View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF9023_low_6 (Length: 712)

Name: NF9023_low_6
Description: NF9023
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF9023_low_6
NF9023_low_6
[»] chr2 (7 HSPs)
chr2 (14-701)||(26146035-26146715)
chr2 (14-701)||(43310075-43310759)
chr2 (40-694)||(10688384-10689035)
chr2 (286-488)||(43724053-43724255)
chr2 (156-281)||(43722772-43722897)
chr2 (234-270)||(37445346-37445382)
chr2 (233-270)||(11196596-11196633)
[»] scaffold0061 (1 HSPs)
scaffold0061 (14-693)||(64279-64957)
[»] scaffold0017 (1 HSPs)
scaffold0017 (14-693)||(133675-134353)
[»] scaffold0016 (1 HSPs)
scaffold0016 (18-463)||(27834-28277)
[»] chr3 (12 HSPs)
chr3 (14-694)||(52250764-52251443)
chr3 (332-694)||(19548441-19548803)
chr3 (30-435)||(7163580-7163984)
chr3 (387-694)||(17700057-17700364)
chr3 (232-470)||(48929772-48930010)
chr3 (30-467)||(6824869-6825305)
chr3 (234-467)||(16672744-16672977)
chr3 (259-329)||(19548268-19548338)
chr3 (564-685)||(9109419-9109540)
chr3 (222-270)||(25132350-25132398)
chr3 (564-651)||(30616794-30616881)
chr3 (232-281)||(28308710-28308759)
[»] chr1 (5 HSPs)
chr1 (260-701)||(36685658-36686094)
chr1 (191-470)||(45270286-45270565)
chr1 (556-643)||(13889439-13889526)
chr1 (232-270)||(34352668-34352706)
chr1 (421-470)||(41150059-41150108)
[»] chr7 (5 HSPs)
chr7 (14-694)||(25018958-25019635)
chr7 (14-694)||(41805383-41806073)
chr7 (218-694)||(30573185-30573661)
chr7 (232-281)||(27601779-27601828)
chr7 (222-271)||(47923939-47923988)
[»] chr6 (4 HSPs)
chr6 (151-694)||(6994755-6995299)
chr6 (195-519)||(10362129-10362453)
chr6 (32-470)||(34434309-34434746)
chr6 (232-269)||(8384491-8384528)
[»] chr8 (10 HSPs)
chr8 (331-701)||(30426253-30426623)
chr8 (151-659)||(35029078-35029586)
chr8 (30-694)||(12331677-12332339)
chr8 (386-627)||(5802126-5802368)
chr8 (234-338)||(30426828-30426932)
chr8 (154-467)||(36492429-36492742)
chr8 (247-346)||(5802028-5802127)
chr8 (195-362)||(3912881-3913048)
chr8 (289-467)||(195377-195555)
chr8 (289-467)||(310214-310392)
[»] chr4 (5 HSPs)
chr4 (419-701)||(48117182-48117464)
chr4 (262-701)||(30821624-30822063)
chr4 (234-511)||(38295751-38296028)
chr4 (562-694)||(38295569-38295700)
chr4 (232-295)||(43273630-43273693)
[»] scaffold0003 (2 HSPs)
scaffold0003 (218-629)||(366891-367302)
scaffold0003 (538-694)||(366719-366875)
[»] chr5 (11 HSPs)
chr5 (387-694)||(9724693-9725000)
chr5 (198-490)||(21077149-21077440)
chr5 (30-467)||(4297965-4298401)
chr5 (30-467)||(41590145-41590580)
chr5 (233-464)||(26412845-26413076)
chr5 (564-655)||(26413176-26413267)
chr5 (393-470)||(25671997-25672074)
chr5 (222-270)||(23923094-23923142)
chr5 (221-271)||(7003455-7003505)
chr5 (222-268)||(34338130-34338176)
chr5 (232-265)||(27297650-27297683)
[»] scaffold0070 (1 HSPs)
scaffold0070 (564-694)||(26470-26600)
[»] scaffold0190 (1 HSPs)
scaffold0190 (562-655)||(3788-3881)


Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 509; Significance: 0; HSPs: 7)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 509; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 14 - 701
Target Start/End: Complemental strand, 26146715 - 26146035
Alignment:
Q  14 ggtggtgtcggaggcaggtggtttcaggagggtgtgtctcgtttggtgggagatgggggatgataccctttttt-ggcatgattcgtgattaggtggtgt 112  Q
    ||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| || ||||||||||||||| ||||||||| ||| |||||||||||    
T  26146715 ggtggtgtcagaggcgggtggtttcaggagggtgtgtctcgtttg-tgggagatgagg-atgataccctttttttggcatgatttgtggttaggtggtgt 26146618  T
Q  113 gccgtttagtgtgcgctttaagcgnnnnnnngatctcacggttgataaatcttgtacggttgcttccatgttttctgctgggtgggaggttggaggagcg 212  Q
    |||||||||||||||||||| |||       |||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||| ||||||    
T  26146617 gccgtttagtgtgcgctttaggcgcctttttgatcttgcggttgataaatcttgtacggttgcttccatgttttctgttgggtgggagcttgggggagcg 26146518  T
Q  213 ggctagagttggagaagggggttgtgggtgtgggaggaggagatgctaggggagtgtattattttacttggtcatgtttctttgcagagtaatgtaaaag 312  Q
    |  | |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26146517 gattggagttggagatgggggttgtgggtgtgggaggaggagatgctaggggagtgtattattttacttggtcatgtttctttgcagagtaatgtaaaag 26146418  T
Q  313 acacttggagatggcatctggatccttatgcaggttatacagttcgtaacgcttatcattttttgacttcttcggacattcctcaggtggatggtgtaga 412  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  26146417 acacttggagatggcatctggatccttatgcaggttatacagttcgtagcgcttatcattttttgacttcttcggacattcctcaggtggatggtgcaga 26146318  T
Q  413 tgctctagtttggcataaacatgctccacttaaggtctcaatttttgcttggaggttggtaaaggatcggttgcctaccaggtcaaacttgatgcatcgc 512  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26146317 tgctctagtttggcataaacatgctccacttaaggtctcaatttttgcttggaggttggtaaaggatcggttgcctaccaggtcaaacttgatgcatcgc 26146218  T
Q  513 ggtattctcttagatgcggatgcaagttgtttgttagggtgcaaccaacttgagacgtctcaacgtttatttatttcttgtggtttttatggcactttct 612  Q
    ||||||||||||||||||      |||||||||||||||||   |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  26146217 ggtattctcttagatgcg------agttgtttgttagggtgtggccaacttgagacgtctcaacatttatttatttcttgtggtttttatggcactttgt 26146124  T
Q  613 ggtgtcaggtgcggtcttggcttggtgtttcaggcccagaccccattactgtatcaaataatttccttcagttctctcattccacaggt 701  Q
    |||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||| |||||    
T  26146123 ggtgtcaggtacggtcctggcttggtgtttcaggcccagacctcattactgtatcagatcatttccttcagttctctcattccgcaggt 26146035  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 468; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 14 - 701
Target Start/End: Complemental strand, 43310759 - 43310075
Alignment:
Q  14 ggtggtgtcggaggcaggtggtttcaggagggtgtgtctcgtttggtgggagatgggggatgatacccttttttggcatgattcgtgattaggtggtgtg 113  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||    
T  43310759 ggtggtgtcggaggcgggtggtttcaggagggtgtgtctcgtttggtgggagacgggg-atgatacccttttttggcatgattcgtggttaagtggtgtg 43310661  T
Q  114 ccgtttagtgtgcgctttaagcgnnnnnnngatctcacggttgataaatcttgtacggttgcttccatgttttctgctgggtgggaggttggaggagcgg 213  Q
    ||||||||||||||||||| |||       |||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  43310660 ccgtttagtgtgcgctttaggcgcctttttgatcttgcggttgataaatcttgtacggttgcttccatgttttctgctgggtgggaggttgggggagcgg 43310561  T
Q  214 gctagagttggagaagggggttgtgggtgtgggaggaggagatgctaggggagtgtattattttacttggtcatgtttctttgcagagtaatgtaaaaga 313  Q
    | | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||    
T  43310560 gttggagttggagaagggggttgtgggtgtgggaggaggagatgctaggggagtgtattattttacttggtaatgtttctttgcagtgtaatgtaaaaga 43310461  T
Q  314 cacttggagatggcatctggatccttatgcaggttatacagttcgtaacgcttatcattttttgacttcttcggacattcctcaggtggatggtgtagat 413  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||  ||||||||||||||| |||||||||||| |||| ||||    
T  43310460 cacttggagatggcatctggatccttatgcaggttatacagttcgtagcgcttatcatttactgacttcttcggacactcctcaggtggaaggtgcagat 43310361  T
Q  414 gctctagtttggcataaacatgctccacttaaggtctcaatttttgcttggaggttggtaaaggatcggttgcctaccaggtcaaacttgatgcatcgcg 513  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| || |||||||||| |||||||||  |||||||||||    
T  43310360 gctctagtttggcataaacatgttccacttaaggtctcaatttttacttggaggttggtaaagaataggttgcctacaaggtcaaacccgatgcatcgcg 43310261  T
Q  514 gtattctcttagatgcggatgcaagttgtttgttagggtgcaaccaacttgagacgtctcaacgtttatttatttcttgtggtttttatggcactttctg 613  Q
    |||||||||||||| |||||||  ||||||||||||| |||  |||  | ||||||||||| | ||||||  | |||| |||||||||||||||||| ||    
T  43310260 gtattctcttagattcggatgcgggttgtttgttaggatgcggccatatcgagacgtctcagcatttatt--tgtcttatggtttttatggcactttgtg 43310163  T
Q  614 gtgtcaggtgcggtcttggcttggtgtttcaggcccagaccccattactgtatcaaataatttccttcagttctctcattccacaggt 701  Q
    |||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||| |||||    
T  43310162 gtgtaaggtgcggtcttggcttggtgtctcaggcccagacaccattactgtatcagatcatttccttcagttctctcattccgcaggt 43310075  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 292; E-Value: 1e-163
Query Start/End: Original strand, 40 - 694
Target Start/End: Complemental strand, 10689035 - 10688384
Alignment:
Q  40 ggagggtgtgtctcgtttggtgggagatgggggatgatacccttttttggcatgattcgtgattaggtggtgtgccgtttagtgtgcgctttaagcgnnn 139  Q
    |||| ||| |||||||| |||||| ||||||| ||||||| ||||||||| ||||| |||| |||||||||||||||||| |||||||||||| |||       
T  10689035 ggagtgtgcgtctcgttcggtgggggatgggg-atgatactcttttttggtatgatccgtggttaggtggtgtgccgttttgtgtgcgctttaggcgcct 10688937  T
Q  140 nnnngatctcacggttgataaatcttgtacggttgcttccatgttttctgctgggtgggaggttggaggagcgggctagagttggagaagggggtt-gtg 238  Q
        || ||  ||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||| ||||||||||||||| ||  |||| | |||||||||||||||||| |||    
T  10688936 ttttgaccttgcggttgataaatcttgtacggttgctgacatgttttctgttgggtgggaggttggggg--cgggttggagttggagaagggggtttgtg 10688839  T
Q  239 ggtgtgggaggaggagatgctaggggagtgtattattttacttggtcatgtttctttgcagagtaatgtaaaagacacttggagatggcatctggatcct 338  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||    
T  10688838 ggtgtgggaggaggagatgctaggggagtgtattattttacttggtaatgtttctttgcagtgtaatgtgaaagacacttggaggtggcatctggatcct 10688739  T
Q  339 tatgcaggttatacagttcgtaacgcttatcattttttgacttcttcggacattcctcaggtggatggtgtagatgctctagtttggcataaacatgctc 438  Q
    |||||||||||||||||  | | |||  | |||||  |||||  |   | |||||||||||| || |||| ||||||||| |||||||||||||||| ||    
T  10688738 tatgcaggttatacagtcagcagcgc-aaccatttactgactattcacgccattcctcaggtagaaggtgcagatgctcttgtttggcataaacatgttc 10688640  T
Q  439 cacttaaggtctcaatttttgcttggaggttggtaaaggatcggttgcctaccaggtcaaacttgatgcatcgcggtattctcttagatgcggatgcaag 538  Q
     ||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||| || ||||||||||  | |||||  ||||||||||| |||| ||||||| | |||| ||  |    
T  10688639 tacttaaggtctcaatatttgcttggcggttggtaaagaataggttgcctacacgatcaaatctgatgcatcgctgtatcctcttagcttcggacgcggg 10688540  T
Q  539 ttgtttgttagggtgcaaccaacttgagacgtctcaacgtttatttatttcttgtggtttttatggcactttctggtgtcaggtgcggtcttggcttggt 638  Q
    ||||||||||||||||  |||| | ||||| ||||| | |||||||||||||||||||||||||||| |||| |||| | ||||||||||||||||||||    
T  10688539 ttgtttgttagggtgcggccaaatcgagacttctcagcatttatttatttcttgtggtttttatggctctttgtggtttaaggtgcggtcttggcttggt 10688440  T
Q  639 gtttcaggcccagaccccattactgtatcaaataatttccttcagttctctcattc 694  Q
