View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF9026_low_1 (Length: 1142)

Name: NF9026_low_1
Description: NF9026
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF9026_low_1
NF9026_low_1
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (24-1058)||(3934662-3935707)
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (1077-1122)||(30627054-30627099)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 837; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 837; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 24 - 1058
Target Start/End: Original strand, 3934662 - 3935707
Alignment:
Q  24 agatggacttgtatcaccacggtggggatgggggatggagacgcacgccagcagggggcatgttgtaggagtagatgcaaatggtaaactaagaataaga 123  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3934662 agatggacttgtatcaccaaggtggggatgggggatggagacgcacgccagcagggggcatgttgtaggagtagatgcaaatggtaaactaagaataaga 3934761  T
Q  124 tttcgatggagggaagggaggagaccttggataggagaccctgctgatattgctcttgatgagaactgaa-taaaactttataggaacatggaagcttgt 222  Q
    ||||||||||||||||||||   ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||| |||||||||||||||||||    
T  3934762 tttcgatggagggaagggag---accttggataggagaccctgctgatattgctcttgatgagaactgatgtaaaactttttaggaacatggaagcttgt 3934858  T
Q  223 atcatcataacttgattttctcattcaga--tctttggcctattgcttttctgggtctgttcttgtgcaagaaatcgaaatctttatgtgacctgctacc 320  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3934859 atcatcataacttgattttctcattcagagatctttggcctattgcttttctgggtccgttcttgtgcaagaaatcgaaatctttatgtgacctgctacc 3934958  T
Q  321 gcatgtgctctgaactatgtaactcctatcatcgttggaatgtagtttggccaaatttattgatgttaatgaaacatagtgaatggattaaagttatgga 420  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3934959 gcatgtgctctgaactatgtaactcctatcattgttggaatgtggtttggccaaatttattgatgttaatgaaacatagtgaatggattaaagttatgga 3935058  T
Q  421 tagaggaagattggcttactgactgaggtatagagatttaaggcgaactattggcgattggcccatttatattcattattatatactcacatatataagt 520  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3935059 tagaggaagattggcttactgactgaggtatagagatttaaggcgaactattggcgattggcccatttatattcattattatatactcacatatataagt 3935158  T
Q  521 ttggagttccagattttgagttgtatatttatatatgtttgttatttaatgttgttgtacaaatcgtactcgtactcggtcgccaacttaaatgca-nnn 619  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||        
T  3935159 ttggagttccagattttgagttgtatatttatatatgtttattatttaatgttgttgtacaaatcgtactcgtactcggtcgccaacttaaatgcatttt 3935258  T
Q  620 nnnnnnnnaactttatcattgtgcagttatgcatagtacatgaattgaattgattcaattatacaacagtagcatttcactaat-cctattgtctccatt 718  Q
            |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  3935259 ttttttttaactttatcattgtgcagttatgcatagtacatgaattgaattgattcaattatacaacattagcatttcactaatccctattgtctccatt 3935358  T
Q  719 gagttgctctgaaatcagagatcaatccattgaaaaacgataaat-tgagttgc-----tctggatccctttcaagtaagggtccattttg--gagagaa 810  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||   | |     | ||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||    
T  3935359 gagttgctctgaaatcagagatcaatccattgaaaaacgataaatatgtaattctggagtttggatccctttcaagtaagggtccattttggagagagaa 3935458  T
Q  811 ggaaagcatatctaatgcatttaatattttaacattaaattgtttttgtctttctttttgaaacggtccctcgagtatttgaggtgattcaaactccgga 910  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3935459 ggaaagcatatctaatgtatttaatattttaacattaaattgtttttgtctttctttttgaaacggtccctcgagtatttgaggtgattcaaactccgga 3935558  T
Q  911 ttctcttaatctataatttgatttgttta-ttcagtgaaagatgttatgtataaatggatagttagcaaatttgtcttgatcttcccttcttctttgcgg 1009  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |    
T  3935559 ttctcttaatctataatttgatttgtttatttcagtg-aagatgttatgtataaatggatagttagcaaatttgtcttgatcttccgttcttctttgcag 3935657  T
Q  1010 ttaccgacctaacttcatgccgtttaaggcaatactctaa-agcatccac 1058  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||    
T  3935658 ttaccgacctaacttcatgccgtttaaggaaatactctaagagcatccac 3935707  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 30; Significance: 0.0000004; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000004
Query Start/End: Original strand, 1077 - 1122
Target Start/End: Original strand, 30627054 - 30627099
Alignment:
Q  1077 caatgactccttaaatggatcccatatgtcacatcacttatttata 1122  Q
    ||||||||||||||||||||||||  ||  ||||||||||||||||    
T  30627054 caatgactccttaaatggatcccacgtgatacatcacttatttata 30627099  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University