View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF9027_low_5 (Length: 675)

Name: NF9027_low_5
Description: NF9027
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF9027_low_5
NF9027_low_5
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (1-657)||(1503718-1504374)
[»] chr8 (6 HSPs)
chr8 (1-657)||(2923343-2924002)
chr8 (1-657)||(37798197-37798853)
chr8 (1-657)||(3009406-3010065)
chr8 (1-657)||(2949343-2950002)
chr8 (1-499)||(2932866-2933367)
chr8 (518-657)||(2932690-2932829)
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (1-657)||(28026894-28027553)
[»] chr6 (1 HSPs)
chr6 (2-650)||(4913521-4914153)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 645; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 645; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 657
Target Start/End: Original strand, 1503718 - 1504374
Alignment:
Q  1 gttcaatgagaagccatgtccacattgcagtattggctatatagttcctgagtgggttgaggagaagccaacccttgctgacataaagaatatatatggt 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1503718 gttcaatgagaagccatgtccacattgcagtattggctatatagttcctgagtgggttgaggagaagccaacccttgctgacataaagaatatatatggt 1503817  T
Q  101 gcttgtaattcccttccaactacaatagtcattttaccacttaagccggagaaggtccaacctgttaagcatcaactatcaagcattcatccagaagtgc 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  1503818 gcttgtaattcccttccaactacaatagtcattttaccacttaagccggagaaggtccaacctgttaagcatcaactgtcaagcattcatccagaagtgc 1503917  T
Q  201 ttttgtttcttactaaaatcagacacctttctgtcagagaagttaatgaggaccccaaacagaataccataactgccgtatctatttcaagcgagattaa 300  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1503918 ttttgtttcttactaaaatcagacacctttctgtcagagaagttaatgaggaccccaaacagaataccgtaactgccgtatctatttcaagcgagattaa 1504017  T
Q  301 ttttgtgactaggaaaaacattaatgctgagtcttacacactccatctctccgccgaggaaaatagtgaagccgggaaggaatgcagctactacatgtgg 400  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1504018 ttttgtgactaggaaaaacattaatgctgagtcttacacactccatctctccgccgaggaaaatagtgaagccgggaaggaatgcagctactacatgtgg 1504117  T
Q  401 aagcaaaagtttccggtcaggttggaaaatttagtcgaaagaaaaaaggatgtcgaggagtgggttgtgacattggcattcccaaatcaggagaggcttt 500  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1504118 aagcaaaagtttccggtcaggttggaaaatttagtcgaaagaaaaaaggatgtcgaggagtgggttgtgacattggcattcccaaatcaggagaggcttt 1504217  T
Q  501 acaggggaaagaccttaccaggggtctatgcatttcttcctacagaaatggtcactaattttcctttcataattcaggcagattttttccttgcttcatc 600  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1504218 acaggggaaagaccttgccaggggtctatgcatttcttcctacagaaatggtcactaattttcctttcataattcaggcagattttttccttgcttcatc 1504317  T
Q  601 aagggagacaattatgttggataataagtggaatcaagggatacttgaatatgttcc 657  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1504318 aagggagacaattatgttggataataagtggaatcaagggatacttgaatatgttcc 1504374  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 278; Significance: 1e-155; HSPs: 6)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 278; E-Value: 1e-155
Query Start/End: Original strand, 1 - 657
