View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF8999_low_3 (Length: 585)

Name: NF8999_low_3
Description: NF8999
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF8999_low_3
NF8999_low_3
[»] chr5 (17 HSPs)
chr5 (18-570)||(31225382-31225933)
chr5 (18-430)||(31177782-31178197)
chr5 (18-425)||(31187845-31188246)
chr5 (18-389)||(41328724-41329095)
chr5 (18-343)||(41337510-41337835)
chr5 (18-386)||(41316686-41317054)
chr5 (18-389)||(41332657-41333028)
chr5 (18-386)||(41324750-41325118)
chr5 (18-306)||(41310967-41311259)
chr5 (447-575)||(31188312-31188436)
chr5 (36-343)||(41286896-41287202)
chr5 (36-325)||(41366900-41367189)
chr5 (175-377)||(41431910-41432112)
chr5 (18-141)||(41305243-41305366)
chr5 (330-414)||(41310880-41310967)
chr5 (230-326)||(14235866-14235962)
chr5 (515-567)||(31178328-31178380)
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (20-370)||(17248664-17249014)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 473; Significance: 0; HSPs: 17)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 473; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 570
Target Start/End: Complemental strand, 31225933 - 31225382
Alignment:
Q  18 taaaactctcagctgcagcccaatacctttcatctcttccaatcgcccaaacattgatagcaacccttgttttcgctgggatctcatacccgttgatttg 117  Q
    |||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||| |||||||| |||||||| ||||||||    
T  31225933 taaaactctcagcttctgcccaatacctttcatctcttccaattgcccaaacattgatagcaactcttgttttagctgggatttcatacccattgatttg 31225834  T
Q  118 gcatctctctctactttctcttggaaccaacaaaggtgcagatggatgtagcctcaatgtttctctaattatagactttaagtatatcaattggtgcaac 217  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  31225833 gcatctctctctactttctcttggaaccaacaaaggtgcagatggatgtaatctcaatgtttctctaattatagactttaagtatattaattggtgcaac 31225734  T
Q  218 tctgtttcatcgacatgcccctttttatcaaacatttttcttacttcagcttgtgcttccttcattatctttgggttctttaccatctcagatatccccc 317  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31225733 tctgtttcatcgacatgtccctttttatcaaacatgtttcttacttcagcttgtgcttcctccattatctttgggttctttaccatctcagatatccccc 31225634  T
Q  318 ataacacaactcctgatgatgtttcggtaccagcggcaaacatatcctacaaatggattagcatcaacattatttatataaaccaacctgcattttcaat 417  Q
    |||||||||| |||||||| |||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31225633 ataacacaacccctgatgacgtttcgctaccagcagcaaacatatcctacaaatggattagcatcaacattatttatataaaccaacctgcattttcaat 31225534  T
Q  418 tatacaacgacaaaaaataatttactgatttatttttctctctcatggaaatgttacttctaaacaaatttaaatttataaacgtgtaaacatgtttgtt 517  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31225533 tatacaacgacaaaaaataatttactgatttatttttttctctcatggaaatgttacttctaaacaaatttaaatttataaacgtgtaaacatgtttgtt 31225434  T
Q  518 tggttgtagacaaaccagaatgattgctttcatattgttatcagttaatggat 570  Q
    ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31225433 tgg-tgtagacaaaccagaatgattgctttcatattgttatcagttaatggat 31225382  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 286; E-Value: 1e-160
Query Start/End: Original strand, 18 - 430
Target Start/End: Original strand, 31177782 - 31178197
Alignment:
Q  18 taaaactctcagctgcagcccaatacctttcatctcttccaatcgcccaaacattgatagcaacccttgttttcgctgggatctcatacccgttgatttg 117  Q
    |||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||| |||||||| |||||||| ||||||||    
