View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF9026_low_8 (Length: 628)

Name: NF9026_low_8
Description: NF9026
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF9026_low_8
NF9026_low_8
[»] chr1 (11 HSPs)
chr1 (18-610)||(1843050-1843642)
chr1 (24-610)||(1857061-1857647)
chr1 (18-610)||(1868659-1869251)
chr1 (65-610)||(1815437-1815983)
chr1 (158-568)||(9161353-9161763)
chr1 (158-576)||(9170179-9170597)
chr1 (158-553)||(9218262-9218657)
chr1 (158-576)||(9199746-9200164)
chr1 (160-537)||(9118720-9119097)
chr1 (142-610)||(9229131-9229599)
chr1 (158-568)||(9155441-9155851)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 517; Significance: 0; HSPs: 11)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 517; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 610
Target Start/End: Complemental strand, 1843642 - 1843050
Alignment:
Q  18 acatggtctttcaagctgtcatatccgatatctccatgtgtgatgctatcaccaggttcataaaggctagatgatgattcatgaagcaagtacctactct 117  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1843642 acatggtctttcaagctgtcatatccgatatctccatgtgtgatgctatcaccaggttcataaatgctagatgatgattcatgaagcaagtacctactct 1843543  T
Q  118 cctctacatttgagtcatcgttgatccaagagtgcttattcattaacctcattccctccaattccatagccacttccttcatgcttggtctttcttcccc 217  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1843542 cctctacatttgagtcatctttgatccaagagtgcttattcattaacctcattccctccaattccatagccacttccttcatgcttggtctttcttcccc 1843443  T
Q  218 tctaagtctcaaacacttcgccgcaagaacagccacctccatgatctcttgtttgttttcttcattccacataccatcttgaataacttcaaacacatta 317  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  1843442 tctaagtctcaaacacttcgccgcaagaacagccacctccttgatctcttgtttgttttcttcattccacaaaccatcttgaataacttcaaacacatta 1843343  T
Q  318 tcgtttttcaagcaagatagaaaatgcatagcaagacttcttctctcttccggcctaccaaaacaaaaaggtttctcccccgttagcaactctacaagaa 417  Q
    || |||||||| |||||||| |||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1843342 tcttttttcaatcaagatagtaaattcattgcaagacttcttctctcttccggcctaccaaaacaaaaaggtttctcccccgttagcaactctacaagaa 1843243  T
Q  418 ctactccaaagctatagacatcacttttttcagttaattgacttgtttgcatatactctggatccaagtagccaatagttccttgcaccattgtggctac 517  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  1843242 ctactccaaagctatagacatcacttttttcagttaattgacttgtttgcatatactctggatctaagtagccaatagttccttgcaccattgtggctat 1843143  T
Q  518 ttcagtttgatcaagtggaatcaaccttgatgctccaaaatctgacactttggcggtgttggttccatctaagagaatgttagcactcttgac 610  Q
    |||||||||||||| ||||| ||| ||||| |||||||||||||| |||||||| |||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||    
T  1843142 ttcagtttgatcaattggaaccaatcttgaagctccaaaatctgatactttggctgtgttggttctatctaagagaatgttatcactcttgac 1843050  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 515; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 24 - 610
Target Start/End: Complemental strand, 1857647 - 1857061
Alignment:
Q  24 tctttcaagctgtcatatccgatatctccatgtgtgatgctatcaccaggttcataaaggctagatgatgattcatgaagcaagtacctactctcctcta 123  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1857647 tctttcaagctgtcatatccgatatctccatgtttgttgctatcaccaggttcataaatgctagatgatgattcatgaagcaagtacctactctcctcta 1857548  T
Q  124 catttgagtcatcgttgatccaagagtgcttattcattaacctcattccctccaattccatagccacttccttcatgcttggtctttcttcccctctaag 223  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1857547 catttgagtcatctttgatccaagagtgcttattcattaacctcattccctccaattccatagccacttccttcatgcttggtctttcttcccctctaag 1857448  T
