View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF9009_low_20 (Length: 419)

Name: NF9009_low_20
Description: NF9009
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF9009_low_20
NF9009_low_20
[»] chr5 (5 HSPs)
chr5 (1-396)||(2998044-2998437)
chr5 (7-373)||(2998256-2998621)
chr5 (38-400)||(2997872-2998234)
chr5 (155-400)||(2997783-2998028)
chr5 (1-195)||(2998457-2998650)
[»] chr2 (7 HSPs)
chr2 (7-398)||(32716539-32716929)
chr2 (155-400)||(32716479-32716724)
chr2 (7-373)||(32716746-32717111)
chr2 (35-295)||(32717186-32717447)
chr2 (37-400)||(32716981-32717345)
chr2 (155-256)||(32714065-32714166)
chr2 (1-195)||(32717361-32717554)
[»] chr6 (6 HSPs)
chr6 (87-388)||(14904801-14905103)
chr6 (108-373)||(14905023-14905289)
chr6 (184-387)||(14905423-14905626)
chr6 (49-240)||(14904742-14904934)
chr6 (13-370)||(14905233-14905589)
chr6 (235-301)||(14903953-14904017)
[»] chr8 (11 HSPs)
chr8 (164-226)||(34534099-34534161)
chr8 (157-227)||(34544941-34545011)
chr8 (147-227)||(34916661-34916742)
chr8 (158-228)||(39848041-39848111)
chr8 (165-229)||(34548864-34548928)
chr8 (143-224)||(34538919-34539001)
chr8 (157-215)||(34549085-34549143)
chr8 (313-370)||(38454191-38454248)
chr8 (169-224)||(34544668-34544723)
chr8 (169-224)||(34916043-34916098)
chr8 (172-207)||(39848916-39848951)
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (157-208)||(44474143-44474194)
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (164-237)||(7046875-7046948)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 337; Significance: 0; HSPs: 5)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 337; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 396
Target Start/End: Original strand, 2998044 - 2998437
Alignment:
Q  1 gaagacggacatggaaaggacggataatatatccccatcaagaacaatttttgagggtgaattctcgagaaattcccgtaatggttacgacacccttaaa 100  Q
    ||||||||||| |||||||||| |||||||||||  || || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  2998044 gaagacggacagggaaaggacgaataatatatcc--ataaaaaacaatttttgagggtgaattctcgagaaattcccgtaatggttacggcacccttaaa 2998141  T
Q  101 aaatctgatggggatatctacattggtaactttgagaacaatcttttccatggcagggaaagcacacatggtcaaatggaacaatatatgagggtgattg 200  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2998142 aaatctgatggggatatctacattggtaactttgagaacaatattttccatggcagggaaagcacacatggtcaaatggaacaatatatgagggtgattg 2998241  T
Q  201 ggttgatgaacaaaggacagggaaaggacggatcatatatccatcaagaacaagttttgagggtgaattctccatgaattcccgtcatggtcacgacacc 300  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  2998242 ggttgatgaacaaaggacagggaaaggacggatcatatatccatcaggaacaagttttgagggtgaattctccatgaattcccgtcatagtcacgacacc 2998341  T
Q  301 ctgacaaaatccaatggggatatctacgttggtaacttcaacaacgatcttttccatggcaacggaaagtacatgtggtcaaatggaacagtatac 396  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  2998342 ctgacaaaatccgatggggatatctacgttggtaacttcgataacgatcttttccatggcaacggaaagtacatgtggtcaaatggaacaatatac 2998437  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 173; E-Value: 7e-93
Query Start/End: Original strand, 7 - 373
Target Start/End: Original strand, 2998256 - 2998621
Alignment:
Q  7 ggacatggaaaggacggataatatatccccatcaagaacaatttttgagggtgaattctcgagaaattcccgtaatggttacgacacccttaaaaaatct 106  Q
    ||||| ||||||||||||| ||||||||  |||| |||||| |||||||||||||||||| |  ||||||||| || || |||||||||| | ||||||     
T  2998256 ggacagggaaaggacggatcatatatcc--atcaggaacaagttttgagggtgaattctccatgaattcccgtcatagtcacgacaccctgacaaaatcc 2998353  T
Q  107 gatggggatatctacattggtaactttgagaacaatcttttccatggcag-ggaaagcacacatggtcaaatggaacaatatatgagggtgattgggttg 205  Q
