View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF9015_low_2 (Length: 739)

Name: NF9015_low_2
Description: NF9015
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF9015_low_2
NF9015_low_2
[»] chr4 (70 HSPs)
chr4 (1-723)||(27523986-27524717)
chr4 (13-710)||(27503399-27504102)
chr4 (1-710)||(27468287-27469015)
chr4 (1-710)||(27514355-27515071)
chr4 (1-710)||(27475539-27476245)
chr4 (153-710)||(27508488-27509032)
chr4 (416-710)||(27497282-27497576)
chr4 (498-710)||(27420376-27420588)
chr4 (516-710)||(27478843-27479037)
chr4 (498-710)||(27489928-27490140)
chr4 (572-710)||(27412706-27412844)
chr4 (527-695)||(27570024-27570192)
chr4 (572-707)||(27415663-27415798)
chr4 (572-710)||(27423264-27423402)
chr4 (516-709)||(27506684-27506877)
chr4 (572-712)||(27425854-27425994)
chr4 (516-704)||(27485909-27486097)
chr4 (571-709)||(27563307-27563445)
chr4 (527-710)||(27565911-27566094)
chr4 (1-117)||(27508370-27508486)
chr4 (571-709)||(27585729-27585867)
chr4 (1-115)||(27556962-27557076)
chr4 (529-670)||(27526112-27526253)
chr4 (529-670)||(27505702-27505843)
chr4 (566-670)||(27479937-27480041)
chr4 (583-702)||(27527214-27527329)
chr4 (529-670)||(27424514-27424655)
chr4 (574-680)||(17970343-17970449)
chr4 (572-670)||(27431148-27431246)
chr4 (44-153)||(27489616-27489723)
chr4 (516-670)||(27523403-27523557)
chr4 (566-679)||(27414295-27414408)
chr4 (1-108)||(27497858-27497966)
chr4 (574-668)||(27502809-27502903)
chr4 (574-680)||(27557533-27557639)
chr4 (529-670)||(27411456-27411597)
chr4 (529-670)||(27486982-27487123)
chr4 (572-669)||(27498457-27498554)
chr4 (53-118)||(27506260-27506325)
chr4 (529-669)||(27571622-27571762)
chr4 (529-708)||(27513738-27513917)
chr4 (529-679)||(27419062-27419212)
chr4 (572-670)||(27444794-27444892)
chr4 (529-679)||(27567254-27567404)
chr4 (529-670)||(27476686-27476827)
chr4 (53-118)||(27479399-27479464)
chr4 (622-679)||(27559231-27559288)
chr4 (585-668)||(27554364-27554447)
chr4 (580-679)||(27556370-27556469)
chr4 (572-670)||(27516609-27516707)
chr4 (526-678)||(27540003-27540155)
chr4 (614-670)||(27495620-27495676)
chr4 (572-668)||(27501359-27501455)
chr4 (598-670)||(27502135-27502207)
chr4 (572-670)||(27460520-27460618)
chr4 (56-118)||(27486459-27486521)
chr4 (63-120)||(27526689-27526747)
chr4 (46-120)||(27554101-27554174)
chr4 (529-670)||(27469459-27469600)
chr4 (572-669)||(27473934-27474031)
chr4 (529-678)||(27421923-27422076)
chr4 (580-680)||(27446197-27446297)
chr4 (49-116)||(27431871-27431937)
chr4 (572-670)||(27500338-27500436)
chr4 (156-237)||(27517369-27517451)
chr4 (633-686)||(27437237-27437290)
chr4 (618-670)||(27466909-27466961)
chr4 (574-609)||(27945687-27945722)
chr4 (574-668)||(27507815-27507909)
chr4 (643-705)||(27548961-27549023)
[»] chr5 (4 HSPs)
chr5 (516-710)||(1756717-1756911)
chr5 (572-710)||(1754730-1754868)
chr5 (571-668)||(1754243-1754340)
chr5 (541-670)||(1759259-1759392)
[»] chr3 (14 HSPs)
chr3 (574-684)||(50910004-50910114)
chr3 (527-709)||(55084783-55084965)
chr3 (580-670)||(50904792-50904882)
chr3 (574-676)||(50911863-50911965)
chr3 (516-677)||(38024868-38025029)
chr3 (516-677)||(38031320-38031481)
chr3 (574-677)||(38028759-38028862)
chr3 (574-676)||(38043947-38044049)
chr3 (575-680)||(48840702-48840806)
chr3 (574-677)||(38040074-38040177)
chr3 (575-671)||(38036792-38036888)
chr3 (574-710)||(38033735-38033875)
chr3 (583-670)||(55088051-55088138)
chr3 (527-684)||(50913493-50913650)
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (574-680)||(3073613-3073719)
[»] chr8 (3 HSPs)
chr8 (574-678)||(21607288-21607392)
chr8 (574-677)||(21604747-21604850)
chr8 (590-680)||(21634603-21634693)
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (517-554)||(21477489-21477526)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 534; Significance: 0; HSPs: 70)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 534; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 723
Target Start/End: Original strand, 27523986 - 27524717
Alignment:
Q  1 tagaatggtttctgttgatcaattgttatccatagccatgtagtcacttaccagctggacatcagcattatcataatgaagaaaacatgtctgaagcatg 100  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27523986 tagaatggtttatgttgatcaattgttatccatagccatgtagacacttaccagctggacatcagcattatcataatgaagaaaacatgtctgaagcatg 27524085  T
Q  101 tttacaaaattatgaagtacaccaattaaatcatcaacaaatatgaggttgcac--------atctcatttggtagcaagtggaagctttgtattggaca 192  Q
    ||||| ||||||||||| | |||||||||||||| || |||||||| |||||||        ||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |    
T  27524086 tttacgaaattatgaaggaaaccaattaaatcatgaagaaatatgacgttgcacttgagcacatctcatttggtagcaattggaagctttgtattggata 27524185  T
Q  193 ttgtttaagaaggtagggtacactcgaagacaacaccacatgctaccttatccctatgatctatatccttcaaccccatcaataatagtttttcttggaa 292  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||    
T  27524186 ttgtttaagaaggtagggtacactctaagacaacaccacatgctaccttatccctatgatctatatccttcaaccccttcaataatagtttttcttgaaa 27524285  T
Q  293 tttggttttgagagaacttcaaaatctataaatacacttactatctccttcactaacagcacaaatcattgcatcatcaaaaatttagttacttccttct 392  Q
    ||||| ||||||||||||| |||||||||| ||| |||| || |||||||||| ||||| | || ||||||||| |||||| |||||||||| ||||||     
T  27524286 tttgggtttgagagaactttaaaatctatatataaacttcctctctccttcacaaacagaaaaactcattgcattatcaaatatttagttacatccttca 27524385  T
Q  393 tacatttgagannnnnnn-ctgtacttctctcgaacaataacaaaaaatgggtttccgtttacacactattctaaagggttcagtaacttctagtcaagc 491  Q
    |||||||||||        |||| |||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  27524386 tacatttgagattttttctctgttcttctctcaaactataacaaaaaatgggtttccgtttacacactattctaaagggttcagtaacgtctagtcaagc 27524485  T
Q  492 aaaattaaaatctgtagaagtgagaaagggctacgttgcagtgtatgttggagagaaactgacgcggttcatagttcctgtatcatatttgaaccaacct 591  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27524486 aaaatcaaaatctgtagaagtgagaaagggctacgttgcagtgtatgttggagagaaactgacgcggttcatagttcctgtatcatatttgaaccaacct 27524585  T
Q  592 tcatttcaagacttgttgaatcaagctgaggaagagtttggatatgatcatccaatgggtggcctcaccattccttgcactgaagatgtcttccaacata 691  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||    
T  27524586 tcatttcaagacttgttgaatcaagctgaggaagagtttggatatgatcatccaatgggtggcctcaccattccgtgcaccgaagatgtcttccaacata 27524685  T
Q  692 taacttcttgcttgaatggcccttgaacctta 723  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  27524686 taacttcatgcttgaatggcccttgaacctta 27524717  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 383; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 13 - 710
Target Start/End: Original strand, 27503399 - 27504102
Alignment:
Q  13 tgttgatcaattgttatccatagccatgtagtcacttaccagctggacatcagcattatcataatgaagaaaacatgtctgaagcatgtttacaaaatta 112  Q
    |||||||| |||||||||||| ||| | |||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27503399 tgttgatctattgttatccattgccttatagtcacttatcagctggacatcaacattatcataatgaagaaaacatgtctgaagcatgtttacaaaatta 27503498  T
Q  113 tgaagtacaccaattaaatcatcaacaaatatgagg------ttg--cacatctcatttggtagcaagtggaagctttgtattggacattgtttaagaa- 203  Q
    |  |   | | ||||||||||| |||||||||||||      |||  ||||||| ||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||     
T  27503499 ttga---cgctaattaaatcatgaacaaatatgaggctatacttgatcacatcttattttttagcaagtggaagctttgtattggacattgtttaggaaa 27503595  T
Q  204 ggtagggtacactcgaagacaacaccacatgctaccttatccctatgatctatatccttcaaccccatcaataatagtttttcttggaatttggttttga 303  Q
    ||||||| |||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||| ||||| ||||||||||||||||| |||||| ||||||||    
T  27503596 ggtaggggacactctaagacaacaccacatgctacattatccctatgatctctatccttccaccccttcaataatagtttttctaggaattgggttttga 27503695  T
Q  304 gagaacttcaaaatctataaatacacttactatctccttcactaacagcacaaatcattgcatcatcaaaaatttagttacttccttcttacatttgag- 402  Q
    || ||||||||| ||||||||||||||| || |||||||||| |||||||||| |||||||||||||||| | ||| |||| ||| ||||||||||||      
T  27503696 gataacttcaaactctataaatacacttcctctctccttcacaaacagcacaattcattgcatcatcaaatacttaattacatccatcttacatttgatc 27503795  T
Q  403 annnnnnnctgtacttctctcgaacaataacaaaaaatgggtttccgtttacacactattctaaagggttcagtaacttctagtcaagcaaaattaaaat 502  Q
    |       |||| |||| |||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||| ||| ||| || |||||    
T  27503796 atttttcactgttcttcactcgaacaataagaaaa-atgggtttccgtttacacactattctaaagggttcagtaacagctagacaaacaacatcaaaat 27503894  T
Q  503 ctgtagaagtgagaaagggctacgttgcagtgtatgttggagagaaactgacgcggttcatagttcctgtatcatatttgaaccaaccttcatttcaaga 602  Q
    | |||||||||| ||||||||| ||| | |||||||||||||||||| || |||||||  |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  27503895 cagtagaagtgaaaaagggctatgtttccgtgtatgttggagagaaattggcgcggtttgtagttcctgtatcatacttgaaccaaccttcatttcaaga 27503994  T
Q  603 cttgttgaatcaagctgaggaagagtttggatatgatcatccaatgggtggcctcaccattccttgcactgaagatgtcttccaacatataacttcttgc 702  Q
    |||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  27503995 cttgttgagtcaagccgaggaagagtttggatatgatcatccaatgggtggcctcaccattccttgcaccgaagatgtcttccaacacataacttcttgc 27504094  T
Q  703 ttgaatgg 710  Q
    ||||||||    
T  27504095 ttgaatgg 27504102  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 357; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 710
Target Start/End: Complemental strand, 27469015 - 27468287
Alignment:
Q  1 tagaatggtttctgttgatcaattgttatccatagccatgtagtcacttaccagctggacatcagcattatcataatgaagaaaacatgtctgaagcatg 100  Q
    |||||||||||  ||||||| |||||||||||| ||| | ||||||||||||||||  ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27469015 tagaatggtttgagttgatctattgttatccatggccttatagtcacttaccagcttcacatcggcattatcataatgaagaaaacatgtctgaagcatg 27468916  T