    || ||||||||||||||||||  ||| ||| || | ||||||||||||||||||||    
T  10688439 gtctcaggcccagaccccattgttgtctcagatcacttccttcagttctctcattc 10688384  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 51; E-Value: 7e-20
Query Start/End: Original strand, 286 - 488
Target Start/End: Original strand, 43724053 - 43724255
Alignment:
Q  286 atgtttctttgcagagtaatgtaaaagacacttggagatggcatctggatccttatgcaggttatacagttcgtaacgcttatcattttttgacttcttc 385  Q
    ||||||||||||||  |||||| ||||| || |||||||||   || |||| || |||||||||||||||  | |  || ||||| || |||||||||      
T  43724053 atgtttctttgcagtttaatgtgaaagatacatggagatgggcgctagatcattctgcaggttatacagtcaggagtgcctatcagttgttgacttctca 43724152  T
Q  386 ggacattcctcaggtggatggtgtagatgctctagtttggcataaacatgctccacttaaggtctcaatttttgcttggaggttggtaaaggatcggttg 485  Q
    ||| |  | ||||||||| ||||| | |||| | |||||||| || |||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||| | ||| |||| |||    
T  43724153 ggatagccatcaggtggaaggtgttggtgctttggtttggcacaatcatgttccgcttaaggtctcaatttttgcttggaggttgatgaagaatcgtttg 43724252  T
Q  486 cct 488  Q
    |||    
T  43724253 cct 43724255  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000004
Query Start/End: Original strand, 156 - 281
Target Start/End: Original strand, 43722772 - 43722897
Alignment:
Q  156 gataaatcttgtacggttgcttccatgttttctgctgggtgggag-gttggaggagcgggctagagttggagaagggggttgtgggtgtgggaggaggag 254  Q
    ||||| |||||| ||||||| | |||||| |||  |||||||| | ||||| |||| ||| | ||| |||||  || ||||||||||||||||||| |||    
T  43722772 gataagtcttgttcggttgcgtacatgttctctaatgggtgggggtgttgg-ggagagggatggagatggaggcggcggttgtgggtgtgggaggatgag 43722870  T
Q  255 atgctaggggagtgtattattttactt 281  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||    
T  43722871 atgctgggggagtgtattattttactt 43722897  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000004
Query Start/End: Original strand, 234 - 270
Target Start/End: Complemental strand, 37445382 - 37445346
Alignment:
Q  234 ttgtgggtgtgggaggaggagatgctaggggagtgta 270  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  37445382 ttgtgggtgtgggaggaggagatgctagtggagtgta 37445346  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #7
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 233 - 270
Target Start/End: Complemental strand, 11196633 - 11196596
Alignment:
Q  233 gttgtgggtgtgggaggaggagatgctaggggagtgta 270  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  11196633 gttgagggtgtgggaggaggagatgctagaggagtgta 11196596  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0061 (Bit Score: 387; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: scaffold0061
Description:

Target: scaffold0061; HSP #1
Raw Score: 387; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 14 - 693
Target Start/End: Original strand, 64279 - 64957
Alignment:
Q  14 ggtggtgtcggaggcaggtggtttcaggagggtgtgtctcgtttggtgggagatgggggatgatacccttttttggcatgattcgtgattaggtggtgtg 113  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||| |||||| |||| ||||||||||||    
T  64279 ggtggtgtcggaggcgggtggtttcaggagggtgtgtctcgtttggtggaagatgggg-atgatacccttttttgacatgatccgtggttaggtggtgtg 64377  T
Q  114 ccgtttagtgtgcgctttaagcgnnnnnnngatctcacggttgataaatcttgtacggttgcttccatgttttctgctgggtgggaggttggaggagcgg 213  Q
    | |||| |||||||||||| |||       |||||  |||||||||||||||| | |||||||| ||||||||||| ||||||||||||||| |||||||    
T  64378 ctgtttcgtgtgcgctttaggcgcctttttgatcttgcggttgataaatcttgcatggttgcttacatgttttctgttgggtgggaggttgggggagcgg 64477  T
Q  214 gctagagttggagaagggggttgtgggtgtgggaggaggagatgctaggggagtgtattattttacttggtcatgtttctttgcagagtaatgtaaaaga 313  Q
    | | ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||| |||||    
T  64478 gttggaggtggagaagggggttgtgggtgtgggaggaggagatgctaggagagtgtattattttacttggtaatgtttctttgcagtgtaatgttaaaga 64577  T
Q  314 cacttggagatggcatctggatccttatgcaggttatacagttcgtaacgcttatcattttttgacttcttcggacattcctcaggtggatggtgtagat 413  Q
    |||||||||||| ||||||||||||  |||||||||||||||| ||| ||||||||||||  ||||||||||||||| |||||||||||| |||| ||||    
T  64578 cacttggagatgacatctggatcctattgcaggttatacagttagtagcgcttatcatttgctgacttcttcggacactcctcaggtggaaggtgcagat 64677  T
Q  414 gctctagtttggcataaacatgctccacttaaggtctcaatttttgcttggaggttggtaaaggatcggttgcctaccaggtcaaacttgatgcatcgcg 513  Q
    || ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||| || |||||||||| ||||||||  |||||| |||||    
T  64678 gccctagtttggcataaacatgttccacttaaggtctcaattttcgtttggaggttggtaaagaataggttgcctacaaggtcaaatctgatgcgtcgcg 64777  T
Q  514 gtattctcttagatgcggatgcaagttgtttgttagggtgcaaccaacttgagacgtctcaacgtttatttatttcttgtggtttttatggcactttctg 613  Q
     | ||||||| ||| ||||||| |||||||||||||| |||  |||  | ||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  64778 atgttctcttggattcggatgcgagttgtttgttaggatgcggccacgtcgagacatctcaacatttatttatttcttgtggtttttatggcactttgtg 64877  T
Q  614 gtgtcaggtgcggtcttggcttggtgtttcaggcccagaccccattactgtatcaaataatttccttcagttctctcatt 693  Q
    || | ||||||||||||| |||||||| ||||| ||||||||||||||||| ||| || || || |||||||||||||||    
T  64878 gtttaaggtgcggtcttgtcttggtgtctcaggtccagaccccattactgtttcagatcatctctttcagttctctcatt 64957  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0017 (Bit Score: 387; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: scaffold0017
Description:

Target: scaffold0017; HSP #1
Raw Score: 387; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 14 - 693
Target Start/End: Complemental strand, 134353 - 133675
Alignment:
Q  14 ggtggtgtcggaggcaggtggtttcaggagggtgtgtctcgtttggtgggagatgggggatgatacccttttttggcatgattcgtgattaggtggtgtg 113  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||| |||||| |||| ||||||||||||    
T  134353 ggtggtgtcggaggcgggtggtttcaggagggtgtgtctcgtttggtggaagatgggg-atgatacccttttttgacatgatccgtggttaggtggtgtg 134255  T
Q  114 ccgtttagtgtgcgctttaagcgnnnnnnngatctcacggttgataaatcttgtacggttgcttccatgttttctgctgggtgggaggttggaggagcgg 213  Q
    | |||| |||||||||||| |||       |||||  |||||||||||||||| | |||||||| ||||||||||| ||||||||||||||| |||||||    
T  134254 ctgtttcgtgtgcgctttaggcgcctttttgatcttgcggttgataaatcttgcatggttgcttacatgttttctgttgggtgggaggttgggggagcgg 134155  T
Q  214 gctagagttggagaagggggttgtgggtgtgggaggaggagatgctaggggagtgtattattttacttggtcatgtttctttgcagagtaatgtaaaaga 313  Q
    | | ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||| |||||    
T  134154 gttggaggtggagaagggggttgtgggtgtgggaggaggagatgctaggagagtgtattattttacttggtaatgtttctttgcagtgtaatgttaaaga 134055  T
Q  314 cacttggagatggcatctggatccttatgcaggttatacagttcgtaacgcttatcattttttgacttcttcggacattcctcaggtggatggtgtagat 413  Q
    |||||||||||| ||||||||||||  |||||||||||||||| ||| ||||||||||||  ||||||||||||||| |||||||||||| |||| ||||    
T  134054 cacttggagatgacatctggatcctattgcaggttatacagttagtagcgcttatcatttgctgacttcttcggacactcctcaggtggaaggtgcagat 133955  T
Q  414 gctctagtttggcataaacatgctccacttaaggtctcaatttttgcttggaggttggtaaaggatcggttgcctaccaggtcaaacttgatgcatcgcg 513  Q
    || ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||| || |||||||||| ||||||||  |||||| |||||    
T  133954 gccctagtttggcataaacatgttccacttaaggtctcaattttcgtttggaggttggtaaagaataggttgcctacaaggtcaaatctgatgcgtcgcg 133855  T
Q  514 gtattctcttagatgcggatgcaagttgtttgttagggtgcaaccaacttgagacgtctcaacgtttatttatttcttgtggtttttatggcactttctg 613  Q
     | ||||||| ||| ||||||| |||||||||||||| |||  |||  | ||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  133854 atgttctcttggattcggatgcgagttgtttgttaggatgcggccacgtcgagacatctcaacatttatttatttcttgtggtttttatggcactttgtg 133755  T
Q  614 gtgtcaggtgcggtcttggcttggtgtttcaggcccagaccccattactgtatcaaataatttccttcagttctctcatt 693  Q
    || | ||||||||||||| |||||||| ||||| ||||||||||||||||| ||| || || || |||||||||||||||    
T  133754 gtttaaggtgcggtcttgtcttggtgtctcaggtccagaccccattactgtttcagatcatctctttcagttctctcatt 133675  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0016 (Bit Score: 349; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: scaffold0016
Description:

Target: scaffold0016; HSP #1
Raw Score: 349; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 463
Target Start/End: Complemental strand, 28277 - 27834
Alignment:
Q  18 gtgtcggaggcaggtggtttcaggagggtgtgtctcgtttggtgggagatgggggatgatacccttttttggcatgattcgtgattaggtggtgtgccgt 117  Q
    ||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||| |    
T  28277 gtgtcggaggcggctggtttcaggagggtgtgtctcgtttggtgggagatgggg-atgatacccttttt-ggcatgattcgtggttaggtggtgtgccat 28180  T
Q  118 ttagtgtgcgctttaagcgnnnnnnngatctcacggttgataaatcttgtacggttgcttccatgttttctgctgggtgggaggttggaggagcgggcta 217  Q
    ||||||||||||||| |||        ||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||  |     
T  28179 ttagtgtgcgctttaggcgccttttttatcttgcggttgataaatcttgtacggttgcttccatgttttctgctgggtgggaggttgggggagcggcttg 28080  T
Q  218 gagttggagaagggggttgtgggtgtgggaggaggagatgctaggggagtgtattattttacttggtcatgtttctttgcagagtaatgtaaaagacact 317  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28079 gagttggagaagggggttgtgggtgtgggaggaggagatgctaggggagtgtattattttacttggtcatgtttctttgcagagtaatgtaaaagacact 27980  T
Q  318 tggagatggcatctggatccttatgcaggttatacagttcgtaacgcttatcattttttgacttcttcggacattcctcaggtggatggtgtagatgctc 417  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  27979 tggagatggcatctggatccttatgcaggttatacagttcgtagcgcttatcattttttggcttcttcggacattcctcaggtggatggtgcagatgctc 27880  T
Q  418 tagtttggcataaacatgctccacttaaggtctcaatttttgcttg 463  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27879 tagtttggcataaacatgctccacttaaggtctcaatttttgcttg 27834  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 340; Significance: 0; HSPs: 12)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 340; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 14 - 694
Target Start/End: Original strand, 52250764 - 52251443
Alignment:
Q  14 ggtggtgtcggaggcaggtggtttcaggagggtgtgtctcgtttggtgggagatgggggatgatacccttttttggcatgattcgtgattaggtggtgtg 113  Q
    ||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |     
T  52250764 ggtggtgtcggtggcgggtggtttcaggagggtgtgtctcatttggtgggagacgggg-atgatacccttttttggcatgattcgtggttaggtggtata 52250862  T
Q  114 ccgtttagtgtgcgctttaagcgnnnnnnngatctcacggttgataaatcttgtacggttgcttccatgttttctgctgggtgggaggttggaggagcgg 213  Q