    ||||||||||||||| |||||||||| || ||| |||||||||||||||  |||||| |||  ||||||||||||||||||||  |||||| |||| |||    
T  2998354 gatggggatatctacgttggtaacttcgataacgatcttttccatggcaacggaaagtacatgtggtcaaatggaacaatatacaagggtggttggtttg 2998453  T
Q  206 atgaacaaaggacagggaaaggacggatcatatatccatcaagaacaagttttgagggtgaattctccatgaattcccgtcatggtcacgacaccctgac 305  Q
    ||| |  ||||||||||||||| |||||||||||| ||||| || ||| |||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||| || |||||| ||    
T  2998454 atggaagaaggacagggaaaggtcggatcatatattcatcaggatcaatttttgagggtgaattctccaagaactcccgtcatggtcgcggcacccttac 2998553  T
Q  306 aaaatccaatggggatatctacgttggtaacttcaacaacgatcttttccatggcaacggaaagtaca 373  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| | || ||| |||| |||||||| ||||||||||    
T  2998554 aaaatccaatggggatatctacgttggtaacttcgagaatgatatttttcatggcaagggaaagtaca 2998621  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 140; E-Value: 3e-73
Query Start/End: Original strand, 38 - 400
Target Start/End: Original strand, 2997872 - 2998234
Alignment:
Q  38 tcaagaacaatttttgagggtgaattctcgagaaattcccgtaatggttacgacacccttaaaaaatctgatggggatatctacattggtaactttgaga 137  Q
    |||||| ||| |||||||||||||||||  || ||||| ||| ||||| | | ||| |||| ||||||  |||||||| ||| ||||||||||||||| |    
T  2997872 tcaagagcaagttttgagggtgaattctttaggaattctcgtcatggtcatggcactcttacaaaatccaatggggatgtcttcattggtaactttgaaa 2997971  T
Q  138 acaatcttttccatggca-gggaaagcacacatggtcaaatggaacaatatatgagggtgattgggttgatgaacaaaggacagggaaaggacggatcat 236  Q
    |  ||||||||||||||| ||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |  | |||||||||||||||| || ||    
T  2997972 atgatcttttccatggcaagggaaagtacacatggtcaagtggaacaatatatgagggtgattgggttgatggaagacggacagggaaaggacgaataat 2998071  T
Q  237 atatccatcaagaacaagttttgagggtgaattctccatgaattcccgtcatggtcacgacaccctgacaaaatccaatggggatatctacgttggtaac 336  Q
    |||||||| || ||||| |||||||||||||||||| |  ||||||||| ||||| ||| |||||| | ||||||  |||||||||||||| ||||||||    
T  2998072 atatccataaaaaacaatttttgagggtgaattctcgagaaattcccgtaatggttacggcacccttaaaaaatctgatggggatatctacattggtaac 2998171  T
Q  337 ttcaacaacgatcttttccatggcaacggaaagtacatgtggtcaaatggaacagtatacgagg 400  Q
    ||  | ||| || ||||||||||| | |||||| |||  ||||||||||||||| |||| ||||    
T  2998172 tttgagaacaatattttccatggc-agggaaagcacacatggtcaaatggaacaatatatgagg 2998234  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 118; E-Value: 4e-60
Query Start/End: Original strand, 155 - 400
Target Start/End: Original strand, 2997783 - 2998028
Alignment:
Q  155 agggaaagcacacatggtcaaatggaacaatatatgagggtgattgggttgatgaacaaaggacagggaaaggacggatcatatatccatcaagaacaag 254  Q
    |||||||| |||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||| ||||| ||||||| |||||||||| | ||||| |||| |||||| ||||    
T  2997783 agggaaagtacacatggtcaagtggaacaatctatgagggtgattgggttaatgaaaaaaggactgggaaaggaccggtcataaatccgtcaagagcaag 2997882  T
Q  255 ttttgagggtgaattctccatgaattcccgtcatggtcacgacaccctgacaaaatccaatggggatatctacgttggtaacttcaacaacgatcttttc 354  Q
    |||||||||||||||||  | |||||| ||||||||||| | ||| || |||||||||||||||||| ||| | ||||||||||  | || |||||||||    
T  2997883 ttttgagggtgaattctttaggaattctcgtcatggtcatggcactcttacaaaatccaatggggatgtcttcattggtaactttgaaaatgatcttttc 2997982  T
Q  355 catggcaacggaaagtacatgtggtcaaatggaacagtatacgagg 400  Q
    |||||||| ||||||||||  ||||||| ||||||| |||| ||||    
T  2997983 catggcaagggaaagtacacatggtcaagtggaacaatatatgagg 2998028  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 65; E-Value: 2e-28
