View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF8986_low_25 (Length: 585)

Name: NF8986_low_25
Description: NF8986
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF8986_low_25
NF8986_low_25
[»] chr3 (11 HSPs)
chr3 (1-568)||(54346527-54347094)
chr3 (27-568)||(27156033-27156573)
chr3 (1-534)||(46428382-46428914)
chr3 (159-534)||(42794312-42794687)
chr3 (1-534)||(54812089-54812621)
chr3 (43-319)||(43812988-43813263)
chr3 (177-534)||(43912268-43912625)
chr3 (200-479)||(51841234-51841512)
chr3 (385-478)||(34265151-34265244)
chr3 (313-449)||(43328856-43328992)
chr3 (1-37)||(52726491-52726527)
[»] chr2 (15 HSPs)
chr2 (1-568)||(13186680-13187246)
chr2 (108-568)||(7305027-7305488)
chr2 (26-496)||(40190284-40190754)
chr2 (1-262)||(40426007-40426268)
chr2 (1-289)||(6598990-6599279)
chr2 (44-311)||(37307177-37307444)
chr2 (390-572)||(37307445-37307626)
chr2 (105-466)||(26381210-26381576)
chr2 (1-388)||(17290001-17290387)
chr2 (286-448)||(42865734-42865896)
chr2 (1-70)||(7304958-7305026)
chr2 (486-571)||(40196712-40196797)
chr2 (286-448)||(11995863-11996025)
chr2 (286-448)||(24126543-24126705)
chr2 (384-445)||(3733098-3733159)
[»] chr1 (13 HSPs)
chr1 (1-568)||(23949490-23950056)
chr1 (1-568)||(5308434-5309001)
chr1 (3-568)||(23084754-23085318)
chr1 (1-568)||(50952405-50952975)
chr1 (1-311)||(42677240-42677550)
chr1 (1-343)||(34553713-34554054)
chr1 (1-534)||(22065042-22065574)
chr1 (196-439)||(2601107-2601346)
chr1 (286-448)||(6293833-6293995)
chr1 (282-451)||(16854763-16854932)
chr1 (291-478)||(28705778-28705965)
chr1 (1-53)||(23723127-23723179)
chr1 (538-568)||(23723079-23723109)
[»] chr7 (11 HSPs)
chr7 (1-568)||(8019585-8020151)
chr7 (4-568)||(48618726-48619290)
chr7 (4-565)||(29213572-29214132)
chr7 (149-572)||(24473236-24473659)
chr7 (466-568)||(25713258-25713360)
chr7 (243-478)||(29759925-29760161)
chr7 (286-448)||(46045724-46045886)
chr7 (149-261)||(24468599-24468711)
chr7 (286-448)||(8035528-8035690)
chr7 (286-448)||(38110802-38110964)
chr7 (286-448)||(45033806-45033968)
[»] chr4 (11 HSPs)
chr4 (1-565)||(34389645-34390209)
chr4 (4-564)||(36894255-36894820)
chr4 (151-571)||(47597580-47598000)
chr4 (245-469)||(43270874-43271098)
chr4 (286-448)||(1369251-1369413)
chr4 (286-448)||(28945496-28945658)
chr4 (1-224)||(4228307-4228529)
chr4 (286-451)||(36858936-36859101)
chr4 (1-33)||(28099577-28099609)
chr4 (1-70)||(44307719-44307788)
chr4 (421-453)||(28561506-28561538)
[»] chr8 (11 HSPs)
chr8 (2-568)||(1635790-1636356)
chr8 (1-568)||(26616566-26617131)
chr8 (1-568)||(456202-456762)
chr8 (1-534)||(44145531-44146062)
chr8 (151-445)||(38560608-38560902)
chr8 (286-448)||(33373015-33373177)
chr8 (286-448)||(45093258-45093420)
chr8 (1-88)||(33373375-33373461)
chr8 (1-88)||(45093618-45093705)
chr8 (354-413)||(20670285-20670344)
chr8 (354-421)||(40536559-40536626)
[»] chr5 (12 HSPs)
chr5 (1-568)||(18258979-18259545)
chr5 (26-568)||(34080606-34081145)
chr5 (4-355)||(22540215-22540566)
chr5 (149-468)||(4560304-4560621)
chr5 (1-439)||(18933974-18934411)
chr5 (151-468)||(18883272-18883590)
chr5 (225-534)||(32216614-32216927)
chr5 (286-448)||(14024752-14024914)
chr5 (24-99)||(13236721-13236796)
chr5 (286-448)||(32386305-32386467)
chr5 (170-319)||(32785942-32786093)
chr5 (384-445)||(7530773-7530834)
[»] chr6 (2 HSPs)
chr6 (232-534)||(1223033-1223335)
chr6 (1-200)||(1222821-1223019)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 496; Significance: 0; HSPs: 11)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 496; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 568
Target Start/End: Complemental strand, 54347094 - 54346527
Alignment:
Q  1 tacaagagagggcaaagcccaaaagaaaacaaaattaagaagttaatcgaacattcataggcatgcaagctccggataaatcatcaaaaaggattctttt 100  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  54347094 tacaagagagggcaaagcccaaaaaaaaacaaaattaagaagttaatcgaacattcctaggcatgtaagccccggataaatcatcaaaaaggattctttt 54346995  T
Q  101 gacctcacaaggaggggactccaacacaataaaattaaaatgatctgtagaaatgcttaaattagcgagccaatcaacactcatatttccttcacgccaa 200  Q
    ||||||||||||||| ||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||    
T  54346994 gacctcacaaggaggagactccagcacaagaaaattaaaatgatctgtagaaatgcttaaattagcgagccaatcagcactcctatttccttcacgccaa 54346895  T
Q  201 gtatgattgagttgaacattccaactcatcttcagcagcttccggatacggtaaactaaaacaggaatattcccattgaacttgaaattatcagaaatca 300  Q
    |||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  54346894 gtatgggtgagttgaacattccaactcatcttcagcagcttccggatacggtaaactaaaacaggaatatttccattgaacttgaaattatcagaaatca 54346795  T
Q  301 tgtcaatcaaactctttgaatcactttccactataagatgagagtaatgttccctccaagccatgtccaaacccaaatatagcccccacatctcagcatg 400  Q
    |||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  54346794 tgtcgatcaaaatctttgaatcactttccactataagatgagagtaatgttccctccaagccatgtccaaacccaaatatagtccccacatctcagcatg 54346695  T
Q  401 taaggcatcacaagctccaatcttcttagtgtagcctttgatccatctaccgtctgaatcacgaaaaaggccgccacatccagcaataacccccatatcc 500  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  54346694 taaggcatcacaagctccaatcttcttagtgtagcctttgatccatctaccgtctgaatcacgaaaaaggccgccacatccagcaataacccccatatcc 54346595  T
Q  501 ttgcaagcatcatcactattaagcttgatccaactctctcgaggccgcttccaacctatatagatgat 568  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  54346594 ttgcaagcaccatcactattaagcttgatccaaccttctcgaggccgcttccaacctatatagatgat 54346527  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 438; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 27 - 568
Target Start/End: Original strand, 27156033 - 27156573
Alignment:
Q  27 aaacaaaattaagaagttaatcgaacattcataggcatgcaagctccggataaatcatcaaaaaggattcttttgacctcacaaggaggggactccaaca 126  Q
    ||||||| |||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  27156033 aaacaaacttaagaagttaatcgaacgttcctaggcatgcaagctccggataaatcattaaaaaggattcttttgacctcacaaggaggagactccaaca 27156132  T
Q  127 caataaaattaaaatgatctgtagaaatgcttaaattagcgagccaatcaacactcatatttccttcacgccaagtatgattgagttgaacattccaact 226  Q
    | | ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  27156133 ctagaaaattaaaatgatctgtagaaatgctgaaattagcgagccaatcagcactcctatttccttcacgccaagtatggttgagttgaacattccaact 27156232  T
Q  227 catcttcagcagcttccggatacggtaaactaaaacaggaatattcccattgaacttgaaattatcagaaatcatgtcaatcaaactctttgaatcactt 326  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||    
T  27156233 catcttcagcagcttccggatccggtaaactaaaacaggaatattcccattaaacttgaaattatcagaaatcatgtcgatcaaaatctttgaatcactt 27156332  T
Q  327 tccactataagatgagagtaatgttccctccaagccatgtccaaacccaaatatagcccccacatctcagcatgtaaggcatcacaagctccaatcttct 426  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  27156333 tccactataagatgagagtaatgttccctccaagctatgtccaaacccaaatatagtcctcacatctcagcatgtaaggcatcacaagctctaatcttct 27156432  T
Q  427 tagtgtagcctttgatccatctaccgtctgaatcacgaaaaaggccgccacatccagcaataacccccatatccttgcaagcatcatcactattaagctt 526  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  27156433 tagtgtagcctttgatccatctaccgtctgaatcatgaaaaaggccgccacatccag-aataacccccatatccttgcaagcaccatcactattaagctt 27156531  T
Q  527 gatccaactctctcgaggccgcttccaacctatatagatgat 568  Q
    ||||||||  | ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27156532 gatccaaccttttcgaggccgcttccaacctatatagatgat 27156573  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 143; E-Value: 8e-75
Query Start/End: Original strand, 1 - 534
Target Start/End: Complemental strand, 46428914 - 46428382
Alignment:
Q  1 tacaagagagggcaaagcccaaaagaaaacaaaattaagaagttaatcgaacattcataggcatgcaagctccggataaatcatcaaaaaggattctttt 100  Q
    ||||| |||||||||||||||| |||||| ||| | | ||| |||| || |||||| |||||||||||||  |||| | ||||||||| | ||  ||||     
T  46428914 tacaaaagagggcaaagcccaagagaaaagaaact-acgaaattaaacggacattcctaggcatgcaagcctcggaaatatcatcaaacatgag-ctttc 46428817  T
Q  101 gac-ctcacaaggaggggactccaacacaataaaattaaaatgatctgtagaaatgcttaaattagcgagccaatcaacactcatatttccttcacgcca 199  Q
    ||  ||||  |||||| | |||||| | ||| ||||| |||||||    | ||||||| |||||||| ||||||||  ||||  ||||||||||| ||||    
T  46428816 gaagctcaataggaggagtctccaaaataatcaaattcaaatgattcacataaatgctaaaattagcaagccaatcggcacttctatttccttcatgcca 46428717  T
Q  200 agtatgattgagttgaacattccaactcatcttcagcagcttccggatacggtaaactaaaacaggaatattcccattgaacttgaaattatcagaaatc 299  Q
    |||||| |||| ||| |||| ||||  |||  |||||||||||| |||||| | |||||||| ||| ||||||||||| |||||||| || |||||||||    
T  46428716 agtatggttgatttgcacatgccaatccattctcagcagcttcctgatacgatgaactaaaataggcatattcccattaaacttgaacttgtcagaaatc 46428617  T
Q  300 atgtcaatcaaactctttgaatcactttccactataagatgagagtaatgttccctccaagccatgtccaaacccaaatatagcccccacatctcagcat 399  Q
    ||||| |||||  |||| || ||||||||||| |||||||||    |||| ||||| |||||||| || | ||||||||| | ||||||||||||| |||    
T  46428616 atgtcgatcaatatcttcgagtcactttccacaataagatgatcaaaatgctccctgcaagccatctctatacccaaatacaacccccacatctcaacat 46428517  T
Q  400 gtaaggcatcacaagctccaatcttcttagtgtagcctttgatccatctaccgtctgaatcacgaaaaaggccgccacatccagcaataacccccatatc 499  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||| |||| |||||||||||  || ||||| || | ||||   ||||||||    
T  46428516 gtaaggcatcacaagctccaatcttcttagtgtagcctttaatccatttaccatctgcatcacgaaaaataccaccacaaccggaaatatgacccatatc 46428417  T
Q  500 cttgcaagcatcatcactattaagcttgatccaac 534  Q
    |||||| ||| | || || || |||||||| ||||    
T  46428416 cttgcaggcaccgtcgctgttgagcttgattcaac 46428382  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 140; E-Value: 5e-73
Query Start/End: Original strand, 159 - 534
Target Start/End: Complemental strand, 42794687 - 42794312
Alignment:
Q  159 aaattagcgagccaatcaacactcatatttccttcacgccaagtatgattgagttgaacattccaactcatcttcagcagcttccggatacggtaaacta 258  Q
    |||||||| ||||||||  ||||  |||||||||||||||||||||| |||| ||| |||| ||||  |||  |||||||||||| |||||| | |||||    
T  42794687 aaattagcaagccaatcggcacttctatttccttcacgccaagtatggttgatttgcacatgccaatccattctcagcagcttcctgatacgatgaacta 42794588  T
Q  259 aaacaggaatattcccattgaacttgaaattatcagaaatcatgtcaatcaaactctttgaatcactttccactataagatgagagtaatgttccctcca 358  Q
    ||| ||| ||||||||||| |||||||| || | |||||||||||| |||||  |||| || ||||||||||| |||||||||    |||| ||||||||    
T  42794587 aaataggcatattcccattaaacttgaacttgttagaaatcatgtcgatcaatatcttcgagtcactttccacaataagatgatcaaaatgctccctcca 42794488  T
Q  359 agccatgtccaaacccaaatatagcccccacatctcagcatgtaaggcatcacaagctccaatcttcttagtgtagcctttgatccatctaccgtctgaa 458  Q
    |||||| || | ||||||||| | |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||| |||| |    
T  42794487 agccatctctatacccaaatacaacccccacatctcagcatgtaagacatcacaagctccaatcttcttagtgtagcctttaatccatttaccatctgca 42794388  T
Q  459 tcacgaaaaaggccgccacatccagcaataacccccatatccttgcaagcatcatcactattaagcttgatccaac 534  Q
    || |||||||  || ||||| || | ||||   |||||||||||||| ||| | || || || |||||||||||||    
T  42794387 tcgcgaaaaataccaccacaaccggaaatatgacccatatccttgcaggcaccgtcgctgttgagcttgatccaac 42794312  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 139; E-Value: 2e-72
Query Start/End: Original strand, 1 - 534
Target Start/End: Original strand, 54812089 - 54812621
Alignment:
Q  1 tacaagagagggcaaagcccaaaagaaaacaaaattaagaagttaatcgaacattcataggcatgcaagctccggataaatcatcaaaaaggattctttt 100  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||| ||| |   ||| |||| || |||||| ||||||||||||| | ||| | ||||||||| | ||  ||||     
T  54812089 tacaatagagggcaaagcccaaaagaaaagaaactgc-gaaattaaccggacattcctaggcatgcaagcccgggaaatatcatcaaacatgag-ctttc 54812186  T
Q  101 gac-ctcacaaggaggggactccaacacaataaaattaaaatgatctgtagaaatgcttaaattagcgagccaatcaacactcatatttccttcacgcca 199  Q
    ||  ||||  |||||| | |||| | | ||| ||||| |||||||    ||||||||| |||||||| ||||||||  ||||  ||||||||||||||||    
T  54812187 gaagctcaataggaggagtctccgaaataatcaaattcaaatgattcacagaaatgctaaaattagcaagccaatcggcacttctatttccttcacgcca 54812286  T
Q  200 agtatgattgagttgaacattccaactcatcttcagcagcttccggatacggtaaactaaaacaggaatattcccattgaacttgaaattatcagaaatc 299  Q
    |||||| |||| ||| |||| | ||  |||  |||||||||||| |||||| | |||||||| ||| | ||||||||| |||||||| |  |||||||||    
T  54812287 agtatggttgatttgcacatgctaatccattctcagcagcttcctgatacgatgaactaaaataggcacattcccattaaacttgaactcgtcagaaatc 54812386  T
Q  300 atgtcaatcaaactctttgaatcactttccactataagatgagagtaatgttccctccaagccatgtccaaacccaaatatagcccccacatctcagcat 399  Q
    ||||| |||||  |||| || ||||||||||| |||||||||    |||| |||||||||||||| || | ||||||||| | |||||||||||||||||    
T  54812387 atgtcgatcaatatcttcgagtcactttccacaataagatgatcaaaatgctccctccaagccatctctatacccaaatacaacccccacatctcagcat 54812486  T
Q  400 gtaaggcatcacaagctccaatcttcttagtgtagcctttgatccatctaccgtctgaatcacgaaaaaggccgccacatccagcaataacccccatatc 499  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||| |||| |||| |||||||||||  || ||||| || | ||||   ||||||||    
T  54812487 gtaaggcatcacaagcttcaatcttcttagtgtagcctttaatccatttaccatctgcatcacgaaaaataccaccacaaccggaaatatgacccatatc 54812586  T
Q  500 cttgcaagcatcatcactattaagcttgatccaac 534  Q
    |||||| ||| | || |  || |||||||||||||    
T  54812587 cttgcaggcaccgtcgccgttgagcttgatccaac 54812621  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 109; E-Value: 1e-54
Query Start/End: Original strand, 43 - 319
Target Start/End: Complemental strand, 43813263 - 43812988
Alignment:
Q  43 ttaatcgaacattcataggcatgcaagctccggataaatcatcaaaaaggattcttttgacctcacaaggaggggactccaacacaataaaattaaaatg 142  Q
