View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF9003_low_1 (Length: 953)

Name: NF9003_low_1
Description: NF9003
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF9003_low_1
NF9003_low_1
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (1-942)||(45176753-45177696)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 885; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 885; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 942
Target Start/End: Complemental strand, 45177696 - 45176753
Alignment:
Q  1 ttccttgagcttgtttgatcttatgtttttgtttt--gtcctctaattaagctattggtataatgcttcagataataatgtttacattgtcattggcggt 98  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| ||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  45177696 ttccttgagcttgtttgatcttatgttttttttttttgtcctctaattaagctattggtataatgcttcagataataatgtttacattgtcattgtcggt 45177597  T
Q  99 ggctcgttttaggtcctcatttgttgttctagtccaacagtgcatttgttttcatgtcgatatgttttacttttgttcccatttacagaactttaaatgc 198  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45177596 ggctcgttttaggtcctcatttgttgttctagtccaacagtgcatttgttttcatgccgatatgttttacttttgttcccatttacagaactttaaatgc 45177497  T
Q  199 aatttcactaatatttatgcccctcaatttcaggtaatttctgttattgagaaacgagcagatcaacttgactatgttcttgtggatactcccggtcaga 298  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  45177496 aatttcactaatatttatgcccctcaatttcaggtaatttctgttattgagaaacgagcagatcaactggactatgttcttgtggatactcctggtcaga 45177397  T
Q  299 ttgagatattcacatggtctgctttcggtgctatcatcacagaagcttttgcctccacatttcccactgtagttgcctatgtagttgatacacctcgtgc 398  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45177396 ttgagatattcacatggtctgcttccggtgctatcatcacagaagcttttgcctccacatttcccactgtagttgcctatgtagttgatacacctcgtgc 45177297  T
Q  399 agaaaatcctaccacttttatgagcaacatgctttatgcttgtagtatcctctataagacaaggttacctctcatcttagcattcaacaaggtcgatgta 498  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45177296 agaaaatcctaccacttttatgagcaacatgctctatgcttgtagtatcctctataagacaaggttacctctcatcttagcattcaacaaggtcgatgta 45177197  T
Q  499 gcacaacatgaatttgccttggaggtattgttgattttgatgaattttctttagcttcaattgtatgtgatgtattgttgagattagttccttgaaagct 598  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45177196 gcacaacatgagtttgccttggaggtattgttgattttgatgaattttctttagcttcaattgtatgtgatgtattgttgagattagttccttgaaagct 45177097  T
Q  599 atagaaatgataggatgtgtttcagtgtttgtcttttaactcactacaacaggcaagtttaacctgtgagatctaattgatagttttatctcggaagttg 698  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45177096 atagaaatgataggatatgtttcagtgtttgtcttttaactcactacaacaggcaagtttaacctgtgagatctaattgatagttttatctcggaagttg 45176997  T
Q  699 tttaaactacaaattattgttgccttttaagtacttaatttgaactatcaagagtgataaataaatcatgacatttgggctgtgtctgtgatgagatttg 798  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  45176996 tttaaactacaaattattgttgccttttaagtacttaatttgaactattaagagtgataaataaatcatgacatttgggctgtgtctgtgatgaggtttg 45176897  T
Q  799 gcctcacactaaaagattaatcaaacaccttgaaaacagctatcaagttcatggcattcaattgtcctgtgaattaagagttagactgaattgttctatt 898  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  45176896 gcctcacactaaaagattaatcaaacaccttgaaaacagctatcaagttcatggcattcaattgtcctgtgaattaagagttagacttaattgttctatt 45176797  T
Q  899 ttgtatattttctttatcacttaagcatattttcttgcctctct 942  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45176796 ttgtatattttctttatcacttaagcatattttcttgcctctct 45176753  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University