View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF8986_low_2 (Length: 1071)

Name: NF8986_low_2
Description: NF8986
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF8986_low_2
NF8986_low_2
[»] chr4 (7 HSPs)
chr4 (19-1057)||(6020418-6021452)
chr4 (705-968)||(48804142-48804401)
chr4 (782-1008)||(26070742-26070967)
chr4 (699-816)||(8069763-8069880)
chr4 (707-899)||(42912510-42912699)
chr4 (737-999)||(51702150-51702410)
chr4 (943-1021)||(42912426-42912504)
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (705-974)||(26285840-26286104)
[»] chr1 (2 HSPs)
chr1 (757-1003)||(24886629-24886871)
chr1 (842-910)||(27292234-27292303)
[»] chr8 (2 HSPs)
chr8 (700-1009)||(26130118-26130427)
chr8 (730-831)||(2199637-2199738)
[»] chr2 (2 HSPs)
chr2 (759-1003)||(20262585-20262825)
chr2 (757-1002)||(28771896-28772136)
[»] chr3 (2 HSPs)
chr3 (713-1005)||(51925667-51925956)
chr3 (912-1013)||(28690213-28690314)
[»] chr5 (2 HSPs)
chr5 (727-1002)||(12658521-12658790)
chr5 (699-771)||(32653228-32653300)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 890; Significance: 0; HSPs: 7)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 890; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 19 - 1057
Target Start/End: Complemental strand, 6021452 - 6020418
Alignment:
Q  19 gttaatactagctaatatgtcnnnnnnngtcaaaaagatagtaagta---atatgctttattataaaagtcttctttgaaaaatgtctttgttatgaaag 115  Q
    |||||||||||||||||||||       |||||||||||||||||||   ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6021452 gttaatactagctaatatgtctttttt-gtcaaaaagatagtaagtagtaatatgctttattataaaagtcttctttgaaaaatgtctttgttatgaaag 6021354  T
Q  116 tcagaatacgagattataaatggaaatgtaattcatcagcaccttcttgtgttggctaaatttaccatgaggtatgaacttttcaaagtttcacatatat 215  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6021353 tcagaatacgagattataaatggaaatgtaattcattagcaccttcttgtgttggctaaatttaccatgaggtatgaacttttcaaagtttcacatatat 6021254  T
Q  216 taatactatatgattaagcctcctattcttttctattttaacggaatcaagcctcttgtttttgttccatgatcattcatcacattcaacgaaaaaagtc 315  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6021253 taatactatatgattaagcctcctattcttttctattttaacggaatcaagcctcttgtttttgttccatgatcattcatcacattcaacgaaaaaagtc 6021154  T
Q  316 atttcgatgataattaatattatagtgtaatatacaatgattttgtttacacataaatataacatgttattaattactatgtccttgtcttgtaaatcat 415  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||    
T  6021153 atttcgatgataattaatattatagtgtaatatacaacgattttgtttacacataaatataacatgttattaattagtatgtcattgtcttgtaaatcat 6021054  T
Q  416 gaatgtgtaaattattcattagtcttggcacctgctttggatagcctccccactacgatcattttctattgttttagagagaaaaatgaatggcaaaata 515  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6021053 gaatgtgtaaattatccattagtcttggcacctgctttggatagcctccccactacgatcattttctattgttttagagagaaaaatgaatggcaaaata 6020954  T
Q  516 ttggctatctcttgtgttttttgcggggcccatatcaaaatcttctctccatttgtcttatccattgcactgcatgatcatgtgtaggnnnnnnnccaag 615  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||       |||||    