Q  101 tttacaaaattatgaagtacaccaattaaatcatcaacaaatatgaggttgcac--------atctcatttggtagcaagtggaagctttgtattggaca 192  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||| |||||        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27468915 tttacaaaattatgaagtacaccaattaaatcatgaagaaatatgaggctgcacttgagcacatctcatttggtagcaagtggaagctttgtattggaca 27468816  T
Q  193 tt-gtttaagaaggtagggtacactcgaagacaacaccacatgctaccttatccctatgatctatatccttcaaccccatcaataatagtttttcttgga 291  Q
    || |||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||  |||||||||||||| ||| ||||| |||| ||| ||||||||||||||| ||| |    
T  27468815 tttgtttaagaaggtagggtacactcttagacaacaccacatgagaccttatccctatgctctctatccatcaaacccttcaataatagtttttgttgaa 27468716  T
Q  292 atttggttttgagagaacttcaaaatctataaatacacttactatctccttcactaacagcacaaatcattg-catcatcaaaaatttagtt-------a 383  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| || || ||||||| ||||| |||| |||||| |||||||||| ||||||||       |    
T  27468715 atttgattttgagagaacttcaaaatctataaatacacttcctctcgccttcacaaacaggacaactcattggcatcatcaaatatttagtttcaactta 27468616  T
Q  384 cttccttcttacatttgagannnnnnnct-gtacttctctcgaacaataacaaaaaa-tgggtttccgtttacacactattctaaagggttcagtaactt 481  Q
    | ||||| ||||||||||||        | || |||||||| ||||||||||||||| ||||||||| |||  || |||||||||  || || |||||      
T  27468615 catcctttttacatttgagattttttatttgttcttctctcaaacaataacaaaaaaatgggtttccatttcaactctattctaagaggatcggtaacag 27468516  T
Q  482 ctagtcaagcaaaattaaaatctgtagaagtgagaaagggctacgttgcagtgtatgttggagagaaactgacgcggttcatagttcctgtatcatattt 581  Q
    |||| ||||||| || ||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||  ||||||  |||| ||||||||||| ||    
T  27468515 ctagacaagcaacatcaaaatctgtagaagtgagaaagggctatgttgcggtgtatgttggagagaaactggtgcggtttgtagtccctgtatcatactt 27468416  T
Q  582 gaaccaaccttcatttcaagacttgttgaatcaagctgaggaagagtttggatatgatcatccaatgggtggcctcaccattccttgcactgaagatgtc 681  Q
     |||||||||||||||||||||||||||| |||| | |||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  27468415 aaaccaaccttcatttcaagacttgttgagtcaatccgaggaagaatttggatatgatcatcccatgggtggcctcaccattccttgcacggaagatgtc 27468316  T
Q  682 ttccaacatataacttcttgcttgaatgg 710  Q
    ||||||||||||| ||||| |||||||||    
T  27468315 ttccaacatataatttcttccttgaatgg 27468287  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 357; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 710
Target Start/End: Original strand, 27514355 - 27515071
Alignment:
Q  1 tagaatggtttctgttgatcaattgttatccatagccatgtagtcacttaccagctggacatcagcattatcataatgaagaaaacatgtctgaagcatg 100  Q
    ||||||||||| ||||| |  ||||||||| || ||  | ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||    
T  27514355 tagaatggtttatgttgttatattgttatctatggcattatagtcacttactagctggacatcagcattatcataatgcagaaaacatgtctaaagcatg 27514454  T
Q  101 tttacaaaattatgaagtacaccaattaaatcatcaacaaatatgaggttgcacatctcatttggtagcaagtggaagctttgtattggacatt-gttta 199  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  27514455 tttacaaaattatgaagtacaccaattaaatcatgaagaaatatgaggctg-acatctcatttggtagcaagtggaagctttgtattggacatttgttta 27514553  T
Q  200 agaaggtagggtacactcgaagacaacaccacatgctaccttatccctatgatctatatccttcaaccccatcaataatagtttttcttggaatttggtt 299  Q
    ||||||||||||||||||  |||||||||||||||  |||||||||||||| ||| ||||| |||| ||| ||||||||||||| ||||| |||||||||    
T  27514554 agaaggtagggtacactcttagacaacaccacatgagaccttatccctatgctctctatccatcaaacccttcaataatagtttctcttgaaatttggtt 27514653  T
Q  300 ttgagagaacttcaaaatctataaatacacttactatctccttcactaacagcacaaatcatt-gcatcatcaaaaatttag-------ttacttccttc 391  Q
     ||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||| ||| ||||||| ||||| ||||||||||  ||||||       |||| ||||||    
T  27514654 ctgagagaacttcaaaatctataaatacacttcctctctccttca-taa-agcacaactcattggcatcatcaagtatttagttaaaacttacatccttc 27514751  T
Q  392 ttacatttgaga-nnnnnnnctgtacttctctcgaacaataacaaaaaatgggtttccgtttacacactattctaaagggttcagtaacttctagtcaag 490  Q
    ||||||||||||         ||| |||||||| |||||||||||||||||||||| |||||| || |||||||||  || || |||||  |||| ||||    
T  27514752 ttacatttgagattttttatttgttcttctctcaaacaataacaaaaaatgggttttcgtttaaactctattctaagaggatcggtaacagctagacaag 27514851  T
Q  491 caaaattaaaatctgtagaagtgagaaagggctacgttgcagtgtatgttggagagaaactgacgcggttcatagttcctgtatcatatttgaaccaacc 590  Q
    ||| || ||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||  ||||||  |||| ||||||||||| ||||| |||||    
T  27514852 caacatcaaaatctgtagaagtgagaaagggctatgttgcggtgtatgttggagagaaactggtgcggtttgtagtccctgtatcatacttgaatcaacc 27514951  T
Q  591 ttcatttcaagacttgttgaatcaagctgaggaagagtttggatatgatcatccaatgggtggcctcaccattccttgcactgaagatgtcttccaacat 690  Q
    |||||||||||||||||||| |||| | |||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||| |||    
T  27514952 ttcatttcaagacttgttgagtcaatccgaggaagaatttggatatgatcatcccatgggtggcctcaccattccttgtacagaagatgtcttccagcat 27515051  T
Q  691 ataacttcttgcttgaatgg 710  Q
    |||| ||||| |||||||||    
T  27515052 ataatttcttccttgaatgg 27515071  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 314; E-Value: 1e-177
Query Start/End: Original strand, 1 - 710
Target Start/End: Complemental strand, 27476245 - 27475539
Alignment:
Q  1 tagaatggtttctgttgatcaattgttatccatagccatgtagtcacttaccagctggacatcagcattatcataatgaagaaaacatgtctgaagcatg 100  Q
    ||||||||||| |||||||| ||||||||||||  || |  |||||| ||||||||  ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27476245 tagaatggtttatgttgatctattgttatccatgtccttagagtcacataccagcttcacatcggcattatcataatgaagaaaacatgtctgaagcatg 27476146  T
Q  101 tttacaaaattatgaagtacaccaattaaatcatcaacaaatatgagg------ttg--cacatctcatttggtagcaagtggaagctttgtattggaca 192  Q
     ||||||||||||  |   | | ||||||||||| |||||||||||||      |||  ||||||| ||||  |||||||||||||||||||||||||||    
T  27476145 cttacaaaattattga---cgctaattaaatcatgaacaaatatgaggctatacttgatcacatcttattttttagcaagtggaagctttgtattggaca 27476049  T
Q  193 ttgtttaagaa-ggtagggtacactcgaagacaacaccacatgctaccttatccctatgatctatatccttcaaccccatcaataatagtttttcttgga 291  Q
    ||||||| ||| |||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||| || ||| ||||| |||| ||| ||||||||||||| ||||| |    
T  27476048 ttgtttaggaaaggtagggtacactctaagacaacaccccatgctaccttatccctgtgctctctatccatcaaacccttcaataatagtttctcttgaa 27475949  T
Q  292 atttggttttgagagaacttcaaaatctataaatacacttactatctccttcactaacagcacaaatcattg-catcatcaaaaatttagttacttcctt 390  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||  |||||||||| | |||| |||||||||| ||||||||||          
T  27475948 atttggttttgagagaacttcaaaatctataaatacacttcctctctccttcataaacagcacaactgattggcatcatcaaatatttagttac------ 27475855  T
Q  391 cttacatttgagannnnnnnct-gtacttctctcgaacaataacaaaaaatgggtttccgtttacacactattctaaagggttcagtaacttctagtcaa 489  Q
         ||||||||        | ||  ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||  || || |||||  |||| |||    
T  27475854 -----atttgagattttttatttgtttttctctcaaacaataacaaaaaatgggtttccgtttaaactctattctaagaggatcggtaacagctagacaa 27475760  T
Q  490 gcaaaattaaaatctgtagaagtgagaaagggctacgttgcagtgtatgttggagagaaactgacgcggttcatagttcctgtatcatatttgaaccaac 589  Q
     ||| || |||||| |||||||||| ||||||||| ||||| |||||||||||||||||| || |||||||  |||||||||||||||| ||||| ||||    
T  27475759 acaacatcaaaatcagtagaagtgaaaaagggctatgttgccgtgtatgttggagagaaattggcgcggtttgtagttcctgtatcatacttgaatcaac 27475660  T
Q  590 cttcatttcaagacttgttgaatcaagctgaggaagagtttggatatgatcatccaatgggtggcctcaccattccttgcactgaagatgtcttccaaca 689  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||    
T  27475659 cttcatttcaagacttgttgagtcaagccgaggaagagtttggatatgatcatcccatgggtggcctcaccattccttgctccgaagatgtcttccaaca 27475560  T
Q  690 tataacttcttgcttgaatgg 710  Q
    |||||||||||||||||||||    
T  27475559 tataacttcttgcttgaatgg 27475539  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 303; E-Value: 1e-170
Query Start/End: Original strand, 153 - 710
Target Start/End: Original strand, 27508488 - 27509032
Alignment:
Q  153 acatctcatttggtagcaagtggaagctttgtattggacattgtttaagaaggtagggtacactcgaagacaacaccacatgctaccttatccctatgat 252  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||| ||||| |    
T  27508488 acatctcatttggtaggaagtggaagctttgtattggacattgtttaagaaggtagggtacactctaagacagcaccacatgctaccttatcactatgct 27508587  T
Q  253 ctatatccttcaaccccatcaataatagtttttcttggaatttggttttgagagaacttcaaaatctataaatacacttactatctccttcactaacagc 352  Q
    || |||||||| ||||| ||||||||||||||||| |||||| |||||||||| ||||||||| ||||||||||||||| || |||||||||| ||||||    
T  27508588 ctctatccttccaccccttcaataatagtttttctaggaattgggttttgagataacttcaaactctataaatacacttcctctctccttcacaaacagc 27508687  T
Q  353 acaaatcatt-gcatcatcaaaaatttagttacttccttcttacatttgagannnnnnnct--gtacttctctcgaacaataacaaaaaatgggtttccg 449  Q
    |||| ||||| ||||||||||  | |||||||| |||||||||| ||||| |       ||  || ||||||||||||||||| ||||| ||||||||||    
T  27508688 acaactcattagcatcatcaattacttagttacatccttcttacttttgatatttttttctctgttcttctctcgaacaataagaaaaa-tgggtttccg 27508786  T
Q  450 tttacacactattctaaagggttcagtaacttctagtcaagcaaaattaaaatctgtagaagtgagaaagggctacgttgcagtgtatgttggagagaaa 549  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||               ||| ||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  27508787 tttacatactattctaaagggttcagtaa---------------aatcaaaatctatagaagtgagaaagggctatgttgcagtgtatgttggagagaaa 27508871  T
Q  550 ctgacgcggttcatagttcctgtatcatatttgaaccaaccttcatttcaagacttgttgaatcaagctgaggaagagtttggatatgatcatccaatgg 649  Q
    |||||||| ||  | |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  27508872 ctgacgcgttttgtcgttcctgtgtcatatttgaaccaaccttcatttcaagacttgttgaatcaggctgaggaagagtttggatatgatcatccaacgg 27508971  T