    |||||||||||||| ||||||| ||| || |||||||||||||||||| || |  || |||||||| |||||| |||| |||||  |  ||||||||  |    
T  43813263 ttaatcgaacattcctaggcatacaaactacggataaatcatcaaaaatgagttattggacctcactaggaggagacttcaacaacaacaaattaaac-g 43813165  T
Q  143 atctgtagaaatgcttaaattagcgagccaatcaacactcatatttccttcacgccaagtatgattgagttgaacattccaactcatcttcagcagcttc 242  Q
    |||| ||||||||||||| |||||||| |||||| |||||  |||||||||||||||| |||| |||||||||||||| |||||||||| || || |||     
T  43813164 atctatagaaatgcttaagttagcgagtcaatcagcactccaatttccttcacgccaattatggttgagttgaacatttcaactcatctgcaacaacttt 43813065  T
Q  243 cggatacggtaaactaaaacaggaatattcccattgaacttgaaattatcagaaatcatgtcaatcaaactctttga 319  Q
     |||| ||||||||||||||| ||||||| |||||  | |||||||||||||||||||| || |||||| |||||||    
T  43813064 tggatccggtaaactaaaacatgaatattgccattacatttgaaattatcagaaatcatatcgatcaaaatctttga 43812988  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 90; E-Value: 3e-43
Query Start/End: Original strand, 177 - 534
Target Start/End: Original strand, 43912268 - 43912625
Alignment:
Q  177 acactcatatttccttcacgccaagtatgattgagttgaacattccaactcatcttcagcagcttccggatacggtaaactaaaacaggaatattcccat 276  Q
    ||||| |||||| |||| |||||  |||| |||| ||| || | ||||  ||| |||| |||||||| |||||| | | |||||| ||  ||||||||||    
T  43912268 acacttatattttcttcgcgccagatatggttgatttgcacttgccaatccattttcaacagcttcctgatacgatgagctaaaatagagatattcccat 43912367  T
Q  277 tgaacttgaaattatcagaaatcatgtcaatcaaactctttgaatcactttccactataagatgagagtaatgttccctccaagccatgtccaaacccaa 376  Q
    | |||||||| || |||||||||||||  |||||  ||||||| |||||||| ||||||||||||    |||| |||||||||||||| || | ||||||    
T  43912368 taaacttgaacttctcagaaatcatgttgatcaatatctttgagtcactttcaactataagatgatcaaaatgctccctccaagccatctctatacccaa 43912467  T
Q  377 atatagcccccacatctcagcatgtaaggcatcacaagctccaatcttcttagtgtagcctttgatccatctaccgtctgaatcacgaaaaaggccgcca 476  Q
    ||| | ||| ||||||||| ||||||||| ||||||||||| ||||||||||  ||||||||| |||||| || | |||  |||||||||||   | |||    
T  43912468 atacaaccctcacatctcatcatgtaaggtatcacaagctcaaatcttcttaacgtagcctttaatccatttatcatctacatcacgaaaaatatcacca 43912567  T
Q  477 catccagcaataacccccatatccttgcaagcatcatcactattaagcttgatccaac 534  Q
    || ||   ||||   |||||||||||||| ||||| ||||| || |||||||||||||    
T  43912568 caaccgaaaatatgacccatatccttgcaggcatcgtcactgttgagcttgatccaac 43912625  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 56; E-Value: 6e-23
Query Start/End: Original strand, 200 - 479
Target Start/End: Original strand, 51841234 - 51841512
Alignment:
Q  200 agtatgattgagttgaacattccaactcatcttcagcagcttccggatacggtaaactaaaacaggaatattcccattgaacttgaaattatcagaaatc 299  Q
    ||||||||||| ||| ||||  || ||||||||||| | ||| |||||||| | |||||||| ||| ||| |||| ||||| |||||||| |||||| |     
T  51841234 agtatgattgatttgcacatgtcacctcatcttcagaacctttcggatacgctcaactaaaatagggatagtccctttgaaattgaaattgtcagaagt- 51841332  T
Q  300 atgtcaatcaaactctttgaatcactttccactataagatgagagtaatgttccctccaagccatgtccaaacccaaatatagcccccacatctcagcat 399  Q
    ||||| |||||   |||||| ||||| |||||||||||||||||  |||| ||  |||||||||| ||||| || ||||| | | | ||||||||| | |    
T  51841333 atgtcgatcaataactttgagtcactctccactataagatgagaaaaatgctctttccaagccatatccaatcctaaatacaactctcacatctcaacgt 51841432  T
Q  400 gtaaggcatcacaagctccaatcttcttagtgtagcctttgatccatctaccgtctgaatcacgaaaaaggccgccacat 479  Q
     |||| |||| || ||  |||  || |||||||| ||||| || |||||| | |||||||||| |||||| || ||||||    
T  51841433 ataagtcatcgcacgcaacaaattttttagtgtaacctttaatgcatctatcatctgaatcacaaaaaagacccccacat 51841512  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 50; E-Value: 2e-19
Query Start/End: Original strand, 385 - 478
Target Start/End: Complemental strand, 34265244 - 34265151
Alignment:
Q  385 cccacatctcagcatgtaaggcatcacaagctccaatcttcttagtgtagcctttgatccatctaccgtctgaatcacgaaaaaggccgccaca 478  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||| |||||||| | ||| |||||| |||| ||||||||||||| ||| | ||||||    
T  34265244 cccacatctcagcatgtaagacatcacaagcttcaatctttttagtgtaacatttaatccatttaccatctgaatcacgaataagactgccaca 34265151  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000001
Query Start/End: Original strand, 313 - 449
Target Start/End: Original strand, 43328856 - 43328992
Alignment:
Q  313 tctttgaatcactttccactataagatgagagtaatgttccctccaagccatgtccaaacccaaatatagcccccacatctcagcatgtaaggcatcaca 412  Q
    ||||||| ||||| |||||||||||||||| |  ||  |||||||| || ||||||||||| |  || |  |||||||| |||||||| || ||||||||    
T  43328856 tctttgagtcactctccactataagatgagtggtattctccctccacgctatgtccaaacctaggtacatgccccacatttcagcatgaaaagcatcaca 43328955  T
Q  413 agctccaatcttcttagtgtagcctttgatccatcta 449  Q
       |||||| |||||   |||||||||||||||||||    
T  43328956 cattccaatattcttgaagtagcctttgatccatcta 43328992  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #11
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000008
Query Start/End: Original strand, 1 - 37
Target Start/End: Original strand, 52726491 - 52726527
Alignment:
Q  1 tacaagagagggcaaagcccaaaagaaaacaaaatta 37  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||    
T  52726491 tacaagagagggcaaagcctaaaagaaaataaaatta 52726527  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 492; Significance: 0; HSPs: 15)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 492; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 568
Target Start/End: Complemental strand, 13187246 - 13186680
Alignment:
Q  1 tacaagagagggcaaagcccaaaagaaaacaaaattaagaagttaatcgaacattcataggcatgcaagctccggataaatcatcaaaaaggattctttt 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||     
T  13187246 tacaagagagggcaaagcccaaaagaaaacaaaattaagaagttaatcgaacattcctaggcatgcaagccccgaataaatcatcaaaaaggattcttt- 13187148  T
Q  101 gacctcacaaggaggggactccaacacaataaaattaaaatgatctgtagaaatgcttaaattagcgagccaatcaacactcatatttccttcacgccaa 200  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||    
T  13187147 gacctcacaaggaggagactccaacacaataaaattaaaatgatatgtagaaatgcttaaattagcgagccaatcagcactcctatttccttcacgccaa 13187048  T
Q  201 gtatgattgagttgaacattccaactcatcttcagcagcttccggatacggtaaactaaaacaggaatattcccattgaacttgaaattatcagaaatca 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  13187047 gtatgattgagttgaacattccaactcgtcttcagcagcttccggatacggtaaactaaaacaggaatatttccattgaacttgaaattatcagaaatca 13186948  T
Q  301 tgtcaatcaaactctttgaatcactttccactataagatgagagtaatgttccctccaagccatgtccaaacccaaatatagcccccacatctcagcatg 400  Q
    |||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  13186947 tgtcgatcaaaatctttgaatcactttccactataagatgagagtaatgttccctccaagccatgtccaaacccaaatatagtccccacatctcagcatg 13186848  T
Q  401 taaggcatcacaagctccaatcttcttagtgtagcctttgatccatctaccgtctgaatcacgaaaaaggccgccacatccagcaataacccccatatcc 500  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13186847 taaggcatcacaagctccaatcttcttagtgtagcctttgatccatctaccgtctaaatcacgaaaaaggccgccacatccagcaataacccccatatcc 13186748  T
Q  501 ttgcaagcatcatcactattaagcttgatccaactctctcgaggccgcttccaacctatatagatgat 568  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||| |||  ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13186747 ttgcaagcaccatcactattaagcttgatcaaaccttctcgaggccgcttccaacctatatagatgat 13186680  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 336; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 108 - 568
Target Start/End: Original strand, 7305027 - 7305488
Alignment:
Q  108 caaggaggggactccaacacaataaaattaaaatgatctgtagaaatgcttaaattagcgagccaatcaacactcatatttccttcacgccaagtatgat 207  Q
    |||||||| ||||||||||| | ||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||| |    
T  7305027 caaggaggagactccaacactagaaaattaaagtgatctgtagaaatgcttaaattagagagccaatcagcactcctatttccttcacgccaagtatggt 7305126  T
Q  208 tgagttgaacattccaactcatcttcagcagcttccggatacggtaaactaaaacaggaatattcccattgaacttgaaattatcagaaatcatgtcaat 307  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||| ||    
T  7305127 tgagttgaaaattccaactcatcttcagcaggttccggatccggtaaagtaaaacaggaatattctcattgaacttgaaattattagaaatcatgtcgat 7305226  T
Q  308 caaactctttgaatcactttccactataagatgagagtaatgttcc--ctccaagccatgtccaaacccaaatatagcccccacatctcagcatgtaagg 405  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7305227 caaaatctttgaatcactttccactataagatgagagtaatgttcccactccaagtcatgtccaaacccaaatatagcccccacatctcagcatgtaagg 7305326  T
Q  406 catcacaagctccaatcttcttagtgtagcctttgatccatctaccgtctgaatcacgaaaaaggccgccacatccagcaataacccccatatccttgca 505  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  7305327 catcacaagctccaatctttttagtgtagtctttgatccatctaccgtctgaatcatgaaaaaggccaccacatccagcaataactcccatatccttgca 7305426  T
Q  506 agcatcatcactattaagcttgatccaactctctcgaggccgcttccaacctatatagatgat 568  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||  ||| ||||||||| |||| |||||||||||||    
T  7305427 agcaccatcactattaagcttgatccaaccttcttgaggccgctaccaa-ctatatagatgat 7305488  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 251; E-Value: 1e-139
Query Start/End: Original strand, 26 - 496
Target Start/End: Original strand, 40190284 - 40190754
Alignment:
Q  26 aaaacaaaattaagaagttaatcgaacattcataggcatgcaagctccggataaatcatcaaaaaggattcttttgacctcacaaggaggggactccaac 125  Q
    ||||||||||||| ||| ||||||||||||| ||| ||||||||   |||||||||||| |||||||||||||  || ||||| |||||| || ||||||    
T  40190284 aaaacaaaattaaaaagctaatcgaacattcttagacatgcaagtctcggataaatcattaaaaaggattcttcggatctcactaggaggagattccaac 40190383  T
Q  126 acaataaaattaaaatgatctgtagaaatgcttaaattagcgagccaatcaacactcatatttccttcacgccaagtatgattgagttgaacattccaac 225  Q
    || |  |||||||| ||||| ||| |||||||||| |||| ||| ||||| |||||| ||||||||||| | |||||||| |||||||||||||||||||    
T  40190384 actagtaaattaaagtgatccgtataaatgcttaagttagtgagtcaatctacactcctatttccttcatgtcaagtatggttgagttgaacattccaac 40190483  T
Q  226 tcatcttcagcagcttccggatacggtaaactaaaacaggaatattcccattgaacttgaaattatcagaaatcatgtcaatcaaactctttgaatcact 325  Q
    ||||||||||||| ||  ||||  |||  ||||||| ||||||||   |||||||||| ||||||||||||||||| || |||||| |||||||||||||    
T  40190484 tcatcttcagcagttttgggatctggtggactaaaataggaatatgttcattgaacttaaaattatcagaaatcatatcgatcaaaatctttgaatcact 40190583  T
Q  326 ttccactataagatgagagtaatgttccctccaagccatgtccaaacccaaatatagcccccacatctcagcatgtaaggcatcacaagctccaatcttc 425  Q
    |||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||| ||  ||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  40190584 ttccactataagatgagagtaatgctcgctccaagccatgtctaagtccaaatatagcccccacatcttagcatataaggcatcacaagctccaatcttc 40190683  T
Q  426 ttagtgtagcctttgatccatctaccgtctgaatcacgaaaaaggccgccacatccagcaataacccccat 496  Q
    ||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||  |||||||||||| ||||||||||||    
T  40190684 ttaatgtagcctttgatccatctaacgtctgaatcacgaaaaagaacgccacatccagaaataacccccat 40190754  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 206; E-Value: 1e-112
Query Start/End: Original strand, 1 - 262
Target Start/End: Original strand, 40426007 - 40426268
Alignment:
Q  1 tacaagagagggcaaagcccaaaagaaaacaaaattaagaagttaatcgaacattcataggcatgcaagctccggataaatcatcaaaaaggattctttt 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||    
T  40426007 tacaagagagggcaaagcccaaaagaaaacaagattaagaagttaatcgaacattcctaggcatgcaagccccggataaatcatcaaaaaagattctttt 40426106  T
Q  101 gacctcacaaggaggggactccaacacaataaaattaaaatgatctgtagaaatgcttaaattagcgagccaatcaacactcatatttccttcacgccaa 200  Q
    ||||||||||||||| ||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||| |||||||||||| ||||    
T  40426107 gacctcacaaggaggagactccagcacaagaaaattaaaatgatctgtagaaatgcttaaattagcgagtcaatcagcactcctatttccttcacaccaa 40426206  T
Q  201 gtatgattgagttgaacattccaactcatcttcagcagcttccggatacggtaaactaaaac 262  Q
     ||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  40426207 atatgggtgagttgaacattccaactcatcttcagcagcttccggatacggtaaactaaaac 40426268  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 170; E-Value: 6e-91
Query Start/End: Original strand, 1 - 289
Target Start/End: Complemental strand, 6599279 - 6598990
Alignment:
Q  1 tacaagagagggcaaagcccaaaagaaaaca-aaattaagaagttaatcgaacattcataggcatgcaagctccggataaatcatcaaaaaggattcttt 99  Q
    ||||| ||| |||||||||||||| |||| | ||| ||| ||| ||| ||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||| |||    
T  6599279 tacaaaagatggcaaagcccaaaaaaaaaaacaaactaaaaagctaaacgaacattcttaggcatgcaagccccggataaatcatcaaaaagtatttttt 6599180  T
Q  100 tgacctcacaaggaggggactccaacacaataaaattaaaatgatctgtagaaatgcttaaattagcgagccaatcaacactcatatttccttcacgcca 199  Q
     |||||||| |||||| ||||||||||| | ||||| ||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||    
T  6599179 ggacctcactaggaggagactccaacactaaaaaatcaaagtgatatgtagaaatgcttaaattagcgagccaatcagcactcttatttccttcacgcca 6599080  T
Q  200 agtatgattgagttgaacattccaactcatcttcagcagcttccggatacggtaaactaaaacaggaatattcccattgaacttgaaatt 289  Q
    | |||| |||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6599079 attatggttgagttgaacattccaattcatcttcagcaacttccggatccggtgaactaaaacaggaatattcccattgaacttgaaatt 6598990  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 144; E-Value: 2e-75
Query Start/End: Original strand, 44 - 311
Target Start/End: Original strand, 37307177 - 37307444
Alignment:
Q  44 taatcgaacattcataggcatgcaagctccggataaatcatcaaaaaggattcttttgacctcacaaggaggggactccaacacaataaaattaaaatga 143  Q
    |||||||| |||| ||||||||||||  | |||||||||||| ||||||||||||| |||||| | || ||| ||||||||||  |  |||||||| |||    
T  37307177 taatcgaagattcctaggcatgcaagtcctggataaatcatctaaaaggattctttggacctcgctagaaggagactccaacattagtaaattaaagtga 37307276  T