Query Start/End: Original strand, 1 - 195
Target Start/End: Original strand, 2998457 - 2998650
Alignment:
Q  1 gaagacggacatggaaaggacggataatatatccccatcaagaacaatttttgagggtgaattctcgagaaattcccgtaatggttacgacacccttaaa 100  Q
    ||||| ||||| ||||||| ||||| |||||| |  |||| || |||||||||||||||||||||| |  || |||||| |||||  || |||||||| |    
T  2998457 gaagaaggacagggaaaggtcggatcatatattc--atcaggatcaatttttgagggtgaattctccaagaactcccgtcatggtcgcggcacccttaca 2998554  T
Q  101 aaatctgatggggatatctacattggtaactttgagaacaatcttttccatggca-gggaaagcacacatggtcaaatggaacaatatatgagggt 195  Q
    |||||  |||||||||||||| |||||||||| |||||  || |||| ||||||| ||||||| ||||||| | |||| |||||||||||||||||    
T  2998555 aaatccaatggggatatctacgttggtaacttcgagaatgatatttttcatggcaagggaaagtacacatgtttaaatagaacaatatatgagggt 2998650  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 178; Significance: 7e-96; HSPs: 7)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 178; E-Value: 7e-96
Query Start/End: Original strand, 7 - 398
Target Start/End: Original strand, 32716539 - 32716929
Alignment:
Q  7 ggacatggaaaggacggataatatatccccatcaagaacaatttttgagggtgaattctcgagaaattcccgtaatggttacgacacccttaaaaaatct 106  Q
    ||||| ||||||| ||||| ||||||||  |||| || ||| |||||||||| ||||||  || ||||||||| |||||  || ||| |||||||||||     
T  32716539 ggacagggaaagggcggatcatatatcc--atcaggagcaagttttgagggtcaattctttaggaattcccgtcatggtcgcggcactcttaaaaaatcc 32716636  T
Q  107 gatggggatatctacattggtaactttgagaacaatcttttccatggca-gggaaagcacacatggtcaaatggaacaatatatgagggtgattgggttg 205  Q
    ||||||| ||||||| |||||||||| ||||   ||||||||||||||| ||||||| |||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32716637 gatgggggtatctacgttggtaacttcgagagtgatcttttccatggcaagggaaagtacacgtggttaaatggaacaatatatgagggtgattgggttg 32716736  T
Q  206 atgaacaaaggacagggaaaggacggatcatatatccatcaagaacaagttttgagggtgaattctccatgaattcccgtcatggtcacgacaccctgac 305  Q
    ||| | |||||||||||||||| |||||||||||||||||| || |||||||||||||| ||||||  | |||||||||||||||||||| ||| || |     
T  32716737 atggaaaaaggacagggaaagggcggatcatatatccatcaggagcaagttttgagggtcaattctttaggaattcccgtcatggtcacggcactcttaa 32716836  T
Q  306 aaaatccaatggggatatctacgttggtaacttcaacaacgatcttttccatggcaacggaaagtacatgtggtcaaatggaacagtatacga 398  Q
    ||||||| |||||| ||||||||||||||||||| | |  ||||||||||||||||| ||||||||||  |||||| |||||||| |||||||    
T  32716837 aaaatccgatgggggtatctacgttggtaacttcgagagtgatcttttccatggcaaaggaaagtacacatggtcacatggaacaatatacga 32716929  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 142; E-Value: 2e-74
Query Start/End: Original strand, 155 - 400
Target Start/End: Original strand, 32716479 - 32716724
Alignment:
Q  155 agggaaagcacacatggtcaaatggaacaatatatgagggtgattgggttgatgaacaaaggacagggaaaggacggatcatatatccatcaagaacaag 254  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||| |||||||||||||||||| || ||||    
T  32716479 agggaaagtacacatggtcaaatggaacaatatatgagggtgattgggttgatggaaaaaggacagggaaagggcggatcatatatccatcaggagcaag 32716578  T
Q  255 ttttgagggtgaattctccatgaattcccgtcatggtcacgacaccctgacaaaatccaatggggatatctacgttggtaacttcaacaacgatcttttc 354  Q
    |||||||||| ||||||  | ||||||||||||||||| || ||| || | ||||||| |||||| ||||||||||||||||||| | |  |||||||||    
T  32716579 ttttgagggtcaattctttaggaattcccgtcatggtcgcggcactcttaaaaaatccgatgggggtatctacgttggtaacttcgagagtgatcttttc 32716678  T
Q  355 catggcaacggaaagtacatgtggtcaaatggaacagtatacgagg 400  Q
    |||||||| |||||||||| ||||| |||||||||| |||| ||||    
T  32716679 catggcaagggaaagtacacgtggttaaatggaacaatatatgagg 32716724  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 141; E-Value: 8e-74