Q  224 tctcaaacacttcgccgcaagaacagccacctccatgatctcttgtttgttttcttcattccacataccatcttgaataacttcaaacacattatcgttt 323  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||| |||    
T  1857447 tctcaaacacttcgccgcaagaacagccacctccttgatctcttgtttgttttcttcattccacaaaccatcttgaataacttcaaatacattatccttt 1857348  T
Q  324 ttcaagcaagatagaaaatgcatagcaagacttcttctctcttccggcctaccaaaacaaaaaggtttctcccccgttagcaactctacaagaactactc 423  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||    
T  1857347 ttcaagcaagatagaaaatgcatagcaagacttcttctttcttccggcctaccaaaacaaaaaggtttctcccccgtcagcaactccacaagaactactc 1857248  T
Q  424 caaagctatagacatcacttttttcagttaattgacttgtttgcatatactctggatccaagtagccaatagttccttgcaccattgtggctacttcagt 523  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  1857247 caaagctatagacatcacttttttcagttaattgacttgtttgcatatactctggatctaagtagccaatagttccttgcaccattgtggctatttcagt 1857148  T
Q  524 ttgatcaagtggaatcaaccttgatgctccaaaatctgacactttggcggtgttggttccatctaagagaatgttagcactcttgac 610  Q
    |||||||||||||| ||| ||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  1857147 ttgatcaagtggaaccaatcttgaagctccaaaatccgacactttggcggtgttggttccatctaagagaatgttatcactcttgac 1857061  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 505; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 610
Target Start/End: Complemental strand, 1869251 - 1868659
Alignment:
Q  18 acatggtctttcaagctgtcatatccgatatctccatgtgtgatgctatcaccaggttcataaaggctagatgatgattcatgaagcaagtacctactct 117  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||| |||||    
T  1869251 acatggtctttcaagctgtcatatccgatatctccatgtgtgatgctatcaccaggttcataaaagctagatgatgattcatgaagcaagaaccgactct 1869152  T
Q  118 cctctacatttgagtcatcgttgatccaagagtgcttattcattaacctcattccctccaattccatagccacttccttcatgcttggtctttcttcccc 217  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1869151 cctctacatttgagtcatcattgatccaagagtgcttattcattaacctcattccctccaattccatagccacttccttcatgcttggtctttcttcccc 1869052  T
Q  218 tctaagtctcaaacacttcgccgcaagaacagccacctccatgatctcttgtttgttttcttcattccacataccatcttgaataacttcaaacacatta 317  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||    
T  1869051 tctaagtctcaaacacttcgccgcaagaacagccacctccttgatctcttgtttgttttcttcattccacaaaccatcttgaataacttcaaatacatta 1868952  T
Q  318 tcgtttttcaagcaagatagaaaatgcatagcaagacttcttctctcttccggcctaccaaaacaaaaaggtttctcccccgttagcaactctacaagaa 417  Q
    || |||||||| |||||||| |||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  1868951 tcttttttcaatcaagatagtaaatgcattgcaagacttcttctttcttccggcctaccaaaacaaaaaggtttctcccccgtcagcaactctacaagaa 1868852  T
Q  418 ctactccaaagctatagacatcacttttttcagttaattgacttgtttgcatatactctggatccaagtagccaatagttccttgcaccattgtggctac 517  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  1868851 ctactccaaagctatagacatcacttttttcagttaattgacttgtttgcatatactctggatctaagtagccaatagttccttgcaccattgtggctat 1868752  T
Q  518 ttcagtttgatcaagtggaatcaaccttgatgctccaaaatctgacactttggcggtgttggttccatctaagagaatgttagcactcttgac 610  Q
    |||||||||||||||||||| ||| ||||| ||||||||||| || ||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||    
T  1868751 ttcagtttgatcaagtggaaccaatcttgaagctccaaaatccgatactttggcggtgttggttctatctaagagaatgttatcactcttgac 1868659  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 427; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 65 - 610