Q  144 tctgtagaaatgcttaaattagcgagccaatcaacactcatatttccttcacgccaagtatgattgagttgaacattccaactcatcttcagcagcttcc 243  Q
    || |||||||||||||| ||| ||||||||||| ||||| ||||||||||||| |||||||| |||||||||||||| |||||||||||| ||| ||| |    
T  37307277 tccgtagaaatgcttaagttaacgagccaatcagcactcctatttccttcacgtcaagtatggttgagttgaacatttcaactcatcttcggcaactttc 37307376  T
Q  244 ggatacggtaaactaaaacaggaatattcccattgaacttgaaattatcagaaatcatgtcaatcaaa 311  Q
     ||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  37307377 agatccggtaaactaaaacaggaatattctcattgaacttgaaattatcagaaatcatgtcgatcaaa 37307444  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #7
Raw Score: 115; E-Value: 4e-58
Query Start/End: Original strand, 390 - 572
Target Start/End: Original strand, 37307445 - 37307626
Alignment:
Q  390 atctcagcatgtaaggcatcacaagctccaatcttcttagtgtagcctttgatccatctaccgtctgaatcacgaaaaaggccgccacatccagcaataa 489  Q
    |||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||    
T  37307445 atctcaacatataaggcatcacaagctccaatcttcttagtgtagcctttgatccatctaccgtctgaatcacgaaaaagatcgccacatccagcaataa 37307544  T
Q  490 cccccatatccttgcaagcatcatcactattaagcttgatccaactctctcgaggccgcttccaacctatatagatgatgtcc 572  Q
    ||| | |||| ||||||||| ||||| | || |||||| ||||||  ||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  37307545 ccctcgtatctttgcaagcaccatca-tgttgagcttggtccaaccttcttgaggccgcttccaacttatatagatgatgtcc 37307626  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #8
Raw Score: 82; E-Value: 2e-38
Query Start/End: Original strand, 105 - 466
Target Start/End: Original strand, 26381210 - 26381576
Alignment:
Q  105 tcacaaggaggggactccaacacaataaaattaaaatgatctgtagaaatgcttaaattagcgagccaatcaacactcatatttccttcacgccaagtat 204  Q
    |||| |||||| | |||||| ||||  ||||| ||||||||  ||| |||||| |  ||||| |||||||||| |||  |||||||||||| | ||||||    
T  26381210 tcactaggaggagtctccaaaacaaacaaattcaaatgatccttagtaatgctgatgttagcaagccaatcaaaacttttatttccttcacacgaagtat 26381309  T
Q  205 gattgagttgaacattccaactcatcttcagcagcttccggatacggtaa----actaaaacagga-atattcccattgaacttgaaattatcagaaatc 299  Q
    | |||| ||| |||| ||| ||||||||||| ||||   ||||| | |      ||||||| |||  |||||||| ||||| |  ||||| |||||||||    
T  26381310 ggttgatttgcacatgccatctcatcttcagaagctattggatatgttggttggactaaaataggggatattcccgttgaaatgaaaattgtcagaaatc 26381409  T
Q  300 atgtcaatcaaactctttgaatcactttccactataagatgagagtaatgttccctccaagccatgtccaaacccaaatatagcccccacatctcagcat 399  Q
    |||||||||||| |||||||  | || |||||| | ||||||||  || | || ||||||||||||||||| | |||||| | | ||||||||||||| |    
T  26381410 atgtcaatcaaaatctttgagccgctctccacttttagatgagaaaaacgctctctccaagccatgtccaatctcaaatacaacgcccacatctcagctt 26381509  T
Q  400 gtaaggcatcacaagctccaatcttcttagtgtagcctttgatccatctaccgtctgaatcacgaaa 466  Q
    |||||  |||||| || |||||||||||||||||| |||| ||||||||||| ||||| ||||||||    
T  26381510 gtaagttatcacacgcaccaatcttcttagtgtagtctttaatccatctaccttctgagtcacgaaa 26381576  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #9
Raw Score: 73; E-Value: 5e-33
Query Start/End: Original strand, 1 - 388
Target Start/End: Complemental strand, 17290387 - 17290001
Alignment:
Q  1 tacaagagagggcaaagcccaaaagaaaacaaaattaagaagttaatcgaacattcataggcatgcaagctccggataaatcatcaaaaaggattctttt 100  Q
    ||||| ||||||||||| |||| |||||| ||| | | ||| |||| || |||||  ||||||||||||| ||||| | ||||||||| | ||  ||||     
T  17290387 tacaatagagggcaaagtccaagagaaaagaaact-acgaaattaaccggacatttctaggcatgcaagccccggaaatatcatcaaacatgag-ctttc 17290290  T
Q  101 gac-ctcacaaggaggggactccaacacaataaaattaaaatgatctgtagaaatgcttaaattagcgagccaatcaacactcatatttccttcacgcca 199  Q
    ||  ||||  |||||| | |||||| | ||| ||||| |||||||    |||||| || |||||||| ||||||||  ||||  ||||||||||||||||    
T  17290289 gaagctcaataggaggagtctccaaaataatcaaattcaaatgattcacagaaatactaaaattagcaagccaatcggcacttctatttccttcacgcca 17290190  T
Q  200 agtatgattgagttgaacattccaactcatcttcagcagcttccggatacggtaaactaaaacaggaatattcccattgaacttgaaattatcagaaatc 299  Q
    | |||| |||| ||| |||| ||||  |||  |||||||||||| |||||| | |||||||| ||| | ||||||||| |||||||| |  |||||||||    
T  17290189 aatatggttgatttgcacatgccaatccattctcagcagcttcctgatacgatgaactaaaataggcacattcccattaaacttgaactcgtcagaaatc 17290090  T
Q  300 atgtcaatcaaactctttgaatcactttccactataagatgagagtaatgttccctccaagccatgtccaaacccaaatatagccccca 388  Q
    ||||| |||||  |||| || ||||||||||| |||||||||    |||| |||||||||||||| || | ||||||||| | ||||||    
T  17290089 atgtcgatcaatatcttcgagtcactttccacaataagatgatcaaaatgctccctccaagccatctctacacccaaatacaaccccca 17290001  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #10
Raw Score: 51; E-Value: 6e-20
Query Start/End: Original strand, 286 - 448
Target Start/End: Complemental strand, 42865896 - 42865734
Alignment:
Q  286 aattatcagaaatcatgtcaatcaaactctttgaatcactttccactataagatgagagtaatgttccctccaagccatgtccaaacccaaatatagccc 385  Q
    |||| |||| ||||||||| | |||| ||||||| ||||| |||||||||||||||| |  ||  |||||||| |||||||||||||| |  || |  ||    
T  42865896 aattttcagtaatcatgtcgaccaaaatctttgagtcactctccactataagatgagtggtattctccctccacgccatgtccaaaccaaggtacatgcc 42865797  T
Q  386 ccacatctcagcatgtaaggcatcacaagctccaatcttcttagtgtagcctttgatccatct 448  Q
    |||||| |||||||| || ||||||||   ||||||||||||   ||||||||||||||||||    
T  42865796 ccacatttcagcatgaaaagcatcacacattccaatcttcttgaagtagcctttgatccatct 42865734  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #11
Raw Score: 50; E-Value: 2e-19
Query Start/End: Original strand, 1 - 70
Target Start/End: Original strand, 7304958 - 7305026
Alignment:
Q  1 tacaagagagggcaaagcccaaaagaaaacaaaattaagaagttaatcgaacattcataggcatgcaagc 70  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||| ||||||||||||| |||||||||||||    
T  7304958 tacaagagagggcaaagcccaaaa-aaaacaaaactaagaagctaatcgaacattcttaggcatgcaagc 7305026  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #12
Raw Score: 50; E-Value: 2e-19
Query Start/End: Original strand, 486 - 571
Target Start/End: Original strand, 40196712 - 40196797
Alignment:
Q  486 ataacccccatatccttgcaagcatcatcactattaagcttgatccaactctctcgaggccgcttccaacctatatagatgatgtc 571  Q
    ||||| ||||||| |||||||||| || || | || |||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  40196712 ataacacccatattcttgcaagcaccaccattgttgagcttgatccaaccttctcgaggccgcttccaacctatatagatgatgtc 40196797  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #13
Raw Score: 47; E-Value: 1e-17
Query Start/End: Original strand, 286 - 448
Target Start/End: Original strand, 11995863 - 11996025
Alignment:
Q  286 aattatcagaaatcatgtcaatcaaactctttgaatcactttccactataagatgagagtaatgttccctccaagccatgtccaaacccaaatatagccc 385  Q
    |||| |||| ||||||||| | |||  ||||||| ||||| |||||||||||||||| |  ||  |||||||| |||||||||||||| |  || |  ||    
T  11995863 aattttcagtaatcatgtcgaccaagatctttgagtcactatccactataagatgagtggtattctccctccacgccatgtccaaacctaggtacatgcc 11995962  T
Q  386 ccacatctcagcatgtaaggcatcacaagctccaatcttcttagtgtagcctttgatccatct 448  Q
    |||||| |||||||| || ||||||||   ||||||||||||   ||||||||||||||||||    
T  11995963 ccacatttcagcatgaaaagcatcacacattccaatcttcttgaagtagcctttgatccatct 11996025  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #14
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000004
Query Start/End: Original strand, 286 - 448
Target Start/End: Original strand, 24126543 - 24126705
Alignment:
Q  286 aattatcagaaatcatgtcaatcaaactctttgaatcactttccactataagatgagagtaatgttccctccaagccatgtccaaacccaaatatagccc 385  Q
    |||| |||| ||||||||| | |||  ||||||| ||||| |||||||||||||||| |  ||  |||||||| ||||||| |||||| |  || |  ||    
T  24126543 aattttcagtaatcatgtcgaccaagatctttgagtcactctccactataagatgagtggtattctccctccacgccatgttcaaacctaggtacatgcc 24126642  T
Q  386 ccacatctcagcatgtaaggcatcacaagctccaatcttcttagtgtagcctttgatccatct 448  Q
    |||||| |||||||| || ||||||||   ||||||||||||   ||||||||||||||||||    
T  24126643 ccacatttcagcatgaaaagcatcacacattccaatcttcttgaagtagcctttgatccatct 24126705  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #15
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000009
Query Start/End: Original strand, 384 - 445
Target Start/End: Original strand, 3733098 - 3733159
Alignment:
Q  384 ccccacatctcagcatgtaaggcatcacaagctccaatcttcttagtgtagcctttgatcca 445  Q
    ||||||||||| |||||||  ||||||||||  |||||||||||  ||||||||||||||||    
T  3733098 ccccacatctccgcatgtagagcatcacaagaaccaatcttcttcatgtagcctttgatcca 3733159  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 492; Significance: 0; HSPs: 13)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 492; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 568
Target Start/End: Complemental strand, 23950056 - 23949490
Alignment:
Q  1 tacaagagagggcaaagcccaaaagaaaacaaaattaagaagttaatcgaacattcataggcatgcaagctccggataaatcatcaaaaaggattctttt 100  Q
    |||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| | ||||||||||||||||||| |||||||||    
T  23950056 tacaagagaggt-aaagcccaaaagaaaacaaaattaagaagttaatcgaacattcctaggcatgcaaaccccggataaatcatcaaaaatgattctttt 23949958  T
Q  101 gacctcacaaggaggggactccaacacaataaaattaaaatgatctgtagaaatgcttaaattagcgagccaatcaacactcatatttccttcacgccaa 200  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||    
T  23949957 gacctcacaaggaggagactccaacacaataaaattaaaatgatctgtagaaatgcttaaattagcgagccaatcagcactcctatttccttcacgccaa 23949858  T
Q  201 gtatgattgagttgaacattccaactcatcttcagcagcttccggatacggtaaactaaaacaggaatattcccattgaacttgaaattatcagaaatca 300  Q
    ||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  23949857 gtatggttgagttgaacattctaactcatcttcagcagcttccggatacggtaaactaaaacaggaatattcccattgaacttgaaattatcagaaatca 23949758  T
Q  301 tgtcaatcaaactctttgaatcactttccactataagatgagagtaatgttccctccaagccatgtccaaacccaaatatagcccccacatctcagcatg 400  Q
    |||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  23949757 tgtcgatcaaaatctttgaatcactttccactataagatgagattaatgttccctccaagccatgtccaaacccaaatatagtccccacatctcagcatg 23949658  T
Q  401 taaggcatcacaagctccaatcttcttagtgtagcctttgatccatctaccgtctgaatcacgaaaaaggccgccacatccagcaataacccccatatcc 500  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  23949657 taaggcatcacaagctccaatcttcttagtgtagcctttgatccatctaccgtctgaatcacgaaaaaggccgccacatccagcaataacccccatatcc 23949558  T
Q  501 ttgcaagcatcatcactattaagcttgatccaactctctcgaggccgcttccaacctatatagatgat 568  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  23949557 ttgcaagcaccatcactattaagcttgatccaaccttctcgaggccgcttccaacctatatagatgat 23949490  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 476; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 568
Target Start/End: Complemental strand, 5309001 - 5308434
Alignment:
Q  1 tacaagagagggcaaagcccaaaagaaaacaaaattaagaagttaatcgaacattcataggcatgcaagctccggataaatcatcaaaaaggattctttt 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||  | ||||||||||||||||| |||||||||    
T  5309001 tacaagagagggcaaagcccaaaagtaaacaaaattaagaagttaatcgaacattcctaggcatgcaagtcctggataaatcatcaaaaatgattctttt 5308902  T
Q  101 gacctcacaaggaggggactccaacacaataaaattaaaatgatctgtagaaatgcttaaattagcgagccaatcaacactcatatttccttcacgccaa 200  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||    
T  5308901 gacctcacaaggaggagactccaacacaagaaaattaaaatgatatgtagaaatgcttaaattagcgagccaatcagcactcctatttccttcacgccaa 5308802  T
Q  201 gtatgattgagttgaacattccaactcatcttcagcagcttccggatacggtaaactaaaacaggaatattcccattgaacttgaaattatcagaaatca 300  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  5308801 gtatggttgagttgaacattccaactcatcttcagcagattccggatacggtaaactaaaacaggaatatttccattgaacttgaaattatcagaaatca 5308702  T
Q  301 tgtcaatcaaactctttgaatcactttccactataagatgagagtaatgttccctccaagccatgtccaaacccaaatatagcccccacatctcagcatg 400  Q
    |||| |||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  5308701 tgtcgatcaaaatctttgattcactttccactataagatgagagtaatgttccctccaagccatgtccaaacccaaatatagtccccacatctcagcatg 5308602  T
Q  401 taaggcatcacaagctccaatcttcttagtgtagcctttgatccatctaccgtctgaatcacgaaaaaggccgccacatccagcaataacccccatatcc 500  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  5308601 taaggcatcacaagctccaatcttcttagtgtagcctttgatccatctaccgtttgaatcacgaaaaaggcagccacatccagcaataacccccatatcc 5308502  T
Q  501 ttgcaagcatcatcactattaagcttgatccaactctctcgaggccgcttccaacctatatagatgat 568  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5308501 ttgcaagcaccatcactattaagcttgatccaaccttctcgaggccgcttccaacctatatagatgat 5308434  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 432; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 3 - 568
Target Start/End: Original strand, 23084754 - 23085318
Alignment:
Q  3 caagagagggcaaagcccaaaagaaaacaaaattaagaagttaatcgaacattcataggcatgcaagctccggataaatcatcaaaaaggattcttttga 102  Q
    ||||||||||||||||||||||  ||| ||||||||| |||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||    
T  23084754 caagagagggcaaagcccaaaa--aaataaaattaaggagttaatcgaacattcctaggtatgcaagctccggataaatcatcaaaaatgattattttga 23084851  T
Q  103 cctcacaaggaggggactccaacacaataaaattaaaatgatctgtagaaatgcttaaattagcgagccaatcaacactcatatttccttcacgccaagt 202  Q
    ||||||||||||| ||||||||||| | ||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||| |    
T  23084852 cctcacaaggaggagactccaacactagaaaattaaaatgatacgtagaaatgcttaaattagcgagccaatcagcactcctatttccttcacgccaaat 23084951  T
