View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF9005_low_57 (Length: 462)

Name: NF9005_low_57
Description: NF9005
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF9005_low_57
NF9005_low_57
[»] chr5 (7 HSPs)
chr5 (19-454)||(11882016-11882451)
chr5 (19-453)||(11748115-11748549)
chr5 (19-453)||(11790188-11790622)
chr5 (19-451)||(11834407-11834839)
chr5 (20-454)||(11750946-11751380)
chr5 (19-442)||(11754058-11754481)
chr5 (39-88)||(12008668-12008717)
[»] chr6 (3 HSPs)
chr6 (35-94)||(6106121-6106180)
chr6 (48-97)||(6858641-6858690)
chr6 (28-95)||(6129722-6129789)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 420; Significance: 0; HSPs: 7)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 420; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 19 - 454
Target Start/End: Complemental strand, 11882451 - 11882016
Alignment:
Q  19 catttacacttgttgctactctcatcacaaccatcatgtttgctgcagctttcactgtccctggtggaaacaatcaagacaatggagttcccttgttctt 118  Q
    ||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11882451 catttactcttgttgctacactcatcacaaccatcatgtttgctgcagctttcactgtccctggtggaaacaatcaagacaatggagttcccttgttctt 11882352  T
Q  119 gcacgacatcacatttgatgtgtttattatagcagatgcagcatctcttttcacttcttcaacttcagtccttctcttcattggaatcctaacggctcgt 218  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11882351 gcacgacatcacatttgatgcgtttattatagcagatgcagcatctcttttcacttcttcaacttcagtccttctcttcattggaatcctaacggctcgt 11882252  T
Q  219 tacgctgaaaaagacttcctcaagtcattgccactaaggttacttttcgcactcattatgcttttcttctctgtgatttctatgatagttgccttctgtg 318  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11882251 tacgctgaaaaagacttcctcaagtcattgccactaaggttacttttcgcactcattatgcttttcttctctgtgatttctatgatagttgccttctgtg 11882152  T
Q  319 cttcacttgctatgctcttaaagggacatcatagagtcataataacagcaatgtcgtttgccagtgttcctgttatcgttctagttccgtcacagttgcg 418  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11882151 cttcacttgctatgctcttaaagggacatcatagagtcataataacagcaatgtcatttgccagtgttcctgttatcgttctagttccgtcacagttgcg 11882052  T
Q  419 cctcttccttgagattttcaagtctacagtattatc 454  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11882051 cctcttccttgagattttcaagtctacagtattatc 11882016  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 247; E-Value: 1e-137
Query Start/End: Original strand, 19 - 453
Target Start/End: Original strand, 11748115 - 11748549
Alignment:
Q  19 catttacacttgttgctactctcatcacaaccatcatgtttgctgcagctttcactgtccctggtggaaacaatcaagacaatggagttcccttgttctt 118  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||| | |||||    
T  11748115 catttacacttgttgctacactcatcacaaccatcatgttcgctgcagctttcactgtccctggtggaaacaatcaagacagtggaattcccctcttctt 11748214  T
Q  119 gcacgacatcacatttgatgtgtttattatagcagatgcagcatctcttttcacttcttcaacttcagtccttctcttcattggaatcctaacggctcgt 218  Q
    ||| ||||  |||||| |||||||||| ||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || || || |||    
T  11748215 gcatgacaatacatttaatgtgtttataatagcagatgcaatatctcttttcacttcttcaacttcagtccttctcttcattggaattctcacagcgcgt 11748314  T
Q  219 tacgctgaaaaagacttcctcaagtcattgccactaaggttacttttcgcactcattatgcttttcttctctgtgatttctatgatagttgccttctgtg 318  Q
    || |||||||| || |||||||||||||| ||||| ||||| |||||||  ||||||   || |||||||||||| | || |||||||||||||| ||||    
T  11748315 tatgctgaaaaggatttcctcaagtcattaccactcaggttgcttttcggcctcattgcactgttcttctctgtggtgtccatgatagttgccttttgtg 11748414  T
Q  319 cttcacttgctatgctcttaaagggacatcatagagtcataataacagcaatgtcgtttgccagtgttcctgttatcgttctagttccgtcacagttgcg 418  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||  |||||  ||||||||||||| ||||| || || |||||  ||||    
T  11748415 cttcacttgctatgctcttaaagggacatcatggtgtcataataacagcaatgtgttttgcatgtgttcctgttattgttcttgtaccttcacaaatgcg 11748514  T
Q  419 cctcttccttgagattttcaagtctacagtattat 453  Q
     ||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  11748515 actcttccttgagattttcaagtctacaatattat 11748549  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 227; E-Value: 1e-125
Query Start/End: Original strand, 19 - 453
Target Start/End: Complemental strand, 11790622 - 11790188
Alignment:
