View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF9006_low_32 (Length: 235)

Name: NF9006_low_32
Description: NF9006
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF9006_low_32
NF9006_low_32
[»] chr8 (9 HSPs)
chr8 (1-216)||(36005873-36006086)
chr8 (7-146)||(37517531-37517670)
chr8 (7-181)||(24125434-24125608)
chr8 (12-181)||(39435073-39435243)
chr8 (8-145)||(500670-500807)
chr8 (7-207)||(25021328-25021531)
chr8 (22-145)||(139746-139869)
chr8 (9-139)||(10189992-10190122)
chr8 (7-140)||(42921656-42921789)
[»] chr2 (9 HSPs)
chr2 (7-181)||(9684941-9685116)
chr2 (7-181)||(20142266-20142441)
chr2 (7-181)||(41867434-41867609)
chr2 (7-146)||(17345080-17345219)
chr2 (12-181)||(4412597-4412767)
chr2 (7-182)||(44686822-44686998)
chr2 (7-181)||(28225406-28225580)
chr2 (7-113)||(18744544-18744650)
chr2 (7-133)||(19161352-19161478)
[»] chr1 (8 HSPs)
chr1 (7-138)||(28040653-28040784)
chr1 (10-146)||(19035869-19036005)
chr1 (7-146)||(37200697-37200836)
chr1 (7-140)||(7434873-7435006)
chr1 (8-142)||(15585306-15585440)
chr1 (22-137)||(7794456-7794571)
chr1 (92-140)||(22375167-22375215)
chr1 (55-139)||(38732032-38732116)
[»] chr7 (4 HSPs)
chr7 (7-181)||(5827660-5827835)
chr7 (59-216)||(4501629-4501787)
chr7 (7-140)||(24528038-24528171)
chr7 (7-181)||(32585553-32585728)
[»] chr5 (7 HSPs)
chr5 (7-181)||(15291549-15291724)
chr5 (7-181)||(433698-433873)
chr5 (7-174)||(27337106-27337274)
chr5 (23-160)||(25662859-25662997)
chr5 (7-146)||(3113692-3113831)
chr5 (114-174)||(6534196-6534257)
chr5 (22-140)||(32269334-32269452)
[»] chr3 (6 HSPs)
chr3 (7-181)||(53786114-53786289)
chr3 (7-146)||(35236570-35236709)
chr3 (7-140)||(29862245-29862379)
chr3 (7-137)||(52411428-52411558)
chr3 (7-120)||(49018420-49018533)
chr3 (60-137)||(45676366-45676443)
[»] chr6 (9 HSPs)
chr6 (7-181)||(34304903-34305078)
chr6 (7-207)||(8374824-8375024)
chr6 (44-146)||(45232-45334)
chr6 (7-120)||(29337612-29337725)
chr6 (46-140)||(4206161-4206255)
chr6 (7-120)||(23910816-23910929)
chr6 (22-146)||(7200114-7200238)
chr6 (82-146)||(22986361-22986425)
chr6 (82-146)||(23801969-23802033)
[»] chr4 (7 HSPs)
chr4 (8-160)||(16957963-16958115)
chr4 (7-146)||(53170940-53171079)
chr4 (7-146)||(56461640-56461779)
chr4 (22-133)||(32335307-32335417)
chr4 (69-146)||(23809296-23809373)
chr4 (7-131)||(24222348-24222472)
chr4 (7-88)||(25707002-25707084)
[»] scaffold0186 (1 HSPs)
scaffold0186 (22-146)||(20163-20287)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 165; Significance: 2e-88; HSPs: 9)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 165; E-Value: 2e-88
Query Start/End: Original strand, 1 - 216
Target Start/End: Complemental strand, 36006086 - 36005873
Alignment:
Q  1 tggagggtttgcaagcagcagatgctcaagattttcttcaaactatcccaatttatgggttaggtcatcatatgtcaccagtagagtattatactatcct 100  Q
    ||||||||||||||||| || |||||||||||| |  |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36006086 tggagggtttgcaagcaacacatgctcaagattat--tcaagctatcccaatttatgggttaggtcatcatatgtcaccagtagagtattatactatcct 36005989  T
Q  101 caaatatggccttatgattctattatttcctattgatgagatgtgcatttttgtcgtaagacatgtccggatacctttgggaaacaaatagtttattgca 200  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| || |||||||||||||||||||| | |||||||||    
T  36005988 caaatatggctttatgattctattatttcctattgatgagatgtgcatttttgtcgtaaggcatatctggatacctttgggaaacaaacaatttattgca 36005889  T
Q  201 aggagctccccgactt 216  Q
    ||||||||||||||||    
T  36005888 aggagctccccgactt 36005873  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 76; E-Value: 3e-35
Query Start/End: Original strand, 7 - 146
Target Start/End: Complemental strand, 37517670 - 37517531
Alignment:
Q  7 gtttgcaagcagcagatgctcaagattttcttcaaactatcccaatttatgggttaggtcatcatatgtcaccagtagagtattatactatcctcaaata 106  Q
    |||||||||||||| ||||||| |||||||||| || |||||| ||| ||||||||||||| |||||||||||||| |||||| ||| |||||| | |||    
T  37517670 gtttgcaagcagcacatgctcatgattttcttctaagtatcccgattgatgggttaggtcaacatatgtcaccagtggagtatcataatatccttagata 37517571  T
Q  107 tggccttatgattctattatttcctattgatgagatgtgc 146  Q
    | |||||||||||| | ||||||||||||||||| |||||    
T  37517570 tcgccttatgattccactatttcctattgatgaggtgtgc 37517531  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 60; E-Value: 1e-25
Query Start/End: Original strand, 7 - 181
Target Start/End: Complemental strand, 24125608 - 24125434
Alignment:
Q  7 gtttgcaagcagcagatgctcaagattttcttcaaactatcccaatttatgggttaggtcatcatatgtcaccagtagagtattatactatcctcaaata 106  Q
    ||||||||||| || ||||||| |||||||||| | ||||||| ||| |||||||||||||  |||||||| |||| |||||   ||||||||| |||||    
T  24125608 gtttgcaagcatcacatgctcaggattttcttctagctatcccgattgatgggttaggtcaggatatgtca-cagtggagtaccgtactatccttaaata 24125510  T
Q  107 tggccttatgattctattatttcctattgatgagatgtg-catttttgtcgtaagacatgtccggatacctttggg 181  Q
    | || ||||||||| | ||||||||||||||||| |||| | | ||||||||||| | |||| |||||| ||||||    
T  24125509 tcgcattatgattccactatttcctattgatgaggtgtgccctgtttgtcgtaaggcgtgtctggatacttttggg 24125434  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 59; E-Value: 4e-25
Query Start/End: Original strand, 12 - 181
Target Start/End: Complemental strand, 39435243 - 39435073
Alignment:
Q  12 caagcagcagatgctcaagattttcttcaaactatcccaatttatgggttaggtcatcatatgtcaccagtagagtattatactatcctcaaatatggcc 111  Q
    |||||| || |||||||||||||||||| | ||||||||||| ||||||||||||| |||||||||| ||| |||||   |||||||||   |||| | |    
T  39435243 caagcaccacatgctcaagattttcttctagctatcccaattgatgggttaggtcagcatatgtcactagttgagtaccgtactatccttcgatatcgtc 39435144  T