Target Start/End: Complemental strand, 2924002 - 2923343
Alignment:
Q  1 gttcaatgagaagccatgtccacattgcagtattggctatatagttcctgagtgggttgaggagaagccaacccttgctgacataaagaatatatatggt 100  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||| |||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||     
T  2924002 gttcaatgagaagccttgtccacattgcagtcttgggtatatagttcctgaatgggttgaggagaagccaacccttgttgacataaagaagatatatggc 2923903  T
Q  101 gcttgtaa---ttcccttccaactacaatagtcattttaccacttaagccggagaaggtccaacctgttaagcatcaactatcaagcattcatccagaag 197  Q
    ||| ||||   |||||||| |||||||| | |  | ||||| || ||| |||| |||||| |||||||||| ||  | || |||||| ||||||||||||    
T  2923902 gctggtaaaggttcccttcgaactacaacaattgtcttacctctgaagtcggataaggtcgaacctgttaaacagaagctctcaagctttcatccagaag 2923803  T
Q  198 tgcttttgtttcttactaaaatcagacacctttctgtcagagaagttaatgaggaccccaaacagaataccataactgccgtatctatttcaagcgagat 297  Q
    | ||| |||| ||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||| |||| | ||||||||||| ||  ||||||  || ||||||||||| |||||    
T  2923802 tccttctgttccttacgaaaatcagacacctttctgtcagggaagttagtgagaatcccaaacagaacactgtaactgatgtgtctatttcaagtgagat 2923703  T
Q  298 taattttgtgactaggaaaaacattaatgctgagtcttacacactccatctctccgccgaggaaaatagtgaagccgggaaggaatgcagctactacatg 397  Q
    ||| || |||||||| |||||||| |||||||| || |||||| |||||||||| || || ||||||||||| || | ||||||||||||||||||||||    
T  2923702 taacttcgtgactagaaaaaacatgaatgctgaatcctacacaatccatctctctgcagaagaaaatagtgatgctgagaaggaatgcagctactacatg 2923603  T
Q  398 tggaagcaaaagtttccggtcaggttggaaaatttagtcgaaagaaaaaaggatgtcgaggagtgggttgtgacattggcattcccaaatcaggagaggc 497  Q
    ||||||||||||||||||||||||   ||||||   |||||||| | ||  ||||| || || |||||||||||| | || ||||| ||||||||||| |    
T  2923602 tggaagcaaaagtttccggtcaggccagaaaatgcggtcgaaaggagaacagatgtggaagaatgggttgtgacactagccttccctaatcaggagagac 2923503  T
Q  498 tttacaggggaaagaccttaccaggggtctatgcatttcttcctacagaaatggtcactaattttcctttcataattcaggcagattttttccttgcttc 597  Q
    || | || || || | || ||||||||||||||| |||||||||||||  ||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||| ||||||| ||    
T  2923502 ttcatagaggcaaaagctcaccaggggtctatgcctttcttcctacagggatggtcactaattttcctttcattattcaagcagattttgtccttgcctc 2923403  T
Q  598 atcaagggagacaattatgttggataataagtggaatcaagggatacttgaatatgttcc 657  Q
    |||||||||||||||| | ||||||||||| ||||| ||||| |||||||| | ||||||    
T  2923402 atcaagggagacaattctcttggataataaatggaaccaaggaatacttgactgtgttcc 2923343  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 277; E-Value: 1e-154
Query Start/End: Original strand, 1 - 657
Target Start/End: Complemental strand, 37798853 - 37798197
Alignment:
Q  1 gttcaatgagaagccatgtccacattgcagtattggctatatagttcctgagtgggttgaggagaagccaacccttgctgacataaagaatatatatggt 100  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||| |||| |||| ||||||||| ||||||||||||||||||||| |||  || |||||| | |||||||||    
T  37798853 gttcaatgagaagccttgtccacattgcagtcttgggtatacagttcctgaatgggttgaggagaagccaaccattgtcgagataaagcagatatatggt 37798754  T
