View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF9000_low_2 (Length: 1166)

Name: NF9000_low_2
Description: NF9000
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF9000_low_2
NF9000_low_2
[»] chr5 (1 HSPs)
chr5 (1-1153)||(606863-608025)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 970; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 970; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 1153
Target Start/End: Original strand, 606863 - 608025
Alignment:
Q  1 aattccatgcatgattgatgaattgaattcctgttatacgcggccggtaaaagtcggtaacaaaggaataggttacaggtacatatgaggtaggatggat 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||  ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  606863 aattccatgcatgattgatgaattgaattcatgttatacacggccggtaa--gtcggtaacaaaggaatagattacaggtacatatgaggtaggatggat 606960  T
Q  101 gagttgtcaacggaattatgatggaagtatgctatttctacccactttaacaagatgagcactactcacatcacatatctctttcgcaaatcatatatat 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  606961 gagttgtcaacggaattatgatggaagtatgctatttctacccactttaacaagatgagcactactcacatcacatatctctttcgcaaatcatatatat 607060  T
Q  201 cctcacaaagtcacaagtggatcaaatacac--aataaagacacgacgattcaatttttgattttgtttcagagttatggatatgttggtcccccaaatt 298  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  607061 cctcacaaagtcacaagtggatcaaatacacacaataaagacacgacgattcaatttttgattttgtttcagagttatggatatgttggtcccccaaatt 607160  T
Q  299 ggtacgacagacatatgtggatactcaatttagtacagttctaagttgcttcaggttatctcaaaaaggttaaaatctaggtagtagagcaaacatatat 398  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  607161 ggtacgacagacataagtggatactcaatttagtacagttctaagttgcttcaggttatctcaaaaaggttaaaatctaggtagtagagcaaacatatat 607260  T
Q  399 acatgttacgccaatgcactttttgagatgaggaaaaacggattcgattgcagtactcgtacagattgtagaaatgaaattatatgaaccaaagttttga 498  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  607261 acatgttacgccaatgcactttttgagatgaggaaaaacggattcgattgcagtactcgtacagattgtagaattgaaattatatgaaccaaagttttga 607360  T
Q  499 aattagtgacccattttttcccttgtttggtgtgagacttgctttcggtcccgtatcccttttcctttctgaatgataaggattaacaaaaaggatgtag 598  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  607361 aattagtgacccattttttcccttgtttggtgtgagacttgctttcggtcacgtatcccttttcctttatgaatgataagggttaacaaaaaggatgtag 607460  T
Q  599 atttcattaaggatataagaatgaatatatggaaattttatcatacaaaatatgacatgataacaaaaatcatagatacaacatatgacatgataacnnn 698  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||       
T  607461 atttcattaaggatataagaatgaatagatggaaattttatcatacaaaatatgacatgataacaaaaatcatagatacaacatatgacatgataac-ga 607559  T
Q  699 nnnnncaccaaccatgcatattgggaaaatgcgcaaccagcacc-----accaggtctgaatacaacccgaagcagcaagatgtttgttgttgtcttcct 793  Q
         |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     ||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  607560 aaaaacaccaaccatgcatattgggaaaatgcgcaaccagcaccaccagaccaggtctgagtacaacctgaagcagcaagatgtttgttgttgtgttcct 607659  T
Q  794 cagtatgcgaggttcatgtgctctgtgttttatgtgacgtatcttgtgtacacgttgtgtcttgtgcatcattgcactatcctctgtaacgcctcttttt 893  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  607660 cagtatgcgaggttcatgtgctctgtgtcttatgtgacgtatcttgtgtacacgttgtgtcttgtgcatcattgcactatcctctgtaacgcctcttttt 607759  T
Q  894 acgatgtcc-----atgtgacgcgaaacctatcgagatatgtatatacaagattgcttgttttatcttttgtgacattggctcgtgtgtgttgttgctcg 988  Q
    |||||||||     ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  607760 acgatgtccatattatgtgacgcgaaacctatcgagatatgtatatacaagattgcttgttctatcttttgtgacattgtctcgtgtgtgttgttgctcg 607859  T
Q  989 ttgcgtcgtcgcttttaaggcttgtaacttgttttggagnnnnnnng-ttggcatcatcatcgtctcctcatattcaacatatttgacaacgtgaaatta 1087  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||       | ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  607860 ttgcgtcgtcgcttttaaggcttgtaacttgttttggagtttttttgtttggcttcatcatcgtctcctcatattcaacatatttgacaacgtgaaatta 607959  T
Q  1088 gcgacgatctttcaccaaccaagcaatgtcattccttcacacaaaccttaaatgatgtgattgatg 1153  Q
    ||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  607960 gcgacgattcttcaccaaccaagcaatgtcattccttcacacaagccttaaatgatgtgattgatg 608025  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University