Q  112 ttatgattctattatttcctattgatgagatgtg-catttttgtcgtaagacatgtccggatacctttggg 181  Q
    ||||||||| | | ||||||||||||||| |||| | | ||||||||||| | |||| |||||| ||||||    
T  39435143 ttatgattccactttttcctattgatgaggtgtgccctgtttgtcgtaaggcgtgtctggatacttttggg 39435073  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 50; E-Value: 9e-20
Query Start/End: Original strand, 8 - 145
Target Start/End: Complemental strand, 500807 - 500670
Alignment:
Q  8 tttgcaagcagcagatgctcaagattttcttcaaactatcccaatttatgggttaggtcatcatatgtcaccagtagagtattatactatcctcaaatat 107  Q
    ||||||||||||| ||||||| |||||||||| | | ||||  ||| ||| ||||||||| |||||||||||| | |||||   ||||||||| | ||||    
T  500807 tttgcaagcagcatatgctcatgattttcttctagcaatcctgattgatgagttaggtcagcatatgtcaccaatggagtaccgtactatccttagatat 500708  T
Q  108 ggccttatgattctattatttcctattgatgagatgtg 145  Q
     |||||| ||||| | ||||||||||||||||| ||||    
T  500707 tgccttacgattccaatatttcctattgatgaggtgtg 500670  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 45; E-Value: 9e-17
Query Start/End: Original strand, 7 - 207
Target Start/End: Original strand, 25021328 - 25021531
Alignment:
Q  7 gtttgcaagcagcagatgctcaagattttcttcaaactatcccaatttatgggttaggtcatcatatgtcaccagtagagtattatac--tatcctcaaa 104  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||| |  |||||  ||| |||||||| |||| || |||||||||||  |||||  |||  |||||| | |    
T  25021328 gtttgcaagcagcacatgctcaagattttcttctagttatccatattgatgggttaagtcagcacatgtcaccagtgaagtatagtactatatccttaga 25021427  T
Q  105 tatggccttatgattctattatttcctattgatgagatgtg-catttttgtcgtaagacatgtccggatacctttgggaaacaaatagtttattgcaagg 203  Q
    ||| |||| ||||||| | |||||| |||||||||| |||| ||| ||| ||||||| | || |  ||||| |||||||| ||  ||||| |||| ||||    
T  25021428 tatcgcctcatgattccactatttcatattgatgaggtgtgccatatttatcgtaaggcgtgccttgatacttttgggaagcatgtagttcattgtaagg 25021527  T
Q  204 agct 207  Q
    ||||    
T  25021528 agct 25021531  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000005
Query Start/End: Original strand, 22 - 145
Target Start/End: Complemental strand, 139869 - 139746
Alignment:
Q  22 atgctcaagattttcttcaaactatcccaatttatgggttaggtcatcatatgtcaccagtagagtattatactatcctcaaatatggccttatgattct 121  Q
    |||||||| ||||||||  ||||||||  ||| |||| ||| | || ||||| ||| ||||||||||| |||||||||||  || | | || ||||||      
T  139869 atgctcaaaattttcttttaactatccatattgatggcttatgccaacatatatcatcagtagagtatcatactatcctcgtattttgtctcatgatttc 139770  T
Q  122 attatttcctattgatgagatgtg 145  Q
    ||||||||||||||| ||| ||||    
T  139769 attatttcctattgacgaggtgtg 139746  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #8
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 9 - 139
Target Start/End: Complemental strand, 10190122 - 10189992
Alignment:
Q  9 ttgcaagcagcagatgctcaagattttcttcaaactatcccaatttatgggttaggtcatcatatgtcaccagtagagtattatactatcctcaaatatg 108  Q
    ||||||| | || ||| ||| |||||||||| ||||||||   || ||| ||||||| | ||||| ||| |||| ||||||  || ||||  || ||||     
T  10190122 ttgcaagtaacacatgttcatgattttcttctaactatccttgttgatgagttaggtaagcatatatcatcagtggagtatcgtaatatctgcagatatt 10190023  T
Q  109 gccttatgattctattatttcctattgatga 139  Q
    | ||||||||||||||||||| |||||||||    
T  10190022 gtcttatgattctattatttcatattgatga 10189992  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #9
Raw Score: 30; E-Value: 0.00000008
Query Start/End: Original strand, 7 - 140
Target Start/End: Original strand, 42921656 - 42921789
Alignment:
Q  7 gtttgcaagcagcagatgctcaagattttcttcaaactatcccaatttatgggttaggtcatcatatgtcaccagtagagtattatactatcctcaaata 106  Q
    ||||||||||| || ||||| | |||||||||| | ||||| | | |  |||||||||||| ||||| |||  ||| |||||| |||||||  |   |||    
T  42921656 gtttgcaagcaacacatgcttaggattttcttctagctatctcgaatggtgggttaggtcagcatatatcataagtggagtatcatactattattcgata 42921755  T
Q  107 tggccttatgattctattatttcctattgatgag 140  Q
    | | |||||||||| |||||||| ||||||||||    
T  42921756 tcgtcttatgattccattatttcttattgatgag 42921789  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 72; Significance: 7e-33; HSPs: 9)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 72; E-Value: 7e-33
Query Start/End: Original strand, 7 - 181
Target Start/End: Original strand, 9684941 - 9685116
Alignment:
Q  7 gtttgcaagcagcagatgctcaagattttcttcaaactatcccaatttatgggttaggtcatcatatgtcaccagtagagtattatactatcctcaaata 106  Q
    |||||||||||||| || ||||||||||||||| | ||||||| ||| ||||||||||||| |||||||||||||| ||||||  ||||||||| | |||    
T  9684941 gtttgcaagcagcacatactcaagattttcttctagctatccctattgatgggttaggtcagcatatgtcaccagtggagtatcgtactatccttagata 9685040  T
Q  107 tggccttatgattctattatttcctattgatgagatgtg-catttttgtcgtaagacatgtccggatacctttggg 181  Q
    | |||||| ||||| | |||||||||||||||||  ||| | | ||||||||||| | |||| |||||| ||||||    
T  9685041 tcgccttacgattccactatttcctattgatgaggcgtgccctgtttgtcgtaaggcgtgtctggatacttttggg 9685116  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 72; E-Value: 7e-33
Query Start/End: Original strand, 7 - 181
Target Start/End: Original strand, 20142266 - 20142441
Alignment:
Q  7 gtttgcaagcagcagatgctcaagattttcttcaaactatcccaatttatgggttaggtcatcatatgtcaccagtagagtattatactatcctcaaata 106  Q
    |||||||||||||| ||||||| |||||||||| | ||||||| ||| |||||||| |||| ||||||||| |||| ||||||| ||||||||| | |||    
T  20142266 gtttgcaagcagcacatgctcaggattttcttctagctatcccgattgatgggttaagtcagcatatgtcaacagtggagtattgtactatccttagata 20142365  T
Q  107 tggccttatgattctattatttcctattgatgagatgtg-catttttgtcgtaagacatgtccggatacctttggg 181  Q
    | |||||||||||| | ||||||||| ||||||| |||| | | ||||||||||| | |||| |||||| ||||||    
