View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF9004_low_4 (Length: 676)

Name: NF9004_low_4
Description: NF9004
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF9004_low_4
NF9004_low_4
[»] chr6 (1 HSPs)
chr6 (18-664)||(8158298-8158945)
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (19-664)||(4084530-4085185)
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (18-664)||(18702019-18702675)
[»] chr8 (8 HSPs)
chr8 (122-664)||(44317160-44317718)
chr8 (18-664)||(44306865-44307548)
chr8 (18-549)||(43896411-43896967)
chr8 (21-404)||(44301762-44302165)
chr8 (21-127)||(44312647-44312753)
chr8 (436-539)||(44302146-44302249)
chr8 (595-662)||(44302256-44302323)
chr8 (592-637)||(43897019-43897064)
[»] chr5 (2 HSPs)
chr5 (31-118)||(35856591-35856678)
chr5 (171-228)||(35856474-35856531)


Alignment Details
Target: chr6 (Bit Score: 603; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 603; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 664
Target Start/End: Complemental strand, 8158945 - 8158298
Alignment:
Q  18 gcaacaaatggagcatcaatacttccagacaattcaactttctcgccattcctattttgatcaagagcataattactaacatcgattggactcggcaaat 117  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8158945 gcaacaaatggagcatcaatacttccagacaattcaactttctcgccattcctattttgatcaagagcataattactaacatcgattggactcggcaaat 8158846  T
Q  118 acctaattacaccctccataaatacttctatccccttatatctctcatcactgatgataattggtacaaatttccttgctatagttgccctccgaattgc 217  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8158845 acctaattacaccctccataaatacttctatcccctcatatctctcatcacttatgataattggtacaaatttccttgctatagttgccctccgaattgc 8158746  T
Q  218 atcatcaagataagactctggaatttggctgccaccatgaagagcttcagaaattttatcatcaacctctgatacaatttcaatgagttcgtgtcnnnnn 317  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||         
T  8158745 atcatccagataagactctggaatttggctgccaccatgaagagcttcagaaattttatcatcaatctctgatacaatttcaatgagttcgtgtcttttt 8158646  T
Q  318 nncaacacaaaggctt-catatctttgggtacttctcttgcatcgtcataatcaggtatttcagagcgaaaaaagtaggcctttaacttgttggcaagat 416  Q
      |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8158645 ttcaacacaaaggcttgcatatctttgggtacttctcttgcatcgtcataatcaggtatttcagagcgaaaaaagtaggcctttaacttgttggcaagat 8158546  T
Q  417 caaaaagtccacaagagctaaaaaagtaggcctttaacttgacaagatcaacaaatccaacataacaatcgtcaatgcatattggaacttgaattgcagc 516  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8158545 caaaaagtccacaagagctaaaaaagtaggcctttaacttgacaagatcaacaaatccaacataacaatcgtcaatgcatattggaacttgaattgcagc 8158446  T
Q  517 acaacgatgattaagcttagattttacttgatctacaacgttccatggatctgctcctccctgatcaagatcgtggataaatataagccttggaagttga 616  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8158445 acaacgatgattaagcttagattttacttgatctacaacgttccatggatctgctcctccctgatcaagatcgtggataaatataagccttggaagttga 8158346  T
Q  617 aatcttgtcatttgttgatcaatagtaatggattcggttttaacacca 664  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8158345 aatcttgtcatttgttgatcaatagtaatggattcggttttaacacca 8158298  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 375; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 375; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 19 - 664
Target Start/End: Original strand, 4084530 - 4085185
Alignment:
Q  19 caacaaatggagcatcaatacttccagacaattcaactttctcgccattcctattttgatcaagagcataattactaacatcgattggactcggcaaata 118  Q
    |||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4084530 caacaaatggtgcatcaatacttccaaacaattcaactttctcaccattcctattttgatcatgagcataattactaacatcgattggactcggcaaata 4084629  T
Q  119 cctaattacaccctccataaatacttctatccccttatatctctcatcactgatgataattggtacaaatttccttgctatagttgccctccgaattgca 218  Q
    ||||||||||||||||||||||| || || ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  4084630 cctaattacaccctccataaatagttttaacccctcatatctctcatcactgatgataattggtacaaatttccttgctatagttgccctacgaattgca 4084729  T
Q  219 tcatcaagataagactctggaatttggctgccaccatgaagagcttcagaaattttatcatcaacctctgatacaatttcaatgagttcgtgtcnnnnnn 318  Q
     |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||          
T  4084730 ccatcgagataagactctggaatttggctgccaccatgaagagcttcataaattttatcatcaacctctgatacaatttcaatgagttcgcgtctttttt 4084829  T
Q  319 ncaacacaaaggc-ttcatatctttgggtacttctcttgcatcgtcataatcaggtatttcagagcgaaaaaagtaggcctttaacttgttggcaagatc 417  Q
     |||||||||||| ||||| ||||  ||||         ||| |||||||||||   ||||||||| ||||| ||||||||||||||||||| |||||||    
T  4084830 tcaacacaaaggctttcatttcttcaggta---------cattgtcataatcagacgtttcagagcaaaaaaggtaggcctttaacttgttgacaagatc 4084920  T
Q  418 aaaaagtcca-ca--------------agagctaaaaaagtaggcctttaacttgacaagatcaacaaatccaacataacaatcgtcaatg---catatt 499  Q
    |||| ||| | ||              |||  |||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||   | ||||    
T  4084921 aaaaggtctatcaaaaggtttagatttagacgtaaaaaagtatgcctttaacttaacaagatcaacaaatccaatataacaatcgtcaatgcttcgtatt 4085020  T
Q  500 ggaacttgaattgcagcacaacgatgattaagcttagattttacttgatctacaacgttccatggatctgctcctccctgatcaagatcgtggataaata 599  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||| |||||||||||  ||||||||||||||  |||||||    
T  4085021 ggaacttgaattgcagcacaacgatgattaagcttagattttacttgatctacgatgttccatagatctgctcctttctgatcaagatcgtcaataaata 4085120  T
Q  600 taagccttggaagttgaaatcttgtcatttgttgatcaatagtaatggattcggttttaacacca 664  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||    
T  4085121 taagccttggaagttgaaatcttgtcatttgttgatcaataataatggattcggtcttaacacca 4085185  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 308; Significance: 1e-173; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 308; E-Value: 1e-173
Query Start/End: Original strand, 18 - 664
Target Start/End: Original strand, 18702019 - 18702675
Alignment:
Q  18 gcaacaaatggagcatcaatacttccagacaattcaactttctcgccattcctattttgatcaagagcataattactaacatcgattggactcggcaaat 117  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  18702019 gcaacaaatggtgcatcaatacttccagacaattcaactttctcaccattcttatttagatcaagagcataattactaacatcgattggacttggcaaat 18702118  T
Q  118 acctaattacaccctccataaatacttctatccccttatatctctcatcactgatgataattggtacaaatttccttgctatagttgccctccgaattgc 217  Q
    ||||||||||||||||||| |||| || || |  || ||| ||||||||||  ||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||| ||||||||    
T  18702119 acctaattacaccctccattaatagttttaacgtctcatagctctcatcaccaatgataattggtacaaatttcattgatatagttgccctacgaattgc 18702218  T
Q  218 atcatcaagataagactctggaatttggctgccaccatgaagagcttcagaaattttatcatcaacctctgatacaatttcaatgagttcgtgtcnnnnn 317  Q
    |||||| |||  |||||||||||||| |||||||||||||| ||||| ||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||         