T  6020953 ttggctatctcttgtgttttttgcggggcccatgtcaaaatcttccctccatttgtcttatccattgcactgcatcatcatgtgtagg-aaaaaaccaag 6020855  T
Q  616 aatgtgatataataaaactaaccatcaaagtgtaagcagggctagggctagggctaggattcaagagttacaaagttttgatatttttatttttaagcaa 715  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||      |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  6020854 aatgtgatataataaaactaaccatcaaagtgtaagc------agggctagggctaggattcaagagttacaaagtttttatatttttatttttaagcaa 6020761  T
Q  716 agtagaaattaaaataaaatgaaaaggaattacaaaactgc-ggggcacgaacctgacccagagaatcacagactcaaaccctaatggatgatacaataa 814  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6020760 agtagaaattaaaataaaatgaaaaggaattacaaaactgcgggggcacgaacctgacccagagaatcacagactcaaaccctaatggatgatacaataa 6020661  T
Q  815 atcagtacataagtggttaagacaataactctaaacaacactactacggatagtccagcaaacccacgtgtggatgcgaaaccgacttgcaaaaaataaa 914  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6020660 atcagtacataagtggttaagacaataactctaaacaacactactatggatagtccagcaaacccacgtgtggatgcgaaaccgacttgcaaaaaataaa 6020561  T
Q  915 atgcagagtgaatgtttagagtatccaagtaggtgtatgaatcgtctaccaacatagaaacgttcgaaggtccaaaagctccctaaaaaacatcaacaaa 1014  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6020560 atgcagagtgaatgtttagagtatccaagtaggtgtatgaatcgtctaccaacatagaaacgttccaaggtccaaaagctccctaaaaaacatcaacaaa 6020461  T
Q  1015 ccataaacaccctttcggatcaaaccaatcagagtgatgtcca 1057  Q
    |||||||| |||||||||| ||||||||||||||||| |||||    
T  6020460 ccataaacgccctttcggaccaaaccaatcagagtgaagtcca 6020418  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 81; E-Value: 1e-37
Query Start/End: Original strand, 705 - 968
Target Start/End: Complemental strand, 48804401 - 48804142
Alignment:
Q  705 tttttaagcaaagtagaaattaaaataaaatgaaaaggaattacaaaactgcggggcacgaacctgacccagagaatcacagactcaaaccctaatggat 804  Q
    ||||||||||||| ||||||| || |||||| |||||||| ||||  | || |||||| |||| ||||| ||| || |||| ||||||||||||| || |    
T  48804401 tttttaagcaaagaagaaattgaattaaaataaaaaggaaatacatgattg-ggggcatgaacttgacctagataaccaca-actcaaaccctaaagggt 48804304  T
Q  805 gatacaataaatcagtacataagtggttaagacaataactctaaacaacactactacggatagtccagcaaacccacgtgtggatgcgaaaccgacttgc 904  Q
    ||||||| |||  |||||| ||||||   | | || || | ||||||||||||||||||| || ||||| ||||||||||||||| |||||||||  |||    
T  48804303 gatacaacaaaatagtacacaagtggaagaaaaaacaattataaacaacactactacggacagcccagcgaacccacgtgtggatacgaaaccgaactgc 48804204  T
Q  905 aaaaaataaaatgcagagtgaatgtttagagtatccaagtaggtgtatgaatcgtctaccaaca 968  Q
    |||||  |||||||||||||| || |||||||||| | ||||| ||||||||||||| ||||||    
T  48804203 aaaaa--aaaatgcagagtgagtggttagagtatcaaggtaggcgtatgaatcgtctgccaaca 48804142  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 68; E-Value: 8e-30
Query Start/End: Original strand, 782 - 1008
Target Start/End: Complemental strand, 26070967 - 26070742
Alignment:
Q  782 cacagactcaaaccctaatggatgatacaataaatcagtacataagtggttaagacaataactctaaacaacactactacggatagtccagcaaacccac 881  Q
    |||||||||||||||||| ||  ||||||| ||||||||||| ||||||| |||| || |||||||||||||||||||||||||||  |||| |||||||    
T  26070967 cacagactcaaaccctaacgggggatacaacaaatcagtacacaagtggtaaagaaaacaactctaaacaacactactacggatagcgcagcgaacccac 26070868  T
Q  882 gtgtggatgcgaaaccgacttgcaaaaaataaaatgcagagtgaatgtttagagtat--ccaagtaggtgtatgaatcgtctaccaacatagaaacgttc 979  Q
     ||||||| |||| ||||  |||||||   || | |||||||||||||| | |||||    | |||||  | |||||||||  |||||| |||||||  |    
T  26070867 atgtggatacgaagccgaaatgcaaaa---aagacgcagagtgaatgttcaaagtattataaggtaggcatttgaatcgtccgccaacacagaaacgacc 26070771  T
Q  980 gaaggtccaaaagctccctaaaaaacatc 1008  Q
     ||||||||| | ||||||||||||||||    
T  26070770 caaggtccaacaactccctaaaaaacatc 26070742  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 54; E-Value: 2e-21
Query Start/End: Original strand, 699 - 816
Target Start/End: Complemental strand, 8069880 - 8069763
Alignment:
Q  699 tttttatttttaagcaaagtagaaattaaaataaaatgaaaaggaattacaaaactgcggggcacgaacctgacccagagaatcacagactcaaacccta 798  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||| || |||||| |||||||| ||||| |||| |||||| ||||||||||| || || |||  ||||||||||||    
T  8069880 tttttttttttaagcaaagtagaaattgaattaaaataaaaaggaagtacaagactggggggcatgaacctgacccggataaccaccaactcaaacccta 8069781  T
Q  799 atggatgatacaataaat 816  Q
    | || |||||||| ||||    
T  8069780 acgggtgatacaacaaat 8069763  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 54; E-Value: 2e-21
Query Start/End: Original strand, 707 - 899
Target Start/End: Complemental strand, 42912699 - 42912510
Alignment:
Q  707 tttaagcaaagtagaaattaaaataaaatgaaaaggaattacaaaactgcggggcacgaacctgacccagagaatcacagactcaaaccctaatggatga 806  Q
    ||||||||||||| |||| ||| ||||| | ||||||| ||||| | |  |||||| ||||||| |||  | || ||||  |||||||||||| || | |    
T  42912699 tttaagcaaagtaaaaatgaaattaaaaaggaaaggaagtacaagatta-ggggcatgaacctggcccgtaaaaccacaacctcaaaccctaacgggtta 42912601  T
Q  807 tacaataaatcagtacataagtggttaagacaataactctaaacaacactactacggatagtccagcaaacccacgtgtggatgcgaaaccga 899  Q
    ||||| |||| ||||||  |||||| |||| || |||||||||||||||||| ||||| | |||||| || ||||||||||||||||||||||    
T  42912600 tacaacaaattagtaca--agtggtaaagaaaacaactctaaacaacactaccacggacaatccagcgaatccacgtgtggatgcgaaaccga 42912510  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 49; E-Value: 2e-18
Query Start/End: Original strand, 737 - 999
Target Start/End: Complemental strand, 51702410 - 51702150
Alignment:
Q  737 aaaaggaattacaaaactgcggggcacgaacctgacccagagaatcacagactcaaaccc-taatggatgatacaataaatcagtacataagtggttaa- 834  Q
    |||||||| |||||  ||| |||||| || || |||||||| || ||||  ||||||||| ||| |  |||||||  ||||||||||| ||||||| ||     
T  51702410 aaaaggaagtacaaggctggggggcatgagccagacccagaaaaccacaagctcaaacccctaacgagtgatacatcaaatcagtacacaagtggtgaat 51702311  T
Q  835 -gacaataactctaaacaacactactacggatagtccagcaaacccacgtgtggatgcgaaaccgacttgcaaaaaataaaatgcagagtgaatgtttag 933  Q