Q  203 atgattgagttgaacattccaactcatcttcagcagcttccggatacggtaaactaaaacaggaatattcccattgaacttgaaattatcagaaatcatg 302  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  23084952 atggttgagttgaacattccaactcatcttcagcagcttccggatccggtaaactaaaacatgaatattcccattgaacttgaaattatcaaaaatcatg 23085051  T
Q  303 tcaatcaaactctttgaatcactttccactataagatgagagtaatgttccctccaagccatgtccaaacccaaatatagcccccacatctcagcatgta 402  Q
    || |||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  23085052 tcgatcaaaatctttaaatcactttccactataagatgagagcaatgttccctccaagccatgtccagacccaaatatagaccccacatctcagcatgta 23085151  T
Q  403 aggcatcacaagctccaatcttcttagtgtagcctttgatccatctaccgtctgaatcacgaaaaaggccgccacatccagcaataa-cccccatatcct 501  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||    
T  23085152 aggcatcacaagctccaatcttcttagtgtagcctttgatccatctaccgtctgaatcacgaaaaaggccgcctcatccagcaataaccccccatatcct 23085251  T
Q  502 tgcaagcatcatcactattaagcttgatccaactctctcgaggccgcttccaacctatatagatgat 568  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||||||  ||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  23085252 tgcaagcaccatcactattaagcttgatccaaccttcttgaggccgcttccaacctatatagatgat 23085318  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 428; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 568
Target Start/End: Original strand, 50952405 - 50952975
Alignment:
Q  1 tacaagagagggcaaagcccaaaagaaaacaaaattaagaagttaatcgaacattcataggcatgcaagctccggataaatcatcaaaaaggattctttt 100  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||| |||||||| || |||||||||| ||||| ||| |||||    
T  50952405 tacaagagagggcaaagtccaaaagaaaacaaaattaagaagctaatcgaacattcctaggtatgcaagccccagataaatcataaaaaatgatactttt 50952504  T
Q  101 g--acctcacaaggaggggactccaacacaataaaattaaaatgatctgtagaaatgcttaaattagcgagccaatcaacactcatatttccttcacgcc 198  Q
       |  |||||||||||  |||||||||| | |||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||| ||||| |||||||||    
T  50952505 ttaatttcacaaggaggatactccaacactagaaaattaaaaagatctgtagaaatgcttatattagcgagccaatcagcactcctattttcttcacgcc 50952604  T
Q  199 aagtatgattgagttgaacattccaactcatcttcagcagcttccggatacggtaaactaaaacaggaatattcccattgaacttgaaattatcagaaat 298  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  50952605 aagtatggttgagttgaacattccaactcatcttcagcagcttccggatccggtaaactaaaacatgaatattcccattgaacttgaaattatcagaaat 50952704  T
Q  299 catgtcaatcaaactctttgaatcactttccactataagatgagagtaatgttccctccaagccatgtccaaacccaaatatagcccccacatctcagca 398  Q
    |||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  50952705 catgtcgatcaaaatctttgaatcactttccactataagattagagtaatgttccctccaagccatgtccaaacccaaatatagcccccacatctcagca 50952804  T
Q  399 tgtaaggcatcacaagctccaatcttcttagtgt-agcctttgatccatctaccgtctgaatcacgaaaaaggccgccacatccagcaataacccccata 497  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  50952805 tgtaaggcatcacaagctccaatcttcttagtgtaagcctttgatctatctaccgtctgaatcacgaaaaaggccgccacatccagcaataacccccata 50952904  T
Q  498 tccttgcaagcatcatcactattaagcttgatccaactctctcgaggccgcttccaacctatatagatgat 568  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  50952905 tccttgcaagcaccatcactattaagcttgatccaaccttctcgaggccgcttccaacctatatagatgat 50952975  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 259; E-Value: 1e-144
Query Start/End: Original strand, 1 - 311
Target Start/End: Complemental strand, 42677550 - 42677240
Alignment:
Q  1 tacaagagagggcaaagcccaaaagaaaacaaaattaagaagttaatcgaacattcataggcatgcaagctccggataaatcatcaaaaaggattctttt 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||    
T  42677550 tacaagagagggcaaagcccaaaagaaaacaaaattaagaagttaatcgaatattcctaggcatgcaagccccagataaatcatcaaaaaggattctttt 42677451  T
Q  101 gacctcacaaggaggggactccaacacaataaaattaaaatgatctgtagaaatgcttaaattagcgagccaatcaacactcatatttccttcacgccaa 200  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||| | |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||    
T  42677450 gacctcacaaggaggagactccaacactagaaaattaaaaagatctgtagaaatgcttaaattagcgagccaatcagcactcctatttccttcacgccaa 42677351  T
Q  201 gtatgattgagttgaacattccaactcatcttcagcagcttccggatacggtaaactaaaacaggaatattcccattgaacttgaaattatcagaaatca 300  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  42677350 gtatggttgagttgaacattccaactcatcttcagcagcttccggatacggtaaactaaaacaggaatatttccattgaacttgaaattatcagaaatca 42677251  T
Q  301 tgtcaatcaaa 311  Q
    |||| ||||||    
T  42677250 tgtcgatcaaa 42677240  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 187; E-Value: 1e-101
Query Start/End: Original strand, 1 - 343
Target Start/End: Original strand, 34553713 - 34554054
Alignment:
Q  1 tacaagagagggcaaagcccaaaagaaaacaaaattaagaagttaatcgaacattcataggcatgcaagctccggataaatcatcaaaaaggattctttt 100  Q
    |||||||||| ||||||||||||| |||| |||| ||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||     
T  34553713 tacaagagagagcaaagcccaaaaaaaaa-aaaactaacaagctaatcgaacattcataggcatgcaagctctggataaatcatcaaaaaggattttttg 34553811  T
Q  101 gacctcacaaggaggggactccaacacaataaaattaaaatgatctgtagaaatgcttaaattagcgagccaatcaacactcatatttccttcacgccaa 200  Q
    |||||||| |||||| ||||||||||||| ||||||||| |||| |||| ||||| ||||||||||||| |||||| ||||  |||||||||||| ||||    
T  34553812 gacctcactaggaggagactccaacacaagaaaattaaagtgatatgtataaatgtttaaattagcgagtcaatcagcacttctatttccttcacaccaa 34553911  T
Q  201 gtatgattgagttgaacattccaactcatcttcagcagcttccggatacggtaaactaaaacaggaatattcccattgaacttgaaattatcagaaatca 300  Q
    ||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||| |||| |||| | || |||||||| || |||||||||||  || |  ||||||||||||||||    
T  34553912 gtatggttgagttgaacattctaactcatcttcagcatcttctggatccagtgaactaaaatagaaatattcccatcaaattcaaaattatcagaaatca 34554011  T
Q  301 tgtcaatcaaactctttgaatcactttccactataagatgaga 343  Q
    |||| || ||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34554012 tgtcgataaaaatctttgaatcactttccactataagatgaga 34554054  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 151; E-Value: 1e-79
Query Start/End: Original strand, 1 - 534
Target Start/End: Original strand, 22065042 - 22065574
Alignment:
Q  1 tacaagagagggcaaagcccaaaagaaaacaaaattaagaagttaatcgaacattcataggcatgcaagctccggataaatcatcaaaaaggattctttt 100  Q
    ||||| |||||||||||||||| |||||| ||| | | ||| |||| || |||||| ||||||||||||| ||||| | ||||||||| | ||  ||||     
T  22065042 tacaatagagggcaaagcccaagagaaaagaaact-acgaaattaaccggacattcctaggcatgcaagccccggaaatatcatcaaacatgag-ctttc 22065139  T
Q  101 gac-ctcacaaggaggggactccaacacaataaaattaaaatgatctgtagaaatgcttaaattagcgagccaatcaacactcatatttccttcacgcca 199  Q
    ||  ||||  |||||| | |||||| | ||| ||||| |||||||    ||| ||||| |||||||| ||||||||  ||||  ||||||||||||||||    
T  22065140 gaagctcaataggaggagtctccaaaataatcaaattcaaatgattcacagatatgctaaaattagcaagccaatcggcacttctatttccttcacgcca 22065239  T
Q  200 agtatgattgagttgaacattccaactcatcttcagcagcttccggatacggtaaactaaaacaggaatattcccattgaacttgaaattatcagaaatc 299  Q
    |||||| |||| ||| |||| ||||  |||  |||||||| ||| |||||| | |||||||| ||| | ||||||||| |||||||| || |||||||||    
T  22065240 agtatggttgatttgcacatgccaatccattctcagcagcctcctgatacgatgaactaaaataggcacattcccattaaacttgaacttgtcagaaatc 22065339  T
Q  300 atgtcaatcaaactctttgaatcactttccactataagatgagagtaatgttccctccaagccatgtccaaacccaaatatagcccccacatctcagcat 399  Q
    ||||| |||||  |||| || ||||||||||| |||||||||    |||| |||||||||||||| || | ||||||||| | |||||| ||||||||||    
T  22065340 atgtcgatcaatatcttcgagtcactttccacaataagatgatcaaaatgctccctccaagccatttctatacccaaatacaacccccaaatctcagcat 22065439  T
Q  400 gtaaggcatcacaagctccaatcttcttagtgtagcctttgatccatctaccgtctgaatcacgaaaaaggccgccacatccagcaataacccccatatc 499  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||| |||| |||||||||||  || ||||| ||   ||||   ||||||||    
T  22065440 gtaaggcatcacaagctccaatcttcttagtgtagcctttaatccatttaccatctgcatcacgaaaaataccaccacaaccgaaaatatgacccatatc 22065539  T
Q  500 cttgcaagcatcatcactattaagcttgatccaac 534  Q
    |||||| ||| | ||||| || |||||||||||||    
T  22065540 cttgcaggcaccgtcactgttgagcttgatccaac 22065574  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #8
Raw Score: 66; E-Value: 7e-29
Query Start/End: Original strand, 196 - 439
Target Start/End: Complemental strand, 2601346 - 2601107
Alignment:
Q  196 gccaagtatgattgagttgaacattccaactcatcttcagcagcttccggatacggtaaactaaaacaggaatattcccattgaacttgaaattatcaga 295  Q
    |||||| |||||||| ||| |||| |||| |||| ||||||||||||  ||||  || |||||||| ||  |||||| |||| |||||||| || |||||    
T  2601346 gccaagaatgattgatttgcacatcccaattcatgttcagcagcttcatgatatagtgaactaaaatagttatattctcattaaacttgaatttgtcaga 2601247  T
Q  296 aatcatgtcaatcaaactctttgaatcactttccactataagatgagagtaatgttccctccaagccatgtccaaacccaaatatagcccccacatctca 395  Q
    | ||||||| || ||  |||| ||||||||||||||||||||| ||    |||| |||||||||||||| || | ||||||||| | | ||||| |||      
T  2601246 attcatgtcgat-aatatcttagaatcactttccactataagacgaccaaaatgctccctccaagccatatctatacccaaatacaactcccacgtct-- 2601150  T
Q  396 gcatgtaaggcatcacaagctccaatcttcttagtgtagccttt 439  Q
     ||||||||| ||||||| ||||||||| |||||||||||||||    
T  2601149 -catgtaaggtatcacaaactccaatctacttagtgtagccttt 2601107  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #9
Raw Score: 51; E-Value: 6e-20
Query Start/End: Original strand, 286 - 448
Target Start/End: Complemental strand, 6293995 - 6293833
Alignment:
Q  286 aattatcagaaatcatgtcaatcaaactctttgaatcactttccactataagatgagagtaatgttccctccaagccatgtccaaacccaaatatagccc 385  Q
    |||| |||| ||||||||| | |||| ||||||| ||||| |||||||||||||||| |  ||  |||||||| |||||||||||||| |  || |  ||    
T  6293995 aattttcagtaatcatgtcgaccaaaatctttgagtcactctccactataagatgagtggtattctccctccacgccatgtccaaaccaaggtacatgcc 6293896  T
Q  386 ccacatctcagcatgtaaggcatcacaagctccaatcttcttagtgtagcctttgatccatct 448  Q
    |||||| |||||||| || ||||||||   ||||||||||||   ||||||||||||||||||    
T  6293895 ccacatttcagcatgaaaagcatcacacattccaatcttcttgaagtagcctttgatccatct 6293833  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #10
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000001
Query Start/End: Original strand, 282 - 451
Target Start/End: Complemental strand, 16854932 - 16854763
Alignment:
Q  282 ttgaaattatcagaaatcatgtcaatcaaactctttgaatcactttccactataagatgagagtaatgttccctccaagccatgtccaaacccaaatata 381  Q
    |||||||| | || ||||||||| | |||  ||||||| ||||| |||||||||||||||| |  ||  ||| |||| |||||||||||||| |  || |    
T  16854932 ttgaaatttttagtaatcatgtcgaccaagatctttgagtcactctccactataagatgagtggtattctccatccacgccatgtccaaacctaggtaca 16854833  T
Q  382 gcccccacatctcagcatgtaaggcatcacaagctccaatcttcttagtgtagcctttgatccatctacc 451  Q
      |||||||| |||||||| || ||||||||   ||||||||||||   | |||||||||||||||||||    
T  16854832 tgccccacatttcagcatgaaaagcatcacacattccaatcttcttgaagcagcctttgatccatctacc 16854763  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #11
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000002
Query Start/End: Original strand, 291 - 478
Target Start/End: Complemental strand, 28705965 - 28705778
Alignment:
Q  291 tcagaaatcatgtcaatcaaactctttgaatcactttccactataagatgagagtaatgttccctccaagccatgtccaaacccaaatatagcccccaca 390  Q
    |||| ||||||||| | |||  ||||||| ||||| |||||||||||||||| |  ||  |||||||| |||| |||||||||||  || |  |||||||    
T  28705965 tcagtaatcatgtcgaccaagatctttgattcactctccactataagatgagtggtattctccctccacgccaagtccaaacccatgtacatgccccaca 28705866  T
Q  391 tctcagcatgtaaggcatcacaagctccaatcttcttagtgtagcctttgatccatctaccgtctgaatcacgaaaaaggccgccaca 478  Q
    | ||| |||| ||  |||||||   ||||||||||||   |||||||||||||||||| || || || || |||||||| || |||||    
T  28705865 tttcaacatgaaaaacatcacacattccaatcttcttgaagtagcctttgatccatctgccttcagagtctcgaaaaagccctccaca 28705778  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #12
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000001
Query Start/End: Original strand, 1 - 53
Target Start/End: Complemental strand, 23723179 - 23723127
Alignment:
Q  1 tacaagagagggcaaagcccaaaagaaaacaaaattaagaagttaatcgaaca 53  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||| |||| |||||    
T  23723179 tacaagagagggcaaagccaaaaagaaaacagaattaagaagctaattgaaca 23723127  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #13
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000005
Query Start/End: Original strand, 538 - 568
Target Start/End: Complemental strand, 23723109 - 23723079
Alignment:
Q  538 ctcgaggccgcttccaacctatatagatgat 568  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  23723109 ctcgaggccgcttccaacctatatagatgat 23723079  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 480; Significance: 0; HSPs: 11)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 480; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 568
Target Start/End: Original strand, 8019585 - 8020151
Alignment:
Q  1 tacaagagagggcaaagcccaaaagaaaacaaaattaagaagttaatcgaacattcataggcatgcaagctccggataaatcatcaaaaaggattctttt 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||    
T  8019585 tacaagagagggcaaagcccaaaagaaaacaaaattaagaagttaatcgaacattcttaggcatgcaagtcccggataaatcatcaaaaaggattctttt 8019684  T
Q  101 gacctcacaaggaggggactccaacacaataaaattaaaatgatctgtagaaatgcttaaattagcgagccaatcaacactcatatttccttcacgccaa 200  Q
    ||||||||||||||| ||||||| ||||| ||||||||| |||||||||||| | ||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||    
T  8019685 gacctcacaaggaggagactccagcacaagaaaattaaa-tgatctgtagaattacttaaattagcgagccaatcagcactcctatttccttcacgccaa 8019783  T
Q  201 gtatgattgagttgaacattccaactcatcttcagcagcttccggatacggtaaactaaaacaggaatattcccattgaacttgaaattatcagaaatca 300  Q