Q  650 gtggcctcaccattccttgcactgaagatgtcttccaacatataacttcttgcttgaatgg 710  Q
    |||||||||||||||| ||| | |||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||    
T  27508972 gtggcctcaccattccatgctccgaagatgtgttccaacatataacttcttgcttcaatgg 27509032  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 119; E-Value: 2e-60
Query Start/End: Original strand, 416 - 710
Target Start/End: Complemental strand, 27497576 - 27497282
Alignment:
Q  416 cttctctcgaacaataacaaaaaatgggtttccgtttacacactattctaaagggttcagtaacttctagtcaagcaaaattaaaatctgtagaagtgag 515  Q
    |||||||| ||||| ||| |||||||||||||||||||||  ||| ||||| ||  ||||||||| |||| ||||||  || |||||||||||||||       
T  27497576 cttctctcaaacaagaactaaaaatgggtttccgtttacatgctactctaagggcatcagtaactgctagacaagcatcatcaaaatctgtagaagttcc 27497477  T
Q  516 aaagggctacgttgcagtgtatgttggagagaaactgacgcggttcatagttcctgtatcatatttgaaccaaccttcatttcaagacttgttgaatcaa 615  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||| ||||  | ||||||  |  | ||| | ||||| || |||||||| |  |||||| | ||||||| ||||    
T  27497476 aaagggctatgttgcagtgtatgttggagataaacaaaagcggtttgtgatccctatctcatacttaaaccaaccattgtttcaatatttgttgagtcaa 27497377  T
Q  616 gctgaggaagagtttggatatgatcatccaatgggtggcctcaccattccttgcactgaagatgtcttccaacatataacttcttgcttgaatgg 710  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| |  ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||  ||||||||| ||||||||||    
T  27497376 gctgaggaagagtttggatatgatcatcccacaggtggcctcaccattccttgcactgaaaatgtcttccaacgcataacttctcgcttgaatgg 27497282  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 113; E-Value: 8e-57
Query Start/End: Original strand, 498 - 710
Target Start/End: Original strand, 27420376 - 27420588
Alignment:
Q  498 aaaatctgtagaagtgagaaagggctacgttgcagtgtatgttggagagaaactgacgcggttcatagttcctgtatcatatttgaaccaaccttcattt 597  Q
    ||||||||| || |||  |||||| ||  ||||||| |||||||||||||||| ||||||||   || | || |||||||| |||| |||||||||||||    
T  27420376 aaaatctgtggacgtgccaaagggatatcttgcagtatatgttggagagaaacagacgcggtatttaatccccgtatcatacttgagccaaccttcattt 27420475  T
Q  598 caagacttgttgaatcaagctgaggaagagtttggatatgatcatccaatgggtggcctcaccattccttgcactgaagatgtcttccaacatataactt 697  Q
    |||| |||| ||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||    
T  27420476 caaggcttgctgagtcaagttgaggaagagtttggatatgatcatcccatgggtggcctcaccattccttgcacggaagatgtctttcaacatataactt 27420575  T
Q  698 cttgcttgaatgg 710  Q
    ||||||| |||||    
T  27420576 cttgcttcaatgg 27420588  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 99; E-Value: 2e-48
Query Start/End: Original strand, 516 - 710
Target Start/End: Complemental strand, 27479037 - 27478843
Alignment:
Q  516 aaagggctacgttgcagtgtatgttggagagaaactgacgcggttcatagttcctgtatcatatttgaaccaaccttcatttcaagacttgttgaatcaa 615  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||||| || ||||||  | || ||  ||||||| ||||||||||| |  |||||||| ||| |  |||||    
T  27479037 aaagggctatgttgcagtgtatgttggagagaaacagaagcggtttgttgtcccaatatcatacttgaaccaaccattgtttcaagaattgctacatcaa 27478938  T
Q  616 gctgaggaagagtttggatatgatcatccaatgggtggcctcaccattccttgcactgaagatgtcttccaacatataacttcttgcttgaatgg 710  Q
    || || ||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| | |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  27478937 gcggaagaagaatttggatatgatcatcccatgggtggcctcaccattccttgctccgaagatgtgttccaacatataacttcttgcttgaatgg 27478843  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #10
Raw Score: 97; E-Value: 3e-47
Query Start/End: Original strand, 498 - 710
Target Start/End: Original strand, 27489928 - 27490140
Alignment:
Q  498 aaaatctgtagaagtgagaaagggctacgttgcagtgtatgttggagagaaactgacgcggttcatagttcctgtatcatatttgaaccaaccttcattt 597  Q
    |||||| | |||||| ||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||  |  |||||  |||| ||||| ||||| || ||| |||| ||||||    
T  27489928 aaaatcagcagaagtaagaaagggctatgttgtagtgtatgttggagagaaacaaaaacggtttgtagtccctgtgtcatacttaaacaaaccatcattt 27490027  T
Q  598 caagacttgttgaatcaagctgaggaagagtttggatatgatcatccaatgggtggcctcaccattccttgcactgaagatgtcttccaacatataactt 697  Q
    ||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||  ||||||| ||||||| | |||| ||    
T  27490028 caagatttgttgaatcaagccgaggaagagtttggatatgatcatccaatgggtggcctcaccattcctgtcaacgaagatgacttccaatacataattt 27490127  T
Q  698 cttgcttgaatgg 710  Q
    || |||| |||||    
T  27490128 ctcgctttaatgg 27490140  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #11
Raw Score: 95; E-Value: 4e-46
Query Start/End: Original strand, 572 - 710
Target Start/End: Original strand, 27412706 - 27412844
Alignment:
Q  572 tatcatatttgaaccaaccttcatttcaagacttgttgaatcaagctgaggaagagtttggatatgatcatccaatgggtggcctcaccattccttgcac 671  Q
    ||||||| ||||||||||| | |||||||||||| |||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27412706 tatcatacttgaaccaaccattatttcaagacttattgagtcaagctgaagaagagtttggatatgatcatccaatgggtggcctcaccattccttgcac 27412805  T
Q  672 tgaagatgtcttccaacatataacttcttgcttgaatgg 710  Q
     ||||||||||| ||||||||||| ||| ||| ||||||    
T  27412806 ggaagatgtctttcaacatataacatctcgctcgaatgg 27412844  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #12
Raw Score: 93; E-Value: 7e-45
Query Start/End: Original strand, 527 - 695
Target Start/End: Complemental strand, 27570192 - 27570024
Alignment:
Q  527 ttgcagtgtatgttggagagaaactgacgcggttcatagttcctgtatcatatttgaaccaaccttcatttcaagacttgttgaatcaagctgaggaaga 626  Q
    ||||||| |||||||||||||||| ||||||||   |  | || |||||||| || | |||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||    
T  27570192 ttgcagtatatgttggagagaaacagacgcggtatgtgatccccgtatcatacttaagccaaccttcatttcaagacttgctgagtcaagctgaggaaga 27570093  T
Q  627 gtttggatatgatcatccaatgggtggcctcaccattccttgcactgaagatgtcttccaacatataac 695  Q
    ||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||| |||| |||||||||||    
T  27570092 gttcggatatgatcatcccatgggtggcctcaccattccttgcaccgaagatatctttcaacatataac 27570024  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #13
Raw Score: 92; E-Value: 3e-44
Query Start/End: Original strand, 572 - 707
Target Start/End: Original strand, 27415663 - 27415798
Alignment:
Q  572 tatcatatttgaaccaaccttcatttcaagacttgttgaatcaagctgaggaagagtttggatatgatcatccaatgggtggcctcaccattccttgcac 671  Q
    ||||||| ||||||||||| || |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||    
T  27415663 tatcatacttgaaccaaccatcgtttcaagacttgttgagtcaagctgaggaagagtttggatatgatcattccatgggtggcctcaccattccttgcac 27415762  T
Q  672 tgaagatgtcttccaacatataacttcttgcttgaa 707  Q
     ||||||||||| ||||| ||||| ||| |||||||    
T  27415763 agaagatgtctttcaacacataacatctcgcttgaa 27415798  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #14
Raw Score: 87; E-Value: 3e-41
Query Start/End: Original strand, 572 - 710
Target Start/End: Original strand, 27423264 - 27423402
Alignment:
Q  572 tatcatatttgaaccaaccttcatttcaagacttgttgaatcaagctgaggaagagtttggatatgatcatccaatgggtggcctcaccattccttgcac 671  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||| |||||||||||||| ||  ||||||| ||||||||||||||| ||||||||||    
T  27423264 tatcatacttgaaccaaccttcatttcaagaattgttgagtcaagccgaggaagagtttggttacaatcatcccatgggtggcctcaccgttccttgcac 27423363  T
Q  672 tgaagatgtcttccaacatataacttcttgcttgaatgg 710  Q
     |||||||| ||||||||||||||||||  |||||||||    
T  27423364 ggaagatgttttccaacatataacttctcacttgaatgg 27423402  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #15
Raw Score: 86; E-Value: 1e-40
Query Start/End: Original strand, 516 - 709
Target Start/End: Original strand, 27506684 - 27506877
Alignment:
Q  516 aaagggctacgttgcagtgtatgttggagagaaactgacgcggttcatagttcctgtatcatatttgaaccaaccttcatttcaagacttgttgaatcaa 615  Q
    ||||||||| |||||||| ||||| |||||||||| |||||||||  |  | ||  ||||||| || |||||||| |  |||||||| ||| |  |||||    
T  27506684 aaagggctatgttgcagtatatgtcggagagaaacagacgcggtttgtgatcccaatatcatacttaaaccaaccattgtttcaagaattgctacatcaa 27506783  T
Q  616 gctgaggaagagtttggatatgatcatccaatgggtggcctcaccattccttgcactgaagatgtcttccaacatataacttcttgcttgaatg 709  Q
    || || ||||| ||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||    
T  27506784 gcggaagaagaatttggatatgatcatcccatgggtggactcaccattccttgcactgaagatgtctttcaacacataacttcttgcttgaatg 27506877  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #16
Raw Score: 85; E-Value: 4e-40
Query Start/End: Original strand, 572 - 712
Target Start/End: Original strand, 27425854 - 27425994
Alignment:
Q  572 tatcatatttgaaccaaccttcatttcaagacttgttgaatcaagctgaggaagagtttggatatgatcatccaatgggtggcctcaccattccttgcac 671  Q
    ||||||| ||||||||||| |||||||||||||| |||| ||||  ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  27425854 tatcatacttgaaccaaccatcatttcaagacttattgagtcaatttgaggaagagtttggatatgatcatcccatgggtggcctcaccattccttgcac 27425953  T
Q  672 tgaagatgtcttccaacatataacttcttgcttgaatggcc 712  Q
     || ||||| || |||||||| || ||| ||||||||||||    
T  27425954 cgaggatgtatttcaacatatgacatctcgcttgaatggcc 27425994  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #17
Raw Score: 85; E-Value: 4e-40
Query Start/End: Original strand, 516 - 704
Target Start/End: Complemental strand, 27486097 - 27485909
Alignment:
Q  516 aaagggctacgttgcagtgtatgttggagagaaactgacgcggttcatagttcctgtatcatatttgaaccaaccttcatttcaagacttgttgaatcaa 615  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||||| || ||||||  | || ||  ||||||| ||||||||||| |  |||||||| ||| |  |||||    
T  27486097 aaagggctatgttgcagtgtatgttggagagaaacagaagcggtttgttgtcccaatatcatacttgaaccaaccattgtttcaagaattgctacatcaa 27485998  T