T  20142366 tcgccttatgattccactatttcctaatgatgaggtgtgccctgtttgtcgtaaggcgtgtctggatacttttggg 20142441  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 72; E-Value: 7e-33
Query Start/End: Original strand, 7 - 181
Target Start/End: Original strand, 41867434 - 41867609
Alignment:
Q  7 gtttgcaagcagcagatgctcaagattttcttcaaactatcccaatttatgggttaggtcatcatatgtcaccagtagagtattatactatcctcaaata 106  Q
    |||||||||||||| |||||||  ||||||||| | ||||||| ||| ||||||||||||| |||||||||||||| ||||||  ||||||||| | |||    
T  41867434 gtttgcaagcagcacatgctcagaattttcttctagctatcccgattgatgggttaggtcagcatatgtcaccagtggagtatcgtactatccttagata 41867533  T
Q  107 tggccttatgattctattatttcctattgatgagatgtgc-atttttgtcgtaagacatgtccggatacctttggg 181  Q
    | | |||||||||| | ||||||||||||||||| |||||  | ||||||||||| | |||| |||||| ||||||    
T  41867534 tcgtcttatgattccactatttcctattgatgaggtgtgctctgtttgtcgtaagtcgtgtctggatacttttggg 41867609  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 64; E-Value: 4e-28
Query Start/End: Original strand, 7 - 146
Target Start/End: Complemental strand, 17345219 - 17345080
Alignment:
Q  7 gtttgcaagcagcagatgctcaagattttcttcaaactatcccaatttatgggttaggtcatcatatgtcaccagtagagtattatactatcctcaaata 106  Q
    ||||||||| | || |||||||||||||||||| | ||||||||||| ||||||||||||  |||||||||| ||| ||||||  ||||||||| | |||    
T  17345219 gtttgcaagaaccacatgctcaagattttcttctagctatcccaattgatgggttaggtcggcatatgtcactagtggagtatcgtactatccttagata 17345120  T
Q  107 tggccttatgattctattatttcctattgatgagatgtgc 146  Q
    | ||||||||| || | ||||||||||||||||| |||||    
T  17345119 tcgccttatgaatccactatttcctattgatgaggtgtgc 17345080  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 63; E-Value: 2e-27
Query Start/End: Original strand, 12 - 181
Target Start/End: Original strand, 4412597 - 4412767
Alignment:
Q  12 caagcagcagatgctcaagattttcttcaaactatcccaatttatgggttaggtcatcatatgtcaccagtagagtattatactatcctcaaatatggcc 111  Q
    |||||| || ||||||| |||||||||| | ||||||| ||| ||| ||||||||| |||||||||||||| ||||||  ||||||||| | |||| | |    
T  4412597 caagcaacacatgctcaggattttcttctagctatcccgattgatgagttaggtcagcatatgtcaccagtggagtatcgtactatccttagatatcgtc 4412696  T
Q  112 ttatgattctattatttcctattgatgagatgtgcatt-tttgtcgtaagacatgtccggatacctttggg 181  Q
    ||||||||| | ||||||||||||||||| ||||| || || |||||||| | |||| |||||| ||||||    
T  4412697 ttatgattccactatttcctattgatgaggtgtgccttgttggtcgtaaggcgtgtctggatacttttggg 4412767  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 61; E-Value: 3e-26
Query Start/End: Original strand, 7 - 182
Target Start/End: Complemental strand, 44686998 - 44686822
Alignment:
Q  7 gtttgcaagcagcagatgctcaagattttcttcaaactatcccaatttatgggttaggtcatcatatgtcaccagtagagtattatactatcctcaaata 106  Q
    |||||||||||||| ||||| |||||||||||| | ||||| ||||| |||||||||||||  ||||||||||| | ||||||  |||||||||   |||    
T  44686998 gtttgcaagcagcacatgcttaagattttcttctagctatctcaattgatgggttaggtcagtatatgtcaccaatggagtatcgtactatccttcgata 44686899  T
Q  107 tggccttatgattctattatttcctattgatgagatgtg-catttttgtcgtaagacatgtccggatacctttggga 182  Q
    | | |||||||||| | ||| ||||||||||||| |||| | | ||||||||||||  |||| |||||| |||||||    
T  44686898 tcgtcttatgattccactatgtcctattgatgaggtgtgtcctgtttgtcgtaagatgtgtctggatacttttggga 44686822  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #7
Raw Score: 48; E-Value: 1e-18
Query Start/End: Original strand, 7 - 181
Target Start/End: Complemental strand, 28225580 - 28225406
Alignment:
Q  7 gtttgcaagcagcagatgctcaagattttcttcaaactatcccaatttatgggttaggtcatcatatgtcaccagtagagtattatactatcctcaaata 106  Q
    ||||||||| |||| |||||||||||||||||| | |||| |||||| ||||||||| ||| |||||||||||||  |||||   ||||||||    |||    
T  28225580 gtttgcaagaagcacatgctcaagattttcttctagctat-ccaattgatgggttagatcagcatatgtcaccagcggagtaccgtactatccgtcgata 28225482  T
Q  107 tggccttatgattctattatttcctattgatgagatgtg-catttttgtcgtaagacatgtccggatacctttggg 181  Q
    |   |||||||||| ||||||| | ||||||||| |||| ||| ||||||||||||| ||||  ||||| ||||||    
T  28225481 tcatcttatgattccattattttccattgatgaggtgtgccatgtttgtcgtaagacgtgtctagatacttttggg 28225406  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #8
Raw Score: 47; E-Value: 6e-18
Query Start/End: Original strand, 7 - 113
Target Start/End: Original strand, 18744544 - 18744650
Alignment:
Q  7 gtttgcaagcagcagatgctcaagattttcttcaaactatcccaatttatgggttaggtcatcatatgtcaccagtagagtattatactatcctcaaata 106  Q
    ||||||||||| || |||||||||| ||||||| | ||||||| ||| ||||||||||| | |||||||||||||| ||||||  ||||||||| | |||    
T  18744544 gtttgcaagcaccaaatgctcaagaatttcttctagctatcccgattgatgggttaggttagcatatgtcaccagtggagtatcgtactatccttagata 18744643  T
Q  107 tggcctt 113  Q
    | |||||    
T  18744644 tcgcctt 18744650  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #9
Raw Score: 35; E-Value: 0.00000000008
Query Start/End: Original strand, 7 - 133
Target Start/End: Original strand, 19161352 - 19161478
Alignment:
Q  7 gtttgcaagcagcagatgctcaagattttcttcaaactatcccaatttatgggttaggtcatcatatgtcaccagtagagtattatactatcctcaaata 106  Q
    |||||||||||  | ||||||| |||||||||| | ||||||  ||| || |||||||||| ||||||||| |||| ||||||  ||||||| | | |||    
T  19161352 gtttgcaagcaatatatgctcaggattttcttctagctatcctgattgataggttaggtcagcatatgtcatcagtggagtatcgtactatcattagata 19161451  T
Q  107 tggccttatgattctattatttcctat 133  Q
    | | |||||||||  | ||||||||||    
T  19161452 tcgtcttatgattgcactatttcctat 19161478  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 72; Significance: 7e-33; HSPs: 8)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 72; E-Value: 7e-33
Query Start/End: Original strand, 7 - 138