Query Start/End: Original strand, 7 - 373
Target Start/End: Original strand, 32716746 - 32717111
Alignment:
Q  7 ggacatggaaaggacggataatatatccccatcaagaacaatttttgagggtgaattctcgagaaattcccgtaatggttacgacacccttaaaaaatct 106  Q
    ||||| ||||||| ||||| ||||||||  |||| || ||| |||||||||| ||||||  || ||||||||| ||||| ||| ||| |||||||||||     
T  32716746 ggacagggaaagggcggatcatatatcc--atcaggagcaagttttgagggtcaattctttaggaattcccgtcatggtcacggcactcttaaaaaatcc 32716843  T
Q  107 gatggggatatctacattggtaactttgagaacaatcttttccatggcag-ggaaagcacacatggtcaaatggaacaatatatgagggtgattgggttg 205  Q
    ||||||| ||||||| |||||||||| ||||   |||||||||||||||  |||||| ||||||||||| ||||||||||||| || |||||||||||||    
T  32716844 gatgggggtatctacgttggtaacttcgagagtgatcttttccatggcaaaggaaagtacacatggtcacatggaacaatatacgatggtgattgggttg 32716943  T
Q  206 atgaacaaaggacagggaaaggacggatcatatatccatcaagaacaagttttgagggtgaattctccatgaattcccgtcatggtcacgacaccctgac 305  Q
    ||| |  ||||||||||||||| |  || ||||||| |||| ||||||||||||||||| ||||||  | |||||||||||||||||| | |||||| ||    
T  32716944 atggaagaaggacagggaaagggcaaatgatatatctatcaggaacaagttttgagggtcaattctttaggaattcccgtcatggtcaaggcacccttac 32717043  T
Q  306 aaaatccaatggggatatctacgttggtaacttcaacaacgatcttttccatggcaacggaaagtaca 373  Q
     | |||||||||| || ||||| ||||||||||||| |  ||||||||| ||||||| ||||||||||    
T  32717044 catatccaatgggcatgtctacattggtaacttcaagagtgatcttttcaatggcaagggaaagtaca 32717111  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 138; E-Value: 5e-72
Query Start/End: Original strand, 35 - 295
Target Start/End: Original strand, 32717186 - 32717447
Alignment:
Q  35 ccatcaagaacaatttttgagggtgaattctcgagaaattcccgtaatggttacgacacccttaaaaaatctgatggggatatctacattggtaactttg 134  Q
    |||||| || ||| ||||||||||||||||||  | ||||||||| ||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  32717186 ccatcaggatcaacttttgagggtgaattctccgggaattcccgtcatggtcacggcacccttaaaaaatctgatggggatatctacattggtaacttcg 32717285  T
Q  135 agaacaatcttttccatggcag-ggaaagcacacatggtcaaatggaacaatatatgagggtgattgggttgatgaacaaaggacagggaaaggacggat 233  Q
    |||   |||||| ||||||||  |||||| ||||||||| | ||||||||||||| ||||||||||||||||||| |  |||||||||||||||||||||    
T  32717286 agagtgatctttaccatggcaaaggaaagtacacatggttagatggaacaatatacgagggtgattgggttgatggaagaaggacagggaaaggacggat 32717385  T
Q  234 catatatccatcaagaacaagttttgagggtgaattctccatgaattcccgtcatggtcacg 295  Q
     |||||||||||| || |||||||||||||||||||||| | |||||||  |||||||||||    
T  32717386 aatatatccatcaggagcaagttttgagggtgaattctctaggaattcctttcatggtcacg 32717447  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 125; E-Value: 3e-64
Query Start/End: Original strand, 37 - 400
Target Start/End: Original strand, 32716981 - 32717345
Alignment:
Q  37 atcaagaacaatttttgagggtgaattctcgagaaattcccgtaatggttacgacacccttaaaaaatctgatggggatatctacattggtaactttgag 136  Q
    |||| |||||| |||||||||| ||||||  || ||||||||| ||||| | | ||||||||  | |||  ||||| || ||||||||||||||||  ||    
T  32716981 atcaggaacaagttttgagggtcaattctttaggaattcccgtcatggtcaaggcacccttaccatatccaatgggcatgtctacattggtaacttcaag 32717080  T
Q  137 aacaatcttttccatggca-gggaaagcacacatggtcaaatggaacaatatatgagggtgattgggttgatgaacaaaggacagggaaaggacggatca 235  Q
    |   |||||||| |||||| ||||||| |||||||| || |||||  |||||| ||||||||||||||||||| |  || ||| |||||||| | |||||    
T  32717081 agtgatcttttcaatggcaagggaaagtacacatggccagatggagaaatatacgagggtgattgggttgatggaagaatgactgggaaaggtcagatca 32717180  T
Q  236 tatatccatcaagaacaagttttgagggtgaattctccatgaattcccgtcatggtcacgacaccctgacaaaatccaatggggatatctacgttggtaa 335  Q