    || ||| |||||||||||| |||       |||||  |||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||| |||||||    
T  52250863 ccttttcgtgtgcgctttaggcgcctttttgatcttgcggttgataaatcttgcacggttgcttacatgttttctgttgggtgggaggttgggggagcgg 52250962  T
Q  214 gctagagttggagaagggggttgtgggtgtgggaggaggagatgctaggggagtgtattattttacttggtcatgtttctttgcagagtaatgtaaaaga 313  Q
    | | ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||| |||||||| ||||||| || ||    
T  52250963 gttggaggtggagaagggggttgtgggtgtgggaggaggagatgctaggggagtgtattattttacttgctaatgttgctttgcagtgtaatgttaagga 52251062  T
Q  314 cacttggagatggcatctggatccttatgcaggttatacagttcgtaacgcttatcattttttgacttcttcggacattcctcaggtggatggtgtagat 413  Q
    ||| | |||||| ||| ||||||||  |||||||||||||||| ||| ||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||    
T  52251063 cacctagagatgacatttggatcctattgcaggttatacagttagtagcgcttatcatttgctgacttcttcggacattcctcaggtggaaggtgcagat 52251162  T
Q  414 gctctagtttggcataaacatgctccacttaaggtctcaatttttgcttggaggttggtaaaggatcggttgcctaccaggtcaaacttgatgcatcgcg 513  Q
    || || |||||||||||||||| |||||||||||| || |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||  || ||| |||||    
T  52251163 gccctggtttggcataaacatgttccacttaaggtttccatttttgcttggaggttggtaaagaatcggttgcctacaaggtcaaatctgctgcgtcgcg 52251262  T
Q  514 gtattctcttagatgcggatgcaagttgtttgttagggtgcaaccaacttgagacgtctcaacgtttatttatttcttgtggtttttatggcactttctg 613  Q
    || |||| || | ||| ||||||   |||||||||||||||  |||  | ||||| ||||| |  |||||||||||||||| ||| ||||||||||| ||    
T  52251263 gtgttcttttggttgcagatgcagactgtttgttagggtgcggccacgtcgagacatctcagcacttatttatttcttgtgatttctatggcactttgtg 52251362  T
Q  614 gtgtcaggtgcggtcttggcttggtgtttcaggcccagaccccattactgtatcaaataatttccttcagttctctcattc 694  Q
    || | |||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||  ||| ||| || ||||| ||||||||||||||||    
T  52251363 gtttaaggtgcggtcttggcttggtgtctcaggcccataccccattcatgtttcagatcatttctttcagttctctcattc 52251443  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 195; E-Value: 1e-106
Query Start/End: Original strand, 332 - 694
Target Start/End: Original strand, 19548441 - 19548803
Alignment:
Q  332 ggatccttatgcaggttatacagttcgtaacgcttatcattttttgacttcttcggacattcctcaggtggatggtgtagatgctctagtttggcataaa 431  Q
    |||||||||||||||||||||| || | | ||||||||||||| ||||| ||  ||||||| ||| |||||| |||| ||||||||||||||||||||||    
T  19548441 ggatccttatgcaggttatacaattagcagcgcttatcattttctgactactcaggacatttctcgggtggaaggtgcagatgctctagtttggcataaa 19548540  T
Q  432 catgctccacttaaggtctcaatttttgcttggaggttggtaaaggatcggttgcctaccaggtcaaacttgatgcatcgcggtattctcttagatgcgg 531  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   || |||||||||| ||||||||| |   |||||||||||| ||||||||| |||    
T  19548541 catgttccacttaaggtctcaatttttgcttggaggttggtaataaataggttgcctacaaggtcaaacctttcgcatcgcggtatcctcttagattcgg 19548640  T
Q  532 atgcaagttgtttgttagggtgcaaccaacttgagacgtctcaacgtttatttatttcttgtggtttttatggcactttctggtgtcaggtgcggtcttg 631  Q
    || |  |||||||||||||||||  |||| | ||||| ||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||    
T  19548641 attcgggttgtttgttagggtgcggccaattcgagacttctcagcatttatttatttcttgtggtttttatggcactttgtggtttcaggtgcggtcttg 19548740  T
Q  632 gcttggtgtttcaggcccagaccccattactgtatcaaataatttccttcagttctctcattc 694  Q
     |||||||| ||||||||| ||||||||||||| ||| || ||||||||||||||||||||||    
T  19548741 acttggtgtctcaggcccaaaccccattactgtctcagatcatttccttcagttctctcattc 19548803  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 161; E-Value: 2e-85
Query Start/End: Original strand, 30 - 435
Target Start/End: Complemental strand, 7163984 - 7163580
Alignment:
Q  30 ggtggtttcaggagggtgtgtctcgtttggtgggagatgggggatgatacccttttttggcatgattcgtgattaggtggtgtgccgtttagtgtgcgct 129  Q
    |||||||||| || ||||||||||||||||||| ||||| || | |||||  | |||||||||||| |||| |||||||||||||||||| ||||||| |    
T  7163984 ggtggtttcaagaaggtgtgtctcgtttggtggaagatgcggca-gatactttattttggcatgatccgtggttaggtggtgtgccgttttgtgtgcgat 7163886  T
Q  130 ttaagcgnnnnnnngatctcacggttgataaatcttgtacggttgcttccatgttttctgctgggtgggaggttggaggagcgggctagagttggagaag 229  Q
    | | ||        |||||  |||||||||||||| |||||||||| ||||||| ||||  ||||||||||||||| ||||| || |  | |||||||||    
T  7163885 tcaggcacctttttgatcttgcggttgataaatctagtacggttgcgtccatgtattctagtgggtgggaggttgggggagcaggttgtaattggagaag 7163786  T
Q  230 ggggttgtgggtgtgggaggaggagatgctaggggagtgtattattttacttggtcatgtttctttgcagagtaatgtaaaagacacttggagatggcat 329  Q
    | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||| ||  |||||| ||||| ||||||||||||       
T  7163785 gcggttgtgggtgtgggaggaggagatgctaggggagtgtattattttacttcgtaatgtttctttgtagtttaatgtgaaagatacttggagatggttg 7163686  T
Q  330 ctggatccttatgcaggttatacagttcgtaacgcttatcattttttgacttcttcggacattcctcaggtggatggtgtagatgctctagtttggcata 429  Q
    ||||||| || ||||||||||||||||||||| || ||||| ||||||||||    |||||  ||||||||||| |||| ||||||| | ||||||||||    
T  7163685 ctggatcattctgcaggttatacagttcgtaatgcctatcaatttttgactttacaggacagccctcaggtggaaggtgcagatgctttggtttggcata 7163586  T
Q  430 aacatg 435  Q
    ||||||    
T  7163585 aacatg 7163580  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 108; E-Value: 7e-54
Query Start/End: Original strand, 387 - 694
Target Start/End: Complemental strand, 17700364 - 17700057
Alignment:
Q  387 gacattcctcaggtggatggtgtagatgctctagtttggcataaacatgctccacttaaggtctcaatttttgcttggaggttggtaaaggatcggttgc 486  Q
    ||||||||||||||||| |||| ||||||||| |||||||||||||| | |||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||  ||  | |||    
T  17700364 gacattcctcaggtggaaggtgcagatgctcttgtttggcataaacaggttccacttaaggtctcaatatttgcttggcggttggtaaaaaataagctgc 17700265  T
Q  487 ctaccaggtcaaacttgatgcatcgcggtattctcttagatgcggatgcaagttgtttgttagggtgcaaccaacttgagacgtctcaacgtttatttat 586  Q
    ||||  | |||||  ||||||| || |||||||| | || | |||||||  | |||||||| ||  ||   ||  | ||||| ||||| | ||||||||     
T  17700264 ctactcgatcaaatctgatgcagcgtggtattctttcagcttcggatgcggggtgtttgttgggacgcggacacatcgagacttctcagcatttatttac 17700165  T
Q  587 ttcttgtggtttttatggcactttctggtgtcaggtgcggtcttggcttggtgtttcaggcccagaccccattactgtatcaaataatttccttcagttc 686  Q
     |||||| |||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||| ||| ||| || | ||||||||||||    
T  17700164 ctcttgtagtttttatggcactttgtggagtcaggtgcggtcttggcttggtgtctcaggccccgaccccattattgtctcagatcacttccttcagttc 17700065  T
Q  687 tctcattc 694  Q
    ||||||||    
T  17700064 tctcattc 17700057  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 87; E-Value: 2e-41
Query Start/End: Original strand, 232 - 470
Target Start/End: Complemental strand, 48930010 - 48929772
Alignment:
Q  232 ggttgtgggtgtgggaggaggagatgctaggggagtgtattattttacttggtcatgtttctttgcagagtaatgtaaaagacacttggagatggcatct 331  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||  |||||  ||||| || |||||||||   ||    
T  48930010 ggttgtaggtgtgggaggaggagatgctgggggagtgtattattttacttcgtcatgtttctttgcagtctaatgagaaagatacatggagatgggcgct 48929911  T
Q  332 ggatccttatgcaggttatacagttcgtaacgcttatcattttttgacttcttcggacattcctcaggtggatggtgtagatgctctagtttggcataaa 431  Q
    ||||| || |||||||||||||||  | |  || |||||||| |||||||||  |||    ||||||||||||||||  |||||| | |||||||| |      
T  48929910 ggatcattctgcaggttatacagtcaggagtgcctatcatttgttgacttctcaggatcggcctcaggtggatggtgctgatgctttggtttggcacatt 48929811  T
Q  432 catgctccacttaaggtctcaatttttgcttggaggttg 470  Q
    |||| ||| ||||||||||  ||||||||||||||||||    
T  48929810 catgttccgcttaaggtctttatttttgcttggaggttg 48929772  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 73; E-Value: 6e-33
Query Start/End: Original strand, 30 - 467
Target Start/End: Complemental strand, 6825305 - 6824869
Alignment:
Q  30 ggtggtttcaggagggtgtgtctcgtttggtgggagatgggggatgatacccttttttggcatgattcgtgattaggtggtgtgccgtttagtgtgcgct 129  Q
    ||||||||||||| || |||||||| ||||| || || ||||  ||||||  | ||||||||||||| ||| || ||||  ||||| ||| |||||||||    
T  6825305 ggtggtttcaggaaggagtgtctcgattggtaggggacggggc-tgatactttattttggcatgatttgtggttgggtgcagtgccttttcgtgtgcgct 6825207  T
Q  130 ttaagcgnnnnnnngatctcacggttgataaatcttgtacggttgcttccatgttttctgctgggtgggaggttggaggagcgggctagagttggagaag 229  Q
    ||| |||       || ||  || ||||||| || || ||||| |||  |||||| |||  ||||||||| || || |||| ||| | ||| |||||  |    
T  6825206 ttaggcgcctttttgacctggcgattgataagtcatgcacggtcgctcacatgttctctagtgggtgggatgtggggggagtgggttggagatggagtcg 6825107  T
Q  230 ggggttgtgggtgtgggaggaggagatgctaggggagtgtattattttacttggtcatgtttctttgcagagtaatgtaaaagacacttggagatggcat 329  Q
    | | |||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||| || ||||||||||||||| |  ||| | ||| ||||||||||||       
T  6825106 gagattgtgggtgtgggaggaggagatgctgggggagtgtactattttacttcgtaatgtttctttgcagattggtgttagagatacttggagatggttg 6825007  T
Q  330 ctggatccttatgcaggttatacagttcgtaacgcttatcattttttgacttcttcggacattcctcaggtggatggtgtagatgctctagtttggcata 429  Q
    |||||||  |   ||||||||||| || ||| ||| ||||| || |||||||||  ||| || |||||||| || |||| |  |||  | |||||||||     
T  6825006 ctggatcactcgacaggttatacaattagtagcgcctatcagttgttgacttctcaggatatccctcaggtcgaaggtgcacctgcgttggtttggcatg 6824907  T
Q  430 aacatgctccacttaaggtctcaatttttgcttggagg 467  Q
    | |||  ||| |||||||||||||||||||||| ||||    
T  6824906 atcatattccgcttaaggtctcaatttttgcttagagg 6824869  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 62; E-Value: 2e-26
Query Start/End: Original strand, 234 - 467
Target Start/End: Original strand, 16672744 - 16672977
Alignment:
Q  234 ttgtgggtgtgggaggaggagatgctaggggagtgtattattttacttggtcatgtttctttgcagagtaatgtaaaagacacttggagatggcatctgg 333  Q
    ||||||||||||||||||||||| || ||||||||| ||||||||||| || ||||||||||||||| |  ||| | ||| || |||||||||   ||||    
T  16672744 ttgtgggtgtgggaggaggagattctgggggagtgtgttattttacttcgtaatgtttctttgcagattggtgttagagatacctggagatggttgctgg 16672843  T
Q  334 atccttatgcaggttatacagttcgtaacgcttatcattttttgacttcttcggacattcctcaggtggatggtgtagatgctctagtttggcataaaca 433  Q
    |||  |  ||||||||||||||  ||||||| ||||| || |||||||||  ||| || ||||| || || |||  |  | |  | ||||||||||| ||    
T  16672844 atcaatcggcaggttatacagtcagtaacgcctatcagttgttgacttctcaggatatccctcatgtcgaaggtacaactacgttggtttggcataatca 16672943  T
Q  434 tgctccacttaaggtctcaatttttgcttggagg 467  Q