Target Start/End: Original strand, 28040653 - 28040784
Alignment:
Q  7 gtttgcaagcagcagatgctcaagattttcttcaaactatcccaatttatgggttaggtcatcatatgtcaccagtagagtattatactatcctcaaata 106  Q
    |||||||||||| | |||||||||||||||||| | ||||||| ||| || |||||||||| |||||||||||||| |||||| |||||||||| | |||    
T  28040653 gtttgcaagcagaacatgctcaagattttcttctagctatcccgattgattggttaggtcaacatatgtcaccagtggagtatcatactatccttagata 28040752  T
Q  107 tggccttatgattctattatttcctattgatg 138  Q
    | |||||||||||| ||||||||||| |||||    
T  28040753 tcgccttatgattccattatttcctaatgatg 28040784  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 61; E-Value: 3e-26
Query Start/End: Original strand, 10 - 146
Target Start/End: Complemental strand, 19036005 - 19035869
Alignment:
Q  10 tgcaagcagcagatgctcaagattttcttcaaactatcccaatttatgggttaggtcatcatatgtcaccagtagagtattatactatcctcaaatatgg 109  Q
    ||||||||||| ||||||  |||||||||| | ||||||| ||| ||| ||||||||| |||||||||||||| |||||| |||||||||| | |||| |    
T  19036005 tgcaagcagcacatgctcgggattttcttctagctatcccgattgatgagttaggtcaacatatgtcaccagtggagtatcatactatccttagatatcg 19035906  T
Q  110 ccttatgattctattatttcctattgatgagatgtgc 146  Q
    ||||||||||| | ||| |||| |||||||| |||||    
T  19035905 ccttatgattccactatatccttttgatgaggtgtgc 19035869  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 56; E-Value: 2e-23
Query Start/End: Original strand, 7 - 146
Target Start/End: Complemental strand, 37200836 - 37200697
Alignment:
Q  7 gtttgcaagcagcagatgctcaagattttcttcaaactatcccaatttatgggttaggtcatcatatgtcaccagtagagtattatactatcctcaaata 106  Q
    ||||||||| |||| |||||||  ||||||||  ||||||||  ||  ||||||||||||| |||||||||| ||| |||||| |||||||||| | |||    
T  37200836 gtttgcaagtagcacatgctcatcattttcttttaactatccatatggatgggttaggtcagcatatgtcactagtggagtatcatactatccttagata 37200737  T
Q  107 tggccttatgattctattatttcctattgatgagatgtgc 146  Q
    | ||||||| |||| | ||||||||||||||||| |||||    
T  37200736 tcgccttataattccactatttcctattgatgaggtgtgc 37200697  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 50; E-Value: 9e-20
Query Start/End: Original strand, 7 - 140
Target Start/End: Complemental strand, 7435006 - 7434873
Alignment:
Q  7 gtttgcaagcagcagatgctcaagattttcttcaaactatcccaatttatgggttaggtcatcatatgtcaccagtagagtattatactatcctcaaata 106  Q
    |||| ||||||||| ||| ||||||| || ||| |  |||||| ||| | ||||||||| | ||||||| ||||||||| ||   ||||||||||| |||    
T  7435006 gtttacaagcagcacatgttcaagatctttttctatttatccctattgacgggttaggttaacatatgttaccagtagaataccttactatcctcatata 7434907  T
Q  107 tggccttatgattctattatttcctattgatgag 140  Q
    | |||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  7434906 tcgcctcatgattctattatttcctattgatgag 7434873  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 47; E-Value: 6e-18
Query Start/End: Original strand, 8 - 142
Target Start/End: Complemental strand, 15585440 - 15585306
Alignment:
Q  8 tttgcaagcagcagatgctcaagattttcttcaaactatcccaatttatgggttaggtcatcatatgtcaccagtagagtattatactatcctcaaatat 107  Q
    |||||||||| || ||||||||||||| |||  | ||||||| ||| |||||||||| ||  ||||||||||||||||||||| ||||||| |||| |||    
T  15585440 tttgcaagcaacacatgctcaagatttacttttagctatccctattgatgggttaggccaaaatatgtcaccagtagagtattgtactatcatcaagtat 15585341  T
Q  108 ggccttatgattctattatttcctattgatgagat 142  Q
     | || ||||||   |||||| | |||||||||||    
T  15585340 cgtctcatgatttctttattttccattgatgagat 15585306  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 40; E-Value: 0.00000000000009
Query Start/End: Original strand, 22 - 137
Target Start/End: Original strand, 7794456 - 7794571
Alignment:
Q  22 atgctcaagattttcttcaaactatcccaatttatgggttaggtcatcatatgtcaccagtagagtattatactatcctcaaatatggccttatgattct 121  Q
    ||||||| |||||||||  | ||||||  ||| ||||||||||||| ||||| |||||||| |||||  || |||||||   |||| ||||||||||||     
T  7794456 atgctcatgattttcttatagctatccttattgatgggttaggtcaacatatatcaccagtggagtaccatgctatcctttgatatcgccttatgattcc 7794555  T
Q  122 attatttcctattgat 137  Q
    |||||||| |||||||    
T  7794556 attatttcatattgat 7794571  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 92 - 140
Target Start/End: Complemental strand, 22375215 - 22375167
Alignment:
Q  92 tactatcctcaaatatggccttatgattctattatttcctattgatgag 140  Q
    ||||||||| | |||| |||||||||||||| ||||||||| |||||||    
T  22375215 tactatccttagatatcgccttatgattctactatttcctactgatgag 22375167  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #8
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 55 - 139
Target Start/End: Complemental strand, 38732116 - 38732032
Alignment:
Q  55 atgggttaggtcatcatatgtcaccagtagagtattatactatcctcaaatatggccttatgattctattatttcctattgatga 139  Q
    |||||||  |||| ||||||||| |||| |||||   ||||||||| | |||| |||||||||||| | |||||||| |||||||    
T  38732116 atgggttgtgtcagcatatgtcatcagtggagtaccgtactatccttagatatcgccttatgattccactatttcctgttgatga 38732032  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 68; Significance: 2e-30; HSPs: 4)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 68; E-Value: 2e-30
Query Start/End: Original strand, 7 - 181
Target Start/End: Complemental strand, 5827835 - 5827660
Alignment:
Q  7 gtttgcaagcagcagatgctcaagattttcttcaaactatcccaatttatgggttaggtcatcatatgtcaccagtagagtattatactatcctcaaata 106  Q
    |||||||||||||| |||||||| ||||||||| | ||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||| |||||   |||||||||   |||    
T  5827835 gtttgcaagcagcacatgctcaaaattttcttctagctatcccaattgatgggttaggtcagcatatgtcaccagtggagtaccgtactatccttcgata 5827736  T
Q  107 tggccttatgattctattatttcctattgatgagatgtg-catttttgtcgtaagacatgtccggatacctttggg 181  Q