    ||||||||||| || ||| |||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||| |||||| | ||||||  |||||||||||||| |||||||    
T  32717181 tatatccatcaggatcaacttttgagggtgaattctccgggaattcccgtcatggtcacggcacccttaaaaaatctgatggggatatctacattggtaa 32717280  T
Q  336 cttcaacaacgatcttttccatggcaacggaaagtacatgtggtcaaatggaacagtatacgagg 400  Q
    |||| | |  ||||||| ||||||||| ||||||||||  |||| | |||||||| |||||||||    
T  32717281 cttcgagagtgatctttaccatggcaaaggaaagtacacatggttagatggaacaatatacgagg 32717345  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 78; E-Value: 3e-36
Query Start/End: Original strand, 155 - 256
Target Start/End: Original strand, 32714065 - 32714166
Alignment:
Q  155 agggaaagcacacatggtcaaatggaacaatatatgagggtgattgggttgatgaacaaaggacagggaaaggacggatcatatatccatcaagaacaag 254  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||| |||||||||||||||||| || ||||    
T  32714065 agggaaagtacacatggtcaaatggaacaatatatgagggtgattgggttgatggaaaaaggacagggaaagggcggatcatatatccatcaggagcaag 32714164  T
Q  255 tt 256  Q
    ||    
T  32714165 tt 32714166  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #7
Raw Score: 45; E-Value: 2e-16
Query Start/End: Original strand, 1 - 195
Target Start/End: Original strand, 32717361 - 32717554
Alignment:
Q  1 gaagacggacatggaaaggacggataatatatccccatcaagaacaatttttgagggtgaattctcgagaaattcccgtaatggttacgacacccttaaa 100  Q
    ||||| ||||| ||||||||||||||||||||  |||||| || ||| |||||||||||||||||| || ||||||  | ||||| |||  || | || |    
T  32717361 gaagaaggacagggaaaggacggataatatat--ccatcaggagcaagttttgagggtgaattctctaggaattcctttcatggtcacggaactcataca 32717458  T
Q  101 aaatctgatggggatatctacattggtaactttgagaacaatcttttcca-tggcagggaaagcacacatggtcaaatggaacaatatatgagggt 195  Q
    |||||  | |||||  |||||| || ||||   ||||  ||||||||||| | |||||||||| | || ||||||| |||||||||||||||||||    
T  32717459 aaatcaaacggggaagtctacagtgataacaccgagagtaatcttttccattcgcagggaaagtaaacttggtcaattggaacaatatatgagggt 32717554  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 123; Significance: 5e-63; HSPs: 6)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 123; E-Value: 5e-63
Query Start/End: Original strand, 87 - 388
Target Start/End: Complemental strand, 14905103 - 14904801
Alignment:
Q  87 acgacacccttaaaaaatctgatggggatatctacattggtaactttgagaacaatcttttccatggca-gggaaagcacacatggtcaaatggaacaat 185  Q
    |||||||||||| || |||  | |||||| |||| |||||||||||||||||   |||||||||||||| ||||||| |||||||||||  ||||  |||    
T  14905103 acgacacccttacaagatccaacggggatctctatattggtaactttgagaatggtcttttccatggcaagggaaagtacacatggtcaggtggacaaat 14905004  T
Q  186 atatgagggtgattgggttgatgaacaaaggacagggaaaggacggatcatatatccatcaagaacaagttttgagggtgaattctccatgaattcccgt 285  Q
    |||||||||||| |||||||||| | ||| |||||||||||| ||||| |||| ||||||| ||  ||||||||||||||||||||  |   |||| |||    
T  14905003 atatgagggtgactgggttgatggaaaaaagacagggaaagggcggatgatatttccatcaggagaaagttttgagggtgaattctttaaagattctcgt 14904904  T
Q  286 catggtcacgacaccctgacaaaatccaatggggatatctacgttggtaacttcaacaacgatcttttccatggcaacggaaagtacatgtggtcaaatg 385  Q
    ||||||||||||||||| | ||||||||| |||||| ||||| ||||||||||||| || ||||||||||||||||| ||||| ||||  ||||| ||||    
T  14904903 catggtcacgacacccttataaaatccaacggggatgtctacattggtaacttcaagaatgatcttttccatggcaaaggaaaatacacatggtcgaatg 14904804  T
Q  386 gaa 388  Q
    |||    
T  14904803 gaa 14904801  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 95; E-Value: 2e-46
Query Start/End: Original strand, 108 - 373
Target Start/End: Complemental strand, 14905289 - 14905023