    |  ||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  16672944 tattccgcttaaggtctcaatttttgcttggagg 16672977  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 47; E-Value: 2e-17
Query Start/End: Original strand, 259 - 329
Target Start/End: Original strand, 19548268 - 19548338
Alignment:
Q  259 taggggagtgtattattttacttggtcatgtttctttgcagagtaatgtaaaagacacttggagatggcat 329  Q
    |||||||||||||||||||| | ||| |||||||||||||| ||||||| ||||||||||||| |||||||    
T  19548268 taggggagtgtattattttagtgggtgatgtttctttgcagtgtaatgtgaaagacacttggatatggcat 19548338  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000002
Query Start/End: Original strand, 564 - 685
Target Start/End: Original strand, 9109419 - 9109540
Alignment:
Q  564 gagacgtctcaacgtttatttatttcttgtggtttttatggcactttctggtgtcaggtgcggtcttggcttggtgtttcaggcccagaccccattactg 663  Q
    ||||| ||||| | |||||| |||||||||| |||||||||  | || |||| |||||| ||| ||||||||||||||||||| || |||||| ||| ||    
T  9109419 gagacttctcagcatttattcatttcttgtgatttttatggatcgttgtggtctcaggttcgggcttggcttggtgtttcaggacccgacccctttattg 9109518  T
Q  664 tatcaaataatttccttcagtt 685  Q
    | ||| || |||| ||||||||    
T  9109519 tttcagatcattttcttcagtt 9109540  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 222 - 270
Target Start/End: Complemental strand, 25132398 - 25132350
Alignment:
Q  222 tggagaagggggttgtgggtgtgggaggaggagatgctaggggagtgta 270  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||    
T  25132398 tggagaaggaggttgtgggtgtgggaggaggagttactaggggagtgta 25132350  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #11
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 564 - 651
Target Start/End: Original strand, 30616794 - 30616881
Alignment:
Q  564 gagacgtctcaacgtttatttatttcttgtggtttttatggcactttctggtgtcaggtgcggtcttggcttggtgtttcaggcccag 651  Q
    ||||| ||||| | |||||||||||||| || |||||||||| || | |||  | ||||| |||||||||||||||| ||||| ||||    
T  30616794 gagacttctcagcatttatttatttcttatgatttttatggctctctgtggcataaggtgaggtcttggcttggtgtctcaggaccag 30616881  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #12
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 232 - 281
Target Start/End: Complemental strand, 28308759 - 28308710
Alignment:
Q  232 ggttgtgggtgtgggaggaggagatgctaggggagtgtattattttactt 281  Q
    ||||||||| |||||||||||||||  ||||||||||||  |||||||||    
T  28308759 ggttgtgggcgtgggaggaggagatcttaggggagtgtagaattttactt 28308710  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 329; Significance: 0; HSPs: 5)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 329; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 260 - 701
Target Start/End: Complemental strand, 36686094 - 36685658
Alignment:
Q  260 aggggagtgtattattttacttggtcatgtttctttgcagagtaatgtaaaagacacttggagatggcatctggatccttatgcaggttatacagttcgt 359  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    ||| |||||||||    
T  36686094 aggggaatgtattattttacttggtcatgtttctttgcagagtaatgtaaaagacacttggagatgtcatctggatccttatg----ttacacagttcgt 36685999  T
Q  360 aacgcttatcattttttgacttcttcggacattcctcaggtggatggtgtagatgctctagtttggcataaacatgctccacttaaggtctcaatttttg 459  Q
    |  |||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||| |||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||    
T  36685998 agtgcttatcattttttgacttcttcggacattcctcag-tgtatggtgcagatgctctaatttggcataaacatgttccacttaaggtcttaatttttg 36685900  T
Q  460 cttggaggttggtaaaggatcggttgcctaccaggtcaaacttgatgcatcgcggtattctcttagatgcggatgcaagttgtttgttagggtgcaacca 559  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||  |||    
T  36685899 cttggatgttggtaaaggatcggttgcctaccaggtcaaacctgatgcatcgcggaattctcttagatgcggatgcgagttgtttgttagggtgcggcca 36685800  T
Q  560 acttgagacgtctcaacgtttatttatttcttgtggtttttatggcactttctggtgtcaggtgcggtcttggcttggtgtttcaggcccagaccccatt 659  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  36685799 acttgagacgtctcaacatttatttatttcttgtggtttttatggcactttgtggtgtcaggtgcggtcttgacttggtgtttcaggcccagaccccatt 36685700  T
Q  660 actgtatcaaataatttccttcagttctctcattccacaggt 701  Q
    ||||||||| || ||||||||||||||||||||||| |||||    
T  36685699 actgtatcagatcatttccttcagttctctcattccgcaggt 36685658  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 100; E-Value: 4e-49
Query Start/End: Original strand, 191 - 470
Target Start/End: Complemental strand, 45270565 - 45270286
Alignment:
Q  191 tgggtgggaggttggaggagcgggctagagttggagaagggggttgtgggtgtgggaggaggagatgctaggggagtgtattattttacttggtcatgtt 290  Q
    ||||||||  ||||| |||| ||| | ||| |||||  || |||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  45270565 tgggtggggcgttgggggagagggttggagatggaggcggaggttgtgggtgtgggaggaggagatgatgggggagtgtattattttacttcgtcatgtt 45270466  T
Q  291 tctttgcagagtaatgtaaaagacacttggagatggcatctggatccttatgcaggttatacagttcgtaacgcttatcattttttgacttcttcggaca 390  Q
    |||||||||  |||||  ||||| || |||||||||   ||||||| || |||||||||||||||  | |  || |||||||| |||||||||  ||| |    
T  45270465 tctttgcagtctaatgagaaagatacatggagatgggcactggatcattctgcaggttatacagtcaggagtgcctatcatttgttgacttctcaggata 45270366  T
Q  391 ttcctcaggtggatggtgtagatgctctagtttggcataaacatgctccacttaaggtctcaatttttgcttggaggttg 470  Q
      ||||||||||||||||  |||||| | |||||||| || |||| ||| ||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  45270365 gccctcaggtggatggtgctgatgctttggtttggcacaaccatgttccgcttaaggtctctatttttgcttggaggttg 45270286  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 556 - 643
Target Start/End: Original strand, 13889439 - 13889526
Alignment:
Q  556 accaacttgagacgtctcaacgtttatttatttcttgtggtttttatggcactttctggtgtcaggtgcggtcttggcttggtgtttc 643  Q
    |||| ||| |||| ||||||| ||||||| | |||||||||||||||||| |||| |||     |||||||||||||||||| |||||    
T  13889439 accatcttcagacttctcaacatttatttttatcttgtggtttttatggctctttatggcaggcggtgcggtcttggcttggggtttc 13889526  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000006
Query Start/End: Original strand, 232 - 270
Target Start/End: Complemental strand, 34352706 - 34352668
Alignment:
Q  232 ggttgtgggtgtgggaggaggagatgctaggggagtgta 270  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  34352706 ggttgagggtgtgggaggaggagatgctagaggagtgta 34352668  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 421 - 470
Target Start/End: Complemental strand, 41150108 - 41150059
Alignment:
Q  421 tttggcataaacatgctccacttaaggtctcaatttttgcttggaggttg 470  Q
    ||||||| || |||| ||| ||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  41150108 tttggcacaaccatgttccgcttaaggtctctatttttgcttggaggttg 41150059  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 319; Significance: 1e-180; HSPs: 5)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 319; E-Value: 1e-180
Query Start/End: Original strand, 14 - 694
Target Start/End: Original strand, 25018958 - 25019635
Alignment:
Q  14 ggtggtgtcggaggcaggtggtttcaggagggtgtgtctcgtttggtgggagatgggggatgatacccttttttggcatgattcgtgattaggtggtgtg 113  Q
    |||||||| || ||| ||||||| |  |||||||||||||||| |||||| |||||||  |||||| ||||||||||||||| |||| ||||||||||||    
T  25018958 ggtggtgttggtggcgggtggttccgagagggtgtgtctcgttcggtgggggatggggt-tgatactcttttttggcatgatccgtggttaggtggtgtg 25019056  T
Q  114 ccgtttagtgtgcgctttaagcgnnnnnnngatctcacggttgataaatcttgtacggttgcttccatgttttctgctgggtgggaggttggaggagcgg 213  Q
    |||||| ||||||||||||  ||       || ||  | ||||||||||||||||||||||||  |||||||| |||||||||||||||||| ||| |||    
T  25019057 ccgttttgtgtgcgctttagacgcctttt-gaccttgcagttgataaatcttgtacggttgctgacatgttttatgctgggtgggaggttggggga-cgg 25019154  T
Q  214 gctagagttggagaagggggttgtgggtgtgggaggaggagatgctaggggagtgtattattttacttggtcatgtttctttgcagagtaatgtaaaaga 313  Q
    | | |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||| |||||    
T  25019155 gttggagttggagaagggggttgtgggtgtgggaggagaagatgctaggggagtgtattattttacttggtaatgtttctttgcagtgtaatgtgaaaga 25019254  T
Q  314 cacttggagatggcatctggatccttatgcaggttatacagttcgtaacgcttatcattttttgacttcttcggacattcctcaggtggatggtgtagat 413  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||  | | | ||||||||||  ||||| ||    |||||||||||||||| |||| ||||    
T  25019255 cacttggagatggcatctggatctttatgcaggttatacagtcagcagcacttatcatttactgactactcacaacattcctcaggtggaaggtgcagat 25019354  T
Q  414 gctctagtttggcataaacatgctccacttaaggtctcaatttttgcttggaggttggtaaaggatcggttgcctaccaggtcaaacttgatgcatcgcg 513  Q
    ||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||  ||||||||||  || ||||||||||  | |||||  ||||||||||||    
T  25019355 gctcttgtttggcataaacatgttccacttaaggtctcaatatttgcttgacggttggtaaaaaattggttgcctacacgatcaaatctgatgcatcgcg 25019454  T
Q  514 gtattctcttagatgcggatgcaagttgtttgttagggtgcaaccaacttgagacgtctcaacgtttatttatttcttgtggtttttatggcactttctg 613  Q
    |||| ||||||| | || | ||  |||||||||||||||||  |||| | ||||| ||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  25019455 gtatcctcttagcttcgaacgcgggttgtttgttagggtgcggccaaatcgagacttctcagcatttatttatttcttgtggtttttatggcactttgtg 25019554  T
Q  614 gtgtcaggtgcggtcttggcttggtgtttcaggcccagaccccattactgtatcaaataatttccttcagttctctcattc 694  Q
    || | |||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||| ||| |||||| | ||||||||||||||||||||    
T  25019555 gtttaaggtgcggtcttggcttggtgtctcatgcccagaccccattattgtctcaaatcacttccttcagttctctcattc 25019635  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 220; E-Value: 1e-120
Query Start/End: Original strand, 14 - 694
Target Start/End: Original strand, 41805383 - 41806073
Alignment:
Q  14 ggtggtgtcggaggcaggtggtttcaggagggtgtgtctcgtttggtgggagatgggggatgatacccttttttggcatgattcgtgattaggtggtgtg 113  Q
    |||||||| || ||| ||||||| |  ||| |||||||| ||| |||||| ||||| ||| ||||| ||||||||||||||| |||| ||||||||||||    
T  41805383 ggtggtgttggtggcgggtggttccgagagtgtgtgtctagttcggtgggggatggtgga-gatactcttttttggcatgatccgtggttaggtggtgtg 41805481  T
Q  114 ccgtttagtgtgcgctttaagcgnnnnnnngatctcacggttgataaatcttgtacggttgcttccatgttttctgctgggtgggaggtt---------- 203  Q
    |||||| |||||||||||| |||       || ||  ||||||||||||| ||||||||||||  |||||||| |||||||||||||| |              
T  41805482 ccgttttgtgtgcgctttaggcgcctttttgaccttgcggttgataaatcgtgtacggttgctgacatgttttatgctgggtgggaggcttggggggggg 41805581  T
Q  204 -ggaggagcgggctag---agttggagaagggggttgtgggtgtgggaggaggagatgctaggggagtgtattattttacttggtcatgtttctttgcag 299  Q
     || || | |||  ||   |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||    
