View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF9021_low_2 (Length: 984)

Name: NF9021_low_2
Description: NF9021
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF9021_low_2
NF9021_low_2
[»] chr8 (2 HSPs)
chr8 (108-976)||(2206870-2207739)
chr8 (18-75)||(2206780-2206837)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 790; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 790; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 108 - 976
Target Start/End: Original strand, 2206870 - 2207739
Alignment:
Q  108 tttatgaattatttatgaaaatgcaataatacatatagatggaaaagaagaagnnnnnnnctattcaaatgagatgataaattatccgatgtaggaagag 207  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2206870 tttatgaattatttatgaaaatgcaataatacatatagatggaaaagaagaaaaaaaaaactattcaaatgagatgataaattatccgatgtaggaagag 2206969  T
Q  208 ttggaagaacttgaagaccaaacagcttctagcttgtattgcgatgaatcgcataaaatattgaaaattcctatgatacaccagaagataattattcaac 307  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2206970 ttggaagaacttgaagaccaaacagcttctagcttgtattgcgatgaatcgcataaaatattgaaaattcctatgatacaccagaagataattattcaac 2207069  T
Q  308 tcttgttccagtagatattgagtcatactcaagcagtgtctcgtatcatggaagtcatgttaaattcggatacaaggtacaatttacaattgagccaaat 407  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||    
T  2207070 tcttgttccagtagatattgagtcatactcaagcagtgtctcgtatcatggaagtcatgttaaattcggatacaaggtaaaatttacaatggagccaaat 2207169  T
Q  408 ataaaagctcttttttattgtgcatctacatgtaccggtaggccatgacctggctagaataaaatgagttttagttgtatggtcattcatgtgtggagtg 507  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2207170 ataaaagctcttttttattgtgcatctacatgtaccggtaggccatgacctggctagaataaaatgagttttagttgtatggtcattcatgtgtggagtg 2207269  T
Q  508 ggtttctagtcctaactggtaacttgttgatattagacaaaatataaaatagggttaaattgtttttgtcatgaaatacgacctcagtacttcatgtctc 607  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2207270 ggtttctagtcctaactggtaacttgttgatattagacaaaatataaaatagggttaaattgtttttgtcatgaaatacgacctcagtacttcatgtctc 2207369  T
Q  608 cactgatgggttatcgtttttcatcttgaaggagatcatcatatatgtcatttacgggatcatcatatgcgtcacgaacatatgatgttgatgttgttgt 707  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2207370 cactgatgggttatcgtttttcatcttgaaggagatcatcatatatgtcatttacgggatcatcatatgcgtcacgaacatatgatgttgatgttgttgt 2207469  T
Q  708 tgtcattgtatcagttaacaaggtagacctcaaaatttaaagtgcttacacaactagttactgtaaacacaccaaaaatatcatcacatcgacaaggata 807  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2207470 tgtcattgtatcagttaacaaggtagacctcaaaatttaaagtgcttacacaactagttactgtaaacacaccaaaaatatcatcacatcgacaaggata 2207569  T
Q  808 gttgaactcacaacctcattagtttatctaaatgtgatttgatgatgatttaaaatcccagtgccataagaaaacattgttagctcacatatcttaacac 907  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2207570 gttgaactcacaacctcattagtttatctaaatgtgatttgatgatgatttaaaatcccagtgccagaagaaaacattgttagctcacatatcttaacac 2207669  T
Q  908 a-tttttnnnnnnnnncatataataaattcacgtcttctcaaacgttattcttatactctctctgctcct 976  Q
    | |||||         ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  2207670 atttttttaaaaaaaacatataatagattcacgtcttctcaaacgttattcttatactctctctgatcct 2207739  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 58; E-Value: 7e-24
Query Start/End: Original strand, 18 - 75
Target Start/End: Original strand, 2206780 - 2206837
Alignment:
Q  18 agagaagtgataagagagaatctgagaagtagagtaagattgattgattatttggtat 75  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2206780 agagaagtgataagagagaatctgagaagtagagtaagattgattgattatttggtat 2206837  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University