    | | |||||||||| | |||||| |||||||||| |||| | | ||||||||||| | |||| |||||| ||||||    
T  5827735 tcgtcttatgattccactatttcttattgatgaggtgtgccctgtttgtcgtaaggcgtgtctggatacttttggg 5827660  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 47; E-Value: 6e-18
Query Start/End: Original strand, 59 - 216
Target Start/End: Complemental strand, 4501787 - 4501629
Alignment:
Q  59 gttaggtcatcatatgtcaccagtagagtattatactatcctcaaatatggccttatgattctattatttcctattgatgagatgtg-catttttgtcgt 157  Q
    ||||||||| |||||||||||| | ||||||  ||||||||| | |||| | |||||||||| ||||||| ||||||||||| |||| ||| ||||||||    
T  4501787 gttaggtcagcatatgtcaccaatggagtatcgtactatccttagatatcgtcttatgattccattattttctattgatgaggtgtgtcatgtttgtcgt 4501688  T
Q  158 aagacatgtccggatacctttgggaaacaaatagtttattgcaaggagctccccgactt 216  Q
    ||| | || | |||||| |||||| | ||  | ||| |||| |||||||| ||||||||    
T  4501687 aaggcgtgcctggatacttttggggaccatgtcgttcattgtaaggagcttcccgactt 4501629  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 46; E-Value: 2e-17
Query Start/End: Original strand, 7 - 140
Target Start/End: Complemental strand, 24528171 - 24528038
Alignment:
Q  7 gtttgcaagcagcagatgctcaagattttcttcaaactatcccaatttatgggttaggtcatcatatgtcaccagtagagtattatactatcctcaaata 106  Q
    |||||||||||  | ||||||| |||||||||| | |||||   ||| |||||||||| || |||||||||||||| |||||| |||||||| | | |||    
T  24528171 gtttgcaagcataatatgctcaggattttcttctagctatcatgattgatgggttaggacaacatatgtcaccagtggagtatcatactatcattagata 24528072  T
Q  107 tggccttatgattctattatttcctattgatgag 140  Q
    | |||||||||||| | |||||| ||||| ||||    
T  24528071 tcgccttatgattccactatttcttattgttgag 24528038  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000005
Query Start/End: Original strand, 7 - 181
Target Start/End: Complemental strand, 32585728 - 32585553
Alignment:
Q  7 gtttgcaagcagcagatgctcaagattttcttcaaactatcccaatttatgggttaggtcatcatatgtcaccagtagagtattatactatcctcaaata 106  Q
    |||||||| || || || |||| ||||||||||   ||||||  ||| |||| ||| |||| |||||||||||| |  ||||   ||||||||| | ||     
T  32585728 gtttgcaatcaacatattctcatgattttcttctggctatcctgattgatggattatgtcagcatatgtcaccaatgaagtaccgtactatccttagatt 32585629  T
Q  107 tggccttatgattctattatttcctattgatgagatgtgcatt-tttgtcgtaagacatgtccggatacctttggg 181  Q
    | | |||||||||| | ||||||||||| ||||| |||||  | ||||||||||| |||||| |||||| ||||||    
T  32585628 tcgtcttatgattccactatttcctattaatgaggtgtgccctatttgtcgtaaggcatgtctggatacttttggg 32585553  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 68; Significance: 2e-30; HSPs: 7)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 68; E-Value: 2e-30
Query Start/End: Original strand, 7 - 181
Target Start/End: Original strand, 15291549 - 15291724
Alignment:
Q  7 gtttgcaagcagcagatgctcaagattttcttcaaactatcccaatttatgggttaggtcatcatatgtcaccagtagagtattatactatcctcaaata 106  Q
    |||||||||||||| ||||||  |||||||||| | ||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||| ||||||  ||||||||| | |||    
T  15291549 gtttgcaagcagcacatgctcgggattttcttctagctatcccaattgatgggttaggtcagcatatgtcaccagtggagtatcgtactatccttagata 15291648  T
Q  107 tggccttatgattctattatttcctattgatgagatgtg-catttttgtcgtaagacatgtccggatacctttggg 181  Q
    | | | |||||||| | ||||| ||||||||||| |||| ||| ||| ||||||| | |||| |||||| ||||||    
T  15291649 tcgtcgtatgattccactattttctattgatgaggtgtgtcatgtttatcgtaaggcgtgtctggatacttttggg 15291724  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 64; E-Value: 4e-28
Query Start/End: Original strand, 7 - 181
Target Start/End: Complemental strand, 433873 - 433698
Alignment:
Q  7 gtttgcaagcagcagatgctcaagattttcttcaaactatcccaatttatgggttaggtcatcatatgtcaccagtagagtattatactatcctcaaata 106  Q
    ||||||||||| || |||||||||||||||||| | ||||||||||| |||||||||| || |||||||||||| | ||||||   ||||||||   |||    
T  433873 gtttgcaagcaccacatgctcaagattttcttctagctatcccaattgatgggttaggccagcatatgtcaccaattgagtatcggactatccttcgata 433774  T
Q  107 tggccttatgattctattatttcctattgatgagatgtgca-tttttgtcgtaagacatgtccggatacctttggg 181  Q
    | | |||||||||| | | ||||||||||||||| |||||| | ||||||||||| | |||| |||||| ||||||    
T  433773 tcgtcttatgattccactttttcctattgatgaggtgtgcactgtttgtcgtaaggcgtgtctggatacttttggg 433698  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 57; E-Value: 6e-24
Query Start/End: Original strand, 7 - 174
Target Start/End: Complemental strand, 27337274 - 27337106
Alignment:
Q  7 gtttgcaagcagcagatgctcaagattttcttcaaactatcccaatttatgggttaggtcatcatatgtcaccagtagagtattatactatcctcaaata 106  Q
    |||||||| || || |||||||||||||||||  | ||||||||||| ||||||||||| | |||||||||||||| |||||   |||||||||   |||    
T  27337274 gtttgcaaccaccacatgctcaagattttcttttagctatcccaattgatgggttaggttagcatatgtcaccagttgagtaccgtactatccttcgata 27337175  T
Q  107 tggccttatgattctattatttcctattgatgagatgtg-catttttgtcgtaagacatgtccggatac 174  Q
    | | |||||||||| | | ||||||||||||||| |||| | | ||||||||||| |||||| ||||||    
T  27337174 tcgtcttatgattccactttttcctattgatgaggtgtgccctgtttgtcgtaaggcatgtctggatac 27337106  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 55; E-Value: 1e-22
Query Start/End: Original strand, 23 - 160
Target Start/End: Original strand, 25662859 - 25662997
Alignment:
Q  23 tgctcaagattttcttcaaactatcccaatttatgggttaggtcatcatatgtcaccagtagagtattatactatcctcaaatatggccttatgattcta 122  Q
    ||||||||||||||||| | ||||||||||| ||||||| ||||| |||||||||||||| || ||   |||||||||   |||| | |||||||||| |    
T  25662859 tgctcaagattttcttctagctatcccaattgatgggttgggtcagcatatgtcaccagtggaataccgtactatccttcgatatcgtcttatgattcca 25662958  T
Q  123 ttatttcctattgatgagatgtgcatt-tttgtcgtaag 160  Q