T  41805582 ggggggggggggggagctnagttggaggagggggttgtgggtgtgggaggaggagatgctaggggagtgtgttattttacttggtaatgtttctttgcag 41805681  T
Q  300 agtaatgtaaaagacacttggagatggcatctggatccttatgcaggttatacagttcgtaacgcttatcattttttgacttcttcggacattcctcagg 399  Q
     | ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||| |  | |||||||||  |||  ||||| || | |||||||||||||    
T  41805682 tgcaatgtgaaagacacttggagatggcatctggatcctattgcaggttatacattcagcaacgcttattttttactgactactcccgacattcctcagg 41805781  T
Q  400 tggatggtgtagatgctctagtttggcataaacatgctccacttaaggtctcaatttttgcttggaggttggtaaaggatcggttgcctaccaggtcaaa 499  Q
    |||| |||| | ||||||| |||||||||||| ||| |||||| ||||||||||| ||||||||| ||||||||||  ||  |||||||||  | |||||    
T  41805782 tggaaggtgcatatgctcttgtttggcataaatatgttccactcaaggtctcaatatttgcttggcggttggtaaaaaataagttgcctacacgatcaaa 41805881  T
Q  500 cttgatgcatcgcggtattctcttagatgcggatgcaagttgtttgttagggtgcaaccaacttgagacgtctcaacgtttatttatttcttgtggtttt 599  Q
      ||||||| || |||||||||| || | |||||||  |||||||||||    ||   ||| | ||||| ||||||| ||||||||| |||||| |||||    
T  41805882 tctgatgcagcgtggtattctctcagcttcggatgcgggttgtttgtta---cgcggacaaatcgagacttctcaacatttatttatctcttgtagtttt 41805978  T
Q  600 tatggcactttctggtgtcaggtgcggtcttggcttggtgtttcaggcccagaccccattactgtatcaaataatttccttcagttctctcattc 694  Q
    ||||||||||| ||| || ||||||||||| |||||||||| |||| ||| |||||||||| ||| ||| || | ||||||||||||||||||||    
T  41805979 tatggcactttgtggagttaggtgcggtctgggcttggtgtctcagtccccgaccccattattgtctcagatcacttccttcagttctctcattc 41806073  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 197; E-Value: 1e-107
Query Start/End: Original strand, 218 - 694
Target Start/End: Original strand, 30573185 - 30573661
Alignment:
Q  218 gagttggagaagggggttgtgggtgtgggaggaggagatgctaggggagtgtattattttacttggtcatgtttctttgcagagtaatgtaaaagacact 317  Q
    ||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||  |||||| | | ||| |||||||||    
T  30573185 gagttggaggaggaggttgtgggtgtgggaggaggagatgctaggggagtgtattattttacttagtaatgttttcttgcagtgcactgtgaaagacact 30573284  T
Q  318 tggagatggcatctggatccttatgcaggttatacagttcgtaacgcttatcattttttgacttcttcggacattcctcaggtggatggtgtagatgctc 417  Q
    |||||||||||| ||||||||  |||||||||||||||  | ||| |||| | |||  ||||| || | ||||||||||||||||| |||| ||||||||    
T  30573285 tggagatggcatatggatcctattgcaggttatacagtcagcaacacttaccttttactgactactcccgacattcctcaggtggaaggtgcagatgctc 30573384  T
Q  418 tagtttggcataaacatgctccacttaaggtctcaatttttgcttggaggttggtaaaggatcggttgcctaccaggtcaaacttgatgcatcgcggtat 517  Q
    | |||||||||||||||| ||| |||||||||||||| |||| |||| ||||||||||  ||  |||| || |  | |||||  ||||||| ||||||||    
T  30573385 ttgtttggcataaacatgttccccttaaggtctcaatatttgtttggcggttggtaaaaaataagttgtctgcacgatcaaatctgatgcagcgcggtat 30573484  T
Q  518 tctcttagatgcggatgcaagttgtttgttagggtgcaaccaacttgagacgtctcaacgtttatttatttcttgtggtttttatggcactttctggtgt 617  Q
     |||| || | |||| ||| |||||||| ||||||||  |||| | ||||| ||||| | |||||||||||| ||| |||||||||||||||| ||| ||    
T  30573485 cctctcagcttcggacgcaggttgtttgctagggtgcggccaaatcgagacttctcagcatttatttatttcgtgtagtttttatggcactttgtggagt 30573584  T
Q  618 caggtgcggtcttggcttggtgtttcaggcccagaccccattactgtatcaaataatttccttcagttctctcattc 694  Q
    ||||||||||||||||||||||| | |||||| |||||||||| ||| ||| || | ||||||||||||||||||||    
T  30573585 caggtgcggtcttggcttggtgtcttaggccctgaccccattattgtctcagatcacttccttcagttctctcattc 30573661  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 232 - 281
Target Start/End: Original strand, 27601779 - 27601828
Alignment:
Q  232 ggttgtgggtgtgggaggaggagatgctaggggagtgtattattttactt 281  Q
    ||||||||| |||||||||||||| | ||||||||||||  |||||||||    
T  27601779 ggttgtgggcgtgggaggaggagaagttaggggagtgtaagattttactt 27601828  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 222 - 271
Target Start/End: Complemental strand, 47923988 - 47923939
Alignment:
Q  222 tggagaagggggttgtgggtgtgggaggaggagatgctaggggagtgtat 271  Q
    ||||| ||| ||||||||||||||||||| |||||| ||| |||||||||    
T  47923988 tggaggaggaggttgtgggtgtgggaggaagagatgttagaggagtgtat 47923939  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 309; Significance: 1e-174; HSPs: 4)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 309; E-Value: 1e-174
Query Start/End: Original strand, 151 - 694
Target Start/End: Original strand, 6994755 - 6995299
Alignment:
Q  151 cggttgataaatcttgtacggttgcttccatgttttctgctgggtgggaggttggaggagcgggctagagttggagaagggggt-tgtgggtgtgggagg 249  Q
    ||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||| |||||||| | ||||||||||||||||  |||||||||| ||||    
T  6994755 cggttgataaatcttgtacggttgcatacatgttttctgctgggtgggaggttgggggagcgggttggagttggagaaggggggctgtgggtgtgagagg 6994854  T
Q  250 aggagatgctaggggagtgtattattttacttggtcatgtttctttgcagagtaatgtaaaagacacttggagatggcatctggatccttatgcaggtta 349  Q
    |||| ||||||||| ||||||||||||||||| || ||||||||||||||  |||||| ||||||| ||||||||| || ||||||| ||||||||||||    
T  6994855 aggaaatgctagggaagtgtattattttacttcgtaatgtttctttgcagtttaatgtgaaagacatttggagatgacacctggatcattatgcaggtta 6994954  T
Q  350 tacagttcgtaacgcttatcattttttgacttcttcggacattcctcaggtggatggtgtagatgctctagtttggcataaacatgctccacttaaggtc 449  Q
    ||||||||||| |||||||||| |  ||||| ||  |||||||||||| ||||| |||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  6994955 tacagttcgtagcgcttatcatctactgactactcaggacattcctcaagtggaaggtgcagatgctctagtttggcataaacatgttccacttaaggtc 6995054  T
Q  450 tcaatttttgcttggaggttggtaaaggatcggttgcctaccaggtcaaacttgatgcatcgcggtattctcttagatgcggatgcaagttgtttgttag 549  Q
    ||||||||||||| |||||||||||| ||| |||||||||| ||||||||| |||||||||||||||| ||||||||| ||| |||| ||||||||||||    
T  6995055 tcaatttttgcttagaggttggtaaaagataggttgcctacaaggtcaaacctgatgcatcgcggtatcctcttagattcggctgcaggttgtttgttag 6995154  T
Q  550 ggtgcaaccaacttgagacgtctcaacgtttatttatttcttgtggtttttatggcactttctggtgtcaggtgcggtcttggcttggtgtttcaggccc 649  Q
    |||||  || | | ||||| ||||| | ||||||||||||||||| ||||| ||||||||| |||| | || |||||| |||||||||||| |||| |||    
T  6995155 ggtgcggcccaatcgagacttctcagcatttatttatttcttgtgatttttgtggcactttgtggtttaagatgcggtattggcttggtgtctcagaccc 6995254  T
Q  650 agaccccattactgtatcaaataatttccttcagttctctcattc 694  Q
    ||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||    
T  6995255 agaccccattactgtatcagatcatttccttcagttctctcattc 6995299  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 109; E-Value: 2e-54
Query Start/End: Original strand, 195 - 519
Target Start/End: Complemental strand, 10362453 - 10362129
Alignment:
Q  195 tgggaggttggaggagcgggctagagttggagaagggggttgtgggtgtgggaggaggagatgctaggggagtgtattattttacttggtcatgtttctt 294  Q
    ||||||||||| || ||||| | ||||||||||||   |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||| ||  ||||||||    
T  10362453 tgggaggttggtggggcgggttggagttggagaagacagttgtgggtgtgggagtaggagatgctaggggagtgtatcattttacttcgtagtgtttctt 10362354  T
Q  295 tgcagagtaatgtaaaagacacttggagatggcatctggatccttatgcaggttatacagttcgtaacgcttatcattttttgacttcttcggacattcc 394  Q
    |||||  |||||| | ||| || ||||||||||| ||||| | || ||||||||||| |||| ||| || |||| |  | || |||||| ||||||  ||    
T  10362353 tgcagtttaatgtgacagatacatggagatggcagctggaccattctgcaggttatatagttagtagcgattattaactattaacttctccggacagccc 10362254  T
Q  395 tcaggtggatggtgtagatgctctagtttggcataaacatgctccacttaaggtctcaatttttgcttggaggttggtaaaggatcggttgcctaccagg 494  Q
    |||||||||| ||| ||| |||||||||||||||||||||| ||  ||||| || |||||||||||||||||  || ||  | | ||||||||||| |||    
T  10362253 tcaggtggatcgtgcagaggctctagtttggcataaacatgttctgcttaaagtttcaatttttgcttggagactgttacggaaccggttgcctacaagg 10362154  T
Q  495 tcaaacttgatgcatcgcggtattc 519  Q
     |||||||  ||||||| |||||||    
T  10362153 acaaactttgtgcatcgtggtattc 10362129  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 98; E-Value: 7e-48
Query Start/End: Original strand, 32 - 470
Target Start/End: Complemental strand, 34434746 - 34434309
Alignment:
Q  32 tggtttcaggagggtgtgtctcgtttggtgggagatgggggatgatacccttttttggcatgattcgtgattaggtggtgtgccgtttagtgtgcgcttt 131  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| | |||||  | |||||||  |||  |||  | |||| |||||||||| ||||||||||     
T  34434746 tggtttcaggagggtgtgtctcgtttggtgggagacggggta-gatactttattttggcgcgatgtgtgggttggtgatgtgccgttttgtgtgcgcttc 34434648  T
Q  132 aagcgnnnnnnngatctcacggttgataaatcttgtacggttgcttccatgttttctgctgggtgggaggttggaggagcgggctagagttggagaaggg 231  Q
    |||||       || ||  |  | ||| | |||||| |||||||    |||||||||   |||||||  ||||| |||| ||| | ||| |||||  ||     
T  34434647 aagcgccttttcgaccttgctttagattagtcttgttcggttgcgcatatgttttctagggggtggggcgttgggggagagggttggagatggaggcgga 34434548  T
Q  232 ggttgtgggtgtgggaggaggagatgctaggggagtgtattattttacttggtcatgtttctttgcagagtaatgtaaaagacacttggagatggcatct 331  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||  || ||| ||||| || |||||||||    |    
T  34434547 ggttgtgggtgtgggaggaggagatgctgggggagtgtattattttacttcgtcatgtttctttgcagtttagtgtcaaagatacatggagatgggcgtt 34434448  T
Q  332 ggatccttatgcaggttatacagttcgtaacgcttatcattttttgacttcttcggacattcctcaggtggatggtgtagatgctctagtttggcataaa 431  Q
    ||||| || |||||||||||||||  | |  || |||| ||| |||||||||  |||    ||||||||||||||||  |||||| | |||||||||||     
T  34434447 ggatcattctgcaggttatacagtcaggagtgcctatcttttgttgacttctcaggatggccctcaggtggatggtgctgatgctttggtttggcataac 34434348  T
Q  432 catgctccacttaaggtctcaatttttgcttggaggttg 470  Q
    |||| ||| ||||| ||||| ||||||||||||||||||    
T  34434347 catgttccgcttaaagtctctatttttgcttggaggttg 34434309  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 232 - 269
Target Start/End: Original strand, 8384491 - 8384528
Alignment:
Q  232 ggttgtgggtgtgggaggaggagatgctaggggagtgt 269  Q
    ||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||    
T  8384491 ggttgtgggagtgggaggaggagttgctaggggagtgt 8384528  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 303; Significance: 1e-170; HSPs: 10)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 303; E-Value: 1e-170
Query Start/End: Original strand, 331 - 701
Target Start/End: Complemental strand, 30426623 - 30426253
Alignment:
Q  331 tggatccttatgcaggttatacagttcgtaacgcttatcattttttgacttcttcggacattcctcaggtggatggtgtagatgctctagtttggcataa 430  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  30426623 tggatccttatgcaggttacacagttcataacgcttatcattttttgacttcttcggacattcttcaggtggatggtgcagatgctctagtttggcataa 30426524  T