     || || |||||||||||||||| | ||||  | |||||| ||||||||| ||||| ||||||||| || ||||||| || ||  ||||||||||||  |    
T  51702310 agaaaacaactctaaacaacacttccacgggcaatccagcgaacccacgtatggattcgaaaccgaattacaaaaaaaaacat--agagtgaatgttccg 51702213  T
Q  934 agtatccaagtaggtgtatgaatcgtctaccaacatagaaacgttcgaaggtccaaaagctcccta 999  Q
    ||||| |||||  | ||||||||||||| |||| | ||||||| || ||||||||  |||||||||    
T  51702212 agtat-caagt--gcgtatgaatcgtctgccaaaacagaaacgatccaaggtccagcagctcccta 51702150  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 39; E-Value: 0.000000000002
Query Start/End: Original strand, 943 - 1021
Target Start/End: Complemental strand, 42912504 - 42912426
Alignment:
Q  943 gtaggtgtatgaatcgtctaccaacatagaaacgttcgaaggtccaaaagctccctaaaaaacatcaacaaaccataaa 1021  Q
    ||||||||||||||||||| | |||| |||| || || ||||||||| |||||||| |||||||||| ||| |||||||    
T  42912504 gtaggtgtatgaatcgtctgctaacacagaagcgatccaaggtccaacagctccctgaaaaacatcagcaagccataaa 42912426  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 89; Significance: 2e-42; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 89; E-Value: 2e-42
Query Start/End: Original strand, 705 - 974
Target Start/End: Original strand, 26285840 - 26286104
Alignment:
Q  705 tttttaagcaaagtagaaattaaaataaaatgaaaaggaattacaaaactgcggggcacgaacctgacccagagaatcacagactcaaaccctaatggat 804  Q
    ||||||| ||||| ||||| ||||||||| |||||||||| ||||| | |  |||||| |||||||||| |||||| ||||||||||||||||||    |    
T  26285840 tttttaaacaaagaagaaaataaaataaa-tgaaaaggaagtacaagattagggggcatgaacctgacctagagaaccacagactcaaaccctaacatgt 26285938  T
Q  805 gatacaataaatcagtacataagtggttaagacaataactctaaacaacactactacggatagtccagcaaacccacgtgtggatgcgaaaccgacttgc 904  Q
    ||||||| |||||| |||| |||||||||||| || |||||||||||| |||||||| || ||  |||  ||||| ||||||||| | ||||| |  |||    
T  26285939 gatacaacaaatcattacacaagtggttaagaaaacaactctaaacaagactactacagacagatcagtgaaccctcgtgtggatacaaaaccaaactgc 26286038  T
Q  905 aaaaaataaaatgcagagtgaatgtttagagtatccaagtaggtgtatgaatcgtctaccaacatagaaa 974  Q
    ||||||    | |||||||||| |||||||||||| ||||||| ||||||||||||| |||||| |||||    
T  26286039 aaaaaa----acgcagagtgaaagtttagagtatcaaagtaggcgtatgaatcgtctgccaacacagaaa 26286104  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 86; Significance: 1e-40; HSPs: 2)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 86; E-Value: 1e-40
Query Start/End: Original strand, 757 - 1003
Target Start/End: Complemental strand, 24886871 - 24886629
Alignment:
Q  757 ggggcacgaacctgacccagagaatcacagactcaaaccctaatggatgatacaataaatcagtacataagtggttaagacaataactctaaacaacact 856  Q
    |||||| |||||||||||||| || ||| ||  |||||||||| ||||||||||| ||||||| ||| ||| ||| |||| || ||||||||||||||||    
T  24886871 ggggcatgaacctgacccagataaccaccgatacaaaccctaacggatgatacaacaaatcagaacacaagcggtaaagaaaacaactctaaacaacact 24886772  T
Q  857 actacggatagtccagcaaacccacgtgtggatgcgaaaccgacttgcaaaaaataaaatgcagagtgaatgtttagagtatccaagtaggtgtatgaat 956  Q
