaggtatgcccatatcttcgtagtgaaagaacaacacttcacatgaagtc 1070  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34885246 ataccctgacgaactccaagcttagcgatttcccaaggtatgcccatatcttcgtagtgaaagaacaacacttcacatgaagtc 34885329  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 60; E-Value: 5e-25
Query Start/End: Original strand, 19 - 82
Target Start/End: Original strand, 34884299 - 34884362
Alignment:
Q  19 agtaggttcacgtcatcaacggtcacttatcagagaaaaagagacacatgactttataatgata 82  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  34884299 agtaggttcacgtcatcaacggtcacttatcagagaaaaggagacacatgactttataatgata 34884362  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University