    |||||  ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8019784 gtatgggtgagttgaacattccaactcatcttcagcagattccggatacggtaaactaaaacaggaatattcccattgaacttgaaattatcagaaatca 8019883  T
Q  301 tgtcaatcaaactctttgaatcactttccactataagatgagagtaatgttccctccaagccatgtccaaacccaaatatagcccccacatctcagcatg 400  Q
    |||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  8019884 tgtcgatcaaaatctttgaatcactttccactataagatgagagtaatgttccctccaagccatgtccaaacccaaatatagtccccacatctcagcatg 8019983  T
Q  401 taaggcatcacaagctccaatcttcttagtgtagcctttgatccatctaccgtctgaatcacgaaaaaggccgccacatccagcaataacccccatatcc 500  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  8019984 taaggcatcacaagctccaatcttcttagtgtagcctttgatccatctaccgtctgaatcacgaaaaaggccgccacatccaacaataacccccatatcc 8020083  T
Q  501 ttgcaagcatcatcactattaagcttgatccaactctctcgaggccgcttccaacctatatagatgat 568  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8020084 ttgcaagcaccatcactattaagcttgatccaaccttctcgaggccgcttccaacctatatagatgat 8020151  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 457; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 4 - 568
Target Start/End: Complemental strand, 48619290 - 48618726
Alignment:
Q  4 aagagagggcaaagcccaaaagaaaacaaaattaagaagttaatcgaacattcataggcatgcaagctccggataaatcatcaaaaaggattcttttgac 103  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| || |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||     
T  48619290 aagagagggcaaagctcaaaagaaaacaaaattaagaagctaatcgaacattcctaagcatgcaagccccggataaatcatcaaaaaggattcttttgat 48619191  T
Q  104 ctcacaaggaggggactccaacacaataaaattaaaatgatctgtagaaatgcttaaattagcgagccaatcaacactcatatttccttcacgccaagta 203  Q
    |||| ||||||| ||||||||||| | |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||    
T  48619190 ctcagaaggaggagactccaacactagaaaattaaaatgatttgtagaaatgcttaaattagcgagccaatcagcactcttatttccttcacgccaagta 48619091  T
Q  204 tgattgagttgaacattccaactcatcttcagcagcttccggatacggtaaactaaaacaggaatattcccattgaacttgaaattatcagaaatcatgt 303  Q
    || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  48619090 tggttgagttgaacattccaactcatcttcagcagcttccggatacagtaaactaaaacaggaatattcccattaaacttgaaattatcagaaatcatgt 48618991  T
Q  304 caatcaaactctttgaatcactttccactataagatgagagtaatgttccctccaagccatgtccaaacccaaatatagcccccacatctcagcatgtaa 403  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  48618990 caatcaaaatctttgaatcactttccactataagataagagtaatgttccctccaagccatgtccaaatccaaatatagcccccacatctcagcatgtaa 48618891  T
Q  404 ggcatcacaagctccaatcttcttagtgtagcctttgatccatctaccgtctgaatcacgaaaaaggccgccacatccagcaataacccccatatccttg 503  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||    
T  48618890 ggcatcacaagctccaatcttcttagtgtagcctttgatccatctaccatctgaatcacaaaaaaggccgccacatccggcaataacccccataaccttg 48618791  T
Q  504 caagcatcatcactattaagcttgatccaactctctcgaggccgcttccaacctatatagatgat 568  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||  ||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  48618790 caagcaccatcactattaagcttgatccaaccttcttgaggccgcttccaacctatatagatgat 48618726  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 347; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 4 - 565
Target Start/End: Original strand, 29213572 - 29214132
Alignment:
Q  4 aagagagggcaaagcccaaaagaaaacaaaattaagaagttaatcgaacattcataggcatgcaagctccggataaatcatcaaaaaggattcttttgac 103  Q
    ||||||||||||||| ||| | ||||||||| ||| ||| ||||||||||||| ||||||||||||| | ||||||||||||||||| |||||||| |||    
T  29213572 aagagagggcaaagctcaaca-aaaacaaaactaacaagctaatcgaacattcctaggcatgcaagcccaggataaatcatcaaaaaagattctttggac 29213670  T
Q  104 ctcacaaggaggggactccaacacaataaaattaaaatgatctgtagaaatgcttaaattagcgagccaatcaacactcatatttcctt-cacgccaagt 202  Q
    ||||| |||||| ||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| | ||| ||| ||||||||||    
T  29213671 ctcactaggaggagactccaacacaagaaaattaaagtgatctgtagaaatgcttaaattagcgagtcaatcaacactccttttttctttcacgccaagt 29213770  T
Q  203 atgattgagttgaacattccaactcatcttcagcagcttccggatacggtaaactaaaacaggaatattcccattgaacttgaaattatcagaaatcatg 302  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||||||||  |||||| |||| |||| || |||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  29213771 atggttgagttgaacattccaactcatcttcaatagcttctggatccggtgaagtaaaacagaaatatttccattgaacttgaaattatcagaaatcatg 29213870  T
Q  303 tcaatcaaactctttgaatcactttccactataagatgagagtaatgttccctccaagccatgtccaaacccaaatatagcccccacatctcagcatgta 402  Q
    || |||||| ||||||||||||||||||||| ||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |    
T  29213871 tcgatcaaaatctttgaatcactttccactacaagataagagtcatgttccctccaagccatgtccaaacccaaatatag-ccccacatctcagcatgca 29213969  T
Q  403 aggcatcacaagctccaatcttcttagtgtagcctttgatccatctaccgtctgaatcacgaaaaaggccgccacatccagcaataacccccatatcctt 502  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||  ||||| |||||||| |||    
T  29213970 aggcatcacaagctctaatcttcttagtgtagcatttgacccatctaccgtctaaatcacgaaaaaggccgccacatccaaaaataatccccatattctt 29214069  T
Q  503 gcaagcatcatcactattaagcttgatccaactctctcgaggccgcttccaacctatatagat 565  Q
    ||||||| |||||||||| |||||||||||||  ||  ||| |||||||||||||||||||||    
T  29214070 gcaagcaccatcactattgagcttgatccaaccttcatgagaccgcttccaacctatatagat 29214132  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 152; E-Value: 3e-80
Query Start/End: Original strand, 149 - 572
Target Start/End: Complemental strand, 24473659 - 24473236
Alignment:
Q  149 agaaatgcttaaattagcgagccaatcaacactcatatttccttcacgccaagtatgattgagttgaacattccaactcatcttcagcagcttccggata 248  Q
    ||||||||| |||||||| ||||||||  ||||  |||||||||||||||||||||| |||| ||| |||| ||||  |||  |||||||||||| ||||    
T  24473659 agaaatgctaaaattagcaagccaatcggcacttctatttccttcacgccaagtatggttgatttgcacatgccaatccattctcagcagcttcctgata 24473560  T
Q  249 cggtaaactaaaacaggaatattcccattgaacttgaaattatcagaaatcatgtcaatcaaactctttgaatcactttccactataagatgagagtaat 348  Q
    || | |||||||| ||| ||||||||||| |||||||| || |||||||||||||| |||||  |||| || ||||||||||| |||||||||    |||    
T  24473559 cgatgaactaaaataggcatattcccattaaacttgaacttgtcagaaatcatgtcgatcaatatcttcgagtcactttccacaataagatgatcaaaat 24473460  T
Q  349 gttccctccaagccatgtccaaacccaaatatagcccccacatctcagcatgtaaggcatcacaagctccaatcttcttagtgtagcctttgatccatct 448  Q
    | || ||||||||||| || | | ||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||| |    
T  24473459 gctcactccaagccatctctatatccaaatacaacccccacatctcagcatgtaaggcatcacaagctccaatcttcttagtgtaacctttaatccattt 24473360  T
Q  449 accgtctgaatcacgaaaaaggccgccacatccagcaataacccccatatccttgcaagcatcatcactattaagcttgatccaactctctcgaggccgc 548  Q
    ||| |||| |||||||||||  || ||| | |||| ||||   |||||||||||||| ||||| || || || |||||||||||||| ||  ||||  |     
T  24473359 accatctgcatcacgaaaaataccaccaaacccagaaatatgacccatatccttgcaggcatcgtcgctgttgagcttgatccaactatcctgaggttgt 24473260  T
Q  549 ttccaacctatatagatgatgtcc 572  Q
    ||||| ||||| ||||| ||||||    
T  24473259 ttccatcctatgtagataatgtcc 24473236  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 71; E-Value: 7e-32
Query Start/End: Original strand, 466 - 568
Target Start/End: Complemental strand, 25713360 - 25713258
Alignment:
Q  466 aaaggccgccacatccagcaataacccccatatccttgcaagcatcatcactattaagcttgatccaactctctcgaggccgcttccaacctatatagat 565  Q
    |||| |||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||| || |||||||||||||  ||| |||||||||||||||||||||||||    
T  25713360 aaagaccgccacatccaacaataacccccatgtccttgcaagcatcatcactgttgagcttgatccaaccttcttgaggccgcttccaacctatatagat 25713261  T
Q  566 gat 568  Q
    |||    
T  25713260 gat 25713258  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 57; E-Value: 2e-23
Query Start/End: Original strand, 243 - 478
Target Start/End: Original strand, 29759925 - 29760161
Alignment:
Q  243 cggatacggtaaactaaaacaggaatattcccattgaacttgaaattatcagaaatcatgtcaatcaaactctttgaatcactttccactataagatgag 342  Q
    |||||||||| |||||||| |   ||||| ||||||||||| ||||| || ||  |||||| ||  | | |||| ||  | |||||||||||||| ||||    
T  29759925 cggatacggtgaactaaaataaagatatttccattgaacttaaaattgtcggaggtcatgtaaactagattcttcgagccgctttccactataaggtgag 29760024  T
Q  343 agtaatgttccctccaagccatgtccaaacccaaatatag-cccccacatctcagcatgtaaggcatcacaagctccaatcttcttagtgtagcctttga 441  Q
    |  ||||||||||||||||||| |||||  |||| || |  |||||| |||||| ||||||| ||||||||| |||||||||||||||  || || ||||    
T  29760025 aaaaatgttccctccaagccatttccaaggccaagtacaatcccccatatctcaacatgtaaagcatcacaaactccaatcttcttagcataaccattga 29760124  T
Q  442 tccatctaccgtctgaatcacgaaaaaggccgccaca 478  Q
    ||||| | |||| || ||||| ||||||||| |||||    
T  29760125 tccattttccgtttgtatcacaaaaaaggccaccaca 29760161  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 51; E-Value: 6e-20
Query Start/End: Original strand, 286 - 448
Target Start/End: Complemental strand, 46045886 - 46045724
Alignment:
Q  286 aattatcagaaatcatgtcaatcaaactctttgaatcactttccactataagatgagagtaatgttccctccaagccatgtccaaacccaaatatagccc 385  Q
    |||| |||| ||||||||| | |||| ||||||| ||||| |||||||||||||||| |  ||  |||||||| |||||||||||||| |  || |  ||    
T  46045886 aattttcagtaatcatgtcgaccaaaatctttgagtcactctccactataagatgagtggtattctccctccacgccatgtccaaaccaaggtacatgcc 46045787  T
Q  386 ccacatctcagcatgtaaggcatcacaagctccaatcttcttagtgtagcctttgatccatct 448  Q
    |||||| |||||||| || ||||||||   ||||||||||||   ||||||||||||||||||    
T  46045786 ccacatttcagcatgaaaagcatcacacattccaatcttcttgaagtagcctttgatccatct 46045724  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 45; E-Value: 2e-16
Query Start/End: Original strand, 149 - 261
Target Start/End: Complemental strand, 24468711 - 24468599
Alignment:
Q  149 agaaatgcttaaattagcgagccaatcaacactcatatttccttcacgccaagtatgattgagttgaacattccaactcatcttcagcagcttccggata 248  Q
    ||||||||| |||||||| ||||||||  ||||  |||||||||||||||||||||| |||| ||| |||| ||||  |||  |||||||||||| ||||    
T  24468711 agaaatgctaaaattagcaagccaatcggcacttctatttccttcacgccaagtatggttgatttgcacatgccaatccattctcagcagcttcctgata 24468612  T
Q  249 cggtaaactaaaa 261  Q
    || | ||||||||    
T  24468611 cgatgaactaaaa 24468599  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000009
Query Start/End: Original strand, 286 - 448
Target Start/End: Complemental strand, 8035690 - 8035528
Alignment:
Q  286 aattatcagaaatcatgtcaatcaaactctttgaatcactttccactataagatgagagtaatgttccctccaagccatgtccaaacccaaatatagccc 385  Q
    |||| |||| ||||||||| | |||  ||||||| ||||| |||||||||||||||  |  ||  ||||||||  ||||||||||||| |  || |  ||    
T  8035690 aattttcagtaatcatgtcgaccaagatctttgagtcactctccactataagatgaatggtattctccctccacaccatgtccaaacctaggtacatgcc 8035591  T
Q  386 ccacatctcagcatgtaaggcatcacaagctccaatcttcttagtgtagcctttgatccatct 448  Q
    |||||| |||||||| || ||||||||   ||||||||||||   ||||||||||||||||||    
T  8035590 ccacatttcagcatgaaaagcatcacacattccaatcttcttgaagtagcctttgatccatct 8035528  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000009
Query Start/End: Original strand, 286 - 448
Target Start/End: Original strand, 38110802 - 38110964
Alignment:
Q  286 aattatcagaaatcatgtcaatcaaactctttgaatcactttccactataagatgagagtaatgttccctccaagccatgtccaaacccaaatatagccc 385  Q
    |||| |||| ||||||||| | |||  ||||||| ||||| |||||||||||||||| |  ||  |||||||| ||||||| |||||| |  || |  ||    
T  38110802 aattttcagtaatcatgtcgaccaatatctttgagtcactctccactataagatgagtggtattctccctccacgccatgttcaaacctaggtacatgcc 38110901  T
Q  386 ccacatctcagcatgtaaggcatcacaagctccaatcttcttagtgtagcctttgatccatct 448  Q
    ||| || |||||||| || ||||||||   ||||||||||||   ||||||||||||||||||    
T  38110902 ccatatttcagcatgaaaagcatcacacattccaatcttcttgaagtagcctttgatccatct 38110964  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #11
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 286 - 448
Target Start/End: Original strand, 45033806 - 45033968
Alignment:
Q  286 aattatcagaaatcatgtcaatcaaactctttgaatcactttccactataagatgagagtaatgttccctccaagccatgtccaaacccaaatatagccc 385  Q
    |||| |||| ||||||||| | |||  | ||||| ||||| ||||||||||||| || |  || ||| ||||| |||||||||||||| |  || |  ||    
T  45033806 aattttcagtaatcatgtcgaccaagatatttgagtcactctccactataagataagtggtattttctctccatgccatgtccaaacctaggtacatgcc 45033905  T
Q  386 ccacatctcagcatgtaaggcatcacaagctccaatcttcttagtgtagcctttgatccatct 448  Q
    |||||| |||||||| || ||||||||   | ||||||||||   ||||||||||||||||||    
T  45033906 ccacatttcagcatgaaaagcatcacacatttcaatcttcttgaagtagcctttgatccatct 45033968  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 465; Significance: 0; HSPs: 11)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 465; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 565
Target Start/End: Original strand, 34389645 - 34390209
Alignment:
Q  1 tacaagagagggcaaagcccaaaagaaaacaaaattaagaagttaatcgaacattcataggcatgcaagctccggataaatcatcaaaaaggattctttt 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  34389645 tacaagagagggcaaagcccaaaagaaaacaaaattaagaagctaatcgaacattcctaggcatgtaagccccggataaatcatcaaaaaggattctttt 34389744  T
Q  101 gacctcacaaggaggggactccaacacaataaaattaaaatgatctgtagaaatgcttaaattagcgagccaatcaacactcatatttccttcacgccaa 200  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||| | |||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||| ||    
T  34389745 gacctcacaaggaggagactccaacactaaaaaattaaaatgatatgtaaaaatgcttaaattagcgagccaatcagcactcctatttccttcacgctaa 34389844  T
Q  201 gtatgattgagttgaacattccaactcatcttcagcagcttccggatacggtaaactaaaacaggaatattcccattgaacttgaaattatcagaaatca 300  Q