    ||||| || || ||||| ||||||||| ||||| |||||||||  ||||||    |||| ||| |||||| |||||||||||  | |||||  |||||||    
T  24886771 actacagacagcccagcgaacccacgtatggatacgaaaccgaactgcaaa----aaaacgcatagtgaaagtttagagtattaaggtaggaatatgaat 24886676  T
Q  957 cgtctaccaacatagaaacgttcgaaggtccaaaagctccctaaaaa 1003  Q
    |||||||||||| ||||||| |  ||||||||| |||||| ||||||    
T  24886675 cgtctaccaacacagaaacgattcaaggtccaacagctccataaaaa 24886629  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000004
Query Start/End: Original strand, 842 - 910
Target Start/End: Original strand, 27292234 - 27292303
Alignment:
Q  842 actctaaacaa-cactactacggatagtccagcaaacccacgtgtggatgcgaaaccgacttgcaaaaaa 910  Q
    ||||||||||| |||||| ||||| |  |||||||||||||||||||   ||||||||| ||||||||||    
T  27292234 actctaaacaatcactaccacggacaaaccagcaaacccacgtgtgggcacgaaaccgaattgcaaaaaa 27292303  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 79; Significance: 2e-36; HSPs: 2)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 79; E-Value: 2e-36
Query Start/End: Original strand, 700 - 1009
Target Start/End: Complemental strand, 26130427 - 26130118
Alignment:
Q  700 ttttatttttaagcaaagtagaaattaaaataaaatgaaaaggaattacaaaactgcggggcacgaacctgacccagagaatcacagactcaaaccctaa 799  Q
    |||| ||||||||||||| |||||||||| |||||| |||||||| ||||| |||| ||| || ||| |||||||||| || || |||||||||||| ||    
T  26130427 ttttttttttaagcaaaggagaaattaaattaaaataaaaaggaagtacaagactgggggacatgaatctgacccagataaccatagactcaaacccaaa 26130328  T
Q  800 tggatgatacaataaatcagtacataagtggttaa-gacaataactctaaacaacactactacgg---atagtccagcaaacccacgtgtggatgcgaaa 895  Q
     || || ||| | || |||||||| ||||||| || || || |||||||||||||| |||||| |   | || ||||| ||||||||||||||| |||||    
T  26130327 cgggtggtacgacaattcagtacaaaagtggtaaatgaaaacaactctaaacaacagtactactgcagacagcccagcgaacccacgtgtggatacgaaa 26130228  T
Q  896 ccgacttgcaaaaaataaaatgcagagtgaatgtttagagtatccaagtaggtgtatgaatcgtctaccaacatagaaacgttcgaaggtccaaaagctc 995  Q
    || |  ||||||    ||||  | |||||  ||||||||||||| | ||||| ||||||||||||| |||| | ||||||| |  ||| ||||| |||||    
T  26130227 ccaaactgcaaa----aaaacactgagtgggtgtttagagtatctaggtaggcgtatgaatcgtctgccaaaacagaaacgattcaagatccaacagctc 26130132  T
Q  996 cctaaaaaacatca 1009  Q
    ||||||||||||||    
T  26130131 cctaaaaaacatca 26130118  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 50; E-Value: 4e-19
Query Start/End: Original strand, 730 - 831
Target Start/End: Original strand, 2199637 - 2199738
Alignment:
Q  730 taaaatgaaaaggaattacaaaactgcggggcacgaacctgacccagagaatcacagactcaaaccctaatggatgatacaataaatcagtacataagtg 829  Q
    |||||| |||||||| ||||| |||| |||||| |||||||||||||| || |||| ||||||||||||| || |||||||  ||||||||||| |||||    
T  2199637 taaaataaaaaggaaatacaagactggggggcatgaacctgacccagaaaaccacaaactcaaaccctaacgggtgatacagcaaatcagtacacaagtg 2199736  T
Q  830 gt 831  Q
    ||    
