View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF9001_low_2 (Length: 777)

Name: NF9001_low_2
Description: NF9001
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF9001_low_2
NF9001_low_2
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (24-766)||(34335458-34336199)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 671; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 671; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 24 - 766
Target Start/End: Original strand, 34335458 - 34336199
Alignment:
Q  24 gggagggactatgtaaactgagaaagatggagttccctaatggaccgtttcttaagtttgagaaagatatttcagcagttttggaatttatctaccagac 123  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34335458 gggagggactatgtaaactgagaaagatggagttccctaatggaccgtttcttaagtttgagaaagatatttcagcagttttggaatttatctaccagac 34335557  T
Q  124 acaaatagagttagctgcatgtgagtaatttcattcttgaaatgttaggtatcacatgatacatgcaagttgtatcttaatccgaatcaaaatcgaactc 223  Q
     ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34335558 gcaaatagagttagctgcatgtgagtaattccattcttgaa-tgttaggtatcacatgatacatgcaagttgtatcttaatccgaatcaaaatcgaactc 34335656  T
Q  224 aacgaacacaaatgttatatgattggttttggagaaattacannnnnnnnaacttgaatttgagcaggtagtgatgatatttgtgttgcaatggatcaat 323  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34335657 aacgaacacaaatgttatatgattggttttggagaaattacattttttttaacttgaatttgagcaggtagtgatgatatttgtgttgcaatggatcaat 34335756  T
Q  324 cagaaagatcctaccaacttatgggagaatatgctgcagggaagcgtgtatacaatctagaacttggtcgtgatgcatcagtgtacattgtgttctgccc 423  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34335757 cagaaagatcctaccaacttatgggagaatatgctgcagggaagcgtgtatacgatctagaacttggtcgtgatgcatcagtgtacattgtgttctgccc 34335856  T
Q  424 tcaagggtctaatggtgccactgaagctccaagggcaaagcttccaaggcttaatgctacctcagaacatcttgtagcatatgaatacaagtaaatgcat 523  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34335857 tcaagggtctaatggtgccactgaagctccaagggcaaagcttccaaggcttaatgctacctcagaacatcttgtagcatatgaatacaagtaaatgcat 34335956  T
Q  524 gaatttattcttcacttctattagatattacaaaatgtataaaatcgtcaaggattacatgccgggaagagtcttcttgatcaagcatcgcagaatggaa 623  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  34335957 gaatttattcttcacttctattagatattacaaaatgtataaaatcgtcaaggattacatgccgggaagagtcttcttgatcaagcatcgcaaaatggaa 34336056  T
Q  624 tcctgaagtagtagccaccatatactaaacttttgtgttttgtaatgatctacnnnnnnnnttatatttatcaggaggattaaacttcataaatccaaac 723  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34336057 tcctgaagtagtagccaccatatactaaacttttgtgttttgtaatgatctacaaaaaaaattatatttatcaggaggattaaacttcataaatccaaac 34336156  T
Q  724 attttccattgattttgcagatttagaccaataaaacacaggt 766  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34336157 attttccattgattttgcagatttagaccaataaaacacaggt 34336199  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University