View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF8993_low_2 (Length: 635)

Name: NF8993_low_2
Description: NF8993
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF8993_low_2
NF8993_low_2
[»] chr8 (4 HSPs)
chr8 (14-635)||(30049150-30049791)
chr8 (14-581)||(7162157-7162743)
chr8 (14-261)||(30045121-30045388)
chr8 (577-635)||(7161491-7161549)
[»] chr4 (2 HSPs)
chr4 (14-635)||(3945404-3946045)
chr4 (14-263)||(3941377-3941646)
[»] chr3 (5 HSPs)
chr3 (14-635)||(22365032-22365669)
chr3 (14-261)||(22361019-22361282)
chr3 (57-158)||(23397197-23397298)
chr3 (404-468)||(22135200-22135264)
chr3 (177-242)||(23397337-23397404)
[»] chr7 (2 HSPs)
chr7 (14-635)||(39949391-39950026)
chr7 (14-262)||(39953783-39954045)
[»] chr5 (2 HSPs)
chr5 (14-635)||(196239-196865)
chr5 (14-263)||(200618-200872)
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (14-261)||(1330569-1330832)
[»] scaffold1453 (1 HSPs)
scaffold1453 (14-109)||(1-93)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 528; Significance: 0; HSPs: 4)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 528; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 14 - 635
Target Start/End: Complemental strand, 30049791 - 30049150
Alignment:
Q  14 caataacaatgtttactatgctgcaaatttgatacatactacaatccttacatccttcttacatacttatagccaaatacttagtaatgactcagcctat 113  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |   ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  30049791 caataacaatgtttactatgctgcaaatttgatacatacca---tccatacatccttcttacatacttatagccaaatactaagtaatgactcagcctat 30049695  T
Q  114 gctttgctgatgtcatat----gacataaacctacttaacttgtgcagataatcttact-------------------aacaaaacaagttaaaataatt 190  Q
    |||| |||||||||||||    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||                   ||||||||||||||||||||||    
T  30049694 gcttagctgatgtcatatatatgacataaacctacttaacttgtgcagataatcttacttgtgcagcatagttttactaacaaaacaagttaaaataatt 30049595  T
Q  191 acacacataagcaataaagtaacataaacaataaagtattcagaaaagttttataggtcaattagtcaacactcctccttaaaacttttttgaaatactc 290  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30049594 acacacataagcaataaagtaacataaacaataaagtattcagaaaagttttataggtcaattagtcaacactcctccttaaaacttttttgaaatactc 30049495  T
Q  291 ccagcttgcttcttagctccatgaacttggcactaggaagtgcttttgttaaaatgtctgccaattgttcttcagaactgcagtgctgcagttttacatc 390  Q
    | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30049494 ctagcttgcttcttagctccatgaacttggcactaggaagtgcttttgttaaaatgtctgccaattgttcttcagaactgcagtgctgcagttttacatc 30049395  T
Q  391 tccattttgttcagcttctcttatagcatgaaatttgacattgatatgctttgttcttccatgttgaattggatttttggcaattgctatagctgatttg 490  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30049394 tccattttgttcagcttctcttatagcatgaaatttgacattgatatgctttgttcttccatgttgaattggatttttggcaattgctatagctgatttg 30049295  T
Q  491 ttgtcacaccatagcacaattgattcctcttgtacatgattcagatcactcaatacctttttgatccaaatagcttgatttgatgcagctgcagcagcaa 590  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30049294 ttgtcacaccatagcacaattggttcctcttgtacatgattcagatcactcaatacctttttgatccaaatagcttgatttgatgcagctgcagcagcaa 30049195  T
Q  591 tatactcagcttcagctgaggattgagcaaccacatcttgttttt 635  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30049194 tatactcagcttcagctgaggattgagcaaccacatcttgttttt 30049150  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 412; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 14 - 581
Target Start/End: Complemental strand, 7162743 - 7162157
Alignment:
Q  14 caataacaatgtttactatgctgcaaatttgatacatactacaatccttacatccttcttacatacttatagccaaatacttagtaatgactcagcctat 113  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| ||||| || |   ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7162743 caataacaatgtttactatgctgcaaatttaatacaaacca---tccatacatccttcttacatacttatagccaaatacttagtaatgactcagcctat 7162647  T
Q  114 gctttgctgatgtcatatgacataaacctacttaactt---------------------gtgcag-ataatcttactaacaaaacaagttaaaataatta 191  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||                     |||||| ||| | |||||||||||| |||||||||| ||||    