    ||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34389845 gtatggttgagttgaacattccaaatcatcttcagcagctttcggatccggtaaactaaaacaagaatattcccattgaacttgaaattatcagaaatca 34389944  T
Q  301 tgtcaatcaaactctttgaatcactttccactataagatgagagtaatgttccctccaagccatgtccaaacccaaatatagcccccacatctcagcatg 400  Q
    |||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  34389945 tgtcgatcaaaatctttgaatcactttccactataagatgagagtaatgttccctccaagccatgtccaaactcaaatatagcccccacatctcagcatg 34390044  T
Q  401 taaggcatcacaagctccaatcttcttagtgtagcctttgatccatctaccgtctgaatcacgaaaaaggccgccacatccagcaataacccccatatcc 500  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34390045 taaggcatcacaagctccaatcttcttagtatagcctttgatccatctaccgtttgaatcacgaaaaaggccgccacatccagcaataacccccatatcc 34390144  T
Q  501 ttgcaagcatcatcactattaagcttgatccaactctctcgaggccgcttccaacctatatagat 565  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||    
T  34390145 ttgcaagcaccatcactattaagcttgatccaaccttctcgaggccgcttccaacctatatagat 34390209  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 448; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 4 - 564
Target Start/End: Original strand, 36894255 - 36894820
Alignment:
Q  4 aagagagggcaaagccc---aaaagaaaacaaaa-ttaagaagttaatcgaacattcataggcatgcaagctccggataaatcatcaaaaaggattcttt 99  Q
    |||||||||||||| ||   |||| ||||||||| |||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36894255 aagagagggcaaagacccaaaaaaaaaaacaaaaattaagaagctaatcgaacattcctaggcatgcaagctccggataaatcatcaaaaaggattcttt 36894354  T
Q  100 tgacctcacaaggaggggactccaacacaataaaattaaaatgatctgtagaaatgcttaaattagcgagccaatcaacactcatatttccttcacgcca 199  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||| | ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  36894355 tgacctcacaaggaggagactccaacactagaaaattaaaatgatctgtataaatgcttaaattagcgagccaatcaacactcctatttccttcacgcca 36894454  T
Q  200 agtatgattgagttgaacattccaactcatcttcagcagcttccggatacggtaaactaaaacaggaatattcccattgaacttgaaattatcagaaatc 299  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||    
T  36894455 agtatggttgagttgaacattccaactcatcttcagcaacttccggatccggtaaactaaaacaggaatattcacattgaacttgaaattattagaaatc 36894554  T
Q  300 atgtcaatcaaactctttgaatcactttccactataagatgagagtaatgttccctccaagccatgtccaaacccaaatatagcccccacatctcagcat 399  Q
    ||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36894555 atgtcgatcaaaatctttgaatcactttccactataagatgagagtaatgttccctccaagccatgtccaaacccaaatatagcccccacatctcagcat 36894654  T
Q  400 gtaaggcatcacaagctccaatcttcttagtgtagcctttgatccatctaccgtctgaatcacgaaaaaggccgccacatccagcaataacccccatatc 499  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36894655 gtaaggcatcacaagctccaatcttcttagtgtagcctttgatccatctaccgtctgaatcatgaaaaaagccgccacatccagcaataacccccatatc 36894754  T
Q  500 cttgcaagcatcatcactatt-aagcttgatccaactctctcgaggccgcttccaacctatataga 564  Q
    |||||||||| ||||| |||| ||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||    
T  36894755 cttgcaagcaccatcattattaaagcttgatccaaccttctcgaggccgcttccaacctatataga 36894820  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 137; E-Value: 3e-71
Query Start/End: Original strand, 151 - 571
Target Start/End: Original strand, 47597580 - 47598000
Alignment:
Q  151 aaatgcttaaattagcgagccaatcaacactcatatttccttcacgccaagtatgattgagttgaacattccaactcatcttcagcagcttccggatacg 250  Q
    ||||||| |||||||| ||||||||  ||||  ||||||||| | |||||||||| |||| ||| |||| ||||  |||  |||||||||||| |||||     
T  47597580 aaatgctaaaattagcaagccaatcggcacttctatttcctttatgccaagtatggttgatttgcacatgccaatccattctcagcagcttcctgataca 47597679  T
Q  251 gtaaactaaaacaggaatattcccattgaacttgaaattatcagaaatcatgtcaatcaaactctttgaatcactttccactataagatgagagtaatgt 350  Q
     | |||||||| ||| ||||||||||| |||||||| || |||||||||||||| |||||  |||| || ||||||||||| |||||||||    ||||     
T  47597680 atgaactaaaataggcatattcccattaaacttgaacttgtcagaaatcatgtcgatcaatatcttcgagtcactttccacaataagatgatcaaaatgc 47597779  T
Q  351 tccctccaagccatgtccaaacccaaatatagcccccacatctcagcatgtaaggcatcacaagctccaatcttcttagtgtagcctttgatccatctac 450  Q
    ||||| |||||||| |  | ||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||    
T  47597780 tcccttcaagccatctttatacccaaatacaacccccacatctcagcatgtaaggcatcacaagctccaatcttcttagtgtagcctttaatccatttac 47597879  T
Q  451 cgtctgaatcacgaaaaaggccgccacatccagcaataacccccatatccttgcaagcatcatcactattaagcttgatccaactctctcgaggccgctt 550  Q
    | |||| |||||||||||  || ||||| || | ||||   |||||||||||||| ||| | || || || || ||||||||||  ||| |||| || ||    
T  47597880 catctgcatcacgaaaaataccaccacaaccggaaatatgacccatatccttgcaggcaccgtcgctgttgagtttgatccaaccttcttgaggtcgttt 47597979  T
Q  551 ccaacctatatagatgatgtc 571  Q
    ||| ||||| ||||| |||||    
T  47597980 ccatcctatgtagataatgtc 47598000  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 81; E-Value: 8e-38
Query Start/End: Original strand, 245 - 469
Target Start/End: Original strand, 43270874 - 43271098
Alignment:
Q  245 gatacggtaaactaaaacaggaatattcccattgaacttgaaattatcagaaatcatgtcaatcaaactctttgaatcactttccactataagatgagag 344  Q
    |||||| | |||||||| ||| ||||| ||||| | ||||||||| ||| |||||||||| |||||  |||| || |||||||  ||||||||||||       
T  43270874 gatacgatgaactaaaatagggatatttccattaagcttgaaattgtcaaaaatcatgtcgatcaatatcttagagtcacttttaactataagatgatct 43270973  T
Q  345 taatgttccctccaagccatgtccaaacccaaatatagcccccacatctcagcatgtaaggcatcacaagctccaatcttcttagtgtagcctttgatcc 444  Q
     |||| ||||||||||||||||| | | | ||||| | |||  ||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||| |||     
T  43270974 aaatgctccctccaagccatgtctatatctaaatacaacccatacatctcagcatgtaaggcatcacaagctcacatcttcttagtgtagcctttaatca 43271073  T
Q  445 atctaccgtctgaatcacgaaaaag 469  Q
    || |||| ||||||| |||||||||    
T  43271074 atttaccatctgaattacgaaaaag 43271098  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 51; E-Value: 6e-20
Query Start/End: Original strand, 286 - 448
Target Start/End: Complemental strand, 1369413 - 1369251
Alignment:
Q  286 aattatcagaaatcatgtcaatcaaactctttgaatcactttccactataagatgagagtaatgttccctccaagccatgtccaaacccaaatatagccc 385  Q
    |||| |||| ||||||||| | |||| ||||||| ||||| |||||||||||||||| |  ||  |||||||| |||||||||||||| |  || |  ||    
T  1369413 aattttcagtaatcatgtcgaccaaaatctttgagtcactctccactataagatgagtggtattctccctccacgccatgtccaaaccaaggtacatgcc 1369314  T
Q  386 ccacatctcagcatgtaaggcatcacaagctccaatcttcttagtgtagcctttgatccatct 448  Q
    |||||| |||||||| || ||||||||   ||||||||||||   ||||||||||||||||||    
T  1369313 ccacatttcagcatgaaaagcatcacacattccaatcttcttgaagtagcctttgatccatct 1369251  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 51; E-Value: 6e-20
Query Start/End: Original strand, 286 - 448
Target Start/End: Original strand, 28945496 - 28945658
Alignment:
Q  286 aattatcagaaatcatgtcaatcaaactctttgaatcactttccactataagatgagagtaatgttccctccaagccatgtccaaacccaaatatagccc 385  Q
    |||| |||| ||||||||| | |||| ||||||| ||||| |||||||||||||||| |  ||  |||||||| |||||||||||||| |  || |  ||    
T  28945496 aattttcagtaatcatgtcgaccaaaatctttgagtcactctccactataagatgagtggtattctccctccacgccatgtccaaaccaaggtacatgcc 28945595  T
Q  386 ccacatctcagcatgtaaggcatcacaagctccaatcttcttagtgtagcctttgatccatct 448  Q
    |||||| |||||||| || ||||||||   ||||||||||||   ||||||||||||||||||    
T  28945596 ccacatttcagcatgaaaagcatcacacattccaatcttcttgaagtagcctttgatccatct 28945658  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000001
Query Start/End: Original strand, 1 - 224
Target Start/End: Complemental strand, 4228529 - 4228307
Alignment:
Q  1 tacaagagagggcaaagcccaaaagaaaacaaaattaagaagttaatcgaacattcataggcatgcaagctccggataaatcatcaaaaaggattctttt 100  Q
    ||||| |||||||||||| |||||||||| ||| | | ||| |||| || | |||| ||||||||||||| ||||| | ||||||||| | ||  ||||     
T  4228529 tacaatagagggcaaagctcaaaagaaaagaaact-acgaaattaaccggatattcttaggcatgcaagccccggaaatatcatcaaacatgag-ctttc 4228432  T
Q  101 gac-ctcacaaggaggggactccaacacaataaaattaaaatgatctgtagaaatgcttaaattagcgagccaatcaacactcatatttccttcacgcca 199  Q
    ||  ||||  |||||| | |||||| | ||| ||||| |||| ||    ||||||||| |||||||| ||||||||  ||||  ||||||||||||||||    
T  4228431 gaagctcaataggaggagtctccaaaataatcaaattcaaataattcacagaaatgctaaaattagcaagccaatcggcacttctatttccttcacgcca 4228332  T
Q  200 agtatgattgagttgaacattccaa 224  Q
    |||||| |||| ||| |||| ||||    
T  4228331 agtatggttgatttgcacatgccaa 4228307  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000009
Query Start/End: Original strand, 286 - 451
Target Start/End: Original strand, 36858936 - 36859101
Alignment:
Q  286 aattatcagaaatcatgtcaatcaaactctttgaatcactttccactataagatgagagtaatgttccctccaagccatgtccaaacccaaatatagccc 385  Q
    |||| |||| |||||| || | |||| ||||||| ||||| |||||| | ||||||| |  ||   ||||||| |||| ||||||||| |  || |  ||    
T  36858936 aattttcagtaatcatatcgaccaaaatctttgagtcactctccactgtgagatgagtggtattccccctccacgccaagtccaaacctaggtacatgcc 36859035  T
Q  386 ccacatctcagcatgtaaggcatcacaagctccaatcttcttagtgtagcctttgatccatctacc 451  Q
    |||||| |||||||| || ||||||||   ||||||||||||   |||||||||||||||||||||    
T  36859036 ccacatttcagcatgaaaagcatcacacattccaatcttcttgaagtagcctttgatccatctacc 36859101  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000003
Query Start/End: Original strand, 1 - 33
Target Start/End: Complemental strand, 28099609 - 28099577
Alignment:
Q  1 tacaagagagggcaaagcccaaaagaaaacaaa 33  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28099609 tacaagagagggcaaagcccaaaagaaaacaaa 28099577  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #10
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 1 - 70
Target Start/End: Complemental strand, 44307788 - 44307719
Alignment:
Q  1 tacaagagagggcaaagcccaaaagaaaacaaaattaagaagttaatcgaacattcataggcatgcaagc 70  Q
    ||||| |||||||||||| ||||  |||| |||| |||||| |||| ||||| ||| |||||||||||||    
T  44307788 tacaaaagagggcaaagcacaaagaaaaagaaaactaagaaattaaacgaacgttcctaggcatgcaagc 44307719  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #11
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000008
Query Start/End: Original strand, 421 - 453
Target Start/End: Original strand, 28561506 - 28561538
Alignment:
Q  421 tcttcttagtgtagcctttgatccatctaccgt 453  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  28561506 tcttcttagtgtagcctttaatccatctaccgt 28561538  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 443; Significance: 0; HSPs: 11)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 443; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 2 - 568
Target Start/End: Complemental strand, 1636356 - 1635790
Alignment:
Q  2 acaagagagggcaaagcccaaaagaaaacaaaattaagaagttaatcgaacattcataggcatgcaagctccggataaatcatcaaaaaggattcttttg 101  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||  ||||||||||||  || |||||||||||||||| ||||||||||    
T  1636356 acaagagaggacaaagcccaaaagaaaacaaaattaaaaagttaatcgaacatttctaggcatgcaagtcccagataaatcatcaaaaatgattcttttg 1636257  T
Q  102 acctcacaaggaggggactccaacacaataaaattaaaatgatctgtagaaatgcttaaattagcgagccaatcaacactcatatttccttcacgccaag 201  Q
    | |||| ||||||| ||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||| |||    
T  1636256 atctcaaaaggaggagactccagcacaagaaaattaaaatgatctgtagaaatgattaaattagcgagccaatcagcactcctatttccttcacgctaag 1636157  T
Q  202 tatgattgagttgaacattccaactcatcttcagcagcttccggatacggtaaactaaaacaggaatattcccattgaacttgaaattatcagaaatcat 301  Q
    ||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1636156 tatgggtgagttgaacattccaactcatcttcagcagcttccggatacggtaaactaaaacaggaatattcccattgaacttgaaattatcagaaatcat 1636057  T
Q  302 gtcaatcaaactctttgaatcactttccactataagatgagagtaatgttccctccaagccatgtccaaacccaaatatagcccccacatctcagcatgt 401  Q
    ||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  1636056 gtcgatcaaaatctttgaatcactttccactataagatgagagtaatattccctccaagtcatatccaaacccaaatatagtccccacatctcagcatgt 1635957  T
Q  402 aaggcatcacaagctccaatcttcttagtgtagcctttgatccatctaccgtctgaatcacgaaaaaggccgccacatccagcaataacccccatatcct 501  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  1635956 aaggcatcacaagctccaatcttcttagtgtagcctttgatccatttaccgtctgaatcacgaaaaaggccgccacatccagcaataacccctatatcct 1635857  T
Q  502 tgcaagcatcatcactattaagcttgatccaactctctcgaggccgcttccaacctatatagatgat 568  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||||||  ||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  1635856 tgcaagcaccatcactattaagcttgatccaaccttcttgaggccgcttccaacctatatagatgat 1635790  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 441; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 568
Target Start/End: Original strand, 26616566 - 26617131
Alignment:
Q  1 tacaagagagggcaaagcccaaaagaaaacaaaattaagaagttaatcgaacattcataggcatgcaagctccggataaatcatcaaaaaggattctttt 100  Q
    |||||||||||||||| ||||||| |||| |||||||||||| ||||||||||||  |||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||    
T  26616566 tacaagagagggcaaaacccaaaaaaaaataaaattaagaagctaatcgaacatttctaggcatgcaagcttcggataaatcatcaaaaatgattctttt 26616665  T
Q  101 gacctcacaaggaggggactccaacacaataaaattaaaatgatctgtagaaatgcttaaattagcgagccaatcaacactcatatttccttcacgccaa 200  Q
    ||| ||||||||||| ||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||  ||||||||||||||||||||||    
T  26616666 gacatcacaaggaggagactccaacactagaaaattaaaatgatctgtagaaatgcttaaattagtgagccaatcagtactcatatttccttcacgccaa 26616765  T
Q  201 gtatgattgagttgaacattccaactcatcttcagcagcttccggatacggtaaactaaaacaggaatattcccattgaacttgaaattatcagaaatca 300  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26616766 gtatggttgagttgaacattccaactcatcttcagcagcttccagatccggtaaactaa--caggaatattcccattgaacttgaaattatcagaaatca 26616863  T
