View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF9026_low_11 (Length: 601)

Name: NF9026_low_11
Description: NF9026
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF9026_low_11
NF9026_low_11
[»] chr5 (4 HSPs)
chr5 (1-566)||(31605070-31605635)
chr5 (44-545)||(31595327-31595828)
chr5 (99-542)||(31579468-31579911)
chr5 (65-542)||(31563931-31564411)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 542; Significance: 0; HSPs: 4)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 542; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 566
Target Start/End: Complemental strand, 31605635 - 31605070
Alignment:
Q  1 agagacaagcaaattcaaggaaagatagttcttctatagattcgatgacaatttgtttgctggctatgattgctttcacaatatgtgttttacgtcccat 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31605635 agagacaagcaaattcaaggaaagatagttcttctatagattcgatgacaatttgtttgctggctatgattgctttcacaatatgtgttttacgtcccat 31605536  T
Q  101 aatgttttggatgataagacaaacaccagaagggaaacaaattaaagaatcgtacatattttcggtatttttaatgttattaggctgctcgttatttagt 200  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31605535 aatgttttggatgataagacaaacaccagaagggaaacaaattaaagaatcgtacatactttcggtatttttaatgttattaggctgctcgttatttagt 31605436  T
Q  201 gaagttattggagaacattttatgcttggtcctgtaatttttggcatggctgtacctgatggaccgccattaggatcagcattgactgaaagattggaaa 300  Q
    || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31605435 gaggttattggagaacattttatgcttggtcctgtaatttttggcatggctgtacctgatggaccgccattaggatcagcattgactgaaagattggaaa 31605336  T
Q  301 caatggtgtcaacaatatttttgccactgtactttctttatagtggtgctagtttcaaaattttcataattgatgctcgtacctttgcaattgtacaagt 400  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31605335 caatggtgtcaacaatatttttgccattgtactttctttatagtggtgctagtttcaaatttttcgtaattgatgctcgtacctttgcaattgtacaagt 31605236  T
Q  401 tgttgctgtagttgcatatttggggaaggttggtggtactatgttgccttcaatttattggaagatgccagttaatgatgttctatttttaggactactt 500  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31605235 tgttgctgtagttgcatatttggggaaggttggtggtactatgttgccttcaatttattcgaagatgccagttaatgatgttctatttttaggactactt 31605136  T
Q  501 atgagtgctcaaggcatcacacaagtactttacttgcagacttctttcaacctttatgtaagattc 566  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31605135 atgagtgctcaaggcatcacacaagtactttacttgcagacttctttcaacctttatgtaagattc 31605070  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 286; E-Value: 1e-160
Query Start/End: Original strand, 44 - 545
Target Start/End: Complemental strand, 31595828 - 31595327
Alignment:
Q  44 gatgacaatttgtttgctggctatgattgctttcacaatatgtgttttacgtcccataatgttttggatgataagacaaacaccagaagggaaacaaatt 143  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||| ||||||||||||| |||||| ||| ||||    
T  31595828 gatgacaatttgtttgctagctatgattgccttcacaatatgtgttctacgtcccataatgttgtggatggtaagacaaacacccgaagggcaaccaatt 31595729  T
Q  144 aaagaatcgtacatattttcggtatttttaatgttattaggctgctcgttatttagtgaagttattggagaacattttatgcttggtcctgtaatttttg 243  Q
    |||||||| ||| || |||||||| ||||||||||||| || ||||| |||||||  || ||||||||||||||||||| |||||| ||||||||| |||    
T  31595728 aaagaatcatacgtactttcggtaattttaatgttattggggtgctcattatttatggaggttattggagaacattttacgcttgggcctgtaattcttg 31595629  T
Q  244 gcatggctgtacctgatggaccgccattaggatcagcattgactgaaagattggaaacaatggtgtcaacaatatttttgccactgtactttctttatag 343  Q
    || ||||||||||||| || || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||| | |    
T  31595628 gcttggctgtacctgacgggcctccattaggatcagcattgactgaaagattggaaacaatggtgtcaaaaatatttttgccattgtactttcttttttg 31595529  T
Q  344 tggtgctagtttcaaaattttcataattgatgctcgtacctttgcaattgtacaagttgttgctgtagttgcatatttggggaaggttggtggtactatg 443  Q
    |||||| ||||||||| | ||  |||||||| |||||  ||||| || ||| ||| || |||||||| |||||| |||||| ||||||||||||||||||    
T  31595528 tggtgcaagtttcaaattgtttttaattgattctcgttgctttgtaactgtgcaaattattgctgtatttgcatttttgggaaaggttggtggtactatg 31595429  T
Q  444 ttgccttcaatttattggaagatgccagttaatgatgttctatttttaggactacttatgagtgctcaaggcatcacacaagtactttacttgcagactt 543  Q