Target Start/End: Original strand, 1815437 - 1815983
Alignment:
Q  65 atcaccaggttcataaaggctagatgatgattcatgaagcaagtacct-actctcctctacatttgagtcatcgttgatccaagagtgcttattcattaa 163  Q
    |||||||  |||||||| |||||||||||||||||||||||||||    |||||||||||||||   |||  | ||||||||||||||||||| ||||||    
T  1815437 atcaccaaattcataaatgctagatgatgattcatgaagcaagtagtggactctcctctacattaaggtctgcattgatccaagagtgcttatccattaa 1815536  T
Q  164 cctcattccctccaattccatagccacttccttcatgcttggtctttcttcccctctaagtctcaaacacttcgccgcaagaacagccacctccatgatc 263  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1815537 cctcattccctccaattccatagccacttccttcatgcttggtctttcctcccctataagtctcaaacagttcgccgcaagaacagccacctccatgatc 1815636  T
Q  264 tcttgtttgttttcttcattccacataccatcttgaataacttcaaacacattatcgtttttcaagcaagatagaaaatgcatagcaagacttcttctct 363  Q
     |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||| ||| ||||||||||||||||||    
T  1815637 acttgtttgttttcttcattccacaaaccatcttgaataacttcaaacacattatcctttttcaagcaagataaaaagtgcgtagcaagacttcttctct 1815736  T
Q  364 cttccggcctaccaaaacaaaaaggtttctcccccgttagcaactctacaagaactactccaaagctatagacatcacttttttcagttaattgacttgt 463  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||| |||||    
T  1815737 cttccggcctaccaaaacaaaaaggtttctcccccgttagcagctccacaagaactactccaaagctatatacatcacttttctcagttaattggcttgt 1815836  T
Q  464 ttgcatatactctggatccaagtagccaatagttccttgcaccattgtggctacttcagtttgatcaagtggaatcaaccttgatgctccaaaatctgac 563  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1815837 ttgcatatactctggatccaagtagccaatagttccttgcaccattgtggctacttcagtttgatcaagtggaatcaaccttgatgctccaaaatctgac 1815936  T
Q  564 actttggcggtgttggttccatctaagagaatgttagcactcttgac 610  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1815937 actttagcggtgttggttccatctaagagaatgttagcactcttgac 1815983  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 123; E-Value: 7e-63
Query Start/End: Original strand, 158 - 568
Target Start/End: Original strand, 9161353 - 9161763
Alignment:
Q  158 cattaacctcattccctccaattccatagccacttccttcatgcttggtctttcttcccctctaagtctcaaacacttcgccgcaagaacagccacctcc 257  Q
    ||||||||| || || ||||| ||||| ||||||||||||||||| || ||||| |||||||| |||||||||||| | || ||||||| ||| ||||||    
T  9161353 cattaaccttataccatccaactccattgccacttccttcatgctaggcctttcatcccctcttagtctcaaacaccttgctgcaagaatagcaacctcc 9161452  T
Q  258 atgatctcttgtttgttttcttcattccacataccatcttgaataacttcaaacacattatcgtttttcaagcaagatagaaaatgcatagcaagacttc 357  Q
     | ||||| |  |||||||| |||||  | |||||| |||||||| ||||||| |   |||| | ||| || ||||| | ||| ||||||||||||||      
T  9161453 ttaatctcctccttgttttcatcatttaaaataccaacttgaatagcttcaaaaattctatcttgttttaaacaagacaaaaagtgcatagcaagactga 9161552  T
Q  358 ttctctcttccggcctaccaaaacaaaaaggtttctcccccgttagcaactctacaagaactactccaaagctatagacatcacttttttcagttaattg 457  Q
    |  ||||||| ||||||  |||| ||| |||||| || ||||| || | |||| |||||||||| ||||||||||| ||||||||||| || |||| |||    
T  9161553 tattctcttctggcctattaaaagaaagaggtttgtctcccgtaagaagctctgcaagaactacaccaaagctataaacatcacttttctctgttagttg 9161652  T
Q  458 acttgtttgcatatactctggatccaagtagccaatagttccttgcaccattgtggctacttcagtttgatcaagtggaatcaaccttgatgctccaaaa 557  Q
    |  ||||||||||||||| ||||| ||||| |||| ||||||||| |||||||| ||||  || |||||||||||||||| |||||| || |||||||||    
T  9161653 atgtgtttgcatatactccggatctaagtaaccaagagttccttgtaccattgttgctatctcggtttgatcaagtggaaccaacctcgaagctccaaaa 9161752  T
Q  558 tctgacacttt 568  Q