Alignment:
Q  108 atggggatatctacattggtaactttgagaacaatcttttccatggca-gggaaagcacacatggtcaaatggaacaatatatgagggtgattgggttga 206  Q
    |||||||| ||||| |||||||||| ||||| |||||||||||||||| |||||||  |||||||||| | |||  |||||||||||||||||||||| |    
T  14905289 atggggatgtctacgttggtaacttcgagaataatcttttccatggcaagggaaagtgcacatggtcagagggagaaatatatgagggtgattgggttta 14905190  T
Q  207 tgaacaaaggacagggaaaggacggatcatatatccatcaagaacaagttttgagggtgaattctccatgaattcccgtcatggtcacgacaccctgaca 306  Q
    || |   ||||||||||||||||| || || | |||||||  | ||||||||||||||| |||||| |||||   | ||||||| ||||||||||| |||    
T  14905189 tggaagcaggacagggaaaggacgaatgatctttccatcagaagcaagttttgagggtggattctcaatgaacatcagtcatggacacgacacccttaca 14905090  T
Q  307 aaatccaatggggatatctacgttggtaacttcaacaacgatcttttccatggcaacggaaagtaca 373  Q
    | |||||| |||||| ||||  ||||||||||  | || | ||||||||||||||| ||||||||||    
T  14905089 agatccaacggggatctctatattggtaactttgagaatggtcttttccatggcaagggaaagtaca 14905023  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 88; E-Value: 4e-42
Query Start/End: Original strand, 184 - 387
Target Start/End: Complemental strand, 14905626 - 14905423
Alignment:
Q  184 atatatgagggtgattgggttgatgaacaaaggacagggaaaggacggatcatatatccatcaagaacaagttttgagggtgaattctccatgaattccc 283  Q
    |||||||||||||| |||||||| | | ||||||| |||||||| ||||| |||||||||||| || |||||||||||||||||||||  | ||||||||    
T  14905626 atatatgagggtgactgggttgacggagaaaggactgggaaagggcggatgatatatccatcaggagcaagttttgagggtgaattctttaggaattccc 14905527  T
Q  284 gtcatggtcacgacaccctgacaaaatccaatggggatatctacgttggtaacttcaacaacgatcttttccatggcaacggaaagtacatgtggtcaaa 383  Q
    |||||||||| | |||||| ||||||||||| ||| || ||||| ||||||||||||| |  | |  |||||||||||| ||||||||||  |||||| |    
T  14905526 gtcatggtcaaggcacccttacaaaatccaacgggaatctctacattggtaacttcaagagtggttctttccatggcaagggaaagtacacatggtcaga 14905427  T
Q  384 tgga 387  Q
    ||||    
T  14905426 tgga 14905423  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 81; E-Value: 5e-38
Query Start/End: Original strand, 49 - 240
Target Start/End: Complemental strand, 14904934 - 14904742
Alignment:
Q  49 ttttgagggtgaattctcgagaaattcccgtaatggttacgacacccttaaaaaatctgatggggatatctacattggtaactttgagaacaatcttttc 148  Q
    |||||||||||||||||  | | |||| ||| ||||| |||||||||||| ||||||  | |||||| ||||||||||||||||  ||||  ||||||||    
T  14904934 ttttgagggtgaattctttaaagattctcgtcatggtcacgacacccttataaaatccaacggggatgtctacattggtaacttcaagaatgatcttttc 14904835  T
Q  149 catggcag-ggaaagcacacatggtcaaatggaacaatatatgagggtgattgggttgatgaacaaaggacagggaaaggacggatcatatat 240  Q
    |||||||  |||||  |||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||| |  ||||||||||||| ||| ||||||||||    
T  14904834 catggcaaaggaaaatacacatggtcgaatggaaaaatatatgagggtgattgggttgatggaagaaggacagggaaatgacagatcatatat 14904742  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 72; E-Value: 1e-32
Query Start/End: Original strand, 13 - 370
Target Start/End: Complemental strand, 14905589 - 14905233
Alignment:
Q  13 ggaaaggacggataatatatccccatcaagaacaatttttgagggtgaattctcgagaaattcccgtaatggttacgacacccttaaaaaatctgatggg 112  Q
    ||||||| ||||| ||||||||  |||| || ||| |||||||||||||||||  || ||||||||| ||||| | | |||||||| ||||||  | |||    
T  14905589 ggaaagggcggatgatatatcc--atcaggagcaagttttgagggtgaattctttaggaattcccgtcatggtcaaggcacccttacaaaatccaacggg 14905492  T
Q  113 gatatctacattggtaactttgagaacaatcttttccatggca-gggaaagcacacatggtcaaatggaacaatatatgagggtgattgggttgatgaac 211  Q
     || ||||||||||||||||  |||    |  ||||||||||| ||||||| ||||||||||| |||||   |||||||||||||| |||||||| | |     