Q  616 gctgaggaagagtttggatatgatcatccaatgggtggcctcaccattccttgcactgaagatgtcttccaacatataacttcttgctt 704  Q
    || || ||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||  ||||| |||||  |||||||||||||    
T  27485997 gcggaagaagaatttggatatgatcatcccatgggtggcctcaccattccttgcactgaaggcgtctttcaacacgtaacttcttgctt 27485909  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #18
Raw Score: 83; E-Value: 6e-39
Query Start/End: Original strand, 571 - 709
Target Start/End: Complemental strand, 27563445 - 27563307
Alignment:
Q  571 gtatcatatttgaaccaaccttcatttcaagacttgttgaatcaagctgaggaagagtttggatatgatcatccaatgggtggcctcaccattccttgca 670  Q
    |||||||| ||||||||| | |  |||||||| ||| ||| |||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  27563445 gtatcatacttgaaccaaacattgtttcaagatttgctgagtcaagccgaagaagagtttggatatgatcatccaatgggtggcctcacaattccttgca 27563346  T
Q  671 ctgaagatgtcttccaacatataacttcttgcttgaatg 709  Q
    ||||||||| ||| ||||||||||||||| |||||||||    
T  27563345 ctgaagatgcctttcaacatataacttctcgcttgaatg 27563307  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #19
Raw Score: 80; E-Value: 4e-37
Query Start/End: Original strand, 527 - 710
Target Start/End: Complemental strand, 27566094 - 27565911
Alignment:
Q  527 ttgcagtgtatgttggagagaaactgacgcggttcatagttcctgtatcatatttgaaccaaccttcatttcaagacttgttgaatcaagctgaggaaga 626  Q
    ||||||||||||||||||||||||  | ||| ||  |  | ||  |||||||  |||||||||| |  |||||||||||| |||  |||| |||||||||    
T  27566094 ttgcagtgtatgttggagagaaacaaaagcgatttgtgatccccatatcatacctgaaccaaccattgtttcaagacttgctgatacaagttgaggaaga 27565995  T
Q  627 gtttggatatgatcatccaatgggtggcctcaccattccttgcactgaagatgtcttccaacatataacttcttgcttgaatgg 710  Q
    |  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27565994 gcatggatatgatcatccaatgggtggcctcaccattccttgtggcgaagatgtcttccaacatataacttcttgcttgaatgg 27565911  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #20
Raw Score: 77; E-Value: 2e-35
Query Start/End: Original strand, 1 - 117
Target Start/End: Original strand, 27508370 - 27508486
Alignment:
Q  1 tagaatggtttctgttgatcaattgttatccatagccatgtagtcacttaccagctggacatcagcattatcataatgaagaaaacatgtctgaagcatg 100  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||| || ||| | ||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||  ||||||    
T  27508370 tagaatggtttctgttgatctattgttatctatggccttatagtcacttactagctggacatcagcattgtcataatgaagaaaacatgtcttcagcatg 27508469  T
Q  101 tttacaaaattatgaag 117  Q
    |||| ||||||||||||    
T  27508470 tttataaaattatgaag 27508486  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #21
Raw Score: 75; E-Value: 4e-34
Query Start/End: Original strand, 571 - 709
Target Start/End: Original strand, 27585729 - 27585867
Alignment:
Q  571 gtatcatatttgaaccaaccttcatttcaagacttgttgaatcaagctgaggaagagtttggatatgatcatccaatgggtggcctcaccattccttgca 670  Q
    |||||||| ||||||||||| |  |||||||| ||| ||| |||||| || ||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||    
T  27585729 gtatcatacttgaaccaaccattgtttcaagatttgatgagtcaagccgaagaagagtttggatatgatcatccaatgggaggtctcaccattccttgca 27585828  T
Q  671 ctgaagatgtcttccaacatataacttcttgcttgaatg 709  Q
    | ||||||| |||| |||||||||||| | |||||||||    
T  27585829 cagaagatgccttcaaacatataacttatcgcttgaatg 27585867  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #22
Raw Score: 71; E-Value: 9e-32
Query Start/End: Original strand, 1 - 115
Target Start/End: Complemental strand, 27557076 - 27556962
Alignment:
Q  1 tagaatggtttctgttgatcaattgttatccatagccatgtagtcacttaccagctggacatcagcattatcataatgaagaaaacatgtctgaagcatg 100  Q
    ||||||||||| |||||||| |||||||||||| ||  | || |||||||||||||||| |||| || |||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  27557076 tagaatggtttatgttgatctattgttatccattgcgttataatcacttaccagctggaaatcaacactatcataatgaagaaaacatgtctaaagcatg 27556977  T
Q  101 tttacaaaattatga 115  Q
    |||||||||||||||    
T  27556976 tttacaaaattatga 27556962  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #23
Raw Score: 66; E-Value: 9e-29
Query Start/End: Original strand, 529 - 670
Target Start/End: Complemental strand, 27526253 - 27526112
Alignment:
Q  529 gcagtgtatgttggagagaaactgacgcggttcatagttcctgtatcatatttgaaccaaccttcatttcaagacttgttgaatcaagctgaggaagagt 628  Q
    ||||||||||||||||||||| ||| ||||||  |  ||||||||||||| ||||||||| | ||||| ||||| |||||||  |||||||||||| | |    
T  27526253 gcagtgtatgttggagagaaaatgaagcggtttgtgattcctgtatcatacttgaaccaaacctcattccaagaattgttgagccaagctgaggaacaat 27526154  T
Q  629 ttggatatgatcatccaatgggtggcctcaccattccttgca 670  Q
    ||| |||||||||||||| |||||| ||||| ||||||||||    
T  27526153 ttgaatatgatcatccaacgggtggtctcactattccttgca 27526112  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #24
Raw Score: 62; E-Value: 2e-26
Query Start/End: Original strand, 529 - 670
Target Start/End: Complemental strand, 27505843 - 27505702
Alignment:
Q  529 gcagtgtatgttggagagaaactgacgcggttcatagttcctgtatcatatttgaaccaaccttcatttcaagacttgttgaatcaagctgaggaagagt 628  Q
    |||||||| || ||||||||| ||| ||||||  |  ||||||||||||| ||||||||| | ||||| ||||| |||||||| |||||||||||| | |    
T  27505843 gcagtgtacgtaggagagaaaatgaagcggtttgtgattcctgtatcatacttgaaccaaacctcattccaagaattgttgaaccaagctgaggaacaat 27505744  T
Q  629 ttggatatgatcatccaatgggtggcctcaccattccttgca 670  Q
    ||| |||||| |||||||||||||| ||||| ||||||||||    
T  27505743 ttgaatatgaccatccaatgggtggtctcactattccttgca 27505702  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #25
Raw Score: 61; E-Value: 8e-26
Query Start/End: Original strand, 566 - 670
Target Start/End: Original strand, 27479937 - 27480041
Alignment:
Q  566 ttcctgtatcatatttgaaccaaccttcatttcaagacttgttgaatcaagctgaggaagagtttggatatgatcatccaatgggtggcctcaccattcc 665  Q
    ||||||||||||| ||||||||| | ||||| ||| | |||||||| |||||||||||| | |||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  27479937 ttcctgtatcatacttgaaccaaacatcattccaaaagttgttgaaccaagctgaggaacaatttgaatatgatcatccaatgggtggtctcaccattcc 27480036  T
Q  666 ttgca 670  Q
    |||||    
T  27480037 ttgca 27480041  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #26
Raw Score: 59; E-Value: 1e-24
Query Start/End: Original strand, 583 - 702
Target Start/End: Original strand, 27527214 - 27527329
Alignment:
Q  583 aaccaaccttcatttcaagacttgttgaatcaagctgaggaagagtttggatatgatcatccaatgggtggcctcaccattccttgcactgaagatgtct 682  Q
    |||||||| || |||| ||| ||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||     || | |||||||||| |||||||||||    
T  27527214 aaccaaccatcgtttctagagttgctgagtcaagctgaggaagagtttggatatgatcatcccatggg----atcccaattccttgcagtgaagatgtct 27527309  T
Q  683 tccaacatataacttcttgc 702  Q
    ||||||||||||||||||||    
T  27527310 tccaacatataacttcttgc 27527329  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #27
Raw Score: 58; E-Value: 5e-24
Query Start/End: Original strand, 529 - 670
Target Start/End: Complemental strand, 27424655 - 27424514
Alignment:
Q  529 gcagtgtatgttggagagaaactgacgcggttcatagttcctgtatcatatttgaaccaaccttcatttcaagacttgttgaatcaagctgaggaagagt 628  Q
    ||||| |||||||||||  || ||| ||||||  |  |||| |||||||| ||||||||||||||||||||||| ||| | |||||| |||| ||||| |    
T  27424655 gcagtctatgttggagatcaaatgaggcggtttgtgattccagtatcatacttgaaccaaccttcatttcaagaattgctaaatcaatctgaagaagaat 27424556  T
Q  629 ttggatatgatcatccaatgggtggcctcaccattccttgca 670  Q
     |||||||||||||||||||||||| || |||||||| ||||    
T  27424555 atggatatgatcatccaatgggtggtcttaccattccgtgca 27424514  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #28
Raw Score: 55; E-Value: 3e-22
Query Start/End: Original strand, 574 - 680
Target Start/End: Original strand, 17970343 - 17970449
Alignment:
Q  574 tcatatttgaaccaaccttcatttcaagacttgttgaatcaagctgaggaagagtttggatatgatcatccaatgggtggcctcaccattccttgcactg 673  Q
    ||||| ||||||||| ||||||||||| ||||| ||| ||  || |||||||| || ||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |    
T  17970343 tcatacttgaaccaaacttcatttcaatacttgctgagtcgggcagaggaagaattcggatacgatcatccaatgggtggcctcacaattccttgcacag 17970442  T
Q  674 aagatgt 680  Q
    |||||||    
T  17970443 aagatgt 17970449  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #29
Raw Score: 55; E-Value: 3e-22
Query Start/End: Original strand, 572 - 670
Target Start/End: Complemental strand, 27431246 - 27431148
Alignment:
Q  572 tatcatatttgaaccaaccttcatttcaagacttgttgaatcaagctgaggaagagtttggatatgatcatccaatgggtggcctcaccattccttgca 670  Q
    ||||||| ||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||| |||||| | ||||||||||| |||||||  ||||| ||||| ||||||||||    
T  27431246 tatcatacttgaaccaaccgtcatttcaagaattgttgaatcaagccgaggaacaatttggatatgaccatccaaccggtggtctcacaattccttgca 27431148  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #30
Raw Score: 55; E-Value: 3e-22
Query Start/End: Original strand, 44 - 153
Target Start/End: Original strand, 27489616 - 27489723
Alignment:
Q  44 tcacttaccagctggacatcagcattatcataatgaagaaaacatgtctgaagcatgtttacaaaattatgaagtacaccaattaaatcatcaacaaata 143  Q
    ||||| ||||||||||||||  |||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||  ||||  |||||||||  ||| || |||||    
T  27489616 tcactaaccagctggacatcgacattttcataatgaagaaaacatgtctaaagcatgtttacaaaattacaaagt--accaattaatgcatgaataaata 27489713  T
Q  144 tgaggttgca 153  Q
    ||||||||||    
T  27489714 tgaggttgca 27489723  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #31
Raw Score: 55; E-Value: 3e-22
Query Start/End: Original strand, 516 - 670
Target Start/End: Complemental strand, 27523557 - 27523403
Alignment:
Q  516 aaagggctacgttgcagtgtatgttggagagaaactgacgcggttcatagttcctgtatcatatttgaaccaaccttcatttcaagacttgttgaatcaa 615  Q