    || || |||||    
T  9161753 tcagaaacttt 9161763  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 112; E-Value: 3e-56
Query Start/End: Original strand, 158 - 576
Target Start/End: Original strand, 9170179 - 9170597
Alignment:
Q  158 cattaacctcattccctccaattccatagccacttccttcatgcttggtctttcttcccctctaagtctcaaacacttcgccgcaagaacagccacctcc 257  Q
    ||||||||| || || ||||| ||||| |||||||||||||| |  |||||||| |||||||||||||| |||||| | |  ||||||| ||| ||||||    
T  9170179 cattaaccttatgccatccaactccattgccacttccttcatacaaggtctttcatcccctctaagtcttaaacaccttgaagcaagaatagcaacctcc 9170278  T
Q  258 atgatctcttgtttgttttcttcattccacata-ccatcttgaataacttcaaacacattatcgtttttcaagcaagatagaaaatgcatagcaagactt 356  Q
     | |||||||  ||||| || || ||| ||| | ||| |||||||| ||||||| |  ||||| | ||| || ||||| | ||| ||||||||||||||     
T  9170279 ttaatctctttcttgttatcatcgttc-acaaatccaacttgaatagcttcaaaaaatttatcttgttttaaacaagacaaaaagtgcatagcaagacta 9170377  T
Q  357 cttctctcttccggcctaccaaaacaaaaaggtttctcccccgttagcaactctacaagaactactccaaagctatagacatcacttttttcagttaatt 456  Q
     |  ||||||| ||||||  |||| ||| |||||| || || ||||| | |||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||    
T  9170378 atggtctcttctggcctattaaaagaaagaggtttgtcacctgttagaagctctgcaagaactactccaaagctataaacatcacttttttcggttaatt 9170477  T
Q  457 gacttgtttgcatatactctggatccaagtagccaatagttccttgcaccattgtggctacttcagtttgatcaagtggaatcaaccttgatgctccaaa 556  Q
     |  ||||||||||||||| ||||| ||||| ||||  ||||||||||||||||| ||||  || |||||||||||||||| ||| ||||| ||||| ||    
T  9170478 tatgtgtttgcatatactcgggatctaagtatccaagtgttccttgcaccattgttgctatctctgtttgatcaagtggaaccaatcttgaagctccgaa 9170577  T
Q  557 atctgacactttggcggtgt 576  Q
     || || |||||||| ||||    
T  9170578 gtcggaaactttggcagtgt 9170597  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 112; E-Value: 3e-56
Query Start/End: Original strand, 158 - 553
Target Start/End: Original strand, 9218262 - 9218657
Alignment:
Q  158 cattaacctcattccctccaattccatagccacttccttcatgcttggtctttcttcccctctaagtctcaaacacttcgccgcaagaacagccacctcc 257  Q
    ||||||||| || || ||||| |||||||| |||||| |||| || |||||||| || ||||||||||| |||||| | || ||||||| ||  ||||||    
T  9218262 cattaaccttatgccatccaactccatagctacttccctcatactaggtctttcatcacctctaagtcttaaacaccttgcagcaagaatagaaacctcc 9218361  T
Q  258 atgatctcttgtttgttttcttcattccacataccatcttgaataacttcaaacacattatcgtttttcaagcaagatagaaaatgcatagcaagacttc 357  Q
     | |||||||  |||||||| |||||  | || ||| |||||||| | ||||| |  ||||| | ||| || ||||| | ||| ||||||||||||||      
T  9218362 ttaatctctttcttgttttcatcattgaaaattccaacttgaatagcatcaaaaagtttatcttgttttaaacaagacaaaaagtgcatagcaagactaa 9218461  T
Q  358 ttctctcttccggcctaccaaaacaaaaaggtttctcccccgttagcaactctacaagaactactccaaagctatagacatcacttttttcagttaattg 457  Q
    |  ||||||| |||||   |||| ||| ||||||  | || ||||| | |||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||    
T  9218462 tggtctcttctggcctgttaaaagaaagaggtttggcacctgttagaagctctgcaagaactactccaaagctatacacatcacttttttcggttaattg 9218561  T
Q  458 acttgtttgcatatactctggatccaagtagccaatagttccttgcaccattgtggctacttcagtttgatcaagtggaatcaaccttgatgctcc 553  Q
    |  ||||||||||||||||||||| ||||| |||| ||||||||| |||||||| ||||  || |||||||||||||||| ||| ||||| |||||    
T  9218562 atgtgtttgcatatactctggatctaagtatccaagagttccttgtaccattgtcgctatctcggtttgatcaagtggaaccaatcttgaagctcc 9218657  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #8