Q  101 gcttgtaattcccttccaactacaatagtcattttaccacttaagccggagaaggtccaacctgttaagcatcaactatcaagcattcatccagaagtgc 200  Q
    | | ||||   |||||||| |||||   |  | ||||| || |||||||| |||||| | |||||||| || || || |||||| ||||||||||||| |    
T  37798753 gttggtaaagaccttccaaatacaaccattgtcttacccctaaagccggataaggtcgaccctgttaaacagcagctttcaagcgttcatccagaagtcc 37798654  T
Q  201 ttttgtttcttactaaaatcagacacctttctgtcagagaagttaatgaggaccccaaacagaataccataactgccgtatctatttcaagcgagattaa 300  Q
    | ||||||||||| ||||| ||||||||||| ||||||||||||  |||  | |||| |||||| || |||||||| ||||||||||||||||| || ||    
T  37798653 tgttgtttcttacaaaaataagacacctttcagtcagagaagttgctgaaaatcccacacagaacactataactgctgtatctatttcaagcgaaataaa 37798554  T
Q  301 ttttgtgactaggaaaaacattaatgctgagtcttacacactccatctctccgccgaggaaaatagtgaagccgggaaggaatgcagctactacatgtgg 400  Q
     || ||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||| || |||||||||||| | || | ||| || ||||||||||||||||||    
T  37798553 cttcgtgacgaggaaaaacatgaatgctgagtcttacacactgcatctctctgcagaggaaaatagtaatgctgagaaagagtgcagctactacatgtgg 37798454  T
Q  401 aagcaaaagtttccggtcaggttggaaaatttagtcgaaagaaaaaaggatgtcgaggagtgggttgtgacattggcattcccaaatcaggagaggcttt 500  Q
    |||||||| |||||||||||||  |||||| | || ||||| | ||  ||||| || || |||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||     
T  37798453 aagcaaaaatttccggtcaggtcagaaaatgtggttgaaaggagaacagatgttgaagaatgggttgtgacactggccttcccaaatcaggagaggcttc 37798354  T
Q  501 acaggggaaagaccttaccaggggtctatgcatttcttcctacagaaatggtcactaattttcctttcataattcaggcagattttttccttgcttcatc 600  Q
    | ||||| || | || |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||| ||||| ||||||||| ||||||| |||||    
T  37798353 ataggggtaaaagctcaccaggggtctatgcatttcttcctacagagatggtcactaatttccctttcattattcaagcagattttgtccttgcctcatc 37798254  T
Q  601 aagggagacaattatgttggataataagtggaatcaagggatacttgaatatgttcc 657  Q
     |||||||||||| | ||||||||||| ||||| |||||||||||||||| ||||||    
T  37798253 tagggagacaattctcttggataataaatggaaccaagggatacttgaatgtgttcc 37798197  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 218; E-Value: 1e-119
Query Start/End: Original strand, 1 - 657
Target Start/End: Original strand, 3009406 - 3010065
Alignment:
Q  1 gttcaatgagaagccatgtccacattgcagtattggctatatagttcctgagtgggttgaggagaagccaacccttgctgacataaagaatatatatggt 100  Q
    ||||||||||| ||| |||||||||||||| ||||| ||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||| ||||||||     
T  3009406 gttcaatgagaggccttgtccacattgcagaattgggtatgtagttcctgaatgggttgaggagaagccaacccttgttgacatacagaagatatatgga 3009505  T
Q  101 gcttgtaa---ttcccttccaactacaatagtcattttaccacttaagccggagaaggtccaacctgttaagcatcaactatcaagcattcatccagaag 197  Q
    ||| ||||   |||||||||||||||||   |  | || ||  | ||  | || |||||| |||||||||| || |||||||| || ||||| || ||||    
T  3009506 gctggtaaagattcccttccaactacaacgattgtgttgcctttgaaatcagacaaggtcaaacctgttaaacaacaactatctagtattcacccggaag 3009605  T
Q  198 tgcttttgtttcttactaaaatcagacacctttctgtcagagaagttaatgaggaccccaaacagaataccataactgccgtatctatttcaagcgagat 297  Q