Q  19 catttacacttgttgctactctcatcacaaccatcatgtttgctgcagctttcactgtccctggtggaaacaatcaagacaatggagttcccttgttctt 118  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||    
T  11790622 catttacacttgttgctactctcatcacaaccatcatgtttgctgcagctttcactgtccctggtggaaacaatcaagacagtggaattcccttgttctt 11790523  T
Q  119 gcacgacatcacatttgatgtgtttattatagcagatgcagcatctcttttcacttcttcaacttcagtccttctcttcattggaatcctaacggctcgt 218  Q
     || |||  ||||||| |||||||||| ||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||    
T  11790522 acatgactacacatttaatgtgtttataatagcagatgcaatatctcttttcacttcttcaacttcagtccttctcttcattggaatccttacggcgcgt 11790423  T
Q  219 tacgctgaaaaagacttcctcaagtcattgccactaaggttacttttcgcactcattatgcttttcttctctgtgatttctatgatagttgccttctgtg 318  Q
    || || || || || ||| | ||||| |||||||| | |||||| ||||  ||| |||||||||| ||||| ||  | || ||||| ||||| |||||||    
T  11790422 tatgcagagaaggatttcttaaagtctttgccacttaagttactcttcggcctcgttatgctttttttctcggttgtgtcgatgatggttgctttctgtg 11790323  T
Q  319 cttcacttgctatgctcttaaagggacatcatagagtcataataacagcaatgtcgtttgccagtgttcctgttatcgttctagttccgtcacagttgcg 418  Q
    |||| |||||||||||||| |||||||||||  |||||||||||||||| || || ||||| ||| |||| ||||| ||||| || || |||||||||||    
T  11790322 cttctcttgctatgctcttgaagggacatcaaggagtcataataacagccatatcatttgcaagtattccagttattgttcttgtgccttcacagttgcg 11790223  T
Q  419 cctcttccttgagattttcaagtctacagtattat 453  Q
     |||||  |||||||||||||||||||||| ||||    
T  11790222 actctttattgagattttcaagtctacagttttat 11790188  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 221; E-Value: 1e-121
Query Start/End: Original strand, 19 - 451
Target Start/End: Complemental strand, 11834839 - 11834407
Alignment:
Q  19 catttacacttgttgctactctcatcacaaccatcatgtttgctgcagctttcactgtccctggtggaaacaatcaagacaatggagttcccttgttctt 118  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||| | |||||    
T  11834839 catttacacttgttgctacactcatcacaaccatcatgtttgctgcagctttcactgtccctggtggaaacaatcaagacagtggaattcccctcttctt 11834740  T
Q  119 gcacgacatcacatttgatgtgtttattatagcagatgcagcatctcttttcacttcttcaacttcagtccttctcttcattggaatcctaacggctcgt 218  Q
    | | ||||  |||||| |||| ||||| ||||||||||||  ||||||||||||||| ||||||||| |||| |||||||||||||| |||||||| |||    
T  11834739 gaaggacaaaacatttaatgtttttataatagcagatgcaatatctcttttcacttcctcaacttcaatcctcctcttcattggaattctaacggcacgt 11834640  T
Q  219 tacgctgaaaaagacttcctcaagtcattgccactaaggttacttttcgcactcattatgcttttcttctctgtgatttctatgatagttgccttctgtg 318  Q
    || || ||||| || ||||| ||||| ||||| || | |||||||||||| |||||||||||||| ||||| ||| | || ||||| ||| |||| ||||    
T  11834639 tatgcagaaaaggatttcctaaagtctttgccgcttaagttacttttcgctctcattatgctttttttctccgtggtgtccatgatggtttccttttgtg 11834540  T
Q  319 cttcacttgctatgctcttaaagggacatcatagagtcataataacagcaatgtcgtttgccagtgttcctgttatcgttctagttccgtcacagttgcg 418  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| |  |||||||||||||||| ||||| || || ||| |||| || || ||||| || || |||||||||||    
T  11834539 cttcacttgctatgctcttaaagggacatgaaggagtcataataacagctatgtcattcgcaagtattccggtgattgttcttgtaccttcacagttgcg 11834440  T
Q  419 cctcttccttgagattttcaagtctacagtatt 451  Q
     |||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  11834439 actcttcattgagattttcaagtctacagtatt 11834407  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 175; E-Value: 5e-94
Query Start/End: Original strand, 20 - 454
Target Start/End: Complemental strand, 11751380 - 11750946
Alignment:
Q  20 atttacacttgttgctactctcatcacaaccatcatgtttgctgcagctttcactgtccctggtggaaacaatcaagacaatggagttcccttgttcttg 119  Q
    |||||||||| |||| ||||||||||| || ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||| |||| ||||  | ||||||    
T  11751380 atttacacttattgcaactctcatcactactatcatgtttgctgcagctttcacagtccctggtggaaaaaatcaagacagtggaattcctatcttcttg 11751281  T
Q  120 cacgacatcacatttgatgtgtttattatagcagatgcagcatctcttttcacttcttcaacttcagtccttctcttcattggaatcctaacggctcgtt 219  Q
    || | ||  | |||| ||||||| || ||||||||||||   ||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||| || || |   |||    
T  11751280 caaggcaaaatatttaatgtgttcatcatagcagatgcaatttctcttttcacttctgcaacttcagtcattctcttcattggaattctcacagggagtt 11751181  T
Q  220 acgctgaaaaagacttcctcaagtcattgccactaaggttacttttcgcactcattatgcttttcttctctgtgatttctatgatagttgccttctgtgc 319  Q