    |||||||||  | |||||||| || ||||||||| ||| ||||||  |  ||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||| |||||||   ||    
T  27523557 aaagggctatctagcagtgtacgtaggagagaaaatgaagcggtttgtgattcctgtatcatatttgaaccaaacttcattccaagaattgttgagcgaa 27523458  T
Q  616 gctgaggaagagtttggatatgatcatccaatgggtggcctcaccattccttgca 670  Q
    || |||||| | |||| |||||| |||||||||||||| || || ||||||||||    
T  27523457 gccgaggaacaatttgaatatgaccatccaatgggtggtctaactattccttgca 27523403  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #32
Raw Score: 54; E-Value: 1e-21
Query Start/End: Original strand, 566 - 679
Target Start/End: Complemental strand, 27414408 - 27414295
Alignment:
Q  566 ttcctgtatcatatttgaaccaaccttcatttcaagacttgttgaatcaagctgaggaagagtttggatatgatcatccaatgggtggcctcaccattcc 665  Q
    ||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||| ||  | |||||| | || ||||| |||||||||||||||||||||||||| || || |||||    
T  27414408 ttcctgtatcatacttgaaccaaccctcatttcaagaattactaaatcaatcagaagaagaatttggatatgatcatccaatgggtggtcttacaattcc 27414309  T
Q  666 ttgcactgaagatg 679  Q
     |||| ||||||||    
T  27414308 gtgcagtgaagatg 27414295  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #33
Raw Score: 53; E-Value: 5e-21
Query Start/End: Original strand, 1 - 108
Target Start/End: Complemental strand, 27497966 - 27497858
Alignment:
Q  1 tagaatggtttctgttgatcaattgttatccatagccatgtag-tcacttaccagctggacatcagcattatcataatgaagaaaacatgtctgaagcat 99  Q
    ||||||||||| |||||||| |||||||||||  ||| | ||  ||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||  |||| |    
T  27497966 tagaatggtttatgttgatctattgttatccactgccttatatctcacttaccagctagacatcaacattatcataatgaagaaaacatgtcctaagcct 27497867  T
Q  100 gtttacaaa 108  Q
    |||||||||    
T  27497866 gtttacaaa 27497858  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #34
Raw Score: 51; E-Value: 8e-20
Query Start/End: Original strand, 574 - 668
Target Start/End: Complemental strand, 27502903 - 27502809
Alignment:
Q  574 tcatatttgaaccaaccttcatttcaagacttgttgaatcaagctgaggaagagtttggatatgatcatccaatgggtggcctcaccattccttg 668  Q
    ||||||||||| ||| ||||||||||||||||| |||  ||||||| |||||| ||||||||||| |||||||||||||| || || ||||||||    
T  27502903 tcatatttgaatcaaacttcatttcaagacttgctgagccaagctgtggaagaatttggatatgaccatccaatgggtggtcttactattccttg 27502809  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #35
Raw Score: 51; E-Value: 8e-20
Query Start/End: Original strand, 574 - 680
Target Start/End: Original strand, 27557533 - 27557639
Alignment:
Q  574 tcatatttgaaccaaccttcatttcaagacttgttgaatcaagctgaggaagagtttggatatgatcatccaatgggtggcctcaccattccttgcactg 673  Q
    ||||| || |||||||| ||||||||||| ||| ||||||||||||||||| | |||| ||||| ||||||||||||||| ||||| ||||| ||||  |    
T  27557533 tcatacttaaaccaaccatcatttcaagaattgctgaatcaagctgaggaacaatttgaatatgttcatccaatgggtggtctcactattccatgcagag 27557632  T
Q  674 aagatgt 680  Q
    |||||||    
T  27557633 aagatgt 27557639  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #36
Raw Score: 50; E-Value: 3e-19
Query Start/End: Original strand, 529 - 670
Target Start/End: Complemental strand, 27411597 - 27411456
Alignment:
Q  529 gcagtgtatgttggagagaaactgacgcggttcatagttcctgtatcatatttgaaccaaccttcatttcaagacttgttgaatcaagctgaggaagagt 628  Q
    ||||| ||||||||||| | | |||  |||||| |  |||| |||||||| ||||||||||| || |||||||| ||  | |||||||| || ||||| |    
T  27411597 gcagtctatgttggagatagaatgagacggttcgtgattccagtatcatacttgaaccaaccatcgtttcaagaattactaaatcaagcagaagaagaat 27411498  T
Q  629 ttggatatgatcatccaatgggtggcctcaccattccttgca 670  Q
    |||||||||||||||| |||||||| ||||| ||||||||||    
T  27411497 ttggatatgatcatcctatgggtggtctcacaattccttgca 27411456  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #37
Raw Score: 50; E-Value: 3e-19
Query Start/End: Original strand, 529 - 670
Target Start/End: Original strand, 27486982 - 27487123
Alignment:
Q  529 gcagtgtatgttggagagaaactgacgcggttcatagttcctgtatcatatttgaaccaaccttcatttcaagacttgttgaatcaagctgaggaagagt 628  Q
    |||||||| || ||||||||| ||| ||||||  |  | ||| ||||||| || |||||||| || |||||||| |||||||| |||||||| ||| | |    
T  27486982 gcagtgtacgtaggagagaaaatgaagcggtttgtgatccctttatcatacttaaaccaaccatcgtttcaagaattgttgaaccaagctgaagaacaat 27487081  T
Q  629 ttggatatgatcatccaatgggtggcctcaccattccttgca 670  Q
    ||| ||||||||||||||||||||| || || ||||||||||    
T  27487082 ttgaatatgatcatccaatgggtggtcttactattccttgca 27487123  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #38
Raw Score: 50; E-Value: 3e-19
Query Start/End: Original strand, 572 - 669
Target Start/End: Original strand, 27498457 - 27498554
Alignment:
Q  572 tatcatatttgaaccaaccttcatttcaagacttgttgaatcaagctgaggaagagtttggatatgatcatccaatgggtggcctcaccattccttgc 669  Q
    ||||||| ||||||||||| || || |||||||||||||| ||||| |||||| | || | ||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||    
T  27498457 tatcatacttgaaccaaccatcgttccaagacttgttgaaccaagccgaggaacaattcgaatatgatcatccaatgggtggtctcactattccttgc 27498554  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #39
Raw Score: 50; E-Value: 3e-19
Query Start/End: Original strand, 53 - 118
Target Start/End: Original strand, 27506260 - 27506325
Alignment:
Q  53 agctggacatcagcattatcataatgaagaaaacatgtctgaagcatgtttacaaaattatgaagt 118  Q
    ||||||||||||||| | | ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  27506260 agctggacatcagcactttgataatgaagaaaacatgtctgaaacatgtttacaaaattatgaagt 27506325  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #40
Raw Score: 49; E-Value: 1e-18
Query Start/End: Original strand, 529 - 669
Target Start/End: Original strand, 27571622 - 27571762
Alignment:
Q  529 gcagtgtatgttggagagaaactgacgcggttcatagttcctgtatcatatttgaaccaaccttcatttcaagacttgttgaatcaagctgaggaagagt 628  Q
    ||||| ||||||||||| | | ||| ||||||| |  |||| ||||||||||||| ||| || || |||||||| ||  | |||||| | || ||||| |    
T  27571622 gcagtctatgttggagatagaatgaggcggttcgtgattccagtatcatatttgagccagccatcgtttcaagaattactaaatcaatcagaagaagaat 27571721  T
Q  629 ttggatatgatcatccaatgggtggcctcaccattccttgc 669  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||    
T  27571722 ttggatatgatcatccaatgggtggtctcacaattccttgc 27571762  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #41
Raw Score: 48; E-Value: 5e-18
Query Start/End: Original strand, 529 - 708
Target Start/End: Complemental strand, 27513917 - 27513738
Alignment:
Q  529 gcagtgtatgttggagagaaactgacgcggttcatagttcctgtatcatatttgaaccaaccttcatttcaagacttgttgaatcaagctgaggaagagt 628  Q
    ||||||||||| ||||||||| ||| ||||||  |  | ||  ||||||| ||||||||| | || || ||||| |||||||| |||||||| ||| | |    
T  27513917 gcagtgtatgtaggagagaaaatgaagcggtttgtgatcccaatatcatacttgaaccaaacctcgttccaagaattgttgaaccaagctgaagaacaat 27513818  T
Q  629 ttggatatgatcatccaatgggtggcctcaccattccttgcactgaagatgtcttccaacatataacttcttgcttgaat 708  Q
     || ||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||  ||||| || |||  | |||| |||||| ||||||||    
T  27513817 atgaatatgatcatccaatgggtggtctcactattccttgcagagaagaagtattcttagatatcacttctcgcttgaat 27513738  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #42
Raw Score: 47; E-Value: 2e-17
Query Start/End: Original strand, 529 - 679
Target Start/End: Complemental strand, 27419212 - 27419062
Alignment:
Q  529 gcagtgtatgttggagagaaactgacgcggttcatagttcctgtatcatatttgaaccaaccttcatttcaagacttgttgaatcaagctgaggaagagt 628  Q
    ||||| ||||||||||| | | ||| ||||||| |  |||| ||||||||||||| ||| || || |||||||| ||  | |||||| | || ||||| |    
T  27419212 gcagtctatgttggagatagaatgaggcggttcgtgattccagtatcatatttgagccagccatcgtttcaagaattactaaatcaatcagaagaagaat 27419113  T
Q  629 ttggatatgatcatccaatgggtggcctcaccattccttgcactgaagatg 679  Q
    ||||||||||||||||||||||||| || || |||||||||  ||||||||    
T  27419112 ttggatatgatcatccaatgggtggtcttacaattccttgcggtgaagatg 27419062  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #43
Raw Score: 47; E-Value: 2e-17
Query Start/End: Original strand, 572 - 670
Target Start/End: Complemental strand, 27444892 - 27444794
Alignment:
Q  572 tatcatatttgaaccaaccttcatttcaagacttgttgaatcaagctgaggaagagtttggatatgatcatccaatgggtggcctcaccattccttgca 670  Q
    ||||||| |||| |||| | ||||||||||| || ||||||||||| |||||| | || |||||||| |||||||||||||| ||||| ||||||||||    
T  27444892 tatcatacttgagccaatcatcatttcaagaattattgaatcaagccgaggaacaattcggatatgaccatccaatgggtggtctcacaattccttgca 27444794  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #44
Raw Score: 47; E-Value: 2e-17
Query Start/End: Original strand, 529 - 679
Target Start/End: Original strand, 27567254 - 27567404
Alignment:
Q  529 gcagtgtatgttggagagaaactgacgcggttcatagttcctgtatcatatttgaaccaaccttcatttcaagacttgttgaatcaagctgaggaagagt 628  Q
    ||||| ||||||||||| | | |||  |||||| |  |||| |||||||| ||||||||||| || |||||||| ||  | |||||| | || ||||| |    
T  27567254 gcagtctatgttggagatagaatgagacggttcgtgattccagtatcatacttgaaccaaccatcgtttcaagaattactaaatcaaacagaagaagaat 27567353  T
Q  629 ttggatatgatcatccaatgggtggcctcaccattccttgcactgaagatg 679  Q
    |||| |||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||  |||||||    
T  27567354 ttggttatgatcatccaatgggtggtctcacaattccttgcagcgaagatg 27567404  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #45
Raw Score: 46; E-Value: 7e-17
Query Start/End: Original strand, 529 - 670
Target Start/End: Original strand, 27476686 - 27476827
Alignment:
Q  529 gcagtgtatgttggagagaaactgacgcggttcatagttcctgtatcatatttgaaccaaccttcatttcaagacttgttgaatcaagctgaggaagagt 628  Q
    |||||||||||||| |||||| ||| ||||||  |  ||||||||||||| ||||||||| | ||||| |||||  || |||  |||  ||||||| | |    
T  27476686 gcagtgtatgttggtgagaaaatgaagcggtttgtgattcctgtatcatacttgaaccaaacctcattccaagaactgctgagccaaagtgaggaacaat 27476785  T