T  31177782 taaaactctcagcttctgcccaatacctttcatctcttccaattgcccaaacattgatagcaactcttgttttagctgggatttcatacccattgatttg 31177881  T
Q  118 gcatctctctctactttctcttggaaccaacaaaggtgcagatggatgtagcctcaatgtttctctaattatagactttaagtatatcaattggtgcaac 217  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||  ||| ||||| | ||| ||||||||| | ||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  31177882 gcatctctctctactttctcttggaatcaacaaaggtaaagaaggatgcaaccttaatgtttctttgattatagactttaagtatatcaaatggtgcaac 31177981  T
Q  218 tctgtttcatcgacatgcccctttttatcaaacatttttcttacttcagcttgtgcttccttcattatctttgggttctttaccatctcagatatccccc 317  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  31177982 tctgtttcatcgacatgcccctttttatcaaacacttttcttacttcagcttgtgcttccttcattatctttgggttctttatcatctcagatatccccc 31178081  T
Q  318 ataacacaactcctgatgatgtttcggtaccagcggcaaacatatcctacaaatggattagcatcaacattat---ttatataaaccaacctgcattttc 414  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| |  |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    ||||||||||||| ||||||||     
T  31178082 ataacacaactcctgatgatgtttcggtaccaccaacaaacatatcctacaaatggattagcattaacattatctagtatataaaccaacatgcattttt 31178181  T
Q  415 aattatacaacgacaa 430  Q
    |  |||||||| ||||    
T  31178182 atctatacaacaacaa 31178197  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 285; E-Value: 1e-159
Query Start/End: Original strand, 18 - 425
Target Start/End: Original strand, 31187845 - 31188246
Alignment:
Q  18 taaaactctcagctgcagcccaatacctttcatctcttccaatcgcccaaacattgatagcaacccttgttttcgctgggatctcatacccgttgatttg 117  Q
    |||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||| |||||||| |||||||| ||||||||    
T  31187845 taaaactctcagcttctgcccaatacctttcatctcttccaattgcccaaacattgatagcaactcttgttttagctgggatttcatacccattgatttg 31187944  T
Q  118 gcatctctctctactttctcttggaaccaacaaaggtgcagatggatgtagcctcaatgtttctctaattatagactttaagtatatcaattggtgcaac 217  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31187945 gcatctctctctactttctcttggaaccaacaaaggcacagaaggatgtagcctcaatgtttctctgattatagactttaagtatatcaattggtgcaac 31188044  T
Q  218 tctgtttcatcgacatgcccctttttatcaaacatttttcttacttcagcttgtgcttccttcattatctttgggttctttaccatctcagatatccccc 317  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31188045 tctgtttcatcgacatacccctttttatcaaacacttttcttacttcagcttgtgctttctccattatctttgggttctttaccatctcagatatccccc 31188144  T
Q  318 ataacacaactcctgatgatgtttcggtaccagcggcaaacatatcctacaaatggattagcatcaacattatttatataaaccaacctgcattttcaat 417  Q
    ||| |||| | || || |||||||| ||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||      ||||||||||||| |||||||| |    
T  31188145 atagcacagccccggacgatgtttccgtaccagcaccaaacatatcctacaaatggattagcatcaacat------tataaaccaacctacattttcatt 31188238  T
Q  418 tatacaac 425  Q
    ||||||||    
T  31188239 tatacaac 31188246  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 152; E-Value: 3e-80
Query Start/End: Original strand, 18 - 389
Target Start/End: Complemental strand, 41329095 - 41328724
Alignment:
Q  18 taaaactctcagctgcagcccaatacctttcatctcttccaatcgcccaaacattgatagcaacccttgttttcgctgggatctcatacccgttgatttg 117  Q
    |||||||||||||| || |||||||||||  |||||||||||| |||||| |||| |     |||||||| || |||||||| |||||||| ||||||||    