     ||||||||||||||||| ||||| || |||||||||||    
T  25662959 ctatttcctattgatgaggtgtgccttgtttgtcgtaag 25662997  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 48; E-Value: 1e-18
Query Start/End: Original strand, 7 - 146
Target Start/End: Original strand, 3113692 - 3113831
Alignment:
Q  7 gtttgcaagcagcagatgctcaagattttcttcaaactatcccaatttatgggttaggtcatcatatgtcaccagtagagtattatactatcctcaaata 106  Q
    ||||| |||||||| |||||||||||||||| | | ||||||| ||| |||  |||||||| |||| ||||  ||| ||||||  ||||||||| | |||    
T  3113692 gtttggaagcagcacatgctcaagattttctcctagctatcccgattgatgatttaggtcagcataggtcattagtggagtatcgtactatccttagata 3113791  T
Q  107 tggccttatgattctattatttcctattgatgagatgtgc 146  Q
    | |||||||||||| | ||| ||||||||||||| |||||    
T  3113792 ttgccttatgattccactatctcctattgatgaggtgtgc 3113831  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000003
Query Start/End: Original strand, 114 - 174
Target Start/End: Original strand, 6534196 - 6534257
Alignment:
Q  114 atgattctattatttcctattgatgagatgtg-catttttgtcgtaagacatgtccggatac 174  Q
    |||||||||||||||| |||||||||| |||| ||| ||||||||||| |||||| ||||||    
T  6534196 atgattctattatttcttattgatgaggtgtgtcatgtttgtcgtaaggcatgtctggatac 6534257  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 22 - 140
Target Start/End: Original strand, 32269334 - 32269452
Alignment:
Q  22 atgctcaagattttcttcaaactatcccaatttatgggttaggtcatcatatgtcaccagtagagtattatactatcctcaaatatggccttatgattct 121  Q
    |||||||  ||||||||  | ||||||  ||| |||||||||||||  |||||| || |||  ||||||||||||||||   |||| | ||||||||||     
T  32269334 atgctcagaattttcttttagctatcctgattgatgggttaggtcaggatatgttactagtgaagtattatactatccttggatattgtcttatgattcc 32269433  T
Q  122 attatttcctattgatgag 140  Q
    | ||||| |||||||||||    
T  32269434 actattttctattgatgag 32269452  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 64; Significance: 4e-28; HSPs: 6)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 64; E-Value: 4e-28
Query Start/End: Original strand, 7 - 181
Target Start/End: Complemental strand, 53786289 - 53786114
Alignment:
Q  7 gtttgcaagcagcagatgctcaagattttcttcaaactatcccaatttatgggttaggtcatcatatgtcaccagtagagtattatactatcctcaaata 106  Q
    ||||||||||| || |||||||||||||||||| | |||| |  ||| ||||||||||||| |||||||||||||| ||||||  || |||||| | |||    
T  53786289 gtttgcaagcaccacatgctcaagattttcttctagctattctgattgatgggttaggtcagcatatgtcaccagtggagtatcgtattatccttagata 53786190  T
Q  107 tggccttatgattctattatttcctattgatgagatgtgcatt-tttgtcgtaagacatgtccggatacctttggg 181  Q
    | |||||||||||| | ||||||||||||||||| ||| | || ||||||||||| | || | |||||| ||||||    
T  53786189 tcgccttatgattcaactatttcctattgatgaggtgtaccttgtttgtcgtaaggcgtgcctggatacttttggg 53786114  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 52; E-Value: 6e-21
Query Start/End: Original strand, 7 - 146
Target Start/End: Complemental strand, 35236709 - 35236570
Alignment:
Q  7 gtttgcaagcagcagatgctcaagattttcttcaaactatcccaatttatgggttaggtcatcatatgtcaccagtagagtattatactatcctcaaata 106  Q
    ||||||||| || | ||| |||||||||||||||| || |||   || |||| |||||||| |||||||||||||| |||||  |||||||||| | |||    
T  35236709 gtttgcaagtagtatatgatcaagattttcttcaagctgtcctggttgatggattaggtcagcatatgtcaccagtggagtaccatactatccttagata 35236610  T
Q  107 tggccttatgattctattatttcctattgatgagatgtgc 146  Q
    | || |||||||  |||||||||||||||||||| |||||    
T  35236609 tcgctttatgatgttattatttcctattgatgaggtgtgc 35236570  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 47; E-Value: 6e-18
Query Start/End: Original strand, 7 - 140
Target Start/End: Complemental strand, 29862379 - 29862245
Alignment:
Q  7 gtttgcaagcagcagatgctcaagattttcttcaaactatcccaatttatgggttag-gtcatcatatgtcaccagtagagtattatactatcctcaaat 105  Q
    |||||||| || || ||||||| |||||||||| | ||||| | ||| ||||||||  |||| ||||||||||||||  ||||   ||||||||| | ||    
T  29862379 gtttgcaaacaacacatgctcatgattttcttctagctatctcgattgatgggttaaagtcagcatatgtcaccagtgaagtagcgtactatccttagat 29862280  T
Q  106 atggccttatgattctattatttcctattgatgag 140  Q
    || |||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  29862279 atcgccttatgattccattatttcctattgatgag 29862245  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000001
Query Start/End: Original strand, 7 - 137
Target Start/End: Original strand, 52411428 - 52411558
Alignment:
Q  7 gtttgcaagcagcagatgctcaagattttcttcaaactatcccaatttatgggttaggtcatcatatgtcaccagtagagtattatactatcctcaaata 106  Q
    ||||||| |||||  ||||||| |||||||||| | ||||||| ||| ||| |||| |||| |||||||||| ||| ||||||  | ||||||| | |||    
T  52411428 gtttgcatgcagcgcatgctcatgattttcttctagctatcccgattgatgagttaagtcagcatatgtcacgagtggagtatcgtgctatccttagata 52411527  T
Q  107 tggccttatgattctattatttcctattgat 137  Q
    | ||||| |||||| ||| ||||||||||||    
T  52411528 tcgccttgtgattccattgtttcctattgat 52411558  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000003
Query Start/End: Original strand, 7 - 120
Target Start/End: Complemental strand, 49018533 - 49018420
Alignment:
Q  7 gtttgcaagcagcagatgctcaagattttcttcaaactatcccaatttatgggttaggtcatcatatgtcaccagtagagtattatactatcctcaaata 106  Q
    |||||||||||| | ||||||| |||||||||| | ||||||  ||| ||||||||||||| |  ||||||| ||| ||||||   |||||| | | |||    
T  49018533 gtttgcaagcagtacatgctcatgattttcttctagctatcctgattgatgggttaggtcagcgcatgtcacaagtggagtatcgaactatcattagata 49018434  T
Q  107 tggccttatgattc 120  Q
    | ||||||||||||    
T  49018433 tcgccttatgattc 49018420  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 30; E-Value: 0.00000008
Query Start/End: Original strand, 60 - 137