Q  431 acatgctccacttaaggtctcaatttttgcttggaggttggtaaaggatcggttgcctaccaggtcaaacttgatgcatcgcggtattctcttagatgcg 530  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||    
T  30426523 acatgttccacttaaggtctcaatttttgcttggaggttggtaaaggatcggttgcctaccaggtcaaacctgatgcatcgcggaattctcttagatgcg 30426424  T
Q  531 gatgcaagttgtttgttagggtgcaaccaacttgagacgtctcaacgtttatttatttcttgtggtttttatggcactttctggtgtcaggtgcggtctt 630  Q
    |||||  |||||||||||||||||  |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  30426423 gatgcgggttgtttgttagggtgcggccaacttgagacgtctcaacatttatttatttcttgtggtttttatggcactttgtggtgtcaggtgcggtctt 30426324  T
Q  631 ggcttggtgtttcaggcccagaccccattactgtatcaaataatttccttcagttctctcattccacaggt 701  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||| |||||    
T  30426323 ggcttggtgtttcaggcctagaccccattactgtatcagatcatttccttcagttctctcattccgcaggt 30426253  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 237; E-Value: 1e-131
Query Start/End: Original strand, 151 - 659
Target Start/End: Complemental strand, 35029586 - 35029078
Alignment:
Q  151 cggttgataaatcttgtacggttgcttccatgttttctgctgggtgggaggttggaggagcgggctagagttggagaagggggttgtgggtgtgggagga 250  Q
    |||||||||||||||| |||||||||  ||||||||||| ||||||||||||||| |||||||| | ||| ||||| |||||||||||||||||||||||    
T  35029586 cggttgataaatcttgcacggttgctcacatgttttctgttgggtgggaggttgggggagcggggtggaggtggaggagggggttgtgggtgtgggagga 35029487  T
Q  251 ggagatgctaggggagtgtattattttacttggtcatgtttctttgcagagtaatgtaaaagacacttggagatggcatctggatccttatgcaggttat 350  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||||| | ||||||||||| || ||||||| || ||||| ||||||||||||  |||||||  ||||||||||    
T  35029486 ggagatgttaggggagtgtattattttacttgctaatgtttctttgtagtgtaatgttaaggacacctggagatggcattgggatcctattgcaggttat 35029387  T
Q  351 acagttcgtaacgcttatcattttttgacttcttcggacattcctcaggtggatggtgtagatgctctagtttggcataaacatgctccacttaaggtct 450  Q
    |||||| ||| ||||||||||||  ||||||||| ||   ||||||||||||| |||| |||||| || |||||||||||||||| |||||||||||| |    
T  35029386 acagttagtagcgcttatcatttgctgacttctttggcgtttcctcaggtggaaggtgcagatgccctggtttggcataaacatgttccacttaaggttt 35029287  T
Q  451 caatttttgcttggaggttggtaaaggatcggttgcctaccaggtcaaacttgatgcatcgcggtattctcttagatgcggatgcaagttgtttgttagg 550  Q
    | |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||  || ||  ||||||| |||| ||   |||||||||  | |||||||||||    
T  35029286 ctatttttgcttggaggttggtaaagaatcggttgcctacaaggtcaaatctgctgggtcgcggtgttcttttgcctgcggatgcgggctgtttgttagg 35029187  T
Q  551 gtgcaaccaacttgagacgtctcaacgtttatttatttcttgtggtttttatggcactttctggtgtcaggtgcggtcttggcttggtgtttcaggccca 650  Q
    ||||  ||   | ||||| |||||||  |||||||||||||||| ||| ||||||||||| |||| | |||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  35029186 gtgcggccttgtcgagacatctcaacacttatttatttcttgtgatttctatggcactttgtggtttaaggtgcggtcttggcttggtgtctcaggccca 35029087  T
Q  651 gaccccatt 659  Q
     ||| ||||    
T  35029086 taccacatt 35029078  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 220; E-Value: 1e-120
Query Start/End: Original strand, 30 - 694
Target Start/End: Complemental strand, 12332339 - 12331677
Alignment:
Q  30 ggtggtttcaggagggtgtgtctcgtttggtgggagatgggggatgatacccttttttggcatgattcgtgattaggtggtgtgccgtttagtgtgcgct 129  Q
    |||||||||  ||| |||||||||||  |||||| ||||| ||| ||||| ||||||||||||||| |||| |||||||  || |||||| ||| |||||    
T  12332339 ggtggtttcgagagtgtgtgtctcgtacggtgggggatggtgga-gatacacttttttggcatgatccgtggttaggtgacgtaccgttttgtgagcgct 12332241  T
Q  130 ttaagcgnnnnnnngatctcacggttgataaatcttgtacggttgcttccatgttttctgctgggtgggaggttggaggagcgggctagagttggagaag 229  Q
    ||| ||        |||||  ||||||||||||| |||||||| ||  |||||||||||||||||||||||| ||| || || || | ||| ||||| ||    
T  12332240 ttaggcacctttttgatcttgcggttgataaatcgtgtacggtggccgccatgttttctgctgggtgggaggctgggggcgccggttggaggtggaggag 12332141  T
Q  230 ggggttgtgggtgtgggaggaggagatgctaggggagtgtattattttacttggtcatgtttctttgcagagtaatgtaaaagacacttggagatggcat 329  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||| | ||||| ||||||||||| |||||||||    
T  12332140 ggggttgtggatgtgggaggaggagatgctaggggagtgtgttattttacttggtaatgtttctttgcagtgcaatgtgaaagacacttgtagatggcat 12332041  T
Q  330 ctggatccttatgcaggttatacagttcgtaacgcttatcattttttgacttcttcggacattcctcaggtggatggtgtagatgctctagtttggcata 429  Q
    |||||||||  |||||||||||||||  | |  ||||||  ||||   | | || | ||||||||||||||||| |||| ||||||||| |||||||| |    
T  12332040 ctggatcctattgcaggttatacagtcagcagtgcttat-tttttactaatactcccgacattcctcaggtggaaggtgcagatgctcttgtttggcaca 12331942  T
Q  430 aacatgctccacttaaggtctcaatttttgcttggaggttggtaaaggatcggttgcctaccaggtcaaacttgatgcatcgcggtattctcttagatgc 529  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||  ||  | |||||||  | |||||  ||||||| || |||||||||| || | |    
T  12331941 aacatgttccacttaaggtctcaatttttgcttggtggttggtaaaaaataagctgcctactcgatcaaatctgatgcagcgtggtattctctcagcttc 12331842  T
Q  530 ggatgcaagttgtttgttagggtgcaaccaacttgagacgtctcaacgtttatttatttcttgtggtttttatggcactttctggtgtcaggtgcggtct 629  Q
    || |||  ||||||||||||| ||   |||  | ||||| ||||| | ||||||||  |||||| |||||||||||||||| ||| |||||||| ||||     
T  12331841 gggtgcgggttgtttgttaggctgtggccacatcgagacttctcagcatttatttacatcttgtcgtttttatggcactttatggagtcaggtgaggtcc 12331742  T
Q  630 tggcttggtgtttcaggcccagaccccattactgtatcaaataatttccttcagttctctcattc 694  Q
    ||||||||||| |||||||| |||||||||| ||| ||| || | ||||||||||||||| ||||    
T  12331741 tggcttggtgtctcaggccccgaccccattattgtctcagatcacttccttcagttctcttattc 12331677  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 147; E-Value: 4e-77
Query Start/End: Original strand, 386 - 627
Target Start/End: Original strand, 5802126 - 5802368
Alignment:
Q  386 ggacattcctcaggtggatggtgtagatgctctagtttggcataaacatgctccacttaaggtctcaatttttgcttggaggttggtaaaggatcggttg 485  Q
    |||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  || |||||    
T  5802126 ggacattcctcaggtggaaggtgcagatgctctagtttggcataaacatgttccacttaaggtctcaatttttgcttggaggttggtaaaaaataggttg 5802225  T
Q  486 cctaccaggtc-aaacttgatgcatcgcggtattctcttagatgcggatgcaagttgtttgttagggtgcaaccaacttgagacgtctcaacgtttattt 584  Q
    ||||| ||||| |||| |||||||||||||||| ||||||||| ||||||| |||||||||||||| |||  |||| | ||||| ||||| | |||||||    
T  5802226 cctacaaggtcaaaacctgatgcatcgcggtatcctcttagattcggatgcgagttgtttgttaggttgcggccaaatcgagacttctcagcatttattt 5802325  T
Q  585 atttcttgtggtttttatggcactttctggtgtcaggtgcggt 627  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||| | |||||||||    
T  5802326 atttcttgtggtttttatggcactttgtggtttaaggtgcggt 5802368  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 97; E-Value: 3e-47
Query Start/End: Original strand, 234 - 338
Target Start/End: Complemental strand, 30426932 - 30426828
Alignment:
Q  234 ttgtgggtgtgggaggaggagatgctaggggagtgtattattttacttggtcatgtttctttgcagagtaatgtaaaagacacttggagatggcatctgg 333  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  30426932 ttgtgggtgtgggaggatgagatgctaggggagtgtattattttacttggtcatgtttctttgcagagtaatgtaaaagacacttggagatgacatctgg 30426833  T
Q  334 atcct 338  Q
    |||||    
T  30426832 atcct 30426828  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 78; E-Value: 6e-36
Query Start/End: Original strand, 154 - 467
Target Start/End: Complemental strand, 36492742 - 36492429
Alignment:
Q  154 ttgataaatcttgtacggttgcttccatgttttctgctgggtgggaggttggaggagcgggctagagttggagaagggggttgtgggtgtgggaggagga 253  Q
    ||||||| || || ||||| |||  |||||| |||  ||||||||| || || |||||||| | ||| |||||  || | ||||||||||||||||||||    
T  36492742 ttgataagtcatgcacggtcgctcacatgttctctagtgggtgggatgtggggggagcgggttggagatggagtcggagattgtgggtgtgggaggagga 36492643  T
Q  254 gatgctaggggagtgtattattttacttggtcatgtttctttgcagagtaatgtaaaagacacttggagatggcatctggatccttatgcaggttataca 353  Q
    |||||| |||||||||  |||||||||| || ||||||||||||||| |  ||| | ||| ||||||||||||   |||||||  |  ||||||||||||    
T  36492642 gatgctgggggagtgtgctattttacttcgtaatgtttctttgcagattggtgttagagatacttggagatggttgctggatcactcggcaggttataca 36492543  T
Q  354 gttcgtaacgcttatcattttttgacttcttcggacattcctcaggtggatggtgtagatgctctagtttggcataaacatgctccacttaaggtctcaa 453  Q
    ||| ||| ||| ||||| || |||||||||  ||| || ||||| || || |||| || |||  | ||||||||||| |||  ||| |||||||||||||    
T  36492542 gttagtagcgcctatcagttgttgacttctcaggatatccctcatgtcgaaggtgcagctgcgttggtttggcataatcatattccgcttaaggtctcaa 36492443  T
Q  454 tttttgcttggagg 467  Q
    |||||| |||||||    
T  36492442 tttttgtttggagg 36492429  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 76; E-Value: 9e-35
Query Start/End: Original strand, 247 - 346
Target Start/End: Original strand, 5802028 - 5802127
Alignment:
Q  247 aggaggagatgctaggggagtgtattattttacttggtcatgtttctttgcagagtaatgtaaaagacacttggagatggcatctggatccttatgcagg 346  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||| || ||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  5802028 aggaggagatgctaggggagtgtattattttacttggtaatatttctttgtagtgtaatgtgaaagacactttgagatggcatctggatccttatgcagg 5802127  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #8
Raw Score: 56; E-Value: 8e-23
Query Start/End: Original strand, 195 - 362
Target Start/End: Original strand, 3912881 - 3913048
Alignment:
Q  195 tgggaggttggaggagcgggctagagttggagaagggggttgtgggtgtgggaggaggagatgctaggggagtgtattattttacttggtcatgtttctt 294  Q
    ||||||| |||||| ||||| | ||| ||||||||  |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| | |||||||  |  ||||||||    
T  3912881 tgggaggctggaggggcggggtggaggtggagaagacggttgtgggtgtgggaggaggaaatgctaggggagtgtatcactttacttcatagtgtttctt 3912980  T
Q  295 tgcagagtaatgtaaaagacacttggagatggcatctggatccttatgcaggttatacagttcgtaac 362  Q
    ||||   |||||| | ||| || ||||||||||| |  || |||| |||||||||||| ||| |||||    
T  3912981 tgcaatttaatgtgatagatacatggagatggcagccagagccttctgcaggttatactgttagtaac 3913048  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #9
Raw Score: 39; E-Value: 0.000000000001
Query Start/End: Original strand, 289 - 467
Target Start/End: Complemental strand, 195555 - 195377
Alignment:
Q  289 tttctttgcagagtaatgtaaaagacacttggagatggcatctggatccttatgcaggttatacagttcgtaacgcttatcattttttgacttcttcgga 388  Q