T  7162646 gcttagctgatgtcatatgacataaacctgcttaacttgtgcagataaccttattacttgtgcagcatagttttactaacaaaataagttaaaatgatta 7162547  T
Q  192 cacacataagcaataaagtaacataaacaataaagtattcagaaaagttttataggtcaattagtcaacactcctccttaaaacttttttgaaatactcc 291  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||    
T  7162546 cacacataagcaataaagtaacataaacaataaagtattcagaaaagttttataggtcaattagtcaacactcctccttaaaacttttctggaatactcc 7162447  T
Q  292 cagcttgcttcttagctccatgaacttggcactaggaagtgcttttgttaaaatgtctgccaattgttcttcagaactgcagtgctgcagttttacatct 391  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  7162446 cagcttgcttcttagctccatgaacttggcactagcaagtgccttttttaaaatgtctgccaattgttcttcagaactgcagtgctgcaattttacatct 7162347  T
Q  392 ccattttgttcagcttctcttatagcatgaaatttgacattgatatgctttgttcttccatgttgaattggatttttggcaattgctatagctgatttgt 491  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  7162346 ccattctgttcagcttctcttatagcatgaaatttgacattgatatgctttgctcttccatgttgaattggatttttggcagttgctatagctgatttgt 7162247  T
Q  492 tgtcacaccatagcacaattgattcctcttgtacatgattcagatcactcaatacctttttgatccaaatagcttgatttgatgcagctg 581  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7162246 tgtcacaccatagcacaattggttcctcttgtatatgattcagatcactcaataccattttgatccaaatagcttgatttgatgcagctg 7162157  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 162; E-Value: 4e-86
Query Start/End: Original strand, 14 - 261
Target Start/End: Complemental strand, 30045388 - 30045121
Alignment:
Q  14 caataacaatgtttactatgctgcaaatttgatacatactacaatccttacatccttcttacatacttatagccaaatacttagtaatgactcagcctat 113  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |   ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  30045388 caataacaatgtttactatgctgcaaatttgatacatacca---tccatacatccttcttacatacttatagccaaatactaagtaatgactcagcctat 30045292  T
Q  114 gctttgctgatgtc----atatgacataaacctacttaacttgtgcagataatc-------------------ttactaacaaaacaagttaaaataatt 190  Q
    |||| |||||||||    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||                   |||||||||||||||||||||||||||    
T  30045291 gcttagctgatgtcatatatatgacataaacctacttaacttgtgcagataatcttacttgtgcagcatagttttactaacaaaacaagttaaaataatt 30045192  T
Q  191 acacacataagcaataaagtaacataaacaataaagtattcagaaaagttttataggtcaattagtcaaca 261  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30045191 acacacataagcaataaagtaacataaacaataaagtattcagaaaagttttataggtcaattagtcaaca 30045121  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 55; E-Value: 3e-22
Query Start/End: Original strand, 577 - 635
Target Start/End: Complemental strand, 7161549 - 7161491
Alignment:
Q  577 agctgcagcagcaatatactcagcttcagctgaggattgagcaaccacatcttgttttt 635  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  7161549 agctgcagcagcaatatactcagcttcagctgaggattgagcaaccacgtcttgttttt 7161491  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 528; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 528; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 14 - 635
Target Start/End: Complemental strand, 3946045 - 3945404
Alignment:
Q  14 caataacaatgtttactatgctgcaaatttgatacatactacaatccttacatccttcttacatacttatagccaaatacttagtaatgactcagcctat 113  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |   ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  3946045 caataacaatgtttactatgctgcaaatttgatacatacca---tccatacatccttcttacatacttatagccaaatactaagtaatgactcagcctat 3945949  T
Q  114 gctttgctgatgtcatat----gacataaacctacttaacttgtgcagataatcttact-------------------aacaaaacaagttaaaataatt 190  Q
    |||| |||||||||||||    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||                   ||||||||||||||||||||||    
T  3945948 gcttagctgatgtcatatatatgacataaacctacttaacttgtgcagataatcttacttgtgcagcatagttttactaacaaaacaagttaaaataatt 3945849  T
Q  191 acacacataagcaataaagtaacataaacaataaagtattcagaaaagttttataggtcaattagtcaacactcctccttaaaacttttttgaaatactc 290  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3945848 acacacataagcaataaagtaacataaacaataaagtattcagaaaagttttataggtcaattagtcaacactcctccttaaaacttttttgaaatactc 3945749  T