Target Start/End: Original strand, 45676366 - 45676443
Alignment:
Q  60 ttaggtcatcatatgtcaccagtagagtattatactatcctcaaatatggccttatgattctattatttcctattgat 137  Q
    |||||||| || | |||||||||||| ||| |||||||| ||| ||| | ||| |||||| |||||||| ||||||||    
T  45676366 ttaggtcaacaaacgtcaccagtagaatatcatactatcatcagataagacctcatgattatattattttctattgat 45676443  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 56; Significance: 2e-23; HSPs: 9)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 56; E-Value: 2e-23
Query Start/End: Original strand, 7 - 181
Target Start/End: Complemental strand, 34305078 - 34304903
Alignment:
Q  7 gtttgcaagcagcagatgctcaagattttcttcaaactatcccaatttatgggttaggtcatcatatgtcaccagtagagtattatactatcctcaaata 106  Q
    ||||| |||||||| |||||||||||||| ||| |  |||||||||| |||||||| |||| |||||||||||||| |||||   |||||||||   |||    
T  34305078 gtttggaagcagcacatgctcaagattttattctaggtatcccaattgatgggttatgtcagcatatgtcaccagtggagtaccgtactatccttcgata 34304979  T
Q  107 tggccttatgattctattatttcctattgatgagatgtg-catttttgtcgtaagacatgtccggatacctttggg 181  Q
      | |||||||||| |||||||| |||||||||| | || | |  ||||||||||||||||| |||||| ||||||    
T  34304978 ctgtcttatgattccattatttcatattgatgaggtttgccctacttgtcgtaagacatgtctggatacttttggg 34304903  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 53; E-Value: 1e-21
Query Start/End: Original strand, 7 - 207
Target Start/End: Original strand, 8374824 - 8375024
Alignment:
Q  7 gtttgcaagcagcagatgctcaagattttcttcaaactatcccaatttatgggttaggtcatcatatgtcaccagtagagtattatactatcctcaaata 106  Q
    |||||||| || || |||||||| ||||||||| | ||||||  ||| |||||||| | || |||||||||||| ||||||||  ||||||||||| |||    
T  8374824 gtttgcaaacaacacatgctcaatattttcttctagctatccttattgatgggttaagccaacatatgtcaccaatagagtatcgtactatcctcatata 8374923  T
Q  107 tggccttatgattctattatttcctattgatgagatgtgcatttttgtcgtaagacatgtccggatacctttgggaaacaaatagtttattgcaaggagc 206  Q
    | || ||||||||| |||| || ||||||||||| |||   | ||||   |||||| |||| ||||||||||||| | || | |||| |||| |||||||    
T  8374924 tcgcattatgattccattactttctattgatgaggtgtcactgtttgcaataagacgtgtctggatacctttggggagcataaagttcattgtaaggagc 8375023  T
Q  207 t 207  Q
    |    
T  8375024 t 8375024  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 47; E-Value: 6e-18
Query Start/End: Original strand, 44 - 146
Target Start/End: Original strand, 45232 - 45334
Alignment:
Q  44 tatcccaatttatgggttaggtcatcatatgtcaccagtagagtattatactatcctcaaatatggccttatgattctattatttcctattgatgagatg 143  Q
    |||||| ||| ||||||||||||| ||||||||| | || |||||| |||||||||| | ||||  ||||||||||| | ||||||||||||||||| ||    
T  45232 tatcccgattgatgggttaggtcagcatatgtcatctgtggagtatcatactatccttagatatcaccttatgattccaatatttcctattgatgaggtg 45331  T
Q  144 tgc 146  Q
    |||    
T  45332 tgc 45334  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 42; E-Value: 0.000000000000005
Query Start/End: Original strand, 7 - 120
Target Start/End: Original strand, 29337612 - 29337725
Alignment:
Q  7 gtttgcaagcagcagatgctcaagattttcttcaaactatcccaatttatgggttaggtcatcatatgtcaccagtagagtattatactatcctcaaata 106  Q
    |||||||||||||| ||||||| |||||||||| | ||||||  ||| ||||||||||||| ||||| || | |||  ||||| ||| |||||| | |||    
T  29337612 gtttgcaagcagcacatgctcaggattttcttctagctatcctgattgatgggttaggtcagcatatttcgcaagtgaagtatcatattatccttagata 29337711  T
Q  107 tggccttatgattc 120  Q
    | ||||||||||||    
T  29337712 tcgccttatgattc 29337725  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000003
Query Start/End: Original strand, 46 - 140
Target Start/End: Original strand, 4206161 - 4206255
Alignment:
Q  46 tcccaatttatgggttaggtcatcatatgtcaccagtagagtattatactatcctcaaatatggccttatgattctattatttcctattgatgag 140  Q
    |||| ||| ||||||||||||| |||||||||||||| |||||   ||||||||| | || | |||||| ||||| | |||||||||||||||||    
T  4206161 tcccgattgatgggttaggtcagcatatgtcaccagtggagtaccgtactatccttagatctcgccttacgattccactatttcctattgatgag 4206255  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000001
Query Start/End: Original strand, 7 - 120
Target Start/End: Original strand, 23910816 - 23910929
Alignment:
Q  7 gtttgcaagcagcagatgctcaagattttcttcaaactatcccaatttatgggttaggtcatcatatgtcaccagtagagtattatactatcctcaaata 106  Q
    ||||||||||| || ||| | |  ||||| ||| ||||||||||||| ||| ||||||| | |||||||||||||| || |||| |||| || | |||||    
T  23910816 gtttgcaagcaacacatgtttagaatttttttctaactatcccaattgatgagttaggttagcatatgtcaccagtggaatattgtactctctttaaata 23910915  T
Q  107 tggccttatgattc 120  Q
    | ||||||||||||    
T  23910916 tcgccttatgattc 23910929  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 22 - 146
Target Start/End: Original strand, 7200114 - 7200238
Alignment:
Q  22 atgctcaagattttcttcaaactatcccaatttatgggttaggtcatcatatgtcaccagtagagtattatactatcctcaaatatggccttatgattct 121  Q
    ||||||| |||||||||| | ||||| ||||| ||||||||| ||| ||||||||||  ||||||||  | ||||| ||   |||| || | |||||||     
T  7200114 atgctcaggattttcttctagctatctcaattgatgggttagatcaacatatgtcacacgtagagtaccacactattcttcgatatcgcttaatgattcc 7200213  T
Q  122 attatttcctattgatgagatgtgc 146  Q
    |||| ||  ||||||||||||||||    
T  7200214 attactttttattgatgagatgtgc 7200238  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #8
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 82 - 146
Target Start/End: Complemental strand, 22986425 - 22986361
Alignment:
Q  82 tagagtattatactatcctcaaatatggccttatgattctattatttcctattgatgagatgtgc 146  Q
    |||||||| |||| ||||||| |||| |||| ||||||| ||||  ||||||||||||| |||||    
T  22986425 tagagtatcatacaatcctcagatatcgcctcatgattccattacatcctattgatgaggtgtgc 22986361  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #9