    |||||||||||| |  ||| | ||| ||||||||||||   |||||||  |  ||||||||||||||  ||| ||||||||| || |||||||||  |||    
T  195555 tttctttgcagattggtgttagagatacttggagatggttgctggatcactcggcaggttatacagtcagtagcgcttatcagttgttgacttctcagga 195456  T
Q  389 cattcctcaggtggatggtgtagatgctctagtttggcataaacatgctccacttaaggtctcaatttttgcttggagg 467  Q
     || ||||| || || |||| || |||  | ||||||||||| |||  ||| ||||||||||| |||||||||||||||    
T  195455 tatccctcatgtcgaaggtgcagctgcgttggtttggcataatcatattccgcttaaggtctcgatttttgcttggagg 195377  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #10
Raw Score: 39; E-Value: 0.000000000001
Query Start/End: Original strand, 289 - 467
Target Start/End: Complemental strand, 310392 - 310214
Alignment:
Q  289 tttctttgcagagtaatgtaaaagacacttggagatggcatctggatccttatgcaggttatacagttcgtaacgcttatcattttttgacttcttcgga 388  Q
    |||||||||||| |  ||| | ||| ||||||||||||   |||||||  |  ||||||||||||||  ||| ||||||||| || |||||||||  |||    
T  310392 tttctttgcagattggtgttagagatacttggagatggttgctggatcactcggcaggttatacagtcagtagcgcttatcagttgttgacttctcagga 310293  T
Q  389 cattcctcaggtggatggtgtagatgctctagtttggcataaacatgctccacttaaggtctcaatttttgcttggagg 467  Q
     || ||||| || || |||| || |||  | ||||||||||| |||  ||| ||||||||||| |||||||||||||||    
T  310292 tatccctcatgtcgaaggtgcagctgcgttggtttggcataatcatattccgcttaaggtctcgatttttgcttggagg 310214  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 211; Significance: 1e-115; HSPs: 5)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 211; E-Value: 1e-115
Query Start/End: Original strand, 419 - 701
Target Start/End: Complemental strand, 48117464 - 48117182
Alignment:
Q  419 agtttggcataaacatgctccacttaaggtctcaatttttgcttggaggttggtaaaggatcggttgcctaccaggtcaaacttgatgcatcgcggtatt 518  Q
    ||||||||||||| ||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||| ||  |||||||||||||||||    
T  48117464 agtttggcataaatatgttccatttaaggtctcaatttttgcttggaggttgacaaaggatcggttgcctaccaggtccaatctgatgcatcgcggtatt 48117365  T
Q  519 ctcttagatgcggatgcaagttgtttgttagggtgcaaccaacttgagacgtctcaacgtttatttatttcttgtggtttttatggcactttctggtgtc 618  Q
    |||||||||||||||||  |||||||||||||||||  |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  48117364 ctcttagatgcggatgcgggttgtttgttagggtgcggccaacttgagacgtctcaacatttatttatttcttgtggtttttatggcactttgtggtgtc 48117265  T
Q  619 aggtgcggtcttggcttggtgtttcaggcccagaccccattactgtatcaaataatttccttcagttctctcattccacaggt 701  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||| |||||||||||||||||| |||||    
T  48117264 aggtgcggtcttggcttggtgtttcaggcccagaccccattactgtatcagatcattttcttcagttctctcattccgcaggt 48117182  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 140; E-Value: 6e-73
Query Start/End: Original strand, 262 - 701
Target Start/End: Original strand, 30821624 - 30822063
Alignment:
Q  262 gggagtgtattattttacttggtcatgtttctttgcagagtaatgtaaaagacacttggagatggcatctggatccttatgcaggttatacagttcgtaa 361  Q
    |||||||| || |||||||| || |||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||| ||||||| ||  | |     
T  30821624 gggagtgtgttcttttactttgtaatgtttctttgcagtgcaatgtaaaagacacttggagatggcatctggatcctattgcaagttatactgtcagcag 30821723  T
Q  362 cgcttatcattttttgacttcttcggacattcctcaggtggatggtgtagatgctctagtttggcataaacatgctccacttaaggtctcaatttttgct 461  Q
    |||||||  |||  |||||  | | ||||||||||||||||| |||| ||||||||| |||||||||||||| | |||||||||||||||||| ||||||    
T  30821724 cgcttattttttactgactaatcccgacattcctcaggtggaaggtgcagatgctcttgtttggcataaacaggttccacttaaggtctcaatatttgct 30821823  T
Q  462 tggaggttggtaaaggatcggttgcctaccaggtcaaacttgatgcatcgcggtattctcttagatgcggatgcaagttgtttgttagggtgcaaccaac 561  Q
    ||| ||||||||||  ||  | |||||||  | |||||  ||||||| |  |||||||| | || | |||||||  | ||||||||  | |||   ||      
T  30821824 tggcggttggtaaaaaataagctgcctactcgatcaaatctgatgcagcatggtattctttcagcttcggatgcggggtgtttgttgagatgcggacaca 30821923  T
Q  562 ttgagacgtctcaacgtttatttatttcttgtggtttttatggcactttctggtgtcaggtgcggtcttggcttggtgtttcaggcccagaccccattac 661  Q
    | ||||| ||||| | ||||||||  |||||| |||||||||||||||| ||| ||||||| ||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||     
T  30821924 tcgagacttctcagcatttatttacctcttgtagtttttatggcactttgtggagtcaggtacggtcttggcttggtgtctcaggccccgaccccattat 30822023  T
Q  662 tgtatcaaataatttccttcagttctctcattccacaggt 701  Q
    ||| ||| || | |||||||||||||||||||| ||||||    
T  30822024 tgtctcagatcacttccttcagttctctcattcaacaggt 30822063  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 70; E-Value: 3e-31
Query Start/End: Original strand, 234 - 511
Target Start/End: Complemental strand, 38296028 - 38295751
Alignment:
Q  234 ttgtgggtgtgggaggaggagatgctaggggagtgtattattttacttggtcatgtttctttgcagagtaatgtaaaagacacttggagatggcatctgg 333  Q
    |||||||| ||||||||||| ||||| ||||||||||| ||||||||| || ||||||||||||||  |||||| | | | |||||| |||| || ||||    
T  38296028 ttgtgggtttgggaggaggacatgcttggggagtgtatcattttacttcgtaatgtttctttgcagcttaatgtgacatatacttggcgatgacagctgg 38295929  T
Q  334 atccttatgcaggttatacagttcgtaacgcttatcattttttgacttcttcggacattcctcaggtggatggtgtagatgctctagtttggcataaaca 433  Q
    | | || ||||||||| || ||| | |||||||||||  |||| ||||||  |||||  |||||||||||| |||| || |||||||||||| |||  ||    
T  38295928 acctttctgcaggttacaccgttagcaacgcttatcaacttttaacttctcaggacagccctcaggtggatagtgtcgaggctctagtttggtatattca 38295829  T
Q  434 tgctccacttaaggtctcaatttttgcttggaggttggtaaaggatcggttgcctaccaggtcaaacttgatgcatcg 511  Q
     | |||  |||| || || |||||||||||||||||| ||  ||| ||| |||| ||  || |||||||| |||||||    
T  38295828 cgttcctattaaagtttccatttttgcttggaggttgttacgggaccggctgccaactcggacaaacttggtgcatcg 38295751  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000007
Query Start/End: Original strand, 562 - 694
Target Start/End: Complemental strand, 38295700 - 38295569
Alignment:
Q  562 ttgagacgtctcaacgtttatttatttcttgtggtttttatggcactttctggtgtcaggtgcggtcttggcttggtgtttcaggcccagaccccattac 661  Q
    ||||||| ||||||| |||||| || ||| ||| ||||||||||||| | |||  | ||||||||||||||||||| || ||||||||||||||  ||      
T  38295700 ttgagacttctcaacatttattcatatct-gtgatttttatggcactctttggcataaggtgcggtcttggcttggagtctcaggcccagacccttttca 38295602  T
Q  662 tgtatcaaataatttccttcagttctctcattc 694  Q
    ||| ||| || ||||| |||||||| |||||||    
T  38295601 tgtctcagatcatttctttcagttcactcattc 38295569  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 232 - 295
Target Start/End: Complemental strand, 43273693 - 43273630
Alignment:
Q  232 ggttgtgggtgtgggaggaggagatgctaggggagtgtattattttacttggtcatgtttcttt 295  Q
    |||||||||| ||||||||||| ||| ||||||||||| | ||||||||| |  ||||||||||    
T  43273693 ggttgtgggtttgggaggaggatatgttaggggagtgtgtcattttacttcgcaatgtttcttt 43273630  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0003 (Bit Score: 188; Significance: 1e-101; HSPs: 2)
Name: scaffold0003
Description:

Target: scaffold0003; HSP #1
Raw Score: 188; E-Value: 1e-101
Query Start/End: Original strand, 218 - 629
Target Start/End: Complemental strand, 367302 - 366891
Alignment:
Q  218 gagttggagaagggggttgtgggtgtgggaggaggagatgctaggggagtgtattattttacttggtcatgtttctttgcagagtaatgtaaaagacact 317  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| || | ||||| |||||||||    
T  367302 gagttggaggagggggttgtgggtgtgggaggaggagatgctaggggagtgtattattttacttggtaatgtttctttgtagtgcaatgtgaaagacact 367203  T
Q  318 tggagatggcatctggatccttatgcaggttatacagttcgtaacgcttatcattttttgacttcttcggacattcctcaggtggatggtgtagatgctc 417  Q
    |||||||||||||||||||||  |||||||||||||||  | |||||||||  |||  ||||| ||   ||||||||||||||||| |||| ||||||||    
T  367202 tggagatggcatctggatcctattgcaggttatacagtcagcaacgcttattttttactgactactctcgacattcctcaggtggaaggtgcagatgctc 367103  T
Q  418 tagtttggcataaacatgctccacttaaggtctcaatttttgcttggaggttggtaaaggatcggttgcctaccaggtcaaacttgatgcatcgcggtat 517  Q
    | ||||||||||||||||  ||||||||||||||||| ||||||||| | ||||||||  ||  |||||||||  | |||||  ||||||| || |||||    
T  367102 ttgtttggcataaacatgtcccacttaaggtctcaatatttgcttggcgattggtaaaaaataagttgcctacacgatcaaatctgatgcaacgtggtat 367003  T
Q  518 tctcttagatgcggatgcaagttgtttgttagggtgcaaccaacttgagacgtctcaacgtttatttatttcttgtggtttttatggcactttctggtgt 617  Q
    ||||| || | | |||||  ||||||||| ||||||||  ||| | ||||| ||||| | |||||||||||||||| |||||||||||||||| ||| ||    
T  367002 tctctcagcttcagatgcgggttgtttgtcagggtgcagacaaatcgagacttctcagcatttatttatttcttgtagtttttatggcactttgtggagt 366903  T
Q  618 caggtgcggtct 629  Q
    || |||||||||    
T  366902 caagtgcggtct 366891  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0003; HSP #2
Raw Score: 85; E-Value: 4e-40
Query Start/End: Original strand, 538 - 694
Target Start/End: Complemental strand, 366875 - 366719
Alignment:
Q  538 gttgtttgttagggtgcaaccaacttgagacgtctcaacgtttatttatttcttgtggtttttatggcactttctggtgtcaggtgcggtcttggcttgg 637  Q
    ||||||||||||||||||  ||| | ||||| ||||| | |||||||||||||||| |||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||    
T  366875 gttgtttgttagggtgcagacaaatcgagacttctcagcatttatttatttcttgtagtttttatggcactttgtggagtcaggtgcggtcttggcttgg 366776  T
Q  638 tgtttcaggcccagaccccattactgtatcaaataatttccttcagttctctcattc 694  Q
    ||| | |||||| |||||||||| ||| ||| || | ||||||||||||||||||||    
T  366775 tgtcttaggccccgaccccattattgtctcagatcacttccttcagttctctcattc 366719  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 124; Significance: 2e-63; HSPs: 11)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 124; E-Value: 2e-63
Query Start/End: Original strand, 387 - 694
Target Start/End: Original strand, 9724693 - 9725000
Alignment:
Q  387 gacattcctcaggtggatggtgtagatgctctagtttggcataaacatgctccacttaaggtctcaatttttgcttggaggttggtaaaggatcggttgc 486  Q
    |||||||||| |||||| |||| ||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||  ||  | |||    
T  9724693 gacattcctcgggtggaaggtgcagatgctcttgtttggcataaacatgttccacttaaggtctcaatttttgcttggcggttggtaaaaaataagctgc 9724792  T
Q  487 ctaccaggtcaaacttgatgcatcgcggtattctcttagatgcggatgcaagttgtttgttagggtgcaaccaacttgagacgtctcaacgtttatttat 586  Q
    ||||  | |||||  |||||||  | |||||||||| || | |||||||  ||||||||||||| |||  |||  | ||||| ||||||| ||||||||     
T  9724793 ctactcgatcaaatctgatgcagtgtggtattctctcagcttcggatgcgggttgtttgttaggatgcggccacatcgagacttctcaacatttatttac 9724892  T
Q  587 ttcttgtggtttttatggcactttctggtgtcaggtgcggtcttggcttggtgtttcaggcccagaccccattactgtatcaaataatttccttcagttc 686  Q