    | || ||||||||| | ||||| |||||||||||||| ||||||| |||| |||||  ||| ||||| ||   |||| | ||||||||||||||||||||    
T  3009606 ttctgttgtttctttcgaaaattagacacctttctgtaagagaaggtaataaggacttcaaccagaacactgcaacttctgtatctatttcaagcgagat 3009705  T
Q  298 taattttgtgactaggaaaaacattaatgctgagtcttacacactccatctctccgccgaggaaaatagtgaagccgggaaggaatgcagctactacatg 397  Q
    ||| |||||||| ||||||||||| |||||| |||| |||||| ||||||| ||  | |  |||| ||||   |     ||||| ||||| |||||||||    
T  3009706 taactttgtgacaaggaaaaacatgaatgctaagtcatacacaatccatctatctacgggagaaagtagtagggataaaaaggagtgcagttactacatg 3009805  T
Q  398 tggaagcaaaagtttccggtcaggttggaaaatttagtcgaaagaaaaaaggatgtcgaggagtgggttgtgacattggcattcccaaatcaggagaggc 497  Q
    ||||||||||||||||| |||| | |||||||| | || ||||| | || || ||| || ||||| |||||||||||||| |||||| | ||||||||||    
T  3009806 tggaagcaaaagtttcctgtcaagctggaaaatgtggtggaaaggagaaggggtgtggaagagtgtgttgtgacattggccttcccacaacaggagaggc 3009905  T
Q  498 tttacaggggaaagaccttaccaggggtctatgcatttcttcctacagaaatggtcactaattttcctttcataattcaggcagattttttccttgcttc 597  Q
    |  ||| ||  |||| |||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||| | ||||| ||    
T  3009906 tagacaaggataagagcttaccaggggtttatgcatttcttcctacagagatggtcactaattttccattcataattcaagcagattttgttcttgcctc 3010005  T
Q  598 atcaagggagacaattatgttggataataagtggaatcaagggatacttgaatatgttcc 657  Q
     ||||||||||||||| | || ||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  3010006 gtcaagggagacaattctctttgatgataagtggaatcaagggattcttgaatatgttcc 3010065  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 210; E-Value: 1e-115
Query Start/End: Original strand, 1 - 657
Target Start/End: Complemental strand, 2950002 - 2949343
Alignment:
Q  1 gttcaatgagaagccatgtccacattgcagtattggctatatagttcctgagtgggttgaggagaagccaacccttgctgacataaagaatatatatggt 100  Q
    |||||| |||| ||| ||||||||||||||| |||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||| |||||||||    
T  2950002 gttcaacgagaggccttgtccacattgcagtcttgggtatatagttcctgaatgggttgaggagaagccaacccttgttgacatacagaaaatatatggt 2949903  T
Q  101 gcttgtaa---ttcccttccaactacaatagtcattttaccacttaagccggagaaggtccaacctgttaagcatcaactatcaagcattcatccagaag 197  Q
    ||| ||||   ||||||||||| ||||||| |  | |||||||| |||||||| | |||      ||| || || ||||| |||||||| || || ||||    
T  2949902 gctggtaaagattcccttccaaatacaataattgtcttaccactgaagccggacagggtaaggtttgtgaaccagcaactctcaagcatccacccggaag 2949803  T
Q  198 tgcttttgtttcttactaaaatcagacacctttctgtcagagaagttaatgaggaccccaaacagaataccataactgccgtatctatttcaagcgagat 297  Q
    |  |  | || ||| | |||||||||| ||||||||||||||||  || |||||| |||||| |||| ||  ||||||| ||||||||||||||||||||    
T  2949802 ttttactcttcctttcaaaaatcagacgcctttctgtcagagaaaatagtgaggatcccaaagagaacactttaactgctgtatctatttcaagcgagat 2949703  T
Q  298 taattttgtgactaggaaaaacattaatgctgagtcttacacactccatctctccgccgaggaaaatagtgaagccgggaaggaatgcagctactacatg 397  Q
     || |||| ||| || | ||||||  ||||||| ||||||||| ||||| | || || | |||||| | | | | ||   |||||||||||||||||||     