T  14905491 aatctctacattggtaacttcaagagtggttctttccatggcaagggaaagtacacatggtcagatggagagatatatgagggtgactgggttgacggaa 14905392  T
Q  212 aaaggacagggaaaggacggatcatatatccatcaagaacaagttttgagggtgaattctccatgaattcccgtcatggtcacgacaccctgacaaaatc 311  Q
    ||| |||||| ||||| |||||| ||||||||||| || ||| |||||| ||||| |     |   ||    |||||||||||| |||| | ||| | ||    
T  14905391 aaaagacaggtaaagggcggatcttatatccatcaggagcaaattttgatggtgactgggagaatgatattggtcatggtcacggcacctttacacattc 14905292  T
Q  312 caatggggatatctacgttggtaacttcaacaacgatcttttccatggcaacggaaagt 370  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||| | ||  |||||||||||||||| |||||||    
T  14905291 caatggggatgtctacgttggtaacttcgagaataatcttttccatggcaagggaaagt 14905233  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000009
Query Start/End: Original strand, 235 - 301
Target Start/End: Complemental strand, 14904017 - 14903953
Alignment:
Q  235 atatatccatcaagaacaagttttgagggtgaattctccatgaattcccgtcatggtcacgacaccc 301  Q
    |||||||||| | ||||||||||||||||||||  ||| |||||||||  ||| |||||||||||||    
T  14904017 atatatccattaggaacaagttttgagggtgaa--ctctatgaattcctttcaaggtcacgacaccc 14903953  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 47; Significance: 1e-17; HSPs: 11)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 47; E-Value: 1e-17
Query Start/End: Original strand, 164 - 226
Target Start/End: Complemental strand, 34534161 - 34534099
Alignment:
Q  164 acacatggtcaaatggaacaatatatgagggtgattgggttgatgaacaaaggacagggaaag 226  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||| |||||||||||    
T  34534161 acacatggtcagatggaacaatatatgagggcgattgggttgatggacaaatgacagggaaag 34534099  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000003
Query Start/End: Original strand, 157 - 227
Target Start/End: Complemental strand, 34545011 - 34544941
Alignment:
Q  157 ggaaagcacacatggtcaaatggaacaatatatgagggtgattgggttgatgaacaaaggacagggaaagg 227  Q
    |||||| |||||||| |||||||||||||||| |||||||| |||||||||| | ||| ||||||||||||    
T  34545011 ggaaagtacacatggacaaatggaacaatatacgagggtgactgggttgatggaaaaatgacagggaaagg 34544941  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000001
Query Start/End: Original strand, 147 - 227
Target Start/End: Complemental strand, 34916742 - 34916661
Alignment:
Q  147 tccatggca-gggaaagcacacatggtcaaatggaacaatatatgagggtgattgggttgatgaacaaaggacagggaaagg 227  Q
    ||||||||| ||||||| |||||||| |||||||||||||||| |||||||| |||||||||| | ||  ||||||||||||    
T  34916742 tccatggcatgggaaagtacacatggacaaatggaacaatatacgagggtgactgggttgatggaaaagtgacagggaaagg 34916661  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000006
Query Start/End: Original strand, 158 - 228
Target Start/End: Original strand, 39848041 - 39848111
Alignment:
Q  158 gaaagcacacatggtcaaatggaacaatatatgagggtgattgggttgatgaacaaaggacagggaaagga 228  Q
    ||||| ||||||||||| ||||| ||||||||| ||||||||||||||||| | | | |||||||||||||    
T  39848041 gaaagtacacatggtcagatggatcaatatatgtgggtgattgggttgatggagataagacagggaaagga 39848111  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000001
Query Start/End: Original strand, 165 - 229
Target Start/End: Complemental strand, 34548928 - 34548864
Alignment:
Q  165 cacatggtcaaatggaacaatatatgagggtgattgggttgatgaacaaaggacagggaaaggac 229  Q
    ||||||||||||  ||||||||||||| || ||||||||||||| | ||| ||||||||||||||    
T  34548928 cacatggtcaaacagaacaatatatgaaggcgattgggttgatggaaaaatgacagggaaaggac 34548864  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 143 - 224
