View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF9006_low_4 (Length: 654)

Name: NF9006_low_4
Description: NF9006
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF9006_low_4
NF9006_low_4
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (1-636)||(9026418-9027064)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 536; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 536; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 636
Target Start/End: Original strand, 9026418 - 9027064
Alignment:
Q  1 tacactatgacaaccacattgtgcgtacaattatatcatatgattttttgtgtgcaccttggtattttcttatcatatttgatctttatattatatcctt 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  9026418 tacactatgacaaccacattgtgcgtacaattatatcatatgattttttgtgtgcaccttggtattttcttatcatatttgatctttatatcatatcctt 9026517  T
Q  101 gccctcccatattatcaagctcacattattttaatatgactatagctttttattagatat------gcatatgcagataagtatatataatttcatattg 194  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||      ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9026518 gccctcccatattatcaagctcacattattttaatatgactatagctttttattagatatgcatatgcatatgcagataagtatatataatttcatattg 9026617  T
Q  195 atactaagcaaacaaaacaagaaaaaatattggtgcccttaaaaaacggagacttgtgtaggctcccctccaacacactctaagggccacttggtaacca 294  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9026618 atactaagcaaacaaaacaataaaaaatattggtgcccttaaaaaacggagacttgtgtaggctcccctccaacacactctaagggccacttggtaacca 9026717  T
Q  295 caaaccctctggttgaaatgtagccaagcaagcactgtataattgtcctttgtatacagttatagcactatactac-gtccaaatctttgactattatgt 393  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  9026718 caaaccctctggttgaaatgtagccaagcaagcactgtataattgtcctttgtatacagttatagcactatactactgtccaaatctttgactattatgt 9026817  T
Q  394 ctttatttcaactgcatgccctaatctataacacacgacat-nnnnnnnnnnnnnnttatataccatcatgaactaaaaataattcagggcttaaaacaa 492  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||               || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9026818 ctttatttcaactgcatgccctaatctataacacacgacataacaaaacaaaaaaattgtataccatcatgaactaaaaataattcagggcttaaaacaa 9026917  T
Q  493 atataccattggaacttagttttaggtggatatggggttttctgataatgatatatagaaatgagtggattaaaatgtagaaacgtattattaggtttat 592  Q
    || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9026918 atctaccattggaacttagttttaggtggatatggggttttctgataatgatatatagaaatgagtggattaaaatgtagaaacgtattattaggtttat 9027017  T
Q  593 gtttgtaatt---ataatcacagaaaaaagatagggggtatacatcg 636  Q
    ||||||||||   ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9027018 gtttgtaattataataatcacagaaaaaagatagggggtatacatcg 9027064  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University