Q  291 ccagcttgcttcttagctccatgaacttggcactaggaagtgcttttgttaaaatgtctgccaattgttcttcagaactgcagtgctgcagttttacatc 390  Q
    | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3945748 ctagcttgcttcttagctccatgaacttggcactaggaagtgcttttgttaaaatgtctgccaattgttcttcagaactgcagtgctgcagttttacatc 3945649  T
Q  391 tccattttgttcagcttctcttatagcatgaaatttgacattgatatgctttgttcttccatgttgaattggatttttggcaattgctatagctgatttg 490  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3945648 tccattttgttcagcttctcttatagcatgaaatttgacattgatatgctttgttcttccatgttgaattggatttttggcaattgctatagctgatttg 3945549  T
Q  491 ttgtcacaccatagcacaattgattcctcttgtacatgattcagatcactcaatacctttttgatccaaatagcttgatttgatgcagctgcagcagcaa 590  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3945548 ttgtcacaccatagcacaattggttcctcttgtacatgattcagatcactcaatacctttttgatccaaatagcttgatttgatgcagctgcagcagcaa 3945449  T
Q  591 tatactcagcttcagctgaggattgagcaaccacatcttgttttt 635  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3945448 tatactcagcttcagctgaggattgagcaaccacatcttgttttt 3945404  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 164; E-Value: 2e-87
Query Start/End: Original strand, 14 - 263
Target Start/End: Complemental strand, 3941646 - 3941377
Alignment:
Q  14 caataacaatgtttactatgctgcaaatttgatacatactacaatccttacatccttcttacatacttatagccaaatacttagtaatgactcagcctat 113  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |   ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  3941646 caataacaatgtttactatgctgcaaatttgatacatacca---tccatacatccttcttacatacttatagccaaatactaagtaatgactcagcctat 3941550  T
Q  114 gctttgctgatgtc----atatgacataaacctacttaacttgtgcagataatc-------------------ttactaacaaaacaagttaaaataatt 190  Q
    |||| |||||||||    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||                   |||||||||||||||||||||||||||    
T  3941549 gcttagctgatgtcatatatatgacataaacctacttaacttgtgcagataatcttacttgtgcagcatagttttactaacaaaacaagttaaaataatt 3941450  T
Q  191 acacacataagcaataaagtaacataaacaataaagtattcagaaaagttttataggtcaattagtcaacact 263  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3941449 acacacataagcaataaagtaacataaacaataaagtattcagaaaagttttataggtcaattagtcaacact 3941377  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 509; Significance: 0; HSPs: 5)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 509; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 14 - 635
Target Start/End: Complemental strand, 22365669 - 22365032
Alignment:
Q  14 caataacaatgtttactatgctgcaaatttgatacatactacaatccttacatccttcttacatacttatagccaaatacttagtaatgactcagcctat 113  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||  |   ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22365669 caataacaatgtttactatactgcaaatttgatacatatca---tccatacatccttcttacatacttatagccaaatacttagtaatgactcagcctat 22365573  T
Q  114 gctttgctgatgtcatatgacataaacctacttaacttgtgcagataatcttact-------------------aacaaaacaagttaaaataattacac 194  Q
    |||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||                   ||||||||||||||||||||||||||    
T  22365572 gcttagttgatgtcatatgacataaacctacttaacttgtgcagataaccttacttatgcagcatagttttactaacaaaacaagttaaaataattacac 22365473  T
Q  195 acataagcaataaagtaacataaacaataaagtattcagaaaagttttataggtcaattagtcaacactcctccttaaaacttttttgaaatactcccag 294  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | || |||||||||||    
T  22365472 acataagcaataaagtaacataaacaataaagtattcagaaaagttttataggtcaattagtcaacactcctccttaaaacttatctggaatactcccag 22365373  T
Q  295 cttgcttcttagctccatgaacttggcactaggaagtgcttttgttaaaatgtctgccaattgttcttcagaactgcagtgctgcagttttacatctcca 394  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  22365372 cttgcttcttagctccatgaacttggcactaggaagtgcttttgttaaaatgtctgccaattgttcttcagaactgcagtgctgcaattttacatctcca 22365273  T
Q  395 ttttgttcagcttctcttatagcatgaaatttgacattgatatgctttgttcttccatgttgaattggatttttggcaattgctatagctgatttgttgt 494  Q
    || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22365272 ttctgttcagcttctcttatagcatgaaatttgacattgatatgctttgttcttccatgttgaattggatttttggcaattgctatagctgatttgttgt 22365173  T
Q  495 cacaccatagcacaattgattcctcttgtacatgattcagatcactcaatacctttttgatccaaatagcttgatttgatgcagctgcagcagcaatata 594  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22365172 cacaccatagcacaattggttcctcttgtacatgattcagatcactcaataccttttttatccaaatagcttgatttgatgcagctgcagcagcaatata 22365073  T
Q  595 ctcagcttcagctgaggattgagcaaccacatcttgttttt 635  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22365072 ctcagcttcagctgaggattgagcaaccacatcttgttttt 22365032  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 175; E-Value: 7e-94
Query Start/End: Original strand, 14 - 261
Target Start/End: Complemental strand, 22361282 - 22361019
Alignment:
Q  14 caataacaatgtttactatgctgcaaatttgatacatactacaatccttacatccttcttacatacttatagccaaatacttagtaatgactcagcctat 113  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |   ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22361282 caataacaatgtttactatgctgcaaatttgatacatacca---tccatacatccttcttacatacttatagccaaatacttagtaatgactcagcctat 22361186  T
Q  114 gctttgctgatgtcatatgacataaacctacttaacttgtgcagataatc-------------------ttactaacaaaacaagttaaaataattacac 194  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |                   |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22361185 gcttagctgatgtcatatgacataaacctacttaacttgtgcagataaccttacttgtgcagcatagctttactaacaaaacaagttaaaataattacac 22361086  T
Q  195 acataagcaataaagtaacataaacaataaagtattcagaaaagttttataggtcaattagtcaaca 261  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22361085 acataagcaataaagtaacataaacaataaagtattcagaaaagttttataggtcaattagtcaaca 22361019  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 46; E-Value: 6e-17
Query Start/End: Original strand, 57 - 158
Target Start/End: Original strand, 23397197 - 23397298
Alignment:
Q  57 atccttacatccttcttacatacttatagccaaatacttagtaatgactcagcctatgctttgctgatgtcatatgacataaacctacttaacttgtgca 156  Q
    |||| |||||| |||||||||| ||| || ||||||||||||||||||  | | ||| ||||| |||||||||| |||||||||||| ||||||||| ||    
T  23397197 atccatacatctttcttacatatttagagtcaaatacttagtaatgacataacttatactttgttgatgtcatacgacataaacctatttaacttgtaca 23397296  T
Q  157 ga 158  Q
    ||    
T  23397297 ga 23397298  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000004
Query Start/End: Original strand, 404 - 468
Target Start/End: Complemental strand, 22135264 - 22135200
Alignment:
Q  404 gcttctcttatagcatgaaatttgacattgatatgctttgttcttccatgttgaattggattttt 468  Q
    ||||||||||| ||||| ||||| |||||||| ||||| ||||| ||||| |||| |||||||||    
T  22135264 gcttctcttatggcatggaattttacattgatgtgcttagttctaccatgctgaactggattttt 22135200  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000004
Query Start/End: Original strand, 177 - 242
Target Start/End: Original strand, 23397337 - 23397404
Alignment:
Q  177 aagttaaaataattacacaca--taagcaataaagtaacataaacaataaagtattcagaaaagtttt 242  Q
    |||||||||| ||||||||||  || ||||||||||||||| |||||  || ||||||||||||||||    
T  23397337 aagttaaaatcattacacacacataggcaataaagtaacattaacaacgaaatattcagaaaagtttt 23397404  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 492; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 492; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 14 - 635
Target Start/End: Original strand, 39949391 - 39950026
Alignment:
Q  14 caataacaatgtttactatgctgcaaatttgatacatactacaatccttacatccttcttacatacttatagccaaatacttagtaatgactcagcctat 113  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||  || |||  |   ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  39949391 caataacaatgtttactatgctgcaaattttttatatatca---tccatacatccttcttacatacttatagccaaatacttagtaataactcagcctat 39949487  T
Q  114 gctttgctgatgtcatatgacataaacctacttaacttg----------------tgcag-ataatcttactaacaaaacaagttaaaataattacacac 196  Q