     |||||| |||||||||||||||| ||| |||||||| |||| ||||||||||| |||||||| |||||||||| ||| ||| || | ||||||||||||    
T  9724893 ctcttgtagtttttatggcactttgtggagtcaggtgaggtcctggcttggtgtctcaggccccgaccccattattgtctcagatcacttccttcagttc 9724992  T
Q  687 tctcattc 694  Q
    ||||||||    
T  9724993 tctcattc 9725000  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 89; E-Value: 2e-42
Query Start/End: Original strand, 198 - 490
Target Start/End: Complemental strand, 21077440 - 21077149
Alignment:
Q  198 gaggttggaggagcgggctagagttggagaagggggttgtgggtgtgggaggaggagatgctaggggagtgtattattttacttggtcatgtttctttgc 297  Q
    |||||||| |||| ||| | || |||||||||| | ||||||| |||||||||||| ||||||||| |||||| || ||||||| ||  |||||||||||    
T  21077440 gaggttgggggagtgggttggaattggagaaggag-ttgtgggcgtgggaggaggacatgctagggcagtgtactactttacttcgtagtgtttctttgc 21077342  T
Q  298 agagtaatgtaaaagacacttggagatggcatctggatccttatgcaggttatacagttcgtaacgcttatcattttttgacttcttcggacattcctca 397  Q
    ||| || ||| ||||| |||||||||||||  ||||| |  | ||||||||||||||||||||  || |||||  || | ||| ||  |||||  |||||    
T  21077341 agattattgtgaaagatacttggagatggctgctggagcactttgcaggttatacagttcgtagtgcctatcaccttctaactgctcaggacagccctca 21077242  T
Q  398 ggtggatggtgtagatgctctagtttggcataaacatgctccacttaaggtctcaatttttgcttggaggttggtaaaggatcggttgcctac 490  Q
    |||||| |||| | | |||||||||||||||||||||| | |||| || |||||||||||||| ||||||||| || |  |||||||||||||    
T  21077241 ggtggaaggtgcaaaggctctagtttggcataaacatgtttcactcaaagtctcaatttttgcatggaggttgttacaaaatcggttgcctac 21077149  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 77; E-Value: 2e-35
Query Start/End: Original strand, 30 - 467
Target Start/End: Original strand, 4297965 - 4298401
Alignment:
Q  30 ggtggtttcaggagggtgtgtctcgtttggtgggagatgggggatgatacccttttttggcatgattcgtgattaggtggtgtgccgtttagtgtgcgct 129  Q
    ||||||||||||| || ||||||||| |||| || || ||||  ||||||  | ||||||||||||| ||| || ||||  ||||| ||| |||||||||    
T  4297965 ggtggtttcaggaaggagtgtctcgtctggtaggggacggggc-tgatactttattttggcatgatttgtggttgggtgcggtgccttttcgtgtgcgct 4298063  T
Q  130 ttaagcgnnnnnnngatctcacggttgataaatcttgtacggttgcttccatgttttctgctgggtgggaggttggaggagcgggctagagttggagaag 229  Q
    ||| |||       || ||  || ||||||| || || ||||| |||  |||||| |||  ||||||||| || || |||||| | | ||| |||||  |    
T  4298064 ttaggcgcctttatgacctggcgattgataagtcatgcacggtcgctcacatgttctctagtgggtgggatgtggggggagcgagttggagatggagtcg 4298163  T
Q  230 ggggttgtgggtgtgggaggaggagatgctaggggagtgtattattttacttggtcatgtttctttgcagagtaatgtaaaagacacttggagatggcat 329  Q
    | | |||||||||||||||||||||||||| |||||||||  |||||||||| || ||||||||||| ||| |  ||| | ||| ||||||||||||       
T  4298164 gagattgtgggtgtgggaggaggagatgctgggggagtgtgctattttacttcgtaatgtttctttgtagattggtgttagagatacttggagatggttg 4298263  T
Q  330 ctggatccttatgcaggttatacagttcgtaacgcttatcattttttgacttcttcggacattcctcaggtggatggtgtagatgctctagtttggcata 429  Q
    |||||||  |  ||||||||||||||  ||| ||| ||||| || |||||||||  ||| || ||||| || || |||| || |||  | ||||||||||    
T  4298264 ctggatcactcggcaggttatacagtcagtagcgcctatcagttgttgacttctcaggatatccctcatgtcgaaggtgcagttgcgttggtttggcata 4298363  T
Q  430 aacatgctccacttaaggtctcaatttttgcttggagg 467  Q
    | |||  ||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  4298364 atcatattccgcttaaggtctcaatttttgcttggagg 4298401  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 69; E-Value: 1e-30
Query Start/End: Original strand, 30 - 467
Target Start/End: Complemental strand, 41590580 - 41590145
Alignment:
Q  30 ggtggtttcaggagggtgtgtctcgtttggtgggagatgggggatgatacccttttttggcatgattcgtgattaggtggtgtgccgtttagtgtgcgct 129  Q
    ||||||||||||| |||||||||||| |||| || |||||||  ||||||  | ||||||||||||| ||| || ||||   || | ||| |||||||||    
T  41590580 ggtggtttcaggaaggtgtgtctcgtctggtaggggatggggc-tgatactttattttggcatgatttgtggttgggtgcattggcttttcgtgtgcgct 41590482  T
Q  130 ttaagcgnnnnnnngatctcacggttgataaatcttgtacggttgcttccatgttttctgctgggtgggaggttggaggagcgggctagagttggagaag 229  Q
    ||| |||       || ||  || ||||||| || || ||||| |||  |||||| |||  ||| ||||| || || |||||||| | ||| |||||| |    
T  41590481 ttaggcgcctttatgacctggcgattgataagtcatgcacggtcgctcacatgttctctagtggatgggatgtggggggagcgggttggagatggagacg 41590382  T
Q  230 ggggttgtgggtgtgggaggaggagatgctaggggagtgtattattttacttggtcatgtttctttgcagagtaatgtaaaagacacttggagatggcat 329  Q
    | | |||||||||||||||||||||||| | |||||||||    |||||||| || ||||||||||||||| |  ||| | ||| ||||||||||||       
T  41590381 gagattgtgggtgtgggaggaggagatgttgggggagtgtgcctttttacttcgtaatgtttctttgcagattggtgttagagatacttggagatggttg 41590282  T
Q  330 ctggatccttatgcaggttatacagttcgtaacgcttatcattttttgacttcttcggacattcctcaggtggatggtgtagatgctctagtttggcata 429  Q
    |||||||  |  ||||||||||||||  ||| ||||||||| || |||||||||  ||| | |||||| || || |||| || |||  | ||||||||||    
T  41590281 ctggatcactcggcaggttatacagtcagtagcgcttatcaattgttgacttctcaggata-tcctcatgtcgaaggtgcagctgcgttggtttggcata 41590183  T
Q  430 aacatgctccacttaaggtctcaatttttgcttggagg 467  Q
    | |||  ||| ||||||||||| |||||||||||||||    
T  41590182 atcatattccgcttaaggtctcgatttttgcttggagg 41590145  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 56; E-Value: 8e-23
Query Start/End: Original strand, 233 - 464
Target Start/End: Original strand, 26412845 - 26413076
Alignment:
Q  233 gttgtgggtgtgggaggaggagatgctaggggagtgtattattttacttggtcatgtttctttgcagagtaatgtaaaagacacttggagatggcatctg 332  Q
    |||||||||||||||| |||| |||  |||||||||||| | ||||||| ||  | |||||||||||  |||||| | ||| |||||||||||||| |||    
T  26412845 gttgtgggtgtgggagaaggaaatgtcaggggagtgtatcactttactttgtagtctttctttgcagtttaatgtgacagatacttggagatggcagctg 26412944  T
Q  333 gatccttatgcaggttatacagttcgtaacgcttatcattttttgacttcttcggacattcctcaggtggatggtgtagatgctctagtttggcataaac 432  Q
    || ||||  | ||||||||||||| ||| || |||||   | || ||||||  |||||  |||||||||||| |   ||| ||||| || ||||||||||    
T  26412945 gacccttccgtaggttatacagttagtagcgtttatcggctattaacttctcaggacacccctcaggtggatcgctcagaggctctcgtctggcataaac 26413044  T
Q  433 atgctccacttaaggtctcaatttttgcttgg 464  Q
    |||  ||||||||  | |||||||||||||||    
T  26413045 atgtcccacttaaaatttcaatttttgcttgg 26413076  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000003
Query Start/End: Original strand, 564 - 655
Target Start/End: Original strand, 26413176 - 26413267
Alignment:
Q  564 gagacgtctcaacgtttatttatttcttgtggtttttatggcactttctggtgtcaggtgcggtcttggcttggtgtttcaggcccagaccc 655  Q
    ||||| ||||||| |||||| ||| | |||| |||||||||| |||| |||  | |||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||    
T  26413176 gagacttctcaacatttattcattacgtgtgatttttatggctctttgtggcataaggtgcggtcttggcttggtgtctcaggaccagaccc 26413267  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000004
Query Start/End: Original strand, 393 - 470
Target Start/End: Complemental strand, 25672074 - 25671997
Alignment:
Q  393 cctcaggtggatggtgtagatgctctagtttggcataaacatgctccacttaaggtctcaatttttgcttggaggttg 470  Q
    ||||||||||||||||  |||||| | |||||||| || |||| | | ||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  25672074 cctcaggtggatggtgctgatgctttggtttggcacaaccatgttacgcttaaggtctctatttttgcttggaggttg 25671997  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000004
Query Start/End: Original strand, 222 - 270
Target Start/End: Complemental strand, 23923142 - 23923094
Alignment:
Q  222 tggagaagggggttgtgggtgtgggaggaggagatgctaggggagtgta 270  Q
    ||||| ||| |||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||    
T  23923142 tggaggaggaggttgtgggtgtgggaggaggagatgttagcggagtgta 23923094  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000006
Query Start/End: Original strand, 221 - 271
Target Start/End: Complemental strand, 7003505 - 7003455
Alignment:
Q  221 ttggagaagggggttgtgggtgtgggaggaggagatgctaggggagtgtat 271  Q
    |||||||||| |||| |||||||| |||||||||||| ||| |||||||||    
T  7003505 ttggagaaggaggttatgggtgtgagaggaggagatgttagaggagtgtat 7003455  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #10
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000006
Query Start/End: Original strand, 222 - 268
Target Start/End: Complemental strand, 34338176 - 34338130
Alignment:
Q  222 tggagaagggggttgtgggtgtgggaggaggagatgctaggggagtg 268  Q
    ||||| ||| |||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||    
T  34338176 tggaggaggaggttgtgggtgtgggaggaggagatggtagtggagtg 34338130  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #11
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 232 - 265
Target Start/End: Complemental strand, 27297683 - 27297650
Alignment:
Q  232 ggttgtgggtgtgggaggaggagatgctagggga 265  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  27297683 ggttgtgggtttgggaggaggagatgctagggga 27297650  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0070 (Bit Score: 47; Significance: 2e-17; HSPs: 1)
Name: scaffold0070
Description:

Target: scaffold0070; HSP #1
Raw Score: 47; E-Value: 2e-17
Query Start/End: Original strand, 564 - 694
Target Start/End: Complemental strand, 26600 - 26470
Alignment:
Q  564 gagacgtctcaacgtttatttatttcttgtggtttttatggcactttctggtgtcaggtgcggtcttggcttggtgtttcaggcccagaccccattactg 663  Q
    ||||| ||||| | |||||| |||||||||| |||||||||| | || |||| |||||| ||| |||||||||| |||||||| || |||||| ||| ||    
T  26600 gagacttctcagcatttattcatttcttgtgatttttatggctcgttgtggtctcaggttcgggcttggcttggagtttcaggtcccgacccctttattg 26501  T
Q  664 tatcaaataatttccttcagttctctcattc 694  Q
    | ||| || |||||||||||||  |||||||    
T  26500 tttcagatcatttccttcagtttactcattc 26470  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0190 (Bit Score: 42; Significance: 0.00000000000002; HSPs: 1)
Name: scaffold0190
Description:

Target: scaffold0190; HSP #1
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000002
Query Start/End: Original strand, 562 - 655
Target Start/End: Original strand, 3788 - 3881
Alignment:
Q  562 ttgagacgtctcaacgtttatttatttcttgtggtttttatggcactttctggtgtcaggtgcggtcttggcttggtgtttcaggcccagaccc 655  Q
    ||||||| ||||||| |||||| || ||||||| ||||||||| ||| | |||  ||||||||| ||||||||||| || ||||||||||||||    
T  3788 ttgagacttctcaacatttattcatctcttgtgatttttatggaactctttggcatcaggtgcgctcttggcttggagtctcaggcccagaccc 3881  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University