Q  629 ttggatatgatcatccaatgggtggcctcaccattccttgca 670  Q
    ||| ||||||||||||||||||||| || || ||||||||||    
T  27476786 ttgaatatgatcatccaatgggtggtctaactattccttgca 27476827  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #46
Raw Score: 46; E-Value: 7e-17
Query Start/End: Original strand, 53 - 118
Target Start/End: Complemental strand, 27479464 - 27479399
Alignment:
Q  53 agctggacatcagcattatcataatgaagaaaacatgtctgaagcatgtttacaaaattatgaagt 118  Q
    |||||||||||||||  || ||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||    
T  27479464 agctggacatcagcaccatgataatgaagaaaacatgtctgaaacatgtttacacaattatgaagt 27479399  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #47
Raw Score: 46; E-Value: 7e-17
Query Start/End: Original strand, 622 - 679
Target Start/End: Complemental strand, 27559288 - 27559231
Alignment:
Q  622 gaagagtttggatatgatcatccaatgggtggcctcaccattccttgcactgaagatg 679  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||| ||||||||    
T  27559288 gaagagtttggatatgatcatccaatgggtggtctcacaattccttgcagtgaagatg 27559231  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #48
Raw Score: 44; E-Value: 0.000000000000001
Query Start/End: Original strand, 585 - 668
Target Start/End: Original strand, 27554364 - 27554447
Alignment:
Q  585 ccaaccttcatttcaagacttgttgaatcaagctgaggaagagtttggatatgatcatccaatgggtggcctcaccattccttg 668  Q
    |||||| || |||||||| ||| ||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||| |||| | ||||| ||||||||    
T  27554364 ccaaccatcgtttcaagaattgctgaatcaagctgaggaacaatttggatatgatcatccaacgggtagtctcacaattccttg 27554447  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #49
Raw Score: 44; E-Value: 0.000000000000001
Query Start/End: Original strand, 580 - 679
Target Start/End: Complemental strand, 27556469 - 27556370
Alignment:
Q  580 ttgaaccaaccttcatttcaagacttgttgaatcaagctgaggaagagtttggatatgatcatccaatgggtggcctcaccattccttgcactgaagatg 679  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||  |  ||||||| || ||||| ||||||||||||||| | |||||||| ||||| ||||| |||| ||||||||    
T  27556469 ttgaaccaaccttcatttcaagaattactacatcaagcagaagaagaatttggatatgatcattctatgggtggtctcacaattccatgcagtgaagatg 27556370  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #50
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000005
Query Start/End: Original strand, 572 - 670
Target Start/End: Complemental strand, 27516707 - 27516609
Alignment:
Q  572 tatcatatttgaaccaaccttcatttcaagacttgttgaatcaagctgaggaagagtttggatatgatcatccaatgggtggcctcaccattccttgca 670  Q
    ||||||||||||| |||   ||||| ||||| |||||||| |||||||||||| | |||| |||||| ||||||||||| || ||||| ||||||||||    
T  27516707 tatcatatttgaagcaaaaatcattccaagaattgttgaaccaagctgaggaacaatttgaatatgaccatccaatggggggtctcactattccttgca 27516609  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #51
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000002
Query Start/End: Original strand, 526 - 678
Target Start/End: Original strand, 27540003 - 27540155
Alignment:
Q  526 gttgcagtgtatgttggagagaaactgacgcggttcatagttcctgtatcatatttgaaccaaccttcatttcaagacttgttgaatcaag-ctgaggaa 624  Q
    |||||||||||||||||||| ||  ||| ||||||| |  ||||| |   ||  ||||| ||||||||||||||||||||| | || |||| | ||||||    
T  27540003 gttgcagtgtatgttggagaaaatatgaagcggttcgtgattcctattggatgcttgaatcaaccttcatttcaagacttgct-aagcaaggcagaggaa 27540101  T
Q  625 gagtttggatatgatcatccaatgggtggcctcaccattccttgcactgaagat 678  Q
    || ||||| ||  |||||||||||||||| || ||||||||||||| |||||||    
T  27540102 gaatttgggtaccatcatccaatgggtggactaaccattccttgcagtgaagat 27540155  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #52
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000007
Query Start/End: Original strand, 614 - 670
Target Start/End: Original strand, 27495620 - 27495676
Alignment:
Q  614 aagctgaggaagagtttggatatgatcatccaatgggtggcctcaccattccttgca 670  Q
    ||||||| ||||||||||||| | |||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  27495620 aagctgaagaagagtttggatttaatcatccaatgggtggtctcaccattccttgca 27495676  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #53
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000007
Query Start/End: Original strand, 572 - 668
Target Start/End: Original strand, 27501359 - 27501455
Alignment:
Q  572 tatcatatttgaaccaaccttcatttcaagacttgttgaatcaagctgaggaagagtttggatatgatcatccaatgggtggcctcaccattccttg 668  Q
    ||||||| || |||||||| |  ||||||||||||||||| ||||| |||||| | |||| ||| |||||||||| |||||| ||||| ||||||||    
T  27501359 tatcatacttaaaccaaccattgtttcaagacttgttgaaccaagccgaggaacaatttgaatacgatcatccaacgggtggtctcactattccttg 27501455  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #54
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000007
Query Start/End: Original strand, 598 - 670
Target Start/End: Complemental strand, 27502207 - 27502135
Alignment:
Q  598 caagacttgttgaatcaagctgaggaagagtttggatatgatcatccaatgggtggcctcaccattccttgca 670  Q
    ||||| |||||||| |||||||||||| | |||| ||||||||||||||||||||| || || ||||||||||    
T  27502207 caagaattgttgaaccaagctgaggaacaatttgaatatgatcatccaatgggtggtctaactattccttgca 27502135  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #55
Raw Score: 39; E-Value: 0.000000000001
Query Start/End: Original strand, 572 - 670
Target Start/End: Original strand, 27460520 - 27460618
Alignment:
Q  572 tatcatatttgaaccaaccttcatttcaagacttgttgaatcaagctgaggaagagtttggatatgatcatccaatgggtggcctcaccattccttgca 670  Q
    ||||||||||||| |||   ||||| ||||| ||| |||  |||  ||||||| | |||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  27460520 tatcatatttgaagcaaaaatcattccaagaattgctgagccaaagtgaggaacaatttgaatatgatcatccaatgggtggtctcaccattccttgca 27460618  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #56
Raw Score: 39; E-Value: 0.000000000001
Query Start/End: Original strand, 56 - 118
Target Start/End: Complemental strand, 27486521 - 27486459
Alignment:
Q  56 tggacatcagcattatcataatgaagaaaacatgtctgaagcatgtttacaaaattatgaagt 118  Q
    ||||||||| || | | ||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||    
T  27486521 tggacatcaacactttaataatgaagaaaacatgtctgaaacatgtttacacaattatgaagt 27486459  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #57
Raw Score: 39; E-Value: 0.000000000001
Query Start/End: Original strand, 63 - 120
Target Start/End: Original strand, 27526689 - 27526747
Alignment:
Q  63 cagcattatcataatgaagaaaa-catgtctgaagcatgtttacaaaattatgaagtac 120  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||||  |||||| ||||||||||||||||    
T  27526689 cagcattatcataatgaagaaaaacatgtctgaacaatgttttcaaaattatgaagtac 27526747  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #58
Raw Score: 39; E-Value: 0.000000000001
Query Start/End: Original strand, 46 - 120
Target Start/End: Complemental strand, 27554174 - 27554101
Alignment:
Q  46 acttaccagctggacatcagcattatcataatgaagaaaacatgtctgaagcatgtttacaaaattatgaagtac 120  Q
    |||||||||||||| |||| |||||||| ||||||| |||||||||| |  ||||||| ||||||||||||||||    
T  27554174 acttaccagctggagatcaacattatcaaaatgaag-aaacatgtcttagacatgtttgcaaaattatgaagtac 27554101  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #59
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000004
Query Start/End: Original strand, 529 - 670
Target Start/End: Original strand, 27469459 - 27469600
Alignment:
Q  529 gcagtgtatgttggagagaaactgacgcggttcatagttcctgtatcatatttgaaccaaccttcatttcaagacttgttgaatcaagctgaggaagagt 628  Q
    |||||||| || ||||||||| ||| ||||||  |  | ||| ||||||||||||| ||| | ||||| |||||  ||||||  |||||||| ||| | |    
T  27469459 gcagtgtacgtaggagagaaaatgaagcggtttgtgatccctatatcatatttgaagcaaacatcattacaagaactgttgagccaagctgaagaacaat 27469558  T
Q  629 ttggatatgatcatccaatgggtggcctcaccattccttgca 670  Q
    ||| |||||| |||||||||||||| || || ||||||||||    
T  27469559 ttgaatatgaacatccaatgggtggtctaactattccttgca 27469600  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #60
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000004
Query Start/End: Original strand, 572 - 669
Target Start/End: Original strand, 27473934 - 27474031
Alignment:
Q  572 tatcatatttgaaccaaccttcatttcaagacttgttgaatcaagctgaggaagagtttggatatgatcatccaatgggtggcctcaccattccttgc 669  Q
    ||||||||||||| |||   ||||| ||||| ||| |||  |||  ||||||| | |||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  27473934 tatcatatttgaagcaaaaatcattccaagaattgctgagccaaagtgaggaacaatttgaatatgatcatccaatgggtggtctcaccattccttgc 27474031  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #61
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 529 - 678
Target Start/End: Complemental strand, 27422076 - 27421923
Alignment:
Q  529 gcagtgtatgttggagagaaactgacgcggttcatagttcctgtatcatatttgaaccaaccttcatttcaagacttgttgaatcaagctgaggaagagt 628  Q
    ||||| ||||||||||| | | |||  |||||| |  |||| |||||||| ||||||||||| | ||||||||| ||  | |||||||| || ||||| |    
T  27422076 gcagtctatgttggagatagaatgaaacggttcgtgattccagtatcatacttgaaccaaccattatttcaagaattactaaatcaagcagaagaagaat 27421977  T
Q  629 t----tggatatgatcatccaatgggtggcctcaccattccttgcactgaagat 678  Q
    |    |||||| |||||||||| |||||| ||||| |||||||||| |||||||    
T  27421976 ttggatggatacgatcatccaacgggtggtctcacaattccttgcagtgaagat 27421923  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #62
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 580 - 680
Target Start/End: Original strand, 27446197 - 27446297
Alignment:
Q  580 ttgaaccaaccttcatttcaagacttgttgaatcaagctgaggaagagtttggatatgatcatccaatgggtggcctcaccattccttgcactgaagatg 679  Q
    ||||| ||||||||||||||||| | ||| |  ||| | || |||||||||| ||||||||||| ||||| ||| ||| | |||||||||| ||||||||    