    | || ||||||||||||||||||||||||||||||||||                ||||| ||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39949488 gtttagctgatgtcatatgacataaacctacttaacttgcagataaccttacttgtgcagcatagttttactaacaaaacaagttaaaataattacacac 39949587  T
Q  197 ataagcaataaagtaacataaacaataaagtattcagaaaagttttataggtcaattagtcaacactcctccttaaaacttttttgaaatactcccagct 296  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||    
T  39949588 ataagcaataaagtaacataaacaataaagtataaagaaaagttttataggtcaattagtcaacactcctccttaaaacttttctggaatactcccagct 39949687  T
Q  297 tgcttcttagctccatgaacttggcactaggaagtgcttttgttaaaatgtctgccaattgttcttcagaactgcagtgctgcagttttacatctccatt 396  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39949688 tgcttcttagctccatgaacttggcactaggaagtgcttttgttaaaatgtctgccaattgttcttcagaactgcagtgctgcagttttacatctccatt 39949787  T
Q  397 ttgttcagcttctcttatagcatgaaatttgacattgatatgctttgttcttccatgttgaattggatttttggcaattgctatagctgatttgttgtca 496  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39949788 ttgttcagcttctcttatagcatgaaattttacattgatatgctttgttcttccatgttgaattggatttttggcaattgctatagctgatttgttgtca 39949887  T
Q  497 caccatagcacaattgattcctcttgtacatgattcagatcactcaatacctttttgatccaaatagcttgatttgatgcagctgcagcagcaatatact 596  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39949888 caccatagcacaattggttcctcttgtacatgattcagatcgctcaatacctttttgatccaaatagcttgatttgatgcagctgcagcagcaatatact 39949987  T
Q  597 cagcttcagctgaggattgagcaaccacatcttgttttt 635  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39949988 cagcttcagctgaggattgagcaaccacatcttgttttt 39950026  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 135; E-Value: 5e-70
Query Start/End: Original strand, 14 - 262
Target Start/End: Original strand, 39953783 - 39954045
Alignment:
Q  14 caataacaatgtttactatgctgcaaatttgatacatactacaatccttacatccttcttacatacttatagccaaatacttagtaatgactcagcctat 113  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||  || |||  |   ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||    
T  39953783 caataacaatgtttactatgctgcaaattttttatatatca---tccatacatccttcttacatacttatagccaaatacttagtaataactcagtctat 39953879  T
Q  114 gctttgctgatgtcatatgacataaacctacttaacttg----------------tgcag-ataatcttactaacaaaacaagttaaaataattacacac 196  Q
    | || ||||||||||||||||||||||||||||||||||                ||||| ||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39953880 gtttagctgatgtcatatgacataaacctacttaacttgcagataaccttacttgtgcagcatagttttactaacaaaacaagttaaaataattacacac 39953979  T
Q  197 ataagcaataaagtaacataaacaataaagtattcagaaaagttttataggtcaattagtcaacac 262  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39953980 ataagcaataaagtaacataaacaataaagtataaagaaaagttttataggtcaattagtcaacac 39954045  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 487; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 487; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 14 - 635
Target Start/End: Original strand, 196239 - 196865
Alignment:
Q  14 caataacaatgtttactatgctgcaaatttgatacatactacaatccttacatccttcttacatacttatagccaaatacttagtaatgactcagcctat 113  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |   ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  196239 caataacaatgtttactatgctgcaaatttgatacatacca---tccatacatccttcttacatacttatagccaaatacttagtaatgactcagcctat 196335  T
Q  114 gctttgctgatgtcatatgacataaacctacttaacttgtgcagataatcttact-------------------aacaaaacaagttaaaataattacac 194  Q
    |||| |||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||| ||||||                   |||||||||||||||||| |||||||    
T  196336 gcttagctgatgtcatatgacgtaaacctacttaactcgtgcagataaccttacttgtgcagcatagttttactaacaaaacaagttaaaatgattacac 196435  T
Q  195 acataagcaataaagtaacataaacaataaagtattcagaaaagttttataggtcaattagtcaacactcctccttaaaacttttttgaaatactcccag 294  Q
    |||||| ||||||||||||||||           ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  196436 acataaacaataaagtaacataa-----------ttcagaaaagttttataggtcaattagtcaacactcctccttaaaacttttttgaaatactcctag 196524  T