T  18702219 atcatcgagaacagactctggaattttgctgccaccatgaaaagctttagaaagtttatcatcaacctctgacacaatttcaatgagttcgcgtcttttc 18702318  T
Q  318 nncaacacaaaggctt-catatctttgggtacttctctt---------gcatcgtcataatcaggtatttcagagcgaaaaaagtaggcctttaacttgt 407  Q
      |||||||||||||| |||||||| ||||| ||||| |          |||  | |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||      
T  18702319 ttcaacacaaaggcttgcatatcttcgggtatttctcctacttctacatcataattataatcaggtgtttcagagcgaaaaaagtaggcctttaactt-- 18702416  T
Q  408 tggcaagatcaaaaagtcca--caaga-------gctaaaaaagtaggcctttaacttgacaagatcaacaaatccaacataacaatcgtcaatgcatat 498  Q
           ||||||||||| |   ||||       |   ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||| |||||| || |  |||    
T  18702417 -------atcaaaaagtctagcaaagaatttaagggggaaaaagtaggcctctaacttgacaagatcaacaaatccaatataataatcgttaaagtgtat 18702509  T
Q  499 tggaacttgaattgcagcacaacgatgattaagcttagattttacttgatctacaacgttccatggatctgctcctccctgatcaagatcgtggataaat 598  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||| ||||||  |||||||  ||||||    
T  18702510 tggaacttgaattgcagcacaacgatgattaagcttagattttacttgatctacaatgttccatagatctgctccttcctgatacagatcgtcaataaat 18702609  T
Q  599 ataagccttggaagttgaaatcttgtcatttgttgatcaatagtaatggattcggttttaacacca 664  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||    
T  18702610 ataagcctaggaagttgaaatcttgtcatttgttgatccatagtaatggatttggttttaacacca 18702675  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 289; Significance: 1e-162; HSPs: 8)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 289; E-Value: 1e-162
Query Start/End: Original strand, 122 - 664
Target Start/End: Original strand, 44317160 - 44317718
Alignment:
Q  122 aattacaccctccataaatacttctatccccttatatctctcatcactgatgataattggtacaaatttccttgctatagttgccctccgaattgcatca 221  Q
    |||||||||||||||||||| ||||| ||||| || |||||||||||| | ||||||||||||||||||| ||| |||||||||||| ||||||||||||    
T  44317160 aattacaccctccataaatagttctaacccctcatttctctcatcactaaagataattggtacaaatttcattgatatagttgccctacgaattgcatca 44317259  T
Q  222 tcaagataagactctggaatttggctgccaccatgaagagcttcagaaattttatcatcaacctctgatacaatttcaatgagttcgtgtcnnnnnnnca 321  Q
    || |||  ||||||| |||||||||| |||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||       ||    
T  44317260 tcgagaacagactctagaatttggcttccaccatgaaaagcttcagaaagtttatcatcaacctctgatacaatttgaatgagttcgtgtcttttcttca 44317359  T
Q  322 acacaaaggctt-catatctttgggtacttctc----ttg--catcgtcataatcaggtatttcagagcgaaaaaagtaggcctttaacttgttggcaag 414  Q
    |||||||||||| |||||||| |||||||||||    |||  |||| | ||||| |||| |||||||| |||||||||| |||||||||||||||  |||    
T  44317360 acacaaaggcttgcatatcttcgggtacttctcctacttgtacatccttataataaggtgtttcagagggaaaaaagtaagcctttaacttgttgagaag 44317459  T
Q  415 atcaaaaagtcca-----ca----agagctaaaaaagtaggcctttaacttgacaagatcaacaaatccaacataacaatcgtcaatgcatattggaact 505  Q
    ||||||||||| |     ||    || |  |||| ||||||||| |||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||  ||||||||||    
T  44317460 atcaaaaagtctaacaaacattttagggagaaaatagtaggcctctaacttaacaagatcaacaaatccaatataacaatcgtcaatgtgtattggaact 44317559  T
Q  506 tgaattgcagcacaacgatgattaagcttagattttacttgatctacaacgttccatggatctgctcctccctgatcaagatcgtggataaatataagcc 605  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||| ||| || ||||||||  |||||||||||||    