T  27446197 ttgaatcaaccttcatttcaagagtcgttaagccaatcagaagaagagtttgaatatgatcatcgaatggatggtctctcgattccttgcagtgaagatg 27446296  T
Q  680 t 680  Q
    |    
T  27446297 t 27446297  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #63
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000007
Query Start/End: Original strand, 49 - 116
Target Start/End: Original strand, 27431871 - 27431937
Alignment:
Q  49 taccagctggacatcagcattatcataatgaagaaaacatgtctgaagcatgtttacaaaattatgaa 116  Q
    |||||||||||||||| ||||||||  |||||| |||||||| | | |||||||||||||||||||||    
T  27431871 taccagctggacatcaacattatcaagatgaag-aaacatgtataatgcatgtttacaaaattatgaa 27431937  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #64
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000003
Query Start/End: Original strand, 572 - 670
Target Start/End: Complemental strand, 27500436 - 27500338
Alignment:
Q  572 tatcatatttgaaccaaccttcatttcaagacttgttgaatcaagctgaggaagagtttggatatgatcatccaatgggtggcctcaccattccttgca 670  Q
    ||||||| || ||||||  |||||| ||||| ||| |||  ||| |||| ||| |||| |||||||| ||||||||||||||| |||| ||||||||||    
T  27500436 tatcatacttaaaccaaagttcattccaagaattgctgagccaatctgaagaacagttcggatatgaccatccaatgggtggcatcactattccttgca 27500338  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #65
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000003
Query Start/End: Original strand, 156 - 237
Target Start/End: Original strand, 27517369 - 27517451
Alignment:
Q  156 tctcatttggtagcaagtggaagctttgtattggacattgtttaagaaggtagggtacactc-gaagacaacaccacatgcta 237  Q
    ||||| |||||  |||||||||||||||| |||| |||||||| ||||||| ||||||| ||  |||||||| ||||||||||    
T  27517369 tctcaattggttccaagtggaagctttgtgttggccattgtttgagaaggtggggtacaatcttaagacaacgccacatgcta 27517451  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #66
Raw Score: 34; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 633 - 686
Target Start/End: Original strand, 27437237 - 27437290
Alignment:
Q  633 atatgatcatccaatgggtggcctcaccattccttgcactgaagatgtcttcca 686  Q
    ||||||||||||||||| ||||||  | ||||||||||| ||||||||||||||    
T  27437237 atatgatcatccaatggttggccttcctattccttgcaccgaagatgtcttcca 27437290  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #67
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000004
Query Start/End: Original strand, 618 - 670
Target Start/End: Original strand, 27466909 - 27466961
Alignment:
Q  618 tgaggaagagtttggatatgatcatccaatgggtggcctcaccattccttgca 670  Q
    ||||||| | |||| ||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||    
T  27466909 tgaggaacaatttgaatatgatcatccaatgggtggtctcactattccttgca 27466961  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #68
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 574 - 609
Target Start/End: Original strand, 27945687 - 27945722
Alignment:
Q  574 tcatatttgaaccaaccttcatttcaagacttgttg 609  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27945687 tcatacttgaaccaaccttcatttcaagacttgttg 27945722  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #69
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000007
Query Start/End: Original strand, 574 - 668
Target Start/End: Complemental strand, 27507909 - 27507815
Alignment:
Q  574 tcatatttgaaccaaccttcatttcaagacttgttgaatcaagctgaggaagagtttggatatgatcatccaatgggtggcctcaccattccttg 668  Q
    ||||||||||| ||| ||||| ||||||| ||| | |  || ||||  ||||| ||||||||||| |||||||||||||| || || ||||||||    
T  27507909 tcatatttgaatcaaacttcacttcaagagttgctcagccaggctgtcgaagaatttggatatgaccatccaatgggtggtcttacaattccttg 27507815  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #70
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000007
Query Start/End: Original strand, 643 - 705
Target Start/End: Complemental strand, 27549023 - 27548961
Alignment:
Q  643 ccaatgggtggcctcaccattccttgcactgaagatgtcttccaacatataacttcttgcttg 705  Q
    ||||||| ||||||||| ||| ||||||| |||||||||||||| || ||||| ||| |||||    
T  27549023 ccaatggttggcctcactatttcttgcaccgaagatgtcttccagcacataacgtctcgcttg 27548961  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 95; Significance: 4e-46; HSPs: 4)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 95; E-Value: 4e-46
Query Start/End: Original strand, 516 - 710
Target Start/End: Complemental strand, 1756911 - 1756717
Alignment:
Q  516 aaagggctacgttgcagtgtatgttggagagaaactgacgcggttcatagttcctgtatcatatttgaaccaaccttcatttcaagacttgttgaatcaa 615  Q
    |||||||||  |||||||| ||||||||||||||| || ||||||  |  | ||  ||||||| ||||||||||| || |||||| ||||||||| ||||    
T  1756911 aaagggctatcttgcagtgaatgttggagagaaacagaagcggtttgtgatcccaatatcatacttgaaccaaccatcgtttcaatacttgttgagtcaa 1756812  T
Q  616 gctgaggaagagtttggatatgatcatccaatgggtggcctcaccattccttgcactgaagatgtcttccaacatataacttcttgcttgaatgg 710  Q
    ||||| ||||| |||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||| || ||||||||||||||    
T  1756811 gctgaagaagaatttggatatgatcaccccatgggtggcctcaccattccttgcaccgaagatgccttccaacatattacctcttgcttgaatgg 1756717  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 83; E-Value: 6e-39
Query Start/End: Original strand, 572 - 710
Target Start/End: Original strand, 1754730 - 1754868
Alignment:
Q  572 tatcatatttgaaccaaccttcatttcaagacttgttgaatcaagctgaggaagagtttggatatgatcatccaatgggtggcctcaccattccttgcac 671  Q
    ||||||| ||||| ||||| || ||||||  |||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  1754730 tatcatacttgaatcaaccatcgtttcaatccttgttgagtcaagctgcggaagagtttggatatgatcatccaatgggtggcctcaccattctttgcac 1754829  T
Q  672 tgaagatgtcttccaacatataacttcttgcttgaatgg 710  Q
     |||||||||||| || ||||||||||| |||| |||||    
T  1754830 agaagatgtcttcgaaaatataacttctagcttaaatgg 1754868  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000004
Query Start/End: Original strand, 571 - 668
Target Start/End: Complemental strand, 1754340 - 1754243
Alignment:
Q  571 gtatcatatttgaaccaaccttcatttcaagacttgttgaatcaagctgaggaagagtttggatatgatcatccaatgggtggcctcaccattccttg 668  Q
    |||||||| ||||||||| | ||||||||| | ||| | ||  || |||||||| |||||| |||||||||||| |||||||| ||||| ||||||||    
T  1754340 gtatcatacttgaaccaatcgtcatttcaaaaattgctaaacaaatctgaggaacagtttgaatatgatcatccgatgggtggtctcactattccttg 1754243  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 541 - 670
Target Start/End: Original strand, 1759259 - 1759392
Alignment:
Q  541 ggagagaaactgacgcggttcatagttcctgtatcatatttgaaccaaccttcatttcaagacttgttg----aatcaagctgaggaagagtttggatat 636  Q
    ||||||||| ||| ||||||  |  |||||||||||||||| |||||| | ||||| ||||| ||||||    || |||||||||||| | |||| |||     
T  1759259 ggagagaaaatgaagcggtttgtgattcctgtatcatatttaaaccaaacatcattccaagaattgttgagccaagcaagctgaggaacaatttgaatac 1759358  T
Q  637 gatcatccaatgggtggcctcaccattccttgca 670  Q
     | |||||||||||||| |||||||||| |||||    
T  1759359 aaccatccaatgggtggtctcaccattctttgca 1759392  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 79; Significance: 2e-36; HSPs: 14)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 79; E-Value: 2e-36
Query Start/End: Original strand, 574 - 684
Target Start/End: Original strand, 50910004 - 50910114
Alignment:
Q  574 tcatatttgaaccaaccttcatttcaagacttgttgaatcaagctgaggaagagtttggatatgatcatccaatgggtggcctcaccattccttgcactg 673  Q
    ||||| ||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||  |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |    
T  50910004 tcatacttgaaccaagcttcatttcaaaacttgttgaatcaagtggaggaagaatttggatatgatcatccaatgggtggcctcacaattccttgcacag 50910103  T
Q  674 aagatgtcttc 684  Q
    |||||||||||    
T  50910104 aagatgtcttc 50910114  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 75; E-Value: 4e-34
Query Start/End: Original strand, 527 - 709
Target Start/End: Original strand, 55084783 - 55084965
Alignment:
Q  527 ttgcagtgtatgttggagagaaactgacgcggttcatagttcctgtatcatatttgaaccaaccttcatttcaagacttgttgaatcaagctgaggaaga 626  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||| ||||||  |  | ||| | || || ||||||||||| ||||||||||||||||||| ||  || ||||||||    
T  55084783 ttgcagtgtatgttggagagaaaatgaagcggtttgtgatccctatgtcttacttgaaccaaccatcatttcaagacttgttgagtcgggcggaggaaga 55084882  T
Q  627 gtttggatatgatcatccaatgggtggcctcaccattccttgcactgaagatgtcttccaacatataacttcttgcttgaatg 709  Q
     |||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||| |||   ||||| |||||| |||| ||||    
T  55084883 atttggatacgatcatccaatgggtggcctcacaattccttgcacagaagatgttttctttcatattacttctcgcttcaatg 55084965  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 63; E-Value: 5e-27
Query Start/End: Original strand, 580 - 670
Target Start/End: Complemental strand, 50904882 - 50904792
Alignment:
Q  580 ttgaaccaaccttcatttcaagacttgttgaatcaagctgaggaagagtttggatatgatcatccaatgggtggcctcaccattccttgca 670  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||| || ||| ||||| || || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  50904882 ttgaaccaaacttcatttcaagacttgttgagtcgagcagaggatgaattcggatatgatcatccaatgggtggcctcaccattccttgca 50904792  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 63; E-Value: 5e-27
Query Start/End: Original strand, 574 - 676
Target Start/End: Complemental strand, 50911965 - 50911863
Alignment:
Q  574 tcatatttgaaccaaccttcatttcaagacttgttgaatcaagctgaggaagagtttggatatgatcatccaatgggtggcctcaccattccttgcactg 673  Q
    ||||| ||||||||| ||||||||||| ||||||||| |||||| |||||||| |||||||||||||| |||||||||||||| || ||||||||||| |    
T  50911965 tcatacttgaaccaagcttcatttcaaaacttgttgagtcaagcagaggaagaatttggatatgatcacccaatgggtggcctaacaattccttgcacag 50911866  T
Q  674 aag 676  Q
    |||    
