View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF9011_low_21 (Length: 614)

Name: NF9011_low_21
Description: NF9011
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF9011_low_21
NF9011_low_21
[»] scaffold0024 (2 HSPs)
scaffold0024 (1-595)||(121600-122194)
scaffold0024 (366-599)||(114762-114999)
[»] scaffold0742 (1 HSPs)
scaffold0742 (26-440)||(550-947)


Alignment Details
Target: scaffold0024 (Bit Score: 534; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: scaffold0024
Description:

Target: scaffold0024; HSP #1
Raw Score: 534; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 595
Target Start/End: Complemental strand, 122194 - 121600
Alignment:
Q  1 caattaccccaggtcataatagggagactatacgattactccaggtcgatcccacattaatgtcatcacatcggagactaattttcaaataaacttagat 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  122194 caattaccccaggtcataatagggagactatacgattactccaggtcgatcccacattaatgtcatcacatcggagactaattttcaaataaacttagat 122095  T
Q  101 ctctcatggagtaattttcaagtagtcagtgtatgcacaattgcaattactnnnnnnngttgtccttgagctaacattaatatgggatcaatgtgaatca 200  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||       ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  122094 ctctcatggagtaattttcaagtagtcagtgtatgcacaattgcaattactaaaaaaagttgtccttgagctaacattaatatgggatcaatgtgaatca 121995  T
Q  201 tgacatgtcctaataacaagtcacatcatagcctctaacaatagggatcaaataaatttgatcgatgcttatgattttgaggactaatttacttttcact 300  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  121994 tgacatgtcctaataacaagtcacatcataacctctaacaatagagataaaataaatttgatcgatgcttatgattttgaggactaatttatttttcact 121895  T
Q  301 ctataaatgttattgaaaaaatagattgtcgatattggtcaatctccgccactggcaagacagaattatgagatatcaagacttacatgaggtaaagact 400  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  121894 ctataaatgttattgaaaaaatagattgtcgatattgatcaatctccgccactggcaagacagaattatgagatatcaagacttacatgaggtaaaggct 121795  T
Q  401 ggaatatcatttagctgatcatgtgattctctagcagatacggaaccacttacacctgttattcttcttatattcccataaattggtttcctaaaatttg 500  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  121794 ggaatatcatttagctgatcatgtgaatctctagcagatactgaaccacttacacctgttattcttcttatattcccataaattggttttctaaaatttg 121695  T
Q  501 ttcttcgagtatcttggctaagaatttgttttggagctaaactttcatccttagaattttcaacatcagatgccacaagatattcttggtatatg 595  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  121694 ttcttcgagtatcttggctaagaatttgttttggagctaaactttcatccttaaaattttcaacatcagatgccacaagatattcttggtatatg 121600  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0024; HSP #2
Raw Score: 136; E-Value: 1e-70
Query Start/End: Original strand, 366 - 599
Target Start/End: Complemental strand, 114999 - 114762
Alignment:
Q  366 ttatgagatatcaagacttacatgaggtaaagactggaa-tatcatttagctgatcatgtgattctctagcagatacggaaccacttacacctgttattc 464  Q
    |||||| | |||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||| ||| |||||||||  |||||||| ||||||  |||||    
T  114999 ttatgacagatcaagacttacatgaggtaaagactggatgtatcatttagctgatcatgtgaatctatagcagatattgaaccactaacaccttgtattc 114900  T
Q  465 ttcttatattcccataaat---tggtttcctaaaatttgttcttcgagtatcttggctaagaatttgttttggagctaaactttcatccttagaattttc 561  Q
    ||||||||||  ||||| |   |||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||    
T  114899 ttcttatattgacataagtatttggtttcctaaaatttgttctttgagtatcttggctgagaatttgtttcggagctaaactttcatccttggaattttc 114800  T
Q  562 aacatcagatgccacaagatattcttggtatatgcctg 599  Q
    ||||| ||||||||||||| ||||||||| ||||||||    
T  114799 aacataagatgccacaagagattcttggtttatgcctg 114762  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0742 (Bit Score: 134; Significance: 2e-69; HSPs: 1)
Name: scaffold0742
Description:

Target: scaffold0742; HSP #1
Raw Score: 134; E-Value: 2e-69
Query Start/End: Original strand, 26 - 440
Target Start/End: Complemental strand, 947 - 550
Alignment:
Q  26 gactatacgattactccaggtcgatcccacattaatgtcatcacatcggagactaattttcaaataaacttagatctctcatggagtaattttcaagtag 125  Q
    ||||||||||| ||||||||| |||||||||||||  ||||||||| | ||||||||||||| ||||||||||||||||||  |||||| |  |||||||    
T  947 gactatacgatcactccaggttgatcccacattaaaatcatcacattgaagactaattttcatataaacttagatctctcaaagagtaactg-caagtag 849  T
Q  126 tcagtgtatgcacaattgcaattactnnnnnnngttgtccttgagctaacattaatatgggatcaatgtgaatcatgacatgtcctaataacaagtcaca 225  Q
    | |||| |||||||||||| || |||        ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||      ||||  |||||    
T  848 ttagtgcatgcacaattgcgatcactaaaaatt-ttgtccttgagctaacatttatatgggatcaatgtgaatcatgacatgt------aacatatcaca 756  T
Q  226 tcatagcctctaacaatagggatcaaataaatttgatcgatgcttatgattttgaggactaatttacttttcactctataaatgttatt-gaaaaaatag 324  Q
     |||| ||||||||||||||||| ||| ||||||||| |||||||||||||| |||||||| ||||||||||| |||||||||||||||  ||||| |||    
T  755 acataacctctaacaatagggataaaa-aaatttgattgatgcttatgatttcgaggactagtttacttttcattctataaatgttattataaaaagtag 657  T
Q  325 attgtcgatattggtcaatctccgccactggcaagacagaattatgagatatcaagacttacatgaggtaaagactgga-atatcatttagctgatcatg 423  Q
    ||||| ||||| | |||||||  ||||||| ||||||| |||| |          ||||||||||||||||| ||||||   ||||||||| ||||||||    
T  656 attgtggatatcgatcaatctttgccactgacaagacaaaatttt----------gacttacatgaggtaaatactggatgcatcatttagatgatcatg 567  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University