Q  295 cttgcttcttagctccatgaacttggcactaggaagtgcttttgttaaaatgtctgccaattgttcttcagaactgcagtgctgcagttttacatctcca 394  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  196525 cttgcttcttagctccatgaacttggcactaggaagtgcttttgttaaaatgtctgccaattgttcttcagaactgcagtgctgcagttttacatctcca 196624  T
Q  395 ttttgttcagcttctcttatagcatgaaatttgacattgatatgctttgttcttccatgttgaattggatttttggcaattgctatagctgatttgttgt 494  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  196625 ttttgttcagcttctcttatagcatgaaatttgacattgatatgctttgttcttccatgttgaattggatttttggcaattgctatagctgatttgttgt 196724  T
Q  495 cacaccatagcacaattgattcctcttgtacatgattcagatcactcaatacctttttgatccaaatagcttgatttgatgcagctgcagcagcaatata 594  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  196725 cacaccatagcacaattggttcctcttgtacatgattcagatcactcaatacctttttgatccaaatagcttgatttgatgcagctgcagcagcaatata 196824  T
Q  595 ctcagcttcagctgaggattgagcaaccacatcttgttttt 635  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  196825 ctcagcttcagctgaggattgagcaaccacatcttgttttt 196865  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 123; E-Value: 7e-63
Query Start/End: Original strand, 14 - 263
Target Start/End: Original strand, 200618 - 200872
Alignment:
Q  14 caataacaatgtttactatgctgcaaatttgatacatactacaatccttacatccttcttacatacttatagccaaatacttagtaatgactcagcctat 113  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |   ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  200618 caataacaatgtttactatgctgcaaatttgatacatacca---tccatacatccttcttacatacttatagccaaatacttagtaatgactcagcctat 200714  T
Q  114 gctttgctgatgtcatatgacataaacctacttaacttgtgcagataa-------------------tcttactaacaaaacaagttaaaataattacac 194  Q
    |||| |||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||                   | ||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  200715 gcttagctgatgtcatatgaggtaaacctacttaacttgtgcagataaccttacttgtgcagcatagttttactaacaaaacaagttaaaatgattacac 200814  T
Q  195 acataagcaataaagtaacataaacaataaagtattcagaaaagttttataggtcaattagtcaacact 263  Q
    |||||| |||||||||||||||           ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  200815 acataaacaataaagtaacata-----------attcagaaaagttttataggtcaattagtcaacact 200872  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 155; Significance: 6e-82; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 155; E-Value: 6e-82
Query Start/End: Original strand, 14 - 261
Target Start/End: Complemental strand, 1330832 - 1330569
Alignment:
Q  14 caataacaatgtttactatgctgcaaatttgatacatactacaatccttacatccttcttacatacttatagccaaatacttagtaatgactcagcctat 113  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |   |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||| |||||    
T  1330832 caataacaatgtttactatgctgcaaatttgatacatacca---tccttacatccttcttacatacttatagtcaaatacttactaatgactcaacctat 1330736  T
Q  114 gctttgctgatgtcatatgacataaacctacttaacttgtgcagataa-------------------tcttactaacaaaacaagttaaaataattacac 194  Q
     |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||                   | ||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  1330735 actttgctgatgtcatatgacataaacctacttaacttgtgcagataacattacttgtgcagtatagttttactaacaaaacaagttaaaatgattacac 1330636  T
Q  195 acataagcaataaagtaacataaacaataaagtattcagaaaagttttataggtcaattagtcaaca 261  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  1330635 acataagcaatagagtaacataaacaataaagtattcagacaagttttataggtcaattagtcaaca 1330569  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold1453 (Bit Score: 74; Significance: 1e-33; HSPs: 1)
Name: scaffold1453
Description:

Target: scaffold1453; HSP #1
Raw Score: 74; E-Value: 1e-33
Query Start/End: Original strand, 14 - 109
Target Start/End: Complemental strand, 93 - 1
Alignment:
Q  14 caataacaatgtttactatgctgcaaatttgatacatactacaatccttacatccttcttacatacttatagccaaatacttagtaatgactcagc 109  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |   ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  93 caataacaatgtttactatgctgcaaatttgatacatacca---tccatacatccttcttacatacttatagccaaatacttagtaatgactcagc 1  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University