View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF9004_low_2 (Length: 820)

Name: NF9004_low_2
Description: NF9004
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF9004_low_2
NF9004_low_2
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (1-804)||(7331279-7332093)


Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 734; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 734; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 804
Target Start/End: Original strand, 7331279 - 7332093
Alignment:
Q  1 taacatagtgaatggtggaggatttaattggttctttctctgttagggaccaatgtgacaaggaataatactttcagggaccgaaatggtgcccattttc 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7331279 taacatagtgaatggtggaggatttaattggttctttctctgttagggaccaatgtgacaaggaataatactttcagggaccgaaatggtgcccattttc 7331378  T
Q  101 tctttaaaagaatagaaggccttcaatggtattaaaagctaggcttaatcccactttcccaccccattccctcgttgtgcaatataccctcattttcttc 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7331379 tctttaaaagaatagaaggccttcaatggtattaaaagctaggcttaatcccactttcccaccccattccctcgttgtgcaatataccctcattttcttc 7331478  T
Q  201 caacttttcccaactcttagtctttcaaatatgttgattatgcgatttcttcctgcatctttcaattgtacacatttaccccttacttactatgattggg 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7331479 caacttttcccaactcttagtctttcaaatatgttgattatgcgatttcttcctgcatctttcaattgtacacatttaccccttacttactatgattggg 7331578  T
Q  301 agactcaaatctacnnnnnnnnnn----------tgacacccactacttaggagggactaaaa-tgtaggtagtttaaggaaaagaaagtgagatatatt 389  Q
    ||||||||||||||                    ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7331579 agactcaaatctacaaaaaaaaaaaaaaaaaaaatgacacccactacttaggagggactaaaaatgtaggtagtttaaggaaaagaaagtgagatatatt 7331678  T
Q  390 gtacaaggaaaaacattatgaatcaaaataaaaagtgagattatacatttataccaaaaaattactaggtagaagatgaagaagtaaacgaataagaaat 489  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7331679 gtacaaggaaaaacattatgaatcaaaataaaaagtgagattatacatttataccaaaaaattactaggtagaagatgaagaagtaaacgaataagaaat 7331778  T
Q  490 aagtacaagtaattatctgaaaaaccttgcatcaaagcaaaatgacataacatggtcgaagattgaaattccaccacaactcaactctacatgatttacc 589  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  7331779 aagtacaagtaattatctgaaaaaccttgcatcaaagcaaaatgacataacatggtcgaagattgaaattccaccacaactcaactccacatgatttacc 7331878  T
Q  590 aaactattctttaaacattcgacatgtttctaataatgttttcaaatataaatgtttatatatactccactgtcttcggaatgaagcgaaacataacaat 689  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7331879 aaactattctttaaacattcgacatgtttctaataatgttttcaaatataaatgtttatatatactccactgtcttcggaatgaagcgaaacataacaat 7331978  T
Q  690 ttcacaattcacattgcaatatatagaaaacataggttctattgttactccaacatgaagaagagaaagttatttggttaaagaagtatacatgttcagt 789  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7331979 ttcacaattcacattgcaatatatagaaaacataggttctattgttactccaacatcaagaagagaaagttatttggttaaagaagtatacatgttcagt 7332078  T
Q  790 agttcacattcaatt 804  Q
    |||||||||||||||    
T  7332079 agttcacattcaatt 7332093  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University