Target Start/End: Complemental strand, 34539001 - 34538919
Alignment:
Q  143 cttttccatgg-cagggaaagcacacatggtcaaatggaacaatatatgagggtgattgggttgatgaacaaaggacagggaa 224  Q
    ||||||||||| || ||||||  ||||||||  |||||||||||||| ||||| |||||||| |||| | |||||||||||||    
T  34539001 cttttccatggacacggaaagttcacatggtggaatggaacaatatacgagggcgattgggtggatggagaaaggacagggaa 34538919  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 157 - 215
Target Start/End: Complemental strand, 34549143 - 34549085
Alignment:
Q  157 ggaaagcacacatggtcaaatggaacaatatatgagggtgattgggttgatgaacaaag 215  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||| |||| ||| ||||| |||||| ||||    
T  34549143 ggaaagtacacatggtcaaatggaacaatatacgaggatgaatgggtcgatgaaaaaag 34549085  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #8
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000006
Query Start/End: Original strand, 313 - 370
Target Start/End: Complemental strand, 38454248 - 38454191
Alignment:
Q  313 aatggggatatctacgttggtaacttcaacaacgatcttttccatggcaacggaaagt 370  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||  | || ||||| ||||||||||||||||    
T  38454248 aatggggatgtctacgttggtaacttcaaggatgaactttttcatggcaacggaaagt 38454191  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #9
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000009
Query Start/End: Original strand, 169 - 224
Target Start/End: Complemental strand, 34544723 - 34544668
Alignment:
Q  169 tggtcaaatggaacaatatatgagggtgattgggttgatgaacaaaggacagggaa 224  Q
    ||||||||||||||||| || ||||| ||||||||||||| ||||| || ||||||    
T  34544723 tggtcaaatggaacaatgtacgagggcgattgggttgatggacaaatgatagggaa 34544668  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #10
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000009
Query Start/End: Original strand, 169 - 224
Target Start/End: Complemental strand, 34916098 - 34916043
Alignment:
Q  169 tggtcaaatggaacaatatatgagggtgattgggttgatgaacaaaggacagggaa 224  Q
    ||||||||||||||||| || ||||| ||||||||||||| ||||| || ||||||    
T  34916098 tggtcaaatggaacaatgtacgagggcgattgggttgatggacaaatgatagggaa 34916043  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #11
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000009
Query Start/End: Original strand, 172 - 207
Target Start/End: Original strand, 39848916 - 39848951
Alignment:
Q  172 tcaaatggaacaatatatgagggtgattgggttgat 207  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  39848916 tcaaatggaacaatatacgagggtgattgggttgat 39848951  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 32; Significance: 0.000000009; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000009
Query Start/End: Original strand, 157 - 208
Target Start/End: Original strand, 44474143 - 44474194
Alignment:
Q  157 ggaaagcacacatggtcaaatggaacaatatatgagggtgattgggttgatg 208  Q
    |||||| ||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||  |||||||    
T  44474143 ggaaagtacacatggtcagatggatcaatatatgagggtgattttgttgatg 44474194  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 30; Significance: 0.0000001; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 164 - 237
Target Start/End: Complemental strand, 7046948 - 7046875
Alignment:
Q  164 acacatggtcaaatggaacaatatatgagggtgattgggttgatgaacaaaggacagggaaaggacggatcata 237  Q
    ||||||||||| ||||| ||||||||||||| |||||| ||||||   | | ||||||||||||| || |||||    
T  7046948 acacatggtcagatggatcaatatatgagggagattggattgatggggagatgacagggaaaggatggttcata 7046875  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University