T  41329095 taaaactctcagcttcaacccaataccttgaatctcttccaatagcccaagcattaaccattacccttgtcttagctgggatttcatacccattgatttg 41328996  T
Q  118 gcatctctctctactttctcttggaaccaacaaaggtgcagatggatgtagcctcaatgtttctctaattatagactttaagtatatcaattggtgcaac 217  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||| ||||| ||||||   ||||| | ||||||||||||| | || |  |||||||||||||||||||||||||||    
T  41328995 gcatctctccctactttctcttggaactaacaatggtgcaacgggatgcaacctcaatgtttctttgatgacggactttaagtatatcaattggtgcaac 41328896  T
Q  218 tctgtttcatcgacatgcccctttttatcaaacatttttcttacttcagcttgtgcttccttcattatctttgggttctttaccatctcagatatccccc 317  Q
    ||||| ||||| |||| | ||||||||||||||| | | ||||||||| |||||||||| | ||||| |||||||||||| ||||||||||| ||| |||    
T  41328895 tctgtctcatccacatactcctttttatcaaacactctacttacttcatcttgtgcttcttccattacctttgggttcttcaccatctcagacatcgccc 41328796  T
Q  318 ataacacaactcctgatgatgtttcggtaccagcggcaaacatatcctacaaatggattagcatcaacatta 389  Q
    |||||| |||   ||| |||||||||||||||||    ||||| |||||||||||||||| ||| |||||||    
T  41328795 ataacagaacctgtgacgatgtttcggtaccagcaaggaacatgtcctacaaatggattaacattaacatta 41328724  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 150; E-Value: 5e-79
Query Start/End: Original strand, 18 - 343
Target Start/End: Complemental strand, 41337835 - 41337510
Alignment:
Q  18 taaaactctcagctgcagcccaatacctttcatctcttccaatcgcccaaacattgatagcaacccttgttttcgctgggatctcatacccgttgatttg 117  Q
    |||||||||||||| || |||||||| ||  |||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||| || ||||||||||||||||| |||||||     
T  41337835 taaaactctcagcttcaacccaatactttggatctcttccaattgcccaaacattgacagcaacccttgtcttagctgggatctcatacccattgatttc 41337736  T
Q  118 gcatctctctctactttctcttggaaccaacaaaggtgcagatggatgtagcctcaatgtttctctaattatagactttaagtatatcaattggtgcaac 217  Q
     |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||  ||||||||||| ||||||||| | || | | ||||||||||| |||| || ||||||    
T  41337735 acatctctctctactttctcttggaaccaacaaaggtacagtaggatgtagcctaaatgtttctttgatgacacactttaagtatgtcaactgttgcaac 41337636  T
Q  218 tctgtttcatcgacatgcccctttttatcaaacatttttcttacttcagcttgtgcttccttcattatctttgggttctttaccatctcagatatccccc 317  Q
    ||||| || || |||| ||||||||||||||||| | ||||||| ||| |||||||||| | |||||   |||||||||||| |||||| || ||| |||    
T  41337635 tctgtctcgtctacatacccctttttatcaaacactcttcttacctcaacttgtgcttcttccattactattgggttctttatcatctccgacatcgccc 41337536  T
Q  318 ataacacaactcctgatgatgtttcg 343  Q
    ||| ||||| |||||| |||||||||    
T  41337535 atagcacaattcctgacgatgtttcg 41337510  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 145; E-Value: 5e-76
Query Start/End: Original strand, 18 - 386
Target Start/End: Complemental strand, 41317054 - 41316686
Alignment:
Q  18 taaaactctcagctgcagcccaatacctttcatctcttccaatcgcccaaacattgatagcaacccttgttttcgctgggatctcatacccgttgatttg 117  Q
    |||||||||||||| || |||||||||||  |||||||||||| |||||| |||||| |||||||||||| || ||||| |||||||| || ||||||||    
T  41317054 taaaactctcagcttcaacccaataccttggatctcttccaatagcccaagcattgacagcaacccttgtcttggctggaatctcataaccattgatttg 41316955  T
Q  118 gcatctctctctactttctcttggaaccaacaaaggtgcagatggatgtagcctcaatgtttctctaattatagactttaagtatatcaattggtgcaac 217  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||| ||||| || |||   ||||  | ||||||||||||| | || | ||||||||||||||||||||||| ||||    