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 82 - 146
Target Start/End: Original strand, 23801969 - 23802033
Alignment:
Q  82 tagagtattatactatcctcaaatatggccttatgattctattatttcctattgatgagatgtgc 146  Q
    |||||||| |||| ||||||| |||| |||| ||||||| ||||  ||||||||||||| |||||    
T  23801969 tagagtatcatacaatcctcagatatcgcctcatgattccattacatcctattgatgaggtgtgc 23802033  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 54; Significance: 4e-22; HSPs: 7)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 54; E-Value: 4e-22
Query Start/End: Original strand, 8 - 160
Target Start/End: Complemental strand, 16958115 - 16957963
Alignment:
Q  8 tttgcaagcagcagatgctcaagattttcttcaaactatcccaatttatgggttaggtcatcatatgtcaccagtagagtattatactatcctcaaatat 107  Q
    ||||||||||||| |||||| ||||||||||| | ||||||  ||| |||||| ||| || |||||||||||||| || || | ||||||||| | ||||    
T  16958115 tttgcaagcagcacatgctctagattttcttctagctatcctcattgatgggtaaggccagcatatgtcaccagtggattactgtactatccttagatat 16958016  T
Q  108 ggccttatgattctattatttcctattgatgagatgtgcatt-tttgtcgtaag 160  Q
     |||||||||||| | ||||| ||||||||||| ||||| || |||||||||||    
T  16958015 -gccttatgattccactattttctattgatgaggtgtgccttgtttgtcgtaag 16957963  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 48; E-Value: 1e-18
Query Start/End: Original strand, 7 - 146
Target Start/End: Complemental strand, 53171079 - 53170940
Alignment:
Q  7 gtttgcaagcagcagatgctcaagattttcttcaaactatcccaatttatgggttaggtcatcatatgtcaccagtagagtattatactatcctcaaata 106  Q
    |||||||||||||| ||||||| |||||||||| | |||||| |||| ||||||||| ||| ||||| ||| |||| ||||||  ||||||| | | |||    
T  53171079 gtttgcaagcagcacatgctcaggattttcttctagctatcctaattgatgggttagttcagcatatatcatcagtggagtatcgtactatctttagata 53170980  T
Q  107 tggccttatgattctattatttcctattgatgagatgtgc 146  Q
    |  ||||| ||||| | ||||| ||||||||||| |||||    
T  53170979 tcaccttacgattccactattttctattgatgaggtgtgc 53170940  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 48; E-Value: 1e-18
Query Start/End: Original strand, 7 - 146
Target Start/End: Original strand, 56461640 - 56461779
Alignment:
Q  7 gtttgcaagcagcagatgctcaagattttcttcaaactatcccaatttatgggttaggtcatcatatgtcaccagtagagtattatactatcctcaaata 106  Q
    |||||||| ||||| |||||||||||||| ||| | |||||  |||| || |||||||||||||||| |||||| | ||||||  ||| ||||| | |||    
T  56461640 gtttgcaaacagcacatgctcaagatttttttctagctatcataattgattggttaggtcatcatatatcaccaatggagtatcgtaccatccttagata 56461739  T
Q  107 tggccttatgattctattatttcctattgatgagatgtgc 146  Q
    |  ||||||||||| | ||||| ||||||||||| |||||    
T  56461740 taaccttatgattccactattttctattgatgaggtgtgc 56461779  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 22 - 133
Target Start/End: Complemental strand, 32335417 - 32335307
Alignment:
Q  22 atgctcaagattttcttcaaactatcccaatttatgggttaggtcatcatatgtcaccagtagagtattatactatcctcaaatatggccttatgattct 121  Q
    ||||||| |||||||||| | ||||||| ||| |||| ||||||||||||||||||  ||| |||||  ||||||| || | |||| ||| ||||||||     
T  32335417 atgctcatgattttcttctagctatccctattgatggattaggtcatcatatgtcattagtggagtaccatactat-cttagatatcgccgtatgattcc 32335319  T
Q  122 attatttcctat 133  Q
    | ||||||||||    
T  32335318 aatatttcctat 32335307  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000003
Query Start/End: Original strand, 69 - 146
Target Start/End: Original strand, 23809296 - 23809373
Alignment:
Q  69 catatgtcaccagtagagtattatactatcctcaaatatggccttatgattctattatttcctattgatgagatgtgc 146  Q
    |||||||||  ||||||||||| ||||||||||| |||| || | ||||||  ||| ||||||||||||||| |||||    
T  23809296 catatgtcaatagtagagtattgtactatcctcatatatagcttcatgattgaattgtttcctattgatgaggtgtgc 23809373  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 7 - 131
Target Start/End: Complemental strand, 24222472 - 24222348
Alignment:
Q  7 gtttgcaagcagcagatgctcaagattttcttcaaactatcccaatttatgggttaggtcatcatatgtcaccagtagagtattatactatcctcaaata 106  Q
    ||||||||||| || |||||||| ||||||||  ||||||| | ||| ||||||||||    || |||||||| ||||||||   |||||| ||||||||    
T  24222472 gtttgcaagcatcacatgctcaaaattttcttttaactatctctattgatgggttaggctgacacatgtcacccgtagagtaccgtactattctcaaata 24222373  T
Q  107 tggccttatgattctattatttcct 131  Q
    |  ||| ||||||| || |||||||    
T  24222372 tcacctcatgattccataatttcct 24222348  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 7 - 88
Target Start/End: Complemental strand, 25707084 - 25707002
Alignment:
Q  7 gtttgcaagcagcagatgctcaagattttcttcaaactat-cccaatttatgggttaggtcatcatatgtcaccagtagagta 88  Q
    |||||||||||||| ||||| | |||||||||| | |||  ||| ||| ||||||||||||| ||||||||||  ||||||||    
T  25707084 gtttgcaagcagcacatgctgaggattttcttctagctacacccgattgatgggttaggtcagcatatgtcacttgtagagta 25707002  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0186 (Bit Score: 49; Significance: 4e-19; HSPs: 1)
Name: scaffold0186
Description:

Target: scaffold0186; HSP #1
Raw Score: 49; E-Value: 4e-19
Query Start/End: Original strand, 22 - 146
Target Start/End: Complemental strand, 20287 - 20163
Alignment:
Q  22 atgctcaagattttcttcaaactatcccaatttatgggttaggtcatcatatgtcaccagtagagtattatactatcctcaaatatggccttatgattct 121  Q
    ||||||| |||||||||  | ||||||||||| ||||||||||||| ||||||||| || | ||||||  | ||||||| | ||||  ||||||||||      
T  20287 atgctcaggattttcttgtagctatcccaattgatgggttaggtcaacatatgtcaacattggagtatggtgctatccttagatatcaccttatgattac 20188  T
Q  122 attatttcctattgatgagatgtgc 146  Q
    ||||||||||||||||||| |||||    
T  20187 attatttcctattgatgaggtgtgc 20163  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University