     ||||||||||||||| |||||||||| ||| ||||||||||| |||||||||||| ||||||  |||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  31595428 ctgccttcaatttatttgaagatgccacttactgatgttctatctttaggactactcatgagttgtcaaggcatcacacaattactttacttgcagactt 31595329  T
Q  544 ct 545  Q
    ||    
T  31595328 ct 31595327  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 228; E-Value: 1e-125
Query Start/End: Original strand, 99 - 542
Target Start/End: Complemental strand, 31579911 - 31579468
Alignment:
Q  99 ataatgttttggatgataagacaaacaccagaagggaaacaaattaaagaatcgtacatattttcggtatttttaatgttattaggctgctcgttattta 198  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||| ||||| |||| ||| |||||||| ||||||||||| || ||||||||| |||| |||||||| |||||||    
T  31579911 ataatgttttggatgataagaaaaacacctgaaggaaaaccaatcaaagaatcatacatattttcagtgtttttaatgatattgggctgctcattattta 31579812  T
Q  199 gtgaagttattggagaacattttatgcttggtcctgtaatttttggcatggctgtacctgatggaccgccattaggatcagcattgactgaaagattgga 298  Q
    |||| |||||||||||||||| |||| |||||||||||||||| ||  |||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  31579811 gtgaggttattggagaacattatatgattggtcctgtaattttaggtctggctgtacctgatgggcctccattaggatcagcattgactgaaaggttgga 31579712  T
Q  299 aacaatggtgtcaacaatatttttgccactgtactttctttatagtggtgctagtttcaaaattttcataattgatgctcgtacctttgcaattgtacaa 398  Q
      |||| |||||| |  | || |||||| |||| || |||| || |||||||| |||||| |||||  ||||| || |||||| ||||| ||| || |||    
T  31579711 tgcaattgtgtcagcggttttcttgccattgtatttcctttttaatggtgctaatttcaatatttttctaattaatactcgtagctttgtaatagtgcaa 31579612  T
Q  399 gttgttgctgtagttgcatatttggggaaggttggtggtactatgttgccttcaatttattggaagatgccagttaatgatgttctatttttaggactac 498  Q
     |||||||| || |||||| |||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||    
T  31579611 attgttgctatatttgcatctttggggaaggttgctggaactatgttgccttcaatttattggaagatgccagttactgatgttctatctttaggactac 31579512  T
Q  499 ttatgagtgctcaaggcatcacacaagtactttacttgcagact 542  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |  ||||||||||||||    
T  31579511 ttatgagtgctcaaggcatcacacaattgatttacttgcagact 31579468  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 123; E-Value: 7e-63
Query Start/End: Original strand, 65 - 542
Target Start/End: Complemental strand, 31564411 - 31563931
Alignment:
Q  65 tatgattgctttcacaatatgtgttttacgtcccataatgttttggatgataagacaaacaccagaagggaaacaaattaaagaatcgtacatattttcg 164  Q
    |||| ||| ||||| |||||||||| |  | ||||||||| |||||||| ||||| ||||||||||||| |||| ||| |||||||| |||||| | ||     
T  31564411 tatggttgttttcataatatgtgttcttagacccataatgctttggatggtaagaaaaacaccagaaggaaaaccaatcaaagaatcatacataatgtct 31564312  T
Q  165 gtatttttaatgttattaggctgctcgttatttagtgaagttattggagaacattttatgcttggtcctgtaatttttggcatggctgtacctgatggac 264  Q
    || |||||||||||| | |||||| | ||  |||||||  | || |||||||||| | |  | ||  |||| ||||| || |||||||||||||||||||    
T  31564311 gtgtttttaatgttactcggctgcgcatttgttagtgagttaatcggagaacattatttagtcgggactgttattttcggtatggctgtacctgatggac 31564212  T
Q  265 cgccattaggatcagcattgactgaaagattggaaacaatggtgtcaacaatatttttgccactgtactttctttatagtggtgctagtttcaaaatttt 364  Q
    | ||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||| ||  || | |  |||||| |||| ||||||||||  | |  ||  |||||| | ||    
T  31564211 ctccattaggatcagcattgactgatagattggatacaatggtatcggcattttacttgccattgtattttctttatatggctaataaattcaaattgtt 31564112  T
Q  365 cataattgatgctcgtacctttgcaattgtacaagttgttgctgtagttgcatatttggggaaggttggtggtactatg---ttgccttcaatttattgg 461  Q
      ||||||| ||||||| ||||  ||| ||||||| | ||||| || |||||  |||||||||| ||| ||| ||||||   ||||||||||||| ||||    
T  31564111 tctaattgacgctcgtagctttttaatagtacaagctattgctataattgcaactttggggaagattgctggaactatgatgttgccttcaattttttgg 31564012  T
Q  462 aagatgccagttaatgatgttctatttttaggactacttatgagtgctcaaggcatcacacaagtactttacttgcagact 542  Q
    ||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||| | ||  | |||||| |  ||||||||||||||    
T  31564011 aagatgccagttagtgatgttctatctttaggactacttatgagtgctaatggacttacacaattcatttacttgcagact 31563931  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University