View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF9007_low_1 (Length: 791)

Name: NF9007_low_1
Description: NF9007
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF9007_low_1
NF9007_low_1
[»] chr1 (2 HSPs)
chr1 (11-774)||(27230354-27231117)
chr1 (712-771)||(27270493-27270552)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 724; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 724; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 11 - 774
Target Start/End: Original strand, 27230354 - 27231117
Alignment:
Q  11 attatactttcatgtctcataactcatgacctaagtcaatagacacaatctattacaaaatataattataataaactatttaaaaaacctaagttgcact 110  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||      
T  27230354 attatactttcatgtctcataactcatgacctaagtcaatagagacaatctattacaaaatataattataataatctatttaaaaaacctaagttgcaga 27230453  T
Q  111 tccaatagcaggacaaaaagttatatcataactttcagcccctttacattgatacataggaggcttattatcaccagaatatatatgagcattagggcat 210  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27230454 tccaatagcaggacaaaaagttatatcataactttcagcccctttacattgatacataggaggcttattatcaccagaatatatatgagcattagggcat 27230553  T
Q  211 tgttgcttaaacttgagtgtatactcatcaagttgacaattattcccattacaacaatgtccatcatccttaaacacatcacaagcactattacacccta 310  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27230554 tgttgcttaaacttgagtgtatactcatcaagttgacaattattcccattacaacaatgttcatcatccttaaacacatcacaagcactattacacccta 27230653  T
Q  311 cataaaatccattagcattataagctattaaagatggtggacaaacatttccaaaatccatattacaggtcacaactggacatggacctgaaccatccaa 410  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  27230654 cataaagtccattagcattataagctattaaagatggtggacaaacatttccaaaatccatattacaggtcacaactggacatggacctgatccatccaa 27230753  T
Q  411 caatgttccaccaacaggtttgatattaacaaaaatattttgtccatgaatcaaacttatttcataggaaacaattgattcgttaacgttgaaattgaga 510  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27230754 caatgttccaccaacaggtttgatattaacaaaaatattttgtccatgaatcaaacttatttcataggaaacaattgattcgttaacgttgaaattgaga 27230853  T
Q  511 agtgttacgggataattaggtgttgtgtctgcacactctcgagtccctaatcggcaatcaccagtttcacatgaaaaataatcatctgcatttgttgtgc 610  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  27230854 agtgttacgggataattaggtgttgtgtctgcacactctcgagtccctaatcggcaatcaccagtttcacatgaaaaataatcatctgtatttgttgtgc 27230953  T
Q  611 attctgttcttgcccaaattgatccactataatgatcatccatgttgaatatttcgtagatttctggacctagttctggttctaaatcccccatgcttgg 710  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  27230954 attctgttcttgcccaaattgatccactataatgatcatccatgttgaatatttcgtagatttctggacctagttctggttctaaatcccctatgcttgg 27231053  T
Q  711 gtttgatgcacgccatattgagtgtgagcatatgttttcaaaatgaaatgtcacatctgaaaat 774  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27231054 gtttgatgcacgccatattgaatgtgagcatatgttttcaaaatgaaatgtcacatctgaaaat 27231117  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 60; E-Value: 4e-25
Query Start/End: Original strand, 712 - 771
Target Start/End: Original strand, 27270493 - 27270552
Alignment:
Q  712 tttgatgcacgccatattgagtgtgagcatatgttttcaaaatgaaatgtcacatctgaa 771  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27270493 tttgatgcacgccatattgagtgtgagcatatgttttcaaaatgaaatgtcacatctgaa 27270552  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University