T  41316954 gcatctctccctactttctcttggaactaacaatggagcaacaggatacaacctcaatgtttctttgatgacagactttaagtatatcaattggtacaac 41316855  T
Q  218 tctgtttcatcgacatgcccctttttatcaaacatttttcttacttcagcttgtgcttccttcattatctttgggttctttaccatctcagatatccccc 317  Q
    ||||| ||||| ||||  |||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||  | |||||  |||| ||| ||||||||| |||| ||| |||    
T  41316854 tctgtctcatccacatatccctttttatcaaacactcttcttacttcagcttgtgcttgttccattacatttgagttttttaccatcgcagacatcgccc 41316755  T
Q  318 ataacacaactcctgatgatgtttcggtaccagcggcaaacatatcctacaaatggattagcatcaaca 386  Q
    | | |||| |  |||| |||||||| ||||||||  ||||||| |||| ||||||||||| ||| ||||    
T  41316754 aaatcacagcctctgacgatgtttcagtaccagcaccaaacatgtcctgcaaatggattaacattaaca 41316686  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 132; E-Value: 3e-68
Query Start/End: Original strand, 18 - 389
Target Start/End: Complemental strand, 41333028 - 41332657
Alignment:
Q  18 taaaactctcagctgcagcccaatacctttcatctcttccaatcgcccaaacattgatagcaacccttgttttcgctgggatctcatacccgttgatttg 117  Q
    |||||||||||||| || |||||||||||  |||||||||||| |||||| |||| |     |||||||| || |||||||| |||||||| || |||||    
T  41333028 taaaactctcagcttcaacccaataccttgaatctcttccaatagcccaagcattaaccattacccttgtcttagctgggatttcatacccattaatttg 41332929  T
Q  118 gcatctctctctactttctcttggaaccaacaaaggtgcagatggatgtagcctcaatgtttctctaattatagactttaagtatatcaattggtgcaac 217  Q
    ||||  ||   |||||||||||||||  ||||| ||||||   ||||||| ||||||||||||| | |  | ||||||||||||||||||||||||||||    
T  41332928 gcatggcttcatactttctcttggaattaacaatggtgcaacgggatgtaacctcaatgtttctttgacgacagactttaagtatatcaattggtgcaac 41332829  T
Q  218 tctgtttcatcgacatgcccctttttatcaaacatttttcttacttcagcttgtgcttccttcattatctttgggttctttaccatctcagatatccccc 317  Q
    ||||  ||||| |||| ||||||||||||||||| | |||||||||||   |||||||| | || || |||||||||||||||||||||||| ||| |||    
T  41332828 tctgactcatccacatacccctttttatcaaacactcttcttacttcaatctgtgcttcttccaatacctttgggttctttaccatctcagacatcgccc 41332729  T
Q  318 ataacacaactcctgatgatgtttcggtaccagcggcaaacatatcctacaaatggattagcatcaacatta 389  Q
    ||||||  ||  |||| |||||||||||||||||    |||||||||||||||||||||| ||| |||||||    
T  41332728 ataacaatacctctgacgatgtttcggtaccagcaatgaacatatcctacaaatggattaacattaacatta 41332657  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 125; E-Value: 4e-64
Query Start/End: Original strand, 18 - 386
Target Start/End: Complemental strand, 41325118 - 41324750
Alignment:
Q  18 taaaactctcagctgcagcccaatacctttcatctcttccaatcgcccaaacattgatagcaacccttgttttcgctgggatctcatacccgttgatttg 117  Q
    ||||||| |||||  || |||||||||||  |||||||||||| |||||| |||| |     |||||||| || |||||||| |||||||| ||||||||    
T  41325118 taaaactttcagcatcaacccaataccttggatctcttccaatagcccaagcattaaccatgacccttgtcttagctgggatttcatacccattgatttg 41325019  T
Q  118 gcatctctctctactttctcttggaaccaacaaaggtgcagatggatgtagcctcaatgtttctctaattatagactttaagtatatcaattggtgcaac 217  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||  ||||| ||| | | |||||||||||||| ||||||  | || | ||| ||||||||||||||||||||||||    
T  41325018 gcatctctccctactttctcttggaagtaacaacggtacggttggatgtagcctcattgtttccttgatcacagattttaagtatatcaattggtgcaac 41324919  T
Q  218 tctgtttcatcgacatgcccctttttatcaaacatttttcttacttcagcttgtgcttccttcattatctttgggttctttaccatctcagatatccccc 317  Q