T  50911865 aag 50911863  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 62; E-Value: 2e-26
Query Start/End: Original strand, 516 - 677
Target Start/End: Complemental strand, 38025029 - 38024868
Alignment:
Q  516 aaagggctacgttgcagtgtatgttggagagaaactgacgcggttcatagttcctgtatcatatttgaaccaaccttcatttcaagacttgttgaatcaa 615  Q
    |||||||||  ||||||| |||||||||||| || ||| ||||||  |  | ||  | ||||| ||||||||| |||| |||||| |||| |||| ||||    
T  38025029 aaagggctatcttgcagtatatgttggagagcaaatgaagcggtttgttatccccatgtcatacttgaaccaagcttcctttcaaaacttattgagtcaa 38024930  T
Q  616 gctgaggaagagtttggatatgatcatccaatgggtggcctcaccattccttgcactgaaga 677  Q
    || |||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||| |||||    
T  38024929 gcagaggaagaatttggatatgatcacccaatgggtggcctcacgattccttgcacagaaga 38024868  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 62; E-Value: 2e-26
Query Start/End: Original strand, 516 - 677
Target Start/End: Complemental strand, 38031481 - 38031320
Alignment:
Q  516 aaagggctacgttgcagtgtatgttggagagaaactgacgcggttcatagttcctgtatcatatttgaaccaaccttcatttcaagacttgttgaatcaa 615  Q
    |||||||||  ||||||| |||||||||||| || ||| ||||||  |  | ||  | ||||| ||||||||| |||| |||||| |||| |||| ||||    
T  38031481 aaagggctatcttgcagtatatgttggagagcaaatgaagcggtttgttatccccatgtcatacttgaaccaagcttcctttcaaaacttattgagtcaa 38031382  T
Q  616 gctgaggaagagtttggatatgatcatccaatgggtggcctcaccattccttgcactgaaga 677  Q
    || |||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||| |||||    
T  38031381 gcagaggaagaatttggatatgatcacccaatgggtggcctcacgattccttgcacagaaga 38031320  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 60; E-Value: 3e-25
Query Start/End: Original strand, 574 - 677
Target Start/End: Complemental strand, 38028862 - 38028759
Alignment:
Q  574 tcatatttgaaccaaccttcatttcaagacttgttgaatcaagctgaggaagagtttggatatgatcatccaatgggtggcctcaccattccttgcactg 673  Q
    ||||| ||||||||| ||||||||||| || |||||| |||||| |||||||| ||||||||||| ||||||||||| |||||||| ||||||||||| |    
T  38028862 tcatacttgaaccaagcttcatttcaaaacctgttgagtcaagccgaggaagaatttggatatgaccatccaatgggcggcctcacaattccttgcacag 38028763  T
Q  674 aaga 677  Q
    ||||    
T  38028762 aaga 38028759  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 59; E-Value: 1e-24
Query Start/End: Original strand, 574 - 676
Target Start/End: Original strand, 38043947 - 38044049
Alignment:
Q  574 tcatatttgaaccaaccttcatttcaagacttgttgaatcaagctgaggaagagtttggatatgatcatccaatgggtggcctcaccattccttgcactg 673  Q
    ||||| ||||| ||| |||| |||||||||||| ||| |||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||| |    
T  38043947 tcatacttgaatcaaacttcgtttcaagacttgctgagtcaagcagaggaagaatttggatatgatcatccaatgggcggcctcacaattccttgcaccg 38044046  T
Q  674 aag 676  Q
    |||    
T  38044047 aag 38044049  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 58; E-Value: 5e-24
Query Start/End: Original strand, 575 - 680
Target Start/End: Complemental strand, 48840806 - 48840702
Alignment:
Q  575 catatttgaaccaaccttcatttcaagacttgttgaatcaagctgaggaagagtttggatatgatcatccaatgggtggcctcaccattccttgcactga 674  Q
    |||| ||||||||| | ||||||||||||||||||| | |||  ||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||    
T  48840806 catacttgaaccaagcctcatttcaagacttgttgagt-aagtggagaaagaatttggatatgatcatccaatgggtggcctcacaattccttgcacaga 48840708  T
Q  675 agatgt 680  Q
    ||||||    
T  48840707 agatgt 48840702  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 56; E-Value: 8e-23
Query Start/End: Original strand, 574 - 677
Target Start/End: Complemental strand, 38040177 - 38040074
Alignment:
Q  574 tcatatttgaaccaaccttcatttcaagacttgttgaatcaagctgaggaagagtttggatatgatcatccaatgggtggcctcaccattccttgcactg 673  Q
    ||||| ||||||||| ||||||||||| || |||||| |||||| |||||||| || |||||||| ||||||||||| |||||||| ||||||||||| |    
T  38040177 tcatacttgaaccaagcttcatttcaaaacctgttgagtcaagccgaggaagaattcggatatgaccatccaatgggcggcctcacaattccttgcacag 38040078  T
Q  674 aaga 677  Q
    ||||    
T  38040077 aaga 38040074  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #11
Raw Score: 53; E-Value: 5e-21
Query Start/End: Original strand, 575 - 671
Target Start/End: Complemental strand, 38036888 - 38036792
Alignment:
Q  575 catatttgaaccaaccttcatttcaagacttgttgaatcaagctgaggaagagtttggatatgatcatccaatgggtggcctcaccattccttgcac 671  Q
    |||| ||||||||| ||||||||||| | ||||||| |||||| |||||||| || |||||||| ||||||||||| |||||||| |||||||||||    
T  38036888 catacttgaaccaagcttcatttcaaaatttgttgagtcaagccgaggaagaattcggatatgaccatccaatgggcggcctcacaattccttgcac 38036792  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #12
Raw Score: 48; E-Value: 5e-18
Query Start/End: Original strand, 574 - 710
Target Start/End: Complemental strand, 38033875 - 38033735
Alignment:
Q  574 tcatatttgaaccaaccttcatttcaagacttgttgaatcaagctgaggaagagtttggatatgatcatcc----aatgggtggcctcaccattccttgc 669  Q
    ||||| ||||||||| ||||||||||| ||||||||| |||||| |||||||| ||||||||||| |||||    |||||| ||| |||| ||||| |||    
T  38033875 tcatacttgaaccaagcttcatttcaaaacttgttgagtcaagccgaggaagaatttggatatgaccatccaattaatgggcggcatcacaattccctgc 38033776  T
Q  670 actgaagatgtcttccaacatataacttcttgcttgaatgg 710  Q
    || |||||||| |||   ||||| |||||| |||| |||||    
T  38033775 acagaagatgttttcttgcatattacttctcgcttcaatgg 38033735  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #13
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000007
Query Start/End: Original strand, 583 - 670
Target Start/End: Complemental strand, 55088138 - 55088051
Alignment:
Q  583 aaccaaccttcatttcaagacttgttgaatcaagctgaggaagagtttggatatgatcatccaatgggtggcctcaccattccttgca 670  Q
    ||||| ||||||||||  || ||||| |||| |||||||||||||||||| |   |||||||||||||||| ||||| ||||| ||||    
T  55088138 aaccacccttcatttcttgatttgttaaatcgagctgaggaagagtttggtttcaatcatccaatgggtggtctcactattccatgca 55088051  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #14
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 527 - 684
Target Start/End: Original strand, 50913493 - 50913650
Alignment:
Q  527 ttgcagtgtatgttggagagaaactgacgcggttcatagttcctgtatcatatttgaaccaaccttcatttcaagacttgttgaatcaagctgaggaaga 626  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||| | ||||| |  ||||  ||||||  |||||  | |||| ||||||||| ||| | |  |||||||| || ||    
T  50913493 ttgcagtgtatgttggagagaaaatgaagaggttcttgattccaatatcattcttgaatgagcctttatttcaagaattgcttagccaagctgaagagga 50913592  T
Q  627 gtttggatatgatcatccaatgggtggcctcaccattccttgcactgaagatgtcttc 684  Q
     ||||| ||   ||||||||||||||| || || ||||| ||||  ||||||||||||    
T  50913593 atttggctactgtcatccaatgggtggtcttacaattccctgcaaggaagatgtcttc 50913650  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 55; Significance: 3e-22; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 55; E-Value: 3e-22
Query Start/End: Original strand, 574 - 680
Target Start/End: Original strand, 3073613 - 3073719
Alignment:
Q  574 tcatatttgaaccaaccttcatttcaagacttgttgaatcaagctgaggaagagtttggatatgatcatccaatgggtggcctcaccattccttgcactg 673  Q
    ||||| ||||||||| ||||||||||| ||||| ||| ||  || |||||||| || ||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |    
T  3073613 tcatacttgaaccaaacttcatttcaatacttgctgagtcgggcagaggaagaattcggatacgatcatccaatgggtggcctcacaattccttgcacag 3073712  T
Q  674 aagatgt 680  Q
    |||||||    
T  3073713 aagatgt 3073719  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 53; Significance: 5e-21; HSPs: 3)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 53; E-Value: 5e-21
Query Start/End: Original strand, 574 - 678
Target Start/End: Complemental strand, 21607392 - 21607288
Alignment:
Q  574 tcatatttgaaccaaccttcatttcaagacttgttgaatcaagctgaggaagagtttggatatgatcatccaatgggtggcctcaccattccttgcactg 673  Q
    ||||| ||||||| | |||| |||||| |||| |||| |||||| |||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||  |||||||||| |    
T  21607392 tcatacttgaaccgagcttcctttcaaaacttattgagtcaagcagaggaagaatttggatatgatcacccaatgggtggcctcacggttccttgcacag 21607293  T
Q  674 aagat 678  Q
    |||||    
T  21607292 aagat 21607288  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 52; E-Value: 2e-20
Query Start/End: Original strand, 574 - 677
Target Start/End: Complemental strand, 21604850 - 21604747
Alignment:
Q  574 tcatatttgaaccaaccttcatttcaagacttgttgaatcaagctgaggaagagtttggatatgatcatccaatgggtggcctcaccattccttgcactg 673  Q
    ||||| ||||||||| ||||||||||| || |||||| |||||  |||||||| || |||||||| ||||||||||| |||||||| ||||||||||| |    
T  21604850 tcatacttgaaccaagcttcatttcaaaacatgttgagtcaagacgaggaagaattaggatatgaccatccaatgggcggcctcacaattccttgcacag 21604751  T
Q  674 aaga 677  Q
    ||||    
T  21604750 aaga 21604747  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 51; E-Value: 8e-20
Query Start/End: Original strand, 590 - 680
Target Start/End: Original strand, 21634603 - 21634693
Alignment:
Q  590 cttcatttcaagacttgttgaatcaagctgaggaagagtttggatatgatcatccaatgggtggcctcaccattccttgcactgaagatgt 680  Q
    |||| |||||||||||| ||| |||||| |||||||| |||||||||||||||| |||||| ||| |||| ||||||||||| ||||||||    
T  21634603 cttcgtttcaagacttgctgagtcaagcagaggaagaatttggatatgatcatcgaatgggcggcttcacaattccttgcaccgaagatgt 21634693  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 30; Significance: 0.0000003; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 517 - 554
Target Start/End: Complemental strand, 21477526 - 21477489
Alignment:
Q  517 aagggctacgttgcagtgtatgttggagagaaactgac 554  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||    
T  21477526 aagggctatgttgcagtgtatgttggagagaaaatgac 21477489  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University