T  2199737 gt 2199738  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 72; Significance: 3e-32; HSPs: 2)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 72; E-Value: 3e-32
Query Start/End: Original strand, 759 - 1003
Target Start/End: Original strand, 20262585 - 20262825
Alignment:
Q  759 ggcacgaacctgacccagagaatcacagactcaaaccctaatggatgatacaataaatcagtacataagtggttaagacaataactctaaacaacactac 858  Q
    |||| |||||||| ||||| || ||| ||  |||||||||| |  |||||||| ||||||| | | ||||||| |||| || |||||||||||||| |||    
T  20262585 ggcatgaacctgaaccagataaccaccgatacaaaccctaacgagtgatacaacaaatcagaatacaagtggtaaagaaaacaactctaaacaacaatac 20262684  T
Q  859 tacggatagtccagcaaacccacgtgtggatgcgaaaccgacttgcaaaaaataaaatgcagagtgaatgtttagagtatccaagtaggtgtatgaatcg 958  Q
    |||||| |  ||||| ||||||||| ||||| |||||  ||  ||||||    ||||||||||||||| |||||||||||  | ||||| ||||||||||    
T  20262685 tacggacaacccagcgaacccacgtatggatacgaaattgaactgcaaa----aaaatgcagagtgaaagtttagagtattaaggtaggcgtatgaatcg 20262780  T
Q  959 tctaccaacatagaaacgttcgaaggtccaaaagctccctaaaaa 1003  Q
    ||| |||||| ||||||| |  ||||||||| |||||||||||||    
T  20262781 tctgccaacacagaaacgattcaaggtccaacagctccctaaaaa 20262825  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 54; E-Value: 2e-21
Query Start/End: Original strand, 757 - 1002
Target Start/End: Original strand, 28771896 - 28772136
Alignment:
Q  757 ggggcacgaacctgacccagagaatcacagactcaaaccctaatggatgatacaataaatcagtacataagtggttaagacaataactctaaacaacact 856  Q
    |||||| || ||||||||| | || ||||||||||||||||||  | |||| ||| ||||| | |||  |||||| || | || ||||| ||||||||||    
T  28771896 ggggcatgatcctgacccaaataaccacagactcaaaccctaacaggtgattcaacaaatctgcacaagagtggtaaacaaaacaactccaaacaacact 28771995  T
Q  857 actacggatagtccagcaaacccacgtgtggatgcgaaaccgacttgcaaaaaataaaatgcagagtgaatgtttagagtatccaagtaggtgtatgaat 956  Q
    ||||||   |||||||  |||||| |||||||| ||||| | |  |     ||| ||||||||| |||||||||||||||||| | ||||||||||||||    
T  28771996 actacgaccagtccagtgaacccatgtgtggatacgaaatcaaact-----aaaaaaaatgcagcgtgaatgtttagagtatcaaggtaggtgtatgaat 28772090  T
Q  957 cgtctaccaacatagaaacgttcgaaggtccaaaagctccctaaaa 1002  Q
    ||| | ||| || |||||   || ||||||||| ||||||||||||    
T  28772091 cgtttgccagcacagaaatcatccaaggtccaacagctccctaaaa 28772136  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 61; Significance: 1e-25; HSPs: 2)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 61; E-Value: 1e-25
Query Start/End: Original strand, 713 - 1005
Target Start/End: Original strand, 51925667 - 51925956
Alignment:
Q  713 caaagtagaaattaaaataaaa-tgaaaaggaattacaaaactgcggggcacgaacctgacccagagaatcacagactcaaaccctaatggatgatacaa 811  Q
    ||||||||||||| || ||||| | |||||||| |||||   || |||||| |||||||||||| | || ||||||||||||||||||  ||||||||||    
T  51925667 caaagtagaaattgaattaaaaataaaaaggaagtacaagt-tggggggcatgaacctgaccca-ataaccacagactcaaaccctaacagatgatacaa 51925764  T
Q  812 taaatcagtacataagtggttaagacaataa-ctctaaacaacactactacggatagtccagcaaacccacgtgtggatgcgaaaccgacttgcaaaaaa 910  Q