    ||||| ||||| |||  ||||||  ||||||| | | ||||||| |||||||||||||| | ||| | |||||| ||||||||||||||||||||| |||    
T  41324918 tctgtctcatccacaaaccccttcctatcaaaaactcttcttacctcagcttgtgcttcttccatcacctttggattctttaccatctcagatatcgccc 41324819  T
Q  318 ataacacaactcctgatgatgtttcggtaccagcggcaaacatatcctacaaatggattagcatcaaca 386  Q
    ||||||||     ||| |||||||||||||||||  | || || |||||||||||||||| ||| ||||    
T  41324818 ataacacagtcgttgacgatgtttcggtaccagcatcgaatatgtcctacaaatggattaacattaaca 41324750  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 92; E-Value: 2e-44
Query Start/End: Original strand, 18 - 306
Target Start/End: Complemental strand, 41311259 - 41310967
Alignment:
Q  18 taaaactctcagctgcagcccaatacctttcatctcttccaatcgcccaaacattgatagcaacccttgttttcgctgggatctcatacccgttgatttg 117  Q
    |||| ||||||||| || |||||||||||  |||||||||||| |||||| || | ||| | || ||||| ||   ||||||||||| ||  || |||||    
T  41311259 taaatctctcagcttcaacccaataccttggatctcttccaatagcccaagcaataataacgactcttgtcttaattgggatctcatgcctattaatttg 41311160  T
Q  118 gcatctctctctactttctcttggaaccaacaaaggtgcagatggatgtagcctcaatgtttctctaattatagactttaagtatatcaattggtgcaac 217  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||| ||||| ||||||  |||||| | ||||| ||||||| | || | | ||||||||||||||||  ||||||||    
T  41311159 gcatctctccctactttctcttggaactaacaatggtgcaactggatgcaacctcagtgtttctttgatgacaaactttaagtatatcaacaggtgcaac 41311060  T
Q  218 tctgtttcatcgac----atgcccctttttatcaaacatttttcttacttcagcttgtgcttccttcattatctttgggttctttaccatctc 306  Q
    ||  | ||||| ||    || ||||||||||||||||| | ||||||||||| |||||||||| | ||||| |||||||||||||||||||||    
T  41311059 tccatctcatccacatatatacccctttttatcaaacactcttcttacttcaacttgtgcttcttccattacctttgggttctttaccatctc 41310967  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #10
Raw Score: 88; E-Value: 5e-42
Query Start/End: Original strand, 447 - 575
Target Start/End: Original strand, 31188312 - 31188436
Alignment:
Q  447 ttatttttctctctcatggaaatgttacttctaaacaaatttaaatttataaacgtgtaaacatgtttgtttggttgtagacaaaccagaatgattgctt 546  Q
    |||||||| ||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    ||||||||||| |||||||||||||||||    
T  31188312 ttatttttttcattcatggaaatgttacttctaaacaaatttaaatttataaatgtgtaaacatgtt----tggttgtagacgaaccagaatgattgctt 31188407  T
Q  547 tcatattgttatcagttaatggatgatgt 575  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||    
T  31188408 tcatattgttatcagttaatggattatgt 31188436  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #11
Raw Score: 88; E-Value: 5e-42
Query Start/End: Original strand, 36 - 343
Target Start/End: Complemental strand, 41287202 - 41286896
Alignment:
Q  36 cccaatacctttcatctcttccaatcgcccaaacattgatagcaacccttgttttcgctgggatctcatacccgttgatttggcatctctctctactttc 135  Q
    ||||||| |||  |||||||||||| |||||| |||||| |  |||||| || || || ||||| ||||| || || |||||||||  ||   |||||||    
T  41287202 cccaatatcttggatctcttccaattgcccaagcattgacaagaaccctagtcttggccgggatatcatatccattaatttggcatggcttcatactttc 41287103  T
Q  136 tcttggaaccaacaaaggtgcagatggatgtagcctcaatgtttctctaattatagactttaagtatatcaattggtgcaactctgtttcatcgacatgc 235  Q
    |||||||| |||||| |||  ||  ||||| | ||||| ||||||| | || | |||||| |||||||||||||||||||||||||| ||| | |||| |    