Q  301 tgtcaatcaaactctttgaatcactttccactataagatgagagtaatgttccctccaagccatgtccaaacccaaatatagcccccacatctcagcatg 400  Q
    |||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||| |||||||||||    
T  26616864 tgtcgatcaaaatctttgaatcactttccactataagatgagagtaatgttccctccaagccatgtacaaacccaaatatagcacccaaatctcagcatg 26616963  T
Q  401 taaggcatcacaagctccaatcttcttagtgtagcctttgatccatctaccgtctgaatcacgaaaaaggccgccacatccagcaataacccccatatcc 500  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||| |||||||    
T  26616964 taaggcatcacaagctccaatcttcttagtgtagcctttgatccatctaccgtctgaatcacgaaaaaggccgccacatgaagcaataaccctcatatcc 26617063  T
Q  501 ttgcaagcatcatcactattaagcttgatccaactctctcgaggccgcttccaacctatatagatgat 568  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26617064 ttgcaagcaccatcactattaagcttgatccaaccttctcgaggccgcttccaacctatatagatgat 26617131  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 373; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 568
Target Start/End: Original strand, 456202 - 456762
Alignment:
Q  1 tacaagagagggcaaagcccaaaagaaaacaaaattaagaagttaatcgaacattcataggcatgcaagctccggataaatcatcaaaaaggattctttt 100  Q
    ||||||||| ||||||||||||||  |||| ||| ||| ||| ||||| ||||||||||||||||||||  |||||||||| |||||||||||||||||     
T  456202 tacaagagaaggcaaagcccaaaa--aaaccaaactaaaaagataatcaaacattcataggcatgcaagtcccggataaataatcaaaaaggattctttg 456299  T
Q  101 gacctcacaaggaggggactccaacacaataaaattaaaatgatctgtagaaatgcttaaattagcgagccaatcaacactcatatttccttcacgccaa 200  Q
    ||||| |  ||||||  |||||| ||| | ||||| ||| ||||  ||||||||| |||||||||||||||||| | ||||| |||||||||| || |||    
T  456300 gaccttattaggaggaaactccagcactaaaaaatcaaagtgatacgtagaaatgtttaaattagcgagccaattagcactcctatttccttcgcgtcaa 456399  T
Q  201 gtatgattgagttgaacattccaactcatcttcagcagcttccggatacggtaaactaaaacaggaatattcccattgaacttgaaattatcagaaatca 300  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  456400 gtatggttgagttgaacattccaactcatcttcagtagcttccggatccggtgaaataaaacaggaatattcccattgaacttgaaattatcagaaatca 456499  T
Q  301 tgtcaatcaaactctttgaatcactttccactataagatgagagtaatgttccctccaagccatgtccaaacccaaatatagcccccacatctcagcatg 400  Q
    | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||     |||||||||||||||||||||||||     
T  456500 tatcaatcaaactctttgaatcactttccactataagatgagagtaatgttccttccaagccatgtcca-----aaatatagcccccacatctcagcata 456594  T
Q  401 taaggcatcacaagctccaatcttcttagtgtagcctttgatccatctaccgtctgaatcacgaaaaaggccgccacatccagcaataacccccatatcc 500  Q
    |||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  456595 taagacatcacaaactccaatcttcttagtgtagcctttgatccatctaccgtctgaatcacgaaaaaggccgccacatccagcaataacccccatatcc 456694  T
Q  501 ttgcaagcatcatcactattaagcttgatccaactctctcgaggccgcttccaacctatatagatgat 568  Q
    ||||||||| |||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  456695 ttgcaagcaccatcactattaagcctgatccaaccctctcgaggccgcttccaacctatatagatgat 456762  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 147; E-Value: 3e-77
Query Start/End: Original strand, 1 - 534
Target Start/End: Complemental strand, 44146062 - 44145531
Alignment:
Q  1 tacaagagagggcaaagcccaaaagaaaacaaaattaagaagttaatcgaacattcataggcatgcaagctccggataaatcatcaaaaaggattctttt 100  Q
    ||||| |||||||||||||||| |||||| ||| ||| ||| |||| || |||||  ||||||||||||| ||| | | ||||||||  | ||  ||||     
T  44146062 tacaatagagggcaaagcccaagagaaaagaaa-ttacgaaattaaccggacatttttaggcatgcaagccccgaaaatatcatcaaccatgag-ctttc 44145965  T
Q  101 gac-ctcacaaggaggggactccaacacaataaaattaaaatgatctgtagaaatgcttaaattagcgagccaatcaacactcatatttccttcacgcca 199  Q
    ||  ||||  |||||| | |||||| | ||| ||||| |||||||    ||||||||| |||||||| || |||||| ||||  ||||||||||||||||    
T  44145964 gaagctcaataggaggagtctccaaaataatcaaattcaaatgattcacagaaatgctaaaattagcaagtcaatcagcacttctatttccttcacgcca 44145865  T
Q  200 agtatgattgagttgaacattccaactcatcttcagcagcttccggatacggtaaactaaaacaggaatattcccattgaacttgaaattatcagaaatc 299  Q
    |||||| |||| ||| |||| ||||  |||  |||||||||||| |||||| | |||||||| ||| | ||||||||| |||||||| |  |||||||||    
T  44145864 agtatggttgatttgcacatgccaatccattctcagcagcttcctgatacgatgaactaaaataggcacattcccattaaacttgaactcgtcagaaatc 44145765  T
Q  300 atgtcaatcaaactctttgaatcactttccactataagatgagagtaatgttccctccaagccatgtccaaacccaaatatagcccccacatctcagcat 399  Q
    ||||| |||||  |||| || ||||||||||| |||||||||    |||| |||||||||||||| || | ||||||||| | |||||||||||||||||    
T  44145764 atgtcgatcaatatcttcgagtcactttccac-ataagatgatcaaaatgctccctccaagccatctctatacccaaatacaacccccacatctcagcat 44145666  T
Q  400 gtaaggcatcacaagctccaatcttcttagtgtagcctttgatccatctaccgtctgaatcacgaaaaaggccgccacatccagcaataacccccatatc 499  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||| |||| |||||||||||  || ||||| || | ||||   ||||||||    
T  44145665 gtaaggcatcacaagctccaatcttcttagtgtagcctttaatccatttaccatctgcatcacgaaaaataccaccacaaccggaaatatgacccatatc 44145566  T
Q  500 cttgcaagcatcatcactattaagcttgatccaac 534  Q
    |||||| ||| | || || || |||||||||||||    
T  44145565 cttgcaggcaccgtcgctgttgagcttgatccaac 44145531  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 95; E-Value: 3e-46
Query Start/End: Original strand, 151 - 445
Target Start/End: Original strand, 38560608 - 38560902
Alignment:
Q  151 aaatgcttaaattagcgagccaatcaacactcatatttccttcacgccaagtatgattgagttgaacattccaactcatcttcagcagcttccggatacg 250  Q
    ||||||| |||||||| ||||||||  ||||  ||||||||||  |||||||||| |||| ||| |||| ||||  |||  |||||||||||  ||||||    
T  38560608 aaatgctaaaattagcaagccaatcggcacttctatttccttcgtgccaagtatggttgatttgcacatgccaatccattctcagcagcttcttgatacg 38560707  T
Q  251 gtaaactaaaacaggaatattcccattgaacttgaaattatcagaaatcatgtcaatcaaactctttgaatcactttccactataagatgagagtaatgt 350  Q
     | |||||||| ||| ||||||||||| || |||||  |||||||||||| ||| |||||  |||| ||  ||||||||||||||||||||    ||||     
T  38560708 atgaactaaaatagggatattcccattaaatttgaacctatcagaaatcacgtcgatcaatatcttcgagccactttccactataagatgatcaaaatgc 38560807  T
Q  351 tccctccaagccatgtccaaacccaaatatagcccccacatctcagcatgtaaggcatcacaagctccaatcttcttagtgtagcctttgatcca 445  Q
    ||||||||| |||| || | ||||||||| | ||||||||||||| ||||||||||||||||| |||| || |||| |||||||||||| |||||    
T  38560808 tccctccaaaccatctctatacccaaatacaacccccacatctcaacatgtaaggcatcacaaactccgatattctcagtgtagcctttaatcca 38560902  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000004
Query Start/End: Original strand, 286 - 448
Target Start/End: Complemental strand, 33373177 - 33373015
Alignment:
Q  286 aattatcagaaatcatgtcaatcaaactctttgaatcactttccactataagatgagagtaatgttccctccaagccatgtccaaacccaaatatagccc 385  Q
    |||| |||| ||||||||| | |||  ||||||| ||||| ||||||||||||||||    ||  |||||||| |||||||||||||| |  || |  ||    
T  33373177 aattttcagtaatcatgtcgaccaagatctttgagtcactctccactataagatgagttgtattctccctccacgccatgtccaaacctaggtacatgcc 33373078  T
Q  386 ccacatctcagcatgtaaggcatcacaagctccaatcttcttagtgtagcctttgatccatct 448  Q
    |||||| |||||||| || ||||||||   ||||||||||||   ||||||||||||||||||    
T  33373077 ccacatttcagcatgaaaagcatcacacattccaatcttcttgaagtagcctttgatccatct 33373015  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000004
Query Start/End: Original strand, 286 - 448
Target Start/End: Complemental strand, 45093420 - 45093258
Alignment:
Q  286 aattatcagaaatcatgtcaatcaaactctttgaatcactttccactataagatgagagtaatgttccctccaagccatgtccaaacccaaatatagccc 385  Q
    |||| |||| ||||||||| | |||  ||||||| ||||| |||||||||||||||| |  ||  |||||||| |||||||||||||| |  || |  ||    
T  45093420 aattttcagtaatcatgtcgaccaagatctttgagtcactatccactataagatgagtggtattctccctccacgccatgtccaaacctaggtacatgcc 45093321  T
Q  386 ccacatctcagcatgtaaggcatcacaagctccaatcttcttagtgtagcctttgatccatct 448  Q
    |||||| |||||||| || ||||||||   ||||||||||||   ||||||||| ||||||||    
T  45093320 ccacatttcagcatgaaaagcatcacacattccaatcttcttgaagtagcctttaatccatct 45093258  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #8
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000005
Query Start/End: Original strand, 1 - 88
Target Start/End: Complemental strand, 33373461 - 33373375
Alignment:
Q  1 tacaagagagggcaaagcccaaaagaaaacaaaattaagaagttaatcgaacattcataggcatgcaagctccggataaatcatcaaa 88  Q
    ||||| ||||||||||||||||| ||||  |||| |||||| |||| || || ||| ||||||||||||||||||| | |||||||||    
T  33373461 tacaaaagagggcaaagcccaaaggaaag-aaaactaagaaattaaacggacgttcctaggcatgcaagctccggaaatatcatcaaa 33373375  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #9
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000005
Query Start/End: Original strand, 1 - 88
Target Start/End: Complemental strand, 45093705 - 45093618
Alignment:
Q  1 tacaagagagggcaaagcccaaaagaaaacaaaattaagaagttaatcgaacattcataggcatgcaagctccggataaatcatcaaa 88  Q
    ||||| |||||||||||||||||  |||| |||| |||||| |||| || || ||| ||||||||||||| ||||| | |||||||||    
T  45093705 tacaaaagagggcaaagcccaaagaaaaagaaaactaagaaattaaacggacgttcctaggcatgcaagccccggaaatatcatcaaa 45093618  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #10
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 354 - 413
Target Start/End: Original strand, 20670285 - 20670344
Alignment:
Q  354 ctccaagccatgtccaaacccaaatatagcccccacatctcagcatgtaaggcatcacaa 413  Q
    ||||||||||| || || |||||||| || |||||||||||||||||||  |||||||||    
T  20670285 ctccaagccatatcaaaccccaaataaagaccccacatctcagcatgtagagcatcacaa 20670344  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #11
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 354 - 421
Target Start/End: Original strand, 40536559 - 40536626
Alignment:
Q  354 ctccaagccatgtccaaacccaaatatagcccccacatctcagcatgtaaggcatcacaagctccaat 421  Q
    ||||||||||| || |  |||||||| || ||||||||||||||||| |  |||||||||||||||||    
T  40536559 ctccaagccatatctagtcccaaataaagaccccacatctcagcatgcagagcatcacaagctccaat 40536626  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 440; Significance: 0; HSPs: 12)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 440; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 568
Target Start/End: Original strand, 18258979 - 18259545
Alignment:
Q  1 tacaagagagggcaaagcccaaaagaaaacaaaattaagaagttaatcgaacattcataggcatgcaagctccggataaatcatcaaaaaggattctttt 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||| ||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||    
T  18258979 tacaagagagggcaaagcccaaaagaaaataaaatttagaagctaatcgaacattcctaggcatgcaagccccggataaatcatcaaaaatgattctttt 18259078  T
Q  101 gacctcacaaggaggggactccaacacaataaaattaaaatgatctgtagaaatgcttaaattagcgagccaatcaacactcatatttccttcacgccaa 200  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||| | |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||     
T  18259079 gacctcacaaggaggagactccaacactagaaaattaaaatgatctgtcgaaatgcttaaattagcgagccaatcagcactcatatttccttcgcgccag 18259178  T
Q  201 gtatgattgagttgaacattccaactcatcttcagcagcttccggatacggtaaactaaaacaggaatattcccattgaacttgaaattatcagaaatca 300  Q
    ||||| |||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||| ||| |||||||||||||||    
T  18259179 gtatggttgagttgaacatttcaacttatcttcagcagcttccggatccggtaaactaaaacaagaatattcccattgaatttggaattatcagaaatca 18259278  T
Q  301 tgtcaatcaaactctttgaatcactttccactataagatgagagtaatgttccctccaagccatgtccaaacccaaatatagcccccacatctcagcatg 400  Q
    |||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18259279 tgtcgatcaaaatctttgaatcactttccactataagatgagagtaatgttccctccaaaccatgtccagacccaaatatagcccccacatctcagcatg 18259378  T
Q  401 taaggcatcacaagctccaatcttcttagtgtagcctttgatccatctaccgtctgaatcacgaaaaaggccgccacatccagcaataacccccatatcc 500  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||    
T  18259379 taaggcatcacaagctccaatcttcttagtgtagtctttgatccatctaccgtctgaatcacgaaaaaggccgccacat-caacaataacccccatatcc 18259477  T
Q  501 ttgcaagcatcatcactattaagcttgatccaactctctcgaggccgcttccaacctatatagatgat 568  Q
    |||||||||  |||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18259478 ttgcaagcactatcactattaagcttgatccaaccttctcgaggccgcttccaacctatatagatgat 18259545  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 385; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 26 - 568
Target Start/End: Original strand, 34080606 - 34081145
Alignment:
Q  26 aaaacaaaattaagaagttaatcgaacattcataggcatgcaagctccggataaatcatcaaaaaggattcttttgacctcacaaggaggggactccaac 125  Q
    ||||||||||||| ||  ||||||||||||  ||||||||||||||||  |||||||||||||||||||| ||| |||||||| |||||   ||||||||    
T  34080606 aaaacaaaattaaaaaactaatcgaacatttctaggcatgcaagctccaaataaatcatcaaaaaggattttttggacctcactaggag---actccaac 34080702  T
Q  126 acaataaaattaaaatgatctgtagaaatgcttaaattagcgagccaatcaacactcatatttccttcacgccaagtatgattgagttgaacattccaac 225  Q
    || ||||||||||| |||| |||| ||||| |||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  34080703 actataaaattaaagtgatatgtaaaaatgtttaaattagcaagccaatcaacactcatgtttccttcacgccaagtatggttgagttgaacattccaac 34080802  T
Q  226 tcatcttcagcagcttccggatacggtaaactaaaacaggaatattcccattgaacttgaaattatcagaaatcatgtcaatcaaactctttgaatcact 325  Q
     |||||||||||||||| |||| |||| |||||||||| |||||||| ||||||||||||| |||||||||||||| || |||||| ||||| |||||||    
T  34080803 ccatcttcagcagcttctggatccggtgaactaaaacaagaatattcgcattgaacttgaatttatcagaaatcatatccatcaaaatctttaaatcact 34080902  T
Q  326 ttccactataagatgagagtaatgttccctccaagccatgtccaaacccaaatatagcccccacatctcagcatgtaaggcatcacaagctccaatcttc 425  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34080903 ttccactataagatgagagtaatgttccctccaagccatgtccaaacccaaatatagctcccacttatcagcatgtaaggcatcacaagctccaatcttc 34081002  T
