View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF8995_low_9 (Length: 683)

Name: NF8995_low_9
Description: NF8995
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF8995_low_9
NF8995_low_9
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (1-666)||(10294191-10294855)
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (22-651)||(43798437-43799078)


Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 630; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 630; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 666
Target Start/End: Original strand, 10294191 - 10294855
Alignment:
Q  1 cctaaagtcaaacaatctgactgtctctataaaggtctaccttgtaaataattgttgtgggttaaaggcggatatctagtagcaattgtagaaatggggg 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10294191 cctaaagtcaaacaatctgactgtctctataaaggtctaccttgtaaagaattgttgtgggttaaaggcggatatctagtagcaattgtagaaatggggg 10294290  T
Q  101 atggtgttgtcctgaaattggaagatggaaggctatgctttacagactctattctgaacatggcaccaatattggatgtggcgcatgaagaggagcatgg 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10294291 atggtgttgtcctgaaattggaagatggaaggctatgctttacagactctattctgaacatggcaccaatattggatgtggcgcatgaagaggagcatgg 10294390  T
Q  201 ccaaatgtttgcttgctgtggtgtggcacctgaggggtcattaaggattattcaaagtggtattggtgtggaaaagccatgcagggttggttatatatat 300  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  10294391 ccaaatgtttgcttgctgtggtgtggcacctgaggggtcattaaggattattcaaagtggtattagtgtggaaaagcaatgcagggttggttatatatat 10294490  T
Q  301 gaagaggtagtcagtacttgggctgtcctgatgaaagttactgattcttatcattcttttactgttctatcatttgtttcggagaccagagtattttcgg 400  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  10294491 gaagaggtagtcagtacttgggctgtcctgatgaaagttactgattcttatcattcttttattgttctatcatttgtttcggagaccagagtatttccgg 10294590  T
Q  401 ttagtttaagttttaaagatgtgactgcttcggttggtttccaacctaatgtctgtactttggcatgtggccttgtaatggatagtttgcttgttcaaat 500  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  10294591 ttagtttaagttttaaagatgtgactgcttcggttggtttccaacctaatgtctgtactttggcatgtggccttgtaatggatagtttgcttgttcagat 10294690  T
Q  501 ctaccaaaattatgttaaactttgtttgcctactaattctgctcatcatgaaggcacccctttgtcctctcccaattgcacattttggcatccacgcaat 600  Q
    ||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10294691 cta-caaaattctgttaaactttgtttgcctactaattctgctcatcatgaaggcacccctttgtcctctcccaattgcacattttggcatccacgcaat 10294789  T
Q  601 atgaatatcagtttgggggcagttgggcataatttcatagttgtgtcaaccactaacccgtgctct 666  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10294790 atgaatatcagtttgggggcagttgggcataatttcatagttgtgtcaaccactaacccgtgctct 10294855  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 169; Significance: 3e-90; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 169; E-Value: 3e-90
Query Start/End: Original strand, 22 - 651
Target Start/End: Complemental strand, 43799078 - 43798437
Alignment:
Q  22 tgtctctataaaggtctaccttgtaaataattgttgtgggttaaaggcggatatctagtagcaattgtagaaatgggggatggtgttgtcctgaaattgg 121  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| || | ||||||||||| |  |||||||||| | |||||||||||||||||||  | || ||||||||||||     
T  43799078 tgtctctataaaggtctaccttgtaaagaacttttgtgggttaaggagggatatctagcatcaattgtagaaatgggggacagcgtggtcctgaaattga 43798979  T
Q  122 aagatggaaggctatgctttacagactctattctgaacatggcaccaatattggatgtggcg------------catgaagaggagcatggccaaatgtt 209  Q
    ||||||||||||||||||||||| |   |||||  ||||| |||||||| || |||||| |             ||||| ||| |||||| |||||||||    
T  43798978 aagatggaaggctatgctttacaaatcttattcaaaacattgcaccaatctttgatgtgacatctggggattatcatgatgagaagcatgaccaaatgtt 43798879  T
Q  210 tgcttgctgtggtgtggcacctgaggggtcattaaggattattcaaagtggtattggtgtggaaaagccatgcagggttggttatatatatgaagaggta 309  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||   ||| ||||||| |   ||      || ||  ||||||| ||||    
T  43798878 tgcttgctgtggtgtgacacctgaggggtcattaagggttattcaaagtggtatcaatgtagaaaagctacttagaaccccttctacttatgaaggggta 43798779  T
Q  310 gtcagtacttgggctgtcctgatgaaagttactgattcttatcattcttttactgttctatcatttgtttcggagaccagagtattttcggttagtttaa 409  Q
    |   |||||||| | || |  |||||| || | |||   ||||||||||||   |||||||||||| ||  |||||| ||| |||| || ||| | ||||    
T  43798778 gctggtacttggaccgttcgaatgaaaatttcagatcaatatcattcttttctagttctatcatttcttggggagactagaatattgtcagttggcttaa 43798679  T
Q  410 gttttaaagatgtgactgcttcggttggtttccaacctaatgtctgtactttggcatgtggccttgtaatggatagtttgcttgttcaaatctaccaaaa 509  Q
    ||||||  || ||||||| ||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |  ||| ||||||||||||| ||||| |||      
T  43798678 gttttactgacgtgactgattctgttggtttccaacctaatgtatgtactttggcatgtggccttgtgagtgatggtttgcttgttcagatctatcaatc 43798579  T
Q  510 ttatgttaaactttgtttgcctactaattctgctcatcatgaaggcacccctttgtcctctcccaattgcacattttggcatccacgcaatatgaatatc 609  Q
    |  |||||| |||||||||||||||||   || ||||  |||||||| ||||||||||||||| | |||||||| |||| | |||  |||| |||||||     
T  43798578 tgctgttaagctttgtttgcctactaaggatggtcattctgaaggcatccctttgtcctctcctatttgcacatcttggtacccagacaatctgaatatt 43798479  T
Q  610 agtttgggggcagttgggcataatttcatagttgtgtcaacc 651  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  43798478 agtctgggggcagttgggcataatttcatcgttgtgtcaacc 43798437  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University