View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF8986_low_43 (Length: 533)

Name: NF8986_low_43
Description: NF8986
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF8986_low_43
NF8986_low_43
[»] chr1 (2 HSPs)
chr1 (20-533)||(40127513-40128026)
chr1 (390-478)||(10191783-10191871)
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (20-517)||(37455663-37456160)
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (426-478)||(36639940-36639992)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 510; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 510; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 20 - 533
Target Start/End: Original strand, 40127513 - 40128026
Alignment:
Q  20 tgttaggcatgtgaatcttgttgctttgagaggttattgtagtgcgacgacgcggttagagggttaccagaggattattgtttgtgatttgatgaaaaat 119  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  40127513 tgttaggcatgtgaatcttgttgctttgagaggttattgtagtgcgacgacgcggttagagggttaccagaggattattgtttgtgatttgatgaaaaat 40127612  T
Q  120 gggagtcttcatgatcatttgtttgaatctaatggggcgaaacttagttggccggctcgtcagaagattgctcttggaactgctaggggattatcttatt 219  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  40127613 gggagtcttcatgatcatttgtttgaatctaatggggcgaaacttagttggccggctcgtcagaagattgctcttggaactgctaggggattatcttatt 40127712  T
Q  220 tgcattatggagctcaacctgctatcattcatagggaaattaaagctaataatatacttttggatgataagtttgaagctaaggttgccgattttggact 319  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  40127713 tgcattatggagctcaacctgctatcattcatagggatattaaagctaataatatacttttggatgataagtttgaagctaaggttgccgattttggact 40127812  T
Q  320 tgcaaagtttaatcccgagggaatgactcatatgagtactagggttgctggaactatggggtatgttgctcctgagtatgctttgtatggacaattaaca 419  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  40127813 tgcaaagtttaatcccgagggaatgactcatatgagtactagggttgctggaactatggggtatgttgctcctgagtatgctttgtatggacaattaaca 40127912  T
Q  420 gaaaggagtgatgtgtttagttttggtgttgtgcttcttgagctattgagtggaagaaaggctcttcaaacgaacgatgacggacaaccttctgctttga 519  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  40127913 gaaaggagtgatgtgtttagttttggtgttgtgcttcttgagctattgagtggaagaaaggctcttcaaacgaacgatgacggacaaccttctgctttga 40128012  T
Q  520 ctgattgggcttgg 533  Q
    ||||||||||||||    
T  40128013 ctgattgggcttgg 40128026  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000007
Query Start/End: Original strand, 390 - 478
Target Start/End: Original strand, 10191783 - 10191871
Alignment:
Q  390 cctgagtatgctttgtatggacaattaacagaaaggagtgatgtgtttagttttggtgttgtgcttcttgagctattgagtggaagaaa 478  Q
    |||||||||||||| ||||||||| |||| || |  |||||||| | |||||||||  ||||| | |||||| || ||||||| |||||    
T  10191783 cctgagtatgctttatatggacaactaactgagaaaagtgatgtttatagttttggcattgtgatacttgagataatgagtggtagaaa 10191871  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 214; Significance: 1e-117; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 214; E-Value: 1e-117
Query Start/End: Original strand, 20 - 517
Target Start/End: Original strand, 37455663 - 37456160
Alignment:
Q  20 tgttaggcatgtgaatcttgttgctttgagaggttattgtagtgcgacgacgcggttagagggttaccagaggattattgtttgtgatttgatgaaaaat 119  Q
    |||||| ||||| |||||||||||||| ||||||||||||| ||| || ||    ||||| ||| | |||||||||||||||  |||||| ||| | |||    
T  37455663 tgttagacatgttaatcttgttgctttaagaggttattgtactgctactactaatttagaaggtcatcagaggattattgttactgatttaatggagaat 37455762  T
Q  120 gggagtcttcatgatcatttgtttgaatctaatggggcgaaacttagttggccggctcgtcagaagattgctcttggaactgctaggggattatcttatt 219  Q
    ||||||||| |||||||||||||||  |||     |  |||  | |||||||| | ||||||||||||||||||||| || |||||||| ||  ||||||    
T  37455763 gggagtctttatgatcatttgtttggttcttcgaagaagaagttgagttggcctgttcgtcagaagattgctcttggcacggctaggggtttggcttatt 37455862  T
Q  220 tgcattatggagctcaacctgctatcattcatagggaaattaaagctaataatatacttttggatgataagtttgaagctaaggttgccgattttggact 319  Q
    ||||||| || ||||| ||| | || ||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||| ||||| || ||||||||| |    
T  37455863 tgcattacggtgctcagccttcgattattcatagggatattaaagctagtaatatacttttggatgagaagtttgaagcgaaggtggcggattttggatt 37455962  T
Q  320 tgcaaagtttaatcccgagggaatgactcatatgagtactagggttgctggaactatggggtatgttgctcctgagtatgctttgtatggacaattaaca 419  Q
     || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| || ||     
T  37455963 ggcgaagtttaatcccgagggaatgactcatatgagtactagagtcgctggaactatggggtatgttgctcctgagtatgctatgtatggacagttgacg 37456062  T
Q  420 gaaaggagtgatgtgtttagttttggtgttgtgcttcttgagctattgagtggaagaaaggctcttcaaacgaacgatgacggacaaccttctgcttt 517  Q
    || |||||||||||||||||||| |||||| ||||||| ||||| ||||||||||||||||| ||| ||||||| || || || ||||| ||||||||    
T  37456063 gagaggagtgatgtgtttagtttcggtgttttgcttctcgagcttttgagtggaagaaaggcgcttgaaacgaatgaggatggtcaaccctctgcttt 37456160  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 29; Significance: 0.0000007; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000007
Query Start/End: Original strand, 426 - 478
Target Start/End: Original strand, 36639940 - 36639992
Alignment:
Q  426 agtgatgtgtttagttttggtgttgtgcttcttgagctattgagtggaagaaa 478  Q
    |||||||| | ||||||||||||||| |||||||| || |||| |||||||||    
T  36639940 agtgatgtttatagttttggtgttgttcttcttgaacttttgactggaagaaa 36639992  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University