      || ||||| || ||||| |||||  |||| || | |||||||||||| ||| |||||||||| ||||||||| | || ||||| ||||| ||||||||    
T  11751180 ttgccgaaaatgatttcctaaagtccgtgcctcttaagttacttttcgccctcgttatgctttttttctctgtggtgtccatgatggttgctttctgtgc 11751081  T
Q  320 ttcacttgctatgctcttaaagggacatcatagagtcataataacagcaatgtcgtttgccagtgttcctgttatcgttctagttccgtcacagttgcgc 419  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||| ||||||| ||||| ||||| ||| |||| |||||  |||| || || | |||||||||     
T  11751080 ttcacttgctatgctcttaaagggacatcaaggagtcatagtaacagccatgtcatttgcaagtattccggttattattcttgtacctttacagttgcga 11750981  T
Q  420 ctcttccttgagattttcaagtctacagtattatc 454  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  11750980 ctcttcattgagattttcaagtctacagtattatc 11750946  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 160; E-Value: 4e-85
Query Start/End: Original strand, 19 - 442
Target Start/End: Complemental strand, 11754481 - 11754058
Alignment:
Q  19 catttacacttgttgctactctcatcacaaccatcatgtttgctgcagctttcactgtccctggtggaaacaatcaagacaatggagttcccttgttctt 118  Q
    ||||||||||||| ||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||| | |||||    
T  11754481 catttacacttgtggctacacttatcacaaccatcatgtttgctgcagctttcactgtccctggtggaaacaatcaagacagtggaattcccctcttctt 11754382  T
Q  119 gcacgacatcacatttgatgtgtttattatagcagatgcagcatctcttttcacttcttcaacttcagtccttctcttcattggaatcctaacggctcgt 218  Q
      | ||||  |  ||| |||||||||| ||||||||||||  ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| || || || |||    
T  11754381 aaaggacaaaatgtttaatgtgtttataatagcagatgcaatatctcttttcacttcatcaacttcagtccttctcttcattggaattctcacagcgcgt 11754282  T
Q  219 tacgctgaaaaagacttcctcaagtcattgccactaaggttacttttcgcactcattatgcttttcttctctgtgatttctatgatagttgccttctgtg 318  Q
    |  || ||||| || ||||| ||||| ||||| || | ||||  ||||||  || ||   |||||  |||| ||| | |||||||| ||||| |||||||    
T  11754281 tttgcagaaaaggatttcctaaagtctttgccgcttaagttatgtttcgccatctttgcactttttctctcggtggtgtctatgatggttgctttctgtg 11754182  T
Q  319 cttcacttgctatgctcttaaagggacatcatagagtcataataacagcaatgtcgtttgccagtgttcctgttatcgttctagttccgtcacagttgcg 418  Q
    |||||||||| |||||||| |||||| ||||  |||||||||||||| |||| || || |||||| |||||||||| ||||| || || |||||||||      
T  11754181 cttcacttgccatgctcttgaagggaaatcaaggagtcataataacaacaatttcattagccagtattcctgttattgttcttgtaccttcacagttgga 11754082  T
Q  419 cctcttccttgagattttcaagtc 442  Q
     |||||| ||||||||||||||||    
T  11754081 actcttctttgagattttcaagtc 11754058  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 39 - 88
Target Start/End: Complemental strand, 12008717 - 12008668
Alignment:
Q  39 ctcatcacaaccatcatgtttgctgcagctttcactgtccctggtggaaa 88  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||| || || ||||| ||||||||    
T  12008717 ctcatcactaccatcatgtttgctgcagcctttacggtcccaggtggaaa 12008668  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 40; Significance: 0.0000000000002; HSPs: 3)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000002
Query Start/End: Original strand, 35 - 94
Target Start/End: Original strand, 6106121 - 6106180
Alignment:
Q  35 tactctcatcacaaccatcatgtttgctgcagctttcactgtccctggtggaaacaatca 94  Q
    |||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||| || || |||||||||||    
T  6106121 tactctcatcattaccatcatgtttgctgcagctttcactgttccaggaggaaacaatca 6106180  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000003
Query Start/End: Original strand, 48 - 97
Target Start/End: Complemental strand, 6858690 - 6858641
Alignment:
Q  48 accatcatgtttgctgcagctttcactgtccctggtggaaacaatcaaga 97  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| || || ||||||||||||||    
T  6858690 accatcatgtttgctgcagctttcactgttccaggaggaaacaatcaaga 6858641  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 28 - 95
Target Start/End: Complemental strand, 6129789 - 6129722
Alignment:
Q  28 ttgttgctactctcatcacaaccatcatgtttgctgcagctttcactgtccctggtggaaacaatcaa 95  Q
    |||||| |||||| ||||  |||||||||||||| || ||||||||||| || || ||||||||||||    
T  6129789 ttgttggtactctaatcattaccatcatgtttgccgctgctttcactgttccaggaggaaacaatcaa 6129722  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University