View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF8986_low_85 (Length: 332)

Name: NF8986_low_85
Description: NF8986
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF8986_low_85
NF8986_low_85
[»] chr5 (13 HSPs)
chr5 (1-310)||(37261482-37261789)
chr5 (1-310)||(3876324-3876633)
chr5 (1-310)||(3690154-3690463)
chr5 (1-310)||(25542526-25542835)
chr5 (1-310)||(39883360-39883669)
chr5 (1-310)||(14192545-14192854)
chr5 (1-310)||(27881261-27881570)
chr5 (1-310)||(37373113-37373422)
chr5 (1-306)||(17871375-17871679)
chr5 (35-310)||(30346362-30346637)
chr5 (45-310)||(10025199-10025464)
chr5 (1-310)||(8428318-8428616)
chr5 (35-310)||(24629686-24629954)
[»] chr3 (12 HSPs)
chr3 (1-310)||(10038807-10039116)
chr3 (1-310)||(10110777-10111086)
chr3 (3-310)||(10968515-10968821)
chr3 (1-310)||(32948-33257)
chr3 (1-310)||(13530216-13530525)
chr3 (4-310)||(10000587-10000893)
chr3 (1-310)||(50410349-50410654)
chr3 (1-310)||(10237732-10238040)
chr3 (1-310)||(11368825-11369125)
chr3 (1-244)||(11362436-11362681)
chr3 (130-310)||(52918332-52918512)
chr3 (3-89)||(52918245-52918330)
[»] scaffold0356 (1 HSPs)
scaffold0356 (1-310)||(17610-17918)
[»] chr1 (10 HSPs)
chr1 (1-310)||(2452850-2453159)
chr1 (1-310)||(16042202-16042511)
chr1 (1-310)||(36207392-36207701)
chr1 (1-310)||(37389885-37390194)
chr1 (1-310)||(48775068-48775377)
chr1 (1-299)||(2329343-2329641)
chr1 (1-310)||(48233555-48233864)
chr1 (1-306)||(6310731-6311036)
chr1 (35-310)||(52500795-52501063)
chr1 (1-210)||(18148865-18149074)
[»] scaffold0073 (3 HSPs)
scaffold0073 (1-310)||(32109-32418)
scaffold0073 (74-310)||(1-237)
scaffold0073 (1-37)||(19634-19670)
[»] scaffold0017 (1 HSPs)
scaffold0017 (1-310)||(186731-187040)
[»] chr7 (8 HSPs)
chr7 (1-310)||(21069795-21070104)
chr7 (1-310)||(5828288-5828597)
chr7 (1-310)||(9000878-9001187)
chr7 (1-310)||(7036897-7037206)
chr7 (1-310)||(12780881-12781190)
chr7 (35-310)||(42232210-42232486)
chr7 (1-306)||(22843981-22844285)
chr7 (1-242)||(12785790-12786020)
[»] scaffold0550 (1 HSPs)
scaffold0550 (1-301)||(314-614)
[»] scaffold0003 (2 HSPs)
scaffold0003 (1-310)||(182988-183297)
scaffold0003 (1-310)||(165708-166019)
[»] chr8 (6 HSPs)
chr8 (1-310)||(21113477-21113786)
chr8 (1-310)||(25218298-25218607)
chr8 (1-310)||(25208780-25209089)
chr8 (1-310)||(7822015-7822324)
chr8 (1-222)||(30307354-30307575)
chr8 (226-310)||(30325877-30325961)
[»] chr6 (9 HSPs)
chr6 (1-310)||(2201912-2202221)
chr6 (1-310)||(18344302-18344611)
chr6 (1-306)||(30881504-30881808)
chr6 (1-265)||(10187721-10187985)
chr6 (70-310)||(12517520-12517760)
chr6 (1-200)||(15333820-15334019)
chr6 (132-277)||(18814054-18814199)
chr6 (1-124)||(29639947-29640070)
chr6 (1-124)||(31510118-31510241)
[»] chr4 (8 HSPs)
chr4 (1-310)||(1860854-1861163)
chr4 (1-310)||(35856084-35856393)
chr4 (1-310)||(617957-618266)
chr4 (1-310)||(49710350-49710658)
chr4 (1-301)||(38518273-38518573)
chr4 (1-310)||(13337412-13337721)
chr4 (35-310)||(55558856-55559131)
chr4 (1-242)||(49786640-49786870)
[»] chr2 (12 HSPs)
chr2 (1-310)||(24268803-24269112)
chr2 (1-310)||(21395547-21395856)
chr2 (1-310)||(27192666-27192975)
chr2 (1-310)||(27842480-27842789)
chr2 (4-310)||(27509554-27509860)
chr2 (1-301)||(24246002-24246302)
chr2 (1-275)||(17683597-17683871)
chr2 (38-310)||(35609867-35610139)
chr2 (152-303)||(3642920-3643071)
chr2 (1-242)||(28665984-28666214)
chr2 (1-242)||(37824818-37825048)
chr2 (1-241)||(41919986-41920215)
[»] scaffold0002 (1 HSPs)
scaffold0002 (1-310)||(321069-321378)
[»] scaffold0262 (1 HSPs)
scaffold0262 (1-310)||(19183-19491)
[»] scaffold0134 (1 HSPs)
scaffold0134 (1-310)||(4993-5302)
[»] scaffold1139 (1 HSPs)
scaffold1139 (1-242)||(1177-1418)
[»] scaffold0118 (1 HSPs)
scaffold0118 (35-310)||(28452-28727)
[»] scaffold0107 (1 HSPs)
scaffold0107 (5-243)||(39937-40175)
[»] scaffold0090 (1 HSPs)
scaffold0090 (1-242)||(48748-48978)
[»] scaffold0225 (1 HSPs)
scaffold0225 (158-310)||(14010-14162)
[»] scaffold0025 (1 HSPs)
scaffold0025 (1-29)||(16861-16889)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 247; Significance: 1e-137; HSPs: 13)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 247; E-Value: 1e-137
Query Start/End: Original strand, 1 - 310
Target Start/End: Original strand, 37261482 - 37261789
Alignment:
Q  1 gacatcaacggatttgttgtgtccgatatgagcaaatcttcggaaatttataccttcgtttcaccattttcatccgaagcgtcgttgccgtctccaattg 100  Q
    |||||||||||  ||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37261482 gacatcaacgg--ttgttgtgtccaatataagcaaatcttcggaaatttataccttcgtttcaccattctcatccgaagcgtcgttgccgtctccaattg 37261579  T
Q  101 agagtatccacatgccaaaattagcaatttcttcctgctctgcacgtaccgaagatgcacctaatctcatattaacagtaagcctcaacgcataacaata 200  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||    
T  37261580 agagtatccacttgccaaaattagcaatttcttcttgctctgcacgtaccgaagatgcacctaatctcatattaacagtaagcctcaacacattacaata 37261679  T
Q  201 agcccatatctttgatgaattgattgaggcatcaacaatatcctacctagttccttttcagacaacgggcaatatcttcctgaaatcaccacataaaact 300  Q
    ||| |||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37261680 agctcatatctttgatgaattgatcgagacatcaacaatatcctgcctcgttccttttcagacaacaggcaatatcttcctgaaatcaccacataaaact 37261779  T
Q  301 attgtcattc 310  Q
    ||||||||||    
T  37261780 attgtcattc 37261789  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 206; E-Value: 1e-112
Query Start/End: Original strand, 1 - 310
Target Start/End: Complemental strand, 3876633 - 3876324
Alignment:
Q  1 gacatcaacggatttgttgtgtccgatatgagcaaatcttcggaaatttataccttcgtttcaccattttcatccgaagcgtcgttgccgtctccaattg 100  Q
    |||||||||| ||||||||| || |||||||||||||||| || ||||| ||||||| |||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  3876633 gacatcaacgaatttgttgtatcggatatgagcaaatctttgggaatttctaccttcatttcaccattctcattcgaagcgtcgttgccgtctccaattg 3876534  T
Q  101 agagtatccacatgccaaaattagcaatttcttcctgctctgcacgtaccgaagatgcacctaatctcatattaacagtaagcctcaacgcataacaata 200  Q
    ||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||| || ||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||| ||| ||||||    
T  3876533 agagtatccacttgccaaaattagcagtttcttcctgctctgcaggtcccgaagatgcacccaatctcatattaactgtaagcctcaacacattacaata 3876434  T
Q  201 agcccatatctttgatgaattgattgaggcatcaacaatatcctacctagttccttttcagacaacgggcaatatcttcctgaaatcaccacataaaact 300  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||| |||||| | |||||||| |||||||||||||| |||||||    
T  3876433 agcccatatctttgatgaattgattgaggcatcaacaatatcctgcctcgttccttttcggacaacagacaatatctgcctgaaatcaccacctaaaact 3876334  T
Q  301 attgtcattc 310  Q
    | | ||||||    
T  3876333 actatcattc 3876324  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 202; E-Value: 1e-110
Query Start/End: Original strand, 1 - 310
Target Start/End: Original strand, 3690154 - 3690463
Alignment:
Q  1 gacatcaacggatttgttgtgtccgatatgagcaaatcttcggaaatttataccttcgtttcaccattttcatccgaagcgtcgttgccgtctccaattg 100  Q
    |||||||||| ||||||||| || |||||||||||||||| || ||||| ||||||| |||||||||| |||| ||||| ||||||||||||||||||||    
T  3690154 gacatcaacgaatttgttgtatcggatatgagcaaatctttgggaatttctaccttcatttcaccattctcattcgaagtgtcgttgccgtctccaattg 3690253  T
Q  101 agagtatccacatgccaaaattagcaatttcttcctgctctgcacgtaccgaagatgcacctaatctcatattaacagtaagcctcaacgcataacaata 200  Q
    ||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||| || ||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||| ||| ||||||    
T  3690254 agagtatccacttgccaaaattagcagtttcttcctgctctgcaggtcccgaagatgcacccaatctcatattaactgtaagcctcaacacattacaata 3690353  T
Q  201 agcccatatctttgatgaattgattgaggcatcaacaatatcctacctagttccttttcagacaacgggcaatatcttcctgaaatcaccacataaaact 300  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||| |||||| | |||||||| |||||||||||||| |||||||    
T  3690354 agcccatatctttgatgaattgattgaggcatcaacaatatcctgcctcgttccttttcggacaacagacaatatctgcctgaaatcaccacctaaaact 3690453  T
Q  301 attgtcattc 310  Q
    | | ||||||    
T  3690454 actatcattc 3690463  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 198; E-Value: 1e-108
Query Start/End: Original strand, 1 - 310
Target Start/End: Complemental strand, 25542835 - 25542526
Alignment:
Q  1 gacatcaacggatttgttgtgtccgatatgagcaaatcttcggaaatttataccttcgtttcaccattttcatccgaagcgtcgttgccgtctccaattg 100  Q
    |||||||||  ||||||||||||||||||||| |||||||| | ||||| ||||||| |||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  25542835 gacatcaacatatttgttgtgtccgatatgagaaaatcttcaggaatttctaccttcatttcaccattctcatccgaagcgttgttgccgtctccaattg 25542736  T
Q  101 agagtatccacatgccaaaattagcaatttcttcctgctctgcacgtaccgaagatgcacctaatctcatattaacagtaagcctcaacgcataacaata 200  Q
    ||||||||||| ||||||| ||||||||||||| ||||| |||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||    
T  25542735 agagtatccacttgccaaagttagcaatttctttctgctttgcaggtaccgaagatgcacccaatctcatattaacagtaagcctcaacacattacaata 25542636  T
Q  201 agcccatatctttgatgaattgattgaggcatcaacaatatcctacctagttccttttcagacaacgggcaatatcttcctgaaatcaccacataaaact 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| || ||  |||||||||| |||||| | |||||||| |||||||||||||| |||||||    
T  25542635 agcccatatctttgatgaattgattgatgcatcaacaatattctgccacgttccttttcggacaacagacaatatctgcctgaaatcaccacctaaaact 25542536  T
Q  301 attgtcattc 310  Q
    | ||||||||    
T  25542535 actgtcattc 25542526  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 190; E-Value: 1e-103
Query Start/End: Original strand, 1 - 310
Target Start/End: Original strand, 39883360 - 39883669
Alignment:
Q  1 gacatcaacggatttgttgtgtccgatatgagcaaatcttcggaaatttataccttcgtttcaccattttcatccgaagcgtcgttgccgtctccaattg 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||  | ||| | ||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39883360 gacatcaacggatttgttgtgtccgatatcagcaaatctttaggaatatctaccttcatttcaccattctcatccgaagcgtcgttgccgtctccaattg 39883459  T
Q  101 agagtatccacatgccaaaattagcaatttcttcctgctctgcacgtaccgaagatgcacctaatctcatattaacagtaagcctcaacgcataacaata 200  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||  || ||||||    
T  39883460 agagtatccacttgccaaaattagcaatttcttcatgctctgcatgtaccgaagctgcacccaatctcatattaacagtaagcctcaacatattacaata 39883559  T
Q  201 agcccatatctttgatgaattgattgaggcatcaacaatatcctacctagttccttttcagacaacgggcaatatcttcctgaaatcaccacataaaact 300  Q
    |||| |||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||  ||| ||||||  |  |||||| |||||||||| |||||||||||||| |||||||    
T  39883560 agccaatatctttgacgaattgactgaggcatcaacaatatccggcctcgttcctcctaggacaacaggcaatatctgcctgaaatcaccacgtaaaact 39883659  T
Q  301 attgtcattc 310  Q
    | ||||||||    
T  39883660 actgtcattc 39883669  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 186; E-Value: 1e-101
Query Start/End: Original strand, 1 - 310
Target Start/End: Complemental strand, 14192854 - 14192545
Alignment:
Q  1 gacatcaacggatttgttgtgtccgatatgagcaaatcttcggaaatttataccttcgtttcaccattttcatccgaagcgtcgttgccgtctccaattg 100  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||| |||||||||| | ||||||| | |||||||||||||||||||    
T  14192854 gacatcaacagatttgttgtgtccgatatgagcaaatcttcagaaatttctaccttcatttcaccattctgatccgaaacttcgttgccgtctccaattg 14192755  T
Q  101 agagtatccacatgccaaaattagcaatttcttcctgctctgcacgtaccgaagatgcacctaatctcatattaacagtaagcctcaacgcataacaata 200  Q
    ||||||||||| || ||||||||||||||||||||| |||| || |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||| | ||||    
T  14192754 agagtatccacttgtcaaaattagcaatttcttcctactctacaggtaccgaagatgcacccaatctcatattaacagtaagcctcaacacattataata 14192655  T
Q  201 agcccatatctttgatgaattgattgaggcatcaacaatatcctacctagttccttttcagacaacgggcaatatcttcctgaaatcaccacataaaact 300  Q
    ||||||||||||| ||||||| |||| ||||||||||||||||| ||| |||||||||| | ||||  ||||||| | |||||||||||||| ||||||     
T  14192654 agcccatatctttaatgaattaattggggcatcaacaatatcctgcctcgttccttttcgggcaacatgcaatatatgcctgaaatcaccacctaaaaca 14192555  T
Q  301 attgtcattc 310  Q
    | ||||||||    
T  14192554 actgtcattc 14192545  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 186; E-Value: 1e-101
Query Start/End: Original strand, 1 - 310
Target Start/End: Original strand, 27881261 - 27881570
Alignment:
Q  1 gacatcaacggatttgttgtgtccgatatgagcaaatcttcggaaatttataccttcgtttcaccattttcatccgaagcgtcgttgccgtctccaattg 100  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||| | | ||| ||||||  |||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  27881261 gacatcaacggatttgttgggtccgatatcagcaaatcttcaggagtttctacctttatttcaccattgtcatccgaagcatcgttgccgtctccaattg 27881360  T
Q  101 agagtatccacatgccaaaattagcaatttcttcctgctctgcacgtaccgaagatgcacctaatctcatattaacagtaagcctcaacgcataacaata 200  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||| ||| ||||||    
T  27881361 agagtatccacttgccaaaattagcaatttctacctgctctgcatgtaccgaagatgcacccaatctcatattaacggtaagcctcaacacattacaata 27881460  T
Q  201 agcccatatctttgatgaattgattgaggcatcaacaatatcctacctagttccttttcagacaacgggcaatatcttcctgaaatcaccacataaaact 300  Q
    |||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||  ||| ||||||  || ||||||  ||||||||| ||| |||||||||| |||||||    
T  27881461 agcccatatctttgatgaattgaccgaggcatcaacaatatccggccttgttcctcctcggacaacatgcaatatctgcctaaaatcaccacctaaaact 27881560  T
Q  301 attgtcattc 310  Q
    | ||||||||    
T  27881561 actgtcattc 27881570  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 182; E-Value: 2e-98
Query Start/End: Original strand, 1 - 310
Target Start/End: Original strand, 37373113 - 37373422
Alignment:
Q  1 gacatcaacggatttgttgtgtccgatatgagcaaatcttcggaaatttataccttcgtttcaccattttcatccgaagcgtcgttgccgtctccaattg 100  Q
    |||||||||||||||||| |||| ||||| ||||||||||| | ||||| ||||||| |||||||||| ||| ||||||| |||||||||||||||||||    
T  37373113 gacatcaacggatttgttatgtctgatatcagcaaatcttcaggaatttctaccttcatttcaccattgtcacccgaagcatcgttgccgtctccaattg 37373212  T
Q  101 agagtatccacatgccaaaattagcaatttcttcctgctctgcacgtaccgaagatgcacctaatctcatattaacagtaagcctcaacgcataacaata 200  Q
    ||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||    
T  37373213 agagtatccacttgcaaaaattagcaatttcttcctgctctgcaggtaccgaagatgcacccaatctcatattaacagtaagcctcaacacattacaata 37373312  T
Q  201 agcccatatctttgatgaattgattgaggcatcaacaatatcctacctagttccttttcagacaacgggcaatatcttcctgaaatcaccacataaaact 300  Q
    ||||||||||||||| |||||||  || |||||||||||||||  ||| ||||||  ||||||||| |||||||||| | | |||||||||| |||||||    
T  37373313 agcccatatctttgacgaattgaccgacgcatcaacaatatccggcctcgttcctcctcagacaacaggcaatatctgcttaaaatcaccacctaaaact 37373412  T
Q  301 attgtcattc 310  Q
    | ||| ||||    
T  37373413 actgtgattc 37373422  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 178; E-Value: 6e-96
Query Start/End: Original strand, 1 - 306
Target Start/End: Complemental strand, 17871679 - 17871375
Alignment:
Q  1 gacatcaacggatttgttgtgtccgatatgagcaaatcttcggaaatttataccttcgtttcaccattttcatccgaagcgtcgttgccgtctccaattg 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||| ||||||| ||||||||| | ||||||||||| ||||||| |||| |||||    
T  17871679 gacatcaacggatttgttgtgtccgatatgagcaaatcttcaggaatttctaccttcatttcaccatct-catccgaagcgccgttgccttctctaattg 17871581  T
Q  101 agagtatccacatgccaaaattagcaatttcttcctgctctgcacgtaccgaagatgcacctaatctcatattaacagtaagcctcaacgcataacaata 200  Q
    ||||||||||  |||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||| |||||||||| |||| |||||||||||||||||||||| ||| ||||||    
T  17871580 agagtatccatttgccaaaattagcaatttattcctgctctgcaggtaccaaagatgcacccaatcccatattaacagtaagcctcaacacattacaata 17871481  T
Q  201 agcccatatctttgatgaattgattgaggcatcaacaatatcctacctagttccttttcagacaacgggcaatatcttcctgaaatcaccacataaaact 300  Q
    ||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| | ||| |||||||||| ||  ||  ||||||||| |||||||||||||| |||||||    
T  17871480 agctcatatctttgatgaactgattgaggcatcaacaatatcatgcctcgttccttttcggatgacatgcaatatctgcctgaaatcaccacctaaaact 17871381  T
Q  301 attgtc 306  Q
     |||||    
T  17871380 tttgtc 17871375  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #10
Raw Score: 168; E-Value: 5e-90
Query Start/End: Original strand, 35 - 310
Target Start/End: Complemental strand, 30346637 - 30346362
Alignment:
Q  35 aatcttcggaaatttataccttcgtttcaccattttcatccgaagcgtcgttgccgtctccaattgagagtatccacatgccaaaattagcaatttcttc 134  Q
    ||||||| | ||||| ||||||| |||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||     
T  30346637 aatcttcaggaatttctaccttcatttcaccattctcatccgaagcgttgttgccgtctccaattcagagtatccacttgccaaaattagcaatttcttt 30346538  T
Q  135 ctgctctgcacgtaccgaagatgcacctaatctcatattaacagtaagcctcaacgcataacaataagcccatatctttgatgaattgattgaggcatca 234  Q
    |||||||||| ||||| |||||||||| |||||||||||||||||||| || ||| ||| | ||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  30346537 ctgctctgcaggtaccaaagatgcacccaatctcatattaacagtaagtcttaacacattaaaataagcacatatctttgatgaattgattgatgcatca 30346438  T
Q  235 acaatatcctacctagttccttttcagacaacgggcaatatcttcctgaaatcaccacataaaactattgtcattc 310  Q
    |||||||||| ||| |||||||||| ||||||  ||||||||| ||||| |||||||| |||||||||||||||||    
T  30346437 acaatatcctgcctcgttccttttcggacaacatgcaatatctgcctgacatcaccacctaaaactattgtcattc 30346362  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #11
Raw Score: 146; E-Value: 7e-77
Query Start/End: Original strand, 45 - 310
Target Start/End: Original strand, 10025199 - 10025464
Alignment:
Q  45 aatttataccttcgtttcaccattttcatccgaagcgtcgttgccgtctccaattgagagtatccacatgccaaaattagcaatttcttcctgctctgca 144  Q
    ||||| ||||||| |||||||||| ||||||||||||| ||| ||||||| |||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  10025199 aatttctaccttcatttcaccattctcatccgaagcgttgttaccgtctctaattcagagtatccacttgccaaaattagcaatttctttctgctctgca 10025298  T
Q  145 cgtaccgaagatgcacctaatctcatattaacagtaagcctcaacgcataacaataagcccatatctttgatgaattgattgaggcatcaacaatatcct 244  Q
     ||||| |||||||||| | |||||||||||||||||| |||||| ||| | ||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||  |    
T  10025299 ggtaccaaagatgcacccagtctcatattaacagtaagtctcaacacatcaaaataagcacatatctttgatgaattgattgatgcatcaacaatatatt 10025398  T
Q  245 acctagttccttttcagacaacgggcaatatcttcctgaaatcaccacataaaactattgtcattc 310  Q
     ||| |||||||||| |||| | |||||||||| ||| | |||||||| |||||||||||||||||    
T  10025399 gcctcgttccttttcggacagcaggcaatatctgcctaatatcaccacctaaaactattgtcattc 10025464  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #12
Raw Score: 136; E-Value: 6e-71
Query Start/End: Original strand, 1 - 310
Target Start/End: Complemental strand, 8428616 - 8428318
Alignment:
Q  1 gacatcaacggatttgttgtgtccgatatgagcaaatcttcggaaatttataccttcgtttcaccattttcatccgaagcgtcgttgccgtctccaattg 100  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||| | ||||| ||||||| |||||||||| ||| ||||||| |||||||||||||||||||    
T  8428616 gacatcaacggatttgttgtgtctgatatcagcaaatcttcaggaatttctaccttcatttcaccattgtcacccgaagcatcgttgccgtctccaattg 8428517  T
Q  101 agagtatccacatgccaaaattagcaatttcttcctgctctgcacgtaccgaagatgcacctaatctcatattaacagtaagcctcaacgcataacaata 200  Q
    ||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| | |||           || |||||||||  ||| ||||||    
T  8428516 agagtatccacttgcaaaaattagcaatttcttcctgctctgcaggtaccgaagatgcatccaat-----------agcaagcctcaaaacattacaata 8428428  T
Q  201 agcccatatctttgatgaattgattgaggcatcaacaatatcctacctagttccttttcagacaacgggcaatatcttcctgaaatcaccacataaaact 300  Q
    ||||||||||||||| |||||||  |||||||||||||||||   ||| ||||||  || |||||| |||||||||| ||| |||||||||| |||||||    
T  8428427 agcccatatctttgacgaattgaccgaggcatcaacaatatctggcctcgttcctcctcggacaacaggcaatatctgcctaaaatcaccacctaaaact 8428328  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #13
Raw Score: 134; E-Value: 1e-69
Query Start/End: Original strand, 35 - 310
Target Start/End: Complemental strand, 24629954 - 24629686
Alignment:
Q  35 aatcttcggaaatttataccttcgtttcaccattttcatccgaagcgtcgttgccgtctccaattgagagtatccacatgccaaaattagcaatttcttc 134  Q
    ||||||| | ||||| ||||||| ||| |||||| ||||||||||||| |||| ||||||||||| ||||||||||| |||| |||||       ||||     
T  24629954 aatcttcaggaatttctaccttcatttaaccattctcatccgaagcgttgttgtcgtctccaattcagagtatccacttgccgaaatt-------tcttt 24629862  T
Q  135 ctgctctgcacgtaccgaagatgcacctaatctcatattaacagtaagcctcaacgcataacaataagcccatatctttgatgaattgattgaggcatca 234  Q
    |||||||||| ||||| |||||||||| |||||||||||||||||||| |||||| ||| | ||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  24629861 ctgctctgcaggtaccaaagatgcacccaatctcatattaacagtaagtctcaacacattaaaataagcacatatctttgatgaattgattgatgcatca 24629762  T
Q  235 acaatatcctacctagttccttttcagacaacgggcaatatcttcctgaaatcaccacataaaactattgtcattc 310  Q
    |||||||||| ||| |||||||||| ||||||  ||||||||| ||||| |||||||| |||||||||||||||||    
T  24629761 acaatatcctgcctcgttccttttcggacaacatgcaatatctgcctgatatcaccacctaaaactattgtcattc 24629686  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 238; Significance: 1e-132; HSPs: 12)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 238; E-Value: 1e-132
Query Start/End: Original strand, 1 - 310
Target Start/End: Original strand, 10038807 - 10039116
Alignment:
Q  1 gacatcaacggatttgttgtgtccgatatgagcaaatcttcggaaatttataccttcgtttcaccattttcatccgaagcgtcgttgccgtctccaattg 100  Q
    ||||||||| ||||||||||||| ||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||  ||||||||||||||||| ||||||    
T  10038807 gacatcaacagatttgttgtgtctgatataagcaaatcttcgaaaatttataccttcgtttcaccattctcatctaaagcgtcgttgccgtcttcaattg 10038906  T
Q  101 agagtatccacatgccaaaattagcaatttcttcctgctctgcacgtaccgaagatgcacctaatctcatattaacagtaagcctcaacgcataacaata 200  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||| ||||||    
T  10038907 agagtatccacttgccaaaattagcaatttcttcttgctctgcacgtaccgaagatgcacctaatctcatattaacaataagcctcaacacattacaata 10039006  T
Q  201 agcccatatctttgatgaattgattgaggcatcaacaatatcctacctagttccttttcagacaacgggcaatatcttcctgaaatcaccacataaaact 300  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||  ||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  10039007 agcccatatctttgatgaattgattgaggcatcaacaatatcctgcctcgttccttttcagacaacatgcaatatcttcttgaaatcaccacataaaact 10039106  T
Q  301 attgtcattc 310  Q
    ||||||||||    
T  10039107 attgtcattc 10039116  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 186; E-Value: 1e-101
Query Start/End: Original strand, 1 - 310
Target Start/End: Original strand, 10110777 - 10111086
Alignment:
Q  1 gacatcaacggatttgttgtgtccgatatgagcaaatcttcggaaatttataccttcgtttcaccattttcatccgaagcgtcgttgccgtctccaattg 100  Q
    ||||||||| ||||||||| ||| ||||||||||||||||| | ||||| ||||||| |||||||||| || |||||||||| ||||||||||||||||     
T  10110777 gacatcaacagatttgttgcgtctgatatgagcaaatcttcaggaatttctaccttcatttcaccattctcctccgaagcgttgttgccgtctccaattc 10110876  T
Q  101 agagtatccacatgccaaaattagcaatttcttcctgctctgcacgtaccgaagatgcacctaatctcatattaacagtaagcctcaacgcataacaata 200  Q
    | ||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||| | ||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||| | ||| ||| | ||||    
T  10110877 atagtatccacttgccaaaattagcaatttctttctgctctgtaggtaccaaagatgcacccaatctcatattaacagtaagcattaacacattaaaata 10110976  T
Q  201 agcccatatctttgatgaattgattgaggcatcaacaatatcctacctagttccttttcagacaacgggcaatatcttcctgaaatcaccacataaaact 300  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||| |||||||||| |||||| |||||||||| |||||||||||||| |||||||    
T  10110977 agctcatatctttgatgaattgattgatgcatcaacaatatcctgcctcgttccttttcggacaacaggcaatatctgcctgaaatcaccacctaaaact 10111076  T
Q  301 attgtcattc 310  Q
    ||||||||||    
T  10111077 attgtcattc 10111086  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 184; E-Value: 1e-99
Query Start/End: Original strand, 3 - 310
Target Start/End: Complemental strand, 10968821 - 10968515
Alignment:
Q  3 catcaacggatttgttgtgtccgatatgagcaaatcttcggaaatttataccttcgtttcaccattttcatccgaagcgtcgttgccgtctccaattgag 102  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| | ||||||| ||||||| |||||||||| ||||| |||||||||||||| ||||||||||||    
T  10968821 catcaacggatttgttgtgtccgatatcagcaaatct-cagaaatttctaccttcatttcaccattctcatctgaagcgtcgttgccatctccaattgag 10968723  T
Q  103 agtatccacatgccaaaattagcaatttcttcctgctctgcacgtaccgaagatgcacctaatctcatattaacagtaagcctcaacgcataacaataag 202  Q
    ||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||  | |||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||     
T  10968722 agtgtccacttgccaaaattagcaatttcttcctgctctataggtactgaagatgcacccaatctcatattaacagtaagcctcaacacattacaataaa 10968623  T
Q  203 cccatatctttgatgaattgattgaggcatcaacaatatcctacctagttccttttcagacaacgggcaatatcttcctgaaatcaccacataaaactat 302  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| | ||| |||| ||| || | |||||||| |||||||||||||  ||||||||     
T  10968622 cccatatctttgatgaattgattgaggcatcaacaatatcctccctcgatccgtttcggactacagacaatatctgcctgaaatcaccatctaaaactac 10968523  T
Q  303 tgtcattc 310  Q
    ||||||||    
T  10968522 tgtcattc 10968515  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 178; E-Value: 6e-96
Query Start/End: Original strand, 1 - 310
Target Start/End: Original strand, 32948 - 33257
Alignment:
Q  1 gacatcaacggatttgttgtgtccgatatgagcaaatcttcggaaatttataccttcgtttcaccattttcatccgaagcgtcgttgccgtctccaattg 100  Q
    ||||||||||||||||||||||  ||||| ||||||||||| | ||||| ||||||| |||||||||| ||| ||||||| | ||||||||||| |||||    
T  32948 gacatcaacggatttgttgtgtttgatatcagcaaatcttcaggaatttctaccttcatttcaccattgtcacccgaagcattgttgccgtctctaattg 33047  T
Q  101 agagtatccacatgccaaaattagcaatttcttcctgctctgcacgtaccgaagatgcacctaatctcatattaacagtaagcctcaacgcataacaata 200  Q
    ||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||    
T  33048 agagtatccacttgcaaaaattagcaatttcttcctgctctgcaggtaccgaagatgcacccaatctcatattaacagtaagcctcaacacattacaata 33147  T
Q  201 agcccatatctttgatgaattgattgaggcatcaacaatatcctacctagttccttttcagacaacgggcaatatcttcctgaaatcaccacataaaact 300  Q
    ||||||||||||||| |||||||  ||||||||||||||||||  | | ||||||  || ||||||  ||||||||| ||| |||||||||| |||||||    
T  33148 agcccatatctttgacgaattgaccgaggcatcaacaatatccggcgtcgttcctcctcggacaacatgcaatatctgcctaaaatcaccacctaaaact 33247  T
Q  301 attgtcattc 310  Q
    ||||||||||    
T  33248 attgtcattc 33257  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 178; E-Value: 6e-96
Query Start/End: Original strand, 1 - 310
Target Start/End: Original strand, 13530216 - 13530525
Alignment:
Q  1 gacatcaacggatttgttgtgtccgatatgagcaaatcttcggaaatttataccttcgtttcaccattttcatccgaagcgtcgttgccgtctccaattg 100  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||   ||||| ||||||| |||||||||| ||| | || ||||||||||||||||||||||    
T  13530216 gacatcaacggatttgttgtgtctgatatgaccaaatcttctagaatttctaccttcatttcaccattctcacctgatgcgtcgttgccgtctccaattg 13530315  T
Q  101 agagtatccacatgccaaaattagcaatttcttcctgctctgcacgtaccgaagatgcacctaatctcatattaacagtaagcctcaacgcataacaata 200  Q
    |||||||  || |||||||||||||||||| |||||||||| || |||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||| || ||| ||||||    
T  13530316 agagtatatacttgccaaaattagcaatttattcctgctctacaggtaccgaagatgcactcaatctcatattaacagtaagcctctacacattacaata 13530415  T
Q  201 agcccatatctttgatgaattgattgaggcatcaacaatatcctacctagttccttttcagacaacgggcaatatcttcctgaaatcaccacataaaact 300  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| | ||| |||||||||  |||||| |||||||||| |||||||||||||  |||||||    
T  13530416 agcccatatctgtgatgaattgattgaggcatcaacaatatcgtgcctcgttcctttttggacaacaggcaatatctgcctgaaatcaccagctaaaact 13530515  T
Q  301 attgtcattc 310  Q
    | ||||||||    
T  13530516 actgtcattc 13530525  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 175; E-Value: 3e-94
Query Start/End: Original strand, 4 - 310
Target Start/End: Original strand, 10000587 - 10000893
Alignment:
Q  4 atcaacggatttgttgtgtccgatatgagcaaatcttcggaaatttataccttcgtttcaccattttcatccgaagcgtcgttgccgtctccaattgaga 103  Q
    |||||| |||||||||  || ||||||||||||||||| | ||||| ||||||| |||||||||| || |||||||||| |||||||||||||||| | |    
T  10000587 atcaacagatttgttgcatctgatatgagcaaatcttcaggaatttctaccttcatttcaccattctcctccgaagcgttgttgccgtctccaattcata 10000686  T
Q  104 gtatccacatgccaaaattagcaatttcttcctgctctgcacgtaccgaagatgcacctaatctcatattaacagtaagcctcaacgcataacaataagc 203  Q
    |||||||| ||||||||||| ||||||||| || ||||||| ||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||| ||| | |||||||    
T  10000687 gtatccacttgccaaaattaacaatttctttctactctgcaggtaccaaagatgcacccaatctcatattaacagtaagccttaacacattaaaataagc 10000786  T
Q  204 ccatatctttgatgaattgattgaggcatcaacaatatcctacctagttccttttcagacaacgggcaatatcttcctgaaatcaccacataaaactatt 303  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||| |||||||||| |||||| ||||| |||| ||||||||| |||| ||||||||||    
T  10000787 ccatatctttgatgaattgattgatgcatcaacaatatcctgcctcgttccttttcggacaacaggcaacatctgcctgaaatccccacctaaaactatt 10000886  T
Q  304 gtcattc 310  Q
    |||||||    
T  10000887 gtcattc 10000893  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 169; E-Value: 1e-90
Query Start/End: Original strand, 1 - 310
Target Start/End: Original strand, 50410349 - 50410654
Alignment:
Q  1 gacatcaacggatttgttgtgtccgatatgagcaaatcttcggaaatttataccttcgtttcaccattttcatccgaagcgtcgttgccgtctccaattg 100  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||| | |||||    |||| |||||||||| |||||| |||||||||| ||||||| |||||    
T  50410349 gacatcagcggatttgttgtgtccgatatgagaaaatcttcaggaattt----cttcatttcaccattctcatccaaagcgtcgttaccgtctctaattg 50410444  T
Q  101 agagtatccacatgccaaaattagcaatttcttcctgctctgcacgtaccgaagatgcacctaatctcatattaacagtaagcctcaacgcataacaata 200  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||| || |||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||| ||| | ||||    
T  50410445 agagtatccacttgccaaaattagcaatttattcctgctctacaggtaccgaagatgcactcaatctcatattaacagtaagcctcaacacattagaata 50410544  T
Q  201 agcccatatctttgatgaattgattgaggcatcaacaatatcctacctagttccttttcagacaacgggcaatatcttcctgaaatcaccacataaaact 300  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||| | ||| ||| |||| | |||||| |||| ||||| |||||||||||||| |||||||    
T  50410545 agccaatatctttgatgaattgattgaggcatcaaaaatatcgtgcctcgttgctttacggacaacaggcagtatctgcctgaaatcaccacctaaaact 50410644  T
Q  301 attgtcattc 310  Q
    | ||||||||    
T  50410645 actgtcattc 50410654  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 166; E-Value: 8e-89
Query Start/End: Original strand, 1 - 310
Target Start/End: Original strand, 10237732 - 10238040
Alignment:
Q  1 gacatcaacggatttgttgtgtccgatatgagcaaatcttcggaaatttataccttcgtttcaccattttcatccgaagcgtcgttgccgtctccaattg 100  Q
    ||||||||| ||||||||| ||| ||||||||||| ||||| | ||||| |||| |  ||||||||||  | |||||||||| ||||||||||||||||     
T  10237732 gacatcaacagatttgttgcgtctgatatgagcaattcttcaggaatttctaccgttatttcaccattccc-tccgaagcgttgttgccgtctccaattc 10237830  T
Q  101 agagtatccacatgccaaaattagcaatttcttcctgctctgcacgtaccgaagatgcacctaatctcatattaacagtaagcctcaacgcataacaata 200  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||| ||| ||||| |||||||| | ||||| ||||||||||||||||| ||| ||| | ||||    
T  10237831 agagtatccacttgccaaaattagcaatttctttctgctcagcaggtaccaaagatgcatccaatcttatattaacagtaagccttaacacattaaaata 10237930  T
Q  201 agcccatatctttgatgaattgattgaggcatcaacaatatcctacctagttccttttcagacaacgggcaatatcttcctgaaatcaccacataaaact 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||| |||||||||| ||||||  ||||||||| |||||||||||||| |||||||    
T  10237931 agcccatatctttgatgaattgattgatgcatcaacaatatcctgcctcgttccttttcggacaacaagcaatatctgcctgaaatcaccacctaaaact 10238030  T
Q  301 attgtcattc 310  Q
    ||||||||||    
T  10238031 attgtcattc 10238040  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 166; E-Value: 8e-89
Query Start/End: Original strand, 1 - 310
Target Start/End: Original strand, 11368825 - 11369125
Alignment:
Q  1 gacatcaacggatttgttgtgtccgatatgagcaaatcttcggaaatttataccttcgtttcaccattttcatccgaagcgtcgttgccgtctccaattg 100  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||| ||| ||| |||||||||| |||||         |||| | ||||||||||    
T  11368825 gacatcaacggatttgttgtgtcggatatgagcaaatcttcgggaatttctacattcatttcaccattctcatc---------gttgtcctctccaattg 11368915  T
Q  101 agagtatccacatgccaaaattagcaatttcttcctgctctgcacgtaccgaagatgcacctaatctcatattaacagtaagcctcaacgcataacaata 200  Q
    || |||||||| ||||||||||| || ||||||||| ||||||| || ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||    
T  11368916 agggtatccacttgccaaaattatcagtttcttccttctctgcaggtcccgaagatgcacccaatctcatattaacagtaagcctcaacacattacaata 11369015  T
Q  201 agcccatatctttgatgaattgattgaggcatcaacaatatcctacctagttccttttcagacaacgggcaatatcttcctgaaatcaccacataaaact 300  Q
    || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||| |||||| | |||||| | |||||||||||||| |||||||    
T  11369016 agtccatatctttgatgaattgattgaggcatcaacaatatcctgcctcgttccttttcggacaacagacaatatatgcctgaaatcaccacttaaaact 11369115  T
Q  301 attgtcattc 310  Q
    | ||||||||    
T  11369116 actgtcattc 11369125  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 147; E-Value: 2e-77
Query Start/End: Original strand, 1 - 244
Target Start/End: Original strand, 11362436 - 11362681
Alignment:
Q  1 gacatcaacggatttgttgtgtccgatatgagcaaatcttcggaaatttataccttcgtttcaccattttcatccgaagcgtcgttgccgtctccaattg 100  Q
    |||||||||| ||||||||| || |||||||| |||||||||| |||||   ||||| |||||||||| |||| ||||||||||||| ||||||||||||    
T  11362436 gacatcaacgaatttgttgtatcggatatgagtaaatcttcgggaatttcccccttcatttcaccattctcattcgaagcgtcgttgtcgtctccaattg 11362535  T
Q  101 agagtat--ccacatgccaaaattagcaatttcttcctgctctgcacgtaccgaagatgcacctaatctcatattaacagtaagcctcaacgcataacaa 198  Q
    |||||||  |||| |||||||||||||| ||| ||| ||||||||| || ||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||| ||| ||||    
T  11362536 agagtatatccacttgccaaaattagcagtttattcttgctctgcaggtcccgaagatgcacccaatctcatattaactgtaagcctcaacacattacaa 11362635  T
Q  199 taagcccatatctttgatgaattgattgaggcatcaacaatatcct 244  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11362636 taagcccatatctttgatgaattgattgaggcatcaacaatatcct 11362681  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #11
Raw Score: 109; E-Value: 8e-55
Query Start/End: Original strand, 130 - 310
Target Start/End: Original strand, 52918332 - 52918512
Alignment:
Q  130 tcttcctgctctgcacgtaccgaagatgcacctaatctcatattaacagtaagcctcaacgcataacaataagcccatatctttgatgaattgattgagg 229  Q
    ||||||| |||| || |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||| | |||||||||||||||||||||||    
T  52918332 tcttcctactctacaggtaccgaagatgcacccaatctcatattaacagtaagcctcaacacattacaataagctcgtatctttgatgaattgattgagg 52918431  T
Q  230 catcaacaatatcctacctagttccttttcagacaacgggcaatatcttcctgaaatcaccacataaaactattgtcattc 310  Q
    ||||||||||||||| ||| | |||||||| ||| ||  ||||||||| |||||||||||||| |||||||| ||||||||    
T  52918432 catcaacaatatcctccctcgatccttttcggactacatgcaatatctgcctgaaatcaccacctaaaactactgtcattc 52918512  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #12
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000001
Query Start/End: Original strand, 3 - 89
Target Start/End: Original strand, 52918245 - 52918330
Alignment:
Q  3 catcaacggatttgttgtgtccgatatgagcaaatcttcggaaatttataccttcgtttcaccattttcatccgaagcgtcgttgcc 89  Q
    ||||||| ||||||||||||||| ||   ||||||||  |||| ||| ||||||| ||||||||||  |||||||||||||||||||    
T  52918245 catcaacagatttgttgtgtccggtaacggcaaatctcaggaa-tttctaccttcatttcaccattcccatccgaagcgtcgttgcc 52918330  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0356 (Bit Score: 214; Significance: 1e-117; HSPs: 1)
Name: scaffold0356
Description:

Target: scaffold0356; HSP #1
Raw Score: 214; E-Value: 1e-117
Query Start/End: Original strand, 1 - 310
Target Start/End: Complemental strand, 17918 - 17610
Alignment:
Q  1 gacatcaacggatttgttgtgtccgatatgagcaaatcttcggaaatttataccttcgtttcaccattttcatccgaagcgtcgttgccgtctccaattg 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | || || ||||||| |||||||||| ||||||||||| ||||||| |||||||||||    
T  17918 gacatcaacggatttgttgtgtccgatatgagcaaatcttcaggaacttctaccttcatttcaccattctcatccgaagcttcgttgctgtctccaattg 17819  T
Q  101 agagtatccacatgccaaaattagcaatttcttcctgctctgcacgtaccgaagatgcacctaatctcatattaacagtaagcctcaacgcataacaata 200  Q
    ||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||| |||| |    
T  17818 agagtatccacttgctaaaattagcaatttcttcctgctctgcaggtaccgaagatgcacccaatctcatattaacagtaagcctcaacacattacaa-a 17720  T
Q  201 agcccatatctttgatgaattgattgaggcatcaacaatatcctacctagttccttttcagacaacgggcaatatcttcctgaaatcaccacataaaact 300  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||| ||||||  |||||| || ||||||||||||||||||||||    
T  17719 agcccatatctttgatgaattgattgaggcatcaacaatatcctgcctcgttccttttcggacaacatgcaatagctgcctgaaatcaccacataaaact 17620  T
Q  301 attgtcattc 310  Q
     |||||||||    
T  17619 cttgtcattc 17610  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 206; Significance: 1e-112; HSPs: 10)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 206; E-Value: 1e-112
Query Start/End: Original strand, 1 - 310
Target Start/End: Complemental strand, 2453159 - 2452850
Alignment:
Q  1 gacatcaacggatttgttgtgtccgatatgagcaaatcttcggaaatttataccttcgtttcaccattttcatccgaagcgtcgttgccgtctccaattg 100  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| | ||||| ||||||| |||||||||| ||||  |||||||||||||||||||||||||    
T  2453159 gacatcaacggatttgttgtgttcgatatgagcaaatcttcaggaatttctaccttcatttcaccattctcatttgaagcgtcgttgccgtctccaattg 2453060  T
Q  101 agagtatccacatgccaaaattagcaatttcttcctgctctgcacgtaccgaagatgcacctaatctcatattaacagtaagcctcaacgcataacaata 200  Q
    ||||||||||| || ||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| || ||| ||||||    
T  2453059 agagtatccacttgtcaaaattagcaatttcttcatgctctgcaggtaccgaagatgcacccaatctcatattaacagtaagcctcgacacattacaata 2452960  T
Q  201 agcccatatctttgatgaattgattgaggcatcaacaatatcctacctagttccttttcagacaacgggcaatatcttcctgaaatcaccacataaaact 300  Q
     ||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||| | |||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  2452959 tgcctatatctttgatgaattgattgaagcatcaacaatatcctgcctcgatccttttcggacaatgggcaatatcttcctgaaatcaccacctaaaact 2452860  T
Q  301 attgtcattc 310  Q
    | ||||||||    
T  2452859 actgtcattc 2452850  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 202; E-Value: 1e-110
Query Start/End: Original strand, 1 - 310
Target Start/End: Original strand, 16042202 - 16042511
Alignment:
Q  1 gacatcaacggatttgttgtgtccgatatgagcaaatcttcggaaatttataccttcgtttcaccattttcatccgaagcgtcgttgccgtctccaattg 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| | ||||| ||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16042202 gacatcaacggatttgttgtgtccgatatcagcaaatcttcaggaatttctaccttcatttcaccattctcatccgaagcgtcgttgccgtctccaattg 16042301  T
Q  101 agagtatccacatgccaaaattagcaatttcttcctgctctgcacgtaccgaagatgcacctaatctcatattaacagtaagcctcaacgcataacaata 200  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||    
T  16042302 agagtatccacttgccaaaattagcaatttcttcctgctctgcatgtaccgaagctgcacccaatctcatattaacagtaagcctcaacacattacaata 16042401  T
Q  201 agcccatatctttgatgaattgattgaggcatcaacaatatcctacctagttccttttcagacaacgggcaatatcttcctgaaatcaccacataaaact 300  Q
    |||| |||||||||| ||||| | |||||||||||||||||||  ||| ||||||  |  |||||| |||||||||| |||||||||||||| |||||||    
T  16042402 agccaatatctttgacgaattaactgaggcatcaacaatatccggcctcgttcctcctaggacaacaggcaatatctgcctgaaatcaccacgtaaaact 16042501  T
Q  301 attgtcattc 310  Q
    | ||||||||    
T  16042502 actgtcattc 16042511  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 194; E-Value: 1e-105
Query Start/End: Original strand, 1 - 310
Target Start/End: Original strand, 36207392 - 36207701
Alignment:
Q  1 gacatcaacggatttgttgtgtccgatatgagcaaatcttcggaaatttataccttcgtttcaccattttcatccgaagcgtcgttgccgtctccaattg 100  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||| || | ||||| |||||||  ||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  36207392 gacatcaacggatttgttgtgtcggatatgagaaaatcatcaggaatttctaccttcaattcaccattctcatccgaagcgtcgttgccgtcttcaattg 36207491  T
Q  101 agagtatccacatgccaaaattagcaatttcttcctgctctgcacgtaccgaagatgcacctaatctcatattaacagtaagcctcaacgcataacaata 200  Q
    ||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||| |||| |||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||    
T  36207492 agagtatccacttgccaaaattatcaatttcttcctgctttgcaggtaccgaagatgaacccaatctcatattaacagtaagcctcaacacattacaata 36207591  T
Q  201 agcccatatctttgatgaattgattgaggcatcaacaatatcctacctagttccttttcagacaacgggcaatatcttcctgaaatcaccacataaaact 300  Q
    | | ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||  |||||||||||||||| ||||||||||  ||||||||||||| |||||||    
T  36207592 aactcatatctttgatgaattgattgaggcatcaataatatcctgcctctttccttttcagacaacaggcaatatctgtctgaaatcaccacctaaaact 36207691  T
Q  301 attgtcattc 310  Q
    | ||||||||    
T  36207692 actgtcattc 36207701  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 186; E-Value: 1e-101
Query Start/End: Original strand, 1 - 310
Target Start/End: Complemental strand, 37390194 - 37389885
Alignment:
Q  1 gacatcaacggatttgttgtgtccgatatgagcaaatcttcggaaatttataccttcgtttcaccattttcatccgaagcgtcgttgccgtctccaattg 100  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||| | ||||| ||||||| |||||||||| ||| ||||||| || ||||||||||||||||    
T  37390194 gacatcaacggatttgttgtgtctgatatcagcaaatcttcaggaatttctaccttcatttcaccattgtcacccgaagcatctttgccgtctccaattg 37390095  T
Q  101 agagtatccacatgccaaaattagcaatttcttcctgctctgcacgtaccgaagatgcacctaatctcatattaacagtaagcctcaacgcataacaata 200  Q
    ||| ||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||| ||| ||||||    
T  37390094 agaatatccacttgcaaaaattagcaatttcttcctgctctgcaggtaccgaagatgcacccaatctcatattaatagtaagcctcaacacattacaata 37389995  T
Q  201 agcccatatctttgatgaattgattgaggcatcaacaatatcctacctagttccttttcagacaacgggcaatatcttcctgaaatcaccacataaaact 300  Q
    ||||||||||||||| |||||||  ||||||||||||||||||  ||| ||||||  || |||||| |||||||||| ||| |||||||||| |||||||    
T  37389994 agcccatatctttgacgaattgaccgaggcatcaacaatatccagcctcgttcctcctcggacaacaggcaatatctgcctaaaatcaccacctaaaact 37389895  T
Q  301 attgtcattc 310  Q
    ||||||||||    
T  37389894 attgtcattc 37389885  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 186; E-Value: 1e-101
Query Start/End: Original strand, 1 - 310
Target Start/End: Complemental strand, 48775377 - 48775068
Alignment:
Q  1 gacatcaacggatttgttgtgtccgatatgagcaaatcttcggaaatttataccttcgtttcaccattttcatccgaagcgtcgttgccgtctccaattg 100  Q
    |||||||| | |||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||| ||||||| |||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  48775377 gacatcaaagaatttgttgtgtcggatatgagcaaatcttcgggaatttctaccttcatttcaccattctcattcgaagcgtcgttgccgtctccaattg 48775278  T
Q  101 agagtatccacatgccaaaattagcaatttcttcctgctctgcacgtaccgaagatgcacctaatctcatattaacagtaagcctcaacgcataacaata 200  Q
    ||||||||||| |||||||||||||| |||||| |||||||| | || ||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||| ||| ||||||    
T  48775277 agagtatccacttgccaaaattagcagtttctttctgctctgtaggtcccgaagatgcacccaatctgatattaacagtaagcctcaacacattacaata 48775178  T
Q  201 agcccatatctttgatgaattgattgaggcatcaacaatatcctacctagttccttttcagacaacgggcaatatcttcctgaaatcaccacataaaact 300  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||| ||||||   |||||| |  ||||||||||||| |||||||    
T  48775177 agcccatatatttgatgaattgattgaggcatcaacaatatcctgcctcgttccttttcggacaacatacaatatttgtctgaaatcaccacctaaaact 48775078  T
Q  301 attgtcattc 310  Q
    |  |||||||    
T  48775077 accgtcattc 48775068  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 179; E-Value: 1e-96
Query Start/End: Original strand, 1 - 299
Target Start/End: Original strand, 2329343 - 2329641
Alignment:
Q  1 gacatcaacggatttgttgtgtccgatatgagcaaatcttcggaaatttataccttcgtttcaccattttcatccgaagcgtcgttgccgtctccaattg 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| | ||||| ||||||| ||| |||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  2329343 gacatcaacggatttgttgtgtccgatatgagaaaatcttcaggaatttctaccttcattttaccattctcatccgaagcgtcgttgccgtctctaattg 2329442  T
Q  101 agagtatccacatgccaaaattagcaatttcttcctgctctgcacgtaccgaagatgcacctaatctcatattaacagtaagcctcaacgcataacaata 200  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||  || ||||||    
T  2329443 agagtatccacttgccaaaattagcaatttcttcctgctctgcaggtaacgaagaggcacccaatctcatattaacagtaagcctcaacatattacaata 2329542  T
Q  201 agcccatatctttgatgaattgattgaggcatcaacaatatcctacctagttccttttcagacaacgggcaatatcttcctgaaatcaccacataaaac 299  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||| | ||| ||| |||  | |||||| || | ||||| |||||||||||||| ||||||    
T  2329543 agcccatatctttgatgaattgattaaggcattaacaatatcgtgcctcgttgcttcacggacaacaggtagtatctgcctgaaatcaccacctaaaac 2329641  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 178; E-Value: 6e-96
Query Start/End: Original strand, 1 - 310
Target Start/End: Original strand, 48233555 - 48233864
Alignment:
Q  1 gacatcaacggatttgttgtgtccgatatgagcaaatcttcggaaatttataccttcgtttcaccattttcatccgaagcgtcgttgccgtctccaattg 100  Q
    ||||||| |||||||||||||| ||||||||| |||||||| | ||||| ||||||| |||| ||||| ||||| |||||||||||| |||||| | |||    
T  48233555 gacatcagcggatttgttgtgttcgatatgagtaaatcttcaggaatttctaccttcatttccccattctcatctgaagcgtcgttgtcgtctcaagttg 48233654  T
Q  101 agagtatccacatgccaaaattagcaatttcttcctgctctgcacgtaccgaagatgcacctaatctcatattaacagtaagcctcaacgcataacaata 200  Q
    ||||||| ||| || ||||||||| ||||||||||||||||||| ||||| |||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||  || ||||||    
T  48233655 agagtattcacttgtcaaaattaggaatttcttcctgctctgcaggtaccaaagatgcacccaatctcatatcaacagtaagcctcaacaaattacaata 48233754  T
Q  201 agcccatatctttgatgaattgattgaggcatcaacaatatcctacctagttccttttcagacaacgggcaatatcttcctgaaatcaccacataaaact 300  Q
    | | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  || |||||||||| |||||| |||||||||| |||||||||||||| |||||||    
T  48233755 aacacatatctttgatgaattgattgaggcatcaacaatatcctgtctcgttccttttcggacaacaggcaatatctgcctgaaatcaccacctaaaact 48233854  T
Q  301 attgtcattc 310  Q
    ||||||||||    
T  48233855 attgtcattc 48233864  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #8
Raw Score: 170; E-Value: 3e-91
Query Start/End: Original strand, 1 - 306
Target Start/End: Complemental strand, 6311036 - 6310731
Alignment:
Q  1 gacatcaacggatttgttgtgtccgatatgagcaaatcttcggaaatttataccttcgtttcaccattttcatccgaagcgtcgttgccgtctccaattg 100  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||| ||| ||||||| | ||||| ||||||| |||||||||| ||| ||||||| ||||||||||||||||| |    
T  6311036 gacatcaacggatttgttgtgtctgatatcagcgaatcttcaggaatttctaccttcatttcaccattgtcacccgaagcatcgttgccgtctccaatgg 6310937  T
Q  101 agagtatccacatgccaaaattagcaatttcttcctgctctgcacgtaccgaagatgcacctaatctcatattaacagtaagcctcaacgcataacaata 200  Q
    ||| ||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||    
T  6310936 agactatccacttgcaaaaattagcaatttcttcctgctctgcaggtaccgaagatgcacccaatctcatattaacagtaagcctcaacacattacaata 6310837  T
Q  201 agcccatatctttgatgaattgattgaggcatcaacaatatcctacctagttccttttcagacaacgggcaatatcttcctgaaatcaccacataaaact 300  Q
    ||||||||||||||| |||||||  |||||||||||||||||   |||  |||||  || |||||| | |||||||| ||| |||||||||| |||||||    
T  6310836 agcccatatctttgacgaattgaccgaggcatcaacaatatcaggcctcattcctcctcggacaacagacaatatctgcctaaaatcaccacctaaaact 6310737  T
Q  301 attgtc 306  Q
    ||||||    
T  6310736 attgtc 6310731  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #9
Raw Score: 134; E-Value: 1e-69
Query Start/End: Original strand, 35 - 310
Target Start/End: Original strand, 52500795 - 52501063
Alignment:
Q  35 aatcttcggaaatttataccttcgtttcaccattttcatccgaagcgtcgttgccgtctccaattgagagtatccacatgccaaaattagcaatttcttc 134  Q
    ||||||| | ||||| ||||||| ||| |||||| ||||||||||||| |||| ||||||||||| ||||||||||| |||| |||||       ||||     
T  52500795 aatcttcaggaatttctaccttcatttaaccattctcatccgaagcgttgttgtcgtctccaattcagagtatccacttgccgaaatt-------tcttt 52500887  T
Q  135 ctgctctgcacgtaccgaagatgcacctaatctcatattaacagtaagcctcaacgcataacaataagcccatatctttgatgaattgattgaggcatca 234  Q
    |||||||||| ||||| |||||||||| |||||||||||||||||||| |||||| ||| | ||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  52500888 ctgctctgcaggtaccaaagatgcacccaatctcatattaacagtaagtctcaacacattaaaataagcacatatctttgatgaattgattgatgcatca 52500987  T
Q  235 acaatatcctacctagttccttttcagacaacgggcaatatcttcctgaaatcaccacataaaactattgtcattc 310  Q
    |||||||||| ||| |||||||||| ||||||  ||||||||| ||||| |||||||| |||||||||||||||||    
T  52500988 acaatatcctgcctcgttccttttcggacaacatgcaatatctgcctgatatcaccacctaaaactattgtcattc 52501063  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #10
Raw Score: 122; E-Value: 1e-62
Query Start/End: Original strand, 1 - 210
Target Start/End: Original strand, 18148865 - 18149074
Alignment:
Q  1 gacatcaacggatttgttgtgtccgatatgagcaaatcttcggaaatttataccttcgtttcaccattttcatccgaagcgtcgttgccgtctccaattg 100  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||  |||||| ||||||| |||||||||| || | ||||||||  |||||||||||||||     
T  18148865 gacatcaacagatttgttgtgtccgatatgagaaaatcttcataaatttctaccttcatttcaccattctccttcgaagcgttattgccgtctccaattc 18148964  T
Q  101 agagtatccacatgccaaaattagcaatttcttcctgctctgcacgtaccgaagatgcacctaatctcatattaacagtaagcctcaacgcataacaata 200  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||| ||| | ||||    
T  18148965 agagtatccacttgccaaaattagcaatttctttctgctctgcaggtaccaaagatgcacccaatctcatattaacagtaagccttaacacattaaaata 18149064  T
Q  201 agcccatatc 210  Q
    || |||||||    
T  18149065 agtccatatc 18149074  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0073 (Bit Score: 202; Significance: 1e-110; HSPs: 3)
Name: scaffold0073
Description:

Target: scaffold0073; HSP #1
Raw Score: 202; E-Value: 1e-110
Query Start/End: Original strand, 1 - 310
Target Start/End: Original strand, 32109 - 32418
Alignment:
Q  1 gacatcaacggatttgttgtgtccgatatgagcaaatcttcggaaatttataccttcgtttcaccattttcatccgaagcgtcgttgccgtctccaattg 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| | ||||| ||||||| |||||||||| ||||||||||| |||||||||| ||||||||    
T  32109 gacatcaacggatttgttgtgtccgatatcagcaaatcttcaggaatttctaccttcatttcaccattctcatccgaagcatcgttgccgtatccaattg 32208  T
Q  101 agagtatccacatgccaaaattagcaatttcttcctgctctgcacgtaccgaagatgcacctaatctcatattaacagtaagcctcaacgcataacaata 200  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||    
T  32209 agagtatccacttgccaaaattagcaatttcttcctgctctgcaggtaccgaagatgcacccaatctcatattaacagtaagcctcaacacattacaata 32308  T
Q  201 agcccatatctttgatgaattgattgaggcatcaacaatatcctacctagttccttttcagacaacgggcaatatcttcctgaaatcaccacataaaact 300  Q
    ||| ||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||   ||| ||||||  || |||||| |||||||||| |||||||||||||| |||||||    
T  32309 agcacatatctttgacgaattgactgaggcatcaacaatatctggcctcgttcctcgtcggacaacaggcaatatctgcctgaaatcaccacctaaaact 32408  T
Q  301 attgtcattc 310  Q
    | ||||||||    
T  32409 actgtcattc 32418  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0073; HSP #2
Raw Score: 125; E-Value: 2e-64
Query Start/End: Original strand, 74 - 310
Target Start/End: Original strand, 1 - 237
Alignment:
Q  74 ccgaagcgtcgttgccgtctccaattgagagtatccacatgccaaaattagcaatttcttcctgctctgcacgtaccgaagatgcacctaatctcatatt 173  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||    
T  1 ccgaagcatcgttgccgtctccaattgagagtatccacttgcaaaaattagcaatttcttcttgctctgcaggtaccgaagatgcacccaatctcatatt 100  T
Q  174 aacagtaagcctcaacgcataacaataagcccatatctttgatgaattgattgaggcatcaacaatatcctacctagttccttttcagacaacgggcaat 273  Q
    |||||||||||||||  ||| |||||||||| |||| ||||| |||||||  ||| ||||||||||||||  ||| ||||||  || || ||  ||||||    
T  101 aacagtaagcctcaaaacattacaataagccaatatatttgacgaattgaccgagacatcaacaatatccggcctcgttcctcctcggaaaaaaggcaat 200  T
Q  274 atcttcctgaaatcaccacataaaactattgtcattc 310  Q
    |||| ||| |||||||||| |||||||| ||||||||    
T  201 atctgcctaaaatcaccacctaaaactactgtcattc 237  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0073; HSP #3
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000005
Query Start/End: Original strand, 1 - 37
Target Start/End: Original strand, 19634 - 19670
Alignment:
Q  1 gacatcaacggatttgttgtgtccgatatgagcaaat 37  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||    
T  19634 gacatcaacagatttgttgtgtccgatatcagcaaat 19670  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0017 (Bit Score: 202; Significance: 1e-110; HSPs: 1)
Name: scaffold0017
Description:

Target: scaffold0017; HSP #1
Raw Score: 202; E-Value: 1e-110
Query Start/End: Original strand, 1 - 310
Target Start/End: Original strand, 186731 - 187040
Alignment:
Q  1 gacatcaacggatttgttgtgtccgatatgagcaaatcttcggaaatttataccttcgtttcaccattttcatccgaagcgtcgttgccgtctccaattg 100  Q
    ||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||| | ||||| ||||||| |||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  186731 gacatcaacagatttgttgtgtacgatatgagcaaatcttcaggaatttctaccttcatttcaccattctcatccgaagcgttgttgccgtctccaattg 186830  T
Q  101 agagtatccacatgccaaaattagcaatttcttcctgctctgcacgtaccgaagatgcacctaatctcatattaacagtaagcctcaacgcataacaata 200  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||| ||  ||| ||||||    
T  186831 agagtatccacttgccaaaattagcaatttctttctgctctgcaagtaccgaagatgcacccaatctcatattaacagtaggccttaaaacattacaata 186930  T
Q  201 agcccatatctttgatgaattgattgaggcatcaacaatatcctacctagttccttttcagacaacgggcaatatcttcctgaaatcaccacataaaact 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||| ||| |||||||||| |||||| |||||||||| | |||||||||||| |||||||    
T  186931 agcccatatctttgatgaattgattggtgcatcaacaatatcctgcctcgttccttttcggacaacaggcaatatctgcttgaaatcaccacctaaaact 187030  T
Q  301 attgtcattc 310  Q
    | ||||||||    
T  187031 actgtcattc 187040  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 202; Significance: 1e-110; HSPs: 8)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 202; E-Value: 1e-110
Query Start/End: Original strand, 1 - 310
Target Start/End: Complemental strand, 21070104 - 21069795
Alignment:
Q  1 gacatcaacggatttgttgtgtccgatatgagcaaatcttcggaaatttataccttcgtttcaccattttcatccgaagcgtcgttgccgtctccaattg 100  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| | ||||| ||||||| |||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  21070104 gacatcaacggatttgttgtgtctgatatgagcaaatcttcaggaatttctaccttcatttcaccattctcatccgaaacgtcgttgccgtctccaattg 21070005  T
Q  101 agagtatccacatgccaaaattagcaatttcttcctgctctgcacgtaccgaagatgcacctaatctcatattaacagtaagcctcaacgcataacaata 200  Q
    ||||||||||| || |||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |  ||| ||||||    
T  21070004 agagtatccacttgtcaaaattagcaatttctttctgctctgcaggtaccgaagatgcacccaatctcatattaacagtaagcctcgatacattacaata 21069905  T
Q  201 agcccatatctttgatgaattgattgaggcatcaacaatatcctacctagttccttttcagacaacgggcaatatcttcctgaaatcaccacataaaact 300  Q
    | ||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||| ||| |||||||||| |||||| |||||||||| |||||||||||||| |||||||    
T  21069904 aacccatatctttaatgaattgattgatgcatcaacaatatcctgcctcgttccttttcggacaacaggcaatatctacctgaaatcaccacctaaaact 21069805  T
Q  301 attgtcattc 310  Q
    | ||| ||||    
T  21069804 actgtgattc 21069795  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 194; E-Value: 1e-105
Query Start/End: Original strand, 1 - 310
Target Start/End: Complemental strand, 5828597 - 5828288
Alignment:
Q  1 gacatcaacggatttgttgtgtccgatatgagcaaatcttcggaaatttataccttcgtttcaccattttcatccgaagcgtcgttgccgtctccaattg 100  Q
    ||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||| ||||||| |||||||||| ||||| ||||||| ||||||||||||||||     
T  5828597 gacatcaaaagatttgttgtgtccgatatgagcaaatcttcaggaatttctaccttcatttcaccattctcatctgaagcgttgttgccgtctccaattc 5828498  T
Q  101 agagtatccacatgccaaaattagcaatttcttcctgctctgcacgtaccgaagatgcacctaatctcatattaacagtaagcctcaacgcataacaata 200  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||  ||||||||||||| ||||||||||||| ||| | ||||    
T  5828497 agagtatccacttgccaaaattagcaatttctttctgctctgcaggtaccgaagatgcactcaatctcatattaatagtaagcctcaacacattaaaata 5828398  T
Q  201 agcccatatctttgatgaattgattgaggcatcaacaatatcctacctagttccttttcagacaacgggcaatatcttcctgaaatcaccacataaaact 300  Q
    | ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||| |||||||||| |||||| |||||||||| |||||||||||||| |||||||    
T  5828397 aacccatatctttgatgaattgattgatgcatcaacaatatcctgcctcgttccttttcggacaacaggcaatatctgcctgaaatcaccacctaaaact 5828298  T
Q  301 attgtcattc 310  Q
    | | ||||||    
T  5828297 aatatcattc 5828288  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 186; E-Value: 1e-101
Query Start/End: Original strand, 1 - 310
Target Start/End: Complemental strand, 9001187 - 9000878
Alignment:
Q  1 gacatcaacggatttgttgtgtccgatatgagcaaatcttcggaaatttataccttcgtttcaccattttcatccgaagcgtcgttgccgtctccaattg 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||   ||||| ||||||| |||||||||| ||||||||||| |||||||||| ||||||||    
T  9001187 gacatcaacggatttgttgtgtccgatatcaacaaatcttcaagaatttctaccttcatttcaccattctcatccgaagcatcgttgccgtatccaattg 9001088  T
Q  101 agagtatccacatgccaaaattagcaatttcttcctgctctgcacgtaccgaagatgcacctaatctcatattaacagtaagcctcaacgcataacaata 200  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||    
T  9001087 agagtatccacttgccaaaattagcaatttcttcctgctatgcaggtaccgaagatgcacccaatctcatattaacagtaagcctcaacacattacaata 9000988  T
Q  201 agcccatatctttgatgaattgattgaggcatcaacaatatcctacctagttccttttcagacaacgggcaatatcttcctgaaatcaccacataaaact 300  Q
    ||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||  ||| ||||||  || |||||  |||||||||| ||| ||||||| || |||||||    
T  9000987 agcccatatctttgacgaattgactgaggcatcaacaatatccggcctcgttcctcctcggacaataggcaatatctgcctaaaatcacaacctaaaact 9000888  T
Q  301 attgtcattc 310  Q
    | ||||||||    
T  9000887 actgtcattc 9000878  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 182; E-Value: 2e-98
Query Start/End: Original strand, 1 - 310
Target Start/End: Original strand, 7036897 - 7037206
Alignment:
Q  1 gacatcaacggatttgttgtgtccgatatgagcaaatcttcggaaatttataccttcgtttcaccattttcatccgaagcgtcgttgccgtctccaattg 100  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||| ||| ||||||| | ||||| ||||||| |||||||||| ||| ||||||| |||||||||||||||||||    
T  7036897 gacatcaacggatttgttgtgtctgatatcagcgaatcttcaggaatttctaccttcatttcaccattgtcacccgaagcatcgttgccgtctccaattg 7036996  T
Q  101 agagtatccacatgccaaaattagcaatttcttcctgctctgcacgtaccgaagatgcacctaatctcatattaacagtaagcctcaacgcataacaata 200  Q
    ||||||||||| ||| |||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||    
T  7036997 agagtatccacttgcaaaaattagcaatttcttcttgctctgcaggtaccgaagatgcacccaatctcatattaacagtaagcctcaacacattacaata 7037096  T
Q  201 agcccatatctttgatgaattgattgaggcatcaacaatatcctacctagttccttttcagacaacgggcaatatcttcctgaaatcaccacataaaact 300  Q
    |||| |||||||||| |||||||  ||||||||||||||||||  ||| ||||||  || |||||| |||||||||| ||| |||||||||| |||||||    
T  7037097 agcctatatctttgacgaattgaccgaggcatcaacaatatccggcctcgttcctcctcggacaacaggcaatatctgcctaaaatcaccacctaaaact 7037196  T
Q  301 attgtcattc 310  Q
    | ||||||||    
T  7037197 actgtcattc 7037206  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 162; E-Value: 2e-86
Query Start/End: Original strand, 1 - 310
Target Start/End: Complemental strand, 12781190 - 12780881
Alignment:
Q  1 gacatcaacggatttgttgtgtccgatatgagcaaatcttcggaaatttataccttcgtttcaccattttcatccgaagcgtcgttgccgtctccaattg 100  Q
    |||||||||||||||||||||||  |||| ||||||||||| | ||||| ||||||| |||||||||| ||| ||||||| || ||| ||||||||||||    
T  12781190 gacatcaacggatttgttgtgtcttatatcagcaaatcttcaggaatttctaccttcatttcaccattgtcacccgaagcatcattgtcgtctccaattg 12781091  T
Q  101 agagtatccacatgccaaaattagcaatttcttcctgctctgcacgtaccgaagatgcacctaatctcatattaacagtaagcctcaacgcataacaata 200  Q
    ||||||||||| ||| |||||||||||||||||| |||||| || |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||    
T  12781090 agagtatccacttgcaaaaattagcaatttcttcttgctctacaggtaccgaagatgcacccaatctcatattaacagtaagcctcaacacattacaata 12780991  T
Q  201 agcccatatctttgatgaattgattgaggcatcaacaatatcctacctagttccttttcagacaacgggcaatatcttcctgaaatcaccacataaaact 300  Q
    ||| ||||||||||| |||||||  ||||||||||||||||||  ||| ||||||  |  ||| || ||||| |||| ||| |||||||||| |||||||    
T  12780990 agctcatatctttgacgaattgaccgaggcatcaacaatatccggcctcgttcctccttggactacaggcaacatctgcctaaaatcaccacctaaaact 12780891  T
Q  301 attgtcattc 310  Q
    ||||||||||    
T  12780890 attgtcattc 12780881  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 157; E-Value: 2e-83
Query Start/End: Original strand, 35 - 310
Target Start/End: Original strand, 42232210 - 42232486
Alignment:
Q  35 aatcttcggaaatttataccttcgtttcaccattttcatccgaagcgtcgttgccgtctccaattgagagtatccacatgccaaaattagcaatttcttc 134  Q
    ||||||| | ||||| ||||||| |||||||||| ||||||||| ||| |||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||     
T  42232210 aatcttcaggaatttctaccttcatttcaccattctcatccgaaccgttgttgccgtctccaattcagagtatccacttgccaaaattagcaatttcttt 42232309  T
Q  135 ctgctctgcacgtaccgaagatgcacctaatctcatattaacagtaagcctcaacgcataacaataagcccatatctttgatgaattgattgaggcatca 234  Q
    || ||||||| ||||| |||||||||| |||||||||||||||||||| |||||| ||| | ||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  42232310 ctactctgcaggtaccaaagatgcacccaatctcatattaacagtaagtctcaacacattaaaataagcacatatctttgatgaattgattgatgcatca 42232409  T
Q  235 acaatatcctacctagttccttttcagacaacgggcaatatcttcctgaaatcaccacat-aaaactattgtcattc 310  Q
    ||||||| || ||| |||||||||| |||||| |||||||||| ||||| |||||||| | ||||||||||||||||    
T  42232410 acaatatactgcctcgttccttttcggacaacaggcaatatctgcctgatatcaccacctaaaaactattgtcattc 42232486  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 154; E-Value: 1e-81
Query Start/End: Original strand, 1 - 306
Target Start/End: Original strand, 22843981 - 22844285
Alignment:
Q  1 gacatcaacggatttgttgtgtccgatatgagcaaatcttcggaaatttataccttcgtttcaccattttcatccgaagcgtcgttgccgtctccaattg 100  Q
    ||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||   ||||| ||||||| ||||||||| | ||||||||||| ||||||| |||| ||||     
T  22843981 gacatcaacagatttgttgtgtcagatatgagcaaatcttcaagaatttctaccttcatttcaccatct-catccgaagcgacgttgccttctctaatta 22844079  T
Q  101 agagtatccacatgccaaaattagcaatttcttcctgctctgcacgtaccgaagatgcacctaatctcatattaacagtaagcctcaacgcataacaata 200  Q
    ||||||||||  |||||||||||||||||| |||||||||| || ||||| |||||||||| |||| |||||||||||||||||||||| ||| ||||||    
T  22844080 agagtatccaattgccaaaattagcaatttattcctgctctacaggtaccaaagatgcacccaatcccatattaacagtaagcctcaacacattacaata 22844179  T
Q  201 agcccatatctttgatgaattgattgaggcatcaacaatatcctacctagttccttttcagacaacgggcaatatcttcctgaaatcaccacataaaact 300  Q
    ||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| | ||| |||||||||| ||  ||  ||||||||| | |||||||||||| |||||||    
T  22844180 agctcatatctttgatgaactgattgaggcatcaacaatatcatgcctcgttccttttcggatgacatgcaatatctgcatgaaatcaccacctaaaact 22844279  T
Q  301 attgtc 306  Q
     |||||    
T  22844280 tttgtc 22844285  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 108; E-Value: 3e-54
Query Start/End: Original strand, 1 - 242
Target Start/End: Complemental strand, 12786020 - 12785790
Alignment:
Q  1 gacatcaacggatttgttgtgtccgatatgagcaaatcttcggaaatttataccttcgtttcaccattttcatccgaagcgtcgttgccgtctccaattg 100  Q
    ||||||||||||||||||||||  ||||| ||||||||||| | ||||| ||||||| |||||||||| ||| ||||||| |||||||||||||||||||    
T  12786020 gacatcaacggatttgttgtgtttgatatcagcaaatcttcaggaatttctaccttcatttcaccattgtcacccgaagcatcgttgccgtctccaattg 12785921  T
Q  101 agagtatccacatgccaaaattagcaatttcttcctgctctgcacgtaccgaagatgcacctaatctcatattaacagtaagcctcaacgcataacaata 200  Q
    ||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||| | |||           || |||||||||  ||| ||||||    
T  12785920 agagtatccacttgcaaaaattagcaatttcttcctgctctgtaggtaccgaagatgcatccaat-----------agcaagcctcaaaacattacaata 12785832  T
Q  201 agcccatatctttgatgaattgattgaggcatcaacaatatc 242  Q
    || |||||||||||| |||||||  |||||||||||||||||    
T  12785831 agtccatatctttgacgaattgaccgaggcatcaacaatatc 12785790  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0550 (Bit Score: 197; Significance: 1e-107; HSPs: 1)
Name: scaffold0550
Description:

Target: scaffold0550; HSP #1
Raw Score: 197; E-Value: 1e-107
Query Start/End: Original strand, 1 - 301
Target Start/End: Complemental strand, 614 - 314
Alignment:
Q  1 gacatcaacggatttgttgtgtccgatatgagcaaatcttcggaaatttataccttcgtttcaccattttcatccgaagcgtcgttgccgtctccaattg 100  Q
    ||||||||||| ||||||||||| ||||| ||||||||||| | ||||| ||||||| ||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  614 gacatcaacgggtttgttgtgtctgatatcagcaaatcttcaggaatttctaccttcatttcatcattctcatccgaagcgtcgttgccgtctccaattg 515  T
Q  101 agagtatccacatgccaaaattagcaatttcttcctgctctgcacgtaccgaagatgcacctaatctcatattaacagtaagcctcaacgcataacaata 200  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||| ||| ||||||    
T  514 agagtatccacttgccaaaattagcaatttcttcctgctctgcaggtaccgaagatgcacccaatctcatattaatagtaagcctcaacacattacaata 415  T
Q  201 agcccatatctttgatgaattgattgaggcatcaacaatatcctacctagttccttttcagacaacgggcaatatcttcctgaaatcaccacataaaact 300  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||  ||| ||||||  || |||||| | |||||||| |||||||||||||| |||||||    
T  414 agcccatatctttgacgaattgattgaggcatcaacaatatccggccttgttcctcctcggacaacagacaatatctgcctgaaatcaccacctaaaact 315  T
Q  301 a 301  Q
    |    
T  314 a 314  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0003 (Bit Score: 194; Significance: 1e-105; HSPs: 2)
Name: scaffold0003
Description:

Target: scaffold0003; HSP #1
Raw Score: 194; E-Value: 1e-105
Query Start/End: Original strand, 1 - 310
Target Start/End: Original strand, 182988 - 183297
Alignment:
Q  1 gacatcaacggatttgttgtgtccgatatgagcaaatcttcggaaatttataccttcgtttcaccattttcatccgaagcgtcgttgccgtctccaattg 100  Q
    |||||||||| ||||||||| || ||||||||||||||||||| ||||| ||||||| |||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  182988 gacatcaacgaatttgttgtatcggatatgagcaaatcttcgggaatttctaccttcatttcaccattctcattcgaagcgtcgttgccgtctccaattg 183087  T
Q  101 agagtatccacatgccaaaattagcaatttcttcctgctctgcacgtaccgaagatgcacctaatctcatattaacagtaagcctcaacgcataacaata 200  Q
    ||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||| || ||||||||||||| ||| |||||||||| |||||||||||| ||| ||||||    
T  183088 agagtatccacttgccaaaattagcagtttcttcctgctctgcaggtcccgaagatgcacccaatatcatattaactgtaagcctcaacacattacaata 183187  T
Q  201 agcccatatctttgatgaattgattgaggcatcaacaatatcctacctagttccttttcagacaacgggcaatatcttcctgaaatcaccacataaaact 300  Q
    || |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||  ||||||||| |||||| | |||||||| |||||||||||||| |||||||    
T  183188 aggccatatctttgatgaattgattgatgcatcaacaatatcctgcctcattccttttcggacaacagacaatatctgcctgaaatcaccacctaaaact 183287  T
Q  301 attgtcattc 310  Q
    | | ||||||    
T  183288 actatcattc 183297  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0003; HSP #2
Raw Score: 177; E-Value: 2e-95
Query Start/End: Original strand, 1 - 310
Target Start/End: Original strand, 165708 - 166019
Alignment:
Q  1 gacatcaacggatttgttgtgtccgatatgagcaaatcttcggaaatttataccttcgtttcaccattttcatccgaagcgtcgttgccgtctccaattg 100  Q
    |||||||||| ||||||||| || |||||||| |||||||||| |||||   ||||| |||||||||| |||| ||||||||||||| ||||||||||||    
T  165708 gacatcaacgaatttgttgtatcggatatgagtaaatcttcgggaatttcccccttcatttcaccattctcattcgaagcgtcgttgtcgtctccaattg 165807  T
Q  101 agagtat--ccacatgccaaaattagcaatttcttcctgctctgcacgtaccgaagatgcacctaatctcatattaacagtaagcctcaacgcataacaa 198  Q
    |||||||  |||| |||||||||||||| ||| ||| ||||||||| || ||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||| ||| ||||    
T  165808 agagtatatccacttgccaaaattagcagtttattcttgctctgcaggtcccgaagatgcacccaatctcatattaactgtaagcctcaacacattacaa 165907  T
Q  199 taagcccatatctttgatgaattgattgaggcatcaacaatatcctacctagttccttttcagacaacgggcaatatcttcctgaaatcaccacataaaa 298  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||| |||||| | |||||||| |||||||||||||| |||||    
T  165908 taagcccatatctttgatgaattgattgaggcatcaacaatatcctgcctcgttccttttcggacaacagacaatatctgcctgaaatcaccacctaaaa 166007  T
Q  299 ctattgtcattc 310  Q
    ||| | ||||||    
T  166008 ctactatcattc 166019  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 194; Significance: 1e-105; HSPs: 6)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 194; E-Value: 1e-105
Query Start/End: Original strand, 1 - 310
Target Start/End: Complemental strand, 21113786 - 21113477
Alignment:
Q  1 gacatcaacggatttgttgtgtccgatatgagcaaatcttcggaaatttataccttcgtttcaccattttcatccgaagcgtcgttgccgtctccaattg 100  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||| | ||||| ||||||| |||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||     
T  21113786 gacatcaacagatttgttgtgtccgatataagcaaatcttcaggaatttctaccttcatttcaccattctcatccgaagcgttgttgccgtctccaattc 21113687  T
Q  101 agagtatccacatgccaaaattagcaatttcttcctgctctgcacgtaccgaagatgcacctaatctcatattaacagtaagcctcaacgcataacaata 200  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||| |||||||||| |||| |||||||||||||||| ||||| ||| | ||||    
T  21113686 agagtatccacttgccaaaattagcaatttctttctgctctgcaggtaccaaagatgcacccaatcgcatattaacagtaagcgtcaacacattaaaata 21113587  T
Q  201 agcccatatctttgatgaattgattgaggcatcaacaatatcctacctagttccttttcagacaacgggcaatatcttcctgaaatcaccacataaaact 300  Q
    ||| ||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||| ||| |||||||||| |||||| |||||||||| ||||| |||||||| |||||||    
T  21113586 agcacatatctgtgatgaattgattgatgcatcaacaatatcctgcctcgttccttttcggacaacaggcaatatctgcctgatatcaccacctaaaact 21113487  T
Q  301 attgtcattc 310  Q
    ||||||||||    
T  21113486 attgtcattc 21113477  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 194; E-Value: 1e-105
Query Start/End: Original strand, 1 - 310
Target Start/End: Complemental strand, 25218607 - 25218298
Alignment:
Q  1 gacatcaacggatttgttgtgtccgatatgagcaaatcttcggaaatttataccttcgtttcaccattttcatccgaagcgtcgttgccgtctccaattg 100  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||| | ||||| ||||||| |||||||||| ||| ||||||| |||||||||||||||||||    
T  25218607 gacatcaacggatttgttgtgtctgatatcagcaaatcttcaggaatttctaccttcatttcaccattgtcacccgaagcatcgttgccgtctccaattg 25218508  T
Q  101 agagtatccacatgccaaaattagcaatttcttcctgctctgcacgtaccgaagatgcacctaatctcatattaacagtaagcctcaacgcataacaata 200  Q
    ||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||    
T  25218507 agagtatccacttgcaaaaattagcaatttcttcctgctctgcaggtaccgaagatgcacccaatctcatattaacagtaagcctcaacacattacaata 25218408  T
Q  201 agcccatatctttgatgaattgattgaggcatcaacaatatcctacctagttccttttcagacaacgggcaatatcttcctgaaatcaccacataaaact 300  Q
    ||||||||||||||| |||||||  ||||||||||||||||||  ||| ||||||  || |||||| |||||||||| ||| |||||||||| |||||||    
T  25218407 agcccatatctttgacgaattgaccgaggcatcaacaatatccggcctcgttcctcctcggacaacaggcaatatctgcctaaaatcaccacctaaaact 25218308  T
Q  301 attgtcattc 310  Q
    | ||||||||    
T  25218307 actgtcattc 25218298  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 166; E-Value: 8e-89
Query Start/End: Original strand, 1 - 310
Target Start/End: Complemental strand, 25209089 - 25208780
Alignment:
Q  1 gacatcaacggatttgttgtgtccgatatgagcaaatcttcggaaatttataccttcgtttcaccattttcatccgaagcgtcgttgccgtctccaattg 100  Q
    ||||||||||||||||||||||| || || ||||||||||| | ||||| ||||||| |||||||||| ||| ||||||| |||||| ||||||||||||    
T  25209089 gacatcaacggatttgttgtgtctgacatcagcaaatcttcaggaatttctaccttcatttcaccattgtcacccgaagcatcgttgtcgtctccaattg 25208990  T
Q  101 agagtatccacatgccaaaattagcaatttcttcctgctctgcacgtaccgaagatgcacctaatctcatattaacagtaagcctcaacgcataacaata 200  Q
    ||||||||||| ||| |||||||| |||||| |||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||| ||| ||||||    
T  25208989 agagtatccacttgcaaaaattagtaatttcgtcctgctctgcaggtaccgaagatgcacccaatctcatattaacattaagcctcaacacattacaata 25208890  T
Q  201 agcccatatctttgatgaattgattgaggcatcaacaatatcctacctagttccttttcagacaacgggcaatatcttcctgaaatcaccacataaaact 300  Q
    ||| ||||||||||| |||||||  ||||||||||||||||||  ||| ||||||  || || ||| |||||||||| ||| |||||||||| |||||||    
T  25208889 agctcatatctttgacgaattgaccgaggcatcaacaatatccggcctcgttcctcctcggaaaacaggcaatatctgcctaaaatcaccacctaaaact 25208790  T
Q  301 attgtcattc 310  Q
    | ||||||||    
T  25208789 actgtcattc 25208780  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 154; E-Value: 1e-81
Query Start/End: Original strand, 1 - 310
Target Start/End: Original strand, 7822015 - 7822324
Alignment:
Q  1 gacatcaacggatttgttgtgtccgatatgagcaaatcttcggaaatttataccttcgtttcaccattttcatccgaagcgtcgttgccgtctccaattg 100  Q
    ||||||||||||||||||||||  ||||| ||||||||||| | ||||| ||||||| |||||||||| ||| ||||||| |||||| ||||||||||||    
T  7822015 gacatcaacggatttgttgtgtttgatatcagcaaatcttcaggaatttctaccttcatttcaccattgtcacccgaagcatcgttgtcgtctccaattg 7822114  T
Q  101 agagtatccacatgccaaaattagcaatttcttcctgctctgcacgtaccgaagatgcacctaatctcatattaacagtaagcctcaacgcataacaata 200  Q
    ||||||||||| | | |||||| |||||||||||||||||| || |||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||    
T  7822115 agagtatccacttacaaaaattcgcaatttcttcctgctctacaggtaccgaagatgcactcaatctcatattaacagtaagcctcaacacattacaata 7822214  T
Q  201 agcccatatctttgatgaattgattgaggcatcaacaatatcctacctagttccttttcagacaacgggcaatatcttcctgaaatcaccacataaaact 300  Q
    ||| ||||||||||| |||||||  |||||||||||||||  |  ||| ||||||  || |||||  |||||||||| ||| |||||||||| |||||||    
T  7822215 agctcatatctttgacgaattgaccgaggcatcaacaataatcggcctcgttcctcctcggacaataggcaatatctgcctaaaatcaccacctaaaact 7822314  T
Q  301 attgtcattc 310  Q
    | ||||||||    
T  7822315 actgtcattc 7822324  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 142; E-Value: 2e-74
Query Start/End: Original strand, 1 - 222
Target Start/End: Original strand, 30307354 - 30307575
Alignment:
Q  1 gacatcaacggatttgttgtgtccgatatgagcaaatcttcggaaatttataccttcgtttcaccattttcatccgaagcgtcgttgccgtctccaattg 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| | ||||| ||| ||| |||||||||| ||| ||||||| |||||| ||||||||||||    
T  30307354 gacatcaacggatttgttgtgtccgatatcagcaaatcttcaggaatttctacattcatttcaccattgtcacccgaagcatcgttgtcgtctccaattg 30307453  T
Q  101 agagtatccacatgccaaaattagcaatttcttcctgctctgcacgtaccgaagatgcacctaatctcatattaacagtaagcctcaacgcataacaata 200  Q
    |||||||| || ||| |||||||||||||||||||  ||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||    
T  30307454 agagtatctacttgcaaaaattagcaatttcttcccactctgcaggtaccgaagatgcacccaatctcatattaacagtaagcctcaacacattacaata 30307553  T
Q  201 agcccatatctttgatgaattg 222  Q
    ||||||||||||||| ||||||    
T  30307554 agcccatatctttgacgaattg 30307575  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 226 - 310
Target Start/End: Original strand, 30325877 - 30325961
Alignment:
Q  226 gaggcatcaacaatatcctacctagttccttttcagacaacgggcaatatcttcctgaaatcaccacataaaactattgtcattc 310  Q
    ||||||||||||||||||  ||| ||||||  || |||||  |||||||||| ||| ||||||| || |||||||| ||||||||    
T  30325877 gaggcatcaacaatatccggcctcgttcctcctcggacaataggcaatatctgcctaaaatcacaacctaaaactactgtcattc 30325961  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 194; Significance: 1e-105; HSPs: 9)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 194; E-Value: 1e-105
Query Start/End: Original strand, 1 - 310
Target Start/End: Complemental strand, 2202221 - 2201912
Alignment:
Q  1 gacatcaacggatttgttgtgtccgatatgagcaaatcttcggaaatttataccttcgtttcaccattttcatccgaagcgtcgttgccgtctccaattg 100  Q
    ||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||| ||||| ||| ||| |||||||||| ||||  |||||||||||||| ||||||||||    
T  2202221 gacatcaacggatttattgtgttcgatatgagcaaatcttcgggaatttctacattcatttcaccattctcatttgaagcgtcgttgccttctccaattg 2202122  T
Q  101 agagtatccacatgccaaaattagcaatttcttcctgctctgcacgtaccgaagatgcacctaatctcatattaacagtaagcctcaacgcataacaata 200  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| || ||| ||||||    
T  2202121 agagtatccacttgccaaaattagcaatttcttcatgctctgcaagtaccgaagatgcacccaatctcatattaacagtaagcctcgacacattacaata 2202022  T
Q  201 agcccatatctttgatgaattgattgaggcatcaacaatatcctacctagttccttttcagacaacgggcaatatcttcctgaaatcaccacataaaact 300  Q
     ||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||| | |||||||| ||||| ||||||||||| |||||| ||||||| |||||||    
T  2202021 tgcctatatctttgatgaattgatcgaggcatcaacaatatcctgcctcgatccttttcggacaatgggcaatatctgcctgaagtcaccacctaaaact 2201922  T
Q  301 attgtcattc 310  Q
    | ||||||||    
T  2201921 actgtcattc 2201912  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 186; E-Value: 1e-101
Query Start/End: Original strand, 1 - 310
Target Start/End: Original strand, 18344302 - 18344611
Alignment:
Q  1 gacatcaacggatttgttgtgtccgatatgagcaaatcttcggaaatttataccttcgtttcaccattttcatccgaagcgtcgttgccgtctccaattg 100  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||| ||||||| |||||| ||| ||||| ||||| |||||| ||||||||||||    
T  18344302 gacatgaacggatttgttgtgtccgatatgagcaaatcttcaggaatttctaccttcatttcactattctcatctgaagcttcgttgtcgtctccaattg 18344401  T
Q  101 agagtatccacatgccaaaattagcaatttcttcctgctctgcacgtaccgaagatgcacctaatctcatattaacagtaagcctcaacgcataacaata 200  Q
    ||||||| ||| || ||||||||| ||||||||||||||||| |  |||| |||||||||  |||||||||||||||||||||||||||  || ||||||    
T  18344402 agagtattcacttgtcaaaattaggaatttcttcctgctctgtagataccaaagatgcactcaatctcatattaacagtaagcctcaacaaattacaata 18344501  T
Q  201 agcccatatctttgatgaattgattgaggcatcaacaatatcctacctagttccttttcagacaacgggcaatatcttcctgaaatcaccacataaaact 300  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||| ||||||  ||||||||| |||||||||||||| |||||||    
T  18344502 agcccatatctttgataaattgattgaggcatcaacaatatcctgcctcgttccttttcggacaacatgcaatatctgcctgaaatcaccacctaaaact 18344601  T
Q  301 attgtcattc 310  Q
    ||||||||||    
T  18344602 attgtcattc 18344611  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 178; E-Value: 6e-96
Query Start/End: Original strand, 1 - 306
Target Start/End: Original strand, 30881504 - 30881808
Alignment:
Q  1 gacatcaacggatttgttgtgtccgatatgagcaaatcttcggaaatttataccttcgtttcaccattttcatccgaagcgtcgttgccgtctccaattg 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||| ||||||| ||||||||| | ||||||||||| ||||||| |||| |||||    
T  30881504 gacatcaacggatttgttgtgtccgatatgagcaaatcttcaggaatttctaccttcatttcaccatct-catccgaagcgccgttgccttctctaattg 30881602  T
Q  101 agagtatccacatgccaaaattagcaatttcttcctgctctgcacgtaccgaagatgcacctaatctcatattaacagtaagcctcaacgcataacaata 200  Q
    ||||||||||  |||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||| |||||||||| |||| |||||||||||||||||||||| ||| ||||||    
T  30881603 agagtatccatttgccaaaattagcaatttattcctgctctgcaggtaccaaagatgcacccaatcccatattaacagtaagcctcaacacattacaata 30881702  T
Q  201 agcccatatctttgatgaattgattgaggcatcaacaatatcctacctagttccttttcagacaacgggcaatatcttcctgaaatcaccacataaaact 300  Q
    ||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| | ||| |||||||||| ||  ||  ||||||||| |||||||||||||| |||||||    
T  30881703 agctcatatctttgatgaactgattgaggcatcaacaatatcatgcctcgttccttttcggatgacatgcaatatctgcctgaaatcaccacctaaaact 30881802  T
Q  301 attgtc 306  Q
     |||||    
T  30881803 tttgtc 30881808  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 169; E-Value: 1e-90
Query Start/End: Original strand, 1 - 265
Target Start/End: Original strand, 10187721 - 10187985
Alignment:
Q  1 gacatcaacggatttgttgtgtccgatatgagcaaatcttcggaaatttataccttcgtttcaccattttcatccgaagcgtcgttgccgtctccaattg 100  Q
    ||||||||||||||| |||||||| |||||||||||| ||| | ||||| ||||||| ||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10187721 gacatcaacggattttttgtgtccaatatgagcaaatattcaggaatttctaccttcattttaccattctcatccgaagcgtcgttgccgtctccaattg 10187820  T
Q  101 agagtatccacatgccaaaattagcaatttcttcctgctctgcacgtaccgaagatgcacctaatctcatattaacagtaagcctcaacgcataacaata 200  Q
    |||| |||||| ||| ||||||||||||||||||||||||| || ||| |||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||| ||| ||||||    
T  10187821 agagcatccacgtgcgaaaattagcaatttcttcctgctctacaggtatcgaagatgcacccaatctcatattaacaataagcctcaacacattacaata 10187920  T
Q  201 agcccatatctttgatgaattgattgaggcatcaacaatatcctacctagttccttttcagacaa 265  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  || |||||||||| |||||    
T  10187921 agctcatatctttgatgaattgattgaggcatcaacaatatcctgtctcgttccttttcggacaa 10187985  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 149; E-Value: 1e-78
Query Start/End: Original strand, 70 - 310
Target Start/End: Original strand, 12517520 - 12517760
Alignment:
Q  70 tcatccgaagcgtcgttgccgtctccaattgagagtatccacatgccaaaattagcaatttcttcctgctctgcacgtaccgaagatgcacctaatctca 169  Q
    |||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| | || ||||||||||| |||||||    
T  12517520 tcatccgaagtgtcgttgtcgtctccaattgagagtatccacttgccaaaattagcaatttcttcctgctctgcaggaacagaagatgcacccaatctca 12517619  T
Q  170 tattaacagtaagcctcaacgcataacaataagcccatatctttgatgaattgattgaggcatcaacaatatcctacctagttccttttcagacaacggg 269  Q
    |||||||||||||| ||||| ||| ||||||||||||||||||||| ||||| | |||||||||||||||||||  ||| ||||||  || |||||| ||    
T  12517620 tattaacagtaagcttcaacacattacaataagcccatatctttgacgaattaactgaggcatcaacaatatccggcctcgttcctcctcggacaacagg 12517719  T
Q  270 caatatcttcctgaaatcaccacataaaactattgtcattc 310  Q
    |||||||| |||||||||||||| |||||||| ||||||||    
T  12517720 caatatctgcctgaaatcaccacctaaaactactgtcattc 12517760  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 128; E-Value: 4e-66
Query Start/End: Original strand, 1 - 200
Target Start/End: Original strand, 15333820 - 15334019
Alignment:
Q  1 gacatcaacggatttgttgtgtccgatatgagcaaatcttcggaaatttataccttcgtttcaccattttcatccgaagcgtcgttgccgtctccaattg 100  Q
    ||||||||||||||||||  || |||||| | ||||||||| | ||||| ||||||| |||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15333820 gacatcaacggatttgttacgtacgatatcaacaaatcttcaggaatttctaccttcatttcactattctcatccgaagcgtcgttgccgtctccaattg 15333919  T
Q  101 agagtatccacatgccaaaattagcaatttcttcctgctctgcacgtaccgaagatgcacctaatctcatattaacagtaagcctcaacgcataacaata 200  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||| ||||||    
T  15333920 agagtatccacttgccaaaattagcaatttcttcttgctctgcaggtatcgaagatgcacctaatctcatattaacagtaagcttcaacacattacaata 15334019  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 78; E-Value: 3e-36
Query Start/End: Original strand, 132 - 277
Target Start/End: Original strand, 18814054 - 18814199
Alignment:
Q  132 ttcctgctctgcacgtaccgaagatgcacctaatctcatattaacagtaagcctcaacgcataacaataagcccatatctttgatgaattgattgaggca 231  Q
    |||||||||| || ||||| | |||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||| ||||||||||||||||||||| ||| |    
T  18814054 ttcctgctctacaggtaccaacgatgcacccaatctcatattaacagtaagcctcaacacattacaataagctcatatctttgatgaattgattaaggga 18814153  T
Q  232 tcaacaatatcctacctagttccttttcagacaacgggcaatatct 277  Q
    ||||||||||| |  || |||||||||| ||||||  |||||||||    
T  18814154 tcaacaatatcatgtctcgttccttttcggacaacatgcaatatct 18814199  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #8
Raw Score: 68; E-Value: 2e-30
Query Start/End: Original strand, 1 - 124
Target Start/End: Complemental strand, 29640070 - 29639947
Alignment:
Q  1 gacatcaacggatttgttgtgtccgatatgagcaaatcttcggaaatttataccttcgtttcaccattttcatccgaagcgtcgttgccgtctccaattg 100  Q
    ||||||||| |||||||||||   ||||| ||||||||||| | ||||| ||||||| |||||||||| ||| ||||||| |||||||||||||||||||    
T  29640070 gacatcaacagatttgttgtggttgatatcagcaaatcttcaggaatttctaccttcatttcaccattgtcacccgaagcatcgttgccgtctccaattg 29639971  T
Q  101 agagtatccacatgccaaaattag 124  Q
    ||||||||||| ||| ||||||||    
T  29639970 agagtatccacttgcaaaaattag 29639947  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #9
Raw Score: 64; E-Value: 6e-28
Query Start/End: Original strand, 1 - 124
Target Start/End: Complemental strand, 31510241 - 31510118
Alignment:
Q  1 gacatcaacggatttgttgtgtccgatatgagcaaatcttcggaaatttataccttcgtttcaccattttcatccgaagcgtcgttgccgtctccaattg 100  Q
    ||||||||| |||||||||||   ||||| ||||||||||  ||||||| ||||||| |||||||||| ||| ||||| | |||||||||||||||||||    
T  31510241 gacatcaacagatttgttgtggttgatatcagcaaatcttaagaaatttctaccttcatttcaccattgtcacccgaaacatcgttgccgtctccaattg 31510142  T
Q  101 agagtatccacatgccaaaattag 124  Q
    ||||||||||| ||| ||||||||    
T  31510141 agagtatccacttgcaaaaattag 31510118  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 194; Significance: 1e-105; HSPs: 8)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 194; E-Value: 1e-105
Query Start/End: Original strand, 1 - 310
Target Start/End: Original strand, 1860854 - 1861163
Alignment:
Q  1 gacatcaacggatttgttgtgtccgatatgagcaaatcttcggaaatttataccttcgtttcaccattttcatccgaagcgtcgttgccgtctccaattg 100  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||  | ||||| ||||||| |||||||||| ||||||||||||| |||| |||||||||||     
T  1860854 gacatcaacagatttgttgtgtccgatatgagcaaatctttaggaatttctaccttcatttcaccattctcatccgaagcgttgttgtcgtctccaattc 1860953  T
Q  101 agagtatccacatgccaaaattagcaatttcttcctgctctgcacgtaccgaagatgcacctaatctcatattaacagtaagcctcaacgcataacaata 200  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||| | ||||    
T  1860954 agagtatccacttgccaaaattagcaatttctttctgctctgcaggtaccaaagatgcacccaatctcatattaacagtaagcctcaacacattaaaata 1861053  T
Q  201 agcccatatctttgatgaattgattgaggcatcaacaatatcctacctagttccttttcagacaacgggcaatatcttcctgaaatcaccacataaaact 300  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||| ||| |||||||||| |||||| |||||||| | |||||||||||||| | | |||    
T  1861054 agcccatatctttaatgaattgattgatgcatcaacaatatcctgcctcgttccttttcggacaacaggcaatatttgcctgaaatcaccaccttacact 1861153  T
Q  301 attgtcattc 310  Q
    ||||||||||    
T  1861154 attgtcattc 1861163  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 194; E-Value: 1e-105
Query Start/End: Original strand, 1 - 310
Target Start/End: Original strand, 35856084 - 35856393
Alignment:
Q  1 gacatcaacggatttgttgtgtccgatatgagcaaatcttcggaaatttataccttcgtttcaccattttcatccgaagcgtcgttgccgtctccaattg 100  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||| | ||||| ||||||| |||||||||| ||| ||||||| |||||||||||||||||||    
T  35856084 gacatcaacggatttgttgtgtctgatatcagcaaatcttcaggaatttctaccttcatttcaccattgtcacccgaagcatcgttgccgtctccaattg 35856183  T
Q  101 agagtatccacatgccaaaattagcaatttcttcctgctctgcacgtaccgaagatgcacctaatctcatattaacagtaagcctcaacgcataacaata 200  Q
    ||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||    
T  35856184 agagtatccacttgcaaaaattagcaatttcttcctgctctgcaggtaccgaagatgcacccaatctcatattaacagtaagcctcaacacattacaata 35856283  T
Q  201 agcccatatctttgatgaattgattgaggcatcaacaatatcctacctagttccttttcagacaacgggcaatatcttcctgaaatcaccacataaaact 300  Q
    ||||||||||||||| |||||||  ||||||||||||||||||  ||| ||||||  || |||||| |||||||||| ||| |||||||||| |||||||    
T  35856284 agcccatatctttgacgaattgaccgaggcatcaacaatatccggcctcgttcctcctcggacaacaggcaatatctgcctaaaatcaccacctaaaact 35856383  T
Q  301 attgtcattc 310  Q
    | ||||||||    
T  35856384 actgtcattc 35856393  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 178; E-Value: 6e-96
Query Start/End: Original strand, 1 - 310
Target Start/End: Complemental strand, 618266 - 617957
Alignment:
Q  1 gacatcaacggatttgttgtgtccgatatgagcaaatcttcggaaatttataccttcgtttcaccattttcatccgaagcgtcgttgccgtctccaattg 100  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||| ||||||| |||||||||| ||||| ||||| |||||| ||||||||||||    
