View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF9005_low_3 (Length: 912)

Name: NF9005_low_3
Description: NF9005
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF9005_low_3
NF9005_low_3
[»] chr6 (1 HSPs)
chr6 (12-893)||(7589055-7589948)


Alignment Details
Target: chr6 (Bit Score: 776; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 776; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 12 - 893
Target Start/End: Complemental strand, 7589948 - 7589055
Alignment:
Q  12 agcagagaagcgaagagatgatgcagcggcctcatcagcagttggggcggcagcgggagccacgtcatcagaagcaggggcagttccaggagcgaagaga 111  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||    
T  7589948 agcagagaagcgaagagatgatgcagcggcctcatcagcagttggggcggcagcgggagccacgtcatcagaagcaggggcggatccaggagcgaagaga 7589849  T
Q  112 tcatcagcaggggatggtgatggtggagatgaaatttcttcatcagcctcgggtgaagaggc------------gggtgaagagacaggagcatcggttg 199  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||            ||||||||||||||||||||| ||||    
T  7589848 tcatcagcaggggatggtgatggtggagatgaaatttcttcatcagcctcgggtgaagaggcaggtgaagcctcgggtgaagagacaggagcatcagttg 7589749  T
Q  200 aaggtgctggtgttggtgctgaagtggtagcttttggagaagatgctggtgcttctgattcnnnnnnngatgcttttggtgctgacgacggtgatggtga 299  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||       ||||||| |||||||||||| |||||||||||    
T  7589748 aaggtgctggtgttggtgctgaagtggtagcttttggagaagatgctggtgcttctgattctttttctgatgcttctggtgctgacgatggtgatggtga 7589649  T
Q  300 tgatttaggggatgctgatggggatacttctttagccatgaccatattggtcatggttacaaaaatgatggctagaacaataagttgacgagccattatt 399  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  7589648 tgatttaggggatgctgatgaggatacttctttagccatgaccatattggccatggttacaaaaatgatggcgagaacaataagttgacgagccattatt 7589549  T
Q  400 ttattttaaatttttatgattcttaaagtaattgcagttgttctctattggagaataactgcacttattgtaagaatgaataatgaattgtaataggaag 499  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7589548 ttattttaaatttttgtgattcttaaagtaattgcagttgttctctattggagaataactgcagttattgtaagaatgaataatgaattgtaataggaag 7589449  T
Q  500 attatttataatgagaagtatgtgagataatttaggagaaggtgtggaggatattggatatagaaatgaatggttccataattagggttgattatgtgga 599  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7589448 attatttataatgagaagtatgtgagataatttaggagaaggtgaggaggatattggatctagaaatgaatggttccataattagggttgattatgtgga 7589349  T
Q  600 acgatgttggtggatggtgaatagttcaattttagattttattttgttggccttttgtttcaattgggtgcgagtcaaacgggatgaggtggtgttggac 699  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7589348 acgatgttggtggatggtgaatagttcaattttagattttattttgttggccttttgtttcaattgggtgcgagtcaaacgggatgaggtggtgttggac 7589249  T
Q  700 atttgtgtactaagtttaggggagttttatttagaggaagcttaggggagtaaatattgaaaaaattaattactactaacttttgtttaaatccatctat 799  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7589248 atttgtatactaagtttaggggagttttatttagaggaagcctaggggagtaaatattgaaaaaattaattactactaacttttgtttaaatccatctat 7589149  T
Q  800 gtatttaatttaatgatatttaaattttggattaacatatgtgctggaaaataatttctcttgacaagtatagcctcaaataggttgctttgtt 893  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7589148 gtatttaatttaatgatatttaaattttggattaacatatgtgctggaaaataatttctcttgacaagtatagcctcaaataggttgctttgtt 7589055  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University