T  41287102 tcttggaatcaacaatggtatagcaggatgcaacctcattgtttctttgataacagacttcaagtatatcaattggtgcaactctgtctcaaccacatac 41287003  T
Q  236 ccctttttatcaaacatttttcttacttcagcttgtgcttccttcattatctttgggttctttaccatctcagatatcccccataacacaactcctgatg 335  Q
    |||||| ||||||||| | ||||||| |||||||||||||  | ||| | |||||| ||||||||||||||||| ||||| ||||||||| | ||||| |    
T  41287002 ccctttctatcaaacactcttcttacctcagcttgtgctt-ttccatcacctttggattctttaccatctcagacatccctcataacacagcccctgacg 41286904  T
Q  336 atgtttcg 343  Q
    ||||||||    
T  41286903 atgtttcg 41286896  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #12
Raw Score: 66; E-Value: 7e-29
Query Start/End: Original strand, 36 - 325
Target Start/End: Complemental strand, 41367189 - 41366900
Alignment:
Q  36 cccaatacctttcatctcttccaatcgcccaaacattgatagcaacccttgttttcgctgggatctcatacccgttgatttggcatctctctctactttc 135  Q
    ||||||||||   |||||||||||| |||||| |||| | |   |||||||| || |||||||| ||||| |  || |||||||||  ||   |||||||    
T  41367189 cccaatacctcggatctcttccaatagcccaagcattaacaatgacccttgtcttagctgggatatcatatctatttatttggcatggcttcgtactttc 41367090  T
Q  136 tcttggaaccaacaaaggtgcagatggatgtagcctcaatgtttctctaattatagactttaagtatatcaattggtgcaactctgtttcatcgacatgc 235  Q
    |||||||| ||| || |||  ||| ||||| | ||||| ||||||| | || |  || ||||||||||||||||||||||||||||| ||||  ||||      
T  41367089 tcttggaatcaataatggtatagaaggatgcaacctcattgtttctttgatgacggattttaagtatatcaattggtgcaactctgtctcattcacatat 41366990  T
Q  236 ccctttttatcaaacatttttcttacttcagcttgtgcttccttcattatctttgggttctttaccatctcagatatcccccataacaca 325  Q
    |||||||||||||||| | ||||||| ||| |||||||| | | ||||| | | || ||||||||||||||||| |||  ||||||||||    
T  41366989 ccctttttatcaaacactcttcttacctcaacttgtgctgcttccattaccatcggattctttaccatctcagacatcgtccataacaca 41366900  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #13
Raw Score: 55; E-Value: 3e-22
Query Start/End: Original strand, 175 - 377
Target Start/End: Complemental strand, 41432112 - 41431910
Alignment:
Q  175 tgtttctctaattatagactttaagtatatcaattggtgcaactctgtttcatcgacatgcccctttttatcaaacatttttcttacttcagcttgtgct 274  Q
    ||||||| | || |||||||| ||||||||||||| ||||||||| || ||||| |||| ||| ||  ||||||||| | ||||||| ||||||||||||    
T  41432112 tgtttctttgatgatagacttcaagtatatcaattagtgcaactcagtctcatccacataccctttcatatcaaacactcttcttacctcagcttgtgct 41432013  T
Q  275 tccttcattatctttgggttctttaccatctcagatatcccccataacacaactcctgatgatgtttcggtaccagcggcaaacatatcctacaaatgga 374  Q
    || | ||| |  || ||||||||  |||||||||| ||| ||||||| |||||  |||| || ||||| |||||||| | |||||  ||||||| ||| |    
T  41432012 tcttccatcacattcgggttcttcgccatctcagacatcgcccataagacaaccactgacgaagtttcagtaccagcagaaaacaagtcctacatatgaa 41431913  T
Q  375 tta 377  Q
    |||    
T  41431912 tta 41431910  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #14
Raw Score: 52; E-Value: 2e-20
Query Start/End: Original strand, 18 - 141
Target Start/End: Complemental strand, 41305366 - 41305243
Alignment:
Q  18 taaaactctcagctgcagcccaatacctttcatctcttccaatcgcccaaacattgatagcaacccttgttttcgctgggatctcatacccgttgatttg 117  Q
    |||||||||||||| || |||||||| ||  ||||||||||||||||||| |||||| |  |||||| || || ||||| || |||||| | ||||||||    
T  41305366 taaaactctcagcttcaacccaatactttggatctcttccaatcgcccaagcattgacaataaccctagtcttagctggaatatcatactcattgatttg 41305267  T