     |||||||||||   ||||| || | ||  | ||  ||||||||||||||| |  || ||| | ||||||| ||||||| ||||||| |  || ||||      
T  51925765 caaatcagtacaagtgtggtaaataaaaacagcttaaaacaacactactacagccagcccaacgaacccacatgtggatacgaaaccaaactggaaaa-- 51925862  T
Q  911 taaaatgcagagtgaatgtttagagtatccaagtaggtgtatgaatcgtctaccaacatagaaacgttcgaaggtccaaaagctccctaaaaaac 1005  Q
     |||||||||  ||||||||||||||||| | ||||| ||||||||||||| |||||| | |||||  | ||||||||| |||||||||||||||    
T  51925863 -aaaatgcagcatgaatgtttagagtatcaaggtaggcgtatgaatcgtctgccaacacataaacgacccaaggtccaacagctccctaaaaaac 51925956  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000004
Query Start/End: Original strand, 912 - 1013
Target Start/End: Complemental strand, 28690314 - 28690213
Alignment:
Q  912 aaaatgcagagtgaatgtttagagtatccaagtaggtgtatgaatcgtctaccaacatagaaacgttcgaaggtccaaaagctccctaaaaaacatcaac 1011  Q
    |||| |||| ||||||||||| |||||| | ||| | |||||||||| || |||||| | ||||| || ||||||||| | || |||||||||  |||||    
T  28690314 aaaacgcagcgtgaatgtttatagtatcgaggtaagcgtatgaatcgcctgccaacacataaacgatccaaggtccaacaacttcctaaaaaaattcaac 28690215  T
Q  1012 aa 1013  Q
    ||    
T  28690214 aa 28690213  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 57; Significance: 3e-23; HSPs: 2)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 57; E-Value: 3e-23
Query Start/End: Original strand, 727 - 1002
Target Start/End: Complemental strand, 12658790 - 12658521
Alignment:
Q  727 aaataaaatgaaaaggaattacaaaactgcggggcacgaacctgacccagagaatcacagactcaaaccctaatggatgatacaataaatcagtacataa 826  Q
    |||||||||||||||||| |||||  ||| ||||||||||||||||| ||| || ||||    ||||||| || || |||||||| |||||| |||| ||    
T  12658790 aaataaaatgaaaaggaagtacaag-ctgaggggcacgaacctgacctaga-aaccacaagtacaaacccaaacgggtgatacaaaaaatcaatacacaa 12658693  T
Q  827 gtggt-taagacaataactctaaacaacactactacggatagtccagcaaacccacgtgtggatgcgaaaccgacttgcaaaaaataaaatgcagagtga 925  Q
    ||||| ||| | || |||||||||| | ||||| ||||| | ||||||| | |||||| ||||||||||||||| |||||||     ||||||||||||     
T  12658692 gtggtataaaaaaacaactctaaaccaaactaccacggacaatccagcacaaccacgtatggatgcgaaaccgaattgcaaa-----aaatgcagagtgg 12658598  T
Q  926 atgtttagagtatccaagtaggtgtatgaatcgtctaccaacatagaaacgttcgaaggtccaaaagctccctaaaa 1002  Q
     |||| | |||||  ||||||  ||||| ||| ||| |||||| | ||||| || ||||||||  ||||||||||||    
T  12658597 ttgttcatagtattaaagtagacgtatggatcatctgccaacacataaacgatccaaggtccagcagctccctaaaa 12658521  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 41; E-Value: 0.0000000000001
Query Start/End: Original strand, 699 - 771
Target Start/End: Original strand, 32653228 - 32653300
Alignment:
Q  699 tttttatttttaagcaaagtagaaattaaaataaaatgaaaaggaattacaaaactgcggggcacgaacctga 771  Q
    ||||| |||||||||| | |||||| |||||||||||| ||||||||||||||| || |||||| ||||||||    
T  32653228 tttttttttttaagcagaatagaaaataaaataaaatggaaaggaattacaaaattggggggcatgaacctga 32653300  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University