T  2949702 caactttgagacaagtagaaacatggatgctgaatcttacacaatccatttatctgcgggggaaaacaataatgacgaacaggaatgcagctactacata 2949603  T
Q  398 tggaagcaaaagtttccggtcaggttggaaaatttagtcgaaagaaaaaaggatgtcgaggagtgggttgtgacattggcattcccaaatcaggagaggc 497  Q
    ||||||||||||||||| |||| |||||| ||  | || ||||| | || || ||| || ||||| |||||||||||||| |||||  | ||||||||||    
T  2949602 tggaagcaaaagtttcctgtcaagttggagaacgttgtggaaaggagaatgggtgtggaagagtgtgttgtgacattggccttccctcaccaggagaggc 2949503  T
Q  498 tttacaggggaaagaccttaccaggggtctatgcatttcttcctacagaaatggtcactaattttcctttcataattcaggcagattttttccttgcttc 597  Q
    || ||| ||  |||| |||||||||||| |  ||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| | ||||| ||    
T  2949502 ttcacaaggataagagcttaccaggggttttcgcatttcttcctacagagatggtcactaattttccattcataattcaggcagattttgttcttgcctc 2949403  T
Q  598 atcaagggagacaattatgttggataataagtggaatcaagggatacttgaatatgttcc 657  Q
     ||||||||||||||| | |||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  2949402 gtcaagggagacaattctcttggatgataagtggaataaagggatacttgaatatgttcc 2949343  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 120; E-Value: 5e-61
Query Start/End: Original strand, 1 - 499
Target Start/End: Complemental strand, 2933367 - 2932866
Alignment:
Q  1 gttcaatgagaagccatgtccacattgcagtattggctatatagttcctgagtgggttgaggagaagccaacccttgctgacataaagaatatatatggt 100  Q
    ||||| ||||| ||| ||| ||||||||||| |||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||  |||||||||| | ||||| |||    
T  2933367 gttcagtgagaggccctgtacacattgcagtcttgggtatatagttcctgaatgggttgaggagaagccaagccttcttgacataaagcagatatacggt 2933268  T
Q  101 gcttgta---attcccttccaactacaatagtcattttaccacttaagccggagaaggtccaacctgttaagcatcaactatcaagcattcatccagaag 197  Q
    ||| |||   ||||||||||||| |||||| |  | || || |||||||  || |||||| ||||||| || || || || || ||| || | || ||||    
T  2933267 gctggtaaagattcccttccaacgacaataattgtcttgcctcttaagctagacaaggtcgaacctgtgaaacagcagctctcgagcgttaacccggaag 2933168  T
Q  198 tgcttttgtttcttactaaaatcagacacctttctgtcagagaagttaatgaggaccccaaacagaataccataactgccgtatctatttcaagcgagat 297  Q
    |  |  |||| |||   ||||||||||| ||||||||||||||||  || ||||| |||||| |||| ||  ||||| | ||||||||||||||||||||    
T  2933167 ttttactgttccttttaaaaatcagacatctttctgtcagagaagacaacgaggatcccaaaaagaacactgtaacttctgtatctatttcaagcgagat 2933068  T
Q  298 taattttgtgactaggaaaaacattaatgctgagtcttacacactccatctctccgccgaggaaaatagtgaagccgggaaggaatgcagctactacatg 397  Q
      | |||||||| |||||||||||  ||||||| ||||||||| || |||| || || | |||||| |||   | ||  ||| ||||| |||| ||||||    
T  2933067 cgactttgtgacaaggaaaaacatggatgctgaatcttacacaatcaatctatctgcaggggaaaagagtagtgacgaaaagaaatgctgctattacatg 2932968  T
Q  398 tggaagcaaaagtttccggtcaggttggaaaatttagtcgaaagaaaaaaggatgtcgaggagtgggttgtgacattggcattcccaaatcaggagaggc 497  Q
    ||||| ||||||||||| |||| |||| ||||| | || ||||| | ||||||||| || ||||| |||||||||||||| ||||||  |||||||||||    
T  2932967 tggaaacaaaagtttcctgtcaagttgcaaaatgtggtggaaaggagaaaggatgtggaagagtgtgttgtgacattggccttcccacgtcaggagaggc 2932868  T
Q  498 tt 499  Q
    ||    