T  618266 gacatgaacggatttgttgtgtccgatatgagcaaatcttcaggaatttctaccttcatttcaccattctcatctgaagcttcgttgtcgtctccaattg 618167  T
Q  101 agagtatccacatgccaaaattagcaatttcttcctgctctgcacgtaccgaagatgcacctaatctcatattaacagtaagcctcaacgcataacaata 200  Q
    ||||||| ||| ||  |||||||| |||||||||||||||||||  |||| |||||||||  ||||||||||||||||| |||||||||  || ||||||    
T  618166 agagtattcacttgttaaaattaggaatttcttcctgctctgcagataccaaagatgcactcaatctcatattaacagttagcctcaacaaattacaata 618067  T
Q  201 agcccatatctttgatgaattgattgaggcatcaacaatatcctacctagttccttttcagacaacgggcaatatcttcctgaaatcaccacataaaact 300  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||| |||||||||||||||||  ||||||||| | |||||||||||| |||| ||    
T  618066 agcctatatctttgatgaattgattgaggcatcaacaatatcatgcctcgttccttttcagacaacatgcaatatctgcttgaaatcaccacctaaagct 617967  T
Q  301 attgtcattc 310  Q
    ||||||||||    
T  617966 attgtcattc 617957  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 178; E-Value: 6e-96
Query Start/End: Original strand, 1 - 310
Target Start/End: Original strand, 49710350 - 49710658
Alignment:
Q  1 gacatcaacggatttgttgtgtccgatatgagcaaatcttcggaaatttataccttcgtttcaccattttcatccgaagcgtcgttgccgtctccaattg 100  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||| | ||||| ||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||    
T  49710350 gacatcaa-ggatttgttgtgtccgatatcagcaaatcttcaggaatttctaccttcatttcaccattttcatccgaagcatcgttgccgtgtccaattg 49710448  T
Q  101 agagtatccacatgccaaaattagcaatttcttcctgctctgcacgtaccgaagatgcacctaatctcatattaacagtaagcctcaacgcataacaata 200  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||| |||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||    
T  49710449 agagtatccacttgccaaaattagcaatttctttctgttctgcaggtaccgaagatgcacccaatctcatattaacagtaagcctcaacacattacaata 49710548  T
Q  201 agcccatatctttgatgaattgattgaggcatcaacaatatcctacctagttccttttcagacaacgggcaatatcttcctgaaatcaccacataaaact 300  Q
    ||| ||||||||| | |||||||  |||||||||||||||||   ||| ||||||  ||  ||||| |||||||||| ||| |||||||||| |||||||    
T  49710549 agctcatatctttaacgaattgacggaggcatcaacaatatctggcctcgttcctcctcgaacaacaggcaatatctgcctaaaatcaccacctaaaact 49710648  T
Q  301 attgtcattc 310  Q
    ||||||||||    
T  49710649 attgtcattc 49710658  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 173; E-Value: 5e-93
Query Start/End: Original strand, 1 - 301
Target Start/End: Original strand, 38518273 - 38518573
Alignment:
Q  1 gacatcaacggatttgttgtgtccgatatgagcaaatcttcggaaatttataccttcgtttcaccattttcatccgaagcgtcgttgccgtctccaattg 100  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||| | ||||| ||||||| |||||||||| ||| || |||| |||||||||||||||||||    
T  38518273 gacatcaacggatttgttgtgtctgatatcagcaaatcttcaggaatttctaccttcatttcaccattgtcacccaaagcatcgttgccgtctccaattg 38518372  T
Q  101 agagtatccacatgccaaaattagcaatttcttcctgctctgcacgtaccgaagatgcacctaatctcatattaacagtaagcctcaacgcataacaata 200  Q
    ||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||    
T  38518373 agagtatccacttgcaaaaattagcaatttcttcctgctctgcaggtaccgaagatgcacccaatctcatattaacagtaagcctcaacacattacaata 38518472  T
Q  201 agcccatatctttgatgaattgattgaggcatcaacaatatcctacctagttccttttcagacaacgggcaatatcttcctgaaatcaccacataaaact 300  Q
    ||||||||||||||| |||||||  ||||||| ||||||||||   || ||||||  ||||||||| |  ||||||| ||| |||||||||| |||||||    
T  38518473 agcccatatctttgacgaattgaccgaggcattaacaatatccggtctcgttcctcctcagacaacagttaatatctgcctaaaatcaccacctaaaact 38518572  T
Q  301 a 301  Q
    |    
T  38518573 a 38518573  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 170; E-Value: 3e-91
Query Start/End: Original strand, 1 - 310
Target Start/End: Original strand, 13337412 - 13337721
Alignment:
Q  1 gacatcaacggatttgttgtgtccgatatgagcaaatcttcggaaatttataccttcgtttcaccattttcatccgaagcgtcgttgccgtctccaattg 100  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||   ||||| ||||||| |||||||||| ||| ||||||| |||||| ||||||||||||    
T  13337412 gacataaacggatttgttgtgtccgatatcagcaaatcttcatgaatttctaccttcatttcaccattgtcacccgaagcatcgttgtcgtctccaattg 13337511  T
Q  101 agagtatccacatgccaaaattagcaatttcttcctgctctgcacgtaccgaagatgcacctaatctcatattaacagtaagcctcaacgcataacaata 200  Q
    ||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||| ||| ||||||    
T  13337512 agagtatccacttgcaaaaattagcaatttcttcctgctctgcaggtaccgaagatgcacccaatctcatattaacagtaaacctcaacacattacaata 13337611  T
Q  201 agcccatatctttgatgaattgattgaggcatcaacaatatcctacctagttccttttcagacaacgggcaatatcttcctgaaatcaccacataaaact 300  Q
    |   ||||||||||| |||||||  ||||||||||||||||||  ||| ||||||  || |||||| |||||||||| ||| |||||||||| |||||||    
T  13337612 atatcatatctttgacgaattgaccgaggcatcaacaatatccggcctcgttcctcctcggacaacaggcaatatctgcctaaaatcaccacctaaaact 13337711  T
Q  301 attgtcattc 310  Q
    | ||||||||    
T  13337712 actgtcattc 13337721  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 168; E-Value: 5e-90
Query Start/End: Original strand, 35 - 310
Target Start/End: Complemental strand, 55559131 - 55558856
Alignment:
Q  35 aatcttcggaaatttataccttcgtttcaccattttcatccgaagcgtcgttgccgtctccaattgagagtatccacatgccaaaattagcaatttcttc 134  Q
    ||||||| | ||||| ||||||| |||||||||| ||||| ||||||| |||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||     
T  55559131 aatcttcaggaatttctaccttcatttcaccattctcatctgaagcgttgttgccgtctccaattcagagtatccacttgccaaaattagcaatttcttt 55559032  T
Q  135 ctgctctgcacgtaccgaagatgcacctaatctcatattaacagtaagcctcaacgcataacaataagcccatatctttgatgaattgattgaggcatca 234  Q
    |||||||||| ||||| |||||||||| |||||||||||||||||||| |||||| ||| | ||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  55559031 ctgctctgcaggtaccaaagatgcacccaatctcatattaacagtaagtctcaacacattaaaataagcacatatctttgatgaattgattgatgcatca 55558932  T
Q  235 acaatatcctacctagttccttttcagacaacgggcaatatcttcctgaaatcaccacataaaactattgtcattc 310  Q
    ||||||| || ||| |||||||||| |||||| |||||||||| ||||| |||||||| |||||||||||||||||    
T  55558931 acaatatactgcctcgttccttttcggacaacaggcaatatctgcctgatatcaccacctaaaactattgtcattc 55558856  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 112; E-Value: 1e-56
Query Start/End: Original strand, 1 - 242
Target Start/End: Complemental strand, 49786870 - 49786640
Alignment:
Q  1 gacatcaacggatttgttgtgtccgatatgagcaaatcttcggaaatttataccttcgtttcaccattttcatccgaagcgtcgttgccgtctccaattg 100  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||| | ||||| ||||||| |||||||||| ||| ||||||| |||||||||||||||||||    
T  49786870 gacatcaacggatttgttgtgtctgatatcagcaaatcttcaggaatttctaccttcatttcaccattgtcacccgaagcatcgttgccgtctccaattg 49786771  T
Q  101 agagtatccacatgccaaaattagcaatttcttcctgctctgcacgtaccgaagatgcacctaatctcatattaacagtaagcctcaacgcataacaata 200  Q
    ||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||| | |||           || |||||||||  ||| ||||||    
T  49786770 agagtatccacttgcaaaaattagcaatttcttcctgctctgtaggtaccgaagatgcatccaat-----------agcaagcctcaaaacattacaata 49786682  T
Q  201 agcccatatctttgatgaattgattgaggcatcaacaatatc 242  Q
    || |||||||||||| |||||||  |||||||||||||||||    
T  49786681 agtccatatctttgacgaattgaccgaggcatcaacaatatc 49786640  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 194; Significance: 1e-105; HSPs: 12)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 194; E-Value: 1e-105
Query Start/End: Original strand, 1 - 310
Target Start/End: Complemental strand, 24269112 - 24268803
Alignment:
Q  1 gacatcaacggatttgttgtgtccgatatgagcaaatcttcggaaatttataccttcgtttcaccattttcatccgaagcgtcgttgccgtctccaattg 100  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||| ||||||| |||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||     
T  24269112 gacatcaacagatttgttgtgtccgatatgagcaaatcttcaggaatttctaccttcatttcaccattctcatccgaagcgttgttgccgtctccaattc 24269013  T
Q  101 agagtatccacatgccaaaattagcaatttcttcctgctctgcacgtaccgaagatgcacctaatctcatattaacagtaagcctcaacgcataacaata 200  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||| |||||||||| |||| |||||||||| ||||| ||||| ||| | ||||    
T  24269012 agagtatccacttgccaaaattagcaatttctttctgctctgcaggtaccaaagatgcacccaatcgcatattaacaataagcgtcaacacattaaaata 24268913  T
Q  201 agcccatatctttgatgaattgattgaggcatcaacaatatcctacctagttccttttcagacaacgggcaatatcttcctgaaatcaccacataaaact 300  Q
    ||| ||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||| ||| |||||||||| |||||| |||||||||| ||||| |||||||| |||||||    
T  24268912 agcacatatctgtgatgaattgattgatgcatcaacaatatcctgcctcgttccttttcggacaacaggcaatatctgcctgatatcaccacctaaaact 24268813  T
Q  301 attgtcattc 310  Q
    ||||||||||    
T  24268812 attgtcattc 24268803  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 190; E-Value: 1e-103
Query Start/End: Original strand, 1 - 310
Target Start/End: Original strand, 21395547 - 21395856
Alignment:
Q  1 gacatcaacggatttgttgtgtccgatatgagcaaatcttcggaaatttataccttcgtttcaccattttcatccgaagcgtcgttgccgtctccaattg 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| | ||||| ||||||| |||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  21395547 gacatcaacggatttgttgtgtccgatatcagcaaatcttcaggaatttctaccttcatttcaccattctcatccgaagcatcgttgccgtctccaattg 21395646  T
Q  101 agagtatccacatgccaaaattagcaatttcttcctgctctgcacgtaccgaagatgcacctaatctcatattaacagtaagcctcaacgcataacaata 200  Q
    ||||||||||| |||| |||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||    
T  21395647 agagtatccacttgccgaaattagcaatttcttcctgatctgcaggtaccgaagatgcacccaatctcatattaacagtaagcctcaacacattacaata 21395746  T
Q  201 agcccatatctttgatgaattgattgaggcatcaacaatatcctacctagttccttttcagacaacgggcaatatcttcctgaaatcaccacataaaact 300  Q
    |||||||| |||||| |||||||  ||||||||||||||||||  ||| ||||||  || |||||| |||||||||| ||| |||||||||| |||||||    
T  21395747 agcccataactttgacgaattgacggaggcatcaacaatatccggcctcgttcctcctcggacaacaggcaatatctgcctaaaatcaccacctaaaact 21395846  T
Q  301 attgtcattc 310  Q
    |  |||||||    
T  21395847 acggtcattc 21395856  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 190; E-Value: 1e-103
Query Start/End: Original strand, 1 - 310
Target Start/End: Original strand, 27192666 - 27192975
Alignment:
Q  1 gacatcaacggatttgttgtgtccgatatgagcaaatcttcggaaatttataccttcgtttcaccattttcatccgaagcgtcgttgccgtctccaattg 100  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||  | ||||| ||||||| |||||||||| ||||| ||||||||||||||||| ||| |||    
T  27192666 gacatcaacagatttgttgtgtccgatatgagcaaatctttaggaatttctaccttcatttcaccattctcatctgaagcgtcgttgccgtcaccagttg 27192765  T
Q  101 agagtatccacatgccaaaattagcaatttcttcctgctctgcacgtaccgaagatgcacctaatctcatattaacagtaagcctcaacgcataacaata 200  Q
    ||||||||||| || ||||||||  |||||||||||||||| || ||| | |||||||||| ||||||||||||||| | |||||||||  || ||||||    
T  27192766 agagtatccacttgtcaaaattatgaatttcttcctgctctacaggtatcaaagatgcacccaatctcatattaacaatcagcctcaacaaattacaata 27192865  T
Q  201 agcccatatctttgatgaattgattgaggcatcaacaatatcctacctagttccttttcagacaacgggcaatatcttcctgaaatcaccacataaaact 300  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||| |||||| |||||||||| |||||||||||||| |||||||    
T  27192866 agcccatatctttgatgaattgattgaggcatcaacaatatcctgcctcgttccttttcggacaacaggcaatatctgcctgaaatcaccacctaaaact 27192965  T
Q  301 attgtcattc 310  Q
    ||||||||||    
T  27192966 attgtcattc 27192975  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 190; E-Value: 1e-103
Query Start/End: Original strand, 1 - 310
Target Start/End: Original strand, 27842480 - 27842789
Alignment:
Q  1 gacatcaacggatttgttgtgtccgatatgagcaaatcttcggaaatttataccttcgtttcaccattttcatccgaagcgtcgttgccgtctccaattg 100  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||  | ||||| ||||||| |||||||||| ||||| ||||||||||||||||| ||| |||    
T  27842480 gacatcaacagatttgttgtgtccgatatgagcaaatctttaggaatttctaccttcatttcaccattctcatctgaagcgtcgttgccgtcaccagttg 27842579  T
Q  101 agagtatccacatgccaaaattagcaatttcttcctgctctgcacgtaccgaagatgcacctaatctcatattaacagtaagcctcaacgcataacaata 200  Q
    ||||||||||| || ||||||||  |||||||||||||||| || ||| | |||||||||| ||||||||||||||| | |||||||||  || ||||||    
T  27842580 agagtatccacttgtcaaaattatgaatttcttcctgctctacaggtatcaaagatgcacccaatctcatattaacaatcagcctcaacaaattacaata 27842679  T
Q  201 agcccatatctttgatgaattgattgaggcatcaacaatatcctacctagttccttttcagacaacgggcaatatcttcctgaaatcaccacataaaact 300  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||| |||||| |||||||||| |||||||||||||| |||||||    
T  27842680 agcccatatctttgatgaattgattgaggcatcaacaatatcctgcctcgttccttttcggacaacaggcaatatctgcctgaaatcaccacctaaaact 27842779  T
Q  301 attgtcattc 310  Q
    ||||||||||    
T  27842780 attgtcattc 27842789  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 187; E-Value: 1e-101
Query Start/End: Original strand, 4 - 310
Target Start/End: Original strand, 27509554 - 27509860
Alignment:
Q  4 atcaacggatttgttgtgtccgatatgagcaaatcttcggaaatttataccttcgtttcaccattttcatccgaagcgtcgttgccgtctccaattgaga 103  Q
    ||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||  | ||||| ||||||| | |||||||| ||||| ||||||||||||| ||||||||||||||    
T  27509554 atcaacgaatttgttgtgtccgacatgagcaaatctttaggaatttctaccttcatctcaccattctcatctgaagcgtcgttgctgtctccaattgaga 27509653  T
Q  104 gtatccacatgccaaaattagcaatttcttcctgctctgcacgtaccgaagatgcacctaatctcatattaacagtaagcctcaacgcataacaataagc 203  Q
    ||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||| ||| | |||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||  ||| |||||||||    
T  27509654 gtatctacttgccaaaattagcaatttcttcctgctctgcaggtagcaaagatgcacccaatcttatattaacagtaagcctcaatacattacaataagc 27509753  T
Q  204 ccatatctttgatgaattgattgaggcatcaacaatatcctacctagttccttttcagacaacgggcaatatcttcctgaaatcaccacataaaactatt 303  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  || |||||||||  |||||| |||||||||| |||||||||||||| |||||||| |    
T  27509754 ccatatctttgatgaattgattgaggcatcaacaatatcctgtctcgttcctttttggacaacaggcaatatctgcctgaaatcaccacctaaaactact 27509853  T
Q  304 gtcattc 310  Q
    |||||||    
T  27509854 gtcattc 27509860  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 186; E-Value: 1e-101
Query Start/End: Original strand, 1 - 301
Target Start/End: Original strand, 24246002 - 24246302
Alignment:
Q  1 gacatcaacggatttgttgtgtccgatatgagcaaatcttcggaaatttataccttcgtttcaccattttcatccgaagcgtcgttgccgtctccaattg 100  Q
    |||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||  | ||||| ||||||| |||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  24246002 gacatccacggatttgttgtgtccgttatgagcaaatctttaggaatttctaccttcatttcaccattctcatccaaagcgtcgttgccgtctccaattg 24246101  T
Q  101 agagtatccacatgccaaaattagcaatttcttcctgctctgcacgtaccgaagatgcacctaatctcatattaacagtaagcctcaacgcataacaata 200  Q
    |||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||    
T  24246102 agagaatccacatgccaacattagcaatttcttcctgctctgcaggtaccgaagattcacc-aatctcatattaacagtaagcctcaacacattacaata 24246200  T
Q  201 agcccatatctttgatgaattgattgaggcatcaacaatatcctacctagttcc-ttttcagacaacgggcaatatcttcctgaaatcaccacataaaac 299  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |  |||| ||||| ||||||  ||||||||| ||| |||||||||| ||||||    
T  24246201 agcccatatctttgatgaattgattgaggcatcaacaatatcctgcatcattcctttttcggacaacatgcaatatctgccttaaatcaccacctaaaac 24246300  T
Q  300 ta 301  Q
    ||    
T  24246301 ta 24246302  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #7
Raw Score: 171; E-Value: 8e-92
Query Start/End: Original strand, 1 - 275
Target Start/End: Complemental strand, 17683871 - 17683597
Alignment:
Q  1 gacatcaacggatttgttgtgtccgatatgagcaaatcttcggaaatttataccttcgtttcaccattttcatccgaagcgtcgttgccgtctccaattg 100  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||| ||| ||| | ||||| ||||||| ||| |||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  17683871 gacatcaacggatttgttgtgtccaatatgagcgaatattcaggaatttctaccttcattttaccattctcatctgaagcgtcgttgccgtctccaattg 17683772  T
Q  101 agagtatccacatgccaaaattagcaatttcttcctgctctgcacgtaccgaagatgcacctaatctcatattaacagtaagcctcaacgcataacaata 200  Q
    ||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||| || ||| |||||||||||| ||||||||||||||| ||||||| ||| ||| ||||||    
T  17683771 agagtatccacttgcaaaaattagcaatttcttcctgctctacaggtatcgaagatgcacccaatctcatattaacaataagccttaacacattacaata 17683672  T
Q  201 agcccatatctttgatgaattgattgaggcatcaacaatatcctacctagttccttttcagacaacgggcaatat 275  Q
    ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||| ||||||  |||||||    
T  17683671 agctcatatctttgatgaattgattgaggcatcaacaatatcctgcctcgttccttttcggacaacaagcaatat 17683597  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #8
Raw Score: 157; E-Value: 2e-83
Query Start/End: Original strand, 38 - 310
Target Start/End: Original strand, 35609867 - 35610139
Alignment:
Q  38 cttcggaaatttataccttcgtttcaccattttcatccgaagcgtcgttgccgtctccaattgagagtatccacatgccaaaattagcaatttcttcctg 137  Q
    |||| ||||||| ||||||| |||||||||| | ||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  35609867 cttcagaaatttctaccttcatttcaccattctgatccgaaacttcgttgccgtctccaattgagagtatccacttgccaaaattagcaatttcttcctg 35609966  T
Q  138 ctctgcacgtaccgaagatgcacctaatctcatattaacagtaagcctcaacgcataacaataagcccatatctttgatgaattgattgaggcatcaaca 237  Q
    ||||  | |||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||| ||| | |||||| |||||||||| |||||||||||| ||||||||||    
T  35609967 ctctaaaggtaccgaagatgcacccaatgtcatattaacagtaagcctcaacacattataataagtccatatctttaatgaattgattggggcatcaaca 35610066  T
Q  238 atatcctacctagttccttttcagacaacgggcaatatcttcctgaaatcaccacataaaactattgtcattc 310  Q
    ||||||| ||| |||||||||| | |||| |||||||| | |||||||||||||| |||||| | ||||||||    
T  35610067 atatcctgcctcgttccttttcgggcaacaggcaatatatgcctgaaatcaccacctaaaacaactgtcattc 35610139  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #9
Raw Score: 108; E-Value: 3e-54
Query Start/End: Original strand, 152 - 303
Target Start/End: Original strand, 3642920 - 3643071
Alignment:
Q  152 aagatgcacctaatctcatattaacagtaagcctcaacgcataacaataagcccatatctttgatgaattgattgaggcatcaacaatatcctacctagt 251  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||  || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||    
T  3642920 aagatgcacccaatctcatattaacagtaagcctcaacaaattacaataagcccatatctttgatgaattgattgaggcatcaacaatatcctgcctcgt 3643019  T
Q  252 tccttttcagacaacgggcaatatcttcctgaaatcaccacataaaactatt 303  Q
    |||||||| | |||| |||||||||| |||||||||||||| ||||||||||    
T  3643020 tccttttcgggcaacaggcaatatctacctgaaatcaccacctaaaactatt 3643071  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #10
Raw Score: 108; E-Value: 3e-54
Query Start/End: Original strand, 1 - 242
Target Start/End: Complemental strand, 28666214 - 28665984
Alignment:
Q  1 gacatcaacggatttgttgtgtccgatatgagcaaatcttcggaaatttataccttcgtttcaccattttcatccgaagcgtcgttgccgtctccaattg 100  Q
    ||||||||||||||||||||||  ||||| ||||||||||| | ||||| ||||||| |||||||||| ||| ||||||| |||||||||||||||||||    
T  28666214 gacatcaacggatttgttgtgtttgatatcagcaaatcttcaggaatttctaccttcatttcaccattgtcacccgaagcatcgttgccgtctccaattg 28666115  T
Q  101 agagtatccacatgccaaaattagcaatttcttcctgctctgcacgtaccgaagatgcacctaatctcatattaacagtaagcctcaacgcataacaata 200  Q
    ||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||| | |||           || |||||||||  ||| ||||||    
T  28666114 agagtatccacttgcaaaaattagcaatttcttcctgctctgtaggtaccgaagatgcatccaat-----------agcaagcctcaaaacattacaata 28666026  T
Q  201 agcccatatctttgatgaattgattgaggcatcaacaatatc 242  Q
    || |||||||||||| |||||||  |||||||||||||||||    
T  28666025 agtccatatctttgacgaattgaccgaggcatcaacaatatc 28665984  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #11
Raw Score: 108; E-Value: 3e-54
Query Start/End: Original strand, 1 - 242
Target Start/End: Complemental strand, 37825048 - 37824818
Alignment:
Q  1 gacatcaacggatttgttgtgtccgatatgagcaaatcttcggaaatttataccttcgtttcaccattttcatccgaagcgtcgttgccgtctccaattg 100  Q
    ||||||||||||||||||||||  ||||| ||||||||||| | ||||| ||||||| |||||||||| ||| ||||||| |||||||||||||||||||    
T  37825048 gacatcaacggatttgttgtgtttgatatcagcaaatcttcaggaatttctaccttcatttcaccattgtcacccgaagcatcgttgccgtctccaattg 37824949  T
Q  101 agagtatccacatgccaaaattagcaatttcttcctgctctgcacgtaccgaagatgcacctaatctcatattaacagtaagcctcaacgcataacaata 200  Q
    ||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||| | |||           || |||||||||  ||| ||||||    
T  37824948 agagtatccacttgcaaaaattagcaatttcttcctgctctgtaggtaccgaagatgcatccaat-----------agcaagcctcaaaacattacaata 37824860  T
Q  201 agcccatatctttgatgaattgattgaggcatcaacaatatc 242  Q
    || |||||||||||| |||||||  |||||||||||||||||    
T  37824859 agtccatatctttgacgaattgaccgaggcatcaacaatatc 37824818  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #12
Raw Score: 103; E-Value: 3e-51
Query Start/End: Original strand, 1 - 241
Target Start/End: Complemental strand, 41920215 - 41919986
Alignment:
Q  1 gacatcaacggatttgttgtgtccgatatgagcaaatcttcggaaatttataccttcgtttcaccattttcatccgaagcgtcgttgccgtctccaattg 100  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||| | ||||| ||||||| |||||||||| ||| ||||||| |||||||||||||||||||    
T  41920215 gacatcaacggatttgttgtgtctgatatcagcaaatcttcaggaatttctaccttcatttcaccattgtcacccgaagcatcgttgccgtctccaattg 41920116  T
Q  101 agagtatccacatgccaaaattagcaatttcttcctgctctgcacgtaccgaagatgcacctaatctcatattaacagtaagcctcaacgcataacaata 200  Q
    ||||||||||| ||| ||||||| ||||||||||||||||| || ||||| |||||||| | |||           || |||||||||  ||| ||||||    
T  41920115 agagtatccacttgcaaaaattatcaatttcttcctgctctacaggtaccaaagatgcatccaat-----------agcaagcctcaaaacattacaata 41920027  T
Q  201 agcccatatctttgatgaattgattgaggcatcaacaatat 241  Q
    || |||||||||||| |||||||  ||||||||||||||||    
T  41920026 agtccatatctttgacgaattgaccgaggcatcaacaatat 41919986  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0002 (Bit Score: 190; Significance: 1e-103; HSPs: 1)
Name: scaffold0002
Description:

Target: scaffold0002; HSP #1
Raw Score: 190; E-Value: 1e-103
Query Start/End: Original strand, 1 - 310
Target Start/End: Complemental strand, 321378 - 321069
Alignment:
Q  1 gacatcaacggatttgttgtgtccgatatgagcaaatcttcggaaatttataccttcgtttcaccattttcatccgaagcgtcgttgccgtctccaattg 100  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||| | ||||| ||||||| |||||||||| ||| ||||||| |  |||||||||| |||||    
T  321378 gacatcaacggatttgttttgtccgatatcagcaaatcttcaggaatttctaccttcatttcaccattatcaaccgaagcataattgccgtctcaaattg 321279  T
Q  101 agagtatccacatgccaaaattagcaatttcttcctgctctgcacgtaccgaagatgcacctaatctcatattaacagtaagcctcaacgcataacaata 200  Q
    ||| ||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||| ||| ||||||    
T  321278 agaatatccacttgcaaaaattagcaatttcttcctgctctgcaggtaccgaagatgcacccaatctcatattaaaagtaagcctcaacacattacaata 321179  T
Q  201 agcccatatctttgatgaattgattgaggcatcaacaatatcctacctagttccttttcagacaacgggcaatatcttcctgaaatcaccacataaaact 300  Q
    |||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||| ||| |||||||||| |||||| | |||||||| |||||||||||||| |||||||    
T  321178 agcccatatcgttgatgaattgattaaggcatcaacaatatcctgcctcgttccttttcggacaacagacaatatctgcctgaaatcaccacctaaaact 321079  T
Q  301 attgtcattc 310  Q
     |||||||||    
T  321078 cttgtcattc 321069  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0262 (Bit Score: 186; Significance: 1e-101; HSPs: 1)
Name: scaffold0262
Description:

Target: scaffold0262; HSP #1
Raw Score: 186; E-Value: 1e-101
Query Start/End: Original strand, 1 - 310
Target Start/End: Original strand, 19183 - 19491
Alignment:
Q  1 gacatcaacggatttgttgtgtccgatatgagcaaatcttcggaaatttataccttcgtttcaccattttcatccgaagcgtcgttgccgtctccaattg 100  Q
    |||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||| ||||| |||| ||||||||||||| ||||||||||||||||     
T  19183 gacatcaacatatttgttgtgtccgatatgagcaaatcttcagaaatttctaccttcatttcatcattctcatccgaagcgttgttgccgtctccaattc 19282  T
Q  101 agagtatccacatgccaaaattagcaatttcttcctgctctgcacgtaccgaagatgcacctaatctcatattaacagtaagcctcaacgcataacaata 200  Q
    | ||||||| | ||||||| ||||||||||||| |||||||||| ||| | |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||| | ||||    
T  19283 aaagtatccccttgccaaa-ttagcaatttctttctgctctgcaggtatcaaagatgcacccaatctcatattaacagtaagcctcaacacattaaaata 19381  T
Q  201 agcccatatctttgatgaattgattgaggcatcaacaatatcctacctagttccttttcagacaacgggcaatatcttcctgaaatcaccacataaaact 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||| |||||||||| |||||| | |||||||| |||||||| ||||| |||||||    
T  19382 agcccatatctttgatgaattgattgatgcatcaacaatatcctgcctcgttccttttcggacaacagacaatatctgcctgaaattaccacctaaaact 19481  T
Q  301 attgtcattc 310  Q
    ||||||||||    
T  19482 attgtcattc 19491  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0134 (Bit Score: 166; Significance: 8e-89; HSPs: 1)
Name: scaffold0134
Description:

Target: scaffold0134; HSP #1
Raw Score: 166; E-Value: 8e-89
Query Start/End: Original strand, 1 - 310
Target Start/End: Complemental strand, 5302 - 4993
Alignment:
Q  1 gacatcaacggatttgttgtgtccgatatgagcaaatcttcggaaatttataccttcgtttcaccattttcatccgaagcgtcgttgccgtctccaattg 100  Q
    ||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||| ||||||| |||||||||| ||||| ||||||  |||| ||||||||| |     
T  5302 gacatcaatagatttgttgtgtccgatatgagcaaatcttcaggaatttctaccttcatttcaccattctcatctgaagcgctgttgtcgtctccaagtc 5203  T
Q  101 agagtatccacatgccaaaattagcaatttcttcctgctctgcacgtaccgaagatgcacctaatctcatattaacagtaagcctcaacgcataacaata 200  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||| |||| ||| | |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||| | ||||    
T  5202 agagtatccacttgccaaaattagcaatttctttctgctttgcaggtatcaaagatgcacccaatctcatattaacagtaagcctcaacacattaaaata 5103  T
Q  201 agcccatatctttgatgaattgattgaggcatcaacaatatcctacctagttccttttcagacaacgggcaatatcttcctgaaatcaccacataaaact 300  Q
    ||| ||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||| ||| ||||||||||  ||||  |||||||||| ||| |||||||||  |||||||    
T  5102 agcacatatcttttatgaattgattgatgcatcaacaatatcctgcctcgttccttttcgaacaataggcaatatctgcctaaaatcaccatctaaaact 5003  T
Q  301 attgtcattc 310  Q
    ||||||||||    
T  5002 attgtcattc 4993  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold1139 (Bit Score: 158; Significance: 5e-84; HSPs: 1)
Name: scaffold1139
Description:

Target: scaffold1139; HSP #1
Raw Score: 158; E-Value: 5e-84
Query Start/End: Original strand, 1 - 242
Target Start/End: Original strand, 1177 - 1418
Alignment:
Q  1 gacatcaacggatttgttgtgtccgatatgagcaaatcttcggaaatttataccttcgtttcaccattttcatccgaagcgtcgttgccgtctccaattg 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||| ||||||| |||||||||| |||||||||| ||||||| ||||||||||||    
T  1177 gacatcaacggatttgttgtgtccgatatgagcaaatcttcaggaatttctaccttcatttcaccattctcatccgaagagtcgttgtcgtctccaattg 1276  T
Q  101 agagtatccacatgccaaaattagcaatttcttcctgctctgcacgtaccgaagatgcacctaatctcatattaacagtaagcctcaacgcataacaata 200  Q
    ||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||| | || ||||| |||||||||| |||| |||||||||||||||||||||| ||| ||||||    
T  1277 agagtatccacttgccaaaattagaaatttcttcctgctatacatgtacctaagatgcacccaatcccatattaacagtaagcctcaacacattacaata 1376  T
Q  201 agcccatatctttgatgaattgattgaggcatcaacaatatc 242  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||| |||| || ||||||    
T  1377 agctcatatctttgatgaattgattgatgcataaataatatc 1418  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0118 (Bit Score: 156; Significance: 7e-83; HSPs: 1)
Name: scaffold0118
Description:

Target: scaffold0118; HSP #1
Raw Score: 156; E-Value: 7e-83
Query Start/End: Original strand, 35 - 310
Target Start/End: Complemental strand, 28727 - 28452
Alignment:
Q  35 aatcttcggaaatttataccttcgtttcaccattttcatccgaagcgtcgttgccgtctccaattgagagtatccacatgccaaaattagcaatttcttc 134  Q
    ||||||| | ||||| ||||||| |||||||||| ||||||||||||| ||||| |||| ||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||     
T  28727 aatcttcaggaatttctaccttcatttcaccattctcatccgaagcgttgttgctgtcttcaattcagagtatccacttgccaaaattagcaatttcttt 28628  T
Q  135 ctgctctgcacgtaccgaagatgcacctaatctcatattaacagtaagcctcaacgcataacaataagcccatatctttgatgaattgattgaggcatca 234  Q
    |||||||||| ||||| |||||||| | |||||||||||||||||||| |||||| ||| | ||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  28627 ctgctctgcaggtaccaaagatgcatccaatctcatattaacagtaagtctcaactcattaaaataagcacatatctttgatgaattgattgatgcatca 28528  T
Q  235 acaatatcctacctagttccttttcagacaacgggcaatatcttcctgaaatcaccacataaaactattgtcattc 310  Q
    |||||||||| ||| |||||||||| ||||||  ||||||||| ||||| |||||||| | |||||||||||||||    
T  28527 acaatatcctgcctcgttccttttcggacaacatgcaatatctgcctgatatcaccaccttaaactattgtcattc 28452  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0107 (Bit Score: 155; Significance: 3e-82; HSPs: 1)
Name: scaffold0107
Description:

Target: scaffold0107; HSP #1
Raw Score: 155; E-Value: 3e-82
Query Start/End: Original strand, 5 - 243
Target Start/End: Original strand, 39937 - 40175
Alignment:
Q  5 tcaacggatttgttgtgtccgatatgagcaaatcttcggaaatttataccttcgtttcaccattttcatccgaagcgtcgttgccgtctccaattgagag 104  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||   ||||| ||||||  |||||||||| ||||||||||| |||||||| ||||||||||||||    
T  39937 tcaacggatttgttgtgtccgatatcagcaaatcttcaagaatttctacctttatttcaccattctcatccgaagcatcgttgccatctccaattgagag 40036  T
Q  105 tatccacatgccaaaattagcaatttcttcctgctctgcacgtaccgaagatgcacctaatctcatattaacagtaagcctcaacgcataacaataagcc 204  Q
    ||| ||| ||||||| |||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||    
T  40037 tattcacttgccaaagttagcaatttcttcctgctctgtaggtaccgaagatgcacacaatctcatattaacagtaagcctcaacacattacaataagcc 40136  T
Q  205 catatctttgatgaattgattgaggcatcaacaatatcc 243  Q
    ||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||    
T  40137 catatctttgacgaattgactgaggcatcaacaatatcc 40175  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0090 (Bit Score: 108; Significance: 3e-54; HSPs: 1)
Name: scaffold0090
Description:

Target: scaffold0090; HSP #1
Raw Score: 108; E-Value: 3e-54
Query Start/End: Original strand, 1 - 242
Target Start/End: Complemental strand, 48978 - 48748
Alignment:
Q  1 gacatcaacggatttgttgtgtccgatatgagcaaatcttcggaaatttataccttcgtttcaccattttcatccgaagcgtcgttgccgtctccaattg 100  Q
    ||||||||||||||||||||||  ||||| ||||||||||| | ||||| ||||||| |||||||||| ||| ||||||| |||||||||||||||||||    
T  48978 gacatcaacggatttgttgtgtttgatatcagcaaatcttcaggaatttctaccttcatttcaccattgtcacccgaagcatcgttgccgtctccaattg 48879  T
Q  101 agagtatccacatgccaaaattagcaatttcttcctgctctgcacgtaccgaagatgcacctaatctcatattaacagtaagcctcaacgcataacaata 200  Q
    ||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||| | |||           || |||||||||  ||| ||||||    
T  48878 agagtatccacttgcaaaaattagcaatttcttcctgctctgtaggtaccgaagatgcatccaat-----------agcaagcctcaaaacattacaata 48790  T
Q  201 agcccatatctttgatgaattgattgaggcatcaacaatatc 242  Q
    || |||||||||||| |||||||  |||||||||||||||||    
T  48789 agtccatatctttgacgaattgaccgaggcatcaacaatatc 48748  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0225 (Bit Score: 89; Significance: 7e-43; HSPs: 1)
Name: scaffold0225
Description:

Target: scaffold0225; HSP #1
Raw Score: 89; E-Value: 7e-43
Query Start/End: Original strand, 158 - 310
Target Start/End: Complemental strand, 14162 - 14010
Alignment:
Q  158 cacctaatctcatattaacagtaagcctcaacgcataacaataagcccatatctttgatgaattgattgaggcatcaacaatatcctacctagttccttt 257  Q
    |||| ||||||||||||| |||||||||||||  || | ||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||| | ||| ||||||||    
T  14162 cacccaatctcatattaatagtaagcctcaacatattaaaataagcccatatatttgatgaattgattgatgcatcaacaatatcttgcctcgttccttt 14063  T
Q  258 tcagacaacgggcaatatcttcctgaaatcaccacataaaactattgtcattc 310  Q
    || |||||| |||||||||| |||||||||||||| |||||||||| ||||||    
T  14062 tcggacaacaggcaatatctgcctgaaatcaccacctaaaactattatcattc 14010  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0025 (Bit Score: 29; Significance: 0.0000005; HSPs: 1)
Name: scaffold0025
Description:

Target: scaffold0025; HSP #1
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000005
Query Start/End: Original strand, 1 - 29
Target Start/End: Original strand, 16861 - 16889
Alignment:
Q  1 gacatcaacggatttgttgtgtccgatat 29  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||    
T  16861 gacatcaacggatttgttgtgtccgatat 16889  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University