Q  426 ttagtgtagcctttgatccatctaccgtctgaatcacgaaaaaggccgccacatccagcaataacccccatatccttgcaagcatcatcactattaagct 525  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  34081003 ttagtgtagcctttgatccatctaccgtctgaatcacgaaaaagaccgccacatccagcaataacccccatatccttgcaagcaccatcactattaagct 34081102  T
Q  526 tgatccaactctctcgaggccgcttccaacctatatagatgat 568  Q
    |||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34081103 tgatccaaccttctcgaggccgcttccaacctatatagatgat 34081145  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 256; E-Value: 1e-142
Query Start/End: Original strand, 4 - 355
Target Start/End: Complemental strand, 22540566 - 22540215
Alignment:
Q  4 aagagagggcaaagcccaaaagaaaacaaaattaagaagttaatcgaacattcataggcatgcaagctccggataaatcatcaaaaaggattcttttgac 103  Q
    ||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||| ||||||||||||  || |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  22540566 aagagagggcaaagcccaaacaaaaacaaaattaagaagctaatcgaacatttctatgcatgcaagctccggataaatcatcaaaaatgattcttttgac 22540467  T
Q  104 ctcacaaggaggggactccaacacaataaaattaaaatgatctgtagaaatgcttaaattagcgagccaatcaacactcatatttccttcacgccaagta 203  Q
    |||||||||||| |||| |||||| | |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||| ||||||||||    
T  22540466 ctcacaaggaggagacttcaacactagaaaatttaaatgatctgtagaaatgcttaaattagcgagtcaatcaacactcctatttcctttacgccaagta 22540367  T
Q  204 tgattgagttgaacattccaactcatcttcagcagcttccggatacggtaaactaaaacaggaatattcccattgaacttgaaattatcagaaatcatgt 303  Q
    || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||| ||    
T  22540366 tggttgagttgaacattccaactcatcttcagcagcttccggatccagtaaactaaaacaggaatatttccatcgaacttgaaattatcagaaatcacgt 22540267  T
Q  304 caatcaaactctttgaatcactttccactataagatgagagtaatgttccct 355  Q
    | |||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  22540266 cgatcaaaatctttgaatcactttcaactataagatgagagtaatgttccct 22540215  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 133; E-Value: 7e-69
Query Start/End: Original strand, 149 - 468
Target Start/End: Original strand, 4560304 - 4560621
Alignment:
Q  149 agaaatgcttaaattagcgagccaatcaacactcatatttccttcacgccaagtatgattgagttgaacattccaactcatcttcagcagcttccggata 248  Q
    ||||||||| |||||||| || |||||| ||||  |||||||||||||||||||||| |||| ||| |||| ||||  |||  |||||||||||| ||||    
T  4560304 agaaatgctaaaattagcaagtcaatcagcacttctatttccttcacgccaagtatggttgatttgcacatgccaatccattctcagcagcttcctgata 4560403  T
Q  249 cggtaaactaaaacaggaatattcccattgaacttgaaattatcagaaatcatgtcaatcaaactctttgaatcactttccactataagatgagagtaat 348  Q
    || | |||||||| ||| ||||||||||| |||||||| || |||||||||||||| |||||  |||| || ||||||||||| |||||||||    |||    
T  4560404 cgatgaactaaaataggcatattcccattaaacttgaacttttcagaaatcatgtcgatcaatatcttcgagtcactttccacaataagatgatcaaaat 4560503  T
Q  349 gttccctccaagccatgtccaaacccaaatatagcccccacatctcagcatgtaaggcatcacaagctccaatcttcttagtgtagcctttgatccatct 448  Q
    | |||||||  ||||| ||   ||||||||| | |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |    
T  4560504 gctccctcc--gccatctctgtacccaaatacaacccccacatctcagtatgtaaggcatcacaagctccaatcttcttagtgtagcctttaatccattt 4560601  T
Q  449 accgtctgaatcacgaaaaa 468  Q
    ||| |||| |||||||||||    
T  4560602 accatctgcatcacgaaaaa 4560621  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 120; E-Value: 4e-61
Query Start/End: Original strand, 1 - 439
Target Start/End: Complemental strand, 18934411 - 18933974
Alignment:
Q  1 tacaagagagggcaaagcccaaaagaaaacaaaattaagaagttaatcgaacattcataggcatgcaagctccggataaatcatcaaaaaggattctttt 100  Q
    ||||| ||||||||||| |||| |||||| ||| | | ||| |||| || |||||| ||||||||||||| ||||| | ||||||||| | ||  ||||     
T  18934411 tacaatagagggcaaagtccaagagaaaagaaact-acgaaattaaccggacattcctaggcatgcaagccccggaaatatcatcaaacatgag-ctttc 18934314  T
Q  101 gac-ctcacaaggaggggactccaacacaataaaattaaaatgatctgtagaaatgcttaaattagcgagccaatcaacactcatatttccttcacgcca 199  Q
    ||  ||||  |||||| | |||||| | ||| ||||| |||||||    ||||||||| |||||||| ||||||||  ||||  ||||||||||||||||    
T  18934313 gaagctcaataggaggagtctccaaaataatcaaattcaaatgattcacagaaatgctaaaattagcaagccaatcggcacttctatttccttcacgcca 18934214  T
Q  200 agtatgattgagttgaacattccaactcatcttcagcagcttccggatacggtaaactaaaacaggaatattcccattgaacttgaaattatcagaaatc 299  Q
    |||||| |||| ||| |||| ||||  |||  |||||||||||| |||||| | |||||||| ||| | ||||||||| |||||||| |  |||||||||    
T  18934213 agtatggttgatttgcacatgccaatccattctcagcagcttcctgatacgatgaactaaaataggcacattcccattaaacttgaactcgtcagaaatc 18934114  T
Q  300 atgtcaatcaaactctttgaatcactttccactataagatgagagtaatgttccctccaagccatgtccaaacccaaatatagcccccacatctcagcat 399  Q
    ||||| |||||  |||| |  ||||||||||| |||||||||    |||| |||||| ||||||| || | ||||||||| | || ||||||||||||||    
T  18934113 atgtcgatcaatatcttcgggtcactttccacaataagatgatcaaaatgctccctctaagccatctctatacccaaatacaacctccacatctcagcat 18934014  T
Q  400 gtaaggcatcacaagctccaatcttcttagtgtagccttt 439  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  18934013 gtaaggcatcacaagctccaatctttttagtgtagccttt 18933974  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 87; E-Value: 2e-41
Query Start/End: Original strand, 151 - 468
Target Start/End: Complemental strand, 18883590 - 18883272
Alignment:
Q  151 aaatgcttaaattagcgagccaatcaacactcatatttccttcacgccaagtatgattgagttgaacattccaactcatcttcagcagcttccggatacg 250  Q
    ||||||| |||||||| ||||||||  ||    |||||||||| ||||||||||| |||| ||| ||||  |||  |||  |||| ||||||| |||||     
T  18883590 aaatgctaaaattagcaagccaatcggcatatctatttccttcgcgccaagtatggttgatttgcacatgtcaatccattctcagtagcttcctgataca 18883491  T
Q  251 gtaaactaaaacaggaatattcccattgaacttgaaattatcagaaatcatgtcaatcaaactctttgaatcactttccactataagatgagagtaatgt 350  Q
     | |||||||| ||| ||||||||||| ||||| || || || ||||||||||| |||||  ||||||| ||| |||||||||||||||||    ||||     
T  18883490 atgaactaaaatagggatattcccattaaacttaaacttgtccgaaatcatgtcgatcaatatctttgagtcattttccactataagatgatcaaaatgc 18883391  T
Q  351 tccctccaagccatgtcca-aacccaaatatagcccccacatctcagcatgtaaggcatcacaagctccaatcttcttagtgtagcctttgatccatcta 449  Q
    |||||||||||||| |  | | |||||||| | ||||||||||||| || ||||||||||||||| ||||||||| |||||| ||||||| |||||| ||    
T  18883390 tccctccaagccatatttataccccaaatacaacccccacatctcaacaagtaaggcatcacaagttccaatcttattagtgcagcctttaatccattta 18883291  T
Q  450 ccgtctgaatcacgaaaaa 468  Q
    || |||| |||| ||||||    
T  18883290 ccatctgcatcatgaaaaa 18883272  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 69; E-Value: 1e-30
Query Start/End: Original strand, 225 - 534
Target Start/End: Complemental strand, 32216927 - 32216614
Alignment:
Q  225 ctcatcttcagcagcttccggatacggtaaactaaaacaggaatattcccattgaacttgaaattatcagaaatcatgtcaatcaaactctttgaatcac 324  Q
    ||||||||||| ||||||  |||||| || ||||||| ||| |||||| ||||||| | ||||||  ||| ||||||||  |||||| ||||||| |  |    
T  32216927 ctcatcttcagaagcttctagatacgctagactaaaatagggatattctcattgaaatggaaattgccaggaatcatgttgatcaaaatctttgagttgc 32216828  T
Q  325 tttccactataagatgagagtaatgttccctccaagccatgtccaaa----cccaaatatagcccccacatctcagcatgtaaggcatcacaagctccaa 420  Q
    | |||||||| ||||||||  |  | || ||||| |||||||||||     | |||||| | |||  |||| || |||| |||||||| |||  | ||||    
T  32216827 tctccactattagatgagaaaacggctctctccatgccatgtccaattaatctcaaatacaacccttacatatctgcatataaggcatgacacacaccaa 32216728  T
Q  421 tcttcttagtgtagcctttgatccatctaccgtctgaatcacgaaaaaggccgccacatccagcaataacccccatatccttgcaagcatcatcactatt 520  Q
    |||||||| |||||||||| ||||||||||||||  | ||||||||||| || ||||||||| ||||  | ||| |||||||| |||| |||||||||||    
T  32216727 tcttcttattgtagcctttaatccatctaccgtccaagtcacgaaaaagacccccacatccaacaatctctcccctatccttgtaagcgtcatcactatt 32216628  T
Q  521 aagcttgatccaac 534  Q
    ||| ||| ||||||    
T  32216627 aagtttgctccaac 32216614  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 51; E-Value: 6e-20
Query Start/End: Original strand, 286 - 448
Target Start/End: Complemental strand, 14024914 - 14024752
Alignment:
Q  286 aattatcagaaatcatgtcaatcaaactctttgaatcactttccactataagatgagagtaatgttccctccaagccatgtccaaacccaaatatagccc 385  Q
    |||| |||| ||||||||| | |||| ||||||| ||||| |||||||||||||||| |  ||  |||||||| |||||||||||||| |  || |  ||    
T  14024914 aattttcagtaatcatgtcgaccaaaatctttgagtcactctccactataagatgagtggtattctccctccacgccatgtccaaaccaaggtacatgcc 14024815  T
Q  386 ccacatctcagcatgtaaggcatcacaagctccaatcttcttagtgtagcctttgatccatct 448  Q
    |||||| |||||||| || ||||||||   ||||||||||||   ||||||||||||||||||    
T  14024814 ccacatttcagcatgaaaagcatcacacattccaatcttcttgaagtagcctttgatccatct 14024752  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 48; E-Value: 4e-18
Query Start/End: Original strand, 24 - 99
Target Start/End: Complemental strand, 13236796 - 13236721
Alignment:
Q  24 agaaaacaaaattaagaagttaatcgaacattcataggcatgcaagctccggataaatcatcaaaaaggattcttt 99  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||  |||||||| ||||||||| ||||||||    
T  13236796 agaaaataaaattaagaagttaatcgaacattcctaagcatgcaagcctcggataaaacatcaaaaatgattcttt 13236721  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #10
Raw Score: 47; E-Value: 1e-17
Query Start/End: Original strand, 286 - 448
Target Start/End: Complemental strand, 32386467 - 32386305
Alignment:
Q  286 aattatcagaaatcatgtcaatcaaactctttgaatcactttccactataagatgagagtaatgttccctccaagccatgtccaaacccaaatatagccc 385  Q
    |||| |||| ||||||||| | |||  ||||||| ||||| |||| ||||||||||| || ||  |||||||| |||||||||||||| |  || |  ||    
T  32386467 aattttcagtaatcatgtcgaccaagatctttgagtcactctccagtataagatgagtgttattctccctccatgccatgtccaaacctaggtacatgcc 32386368  T
Q  386 ccacatctcagcatgtaaggcatcacaagctccaatcttcttagtgtagcctttgatccatct 448  Q
    |||||| |||||||| || ||||||||   ||||||||||||   ||||||||||||||||||    
T  32386367 ccacatttcagcatgaaaagcatcacacattccaatcttcttgaagtagcctttgatccatct 32386305  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #11
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000001
Query Start/End: Original strand, 170 - 319
Target Start/End: Complemental strand, 32786093 - 32785942
Alignment:
Q  170 ccaatcaacactcatatttccttcacgccaagtatgattgagttgaacattcca--actcatcttcagcagcttccggatacggtaaactaaaacaggaa 267  Q
    ||||||||||||  ||||||||||||  ||||||||||||| ||| |||| |||  | |||||||||  |||||| ||||| | | || ||||| | | |    
T  32786093 ccaatcaacacttttatttccttcacaacaagtatgattgatttgcacatgccaatattcatcttcataagcttctggataggttgaaataaaataagga 32785994  T
Q  268 tattcccattgaacttgaaattatcagaaatcatgtcaatcaaactctttga 319  Q
    || |||  ||||| | |||||| ||||||||||||||| ||||| |||||||    
T  32785993 tagtcctgttgaaatagaaattgtcagaaatcatgtcagtcaaattctttga 32785942  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #12
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 384 - 445
Target Start/End: Complemental strand, 7530834 - 7530773
Alignment:
Q  384 ccccacatctcagcatgtaaggcatcacaagctccaatcttcttagtgtagcctttgatcca 445  Q
    |||||||||||  ||||||  ||||||||||  |||||||||||  ||||||||||||||||    
T  7530834 ccccacatctccacatgtagagcatcacaagaaccaatcttcttcatgtagcctttgatcca 7530773  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 111; Significance: 1e-55; HSPs: 2)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 111; E-Value: 1e-55
Query Start/End: Original strand, 232 - 534
Target Start/End: Original strand, 1223033 - 1223335
Alignment:
Q  232 tcagcagcttccggatacggtaaactaaaacaggaatattcccattgaacttgaaattatcagaaatcatgtcaatcaaactctttgaatcactttccac 331  Q
    |||||||||||| |||||| | |||||||| ||| | ||||||||| |||||||| |  |||||||||||||| |||||  |||| || |||||||||||    
T  1223033 tcagcagcttcctgatacgatgaactaaaataggcacattcccattaaacttgaactcgtcagaaatcatgtcgatcaatatcttcgagtcactttccac 1223132  T
Q  332 tataagatgagagtaatgttccctccaagccatgtccaaacccaaatatagcccccacatctcagcatgtaaggcatcacaagctccaatcttcttagtg 431  Q
     |||||||||    |||| |||||||||||||| || | ||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1223133 aataagatgatcaaaatgctccctccaagccatctctatacccaaatacaacccccacatctcagcatgtaaggcatcacaagctccaatcttcttagtg 1223232  T
Q  432 tagcctttgatccatctaccgtctgaatcacgaaaaaggccgccacatccagcaataacccccatatccttgcaagcatcatcactattaagcttgatcc 531  Q
    |||||||| |||||| |||| | ||  ||||||||||  || |||||  | | ||||   |||||||||||||| ||| | || || || ||||||||||    
T  1223233 tagcctttaatccatttaccatatgcgtcacgaaaaataccaccacaatcggaaatatgacccatatccttgcaggcaccgtcgctgttgagcttgatcc 1223332  T
Q  532 aac 534  Q
    |||    
T  1223333 aac 1223335  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000001
Query Start/End: Original strand, 1 - 200
Target Start/End: Original strand, 1222821 - 1223019
Alignment:
Q  1 tacaagagagggcaaagcccaaaagaaaacaaaattaagaagttaatcgaacattcataggcatgcaagctccggataaatcatcaaaaaggattctttt 100  Q
    ||||| |||||||||||||||| |||||| ||| | | ||| |||| || |||||| ||||||||||||| ||||| | ||||||||| | ||  ||||     
T  1222821 tacaatagagggcaaagcccaagagaaaagaaact-acgaaattaaccggacattcctaggcatgcaagccccggaaatatcatcaaacatga-gctttc 1222918  T
Q  101 g-acctcacaaggaggggactccaacacaataaaattaaaatgatctgtagaaatgcttaaattagcgagccaatcaacactcatatttccttcacgcca 199  Q
    | | ||||  |||||| | |||||| | ||| ||||| |||||||    ||||||||| |||||||| ||||||||  ||||  ||||||||||||||||    
T  1222919 gaagctcaataggaggagtctccaaaataatcaaattcaaatgattcacagaaatgctaaaattagcaagccaatcggcacttctatttccttcacgcca 1223018  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University