T  2932867 tt 2932866  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 80; E-Value: 3e-37
Query Start/End: Original strand, 518 - 657
Target Start/End: Complemental strand, 2932829 - 2932690
Alignment:
Q  518 ccaggggtctatgcatttcttcctacagaaatggtcactaattttcctttcataattcaggcagattttttccttgcttcatcaagggagacaattatgt 617  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||| ||||| ||||| ||||| ||||||||||| ||||||||| | ||||| || |||||||| |||||| | |    
T  2932829 ccaggggtttatgcatttcttcctacagagatggttactaactttcccttcataattcaagcagattttgttcttgcctcgtcaagggaaacaattctat 2932730  T
Q  618 tggataataagtggaatcaagggatacttgaatatgttcc 657  Q
    || || ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2932729 tgaatgataagtggaatcaagggatacttgaatatgttcc 2932690  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 270; Significance: 1e-150; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 270; E-Value: 1e-150
Query Start/End: Original strand, 1 - 657
Target Start/End: Complemental strand, 28027553 - 28026894
Alignment:
Q  1 gttcaatgagaagccatgtccacattgcagtattggctatatagttcctgagtgggttgaggagaagccaacccttgctgacataaagaatatatatg-- 98  Q
    ||||||||||| ||| ||||||||||||||| |||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||| | ||||| |      
T  28027553 gttcaatgagatgccttgtccacattgcagtcttggatatatagttcctgaatgggttgaggagaagccaacccttgttgacataaagcagatatacgac 28027454  T
Q  99 -gtgcttgtaattcccttccaactacaatagtcattttaccacttaagccggagaaggtccaacctgttaagcatcaactatcaagcattcatccagaag 197  Q
     ||||| ||||  | |||||||||||||   |  | || || || |||||||| |||||| | || || || || || || |||||| ||||||||||||    
T  28027453 ggtgctggtaaagctcttccaactacaacgattgtcttgcccctaaagccggataaggtcaacccggtcaaacagcagctttcaagcgttcatccagaag 28027354  T
Q  198 tgcttttgtttcttactaaaatcagacacctttctgtcagagaagttaatgaggaccccaaacagaataccataactgccgtatctatttcaagcgagat 297  Q
    | |||||||||||||| ||||||||||||||||||||  ||||||| |||||  | ||   |||||  |   ||||||| ||||||||||||||||||||    
T  28027353 ttcttttgtttcttacaaaaatcagacacctttctgtacgagaagtaaatgaaaatcctggacagagcatggtaactgctgtatctatttcaagcgagat 28027254  T
Q  298 taattttgtgactaggaaaaacattaatgctgagtcttacacactccatctctccgccgaggaaaatagtgaagccgggaaggaatgcagctactacatg 397  Q
    ||| || ||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||  |||||||||| |||||||||||| |    | ||||||||||||||||||||||    
T  28027253 taacttcgtgacaaggaaaaacatgaatgctgagtcttacacactatatctctccgcagaggaaaatagtaataatgagaaggaatgcagctactacatg 28027154  T
Q  398 tggaagcaaaagtttccggtcaggttggaaaatttagtcgaaagaaaaaaggatgtcgaggagtgggttgtgacattggcattcccaaatcaggagaggc 497  Q
    |||||||||||||||||||||||||  |||| | | |||||||||| ||  ||||| || || |||||||||||| | || || ||||||||||||||||    
T  28027153 tggaagcaaaagtttccggtcaggtcagaaagtgtggtcgaaagaagaacagatgtggaagaatgggttgtgacactcgccttgccaaatcaggagaggc 28027054  T
Q  498 tttacaggggaaagaccttaccaggggtctatgcatttcttcctacagaaatggtcactaattttcctttcataattcaggcagattttttccttgcttc 597  Q
    || ||||||| || | || ||| ||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||| || |||||| ||||||||||    