Raw Score: 99; E-Value: 1e-48
Query Start/End: Original strand, 158 - 576
Target Start/End: Original strand, 9199746 - 9200164
Alignment:
Q  158 cattaacctcattccctccaattccatagccacttccttcatgcttggtctttcttcccctctaagtctcaaacacttcgccgcaagaacagccacctcc 257  Q
    ||||||||| || || ||||| |||||||| |||||| |||| || |||||||| || ||||||||||| |||||| | || ||||||| ||| ||||||    
T  9199746 cattaaccttataccatccaactccatagctacttccctcatactaggtctttcatcacctctaagtcttaaacaccttgcagcaagaatagcaacctcc 9199845  T
Q  258 atgatctcttgtttgttttcttcattccacataccatcttgaataacttcaaacacattatcgtttttcaagcaagatagaaaatgcatagcaagacttc 357  Q
     | |||||||  |||||||| |||| | | || ||| |||||||| | ||||| |  ||||| | ||| || ||||| | ||| ||||||||||||||      
T  9199846 ttaatctctttcttgttttcatcatccaaaattccaacttgaatagcatcaaaaagtttatcttgttttaaacaagacaaaaagtgcatagcaagactaa 9199945  T
Q  358 ttctctcttccggcctaccaaaacaaaaaggtttctcccccgttagcaactctacaagaactactccaaagctatagacatcacttttttcagttaattg 457  Q
    |  | |||||  ||||   |||| ||| |||||| || || ||||| | |||| ||||||| |||||||||||||| ||||||||||| || |||| |||    
T  9199946 tggtttcttcttgcctgttaaaagaaagaggtttgtcacctgttagaagctctgcaagaaccactccaaagctataaacatcacttttctcggttagttg 9200045  T
Q  458 acttgtttgcatatactctggatccaagtagccaatagttccttgcaccattgtggctacttcagtttgatcaagtggaatcaaccttgatgctccaaaa 557  Q
    |  ||||||||||||||| ||||| ||||| ||||  ||||||||||||||||| ||||  || |||||||||||||||| ||| || || ||||||||     
T  9200046 atgtgtttgcatatactcgggatctaagtatccaagtgttccttgcaccattgttgctatctctgtttgatcaagtggaaccaatctggaagctccaaag 9200145  T
Q  558 tctgacactttggcggtgt 576  Q
    || || ||||| |||||||    
T  9200146 tcagaaacttttgcggtgt 9200164  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #9
Raw Score: 86; E-Value: 9e-41
Query Start/End: Original strand, 160 - 537
Target Start/End: Complemental strand, 9119097 - 9118720
Alignment:
Q  160 ttaacctcattccctccaattccatagccacttccttcatgcttggtctttcttcccctctaagtctcaaacacttcgccgcaagaacagccacctccat 259  Q
    ||||||| || || ||||| |||||||| | ||||||||| || |||||||| || |||| ||||||||||||| | || ||||||| ||| |||||| |    
T  9119097 ttaaccttataccatccaactccatagctatttccttcatactaggtctttcctctcctcgaagtctcaaacaccttgctgcaagaatagcaacctcctt 9118998  T
Q  260 gatctcttgtttgttttcttcattccacataccatcttgaataacttcaaacacattatcgtttttcaagcaagatagaaaatgcatagcaagacttctt 359  Q
     |||||||  ||||| || |||||| | || ||| |||||||| ||||||| |  ||||| | ||| || ||||| |  || ||||||||||||||  |     
T  9118997 aatctcttccttgttatcatcattcaaaattccaacttgaatagcttcaaaaagtttatcttgttttaaacaagacaagaagtgcatagcaagactaatg 9118898  T
Q  360 ctctcttccggcctaccaaaacaaaaaggtttctcccccgttagcaactctacaagaactactccaaagctatagacatcacttttttcagttaattgac 459  Q
     ||||||| |||||   ||||  || |||||| || || ||||| | |||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||| || |||||||||     
T  9118897 gtctcttctggcctgttaaaatcaagaggtttgtcacctgttagaagctctgcaagaactactccaaagctataaacatcacttttctcggttaattgat 9118798  T
Q  460 ttgtttgcatatactctggatccaagtagccaatagttccttgcaccattgtggctacttcagtttgatcaagtggaa 537  Q
      |||||||| |||||||| || ||||| ||||  |||||||| |||| ||| ||||  || ||||||||||||||||    
T  9118797 gcgtttgcatgtactctgggtctaagtatccaagtgttccttgtaccactgttgctatctcggtttgatcaagtggaa 9118720  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #10
Raw Score: 85; E-Value: 3e-40
Query Start/End: Original strand, 142 - 610
Target Start/End: Original strand, 9229131 - 9229599
Alignment:
Q  142 tccaagagtgcttattcattaacctcattccctccaattccatagccacttccttcatgcttggtctttcttcccctctaagtctcaaacacttcgccgc 241  Q
    |||||| |||||| | ||||||||| |  ||||| |  |||||||||||||| |||||||| |||||||| || ||| |||||||||| ||| | || ||    
T  9229131 tccaagggtgcttctccattaaccttaacccctctagctccatagccacttctttcatgctaggtctttcctcgcctttaagtctcaagcaccttgcagc 9229230  T
Q  242 aagaacagccacctccatgatctcttgtttgttttcttcattccacataccatcttgaataacttcaaacacattatcgtttttcaagcaagatagaaaa 341  Q
    ||||| ||| || ||| | ||||| |  ||||| || |||||| | |||||| |||||| ||||||| |||||| ||  | | | || |||||||  ||     
T  9229231 aagaatagcaacttccttaatctcctccttgttctcatcattcaaaataccaacttgaagaacttcagacacatgattctctcttaaacaagataagaag 9229330  T
Q  342 tgcatagcaagacttcttctctcttccggcctaccaaaacaaaaaggtttctcccccgttagcaactctacaagaactactccaaagctatagacatcac 441  Q
    || || ||||| |||||  | ||||| || |||  |||| ||| |||||||||||||||||| | |||| | || ||||| || |||||||| |||||||    
T  9229331 tgaattgcaaggcttctgttttcttctggtctattaaaagaaataggtttctcccccgttaggagctctgccagtactaccccgaagctataaacatcac 9229430  T
Q  442 ttttttcagttaattgacttgtttgcatatactctggatccaagtagccaatagttccttgcaccattgtggctacttcagtttgatcaagtggaatcaa 541  Q
    |||| || |||| |||   |||||||||||| |||||||| || ||||||| ||||||||| ||||  |||||||    ||| ||||||||||||| |||    
T  9229431 ttttctctgttagttggtgtgtttgcatatattctggatctaaatagccaagagttccttgtaccacagtggctatcatagtatgatcaagtggaaccaa 9229530  T
Q  542 ccttgatgctccaaaatctgacactttggcggtgttggttccatctaagagaatgttagcactcttgac 610  Q
     ||||| || |||||||| |||||||| || ||||   |  |||| ||||||||||| ||||| |||||    
T  9229531 tcttgaagcaccaaaatcagacacttttgcagtgtaattgtcatccaagagaatgttggcacttttgac 9229599  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #11
Raw Score: 83; E-Value: 5e-39
Query Start/End: Original strand, 158 - 568
Target Start/End: Original strand, 9155441 - 9155851
Alignment:
Q  158 cattaacctcattccctccaattccatagccacttccttcatgcttggtctttcttcccctctaagtctcaaacacttcgccgcaagaacagccacctcc 257  Q
    ||||||||| || || ||||| |||||||| | ||||||||| || |||||||| || |||| |||||  ||||||   || || |||| ||| |||||     
T  9155441 cattaaccttataccatccaactccatagctatttccttcatactaggtctttcctcacctcgaagtcgtaaacaccgtgctgccagaatagcaacctct 9155540  T
Q  258 atgatctcttgtttgttttcttcattccacataccatcttgaataacttcaaacacattatcgtttttcaagcaagatagaaaatgcatagcaagacttc 357  Q
     | ||||| |  |||||||| |||||  | |||||| |||||||| ||||||| |   |||| | ||| || ||||| | ||| ||||| ||||||||      
T  9155541 ttaatctcctccttgttttcatcatttaagataccaacttgaatagcttcaaaaattctatcttgttttaaacaagacaaaaagtgcattgcaagactaa 9155640  T
Q  358 ttctctcttccggcctaccaaaacaaaaaggtttctcccccgttagcaactctacaagaactactccaaagctatagacatcacttttttcagttaattg 457  Q
    | |||||||| ||||||  |||| | | |||||| || || || || | |||  |||| ||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||    
T  9155641 tactctcttctggcctattaaaagatagaggtttatctcctgtcagaagctccgcaagcactactccaaagctatagacatcacttttctcggttaattg 9155740  T
Q  458 acttgtttgcatatactctggatccaagtagccaatagttccttgcaccattgtggctacttcagtttgatcaagtggaatcaaccttgatgctccaaaa 557  Q
    |   |||||||||||||||||||| | ||| |||| ||||||||| |||||||| ||||  || ||||||||||||||||  ||||| || |||||||||    
T  9155741 atgagtttgcatatactctggatctaggtatccaagagttccttgaaccattgttgctatctcggtttgatcaagtggaactaacctcgaagctccaaaa 9155840  T
Q  558 tctgacacttt 568  Q
    || || |||||    
T  9155841 tcggaaacttt 9155851  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University