T  44317560 tgaattgcagcacaacgatgattaagcttagattttacttgatctacaatgttccatagatctgctccttcctcataaagatcgtcaataaatataagcc 44317659  T
Q  606 ttggaagttgaaatcttgtcatttgttgatcaatagtaatggattcggttttaacacca 664  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  44317660 ttggaagttgaaatcttgtcatttgttgatcaatagtaatggattcggttctaacacca 44317718  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 257; E-Value: 1e-143
Query Start/End: Original strand, 18 - 664
Target Start/End: Original strand, 44306865 - 44307548
Alignment:
Q  18 gcaacaaatggagcatcaatacttccagacaattcaactttctcgccattcctattttgatcaagagcataattactaacatcgattggactcggcaaat 117  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  44306865 gcaacaaatggcgcatcaatacttccagacaattcaattttctcaccattcttatttagatcaagagcataattactaacatcgattggacttggcaaat 44306964  T
Q  118 acctaattacaccctccataaatacttctatccccttatatctctcatcactga---------tgataattggtacaaatttccttgctatagttgccct 208  Q
    ||||||||||||||||| ||| || ||||| |||||  |||||||| |||||||         ||| ||||||||||||||||| |||||| ||||||||    
T  44306965 acctaattacaccctccctaagtagttctaacccctcgtatctctcgtcactgaaagtacccatgaaaattggtacaaatttccgtgctatggttgccct 44307064  T
Q  209 ccgaattgcatcatcaagataagactctggaatttggctgccaccatgaagagcttcagaaattttatcatcaacctctgatacaatttcaatgagttcg 308  Q
     |||||||||||||| |||  |||||||| |||||||||||||||||||| | ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  44307065 acgaattgcatcatcgagaacagactctgaaatttggctgccaccatgaaaatcttcagaaagtttatcatcaacctctgatacaatttcaatgagttca 44307164  T
Q  309 tgtcnnnnnnncaacacaaaggctt-catatctttgggtacttct----cttg--catcgtcataatcaggtatttcagagcgaaaaaagtaggccttta 401  Q
     |||       |||||||||||||| ||||||||||| |||||||    |||   ||||||| ||||||||| ||| ||||| |||||||||| | ||||    
T  44307165 cgtctttttttcaacacaaaggcttgcatatctttggctacttcttctacttctacatcgtcttaatcaggtgtttgagagcaaaaaaagtagcctttta 44307264  T
Q  402 acttgttggcaaga---tcaaaaagtccaca---------------agagctaaaaaagtaggcctttaacttgacaagatcaacaaatccaacataaca 483  Q
    ||||||||||||||   ||||||| || | |               ||||  |||| || |||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||    
T  44307265 acttgttggcaagacgatcaaaaaatctagatctggaagactttttagagggaaaataggaggcctttaacttgacgagatcaacaaatccaatataaca 44307364  T
Q  484 atcgtcaatgcat---attggaacttgaattgcagcacaacgatgattaagcttagattttacttgatctacaacgttccatggatctgctcctccctga 580  Q
    ||||||||||| |   | ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| | || ||||||||||||||||||| || |     
T  44307365 atcgtcaatgcttcgtaatggaacttgaattgcagcacagcgatgattaagcttagattttacttgatcaaaaaagttccatggatctgctccttccagc 44307464  T
Q  581 tcaagatcgtggataaatataagccttggaagttgaaatcttgtcatttgttgatcaatagtaatggattcggttttaacacca 664  Q
    |||| |||||  |||||||||| | |||||| ||||||||||||||||||||||  ||| | ||||| |||  |||||||||||    
T  44307465 tcaatatcgtctataaatataaacattggaaattgaaatcttgtcatttgttgaaaaatggcaatggtttcaattttaacacca 44307548  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 229; E-Value: 1e-126
Query Start/End: Original strand, 18 - 549
Target Start/End: Original strand, 43896411 - 43896967
Alignment:
Q  18 gcaacaaatggagcatcaatacttccagacaattcaactttctcgccattcctattttgatcaagagcataattactaacatcgattggactcggcaaat 117  Q