T  28027053 ttcacaggggtaaaagctcaccgggggtctatgcatttctgcctacagagatggtcactaattttcctttcattattcaagccgattttgtccttgcttc 28026954  T
Q  598 atcaagggagacaattatgttggataataagtggaatcaagggatacttgaatatgttcc 657  Q
    |||||||||||||||| | ||||||||||| ||||| |||||||||||||||| ||||||    
T  28026953 atcaagggagacaattctcttggataataaatggaaccaagggatacttgaatgtgttcc 28026894  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 119; Significance: 2e-60; HSPs: 1)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 119; E-Value: 2e-60
Query Start/End: Original strand, 2 - 650
Target Start/End: Original strand, 4913521 - 4914153
Alignment:
Q  2 ttcaatgagaagccatgtccacattgcagtattggctatatagttcctgagtgggttgaggagaagccaaccc---ttgctgacataaagaatatatatg 98  Q
    ||||||||||| || |||||||| |||||| |||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||   ||  |||||||||| | |||||||    
T  4913521 ttcaatgagaatccttgtccacaatgcagtcttgggtatatagttcctgaatgggttgaggagaagccaacccgccttcttgacataaagcagatatatg 4913620  T
Q  99 gtgcttgtaattcccttccaactacaatagtcattttaccacttaagccggagaaggtccaacctgttaagcatcaactatcaagcattcatccagaagt 198  Q
    ||       |||||||||||||||||| | |  | ||||| || ||| |||| ||| |  |  |||| || || || || ||||||||||| |||||| |    
T  4913621 gtaaag---attcccttccaactacaacacttgtcttacctctgaaggcggacaagataaattctgtgaaacagcagctctcaagcattcacccagaaat 4913717  T
Q  199 gcttttgtttcttactaaaatcagacacctttctgtcagagaagttaatgaggaccccaaacagaataccataactgccgtatctatttcaagcgagatt 298  Q
      | | ||| ||| | || |||||| || ||||||||||||||| ||||||||||||||||  | |  |  ||||| | |||||||||||||||||||||    
T  4913718 tttatcgttcctttcaaagatcagagacttttctgtcagagaagataatgaggaccccaaaatggaatctgtaactactgtatctatttcaagcgagatt 4913817  T
Q  299 aattttgtgactaggaaaaacattaatgctgagtcttacacactccatctctccgccgaggaaaatagtgaagccgggaaggaatgcagctactacatgt 398  Q
    || | || | | |  |||||| | |||||||||||||||||  ||||| | || || | ||||||| || | |  |  || | |||||||||||||||||    
T  4913818 aactctgcggcaaaaaaaaacttgaatgctgagtcttacactatccatttatctgcgggggaaaatggtaatgatgaaaaagtatgcagctactacatgt 4913917  T
Q  399 ggaagcaaaagtttccggtcaggttggaaaatttagtcgaaagaaaaaaggatgtcgaggagtgggttgtgacattggcattcccaaatcaggagaggct 498  Q
    | |||||||||||||| |||| |||||||||| | || ||||| | || ||  || || || || |||||||| ||||  |||||| |||| ||||||||    
T  4913918 gaaagcaaaagtttcctgtcaagttggaaaatgtggtggaaaggagaatgggcgtggaagactgtgttgtgacgttggtcttcccacatcaagagaggct 4914017  T
Q  499 ttacaggggaaagaccttaccaggggtctatgcatttcttcctacagaaatggtcactaattttcctttcataattcaggcagattttttccttgcttca 598  Q
    | ||| |   |||| |||||||||||| |||||||                ||||||||||||||||||||||||||| || |||||| ||||||| |||    
T  4914018 tcacaagaataagagcttaccaggggtttatgcat----------------ggtcactaattttcctttcataattcaagctgattttgtccttgcctca 4914101  T
Q  599 tcaagggagacaattatgttggataataagtggaatcaagggatacttgaat 650  Q
    ||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4914102 tcaagggagacaattctcttggataataagtggaatcaagggatacttgaat 4914153  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University