Q  118 gcatctctctctactttctcttgg 141  Q
    ||| ||||| ||||||||||||||    
T  41305266 gcaactctccctactttctcttgg 41305243  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #15
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000009
Query Start/End: Original strand, 330 - 414
Target Start/End: Complemental strand, 41310967 - 41310880
Alignment:
Q  330 ctgatgatgtttcggtaccagcggcaaacatatcctacaaatggattagcatcaacattattta---tataaaccaacctgcattttc 414  Q
    |||| ||||||||||||||||| |  ||||| |||||||||||||||| ||| |||||||| ||   | ||||||||| |||||||||    
T  41310967 ctgacgatgtttcggtaccagcagtgaacatgtcctacaaatggattaacattaacattatctactctctaaaccaacatgcattttc 41310880  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #16
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000003
Query Start/End: Original strand, 230 - 326
Target Start/End: Complemental strand, 14235962 - 14235866
Alignment:
Q  230 acatgcccctttttatcaaacatttttcttacttcagcttgtgcttccttcattatctttgggttctttaccatctcagatatcccccataacacaa 326  Q
    |||| ||||||| ||||||||    ||||||| |||||||||||||| | ||| | | | ||||||||||| |||||||| |||||| |||||||||    
T  14235962 acatacccctttctatcaaactcccttcttacctcagcttgtgcttcttccatcaccctagggttctttacaatctcagacatccccaataacacaa 14235866  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #17
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000003
Query Start/End: Original strand, 515 - 567
Target Start/End: Original strand, 31178328 - 31178380
Alignment:
Q  515 gtttggttgtagacaaaccagaatgattgctttcatattgttatcagttaatg 567  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||| ||||||| ||| ||| |||||||    
T  31178328 gtttggttgtagactaaccagaatgattgatttcatactgtcatctgttaatg 31178380  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 111; Significance: 1e-55; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 111; E-Value: 1e-55
Query Start/End: Original strand, 20 - 370
Target Start/End: Original strand, 17248664 - 17249014
Alignment:
Q  20 aaactctcagctgcagcccaatacctttcatctcttccaatcgcccaaacattgatagcaacccttgttttcgctgggatctcatacccgttgatttggc 119  Q
    |||||||||||| || |||||||||||| |||||||||||| ||||||||||| | |||||||||||| || ||||| || ||||||||||||||| | |    
T  17248664 aaactctcagcttcaacccaatacctttgatctcttccaattgcccaaacattaacagcaacccttgtcttagctggaatatcatacccgttgattcgac 17248763  T
Q  120 atctctctctactttctcttggaaccaacaaaggtgcagatggatgtagcctcaatgtttctctaattatagactttaagtatatcaattggtgcaactc 219  Q
    || | || ||||||| ||| |||| |||||| ||| ||   ||||| ||||||| ||||||| | || | ||| ||||||||||| ||||| | ||||||    
T  17248764 atttttccctactttgtctaggaatcaacaatggtacaataggatgcagcctcagtgtttctttgatgacagaatttaagtatattaattgatccaactc 17248863  T
Q  220 tgtttcatcgacatgcccctttttatcaaacatttttcttacttcagcttgtgcttccttcattatctttgggttctttaccatctcagatatcccccat 319  Q
     |||||||| |||| ||||||| ||||||| |   ||||||| |||||||||||| | | ||| | ||||||||| ||||  |||||||| || ||||||    
T  17248864 cgtttcatctacatacccctttctatcaaaaacacttcttacctcagcttgtgctgcttccatcacctttgggttttttattatctcagacattccccat 17248963  T
Q  320 aacacaactcctgatgatgtttcggtaccagcggcaaacatatcctacaaa 370  Q
    |||||||  || || ||||||||| ||||||| |||||||| |||| ||||    
T  17248964 aacacaatcccagacgatgtttcgctaccagcagcaaacatgtcctgcaaa 17249014  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University