    ||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  43896411 gcaacaaatggcgcatcaatgcttccagacaattcaactttctcaccattcctattttgatcaagagcataattactaacatcgattggacccggcaaat 43896510  T
Q  118 acctaattacaccctccataaatacttctatccccttatatctctcatcactg---------atgataattggtacaaatttccttgctatagttgccct 208  Q
    ||||||||||||||||||||| || ||||| ||| | || ||||||||||| |         |||| |||||||||||||||| ||| ||||||||||||    
T  43896511 acctaattacaccctccataagtagttctaacccatcatgtctctcatcacagataacacccatgaaaattggtacaaatttcattgatatagttgccct 43896610  T
Q  209 ccgaattgcatcatcaagataagactctggaatttggctgccaccatgaagagcttcagaaattttatcatcaacctctgatacaatttcaatgagttcg 308  Q
     |||||||||||||| |||  ||| |||| ||||||||||||||| |||| ||||||||||| |||||||||||||||||| || |||||||||||||||    
T  43896611 acgaattgcatcatcgagaacagattctgaaatttggctgccaccgtgaaaagcttcagaaagtttatcatcaacctctgagacgatttcaatgagttcg 43896710  T
Q  309 tgtcnnnnnnncaacacaaaggctt-catatctttgggtacttctct------tgcatcgtcataatcaggtatttcagagcgaaaaaagtaggccttta 401  Q
      ||       |||||||||||||| ||||||||  |||||||| ||      | |||  | ||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  43896711 cttcttttcttcaacacaaaggcttgcatatcttcaggtacttcacttacttctacatgcttataataaggtgtttcagagcgaaaaaagtaggccttta 43896810  T
Q  402 acttgttggcaagatcaaaaagtccacaaga---------gctaaaaaagtaggcctttaacttgacaagatcaacaaatccaacataacaatcgtcaat 492  Q
    |||||||| ||||||||||||||| |  | |         || |||| |||||||||| | |||||||||| |||||||||||| | | |||| |||||     
T  43896811 acttgttgacaagatcaaaaagtctaacaaacattttaaggcgaaaatagtaggccttcatcttgacaagaacaacaaatccaaaacaccaattgtcaaa 43896910  T
Q  493 gcatattggaacttgaattgcagcacaacgatgattaagcttagattttacttgatc 549  Q
    | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  43896911 gtatattggaacttgaattgcagcacaacgatgattaagcttagatattacttgatc 43896967  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 199; E-Value: 1e-108
Query Start/End: Original strand, 21 - 404
Target Start/End: Original strand, 44301762 - 44302165
Alignment:
Q  21 acaaatggagcatcaatacttccagacaattcaactttctcgccattcctattttgatcaagagcataattactaacatcgattggactcggcaaatacc 120  Q
    |||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44301762 acaaatggcgcatcaacacttccagacaattcaactttctcaccattcttattttgatcaagagcataattactaacatcgattggactcggcaaatacc 44301861  T
Q  121 taattacaccctccataaatacttctat----ccccttatatctctcatcactgatgata---------attggtacaaatttccttgctatagttgccc 207  Q
    |||||||| ||||||||| || |||||     ||||| |||||||||| ||||||| |||         ||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  44301862 taattacatcctccataagtagttctaattaacccctcatatctctcaccactgataatacccataaaaattggtacaaatttccttgctatggttgccc 44301961  T
Q  208 tccgaattgcatcatcaagataagactctggaatttggctgccaccatgaagagcttcagaaattttatcatcaacctctgatacaatttcaatgagttc 307  Q
      |||||||||||||| |||||||||||| |||||||||| |||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  44301962 cacgaattgcatcatcgagataagactctagaatttggcttccaccatgaaaagcttcagaaagtttatcatcaacctccgatacaatttcaatgagttc 44302061  T
Q  308 gtgtcnnnnnnncaacacaaaggctt-catatctttgggtacttctc------ttgcatcgtcataatcaggtatttcagagcgaaaaaagtaggccttt 400  Q
    | |||       |||||||||||||| ||||||||||||||||||||       | |||||| |||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||    
T  44302062 gcgtcttttcttcaacacaaaggcttgcatatctttgggtacttctcctacttctacatcgttataatcaggtttttcaaagcgaaaaaagtaggccttt 44302161  T
Q  401 aact 404  Q
    ||||    
T  44302162 aact 44302165  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 83; E-Value: 6e-39
Query Start/End: Original strand, 21 - 127
Target Start/End: Original strand, 44312647 - 44312753
Alignment:
Q  21 acaaatggagcatcaatacttccagacaattcaactttctcgccattcctattttgatcaagagcataattactaacatcgattggactcggcaaatacc 120  Q
    ||||||||  |||||| |||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  44312647 acaaatggctcatcaacacttccagacaattcaactttctcaccattcttattttgatcaagagcataattactaacatcgattggacttggcaaatacc 44312746  T
Q  121 taattac 127  Q
    |||||||    
T  44312747 taattac 44312753  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 72; E-Value: 2e-32
Query Start/End: Original strand, 436 - 539
Target Start/End: Original strand, 44302146 - 44302249
Alignment:
Q  436 aaaaaagtaggcctttaacttgacaagatcaacaaatccaacataacaatcgtcaatgcatattggaacttgaattgcagcacaacgatgattaagctta 535  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||| |||||| ||||  ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||    
T  44302146 aaaaaagtaggcctttaactcgacaagatcaacaaatccaatataagaatcgtgaatgtgtattggaacttgaattgcagcacaatgatgattaagcgta 44302245  T
Q  536 gatt 539  Q
    ||||    
T  44302246 gatt 44302249  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 48; E-Value: 4e-18
Query Start/End: Original strand, 595 - 662
Target Start/End: Original strand, 44302256 - 44302323
Alignment:
Q  595 aaatataagccttggaagttgaaatcttgtcatttgttgatcaatagtaatggattcggttttaacac 662  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||  |||||||||    
T  44302256 aaatataagccttggaaattgaaatcttgtcatttgttgataaatagcaatggattcatttttaacac 44302323  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #8
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000002
Query Start/End: Original strand, 592 - 637
Target Start/End: Original strand, 43897019 - 43897064
Alignment:
Q  592 gataaatataagccttggaagttgaaatcttgtcatttgttgatca 637  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  43897019 gataaatataagccttggaaattgaaatcttgtcatttgttgatca 43897064  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 60; Significance: 3e-25; HSPs: 2)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 60; E-Value: 3e-25
Query Start/End: Original strand, 31 - 118
Target Start/End: Complemental strand, 35856678 - 35856591
Alignment:
Q  31 catcaatacttccagacaattcaactttctcgccattcctattttgatcaagagcataattactaacatcgattggactcggcaaata 118  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||  ||||||||||||||||||||| | ||| |||||||||||||||||    
T  35856678 catcaatacttccagacaattctactttctctccattcctagcttgatcaagagcataattactcaaatcaattggactcggcaaata 35856591  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 34; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 171 - 228
Target Start/End: Complemental strand, 35856531 - 35856474
Alignment:
Q  171 atgataattggtacaaatttccttgctatagttgccctccgaattgcatcatcaagat 228  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||| || ||||| ||||||| | |||||||||    
T  35856531 atgaaaattggtacaaatttccttgctattgtagccctacgaattgtaccatcaagat 35856474  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University